4XTD | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	408
structure length	377
Chain Sequence	TYRDAATALEHLATYAEKDGLSVEQLMGGLTYNDFLVLPGKIDFPSSEVVLSSRLTKKITLNAPFVSSPMDTVTEADMAIHMALLGGIGIIHHNCTAEEQAEMVRRVKKYENPLASKSADTKQLLCGAAIGTIDADRQRLAMLVEAGLDVVVLDSSQGNSVFQINMIKWIKETFPDLQVIAGNVVTREQAASLIHAGADGLRIGMGSGSICITQEVMACGRPQGTAVYNVTQFANQFGVPCIADGGVQNIGHITKAIALGASTVMMGGMLAGTTESPGEYFFRGKRLKTYRGMGSIDAMQKLVAQGVTGSVIDKGSIKKYIPYLYNGLQHSCQDIGVRSLVEFREKVDSGSVRFEFRTPSAQLEGGVHNLHSYERLF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__423398262899012__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__423398262899012__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4XTD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__423398262899012__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"423398262899012","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4XTD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__423398262899012__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00cf5badecd8c5636aec83/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00cf5badecd8c5636aec83/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00cf5badecd8c5636aec83/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00cf5badecd8c5636aec83/pdb.gz): 85 ms

reading 377 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

377 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:376});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Ashbya gossypii (strain atcc 10895 / cbs 109.51 / fgsc 9923 / nrrl y-1056)
publication title	Increased riboflavin production by manipulation of inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in Ashbya gossypii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosph
total genus	122
structure length	377
sequence length	408
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2015-01-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4xtdA00

1OFBA 4XZ9A 3RLUA 3BO9A 4A22A 4NNCA 2DP3A 4OHQA 1O95A 3WJYA 3QYQA 3C0JA 3PAJA 4IPIA 2OX1A 1I2QA 3DHDA 2WKJA 4NUWA 4N4QA 2DORA 4TIMA 4O28A 3A5VA 4MIMA 3RF9A 2FDSA 1NAL1 2RDWA 3E02A 5KSWA 1VLIA 3O6YX 4K37A 3C2OA 2WQPA 2GVJA 2ISVA 2NV2A 4C1KA 4XKYA 3UXAA 3DZ1A 2ZA3A 1PV8A 4X2RA 4M7TA 1W31A 5AHEA 4XBSA 3H55A 3VE7A 3WJZA 2X2GA 3U6WA 4FNUA 5TIMA 2ZZ3A 4BK9A 1LOQA 3TUUA 1AL8A 1JCLA 2YYUA 1H7XA 1OHLA 1VQTA 1XI3A 3NZRA 5EY5A 5BMXA 1RD5A 2J9YA 4P61A 4UTJA 4LS1A 3KRUA 2ZRYA 3N19B 1UUOA 1Y0EA 5HWJA 1LDCA 1LRTA 1DBTA 4JTGA 3W9ZA 1IIHA 2H3DA 5A5WA 1YTDA 1QFEA 3W2LA 4FEZA 1ICQA 4IGHA 2CLKA 1IF2A 5HR7A 2E6DA 3BG5A 4WOQA 1LOLA 3QQ1A 1U83A 2ZZ4A 3P80A 4GE8A 3NDOA 3EWZA 4GJ1A 5FF4A 4UMBA 5D33A 1MEWA 3LV6A 1GJPA 5D05A 4BI6A 1KW1A 5HUOA 4ZQNA 1IXQA 5D03A 3NQ6A 4MKNA 3CM4A 1TV8A 1R30A 4DO5A 3S1VA 4FHAA 1ML1A 3Q94A 3R5EA 3NPWA 4DELA 3M5ZA 4CCDA 1KFBA 1E51A 3HBLA 5LNUA 2RKXA 3PR2A 3W3OA 4BI5A 3HMJG 1TPDA 1VRDA 1OFRA 2D73A 1DORA 1BKSA 1O5KA 3C61A 5CPLA 4PTNA 4ZVJA 1EP3A 4UFMA 3W2KA 1JVNA 1S5TA 2CLLA 1GPWA 3G1VA 4JNMA 3G1SA 1XBVA 1MEHA 1AMKA 1H61A 3UXDA 3B8DA 3KOFA 2NX1A 1YDNA 2QUVA 4FX6M 1GVOA 3C2RA 2FFCA 4EIVA 2Y62A 4GFSA 2ZZ1A 1Q6LA 3TAKA 3NOEA 2JKAA 1TPFA 4HN4A 4UMAA 4M6VA 3UQNA 2CLOA 2FQIA 5G2IA 4ADUA 5LGZA 2C13A 4C1LA 4IWWA 2A0NA 1EP1A 4UNLA 4KWVA 4YCPA 1C29A 1AK5A 4Q32A 1KM6A 4QJ1A 2R8WA 4UTIA 1IGSA 4WZHA 5FF0A 3A24A 2C16A 3EEGA 1NF0A 2WNQA 1PIIA 1OF6A 2WSRA 4AVFA 3JRKA 4UTWA 3MI2A 4K7VA 1GQNA 1KM5A 4NJKA 4UTKA 3LCHA 3W6YA 1FQ0A 5K3VA 3W76A 3FIGA 1GTEA 2Y7FA 2WNNA 2GVLA 1W5MA 2DZXA 1L2UA 1H1YA 2JKEA 3LHVA 1GZGA 2ZRZA 5D2YA 5K9XA 2UV8G 3B05A 4FNTA 2ZRXA 4FX7A 3G0UA 3QSTA 2J27A 4DBDA 4CQAA 4MZ1A 1VCFA 4RJEA 3NR0A 2BZNA 4X22A 2Y89A 2PURA 3OVPA 2FJKA 3P60A 5HULA 3W2NA 2X1SA 4UFKA 4K7YA 2QUUA 1T0OA 3TXVA 4JXCA 4A2RA 5T26A 3C2VA 3IIXA 5EYWA 3GXPA 4ORIA 5LZLA 1VHCA 5BMWA 3LTSA 1JUBA 1IIGA 4ONVA 4JR5A 1XDMA 4N9CA 1FWRA 5HINA 1ICPA 3L66A 3NNTA 4HIBA 1THFD 1HUVA 3S0CA 3WJWA 5I3GA 3EX3A 4ZQPA 1FBAA 4DO4A 2OT0A 2TMDA 3LCLA 3LGEA 3U8GA 2OZ0A 4E2DA 2Y61A 1M7PA 3B0PA 4LTSA 3BK0A 1SFJA 3MI3A 4HHPA 3L5MA 2E77A 1ME8A 3LI0A 4QQ3A 2A7NA 3TQVA 4UTMA 5I3IA 1SW0A 1QR7A 3BW3A 3AO0A 2HS6A 3LXBA 2Q3RA 4O1BA 5I3HA 5KINA 1FCVA 3W7LA 2B7PA 1D3GA 4WXZA 3NA8A 3N14A 2G5WA 3UZJA 4M6PA 4Y9AA 3M47A 1K3UA 2V2CA 1VYSX 3ZWSA 1S5VA 4QAIA 1X1ZA 1KTCA 1N55A 1W37A 2CLHA 1FXQA 4XWUA 5AN7A 3CTLA 2YXGA 4MLRA 4Z08A 1F6KA 1JRCA 4LVBA 1QDSA 2Y6ZA 3G1YA 4ZL1A 3FJLA 4UTTC 3M6YA 4O14A 3PM6A 4O8RA 3K30A 5G5IA 3W1PA 1OYAA 2R94A 3RU6A 3STGA 4O0KA 4OV4A 1DKWA 4M5PA 3LDVA 1U5JA 3WK3A 5KZEA 3BLEA 1TPEA 3UWUA 4OGZA 2AQWA 5FEXA 4OBTA 4JTJA 3CIWA 4EF8A 3G0XA 3O06A 4GUHA 2NUXA 5GVJA 4LY8A 1ZY9A 2WV8A 2NUWA 1NVMA 1EEPA 1F76A 1MO0A 1S3HA 3GXTA 2H6RA 5DLCA 3LTPA 1YADA 2DZTA 3S8HA 3G1AA 3SGUA 4BFAA 3L5LA 1RVGA 3VCRA 1L6WA 3SGZA 4GWEA 3TFCA 1VC4A 2QCMA 3GR8A 1SO4A 4Z1BA 4LU0A 4LS2A 3ATZA 1WV2A 2V2DA 1OF8A 2J9XA 1B9BA 2ZFAA 2GJNA 3RLVA 5LSMA 1LOSA 3LLFA 2KZHA 4AAJA 2ZBTA 1F2JA 1QPOA 1TTPA 4FB7A 1SQ7A 5FF3A 3ZFHA 2RFGA 4CQ9A 4PODA 3W7GA 2Q8LA 4NNAA 1W5NA 2EF9A 1XCFA 3S1WA 4K8HA 4K39A 1WAUA 5CPOA 1H50A 3NQVA 2FPTA 4M6QA 4O52A 3GVGA 3W7QA 1AW1A 2WSYA 1K8YA 3MHGA 1GTHA 1FWTA 3S9YA 3LHTA 3W7PA 5HQEA 1L6SA 1Z44A 1FWWA 1X1OA 4IPJA 3MHFA 3CEPA 4RX0A 1L9WA 4NT0A 4I7VA 1FY6A 2WOQA 5KZDA 1LROA 4QITA 1NEYA 1B4KA 1LLZA 3EWXA 3R89A 2CZFA 3M41A 4JTKA 5C6MA 3C4UA 4FNSA 1A5CA 1VGAA 2ALDA 4P2VA 4K8EA 4YXGA 3GNDA 3P67A 1FX6A 2HS8A 4HKPA 4ZZ9A 3TXZA 1A53A 4CNOA 5CPMA 2ABBA 4EVZA 1WDWA 4ORMA 4ADSA 1EUAA 2TSYA 3O6DA 2QEZA 5BNKA 1QNVA 4LT9A 3VKJA 4ZQCA 3F1QA 2C18A 3NVTA 2G95A 4XBKA 3VE9A 1OVDA 4GNJA 3UNDA 5DBTA 4YMZA 5C2XA 3PUDA 3L0GA 2HSAA 4MY9A 2E1DA 1QOQA 2QCNA 5BW6A 4KFNA 3P5ZA 2ZRUA 2VFHA 4JTIA 2GOUA 3O05A 3CIXA 3H53A 3S5NA 4ICNA 3TCEA 2YFOA 3T55A 2GVGA 3O16A 4IOTA 3T4CA 4RV8A 3NGJA 2A4AA 4UMCA 4RK8A 4NU7A 1VZWA 3TX9A 1G4EA 3EXTA 4N6EA 3DFOA 4AWUA 4Y6GA 1H5YA 1T96A 2O7SA 5AHNA 2PC4A 3PULA 5DBUA 1BWLA 2J24A 1SZFA 3B0VC 4O19A 5D2WA 3UWVA 3N73A 2FLIA 3HGRA 3ANYA 5LHEA 3NQCA 4LW7A 2Z2UA 4HNTA 5HR6A 5D04C 5D30A 1RZMA 4UTLA 5D37A 3HPZA 4Z0JA 3IVUA 4UIOA 2YX0A 3HOJA 1Q6RA 2NXHA 4H6KA 5TBOA 3EB2A 5KITA 2FPYA 2ZTKA 3STEA 1LTDA 5LNWA 3ZS4A 2ISWA 3LBMA 1JR1A 1MXSA 1SZEA 3BARA 4FIQA 1S5WA 5F4XA 4AHPA 3FFSA 1LLWA 5D38A 4FNRA 3GDRA 4O18A 2GJLA 3BGJA 3W07A 3HQ1A 1FCQA 2C3ZA 3W2JA 3EWYA 4MYAA 1GVRA 1AW5A 2E6AA 1VS1A 4O4VA 1DJQA 3THAA 1XL9A 2P0OA 4DF0A 2V81A 4OE7A 2JGYA 1MZHA 3QM3A 3DENA 1QO2A 3P74A 4JX6A 2GPTA 2YCEA 3W7CA 3TFXA 2LLEA 3GXNA 1NFBA 4S2CA 5FESA 2VEMA 1OFEA 2NV1A 3A22A 2Z1BA 1EWEA 1JRBA 3QH2A 3C6CA 4JTHA 2A1YA 3ABOA 3LV5A 3MP3A 2EAWA 2CLMA 1H7PA 3OHIA 2V8ZA 3EX6A 2X1UA 2GUUA 1YTEA 4OU1A 1ZCOA 3HPSA 2Q3OA 4MY1A 1GEQA 3W72A 3N34A 4NJHA 4O12A 2FB3A 1BTMA 1T8XA 4KFOA 3SJ3A 3DU0A 1KFEA 5AHFA 3PSVA 4LVAA 3IVTA 4UUIA 3GDLA 1VJIA 3LHZA 1YXDA 2QKFA 3U2OA 2YGYA 3M44A 2BWGA 3G1HA 1G4PA 3MHUA 4IMFA 4AHQA 5EL1A 2A85A 1L6YA 1FDZA 1TREA 1XBXA 3BW4A 3IIVA 4EWND 1FDYA 2NLIA 4JX5A 2XN0A 3MWAA 1ME7A 1F73A 4JTUA 2H8ZA 4RR4A 3N9SA 3CT7A 4JIPA 1KM0A 4UTTA 4WQ6A 5U4NA 3TV8A 5K9CA 1SZGA 2H3BA 4NNBA 4NXKA 4EOUA 3CEUA 1JJKA 3PBUA 2NX9A 3TE9A 1YXYA 4IXHA 1OFQA 1AL7A 2YZRA 2JBMA 4O1DA 2V9DA 2VFDA 5HUPA 1TQXA 3FJ6A 1GYLA 5HWMA 3QFEA 3VNDA 4M7SA 3QC3A 3MP4A 3W7MA 3DFSA 1VPXA 2NWRA 4JEQA 1A50A 2HMCA 3NZ1A 4JGDA 1M5WA 3OG3A 1PL9A 3NQDA 1Z48A 3OEXA 2ZZ2A 5IBXA 1NSJA 1VLWA 3CHVA 3MO7A 3LM7A 1F5ZA 4O0ZA 1XBZA 1ZJIA 5CZJA 3I6RA 1TPVA 1W56A 1OX5A 1QMLA 5G4EA 1JUKA 3OIXA 2ZRWA 3GKAA 1XBYA 1UBSA 5AB3A 1YXCA 2YW3A 3E96A 2G97A 4O16A 2A7PA 5IM51 4AHOA 4BR1A 3L67A 3GIYA 2ZA2A 5BOOA 3DBPA 5D32A 4YCOA 2Y7GA 3G22A 3BG3A 5AC6A 3KXQA 2Y7DA 1Q6OA 1I2PA 3F03K 3I7SA 4YLWA 3CLMA 3W1QA 3NL2A 3S5YA 2RHGA 1DOSA 2GQ8A 5CZ0A 3LRLA 8TIMA 1UASA 3PUEA 3W23A 4A3UA 1JCNA 5D02A 3E49A 3O07A 5F4SA 3G0SA 3ABQA 3WJSA 4WX2A 1FCUA 2ZZ5A 3DFNA 3PVFA 3P8JA 4MYXA 2PRMA 1T99A 3DI1A 4JICA 3P8IA 6ALDA 4IX0A 3G1XA 1PHWA 3IIPA 1V5XA 4PA8A 1DV7A 1VYRA 2WO5A 3KAOA 3L5AA 4N02A 2X1RA 5G4WA 4O53A 1H7OA 1N7KA 2ATSA 4TU1A 2QCFA 3TSMA 4LUIA 2VFEA 4IMDA 4NVTA 4YWIA 1DJNA 3HG2A 1KM2A 1RQEA 2F84A 3LXAA 3LCXA 4DPPA 1X7FA 3IIOA 3W1RA 4LV4A 2CW6A 3SI9A 4N6FA 3I7QA 3FYOA 4O1CA 4NXSA 1H63A 3TJXA 1YLVA 3GDKA 4KFPA 1OX4B 3IGSA 1KFJA 4AWTA 1AW2A 2QUTA 1SZNA 3C52A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4XTDA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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