4XX6A

Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/gh10) enzyme from gloeophyllum trabeum
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
PFETLRAAAAPRYFGAALGVPHLLNFTHDPLFDVTAVLQFNGATPENEMKWAYIEPERNQFNFTGGDIVAAFSAANDYVLRGHNLVWYQELAPWVETLTGEDLWNATVNHITTVMTHYKESFNIYAWDVVNEAFNDNGTYRENVWYTQLGPDYIPNAYAVARSVNTPSKLYINDYNTEGINNKSDALLAVVQSMKAHNLVDGVGFQCHFFVGELPPDLEQNFARFVAAGVEIAVTELDIRMNLPPSQADIEQQARDYATVVNACKAQGAACVGITTWGITDLYSWIPSTYPGEGYALLFDDNYVPHPAFNATIQALLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Gloeophyllum trabeum.
rcsb
molecule keywords Beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Gloeophyllum trabeum
total genus 129
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4xx6A00
4IPNB 1EH9A 3MUIA 3POCA 2W67A 1RD6A 1VIWA 2ZX8A 1E6RA 3AISA 4ZE4A 1P6WA 1FH9A 1UOKA 2G3MA 1MQPA 3PN8A 3KL3A 3BCFA 2DPEA 1U33A 1WNOA 4AZ6A 5GNYA 2V3EA 5CXPA 3VIPA 4E8DA 1EO5A 2ZE0A 2GJRA 1UKSA 3ZJ6A 5CLWA 3WNOA 4LX4A 3FN9A 4OJYA 3A4XA 1G1YA 1B9ZA 2XWEA 1JZ5A 3W37A 1WKYA 1AVAA 4HA4A 3VNZA 1CWYA 4P7QA 1PBGA 1GONA 5CPTA 1EO7A 3AHTA 4D72A 1XSKA 1R8LA 3CGTA 4TVCA 1ITCA 3RM9A 3NJ3A 1MW0A 2ZXBA 1MW1A 4H8UA 1Q6GA 5DMYA 1GVYA 1W3LA 2YL9A 3N9KA 1B1YA 4GKLA 1XHGA 1C91A 3WD1A 1FH8A 3SCPA 5CPQA 5C8BB 1OD0A 1CNVA 5M03A 2VC9A 4U2ZA 5GNZA 2XTKA 3THCA 1W3KA 4TOQA 1UR9A 2WB5A 1WDPA 1QBAA 1D7FA 4GXPA 1JZ7A 3IJ9A 1R7OA 1C7SA 1KFWA 5I78A 5AYBA 2BY0A 1Q6DA 1U2YA 2BVDA 2ZOXA 3ZR6A 3K8LA 5CPSA 1K6AA 5E6ZA 1DWFM 2V5DA 2W62A 1QI0A 1O6IA 4CD6A 5BRQA 2J7FA 3W53A 4MAVA 4HU8A 5A8NA 3WENA 1CIUA 3RPMA 3SCSA 1HL8A 4CN4A 3NSXA 3WFLA 1UD6A 2XVGA 5HNNA 3WQ4A 1WE5A 1NOUA 3MV11 5HDRA 2V5CA 3WH8A 1QPKA 2X8RA 5LYRA 1C8XA 1RPKA 3NIYA 1MVYA 1GOOA 3T08A 2D3NA 1E56A 5BYWA 2JFEX 1EGZA 5DT5A 4J3WA 3CZJA 2MANA 1HKIA 4CU7A 1X6LA 2OYMA 4B15A 2CKSA 1ECEA 1BYBA 2XHYA 5HPOA 4YPJA 3EDKA 2XVNA 2WW5A 4B3KA 1VAHA 3SCWA 1W3HA 1JXJA 3VMOA 1FFQA 3L4TA 5M17A 2J77A 1B90A 2J7CA 2EPNA 1OGBA 3O9NA 1UKQA 1WDQA 1CDGA 2V3DA 1KXVA 5GPRA 3VIFA 1CENA 2BNJA 4AZCB 3VNYA 4MNLA 4W86A 5A6KA 1JYXA 5FKYA 1UZ4A 2ZUVA 3SCRA 2G3IA 3GYCA 5EB8A 3L2LA 1KBKA 1LG1A 4UOJA 4MPKA 2PC8A 5TD4A 4AZBA 3ARRA 3ZJ7A 3AYSA 4RE4A 1SMAA 5A6MA 3QOKA 1B30A 2J8FA 2V38A 4S3KA 5LA0A 3PZIA 4MNJA 3EYPA 3AXIA 4F8XA 2NT1A 1TE1A 3WNPA 1E4LA 4U33A 4W87A 4XV0A 2Y8KA 2DH3A 4OZOA 3MUAA 3N18A 4UNIA 3IK2A 2XFYA 5I79A 1QW8A 3MU7A 2GSJA 4FK9A 1UR8A 2ESCA 1GOQA 2VURA 4PUDA 3AHXA 2A3CA 1JZ8A 3ZOAA 1JI1A 3ARZA 5I2UA 1B2YA 1JXKA 1JNDA 2PBOA 3L4VA 1KGUA 3AOFA 1TUXA 1JAEA 3ZMRA 1M04A 2Y5EA 2YDSA 5I0DA 3O6AA 3B8SA 1GPFA 4CCDA 4HTYA 3L4UA 2GDUA 4PTMA 1XC6A 1CXLA 3AZRA 1BAGA 3SUWA 1OINA 4J28A 1BHGA 3BMWA 1H4PA 1TVNA 1DP0A 1BGGA 1W32A 1W1YA 2PWEA 3RM8A 8CGTA 1E4MM 3D5HA 3VD5A 2QF8A 3VGDA 1QI3A 1MXGA 1NOWA 1FHLA 3GBDA 4JFTA 4UFMA 1EDTA 1UWUA 4DM1A 4CD4A 3BSGA 4CUCA 3WQWA 1JDDA 5CSYA 4BS0A 3K46A 3AHZA 4Y7EA 4Q22A 2BVTA 3DYOA 4MJ4A 1W9VA 4CD7A 5A6LA 4UCFA 2BHZA 2WHKA 3CHDA 1V3JA 4ACZA 1E6ZA 4JFSA 2Y2WA 2VTFA 1QHZA 1E6SM 4AC1X 4TUFA 1MYRA 3OLEA 4ZE5A 3WELA 3AZSA 5ECUA 2DH2A 2CITA 3BAJA 1G9HA 3ZIZA 1PEZA 3CZ8A 1HJQA 2VR5A 3NCOA 3SCNA 5KZ6A 1QNSA 2CNCA 4OOUA 3UG3A 3BAIA 4V28A 1FA2A 1WDRA 5AC4A 2D0FA 3GXMA 4B16A 1V3HA 3VGGA 4XUYA 2XFFA 1JD7A 2BXYA 1KB3A 2ZUSA 2WVTA 1GCYA 3IJ7A 3IAQA 4QP0A 3WF2A 4P8WA 1G94A 3W6MA 2PI6A 2V3GA 1ZBCA 1WB0A 4UFIA 1UD3A 5C70A 5JIWA 2DQXA 3CHFA 2Y8VA 1J01A 3WH5A 3T09A 4JKMA 4PMNA 3UR7A 1B3XA 1PJ9A 4UZUA 2WVVA 4AD3A 5FL1A 2XGIA 3WNLA 2DDXA 1GJUA 3PZNA 4MDPA 1UR4A 2X1IA 1UUQA 5CZKA 3L2MA 3FAWA 2JIWA 1OT2A 1UQYA 3N15A 1E4NA 3PZGA 1GOKA 1VJZA 5BXSA 4HOWA 4Z2HA 3W6LA 1H0IA 2WHMA 4V2XA 2ZUTA 3F4VA 3AJ7A 1LLOA 3SCUA 5BXTA 3OG2A 3KEHA 2VZVA 1E6NA 3CZKA 4UZSA 4AEEA 1ODZA 2W66A 2QV4A 4UTFA 3PZOA 2CETA 4AEFA 4J27A 1DEDA 1SFSA 3FW6A 4PCTA 4R27A 3LPGA 1FH7A 5LA2A 2XGBA 1KCLA 1XSJA 4DWSA 2PWGA 1K9DA 1QHPA 2W92A 1OD8A 3GM8A 2OLHA 5D9PA 2DSVA 5FCZA 4MB5A 3ARXA 4WSKA 1JD9A 3K4DA 1IV8A 3EDJA 3WFZA 2ZICA 1BYAA 2ZUWA 4D6FA 2YA2A 5M5DA 2BY3A 1BFNA 5I77A 3KWXA 3KL0A 1JZ3A 4CN1A 1H0GA 1BSIA 1S46A 4MADA 5CSUA 1ZB5A 1W1TA 2CESA 4XB3A 4AZGA 2A3AA 1AQ0A 1XD0A 4AXNA 3OLDA 1NWUA 4C7FA 5I3DA 3DHUA 4ZFMA 4CVUA 1ISVA 3N12A 3F5JA 4WKHA 4M81A 3BMVA 4CGTA 1J18A 1I1XA 4U5KA 3ZSTA 1MW2A 3VPLA 3VGEA 3N13A 2O9RA 1QBBA 4BQ2A 1W9PA 1JDCA 4MDOA 5LA1A 2XVKA 5GNXA 2E8YA 3WDIA 4LYRA 4GIAA 1NWRA 5E0CA 1BPLB 3WD2A 1WZMA 1VEOA 2J4GA 1AMYA 1JL8A 4C7GA 1H41A 5DO8A 3SCTA 1US2A 4AD1A 2YA1A 2A3EA 1OCQA 2BS9A 4URIA 1LL7A 4JFUA 1CXFA 1PIGA 2WSKA 3O2LA 2Z1SA 3RJXA 1E0XA 1BYCA 2EPLX 2OSXA 4UQCA 1LL6A 4IPLA 3ZO9A 3BSHA 5AY7A 1H09A 5JBEA 2BFGA 2EJ1A 4TX6A 4B9YA 4Z2KA 1RP8A 2WYSA 1RP9A 2O92A 1B0IA 3UESA 3L4ZA 3WY1A 3CUGA 4GZEA 1C8YA 2WC3A 1GORA 1QNRA 3CIVA 2FHCA 4PEEA 2VQTA 4W8AA 3NSNA 4JZ5A 1E3XA 1D3CA 2ZUNA 5I5RA 1BVNP 1OM0A 1QI5A 1E40A 4KRUA 4UQBA 1CPUA 2BVYA 1V6WA 3AIQA 4R5EA 2GDVA 1QW9A 2XFRA 2BY2A 1LJYA 2OWWA 3OIHA 4U3CA 3APGA 3CUFA 3WQ6A 5A6BD 3ZQ9A 2DSKA 1CLVA 2VRQA 4WF7A 2X2YA 3RJYA 1SYTA 1L8NA 3DC0A 4DM2A 1NM9A 3L4XA 4D6IA 3WF1A 1KXTA 3U5UA 1PIFA 1ZL1A 1F4HA 4P7LA 2V3FA 1E55A 1W2PA 3ALFA 4AIOA 1BGAA 1V6UA 3N17A 1WCGA 3UCQA 4UOZA 1V08A 4JHOA 2EBNA 1KWKA 1UD2A 1E1FA 3AMDA 5KEZA 1UH3A 1AQMA 3VIOA 1WAWA 4KMQA 3U57A 3W4RA 1ZBWA 3W29A 1V02A 2VZTA 4UQAA 2BHUA 3MKKA 3WH6A 3MS8A 2QPSA 3RILA 3KZSA 5E6YA 2WC7A 4KH2A 1UD4A 2EXOA 1GOIA 7A3HA 4W8BA 2E0PA 3RDKA 2WMIB 4DUWA 1UWTA 4ML4A 3RM4A 3VIIA 2YL6A 5ABFB 4PRWA 1DTUA 4KWUA 1I75A 3A4WA 4UQDA 4ZEPA 1LWJA 2G3NA 1FP8A 2YL8A 3IAPA 2EO7A 2VZUA 4JAWA 3NDYA 2JEQA 4AZIA 5EBAA 3GXIA 3VM5A 4WKFA 1TA3A 4V27A 1J0IA 4M24A 1XRVA 5HBFA 1C92A 1HJUA 1KQYA 3BGAA 3VUPA 1B3ZA 3AIRA 1OIFA 1GZJA 2AOSA 3UG4A 3PTQA 1KXHA 2VCBA 1G01A 1V6YA 1CZ1A 2WZHA 3S6TA 4JL1A 3WUGA 1Q4NX 1XH1A 4H8VA 4A3HA 1CGXA 3AS1A 3W27A 3AYRA 3FNDA 4PYSA 4U3AA 3WEMA 1TMQA 1YHTA 3PHAA 2J8GA 1JF6A 4W93A 3GNOA 4B3LA 1K9FA 1UZ1A 1DWAM 2XG9A 3B9EA 1E70M 3WDPP 4CU6A 3WMSA 4PSRA 1ZBVA 1ESWA 2EQDA 2JE8A 1UR0A 3CO4A 1PX3A 4HA1A 1JI2A 3WH9A 2G8ZA 4JFWA 3W82A 2VNCA 3LPPA 5DT7A 2WZEA 1W91A 4MB4A 2VT0A 1O7AA 1VFUA 3E1F1 2GJPA 3CPUA 1CGYA 3VDHA 3UR8A 1JZ4A 5CG0A 1W1VA 5A3HA 3M07A 4EE9A 2XIIA 1LF1A 5A6AA 3MMWA 2WANA 1W9DM 4PMYA 1ZU8A 2Y4SA 1CXIA 2Y24A 1E71M 2CBIA 2EPOA 1BF2A 2VZSA 1X1NA 5CQ1A 1WP6A 1CBGA 3MANA 4U31A 1V02E 1V3KA 2UWFA 1VENA 3WF0A 4WLCA 3DHPA 3PTMA 4E4PA 3ARTA 3AIUA 5F7UA 3HU7A 4JL2A 3VU2A 1NWTA 2WVUA 4WKAA 2HVMA 4W84A 1Q6EA 3OA5A 1B3VA 1WO2A 3II1A 3WF4A 1J0JA 1NP0A 3W25A 3QR3A 4IUGA 1PPIA 2D0HA 2AMGA 2EEXA 2QMJA 4UFLA 3PZQA 4H8HA 3A6OA 2WLYA 3VDAA 3T0DA 2VL4A 2F2HA 3EDEA 5AYIA 1IT0A 3AHYA 3SUVA 1FP9A 1UG6A 1R87A 3WDHA 1M01A 2VR4A 3ARUA 5BROA 3PZTA 1NQ6A 1SR0A 2YDRA 1F4AA 4FF5A 3AHVA 1KR1A 2E40A 5E70A 3CZLA 4QLKA 4Z2GA 1VBUA 4TVDA 1J9YA 4BCEA 1WZAA 2GFTA 1GJWA 3AICA 3VX0A 6TAAA 4OIFA 2OYLA 1UWSA 3BC9A 3A3HA 3WD4A 3ZM8A 4C7DA 1BQCA 2JF7A 2XYLA 3ZSSA 3SCQA 4AZ5A 4KGLA 2JIEA 3ARWA 1ISYA 1DWHM 1EDQA 3RIKA 2BHYA 4GPNA 2YKKA 1MXDA 3VIJA 1GOWA 3CUJA 3AS0A 1BVZA 1WZLA 1W3JA 2VRKA 3LPOA 5ABGA 3RCNA 1UD8A 3SCVA 4CD5A 4M82A 2DSWA 1UR2A 3VIKA 1C90A 4WIWA 4H2CA 2WZIA 1V0LA 4PMRA 4NI3A 3WNNA 2CYGA 2C0HA 3VDBA 3FAXA 1OGSA 2WMJA 4EK7A 4U2YA 3WL0A 2WWCA 2WLZA 5A8PA 2XSAA 1Y7VA 3AFBA 4MJ2A 1KXQA 2E9LA 2WMKA 3EDDA 5FD0A 3HMCA 4L4OA 2E9MA 5DFAA 2PWHA 3OGRA 1CYGA 3WQVA 3EMQA 4GI8A 4B9ZA 4OUEA 5CGMA 5A6SA 3K8MA 4NZCA 4FMVA 1FHDA 4LYPA 3HN3A 3T0BA 1XSIA 2YOCA 2VRJA 2G41A 3DECA 4JIEA 1WZKA 3OGVA 3VD4A 1V0KA 3EDFA 5A1AA 4LXFA 4CCEA 5BCAA 4BQ4A 4DUVA 1EQPA 4AZ7A 1TFVA 3W26A 3AMLA 2D0GA 2VVNA 2VX7A 5BXRA 3WH7A 1EOMA 4LPCA 2WNWA 1MQRA 2QPUA 3OB8A 1MFUA 1QNPA 2CIPA 4FLSA 3W0KA 2DT1A 2RGLA 1CXHA 3W38A 3GBEA 1E9LA 3AI0A 2VX5A 4HMEA 4N0RA 4W7UA 1DWGM 2DSUA 4D6GA 1E6QM 1HJWA 1QI2A 4NSBA 5GQBA 4IISA 3M7SA 3UEQA 3M46A 1V3MA 4GZJA 4D6EA 2DT0A 4AZCA 3ZT7A 4MTVA 3PZUA 4AYSA 4QFUA 1TVPA 4Z2JA 8A3HA 3QOMA 4GQQA 4JCMA 1K9EA 1LG2A 2QLYA 1XGZA 3QHMA 3WF3A 1QVBA 5JBDA 3SCOA 3W24A 1V3IA 1LQ0A 1EDGA 4H7VA 5HPCA 4Z2IA 4X9YA 1SMDA 3EBVA 1V0MA 4HU0A 3IANA 3DYPA 4WK9A 3L4WA 1JZ2A 4P8XA 2XJ7A 3S2CA 1J0ZA 3WL1A 3ALGA 4PMXA 3WUFA 2GK1B 1ZJAA 3I3BA 3WN6A 2FGZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IPN B;  1EH9 A;  3MUI A;  3POC A;  2W67 A;  1RD6 A;  1VIW A;  2ZX8 A;  1E6R A;  3AIS A;  4ZE4 A;  1P6W A;  1FH9 A;  1UOK A;  2G3M A;  1MQP A;  3PN8 A;  3KL3 A;  3BCF A;  2DPE A;  1U33 A;  1WNO A;  4AZ6 A;  5GNY A;  2V3E A;  5CXP A;  3VIP A;  4E8D A;  1EO5 A;  2ZE0 A;  2GJR A;  1UKS A;  3ZJ6 A;  5CLW A;  3WNO A;  4LX4 A;  3FN9 A;  4OJY A;  3A4X A;  1G1Y A;  1B9Z A;  2XWE A;  1JZ5 A;  3W37 A;  1WKY A;  1AVA A;  4HA4 A;  3VNZ A;  1CWY A;  4P7Q A;  1PBG A;  1GON A;  5CPT A;  1EO7 A;  3AHT A;  4D72 A;  1XSK A;  1R8L A;  3CGT A;  4TVC A;  1ITC A;  3RM9 A;  3NJ3 A;  1MW0 A;  2ZXB A;  1MW1 A;  4H8U A;  1Q6G A;  5DMY A;  1GVY A;  1W3L A;  2YL9 A;  3N9K A;  1B1Y A;  4GKL A;  1XHG A;  1C91 A;  3WD1 A;  1FH8 A;  3SCP A;  5CPQ A;  5C8B B;  1OD0 A;  1CNV A;  5M03 A;  2VC9 A;  4U2Z A;  5GNZ A;  2XTK A;  3THC A;  1W3K A;  4TOQ A;  1UR9 A;  2WB5 A;  1WDP A;  1QBA A;  1D7F A;  4GXP A;  1JZ7 A;  3IJ9 A;  1R7O A;  1C7S A;  1KFW A;  5I78 A;  5AYB A;  2BY0 A;  1Q6D A;  1U2Y A;  2BVD A;  2ZOX A;  3ZR6 A;  3K8L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YL8 A;  1U1U A;  2EO7 A;  2VZU A;  1BXC A;  3G0S A;  2NSO A;  3NPU A;  3IJ6 A;  3VE7 A;  1Z69 A;  1TA3 A;  3QKE A;  3DC8 A;  2J66 A;  1XYC A;  3PC0 A;  3BGA A;  3W75 A;  5DML A;  1OIF A;  4OTK A;  4CQ8 A;  4MFE A;  1KXH A;  3MHG A;  2PLJ A;  1Q4N X;  1XH1 A;  3MC5 A;  4H8V A;  4A3H A;  2HXU A;  3EX6 A;  2HCV A;  1TMQ A;  3PHA A;  3PFM A;  5C2G A;  2PP1 A;  4GY0 A;  4W93 A;  1P0B A;  1K9F A;  3W7D A;  6TIM A;  4V15 A;  5C6M A;  4N9B A;  4ML9 A;  4Q7B A;  4PSR A;  1ZBV A;  4YVV A;  1YNQ A;  2YFO A;  5E0K A;  1DOR A;  5CZS A;  1TZZ A;  1L6F A;  1F6P A;  3W1L A;  3WJW A;  1SJA A;  3R12 A;  5DT7 A;  1W91 A;  1XII A;  1IXQ A;  4AAJ A;  1CGY A;  4RE0 A;  1VRD A;  3ANV A;  4CQA A;  4EE9 A;  3MMW A;  2WAN A;  3EEG A;  2PU0 A;  2Y4S A;  1CXI A;  2FZ9 A;  4M7S A;  3LNP A;  2EPO A;  1BF2 A;  5K2Z A;  3EKG A;  4FNQ A;  3VOF A;  3GIY A;  4ORM A;  3O7U A;  3D0C A;  1YPI A;  4NNB A;  1UWA A;  1V3K A;  4QRO A;  2PF8 A;  2UWF A;  4LV4 A;  3I7S A;  3ZYZ A;  2F6K A;  4R34 A;  3PTM A;  3IIO A;  4E4P A;  4I9T A; 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