4WY0 | Genus

Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	257
structure length	247
Chain Sequence	EMQKGGVIMDVVNAEQAKIAEAAGAVAVMALERGVARMADPTVIEEVMNAVSIPVMAVRIGHYVEARVLEALGVDYIDESEVLTPADEEFHIDKRQFTVPFVCGCRDLGEAARRIAEGASMLRTKGEPGTGNIVEAVRHMRKVNAQIRKVVNMSEDELVAEAKQLGAPVEVLREIKRLGRLPVVNFAAGGVTTPADAALMMHLGADGVFVGSGIFKSENPEKYARAIVEATTHYEDYELIAHLSKGL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__412040626898253__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__412040626898253__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4WY0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__412040626898253__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"412040626898253","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4WY0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__412040626898253__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00c19729f7b62267dd66f8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00c19729f7b62267dd66f8/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Geobacillus kaustophilus (strain hta426)
publication title	Structural Investigation into the Mechanism of the Synthase Subunit of PLPS rcsb
molecule keywords	Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
total genus	90
structure length	247
sequence length	257
chains with identical sequence	C, E, G, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2014-11-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4wy0A00

1FWNA 4N6EA 1TB3A 1OYBA 1G4PA 2Q8LA 4NJKA 3LBMA 5AHNA 3TW7A 4UFKA 5DY2A 3W7CA 4WD0A 2HMCA 4A21A 3NYZA 4I7UA 3C2EA 2E1DA 3AJXA 4E2DA 2A4AA 4R34A 1H1ZA 4PTNA 1JUKA 2QCNA 5LNVA 4L4LA 4GJ1A 1EP3A 1OX6A 2YR1A 2NUXA 3QPYA 4MY8A 1PIIA 3TAOA 1W5MA 1IIHA 2JKEA 1JRCA 6TIMA 1W3IA 3MHGA 1KBIA 3DH7A 3B4UA 2AQWA 2QCDA 3M43A 1G7UA 3P84A 1ONRA 1OK4A 4JX6A 4JY8A 2Y89A 4K7YA 5KTLA 4S2CA 3WK0A 3A9IA 1SQ7A 4BWLA 1H7OA 4RLIA 3EXRA 3PG9A 3OHIA 2CLKA 1IXQA 2QDGA 2WJZA 1E51A 3LTSA 3P7YA 1LRTA 1WOBA 1QMLA 2QCFA 1F7BA 3T4CA 4QSHA 4LS0A 3TQ0A 3QW3A 4UC5A 4UUIA 2G5WA 3PULA 3CC1A 3S5OA 1O4UA 1MEHA 4HT3A 1JCNA 1H7WA 2NXGA 1T99A 3TR2A 4IMCA 2JKAA 4HNVA 3A5FA 4O15A 4XKYA 2QCLA 4M7SA 1GOXA 3HMJG 3DI0A 4X22A 4X3ZA 2X16A 4UTIA 1F6PA 3OVPA 2RDUA 1YPFA 4Q4KA 4AXKA 2CU0A 4GFSA 2DJLA 1EX5A 3S42A 1OFOA 3TFXA 1SPQA 1Q45A 1R2TA 3G1SA 1G4EA 3AO0A 4Q32A 2JKPA 3W76A 3PY2A 3A23A 3FKRA 1QO2A 3LCFA 1VQTA 4UR7A 1DL3A 4E0CA 4UXDA 3IRDA 3N3MA 1QNVA 2FQIA 4ZVJA 4A2SA 4WXYA 3NQCA 3L2IA 1LP6A 2YYTA 4O53A 2CZDA 4AMAA 1TPUA 1GWJA 3OVRA 4Y90A 1XBYA 4IWWA 4GNJA 2DZWA 1N7KA 1UASA 2WNQA 2VKZG 5K2ZA 1Q6LA 3ATYA 4FX7A 2DZXA 3P67A 4UTLA 3LXCA 3VCRA 2Y88A 3B06A 4HIBA 4JTHA 3JR2A 3GYEA 1O60A 2EAWA 3NEVA 5HULA 3CB8A 3OA3A 3O06A 2QF7A 3GR8A 3TC6A 3P81A 2VEIA 2NX1A 1I45A 3P5ZA 3E12A 3S1VA 1RD5A 3NAVA 4BI7A 3W88A 2UV8G 1C29A 1YPIA 3W72A 3MO7A 3BW3A 3G3MA 1LLZA 4FNRA 2E5BA 2B7NA 3G8RA 4JTIA 2C6QA 1XBVA 4MZYA 1PHWA 3R89A 4PL2A 2Y7DA 4XUGA 1EPXA 5TIMA 1KM1A 2A7PA 3B05A 2VFDA 1G4SA 3MP3A 3ABOA 1O95A 2ABAA 2CLIA 3B0PA 2Y7GA 4U28A 2B4GA 4U4MA 3W1XA 4DF0A 2ZYFA 1I2NA 3GAKA 4LY8A 5L9FA 4JYDA 3G3DA 2QCDB 4NNBA 5G4EA 2P10A 5DN1A 3BO9A 2YXGA 3C52A 3M5VA 3O6CA 1QWGA 1JUBA 3ZWTA 3DFSA 1OFQA 2VFEA 3LV5A 3EWYA 4JNMA 2J6XA 5T26A 3DU0A 3O07A 3A5VA 5TQLA 5HQEA 1W54A 3CEUA 3I6RA 4O57A 4LVDA 1KTBA 2PC4A 1MZHA 3LCXA 1WDWA 4N4PA 5KINA 2F84A 3VNDA 3MUXA 5EL1A 8TIMA 4LT9A 1JVNA 4IJBA 1H7XA 3STFA 4YCPA 4MPQA 1L6WA 2A7RA 1LDCA 1K03A 3LERA 3B03A 3K30A 5HWMA 3PB2A 4XKYB 3KX6A 3LCIA 4IX0A 4IMEA 2EHHA 3RMJA 4NXKA 3C2OA 3HG2A 3O6YX 2NUWA 3NL3A 3W84A 4DPPA 3KAOA 4HN4A 3HGJA 4QQ3A 4O4VA 2C14A 1FXQA 1J5TA 4UTMA 2ZZ5A 3HOJA 3M1ZA 3C2VA 2GOUA 4N9CA 3TJLA 3ZWSA 4NNAA 4PC8A 5G1YA 4DF1A 1D9EA 5K7JA 1T0OA 2O7QA 1XBZA 1YYAA 4ORMA 1OVDA 1PCWA 5DXYA 4O19A 5F4WA 1IIGA 3DI1A 5I3GA 1VHCA 4EF8A 2WO5A 3FEMA 3LCGA 4UTUA 5FF3A 2GQ9A 3SJ3A 4UMCA 4CCCA 2WPBA 1EIXA 4IX2A 5MHBA 4XBKA 3TKFA 2YCEA 3W07A 1YLVA 3PBUA 2E09A 1NAL1 1TPEA 1VS1A 4IMGA 3IGUA 3STGA 1SZNA 5D33A 2P1FA 5BRBA 1H5YA 1TTJA 4GBUA 4BFAA 3B04A 1W5NA 4O54A 3NA8A 4EIVA 1I2RA 1XDMA 2HTMA 2B7PA 3M6YA 2JGYA 5FF2A 3L66A 3M9YA 1VRDA 4CNOA 3CLMA 1YDOA 1X7FA 4Y8FA 3W1NA 4MLRA 1IXOA 5DY3A 2YGYA 1ZY9A 4HNTA 5D2YA 4TIMA 5G2WA 1TRIA 4JTKA 3O8AA 3W2LA 2YX0A 1Q3NA 5FF4A 3NZ1A 2RKXA 1T8XA 2I1OA 2OZ0A 1P0NA 3MYOA 3LCHA 4RZ4A 2P0OA 2VENA 4GWEA 2H90A 1EA0A 4K7VA 5AN7A 3QYQA 4I7WA 1TPDA 1LORA 1KM6A 1OF6A 3TW6A 3OEXA 2NV2A 4PL1A 2O7SA 1OFAA 1W5QA 1ZJIA 5DXXA 2C19A 3W23A 1EUNA 1KM2A 3DZ1A 3W7HA 1X1OA 2A6LA 1KFBA 3WK3A 3QRHA 3SGUA 2PRMA 4OU1A 4BF9A 1LYXA 5DCDA 1GJPA 4DO6A 4H6KA 4A3UA 2DZPA 3U8GA 3W74A 3L9CA 2Y61A 3CEPA 1HO4A 1A53A 3QQ0A 3E49A 1LZOA 1L6SA 2FB2A 3GIYA 4HPXA 5DCEA 4O50A 5L6UA 4Q33A 1JJKA 1YTEA 3UWYA 3KFTA 4TO8A 2J27A 1HUVA 2CLEA 5KMYA 4UTTA 1KFLA 2ISWA 1R47A 4IQLA 2ZZ3A 3W7OA 4AH7A 2WNNA 3F4NA 5I3KA 1H61A 3LGEA 2NX9A 2EPHA 2GUUA 1SO4A 4OT7A 5EA9A 3STEA 4AF0A 3HIJA 1XUUA 1B4EA 3BG5A 3LLFA 5GVJA 4ZQOA 1VZWA 1VH7A 4JIPA 3BLFA 4LVGA 4YL2A 1OJXA 1RR2A 4OGZA 3V75A 1A5SA 3CWOX 3NQAA 4UNLA 4O13A 4IPIA 3CM4A 3NR0A 4FEZA 3WJZA 1PVNA 3MHUA 3PG8A 5CZJA 2DZTA 1I4NA 2PRLA 4MFDA 3ANYA 2C13A 4UNKA 5AHLA 5AHMA 1F74A 2PE4A 3WJXA 3N73A 3L5LA 4AB4A 3MHFA 1SZGA 4I7VA 1SU5A 4TMCA 3NQMA 1RV8A 4IOTA 4O8RA 4OBTA 4S1FA 5AOUA 1LCOA 3BGGA 1SO3A 2VELA 1NF7A 3GAYA 3LDVA 2H6RA 1YTKA 3L68A 3FLUA 5CZ0A 4IXXA 3W7GA 3EKLA 2CLMA 1TPWA 5I3HA 1VR6A 1HG3A 5CPOA 3LXBA 1QOQA 2QUUA 3W1RA 3HBLA 1YADA 3ZFHA 2YW3A 3T40A 3IEBA 3TCEA 3WFAA 3FS2A 2E6DA 1QPRA 4O10A 4LC8A 1K7XA 1LLWA 2V2HA 1I8JA 4IXHA 2OT1A 3C2FA 1MO0A 1DVJA 1V5XA 3DKJA 2FTPA 4C1LA 2QAPA 1TPFA 2ZRWA 5CKSA 2FDSA 1F73A 4JY9A 1FWRA 4O17A 1WV2A 1TIMA 1ZAJA 3UNDA 3CPRA 1K02A 4LRTA 1QO5A 3DBPA 4LS2A 4GXMA 5G1TA 5D30A 4WY0A 2A85A 3OG3A 1AW1A 4DO4A 2WSQA 4OWGA 1B3OA 1GVOA 4KFOA 4BI6A 4D2JA 3GXNA 1XXXA 3UWWA 4JTJA 3M16A 1SFJA 3MYPA 4OE7A 4DO5A 4EF9A 4XTDA 5F2IA 2V5LA 3H54A 3Q58A 3W7IA 3PS7A 4FX8A 3UPWA 4Z0SA 5HWNA 4AEOA 1MXSA 3MWAA 1Q6OA 3L0KA 3W22A 5FESA 3PSVA 4K39A 5H91A 3W1QA 1NFBA 1W37A 4PFMA 1VCVA 1M6JA 2ZZ6A 5G2HA 3GLCA 4FF7A 1K7FA 3FJ6A 1GYNA 3USBA 2ZFAA 3UZ5A 5BOOA 1H7PA 4RZ6A 2GJNA 5LKYA 2EKCA 2VEPA 2W6RA 3LTPA 4E2BA 4M7TA 2Q3OA 4N6FA 4DBDA 1YDVA 3TX9A 1TMHA 4ZL1A 3B8DA 3W75A 1PHQA 4LOCA 2NLIA 5HUOA 3UXAA 4NZJA 1I2QA 1V7YA 3KHJA 1GTHA 3S0CA 1Y0EA 4AF0B 1NF0A 1J2WA 2ABBA 1YTDA 3IVTA 1KBJA 2JBMA 5AYXA 5HMSA 1TJPA 1XM3A 1KFEA 3LI0A 1M7PA 1MSSA 3FA5A 5D2VA 4G1KA 3LRMA 4JDBA 3NQGA 4N9DA 4YCOA 3HGRA 3EX6A 1ICPA 3NQ2A 4O18A 4CCDA 3N9SA 3E02A 4GRSA 3TQKA 1OABA 1EUAA 2CLHA 3BK0A 4RV8A 2VFFA 4RXGA 5C6MA 3G0SA 4QJ1A 5AC8A 4ML9A 2NZLA 2OJPA 3MI2A 4TMBA 1JCLA 3KVKA 3EKZA 3TH6A 5K4XA 1VGAA 3TMLA 1H7RA 1BKSA 3U6WA 4FX6M 4M6VA 5D32A 4IPJA 1JCMP 3S1WA 4MY9A 4MUZA 3HF3A 3A22A 5CZSA 3MI3A 3NOEA 5HR6A 3PBVA 1VC4A 3W7RA 4XWUA 2C15A 3SFKA 4N2YA 5K3VA 3TMQA 1ZFJA 3BGJA 1XFBA 1DJQA 3N19B 4NXSA 3G0UA 3HG5A 4YWIA 1A5BA 4UTHA 1EP1A 4PH6A 4CLMA 2Z0IA 5J5DA 3H55A 3TFCA 5ABTA 4QNEA 5F1VA 2CFFA 4GC4A 2X1SA 2BTMA 7TIMA 3DENA 3E96A 4GUGA 1A5AA 4JYFA 1GVRA 2V0TA 4JTEA 4O1DA 1AMKA 3GDTA 4AAJA 5J5RA 3MJYA 3BVJA 2QUTA 2QAFA 2BX7A 3EWUA 5AHEA 3DFTA 1ZAIA 5EPDA 1VJIA 3PR2A 2CW6A 4UCGA 4Z1BA 4MVAA 5G4WA 3NQ8A 3S8HA 5LNWA 2OX1A 1QOPA 1X6UA 2QCHA 3M5YA 2PRHA 1JQVA 3EEGA 3NQ6A 1K8YA 3EX3A 5TBOA 1JQXA 4WY0B 3G1DA 3NPXA 4CQAA 4GUJA 3GR7A 2FIQA 2WQPA 1KTNA 3W7DA 1RQBA 3UZJA 3UQNA 1VLIA 1LOSA 2PURA 5CSSA 4UMBA 1AL8A 2AGKA 1PV8A 4QIUA 4K38A 3QMSA 3R2GA 1Z44A 3P8IA 2FLIA 3TUUA 1RPXA 3UWVA 2Y70A 4DEFA 3W2KA 3DFPA 1R2RA 4UTWC 2FJKA 5LNSA 5K9CA 2WSYA 4WOZA 1Z41A 1JR1A 4RZ5A 2YZRA 3NL5A 3GB6A 2Y7EA 5I3IA 2ZRXA 4ORIA 1KV5A 3TSDA 4MYAA 5G2IA 3IVUA 3G1AA 3NM1A 3S5NA 3SGZA 4ZQNA 3G1YA 1CI1A 4P2VA 4Y96A 1UUMA 4DQWA 3I7QA 3CWNA 4ADSA 3GK0A 1U5JA 1GYLA 3F03K 1QAPA 3M5ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UJP A;  2G96 A;  5EMM A;  4JTU A;  4H9M A;  1L2Q A;  5I6S A;  2ZA1 A;  1TVL A;  2ZC8 A;  3EOL A;  4IFK A;  2WCG A;  1GG1 A;  4EOU A;  3GVR A;  4Y9O A;  5HQL A;  5FKY A;  2ZID A;  2YXO A;  4JTR A;  3M47 A;  2CLL A;  1RP8 A;  4JD4 A;  7XIM A;  4O1F A;  3GXD A;  5A5W A;  2WMG A;  4XSM A;  4CNP A;  1KM0 A;  2D22 A;  4JEJ A;  7PTD A;  3LCL A;  2CHN A;  4NQ1 A;  3R5E A;  4X2P A;  4Y9P A;  3S2L A;  1E6P A;  4G8T A;  3PTQ A;  1WDP A;  3P62 A;  4JS3 A;  4BK9 A;  2WCS A;  4B3L A;  3E5B A;  1X6L A;  3DHF A;  4TX6 A;  3LQG A;  3B97 A;  2DIJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4WY0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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