4XKYA

Structure of dihydrodipicolinate synthase from the commensal bacterium bacteroides thetaiotaomicron at 2.1 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
NIPLSGIIPPLVTPLLDDDVLDVEGLQRLIEHLIAGGVHALFVLGTTGESQSLSYKLRMEMIKNTCRIAKGRLPVLVCISDTSIVESVNLACLAADHGADAVVSAPPYYFATGQPELIEFYEHLLPQLPLPLFLYNMPTHTKVNFAPATIQRIAENPGVIGFKDSSANTVYFQSVMYAMKDNPDFSMLVGPEEIMAESVLLGAHGGVNGGANMFPELYVSLYNAAKNADMEEVRRLQEKVMQISATIYTVGQHGSSYLKGLKCALSLLGICSDYVAAPFHKFEQRERGKIWKALQNLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title Structure of dihydrodipicolinate synthase from the commensal bacterium Bacteroides thetaiotaomicron at 2.1 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 110
structure length 298
sequence length 298
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4xkyA00
3NZRA 4UTIA 3IIOA 1QR7A 5DLCA 1OX5A 3Q58A 4GUIA 5LHEA 1WA3A 4E2BA 3ZR4A 2A6LA 2W6RA 4ZQNA 4MKNA 4RV8A 2EAWA 3LTPA 5D03A 2Z6JA 4UTWC 4JX6A 2GQAA 2TRSA 1S3HA 2F7FA 4JS3A 4UTWA 1XDMA 1S5TA 2QCNA 4FIQA 3GK0A 5CZTA 3UWWA 3BPWA 3E02A 3PY2A 5E1QA 3MP4A 4TMBA 2J27A 1VZWA 5K2ZA 1SO6A 3BGGA 5LNWA 4RKAA 2FB3A 3GDKA 1VLWA 3O15A 4DELA 1VRDA 2J6XA 3IEBA 4NX5A 1Q6QA 2RFGA 4FX7A 4LOCA 4X22A 3FFSA 4N9DA 3B0UX 4JXCA 3PR2A 1XBVA 3MI2A 3FS2A 3NOEA 4LNYA 3KX6A 2NUXA 4Z08A 4CCCA 1W3IA 4WY0F 4XZ9A 3DFOA 3CC1A 1KFKA 3LHZA 3DXIA 5G2IA 1CI1A 1TTPA 4PTNA 2DZSA 4KFOA 2QCMA 4FX8A 3WJXA 3SGUA 3P8JA 2G97A 4A2SA 4OBTA 4O0ZA 3UWVA 2PRMA 4UUIA 1W5PA 3UPBA 2WSYA 4LTSA 1B4EA 2PRHA 4FIRA 4JEQA 5I3HA 1XFBA 3G1FA 2ZA3A 4O15A 3PSVA 4BWLC 1H1ZA 4JTSA 3TSDA 3QEZA 4ICNA 3MWAA 4JTIA 1W3TA 5D2XA 1PVNA 4QQ3A 2V30A 4N9EA 4BWLA 1J2WA 2BX7A 1T96A 1EP3A 2FDSA 1ZENA 1N55A 1KM4A 3W83A 4ZQPA 1JR1A 5FI8A 1H5YA 1WDWA 3W87A 1FUYA 3LLFA 1Q6LA 3W7DA 3PWAA 4O1AA 1XL9A 4JY9A 3HPZA 2C13A 3CWOX 1N7KA 3NQMA 3B0VC 5AYYA 3FLUA 4O13A 3EWYA 2DJXA 4RJEA 4EVZA 5MHBA 3B04A 4A21A 1OYBA 2BWGA 4YL2A 4UMAA 3GAYA 2C6QA 4JTUA 1M7OA 2J88A 3S42A 3UWZA 3OHIA 3P80A 5DCDA 1A50A 1RD5A 1H61A 1R47A 1XI3A 2FQIA 1B4KA 1TO3A 2PE4A 1G4PA 1OABA 3TH6A 5I3GA 1F7BA 1I2PA 3W7GA 3W7JA 4HNNA 4Q33A 3CEPA 3YPIA 1AW2A 1DORA 2E09A 4Z1CA 1OK6A 3N2MA 4UTUA 1TB3A 4NU7A 3G0XA 3PBUA 4KKXA 3GX9A 5SWUA 3UXAA 3W7NA 4WUIA 5EBUA 2H3DA 4FXSA 3P84A 4M6PA 3GDMA 1SSDA 3TQVA 3ABQA 4LUJA 1VPXA 3BG3A 2H8XA 4WD0A 5DXYA 5FEZA 1JJKA 5HR6A 2EHHA 3EWZA 2GQ9A 5FF7A 2ISSA 5CPNA 4JN6A 4A29A 3PS7A 1THFD 5AC6A 3BO9A 4R33A 3LERA 1A5AA 1QMLA 1L9WA 1K8XA 3BW2A 3DFQA 4QITA 3C4UA 2VFGA 3UY7A 1WX0A 4O1CA 3P82A 4WXZA 1WBHA 4GNJA 4LT9A 3HGOA 1WOBA 2EKCA 1VQTA 4ADSA 5H2ZA 3GIYA 3EXTA 3GKAA 3W1NA 4XKYA 2NZLA 3W88A 1HO1A 5AHLA 4LS2A 5AC7A 3WJWA 3DBPA 4GUJA 3O16A 2Y7FA 1JRCA 3THAA 1IXOA 1Y0EA 4QNWA 3EX3A 5G5IA 2PCQA 1B3OA 3IGSA 3ATZA 4Y6GA 4PC8A 4E38A 1NVMA 2PRLA 3LRKA 4M6VA 4NJGA 1AW5A 1EPXA 4O54A 2XN1A 1K7EA 5DCBA 5DBUA 3I7QA 3NR0A 2WPBA 4JICA 4UTMA 3ZWSA 3LV5A 3EWBX 4HN4A 1XC4A 4Z1DA 3S1WA 1KBIA 4UR7A 1TCDA 5KSWA 4M6QA 3VKJA 3STCA 3C2EA 1NAL1 3NGJA 1LORA 5FEXA 4Q4KA 4WX2A 5CZ0A 1M5WA 4LVDA 3FYOA 2ZA1A 1JUEA 1ONRA 2ATSA 3P62A 4NZJA 1VCFA 1IIGA 2X16A 3P5YA 2V9DA 4AHQA 1CW2A 1SU5A 1TPUA 4C1LA 3G22A 3HG5A 3G1VA 5FF4A 3U8GA 1ME7A 1VYSX 2ISVA 1EX5A 1A5BA 3W3OA 1TTQA 4ZZ9A 1I2RA 2ZZ1A 1GWJA 3NL3A 4K38A 3P67A 3S0CA 3L0GA 3DFSA 5LNSA 3LRLA 4WXYA 3R2GA 5CGQA 4UTTC 3PBVA 3W2MA 5U7SA 3P81A 3L0NA 2HS8A 3NPVA 4UTTA 2E6AA 3GNNA 5G4EA 3WJYA 1EIXA 3Q94A 4Z1BA 1I45A 4PH6A 2C1HA 3EB2A 5G4WA 4H6KA 2WQPA 2E6YA 1W31A 3NQAA 4IXXA 4K36A 3PB0A 4NQ1A 4TX9A 1GG0A 4DPQA 4BI6A 2Z0IA 4LS0A 4I9AA 5TIMA 4CQAA 3HG3A 2QCFA 3KRUA 2ZA2A 1BTMA 3OVRA 1W56A 3MBFA 3QZEA 3W1UA 1SFJA 1D3HA 4NZFA 1XUZA 3O06A 4ALDA 1H62A 3L68A 4JTJA 1SSGA 1RVGA 3W07A 2YZRA 3MBDA 2B0MA 5LNRA 2VFHA 3LCXA 4XUGA 2CFFA 3ABOA 4EIVA 1O60A 4FB7A 4IMEA 3A9IA 3IVTA 2QCDB 2A7RA 2Y62A 1VCVA 1YDNA 3PG8A 3OBKA 3N2XA 2Y61A 2Y7EA 5C54A 3U2OA 5AFDA 2Z2UA 3QF0A 3B0PA 5LGXA 2E5BA 2P1FA 2Y7DA 3FIGA 4FXRA 3DENA 1HO4A 1RPXA 4NVTA 4O0KA 1FCBA 3GVGA 1O94A 2WNNA 3NL6A 4HNTA 3NQFA 4ONVA 3MYPA 1OK4A 2QUVA 5BRBA 3GXTA 4Y9AA 1H1YA 1LBFA 1ZALA 3CTLA 4CLMA 3UWUA 4ZL1A 4U4MA 4IPJA 4EF9A 1T0OA 4IQLA 3VCRA 4O4VA 3S1XA 1H7RA 4O1DA 3SJ3A 2ZZ2A 3TCEA 1PV8A 3NVTA 3P5ZA 2C15A 2WSRA 4HIBA 3A23A 1TIMA 4O28A 1JUKA 3KAOA 3W70A 4QSHA 1H7OA 2X30A 4LWWA 1SQ7A 3S5NA 1NF0A 2J9XA 3TKFA 3LHWA 1KLZA 4LRTA 1GZGA 1DOSA 1LCOA 2DZUA 3M1ZA 2C3ZA 5L9FA 2ZCGA 2QCHA 4LUIA 1FY6A 2X1SA 3TSBA 3W72A 2VEPA 3ABRA 4HHPA 4LY8A 2C0AA 4WQ6A 2FIQA 2WV8A 3HGRA 3EX6A 3MYOA 4S1FA 4IXHA 3C2VA 3HO8A 2AQWA 1JVNA 1KFLA 4K7YA 4LRSA 4IOTA 4C1KA 1KFEA 4JDBA 5H91A 2GVGA 7TIMA 1KTCA 2B4GA 5GVJA 3IIZA 3OVQA 4RZ5A 1LLWA 1RV8A 3WJZA 4Y96A 3A22A 1WYIA 1I4NA 1JUBA 2GJLA 3GDRA 3L5AA 5I3IA 4RR4A 3S5OA 3TAOA 3W7PA 1GOXA 3LCGA 5TBOA 3TC7A 3B05A 4JIQA 1MZHA 6TIMA 2X2GA 1QAPA 2QJIA 2HSAA 1NFBA 3HF3A 4XWUA 3O1NA 3EEGA 1PS9A 2GVLA 3GAKA 2RHGA 2E5CA 1LRQA 3BLEA 3DFNA 1JCXA 3NQ2A 1OFOA 2TPSA 3DZ1A 3QMRA 5AB3A 2DZTA 4TIMA 2ZZ6A 3CEUA 3GZ3A 1IXQA 1GVOA 1MEIA 2ZYFA 5HUPA 5AN7A 3AJXA 3N73A 1A5CA 2A7PA 2A6NA 1SW7A 1Z42A 5CZSA 1R2SA 4I7UA 3V1PA 1CX9A 3W1RA 3STEA 2I9EA 2YXGA 1YPFA 3G18A 3SFKA 2NX9A 2HS6A 4G1KA 4ML9A 3M5VA 4JD4A 4OE7A 1MO0A 3MJYA 4XBSA 3U6WA 3S1UA 1TREA 3IVSA 1W37A 4R34A 5AHMA 4N6FA 2BZNA 3T78A 3BG5A 5F1UA 1XXXA 4MFDA 3A24A 4N9CA 1FWTA 1FQ0A 2W79A 1LYXA 3OA3A 1IXNA 2FFCA 5L6UA 5CPOA 3QW3A 2R8WA 1OFEA 5LHFA 4LVAA 2IQTA 2OJPA 4NUWA 1OHLA 3NO5A 3NXFA 2QJHA 3TNOA 1O95A 2Y89A 3QFEA 4YCOA 1ICPA 4UFJA 1WOAA 5CPLA 3W7IA 4E2DA 4XTDA 3WK0A 1JQXA 1SO3A 3R8RA 3PG9A 3CU2A 4IX0A 4O8RA 1WV2A 4EOUA 3W76A 2WJZA 2YCEA 3DHFA 1ME8A 2ZDRA 3A5FA 5J5DA 4NNBA 3FJ6A 5DY2A 3G1XA 4UC5A 3F4WA 3G0SA 4AMAA 3FEMA 4IMDA 2NXHA 4ORIA 4HKPA 1ZAIA 3ZFHA 1PCKA 2FB2A 1VCGA 4FNQA 5HNRA 4O1BA 3B03A 3O6YX 4CNOA 4DEFA 3M16A 4EF8A 1NF7A 2A7NA 4M7SA 1MEHA 2ZZ3A 2Y6ZA 3W2JA 1JCNA 2P0OA 4NJIA 3NQDA 1QPNA 2OZ0A 2QR6A 3JS3A 3VE7A 4GRSA 1UBSA 1S5VA 1KM6A 3LOTA 3G0UA 3PM6A 2R14A 2XN0A 1X6UA 2CLKA 2EGZA 3FA5A 4CCEA 4I7WA 2R91A 1R2RA 3M5XA 1SUXA 3H53A 4Q32A 4O17A 1DQWA 4PL2A 5FEPA 4AF0B 3QSTA 2CU0A 3HJZA 4CNPA 1OFRA 1X1ZA 4MIMA 2J24A 2ZRYA 2GVJA 3EXRA 3NPXA 3FKKA 1QOQA 3QPZA 4UMCA 4FF7A 2V0TA 3NM1A 1W3NA 1PHQA 5AHIA 5F4WA 1F2JA 2C19A 2I14A 4KFNA 3C6CA 3LCWA 4N9BA 1G4TA 1L6SA 3W7HA 4HSOA 2ZRZA 3C61A 2ZZ5A 3IGXA 4Y8FA 3ABSA 3NQGA 2AAMA 1QO5A 4O50A 1Q3NA 3C0JA 3WK2A 5D2TA 1T99A 5F2MA 2EPHA 4YWIA 3HG2A 3P74A 3W84A 1F6KA 3TQ0A 5D09A 3JRKA 2DZVA 2VEIA 3KHJA 3TMQA 2OCZA 1U5JA 3CIWA 2Y63A 2X1TA 3DAQA 2ABBA 5HWMA 1QOPA 4AB4A 4UIOA 3C3NA 2WNZA 3TJLA 3UWQA 5I3JA 2CZEA 2WSQA 5I3FA 1QPOA 3GXPA 1OG0A 4LU0A 4P61A 1F76A 4NJHA 4O11A 1L6YA 3D0CA 5AYZA 1MEWA 1QDSA 4B5NA 4GWEA 2QAPA 3TJXA 4MYXA 3MI3A 2A85A 4JYFA 1TTIA 2CLFA 2H3BA 1OFPA 3C2FA 1BKSA 2AGKA 1GVFA 4OHQA 4RLIA 4AAJA 2E6FA 1QFEA 3P61A 2J9YA 3F1QA 3O07A 2WNQA 4FHAA 4GBUA 3W1PA 1P0KA 5KMYA 1HFBA 5DXXA 5A5WA 4M5PA 3S5YA 2OT0A 2A4AA 2ZFAA 3E12A 3MMTA 3KRZA 3I68A 4IPIA 1FDZA 2PC4A 3M0ZA 3N34A 1EB3A 3ANYA 1EWDA 2VFDA 2JBMA 2WKJA 3FYPA 4BF9A 1RQBA 3GLCA 4UTKA 1OX4A 3W7RA 2YFNA 2H6RA 5LNUA 4JTHA 1TPWA 3IRDA 2QJGA 1SO5A 4RXFA 5D33A 3LTSA 3WFAA 4P2VA 2YPIA 3L0KA 1LROA 4PCFA 1U83A 3LXCA 3TW7A 5DN1A 1VHNA 4OT7A 1VS1A 1R2TA 1PE1A 4O16A 2E68A 4DBDA 3OG3A 4TR9A 1ICSA 3W2UA 1DBTA 3W1QA 1TRIA 1G4EA 1ZAHA 4HT3A 1F05A 1SR9A 4JTGA 2O7QA 3MP5A 1KM2A 3GR7A 4QAIA 1GEQA 1GTHA 1G7UA 5D05A 4S2BA 3QPYA 3EXSA 3EKZA 4MZYA 2JGQA 3OVPA 1R46A 3C2OA 3SY5A 3M7WA 3W2LA 4DF1A 2FPYA 2V81A 3HIJA 3PUEA 2QCDA 4AWSA 1GPWA 3QQ0A 3TU9A 2CLEA 3GNDA 3PVFA 4NXSA 1V5XA 1LM1A 4NX0A 1FWNA 4PL1A 5TQLA 4MOZA 1FDJA 4O53A 3BARA 4O19A 1J4EA 2ZZ4A 3UNDA 1EWEA 3HPSA 3M6YA 5C55A 1QCWA 3HOJA 5EA9A 1KM3A 4ADTA 1OX4B 1OYCA 1I2QA 2WOQA 1KM0A 8TIMA 1DVJA 1QO2A 3NQ6A 5F2IA 3LI0A 2CZFA 2QCLA 2ZTKA 4K8EA 5KINA 2CWNA 5CZJA 1ME9A 4O12A 2GPTA 3GDTA 2XFWA 4AEOA 1VYPX 3DKJA 5AC8A 4N4QA 1FWWA 3PUDA 3WJSA 1OFAA 3KVLA 1KBJA 2CLLA 3SGZA 2E1DA 3ATYA 3G1DA 3HQ1A 3C52A 2JKAA 2QCGA 5CSSA 1GQNA 3W22A 1R30A 4O10A 3W1XA 3G8RA 3THQA 1Q6RA 3G1YA 3M47A 1C9DA 5CPMA 3T7VA 4MY8A 3W23A 3I6RA 4RZ6A 5FF3A 5ABTA 2NWRA 3M9YA 3RK8A 5F2LA 3SSJA 1HL2A 4IX2A 4GC4A 4DO6A 3CT7A 2NX1A 4XBKA 4GE8A 4GUFA 1ALDA 3QMTA 3W1AA 3L67A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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