4WXZA

Pdxs (g. stearothermophilus) co-crystallized with r5p
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
253
structure length
242
Chain Sequence
KGGVIMDVVNAEQAKIAEAAGAVAVMALERGVARMADPTVIEEVMNAVSIPVMAVRIGHYVEARVLEALGVDYIDESEVLTPADEEFHIDKRQFTVPFVCGCRDLGEAARRIAEGASMLRTGEPGTGNIVEAVRHMRKVNAQIRKVVNMSEDELVAEAKQLGAPVEVLREIKRLGRLPVVNFAAGGVTTPADAALMMHLGADGVFVGSGIFKSENPEKYARAIVEATTHYEDYELIAHLSKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Geobacillus kaustophilus
publication title Crystal Structures Capture Three States in the Catalytic Cycle of a Pyridoxal Phosphate (PLP) Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
total genus 85
structure length 242
sequence length 253
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wxzA00
4LS1A 4LW7A 2A21A 4DEFA 2JGYA 3SGZA 1RR2A 2LLEA 1QAPA 3UPWA 4DO6A 4O1CA 2V2DA 4QNEA 4AHPA 1NEYA 1D3HA 3F4NA 1VYPX 4XTDA 5T26A 3NOEA 1TYGA 3LCLA 3LXAA 1YLVA 2Y62A 1TQJA 4LC6A 1I8JA 4MZ1A 2OX1A 1KFEA 3L2IA 5D2TA 3ZFHA 3P8JA 3HG2A 3O6DA 4CNNA 3PUDA 4U4MA 3DGRA 3TK7A 1H63A 3E49A 4O52A 1MXSA 1XL9A 3UD6A 1FXQA 4N6EA 1H1YA 1W5OA 3W7CA 3W7RA 3G0XA 5AYXA 3A9IA 3MW7A 4MLJA 2FFCA 4BI7A 2BLEA 4MLRA 4P2VA 1EA0A 3G24A 5L6UA 5AYYA 4ZQCA 3W7LA 3O8AA 1JULA 2ZZ2A 1L6YA 4ORIA 3S1VA 4OT7A 3MI3A 4JD4A 2Q3RA 1G67A 3W1PA 5G5IA 2X1RA 5CSSA 4N9EA 4X2RA 5AHNA 1SFLA 3T7VA 2Z1BA 3W1RA 1JCNA 1ML1A 4UTJA 1OFAA 1T99A 4O53A 2OZ0A 1WXJA 4GUHA 4N4PA 1L6SA 4JTFA 4UFLA 3T44A 1IXQA 3IVTA 2R91A 3B05A 4KFPA 1ZAJA 3BK0A 1IXPA 2H8XA 2ZRXA 3UWQA 4D2JA 1TTPA 2Y6ZA 1NAL1 1SZEA 2XN1A 3A21A 3G1DA 4OBTA 1EUNA 3FS2A 1OFPA 1WDWA 1CW2A 3BW4A 5D33A 3PWAA 4K8EA 4L4MA 3DI0A 2R8WA 4TO8A 4NU7A 3BG5A 4Q32A 1W3TA 2YPIA 3W88A 2ZTJA 3DFSA 2Y7FA 4E2BA 4ML9A 1W3IA 2X30A 1VZWA 2H6RA 1I2NA 4FO4A 3THQA 5DELA 2RDTA 5BRBA 3TMLA 4HNNA 1FCVA 1JRBA 1OJXA 1ZHAA 1G4TA 1LBFA 2ALDA 2VOMA 4NJKA 1OX4B 4FX8A 4H4IA 5KINA 2A85A 5TBOA 1NSJA 3W07A 3W7OA 5HUOA 3DXIA 3A23A 3QPZA 5AHMA 3W76A 3N19B 3W7JA 1LOQA 2QDGA 5E0KA 4EF9A 2V8ZA 4MJMA 3G22A 2E09A 4N9CA 3W1NA 3LHVA 1K03A 3TDFA 1HG3A 3C2OA 4R34A 2OT1A 5CG7A 2J88A 1OG0A 2WNQA 4DPQA 1IXNA 3G3MA 4WXYA 2WNNA 4O0ZA 1U5JA 3S1UA 3L68A 4OHQA 1AG1O 3W7GA 2DJXA 4K8HA 5AOUA 5J5DA 1W5NA 2VFIA 4UTLA 3PR2A 3ZWTA 2A7NA 3LHUA 1SU5A 4QIUA 2I1OA 1IIHA 2CLHA 4EWND 5KSWA 3I6RA 3P82A 4DPPA 1HFBA 1AL8A 2WOQA 3NVTA 3RLVA 1TPVA 5D37A 1EP1A 1GTEA 1VCGA 2EGZA 4NJIA 5F1UA 3NM3A 3LERA 3W2UA 4NX5A 3N14A 1OYCA 5D30A 3NL6A 1Q3NA 5HINA 1VLWA 5D2YA 3N3MA 1X1OA 1QNVA 1A5BA 3KXQA 3EWUA 1KTCA 1GQNA 4BWLC 3W3OA 3O6YX 3FFSA 4O15A 4AWTA 1ZFJA 1TPDA 3GDMA 1L9WA 5C2XA 4TMCA 4ZL1A 4OU1A 3S1WA 1B57A 2YXGA 3PM6A 3W73A 3G1HA 3LOTA 5FF2A 2BXVA 3W7IA 4CLMA 3NPUA 3K30A 1N8FA 5EY5A 1XCFA 2ISWA 2JKPA 2NV1A 5HULA 4K36A 2AGKA 4PH6A 3MBFA 4DO5A 3B0VC 3IIXA 3EEGA 3CU2A 4Z1AA 3ELFA 4QM1A 2VFGA 3LCWA 4CQ8A 4CQ9A 3FJ6A 5G2IA 3KFTA 3CC1A 2X1UA 3H53A 1T96A 5BMXA 3S8HA 4CQAA 5F2MA 3QZEA 3LGEA 4R7JA 5DN1A 3PBYA 4MZYA 3GXPA 3I7QA 5HWMA 3HG3A 2C18A 2WJZA 5I3FA 3BLEA 1UUMA 3DFQA 1GTHA 5J5RA 4DF0A 3G1XA 3OBKA 4OQVA 3S5OA 2NUWA 3HGJA 4BI6A 3BLIA 1A5SA 4O28A 3NO5A 2V82A 3P60A 1O60A 4NXKA 4QJ1A 2Y63A 3UZJA 3LHTA 3S9YA 3OVRA 3KVMA 1UCWA 4KFOA 1TPC1 4O19A 1XM3A 2JK2A 1L2UA 3VE7A 4XWUA 1O5XA 3UWUA 3NPXA 1XUZA 1GVQA 3C6CA 5D38A 4JIQA 3GR7A 1OFBA 1ADOA 1KM6A 4NJJA 4UMAA 5HUPA 3O06A 4MVAA 3B06A 2NXHA 3P7YA 3CIXA 3CIWA 2QAFA 2A7RA 2DP3A 2VELA 1R2RA 3I7RA 4POCA 2E5CA 1KLZA 2XFWA 3W72A 1WV2A 3W1LA 1TV5A 2YFNA 3CEPA 3ABOA 4DF2A 4O1BA 4MPQA 3W84A 1WYIA 4N9BA 5HQEA 3LDVA 2QJIA 3TIMA 5CZJA 1IF2A 3L5AA 2ABBA 2JKEA 3N2MA 3PY2A 4A29A 3NL5A 5KZDA 3PB2A 3KRSA 3LXBA 2C1HA 2CFFA 2DZXA 2VFHA 4MYXA 3GB6A 4ZQRA 4UMCA 3DFPA 1GJPA 1K8XA 3EXSA 4JNMA 1OABA 2J27A 1XDMA 1VYRA 1YDVA 1B4KA 2QCGA 3SI9A 4HNUA 2B7QA 5L9FA 1S5WA 2ZZ5A 1XUUA 3EX2A 5FEPA 4JTGA 1TMHA 4AXKA 1QPOA 5CKSA 1BWKA 1G7VA 2J9ZA 2QCDB 3GDLA 1GWJA 3UWWA 2TPSA 5DY3A 1X6UA 4LS0A 4M19A 4I7WA 4IMEA 4LUIA 4XTIA 1TJRA 4WY0A 1GOXA 3GX9A 4O12A 1W5MA 3LBCA 2ISVA 2DZPA 4O1DA 3QQ1A 1SO3A 3W1AA 3UXDA 1J5TA 4LV4A 4JTSA 3GVGA 1ZJIA 2YYUA 3RNDA 2BZNA 5C5YA 3W7NA 5AHFA 3W22A 2QUVA 3QMSA 4KKXA 4FNTA 4RCXA 1YPFA 1P5BA 3W7PA 5D2VA 1SW7A 5A5WA 1HUVA 1OHLA 3O1NA 4WXZA 4JY8A 1VCFA 2FDSA 5EA9A 3VNDA 3E0IA 3E12A 2OMAA 2ATMA 3G1VA 4FNUA 3VFLA 4K6AA 2NX3A 2CLKA 3CM4A 1TQXA 4O17A 4XKYA 1RV8A 2UV8G 3W2JA 5E1QA 1EIXA 2H90A 3W70A 1MO0A 2E77A 3BG3A 2Q3OA 5KZMA 3R13A 3P81A 1LRQA 4KFNA 2Y61A 4UFIA 2V2HA 5CPLA 1F6KA 3TKFA 1JVNA 1KM0A 1ME8A 4JTIA 1TCDA 5FF4A 2RH9A 1KBJA 3AO0A 3IVUA 3CWNA 3CB8A 4PL2A 3NQCA 3TCEA 5LNRA 4K37A 1SW0A 1TIMA 1WOBA 3MHUA 3DFOA 3SR7A 3GNDA 1FCUA 1HL2A 5IBXA 3HMJG 2ZRYA 2ZYFA 5D2XA 5KZEA 4PA8A 1W37A 3EKZA 4LVDA 1O5KA 5AHLA 4AAJA 2HS8A 5BOOA 1KTNA 2WQPA 3C0JA 3UYCA 1VJIA 2BX7A 2CLEA 3IGXA 3LCGA 3U2OA 5EMUA 3P62A 1YDOA 4YL2A 3UQNA 1H7OA 4OV9A 4CNPA 1PHWA 4JTKA 3M5XA 5DBTA 3G3DA 3TQ0A 3NDOA 3B0UX 3IGUA 3LHWA 1I4NA 1CX9A 1GVRA 2QF7A 3NQ2A 3TSMA 1EUAA 2PE4A 3R12A 3T4CA 2JGQA 4LVBA 5AC8A 2Y7GA 3F03K 1IGSA 3L0GA 1QO2A 4UTTA 1T8XA 2Y7EA 4DXVA 4AB4A 3A22A 2FB3A 2A5HA 2VFFA 1FWNA 3CLMA 5FF0A 3TQKA 1EX5A 1TREA 1XI3A 1W56A 4HPJA 4RR4A 5HNRA 4C1KA 4W9TA 3BGGA 2E1DA 3E02A 1QMLA 1Z41A 2OJPA 2VFDA 3W87A 1U83A 2DZUA 1SZGA 4UFKA 3QMRA 3THAA 2QJHA 3G1SA 1Q45A 2NXIA 1H5YA 4JTTA 3QSTA 2FPVA 1LRTA 3CHVA 2ZZ7A 3TUUA 1KM1A 3S42A 3TH6A 1DV7A 4NZFA 5DXXA 1SW3A 1XFBA 2HTMA 5I3HA 3DHFA 1PIIA 4JTLA 3LV6A 2GQ9A 2CZEA 4FIQA 3LRMA 3P84A 4HNVA 2G97A 3DHDA 1D3GA 3HJZA 2Y89A 2YR1A 2R94A 1C8VA 4CNOA 2QJGA 3LM7A 3GNNA 3R2GA 1H60A 2VXNA 1W5QA 3LCFA 1VS1A 3QF0A 4IXHA 4NNBA 2RKXA 4FB7A 2WKJA 1LCOA 4O11A 2A4AA 2PC4A 3HG5A 1H62A 1BKSA 1B3OA 2GVJA 4I7VA 2B7NA 3A24A 3MI6A 1FQ0A 1H50A 2V30A 3TJXA 1TV7A 5AHEA 4WUIA 3TMQA 3L9CA 2JBMA 1M6JA 1LZOA 4ZQNA 1GPWA 3EX1A 4O50A 1KFCA 2YDAA 1SZFA 2FQIA 3Q58A 3QYQA 5DXYA 1NVMA 2B7PA 2BWGA 2WV8A 4O4WA 1Q6OA 2J24A 4NJGA 3WJYA 1SO4A 2HSAA 1ALDA 4AWUA 2EPHA 5DLCA 5C54A 3M44A 2NLIA 1FWTA 4Z0SA 5CPNA 4PTNA 1FWRA 5K9DA 3HPXA 5FESA 2VKZG 3QPYA 2HMCA 3TNOA 5KTLA 1F74A 5SWUA 1VCVA 5CSRA 1H7XA 1JQXA 4WY0F 4R33A 1OYAA 3W86A 1FWWA 3GKFA 3SW6A 3LHZA 4H3DA 5HWNA 5FEWA 3FEMA 3DFNA 5D02A 1XBXA 1G4PA 1TPEA 2GQAA 1LLWA 4NXSA 3TU9A 1C9DA 5D2WA 1SFJA 1SZNA 1SPQA 1F73A 4JN6A 4RLIA 3W2LA 3IIZA 1V7YA 3L0KA 1HO1A 3TAKA 2Q8ZA 1X7FA 2FTPA 3GAKA 5I3IA 4Y9AA 5K2ZA 2YZRA 1VQTA 3TC6A 4JYEA 3OVQA 3GK0A 4NUWA 3SECA 4IJBA 1DVJA 2TRSA 2WO5A 5LNWA 1DHPA 4X3ZA 3B4UA 4GWEA 4NZJA 1LOLA 4JIPA 1OX4A 3NPVA 1CI1A 3M5ZA 2B4GA 2NWSA 1XDLA 4JDYA 3R5EA 2FJKA 3VE9A 4AWSA 2B0MA 4IOTA 1Z44A 2NX9A 1QOPA 4GUJA 4CCDA 1J2WA 3FOKA 3QEZA 4MJZA 4NQ1A 2D73A 3DKLA 3W1MA 4TX9A 4JR5A 1F7BA 2NUYA 1H61A 3GLCA 1QPNA 3M5VA 3STFA 2ZZ6A 1NFBA 3QM3A 1N55A 4Y6GA 3P5ZA 4N4QA 3TFXA 4BFAA 2ZZ3A 4MFEA 3HG4A 4MOZA 4IX0A 3USBA 1KA9F 4QAIA 5IBXC 1EWDA 1H7RA 3R8RA 1BEUA 3PULA 1C29A 3TXZA 3LLFA 5GVJA 2Y70A 4LNYA 1VRDA 2QAPA 5FF3A 5I3KA 5D09A 3CPRA 3W75A 2ZZ1A 2G95A 4LY8A 2PRMA 5E93A 3OG3A 5D05A 3INPA 5K9XA 3A5FA 3IIOA 3IIVA 5F2IA 3GAYA 3T78A 3O6CA 3WK3A 5K4ZA 3LV5A 1KM4A 1AMKA 4GUFA 2TYSA 1DKWA 4OWGA 4YWIA 4GXMA 3NYZA 1FDZA 3OVPA 1PCKA 3GXTA 4Y96A 3NZ1A 1YTKA 4XZ9A 3ANYA 2OCZA 4UXDA 2DORA 3KOFA 4Y90A 1W54A 4JYFA 3SJ3A 1RQEA 2YSWA 4DF1A 3C4UA 4UFJA 3MO7A 1YPIA 1MZHA 4UNLA 1ICPA 5U7SA 1OYBA 1MEHA 1LRNA 4M5PA 2ZA1A 4GUGA 3G18A 1KTBA 3W7EA 3N9SA 5LGZA 1R46A 3PUEA 2GVLA 2E6FA 5D03A 2GOUA 4IGHA 3YPIA 3TX9A 2ISSA 3HPSA 3WK0A 4LT9A 3FLUA 2ZZ4A 3MP4A 3W85A 5HR7A 4K7YA 1HTIA 1VHCA 5LHEA 4HN4A 3M47A 1A5CA 2CU0A 2CLFA 4WQ6A 3SSJA 2TMDA 2C0AA 1A53A 2P10A 4ADSA 2CLMA 4NNCA 1KBIA 1KFJA 1OFOA 4LRTA 2C3ZA 3RLUA 4JICA 3NQAA 5G4EA 1G4SA 2C19A 4EF8A 3I7SA 3P80A 3G8RA 1QCWA 5C55A 2WNZA 4ORMA 2J6XA 2X16A 3HBLA 4UR8A 4UMBA 1S5VA 2BTMA 3W6YA 4HSNA 1KFBA 1TJPA 3IGSA 4BR1A 1RD5A 2CZDA 4FXRA 3GYEA 1EEPA 4PC8A 3O07A 4IX2A 1PHQA 1G6CA 3NZRA 1GG0A 3O16A 2R14A 5D32A 3TSDA 4LC8A 2ATSA 3RF9A 2DZTA 2GJNA 1LDCA 3MP3A 1BWLA 2QR6A 1L6WA 3BARA 3NQFA 4AH7A 4IXXA 3EB2A 5K7JA 1LTDA 3EX3A 5DY2A 3OHIA 5H2ZA 3NGJA 1H7NA 3KAOA 2YW4A 3W2KA 4EVZA 2NZLA 6ALDA 4O16A 7TIMA 1W3NA 5IM51 1UB3A 2ZDRA 4IQLA 1F5ZA 1PL9A 1K02A 1TPUA 3I68A 2RDUA 4CCCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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