4X0V | Genus

Total Genus 151

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	151
sequence length	375
structure length	375
Chain Sequence	RAKIPEIKIASRKIPNNAALKFVKDMKIGWNLGNTFDAAFENPSFDDELLYETAWCGVKTTKQMIDTVKKAGFNTIRIPVSWHNHVTGSNFTISKRWLDRVQQVVDYAMKNKMYVIINIHHDIMPGYYYPNSQHLQTSIKYVKSIWTQVATRFKNYNDHLIFEAVNEPRLTGSRFEWWLDMNNPECRDAVEAINKLNQVFVDTVRSTGGNNVSRYLMVPGYAAAPEYVLIDEFKIPKDSSKYKNRIIISVHAYRPYNFALQAPNESGSVSEWSVNSEESRRDIDYFMDKLYDKFVSKGIPVVIGEFGARDKNGNLQSRVEFAAYYVRAARARGITCCWWDNNAFYGNGENFGLLDRKTLKWVYPEIVSAMMKYAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0801850822713077__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0801850822713077__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4X0V/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0801850822713077__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0801850822713077","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4X0V/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0801850822713077__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00c286127ba3e1f221c500/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00c286127ba3e1f221c500/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00c286127ba3e1f221c500/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00c286127ba3e1f221c500/pdb.gz): 1009 ms

reading 375 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

375 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 43 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:374});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Caldicellulosiruptor sp. f32
publication title	Structural Insights into the Substrate Specificity of a Glycoside Hydrolase Family 5 Lichenase from Caldicellulosiruptor sp. F32 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-1,3-1,4-glucanase
total genus	151
structure length	375
sequence length	375
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 3.2.1.-:
pdb deposition date	2014-11-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4x0vA00

5A8MA 3AS0A 3SUUA 4AW7A 1V6WA 1CGUA 3WNLA 4NF7A 5ABEA 1XSKA 4Z2JA 4U5KA 1W3LA 3OLDA 3SCPA 4GINA 2ZOXA 4AWEA 4GQQA 3W53A 1VENA 2JALA 2VX6A 3MMDA 1K9FA 5GNYA 4U3AA 1J0IA 1UZ1A 4XZWA 5D9NA 3GNPA 3CMJA 1OCQA 3WL1A 2WHMA 4HZ6A 2X05A 5CZKA 1VFOA 1LQ0A 1MFUA 4KRUA 4QLKA 2WCSA 4PMUA 1SFSA 3WBEA 3SCRA 4J3SA 4N0RA 1EHNA 3K4DA 1SYTA 3N13A 4PMYA 1UQYA 1HJVA 4R5EA 1QOXA 4PBGA 1UYQA 3GXFA 1V02A 5CPSA 4HU0A 5FOOA 2C8NA 3RDKA 5A8QA 4M82A 4MPKA 1JGIA 1HL8A 2CPUA 3ALFA 1KWGA 2J77A 1X1NA 3SCNA 4F79A 3CBWA 1LWHA 2EQDA 2YBUA 5BWFA 4HOZA 3AICA 2YJQA 1VEOA 2J7HA 5DEZA 4ACZB 1B90A 2V38A 1VB9A 2DT0A 3SUWA 1B0IA 2OSYA 2Y8KA 5AY7A 4LQ1A 5KZ6A 1UD4A 4JHOA 4CN1A 5A6MA 3KZSA 2JIEA 1GNXA 1JG9A 3ARXA 1XSJA 1P6WA 1H49A 4AZIA 1OGSA 1CLVA 3AXXA 3AHTA 4HA3A 5DO8A 3EMZA 5A6JA 4HPGA 3SCSA 2PWGA 4JCLA 2O9TA 4W93A 3PN8A 1E73M 2XVPA 2ZUUA 3L4UA 4AIOA 2VQTA 4BA0A 2XM1A 1EHAA 4KRTA 2W61A 1HT6A 1E6XM 1N82A 3AIWA 2EPKX 1JXKA 3M6DA 4K68A 4E2OA 3VD7A 2VUYA 1JF6A 3L4TA 1KXVA 2ZUVA 2J47A 2BVTA 4WKFA 3ZO9A 1GQLA 3L2LA 2FHBA 1W9VA 2GJXB 4PMXA 1TE1A 1JIBA 1WE5A 4WSJA 3IANA 5A1AA 2E4TA 4UFJA 4D1JA 3F5LA 4FF5A 1UA3A 3O6AA 3K8KA 3MKKA 1C3FA 2WC7A 3A6OA 1VJZA 3RIKA 3GH4A 1GOQA 1XV8A 1VFMA 1TR1A 1E4NA 1WDPA 3QHOA 1CEOA 3AI0A 5LYRA 4UOQA 1FH9A 1VBUA 1NWRA 4HZ7A 3U7VA 3WD2A 2E9MA 4AZGA 3F5JA 1KWKA 4PMVA 3ZMRA 3PZVA 1E56A 4CD4A 2BY2A 2DT1A 2DT3A 3W81A 3CUHA 3PZ9A 3LPFA 5HDRA 1CECA 4MB1A 2WZEA 2VJXA 2BY3A 1SR0A 4S3JA 1NARA 1DP0A 3VMNA 4IPLA 3U57A 3EDFA 3A3HA 1J0ZA 3IJ7A 4CN6A 4JAWA 3OIHA 4Z2LA 4J3WA 2OWCA 5HXMA 1HN1A 2XFYA 3UEQA 2D0GA 3NUKA 3NJ3A 4A3HA 5D8ZA 3WUBA 1S46A 2CEQA 1KGUA 5EFFA 2OLHA 1BVZA 1OINA 5GPRA 3PZQA 3CZGA 4U2YA 1BYCA 5DT7A 4J27A 1C7SA 2CNCA 4CUCA 1MQRA 3M7SA 3HMCA 2E8YA 1ISVA 3THDA 3EDJA 4YHGA 1F4AA 4P7LA 2YA0A 1H11A 2UY4A 3PZUA 4MAVA 1VEMA 4UFHA 1EH9A 1GPFA 3ARPA 2MANA 2ZXQA 4W88A 3WFLA 1LWJA 2V3DA 2VRQA 1QHOA 3IJ9A 4W7UA 1M53A 2X1IA 4CU7A 1ODZA 2EXOA 3VINA 1E0VA 5BRPA 2WMJA 4XZBA 3PHAA 2CITA 1XH1A 3VIJA 3FNDA 2W62A 1GQKA 4Q7NA 3RM8A 4PMDA 1HKIA 4ZE5A 3RM4A 4Y7EA 3AIEA 4FLOA 3W25A 4BQ2A 5D9PA 3VDHA 3MSDA 1L0PA 3T2PA 3QGVA 2VOTA 2Y8VA 2XGBA 3WBAA 1BHGA 4PTMA 1XCWA 1VIWA 1US3A 3IAPA 4EK7A 3K8LA 1H1NA 4AD5A 3BCFA 1KQZA 3WDJA 1FA2A 4Z2KA 2QPSA 1QI0A 1TA3A 5FD0A 3L4WA 3WF3A 1KFWA 1NOUA 3ECQA 4CD8A 1IT0A 3VGGA 1JFXA 3KL5A 4CVWA 4U3CA 3DHPA 2ZWYA 3MMWA 1LLOA 4DWSB 2HVMA 1J0YA 1LL6A 5E6ZA 1C7TA 4XUYA 1RP8A 3DHUA 3WY1A 3ZSTA 1E6PA 4QCEA 4CGTA 2DPEA 1WZLA 4BQ3A 4OJYA 2NT1A 4Z2GA 4PSRA 1QNPA 3AS1A 1XH2A 3KL0A 1HX0A 1J0HA 1CGWA 6CGTA 3KE0A 4RE4A 1XCXA 4AZ6A 3SCUA 1B3YA 4JL1A 4EE9A 2PBOA 1WAWA 1JAEA 4J28A 3VX0A 4MB3A 3SCOA 2W4XA 3RCNA 2CERA 2ZIDA 4TVCA 2GK1B 1B9ZA 1GCYA 2XYLA 2V5DA 2YL9A 2BHZA 4D72A 1QI3A 4B9YA 1RD6A 1RPKA 4MJ2A 5D9MA 2WKLA 2G8ZA 1CGVA 1QHZA 3AOFA 3JUGA 1HKKA 4PMNA 3OBAA 4XX6A 3WH8A 3UG4A 1ISXA 3CMGA 1WKYA 1BYBA 3BSHA 1JYWA 3WQVA 1M01A 3T0BA 4YPJA 3WD1A 2PF0A 1B3XA 3CZKA 4ZFMA 1EO7A 3RM9A 5D8WA 5DMYA 2O9PA 1UD8A 1KBBA 4H8HA 5C70A 3S6TA 3WH7A 1E55A 1V3MA 3VIHA 1C92A 2EPOA 1E6SM 1KXHA 4NSBA 3EDDA 1E1FA 1KCKA 4GXPA 3BAXA 4CVUA 4CCCA 4H04A 4ACZA 1G0CA 2ZX6A 3CTTA 2QLYA 4MAZA 4QAWA 5TD4A 4PUEA 1Q6FA 3N12A 1V6UA 2FDMA 1DTUA 5EB8A 3CIVA 2UY5A 4Q22A 4DWSC 4U5IA 3WQ6A 1WPCA 4TVUA 3VM7A 3EDEA 4WIWA 3N9KA 1UWIA 4JIEA 2Y5EA 3RO8A 3S2CA 5AC4A 3VDCA 1IZJA 2J75A 2E9LA 2JF6A 5I79A 4M80A 4TX6A 3A4AA 1E15A 1HP4A 2VURA 1UA7A 2E0PA 1MWOA 3PZMA 1E6NA 1V6YA 3WQ4A 3MUAA 1EOMA 5AYBA 4AC1X 2CETA 3KL3A 1RP9A 4W86A 1B3ZA 1JZ8A 1BPLB 1VBRA 3VILA 4UFLA 1XYZA 4MNJA 3T08A 3GTNA 3AROA 3CHEA 3W26A 4QLLA 8A3HA 3WDIA 4PEEA 1E6QM 2VQUA 1TVNA 5IFPA 3WH9A 2WZHA 3HN3A 3T0AA 3O2LA 3WUFA 2QMKA 3GBEA 4JKLA 2GJXA 5GNZA 2XM2A 2CHNA 4GO9A 4MADA 1VF8A 1PBGA 3ZT5A 2VCCA 2PI6A 2W66A 4W5ZA 1R87A 2DH2A 3W38A 2WVTA 2PWEA 1OB0A 4IPNB 1ZL1A 1CYGA 4EKJA 4GI6A 4LX4A 1UD6A 4KWUA 4AEEA 3MV01 1E9LA 1CGYA 5I3DA 4PYSA 2CHOA 2XSAA 4URIA 1HJSA 3QOMA 3CUFA 2Y24A 1OIMA 2DDXA 5JBEA 1TA3B 3ZJ6A 2GVYA 1AQ0A 2V3GA 3AIRA 1WO2A 1GONA 1PX4A 3E1F1 2WMIA 2JF7A 3AMDA 4P8VA 2WHKA 1TMQA 2X0YA 1UR9A 4OBRA 1EDQA 3CO4A 4JL2A 1CGXA 1YHTA 2WSKA 2CKSA 3PZIA 5A95A 5DT5A 2QHAA 5AC5A 1QBAA 1JFHA 3FY1A 3WEMA 2J74A 3VD3A 1JF5A 2QF8A 1WB0A 1CTNA 4YN5A 4W89A 2XFRA 5I24A 2XVGA 1US2A 1CDGA 2Z1KA 4DUXA 5E6YA 4C7DA 3WNOA 5AYIA 3II1A 2A3CA 5CGTA 1MVYA 4CU8A 1E3ZA 3VNZA 1EDGA 5HOSA 1K6AA 5E0CA 2JEPA 5I78A 2VX5A 3T09A 2AMGA 2X0HA 3I3BA 1KR1A 3CH9A 3L4VA 3VIIA 3N15A 1EXPA 4PCTA 4AY1A 3W0KA 1MYRA 4JCMA 5LA0A 5FKYA 3GNOA 1AVAA 4D6FA 2RGLA 4Z2HA 2OSWA 3WD4A 4U33A 3PBGA 4JFSA 3OA5A 1EIBA 4N42A 2PWFA 1E40A 3WDQA 4NRRA 1PEZA 1EQCA 3M07A 1ZBWA 1QNOA 4FLQA 3VU2A 3LPGA 4JKMA 2YL8A 5ECUA 2D24A 1V6VA 4W87A 1CNVA 1JZ6A 1ESWA 4P8WA 2QMJA 3IAQA 3ZSSA 1QW8A 1UH3A 2BNJA 1XD1A 3LPPA 6TAAA 3AIUA 2EEXA 1XC6A 3F5KA 3VDAA 1E3XA 2DSZA 5CPTA 1GOMA 4PCSA 4B3KA 1OM0A 2OYKA 4DM1A 1AQHA 2FHCA 2GDVA 1LG1A 1GOIA 4D6IA 2ZXAA 4GPNA 3UG5A 3WUGA 2WPGA 3TOPA 2ZX9A 2ZUSA 4GKLA 3D5HA 1JAKA 5F7UA 3VPLA 1B2YA 5A3HA 3WNNA 1J0JA 1DWIM 2VMFA 3W24A 1UWTA 4E4PA 2DIEA 1QW9A 2D0FA 4AD4A 1U2YA 4LGXA 1CXEA 2OSXA 2BY0A 4DWSA 1TUXA 3L4ZA 1HXJA 4UCFA 5I0DA 3MO4A 1BYAA 1UWUA 1UKPA 1CXLA 3CHFA 2BHYA 3WNMA 3PTMA 3ZJ8A 1JZ5A 1FFRA 3VVGA 4JZ5A 2ZX8A 1HP5A 1E70M 4NZCA 2VO5A 4BCEA 2ZE0A 1KGXA 1JD9A 2WCGA 3CGTA 2ZXDA 1VFUA 5C71A 1ZB5A 4LYQA 2YKKA 4W7VA 3BLPX 1EO5A 3M46A 1VJSA 1M7XA 1ZBVA 2J78A 2RGMA 5I5RA 9CGTA 3RPMA 4WJXA 5BXTA 2WHJA 4W8AA 2GK1A 3T2QA 3FN9A 4HTYA 4M81A 1PIGA 5CPQA 1GOKA 2E9BA 4BF7A 4UZSA 1CIUA 1FH8A 2XFFA 1RH9A 1W9PA 1UOKA 1JZ3A 4H41A 2WMIB 1WZKA 4GQRA 3UG3A 3PTKA 2NSXA 1QBBA 2XWEA 2DGAA 2D3LA 4OZOA 4AZ5A 4LYPA 1UH2A 2EO7A 1X6NA 4MTVA 3GH7A 1G9HA 3GXDA 5JIWA 3VMPA 3VDBA 2JEQA 4M56A 3SUTA 1W9XA 3CZJA 1CLXA 2PC8A 2X8RA 3OLEA 1D2KA 2A3AA 3BAKA 2CYGA 3L4XA 1GJWA 1MW1A 4HOWA 1Z32X 2YLAA 3AYRA 3SUSA 1GOWA 2W63A 1JDCA 1WZMA 3ZJ7A 1HJQA 2FHFA 1LL7A 4HPHA 2WCAA 4MNMA 3AHVA 4UQCA 1QHPA 2OWXA 3LMYA 4PMOA 3I3DA 2NT0A 3BLKA 3PZOA 1V6XA 4JFUA 2DH3A 1UKSA 3VIFA 1BTCA 3ZOAA 4YHEA 2VZVA 5I2UA 2EBNA 4TX8A 4F66A 3FXYA 1BG9A 2VVNA 1HNYA 4J3XA 5CGMA 4XV0A 1UR1A 3AJ7A 3CPUA 3VGEA 1BYDA 5IHRA 1OD8A 3B9EA 3NSXA 3O9NA 2HISA 5KEZA 4HOXA 1FHDA 4AMCA 1J12A 3AXHA 1E71M 1MW3A 1XHGA 2O9RA 1TVPA 4P7OA 2BS9A 3AXIA 1UG6A 1W91A 2ZICA 3AZRA 1QPKA 1CZ1A 2DT2A 3EDKA 4HMCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ITC A;  2CCR A;  4A4A A;  4D6E A;  1PJ9 A;  1DED A;  3PZT A;  1C8Y A;  1FHL A;  4IIS A;  1GVI A;  1HVX A;  4MB4 A;  1XRV A;  3QOK A;  4ZXO A;  5LA2 A;  1BGA A;  1G94 A;  1JL8 A;  2F2H A;  1H3G A;  3N18 A;  4B16 A;  5DF0 A;  3TA9 A;  3VGF A;  1VEP A;  3TTO A;  5CG0 A;  5CLW A;  4ZEN A;  1GW1 A;  4E8C A;  2J7D A;  4R27 A;  4NI3 A;  4W8B A;  2WC4 A;  1KCL A;  2WBG A;  4HZ8 A;  1NOW A;  4OKD A;  3NSM A;  2GSJ A;  4OBS A;  4MDP A;  3WIJ A;  3APG A;  3BGA A;  2AOS A;  3SCT A;  2GJP A;  3ZM8 A;  4B9Z A;  2BHU A;  3MUZ 1;  1W32 A;  1PAM A;  4C7F A;  5EFD A;  2YDS A;  2J25 A;  1VAH A;  1UHV A;  1HVQ A;  3AHZ A;  2WYS A;  5A6S A;  2CXG A;  4LYR A;  4D71 A;  5A2B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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4X0VA

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Chain Sequence

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