4WOZA

Crystal structures of cdnal from clostridium difficile in complex with mannosamine
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
TDMKGIYSALLVSFDKEGNINEKGLRQIIRHNIDVCKVDGLYVGGSTGENFMLSTDEKKRIFEIAKDEVKEEIKLIAQVGSVNLKEAVELAKFTTDLGYDAISAVTPFYYKFDFEEIKHYYNTIINSVDNRLIIYSIPFLTGVDMSLDQFGELFENEKIIGVKFTAADFYLLERMRKTFPNKLIFAGFDEMMLPATVLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTKNEKISEALEVQHVTNDLITDILGNGLYQTIKLLLEEQGVEAGYCRQPMKEATDEMKSRAKEIYRKYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of CdNal from Clostridium difficile in complex with mannosamine
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Peptoclostridium difficile
total genus 125
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2014-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wozA00
3CHVA 2I9EA 3HQ1A 1GOXA 2YSWA 5TQLA 5CZJA 2OT1A 1H1YA 3G0SA 3G1DA 2CLEA 4JTFA 4DPPA 1WYIA 1JUBA 4PODA 1SZEA 3N9RA 2GPTA 2RKXA 5C6MA 3NL3A 3GKFA 5D02A 5D2VA 3VKJA 5T26A 3W86A 1XKYA 3MBFA 2NUYA 3USBA 3O63A 3P60A 1Q6RA 4CLMA 3UZJA 1TTPA 1FBAA 4E38A 4S2CA 4RZ6A 3ZFHA 1FXPA 4A29A 3FKRA 4J9JA 1OFRA 3IIPA 5DY2A 3OVRA 3O8AA 3W07A 2C0AA 3PUEA 4NXSA 4O8RA 4RK8A 1GVOA 3TCEA 2CW6A 3NEVA 3SI9A 2F84A 2WNQA 3C2RA 1H61A 5FI8A 4Z0JA 1OYAA 3MP4A 1F5ZA 2HMCA 4PL2A 2AGKA 4RJEA 2ZA2A 1YTEA 1L6WA 5TIMA 3WK0A 2X1TA 1W3IA 4S2BA 2RDWA 3FA5A 1HO1A 5HWNA 4O0ZA 3CU2A 1I45A 2V82A 4IMCA 3TXVA 3G24A 1KLZA 3P62A 5G4EA 5J5RA 4UIOA 5HUOA 4MYXA 3W2JA 3F1QA 3W2UA 1MEWA 1O95A 4N9EA 1ZNNA 2G97A 3Q58A 2YGYA 4XWUA 2LLEA 3G0XA 3EB2A 4O13A 5C54A 4GBUA 2ZQ0A 4LVDA 5F2LA 1FCUA 4R7JA 2ZDRA 7TIMA 3IVUA 1OX4A 4OGZA 4K7YA 1O4UA 4CQAA 4MLJA 4BF9A 4OT7A 3BG9A 4GFSA 1DL3A 5AC6A 3QF0A 1R46A 3DI0A 4MZ8A 4ICNA 4QQ3A 2A5HA 3W7PA 1MEIA 1AW1A 1EUAA 5K9CA 1QPNA 3NQ8A 1QO5A 4PEKA 3DENA 4LRTA 4YL2A 3G1VA 4MLRA 1AW5A 2A7RA 4O1AA 4Y8FA 3C4UA 5LNVA 2E6AA 4WY0A 3HB9A 3A5VA 3FJLA 3DFOA 5G4WA 3G8EA 1EB3A 4UFLA 3JS3A 4LS1A 4YCPA 2C14A 2EPHA 1XFBA 2H8ZA 4LC6A 2NZLA 1EIXA 4LU0A 1K7EA 3P8JA 5K2ZA 2FB2A 2P1FA 1UUOA 3MI2A 4KWWA 5DCDA 3W7EA 1VCFA 3NZRA 1OG0A 3BW2A 4I7VA 2V81A 3TW6A 1DOSA 4JX6A 4IX0A 5DCEA 5HUPA 1K8YA 4I7WA 3LV5A 5CZTA 5EMUA 3A23A 5D2XA 4AWSA 4UTLA 4C1LA 4WXZA 5FESA 4CCCA 1LTDA 4FNQA 2DZXA 4Q32A 3L5LA 3W7DA 4X22A 1GJPA 3NR0A 3LTPA 4UR7A 4CQ8A 4ADSA 3U8GA 5AHMA 3NOEA 4UTHA 2E6DA 2CLHA 1XL9A 2ZTKA 4RLIA 1RVGA 4BR1A 3NPWA 3O6DA 2NX1A 2QJHA 1KM3A 1C29A 3KRUA 4O15A 4ML9A 4GUFA 1SZFA 2BSLA 1OFPA 1SFJA 2ATSA 3CTLA 4BK9A 3VE9A 1QPQA 3LCGA 4GWEA 1K7FA 2Q8LA 2FFCA 1X1OA 3LHTA 1AMKA 3CM4A 2WJZA 1T8XA 1LP6A 3L67A 3W1LA 3WJSA 4RX0A 5BRBA 4MJZA 4YMZA 5AYXA 3DH7A 3W1AA 1O60A 4UMBA 4NJJA 1W56A 3S0CA 3QW3A 3DFNA 1JULA 4DEFA 2E5DA 1KFBA 3R5EA 1RR2A 3S5NA 1X7FA 1K8ZA 2Y61A 1XBVA 2CZDA 2VENA 2ALDA 3W7LA 5G1YA 3SSJA 3E02A 3GIYA 3NGJA 4GE8A 1Z44A 1PE1A 3SY5A 4RCXA 3W7HA 3PSVA 1K03A 1VYPX 4YWIA 4NJHA 5K3VA 3W1PA 3FYOA 4FB7A 3QW4B 4AF0A 2A2IA 3BK0A 3W76A 2VEKA 3ATZA 1ME9A 1YPFA 2VFDA 2WV8A 2RH9A 2G5WA 3LM7A 4L4LA 4NJIA 3L0NA 4WY0F 4LVGA 4M5PA 5BW6A 1ONRA 2DZSA 1OFBA 4Z1CA 5D04C 1LYXA 5FF3A 3LCIA 3FIGA 2NWSA 4GUIA 1XUUA 3UXDA 5L9FA 1KTCA 2C15A 3M5XA 4N6FA 2B7PA 1PCWA 1DBTA 2CLKA 2E5CA 4JX5A 1QO2A 1LBLA 4LS0A 3ZWSA 3N2MA 1VJIA 1VGAA 3DFPA 3V1PA 5DCBA 1B9BA 3A5FA 1QPRA 2WNZA 2G96A 3KVJA 3QH2A 5K9DA 3DHDA 3EXSA 1LRTA 2YPIA 4KFPA 1H7OA 1YTDA 2JKPA 4O12A 4K7VA 3ATYA 3RLVA 4TMBA 3L65A 5CGQA 1H5YA 4X9SA 4NNCA 2CZ5A 1R30A 4Y96A 4AHPA 1FWSA 4KFNA 1H51A 4IMFA 4JX4A 3QFEA 3STGA 2GQ8A 3FFSA 3IV3A 3EX4A 5D03A 4O28A 1EP2A 3OG3A 4DO4A 1Q45A 4GUJA 4LOCA 3B05A 1TV5A 1U83A 3UY8A 3T44A 3PSWA 2O7QA 3W7NA 1LOLA 3PY2A 4CQ9A 1Q6OA 3UWVA 5K9XA 1T0OA 1T99A 4HSOA 2VKZG 3TE9A 2J9XA 4JTKA 5AHFA 3L66A 3Q37A 1THFD 4O1BA 1Q6LA 3W7JA 3BVJA 4N4QA 3W1XA 1KM1A 5AFDA 1RPXA 2I14A 3OEXA 4K6AA 3CEUA 3EX6A 2F7FA 3QSTA 3TFXA 1X1ZA 2JKAA 3EX3A 4BI7A 3M1ZA 3BW3A 1GVQA 2QDHA 3SGUA 3O07A 2Y62A 5LSMA 1H50A 3G1XA 3IIOA 3QPZA 4R53A 2XN0A 5I3JA 2E09A 3NVTA 3B06A 3LI1A 2ZBTA 3SW6A 5DXYA 1XBZA 3N14A 5BOOA 3DU0A 4IQLA 3W7CA 1S5VA 5CPOA 4JYDA 1UB3A 3C61A 2ZA1A 3KFTA 4AH7A 1RV8A 5SWUA 2TSYA 4BWLA 1TCDA 3NZ1A 1OVDA 1DKWA 1G7VA 4O16A 4MVAA 2R91A 3GDLA 1NF0A 3N2XA 1W5MA 1GG1A 5IBXA 2V30A 1R2RA 4M6VA 1KBJA 3CB8A 3I68A 4HPJA 3LERA 4N9BA 3W3OA 4HHPA 2YDAA 3GDTA 5BMXA 3E96A 4NVTA 2QCDA 4WQ6A 2DJLA 1KLYA 3K30A 1GVSA 1DORA 3W75A 1IIHA 1UASA 1TIMA 5L6UA 1A53A 1TPWA 3QJAA 4MFEA 1HFBA 3NQGA 2QUVA 2CU0A 1D9EA 3C3NA 3HPZA 4N2YA 3IVTA 3EXRA 4UFJA 1ME8A 3VCRA 3NM1A 3TFCA 1G7UA 3I7QA 2W79A 4JYFA 3P80A 4GNJA 1ZAIA 4GUGA 4YLWA 1Z41A 1PVNA 2DZWA 3V75A 5KMYA 4WOQA 3GAYA 1TYGA 3LRLA 3C8FA 2C3ZA 1IF2A 4GJ1A 2EKCA 3KX6A 3HMJG 3BLFA 2Y7DA 4CNPA 1WBJA 1LBMA 1MZHA 1E51A 4LC8A 3THAA 3HPXA 4UFMA 1H1ZA 1SO4A 3QZEA 4XTDA 1VZWA 1RZMA 1EUNA 3MP5A 3LGEA 2AQWA 3GVGA 3UYCA 1VLIA 3G18A 1H7RA 1FWRA 3ABRA 4A2RA 5FEWA 2B4GA 4IPJA 4AXKA 2BXVA 2QCLA 5G1TA 5I3FA 2NX3A 4H4IA 5CPLA 5AC7A 1SFLA 1OFEA 3MYPA 2ZRVA 2J6XA 1NEYA 4JGDA 1N8FA 4ORMA 4XUGA 1O5XA 3TK7A 2KZHA 2XFWA 1I2PA 5AC8A 1AK5A 5A8GA 2OX1A 4LT9A 5BNKA 3TNOA 3SFKA 1LORA 1TTQA 1JRCA 4QIUA 5C2XA 4K37A 3PR2A 4LNYA 3RLUA 2C1HA 1SO6A 1B57A 3P84A 5G2IA 3T55A 2YZRA 5KZEA 2GJLA 5LGZA 3MMTA 3G22A 4ZL1A 3UWQA 2A6NA 3FS2A 3LCWA 4NZFA 4JTTA 4JS3A 3M43A 1WV2A 2FQIA 4AB4A 3W1TA 1EP1A 4X2RA 4DXVA 2EF9A 3HGOA 2FTPA 3GX9A 3CEPA 5DN1A 3IEBA 4PA8A 1Z48A 3QM3A 1W5OA 8TIMA 1QOPA 1N7KA 5ABTA 2HSAA 1PS9A 4QNWA 3G1FA 1WOAA 1SUXA 4M7SA 3WK2A 2ZCGA 3S1WA 3NAVA 1LOSA 3LLFA 2ZZ3A 1HL2A 4LUJA 2BWGA 4MYAA 1FX6A 2A85A 3G1HA 1VPXA 5HR6A 3L5AA 1FDZA 5C55A 1DJNA 3S1XA 4E2DA 4POCA 3IIZA 1F2JA 3N9SA 4LRSA 3NXFA 1KA9F 2GOUA 4OQVA 4O53A 1V7YA 1XDMA 1VCGA 1TTIA 1PHQA 4B5NA 5AYZA 2PURA 1W3NA 4Z1BA 2VFFA 1G4TA 1FUYA 4O50A 3O15A 4FXSA 4U28A 3RF9A 5I3HA 1GTHA 4IXHA 2Q8ZA 1EA0A 1VLWA 2RHGA 4LWWA 1GT8A 4FIRA 2DP3A 4FX7A 4GC4A 1M7OA 3T78A 1HG3A 2NUWA 4UNLA 5AYYA 1MEHA 1IGSA 4KWVA 2A7PA 3RNDA 5HQEA 4UCGA 5J5DA 1GYLA 3HF3A 4ORIA 4UTUA 3RK8A 1XDLA 4MPQA 5KZMA 2DJXA 1WOBA 5KITA 1GVRA 4WOZA 1QMLA 3ANYA 4UFIA 3TKFA 1G4SA 1FWTA 2Z6JA 1WBHA 2GJNA 2CWNA 1LCOA 1KV5A 1ZAHA 4FHAA 4WX2A 2Y89A 3BV4A 1FDJA 4ONVA 5DBTA 2WSYA 3M16A 3W7GA 2JGQA 4O10A 1XBYA 4MJMA 3G3MA 1DJQA 2QR6A 3GXNA 4JEQA 2V2CA 1GPWA 2TYSA 3BG3A 4MKNA 1R2TA 3BLIA 3TU9A 1IXPA 3S9YA 1SO5A 1FY6A 4RV8A 4JD4A 4OWGA 1T96A 2FPTA 5FEPA 1HUVA 1WAUA 3L9CA 3C2VA 4NQ1A 1GZGA 1SO3A 2DORA 3UWYA 4PCFA 5LNRA 1F05A 1MXSA 1GQNA 3TAOA 1C8VA 3P82A 3A21A 1FDYA 3TC6A 3SJ3A 3DFSA 1TPB1 3TMQA 1VCVA 3LB0A 5EA9A 2HS8A 1EPXA 1TSIA 1L6SA 3VNDA 3M5YA 4XKYB 4DO6A 3TW7A 4O4WA 3WJZA 3MI3A 3G1SA 3O06A 4WD0A 2X30A 2ATMA 3UPBA 1DV7A 3S1UA 3RU6A 1TPDA 4S1FA 2VEIA 3RFAA 2ZRYA 3C2EA 5HINA 4Y9AA 4BWLC 1P0KA 4IUOA 1KM4A 3NO5A 2R14A 5IBXC 3LV6A 1P1XA 2TMDA 3OVQA 2OJPA 1W5NA 3HGRA 4NX5A 3W1QA 5F2GA 3CIXA 4NJKA 3GLCA 1EWEA 4QITA 5CZ0A 4MY9A 5FEZA 5F4WA 3PBYA 2C13A 1DHPA 5LGXA 1R47A 1W8SA 5F2MA 4C1KA 2FPYA 3C56A 4O4VA 5HWMA 4R33A 2BZNA 1WQ5A 1W5PA 2A1YA 1VC4A 3LHUA 5MHBA 1FCVA 1YLVA 2Z6IA 3CC1A 3G8RA 4QSHA 3OIXA 2BTMA 4CCEA 2ZA3A 3INPA 2OZ0A 1OK6A 3FLUA 3QQ0A 5F4SA 4UTJA 4UC5A 5D38A 3STCA 1WDWA 3N34A 1TRIA 1YXCA 3FKKA 1AL7A 2CZEA 1G69A 4ZQRA 3PF3A 2NLIA 5LHFA 5LKYA 2D73A 1K7XA 4Z08A 2Y7GA 4A22A 3ABSA 4Z1AA 1UUMA 4UTKA 3DZ1A 1OJXA 4UTWA 1UCWA 3W9ZA 2FDSA 2R94A 5F1VA 4LVFA 4AHOA 2O7SA 4GUHA 3S5YA 5EBUA 5EKYA 3AO0A 1GTEA 3QPYA 2QJIA 4PL1A 4N9DA 1TQXA 3EX1A 4ZZ9A 1TPUA 1ME7A 5D32A 4ZQOA 5DELA 3N73A 1H63A 1JUKA 1YTKA 2YX0A 4OV9A 5G5IA 3W7QA 3G1YA 4H3DA 4Z1DA 3W88A 2YFNA 1QFEA 4ADUA 1XUZA 2OMAA 1VH7A 1FWWA 4AMAA 2X16A 3TAKA 1S3HA 1OYCA 1P5BA 2P0OA 3W71A 2RDTA 3W7IA 4EOUA 3HO8A 4JIQA 1Q6QA 5LNWA 1ML1A 1TQJA 2NXHA 1LROA 5IM51 1OX4B 2A6LA 5CKSA 2JK2A 1ZALA 4TIMA 1VR6A 3LI0A 3DKJA 5I3KA 3TA6A 4HNUA 4OU1A 2X1UA 3TQVA 2BX7A 2CLLA 2QDGA 2E6FA 3QQ1A 2B7OA 4QNEA 2Y88A 1SPQA 4FO4A 1NF7A 3W1NA 2B7QA 3TX9A 3MHUA 3HG3A 4R34A 4O54A 4WY0B 2Z2UA 2YW3A 3DKLA 5G2HA 5FF4A 3LXAA 1TPEA 1CX9A 3MJYA 2ZRWA 5CG7A 3VE7A 3R12A 4NNBA 2ZZ5A 1VHCA 3EWXA 2NV1A 4PTNA 1KTNA 1SW7A 3HGSA 4K38A 4OBTA 3CPRA 3I65A 3QMTA 2ZYFA 3F4NA 4IPIA 3IIXA 3G0UA 2NXGA 4AWTA 5I3IA 2Q3RA 1S5WA 1ZHAA 4P2VA 2NWRA 3CIWA 3I7RA 4NU7A 3SIZA 4ZQCA 3TQ0A 3GYEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CHV A;  3QR1 A;  3HQ1 A;  1E0X A;  3UJR A;  1F8M A;  1DJW A;  3IJ7 A;  3WDP P;  2WMI B;  2OZT A;  4DPP A;  4KRZ A;  4ZOC A;  2RAG A;  3NL3 A;  2GVY A;  3LZ3 A;  1CGW A;  1NTH A;  5D02 A;  1ZRQ A;  3N9K A;  5D2V A;  1HJW A;  4KCV A;  2CBV A;  2BB0 A;  1XKY A;  2OZ3 A;  4BEQ A;  2OOG A;  4UOZ A;  3PJU A;  4B4F A;  4RZ6 A;  3ZFH A;  1FXP A;  5PTD A;  3W26 A;  4A29 A;  3UZX A;  4J9J A;  1UIO A;  2BG5 A;  3VMP A;  3IIP A;  2VEG A;  5DY2 A;  3O8A A;  3VTR A;  4NXS A;  3BV7 A;  4KIR A;  1E4I A;  3O9N A;  1B30 A;  4HOZ A;  4J35 A;  2WNQ A;  3C2R A;  1H61 A;  1C8Q A;  1F5Z A;  2HMC A;  4RJE A;  1ELS A;  3WK0 A;  2HV5 A;  5FA5 A;  1LQA A;  5HWN A;  4NZ1 A;  4LAM A;  2V82 A;  1KR1 A;  1BVN P;  3G24 A;  5MKG A;  2OSX A;  1ECE A;  4MYX A;  1DIO A;  3A4W A;  3F1Q A;  4JCM A;  2BVW A;  1S2W A;  3RPT A;  1T5A A;  7PTD A;  3FSU A;  1BPL B;  3K1G A;  1GQI A;  1EKO A;  2D0G A;  3RM8 A;  4CD4 A;  4F0K A;  5F2L A;  1FCU A;  4AZ5 A;  4R7J A;  3CYJ A;  2ACR A;  3DEQ A;  3IVU A;  1OX4 A;  4CQA A;  4BF9 A;  4S3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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