4WY0F

Pdxs (g. stearothermophilus) co-crystallized with r5p in the presence of ammonia.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
256
structure length
247
Chain Sequence
MQKGGVIMDVVNAEQAKIAEAAGAVAVMALERVGVARMADPTVIEEVMNAVSIPVMAVRIGHYVEARVLEALGVDYIDESEVLTPADEEFHIDKRQFTVPFVCGCRDLGEAARRIAEGASMLRTKGEPGTGNIVEAVRHMRKVNAQIRKVVNMSEDELVAEAKQLGAPVEVLREIKRLGRLPVVNFAAGGVTTPADAALMMHLGADGVFVGSGIFKSENPEKYARAIVEATTHYEDYELIAHLSKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Investigation into the Mechanism of the Synthase Subunit of PLPS
rcsb
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus (strain hta426)
total genus 89
structure length 247
sequence length 256
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
F PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wy0F00
1FY6A 2R91A 4ONVA 1YXYA 5KTLA 2CU0A 4MPQA 1UUOA 2FIQA 4HIBA 1D9EA 4Z1AA 3LHYA 2JBMA 3FLUA 3O63A 3TXVA 1OYBA 2QUTA 3NAVA 4AVFA 4JTJA 1T99A 1TQJA 5D03A 1ZALA 3L65A 3NZ1A 1TTIA 4LOCA 3TDFA 5DBTA 3U8GA 4KWWA 1WYIA 4A2SA 5LHEA 3W1MA 5DCBA 4DO6A 4JTLA 1YADA 3HQ1A 1FX6A 3FKKA 3E9AA 4GXMA 1N7KA 1KM5A 1U5JA 2Z2UA 4DO4A 5DBUA 3GKFA 3BARA 4NT0A 1WBJA 3JRKA 3W3OA 3LTSA 3G0UA 3BV4A 4UMAA 5HWMA 1SPQA 2QDGA 3W71A 2QCDA 3FA5A 5CKSA 4ADTA 2CZ5A 4YXGA 4MZ8A 1K8XA 1GQNA 2QCEA 3N2MA 3NPXA 4YCOA 3VE9A 4JTHA 4FX6M 4I7WA 3GXPA 4Z0SA 3BG5A 3W07A 3O05A 3TXZA 3MI2A 1NF7A 3KRZA 4O0ZA 1X7FA 3SSJA 1LTDA 3HGSA 3W7HA 2OX1A 4I7VA 1TPC1 1JQXA 2H6RA 2GUUA 2FJKA 5LKYA 1XCFA 3PF3A 2QR6A 4NNAA 2BXVA 3W7QA 3ZS4A 2V0TA 2HS6A 1LROA 4JTKA 4Q32A 2I14A 3GNNA 4N9BA 3HBLA 2C18A 1WX0A 2FDSA 2PRMA 3OVRA 3PB0A 4UTMA 3P82A 3SECA 3UY7A 3MO7A 4TMBA 2QCDB 3DKJA 3E12A 2YR1A 3H53A 4MFEA 3RU6A 5DELA 3SW6A 3NQVA 1RQHA 1FCUA 3FJ6A 4C1LA 4G1KA 3IEBA 3UPWA 1SSDA 1AMKA 1R2RA 1ZAJA 1W1ZA 3KVLA 3HG2A 2H8XA 4ZL1A 3C4UA 3W1XA 2NWRA 4O1DA 3MP3A 4PTNA 4WY0B 3TK7A 2Y7DA 4DEFA 4UTHA 5HUPA 5TIMA 3BW2A 2ABAA 1A5AA 1K03A 2B0MA 4WJEA 4IWWA 1YPFA 3W23A 4WX2A 1V7YA 3PB2A 4Y90A 2PE4A 1CX9A 3W7MA 2C0AA 1NAL1 3FKRA 5DLCA 2NXIA 1W56A 5TBOA 3DFTA 4QIUA 3QRHA 4TR9A 4RCXA 3TROA 2BX7A 1JULA 2Q8LA 3MP5A 1C9DA 1PS9A 2PRHA 2CZDA 3L5LA 5D02A 3BLIA 3TJLA 3N19B 1JUEA 1P4CA 3M44A 2NUYA 4HNNA 1U83A 1H50A 1IXPA 4ZMGA 3O6CA 5HR7A 2ZZ7A 5LNRA 1R47A 4IMFA 2EAWA 4NZJA 4NUWA 3FYPA 4UFIA 2AGKA 3ATZA 3PG9A 1B4EA 2DZVA 3U6WA 3W7NA 2EF9A 5E93A 3EWWA 1VPXA 4R53A 1YDVA 2WSRA 1L6SA 3M6YA 2X2GA 1OK4A 3A5VA 1YTDA 2XFWA 3DHDA 1VRDA 1W3TA 4ZQPA 5KZMA 4JIQA 4HSNA 1JUKA 1VH7A 2QJGA 2V2HA 4K37A 3TC6A 3G1SA 3L0KA 3R13A 1Z44A 4JTTA 3OA3A 2Y7FA 3W1PA 3M43A 4A3UA 5FESA 4TIMA 1L9WA 3EWYA 2R94A 5TQLA 1F6KA 1TO3A 3QMTA 3RF9A 4IJBA 2G95A 5EA9A 1MZHA 3ABSA 1HG3A 3P61A 3R5EA 4FXRA 5F4XA 4JDYA 3QM3A 3USBA 3GNDA 5C5YA 1ZHAA 5DXXA 2ZZ6A 3QMSA 4N6EA 2J9YA 3G8RA 2QJIA 5EYWA 2ATMA 4BR1A 1Z42A 4JGDA 3ATYA 4XZ9A 2E6YA 3I7QA 3JR2A 4H4IA 3S5OA 2A1YA 2QCLA 4LVGA 2VEIA 3NQ6A 1GJPA 4LV4A 1UASA 1JCNA 1SZFA 5CPMA 3I7RA 3DAQA 4LW7A 5A8GA 5U4NA 1SSGA 4O4WA 3TW7A 3LBCA 3PG8A 2RDTA 3W88A 1GPWA 3KRUA 3NPWA 4MY8A 1X8FA 1X6UA 3EX6A 4XTIA 4O53A 2FFCA 3S0CA 2YW4A 4OV4A 5HINA 2B7OA 1TPVA 1KM4A 1PV8A 2EPHA 3DGRA 4AB4A 5C6MA 3HB9A 4AMAA 5D2VA 1O95A 5CG7A 3FEMA 5L6UA 4MOZA 5D04C 2G5WA 1WAUA 1KBIA 1QCWA 3M16A 2GPTA 1DHPA 1OX6A 4P61A 3W9ZA 1RD5A 2QCCA 1IF2A 2QUUA 2CLIA 3P67A 2Z6IA 1EB3A 1H61A 2ZZ5A 1ME9A 3DFNA 3FYOA 4O18A 1TV8A 5U7SA 4CNOA 5K2ZA 2Y88A 3R89A 4LS2A 4HHPA 2CZEA 4ZQOA 2V2CA 4JNMA 2WO5A 2VFFA 4KFPA 3ABOA 3TQKA 1VYPX 5HQEA 2E1DA 1TTJA 4UTTA 2B4GA 4ZQRA 1TPWA 5AHMA 1Q3NA 4O14A 3RMJA 4NJKA 4UTIA 2CLMA 4IX0A 3IIXA 3UZJA 3T7VA 3QW4B 2RDUA 5HULA 3VFLA 4EIVA 4CCDA 3HMJG 2QAFA 4O1CA 1B9BA 1WBHA 4K39A 4OT7A 3C2OA 2HTMA 4NX5A 3HG5A 4NJJA 2DZSA 2EKCA 3B0PA 2VFEA 3THQA 1KLYA 6ALDA 3NQFA 4O15A 1PL9A 3TUUA 2NLIA 1RQBA 3V1PA 3TQVA 3W1LA 1SW0A 2A21A 5CPLA 3TCEA 2EHHA 3LX9A 1T0OA 4M19A 3TKFA 1ICPA 3T55A 4JY9A 4TU1A 3G1VA 3HGRA 4GUFA 3EWBX 1FWSA 5LNSA 2A7PA 2QEZA 3FIGA 1LLZA 1I45A 3L67A 1FDYA 4RX0A 2ZZ2A 3CM4A 3A24A 2CLLA 2VEMA 1XFBA 5AB3A 5BW6A 1AG1O 5D05A 4H6KA 1OF8A 1VR6A 4UMBA 3P5ZA 2Z6JA 1ZY9A 3PULA 1FQ0A 1SU5A 4R7JA 5G2WA 4JY8A 1I2PA 4OGZA 3O07A 3TW6A 1LZOA 3DBPA 3EKLA 1OJXA 3BGGA 4K38A 3STEA 3W74A 3IGUA 2C1HA 3UXDA 3A21A 2Y85A 4O28A 3GXTA 4RZ4A 1SO6A 3MUXA 3S1XA 3RLVA 4M7TA 4IQLA 4XUGA 1F6PA 4KFOA 1QOQA 3LTYA 3W1TA 5AFDA 2OT1A 1T8XA 4YMZA 3TAOA 4LUJA 2P1FA 4LUIA 4RZ5A 1XBYA 4MLJA 4LVBA 1VJIA 3G1AA 4BI6A 1KFCA 4AHPA 4TMCA 2Y6ZA 3P84A 4UXDA 2NUWA 5HUOA 3W87A 3GX9A 4O52A 3LCGA 4UTKA 1OHLA 1BKSA 4NVTA 2OJPA 2OMAA 5I3HA 1SZEA 2Y63A 1PHQA 2BSLA 3CLMA 1M6JA 1A50A 3THAA 3TV8A 3BW3A 4FNTA 5G1TA 3WJYA 5C2XA 1I2RA 5DN1A 2FB3A 3G0SA 2YW3A 1L6WA 1LRTA 3CB8A 4JEQA 1P5BA 1FBAA 1KV5A 3UZ5A 2RKXA 3M41A 5GVJA 1QPRA 1HO1A 3F4WA 3NQ8A 3MBFA 1VGAA 3CEUA 3W7PA 2B7NA 4LTSA 4NXSA 1WQ5A 3MWAA 3G1XA 1Q6LA 2WNZA 3R12A 1WA3A 2E09A 3GK0A 3UYCA 4HN4A 3NDOA 4RKAA 1YLVA 4S2CA 1TTPA 3L0GA 3C0JA 1W5PA 3NG3A 1XBZA 2FPVA 2X1RA 1AW5A 5D37A 2VKZG 1FWNA 3BPWA 4UC5A 2ISWA 3IRDA 5G4EA 4N4PA 4RZ6A 4MFDA 4QJ1A 3PUEA 3W1QA 3CEPA 1JCXA 1P1XA 3GR7A 4D2JA 3PSVA 3W2KA 1D3HA 1LORA 1RZMA 3EXRA 1JJKA 1W37A 2E6AA 5CZTA 4UFHA 3A22A 3EKZA 4M7SA 4O0KA 1R2TA 2ZZ3A 2Y62A 2ZYFA 4PL1A 2A6LA 3L2IA 1SFJA 4QISA 3EEGA 4IXXA 3KAOA 1ME8A 1HUVA 5CZJA 1LBMA 1XUUA 2DJLA 3P81A 3B05A 1S5VA 1SZNA 3ZWSA 1E51A 6TIMA 4O50A 2X30A 1Q6RA 1GVQA 1C29A 3N2XA 1IXOA 3LHZA 1QPOA 1LLWA 2QDHA 3C2FA 2YX0A 1H51A 4RLIA 1CI1A 2F84A 1A53A 3F4NA 1YDOA 3O8AA 1TSIA 5EY5A 1LRQA 3LM7A 2V5BA 1Z48A 1EIXA 1KBJA 5KMYA 3EX1A 4BWLC 3KXQA 2Y89A 4IPIA 2A2IA 2ISSA 3WJSA 2ZRYA 4FNPA 4Y9AA 1VHNA 2TYSA 5FF7A 2ZRXA 4DBEA 2TRSA 3L5AA 2PCQA 1G6CA 1R2SA 4AWSA 1X1OA 5K4ZA 3HF3A 5DY2A 2C19A 4LU0A 4I7UA 3Q37A 3QEZA 1EPXA 3CHVA 4GRSA 1JCLA 5KITA 4JTFA 2E6DA 4NX0A 4QITA 2RH9A 1A5CA 4UTUA 2CLOA 1H7OA 3NL2A 3QC3A 2PC4A 5F1UA 4BI7A 1TPUA 4PEKA 4C1KA 1N55A 1OYAA 1SW7A 3EX2A 3EWUA 3S5NA 4Z1CA 4J9JA 3AO0A 1KFEA 4IUOA 3B8DA 5G1YA 5L9FA 4PODA 1NFBA 1QNVA 2HS8A 1LBLA 4N02A 3QZEA 3WK1A 3NQEA 3G1DA 3LV6A 1H63A 3EX4A 3M5YA 3O06A 3P5YA 2J9XA 5SWUA 1EP3A 5FF2A 3UQNA 1ML1A 2EGZA 1XDMA 1PHWA 5AHIA 5C54A 2V30A 2Q8ZA 3S8HA 3NQGA 2FTPA 4JIPA 1K8YA 2DZPA 3MMTA 5AYYA 1UB3A 2YGYA 4XBSA 3BG3A 1XBXA 1KW1A 4NJGA 2GVGA 5HR6A 4UR7A 1GVSA 1YTKA 1Q6QA 4IMDA 1G7UA 4PA8A 1GG1A 1H1YA 1SO4A 3L68A 1V5XA 2A4AA 2B7QA 2ALDA 3STCA 3IIPA 1EWDA 2JKEA 1F73A 4ZVJA 1OK6A 1P0KA 1AL7A 2ZRZA 2DU2A 1LOLA 2ZDRA 1SR9A 2XN0A 1LBFA 1UBSA 2DJXA 5KZEA 3DKLA 3LI1A 2QCNA 3NZRA 4NNCA 5F4SA 3KVKA 1VCVA 1ZAIA 1HTIA 1DOSA 5LNVA 4GWEA 3G8EA 2NWSA 4K7YA 3G0XA 3W7GA 1J5TA 3DI0A 1W0MA 4MKNA 1JCJA 3PBYA 4N6FA 4EVZA 4E2BA 3CTLA 3NPVA 2YYUA 1H7WA 4LV9A 1QOPA 3WJZA 3C2EA 3N9RA 1TRDA 3KHJA 4XQ6A 1W5MA 2Y61A 5AHFA 1JVNA 3DH7A 4ORMA 4DF2A 5LGZA 3NQ2A 3R8RA 5K7JA 4JTSA 4WOZA 3DFOA 1XI3A 3UD6A 3FS2A 4MIMA 3KX6A 4UUIA 3W75A 4DQWA 4CQAA 2QF7A 4L4MA 1XC4A 2VFGA 1Y0EA 4EOUA 2WOQA 3QPYA 1GVRA 4UR8A 2WNQA 3I7SA 4MYAA 2H3DA 1KFBA 1TRIA 4O17A 1VYSX 2FLIA 3RLUA 3V75A 1H7RA 3EX3A 3W7LA 4ORIA 3KFTA 4WQ6A 1F2JA 4FB7A 3LTPA 4A29A 2V2DA 3P60A 1TV5A 2BTMA 1T96A 3E02A 1LCOA 3NXFA 3IVSA 1KM6A 2E77A 1WDWA 4PH6A 4OWGA 3KVMA 3T44A 3P8IA 4FNRA 5BMWA 4HSOA 1GT8A 2BZNA 2GVLA 4NJIA 3HG4A 4ML9A 3DENA 3N73A 1NF0A 5D2YA 1A5SA 1OFDA 5CGQA 3LXBA 3C56A 4JX5A 2A7NA 4CNNA 3OG3A 4S1FA 2RFGA 3EB2A 2WQPA 4IOTA 2Z1BA 5IM51 4M5PA 1Z41A 3UWQA 1K7EA 3FOKA 3MHUA 3MYOA 1H7NA 3R2GA 3BLEA 5F2GA 4RK8A 5K9DA 1F05A 1VQTA 3LGEA 3NO5A 1GVOA 1DJQA 1R46A 2D73A 1MEHA 3C2RA 1RQEA 2X16A 3MP4A 3W1UA 4Z08A 5BRBA 1IIHA 1KTCA 2AQWA 2VENA 2ZA3A 2FB2A 4CLMA 4BK9A 1IIGA 3NA8A 5HMSA 4OV9A 3UNDA 3QSTA 4NU7A 4ADUA 3LDVA 5BOOA 5CSSA 4UCGA 4UNLA 4Y8FA 3I68A 3CPRA 2C6QA 1OFRA 2CW6A 1W31A 4JX4A 4OHQA 3O15A 1OYCA 1W5QA 3C52A 2XN1A 3GDTA 1S3HA 2QCGA 3PS7A 1TTQA 4BFAA 5EL1A 4X9SA 2R8WA 1IGSA 3A23A 2RDWA 2WNNA 1EWEA 4MY9A 3ABQA 4MZ1A 1QO5A 2O7QA 4ZZ9A 1X1ZA 3TE9A 2LLEA 3L9CA 5A5WA 2NX3A 2DZUA 3O16A 4P2VA 4MJMA 3I6RA 5LNUA 2ZA2A 3W72A 4JDBA 2GJLA 4Q4KA 3S1UA 1RPXA 3GDLA 4AHOA 1FDJA 3OVQA 4LC8A 4GUGA 2Y70A 3HPXA 4LRSA 1DJNA 1SUXA 3VE7A 2WV8A 3NPUA 4KWVA 1PCWA 2TSYA 1W3IA 4LRTA 1R30A 3LHTA 4QQ3A 1G67A 4LVAA 4RJEA 1K02A 1KM2A 4RR4A 1O5KA 3PY2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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