4XZB | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	312
structure length	312
Chain Sequence	ERTPVEENGRLQVVGTALLNQHNKPFQLRGISTHGLQWFGQFANKDAFQTLRDDWKANVVRLAMYTDPNANGYIAQPEWLKAKVKEGVQAALDLGMYVIIDWHILNDNDPNLYKEQAKRFFAEMAREYGKYPNVIYEIANEPNGNDVTWEEKIRPYADEVIRTIRSIDRDNLIIVGTGTWSQDVDDVASDPLPYKNIMYAVHFYSGTHTQWLRDRVDAALQAGTPVFVSEWGTSDASGDGGPYLEEAEKWIEFLNERGISWVNWSLCDKNEASAALRPGADPHGGWGDDHLSDSGRFIKAKLIEALEHHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__688039652170653__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__688039652170653__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4XZB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__688039652170653__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"688039652170653","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4XZB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__688039652170653__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00cdceadecd8c5636aebe9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00cdceadecd8c5636aebe9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00cdceadecd8c5636aebe9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00cdceadecd8c5636aebe9/pdb.gz): 69 ms

reading 312 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

312 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:311});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus sp. 70pc53
publication title	Structure of endo-glucanase GsCelA P1 at 1.62 Angstroms rcsb
molecule keywords	CelA
total genus	128
structure length	312
sequence length	312
ec nomenclature	ec 3.1.2.4: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase.
pdb deposition date	2015-02-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4xzbA00

3AS3A 1CXFA 1GHRA 3CO4A 4ZXLA 2GVYA 1V6WA 4UNIA 1ZBCA 2G3IA 3SCUA 4P7OA 1QI5A 1DWGM 1OGSA 1VEMA 1HJVA 3AXXA 4CD5A 1KBBA 1BG4A 1C7SA 4MTVA 4NF7A 1W1PA 3O2LA 3SCSA 4IM4A 2J75A 3A47A 1JG9A 3ZQ9A 2XTKA 5I5RA 3W29A 4QLLA 2G3NA 4W7UA 1LWJA 3PZIA 1I1XA 2PWDA 5D8ZA 3OBAA 1FP8A 1GQIA 3T2PA 4R27A 1KXHA 4MB3A 3VGFA 1PX3A 1M04A 3ZM8A 3DHPA 4WIWA 1E15A 3RDKA 1E43A 3AIQA 2EBNA 5HDRA 1WAWA 5DF0A 3EMZA 1HKMA 3II1A 1RD6A 5BCAA 4W7VA 3AIBA 2JIWA 1PBGA 4U2ZA 2OYKA 2E9MA 4H04A 3W27A 3W53A 4M29A 2D3LA 3QR3A 1EHNA 2EPLX 1GVIA 2J7FA 4AZCA 1P6WA 1W1YA 4XV0A 2IXVA 4JFUA 3MSGA 4F9DA 1MQPA 1WZAA 4MJ4A 2WC7A 4QDMA 1UYQA 4M81A 3WMSA 1PIGA 3WMBA 1ISZA 3AIEA 4F66A 1G0CA 3GXIA 5ABGA 2WC3A 4PSPA 4U3AA 1KGWA 5CPTA 1WDQA 1KGUA 1UKOA 2OWCA 3UETA 4KH2A 2D24A 2D0GA 5BROA 4DWSB 3F5KA 4E8DA 1EDQA 1ZB5A 2WVUA 1W3HA 3W4RA 1K9EA 1DWIM 4PMXA 4D6JA 1MQRA 5GNXA 1WKYA 3RM9A 4BZYA 4Z2JA 2XHYA 4PMOA 1NOFA 4AD5A 1JZ4A 3ZO9A 2PC8A 2WMIA 2DSUA 2XFFA 4HOWA 1EOKA 4JFWA 3I3EA 2VZVA 4H8HA 1QI0A 1U30A 1CENA 4PUEA 3THDA 2EPNA 1QNRA 3WF4A 1GOQA 4UOJA 3AFBA 2GK1A 2JF7A 1B90A 1F4AA 1MW0A 4OIFA 6A3HA 2WVVB 3VMOA 3VDAA 3MV01 2Y4SA 5I2UA 4CGTA 2J47A 4W5ZA 5A6LA 2XJ7A 1CGTA 2VZTA 3ALGA 1M03A 1BVNP 5GNYA 4AIOA 3HU7A 2DQXA 3WH7A 1V02E 3W28A 3WENA 4UOZA 1ISVA 1H41A 1X1NA 5FL1A 1W2PA 2W67A 4A4AA 4U5KA 3PBGA 3WD0A 4D6HA 1TA3B 5M5DA 1KXVA 3VINA 1J9YA 3ARWA 3KL3A 4F8XA 4UFMA 3VMPA 2VZOA 4YHEA 4HZ8A 5LA0A 1JZ2A 1W3JA 2EEXA 4UR9A 3VDHA 5KZ6A 2V3GA 3N04A 3VPLA 2XG9A 4EKJA 1V6XA 3VGBA 2W4XA 3ZT7A 2PB1A 3VVGA 4HOXA 2ZXAA 3PZQA 1US2A 1GOIA 1TG7A 1G9HA 1BTCA 1LL7A 1QHZA 4W84A 3SUSA 2QV4A 1FFRA 2DGAA 4ACYA 2BY0A 1B3VA 1UR2A 3LPOA 3MMDA 1Y7VA 4W85A 1UA3A 1VEPA 2X1IA 1W32A 3WQWA 1ITXA 3GTNA 2X2YA 1HL9A 1GOMA 4WSJA 2YLLA 4V2XA 1QVBA 2NSXA 5ABFB 5A8OA 3THCA 5A6BD 1J18A 1V0LA 1C8QA 4CU6A 1QI2A 1VFOA 3HJEA 3CMJA 2ZIDA 2W92A 1C7TA 1UD6A 1UWQA 2PWGA 2WPGA 4LYQA 1V02A 1WZLA 2WMHA 4QP0A 4Z2IA 2VQUA 4RE3A 4TVCA 1E71M 5E70A 3BC9A 2CBUA 4UFLA 1MXGA 1UUQA 3GM8A 4ZEPA 1ITCA 3KL5A 4PUDA 3I3BA 4XUYA 1TE1A 4UCFA 3WNPA 5IHSA 5C71A 3WDPP 2DT0A 2F8QA 4UFJA 3K4DA 1V3MA 4WKFA 1XH1A 5D8WA 3AROA 3VKKA 3OA5A 4FLSA 4KRUA 2X09A 3ARVA 4U33A 1KQZA 3AIRA 3VIJA 1BYCA 4Q7NA 1R85A 1L8NA 1XHGA 1E4IA 1UWIA 3W38A 2PWHA 4GQQA 4M82A 2EXOA 3UESA 3W81A 3FW6A 1AQMA 4MADA 3BLPX 3ZSSA 2VCCA 1EDTA 3AICA 3T09A 2AAAA 2O9RA 4A3HA 1QBBA 4ATLA 3PZTA 4TX6A 1NP0A 1UR0A 5A3HA 1LL6A 4AC1X 4KGLA 5A6KA 4S3KA 2CKSA 1Q6DA 2XPKA 3GYCA 3VD7A 5M17A 1UZ4A 2J7DA 3E1F1 1CGWA 4OZOA 1V0NA 3DYPA 1NWTA 3OLGA 4TUFA 3AHZA 1CXIA 3UERA 2FH8A 4W8BA 3ZSTA 5DFAA 3VOCA 2D0HA 3CUGA 3WL1A 1H3GA 4LGXA 3M7SA 4B15A 3L4YA 4GINA 3T08A 1E6QM 3HN3A 4C7DA 2ZWZA 3UR7A 1EDGA 3VMNA 2J74A 4EK7A 4DUWA 1BSIA 4KRTA 1JZ8A 2C0HA 2XVLA 4ZENA 5E9AA 4ZE4A 4J28A 1H1NA 1LWHA 1KCKA 4W87A 1UH4A 1JZ5A 3MO4A 4PMDA 2QMKA 4TVDA 3EDJA 2PBGA 3NUKA 2D1ZA 1IZKA 3CGTA 2XIBA 1FA2A 1J01A 1J11A 3DHUA 3W6LA 1BYDA 2A3EA 2PI6A 4MNKA 4AZIA 5A94A 3LPPA 1CIUA 1M7XA 1UH2A 2JE8A 4LQ1A 4ML4A 3GNOA 2Q8XA 1OBAA 2VZSA 4JKLA 1BHGA 2WZEA 3A4AA 4J3WA 4AD1A 1HP4A 3BMWA 1NM9A 3FN9A 2V3DA 4X9YA 3N9KA 4BQ5A 2A3BA 2VX4A 4JCLA 1EO5A 4L4PA 5A1AA 4PMRA 2GSJA 1CTNA 1OD8A 5A6AA 3VGEA 3CUIA 5A69A 3WUBA 2CIPA 1QHOA 3F5JA 3TTSA 1MFVA 5HPOA 2X0HA 3GH7A 1GNXA 3OLIA 4CN4A 5A8MA 1NWSA 4JFTA 4PMUA 3QHOA 4FLOA 1JFXA 2JFEX 4QFUA 4D71A 1QI4A 2UWFA 4HPGA 2A3CA 2OSWA 2VT0A 4GIAA 3IJ8A 1ISXA 5JBFA 4CVUA 1R86A 1JXKA 3TONA 1S46A 3SEPA 1MW2A 1FHLA 1KB3A 1ZBKA 3SUTA 4RE2A 3WSUA 3AMDA 3VX1A 1PX8A 4M56A 3SCQA 2VX7A 4P7NA 2O9PA 2CKRA 5CLWA 3TA9A 1JF5A 4X0VA 1E55A 1ECEA 3CZKA 5JIPA 2WYSA 2E3ZA 3IK2A 3WQ5A 4UZUA 4M8UA 3AQUA 2VI0A 2YA2A 4Z2LA 1OGBA 1E5NA 4B3KA 4PEEA 2FDMA 1ZL1A 2VUYA 4JKKA 2WZHA 3I3DA 3L4UA 3ZJKA 4H2CA 2DSWA 4N42A 5A8PA 1MFUA 5FOOA 5A8QA 5A6SA 3AS1A 5BXSA 1WB0A 1HJUA 2ZUNA 4BQ3A 2FGLA 4BF7A 5IDIA 1GOOA 1UWRA 5BRPA 1PZ2A 3NJ3A 3BMVA 3EDEA 1DEDA 3SIMA 1EQPA 1E0XA 1LL4A 3G6LA 3VIMA 1G1YA 3VDCA 2DIEA 4PN2A 2WAGA 1PPIA 1VFUA 3N15A 3W6MA 1MW1A 1WZKA 2WSKA 4XZWA 3KEHA 1US3A 2CBJA 2ZUWA 1GQJA 2NT1A 2F61A 4WK9A 3K4AA 3AZSA 3KE0A 1IT0A 3A4WA 3VIGA 2E9BA 3WNNA 4B3LA 4C7GA 5BXPA 2VCAA 2QMJA 3GDBA 4MDPA 4V27A 3OIHA 4H8VA 1XYZA 1V0MA 4JL2A 2OWXA 1DTUA 1H49A 2BHUA 2NW0A 3WNOA 4HU8A 3IJ7A 3AISA 3O6AA 2WMGA 3UG5A 2WCGA 2D20A 1CXKA 4RE4A 4PMYA 2DT2A 4AZ6A 4D6DA 1CLXA 1Z32X 5EMYA 1TZ7A 2YL8A 5CG0A 3L4VA 2CITA 5E6ZA 2Y8VA 3VIKA 2ZUMA 4BA0A 3ARPA 3ARZA 4J3XA 4PTXA 3AHVA 4ZFMA 3VIHA 3DC0A 2W63A 3T0BA 2E0PA 1W9UA 1GJUA 2EPKX 3L4TA 4GI9A 1VAHA 1WDRA 1A3HA 4AYSA 4MB4A 1SMAA 4UFIA 3SUVA 1Q6CA 4WKHA 2BFGA 3CBWA 4HTYA 4OKDA 1BQCA 5CSYA 1VBUA 4L4OA 1E72M 1OT1A 4NI3A 1E6XM 1QHPA 2DT3A 2W5FA 4GKLA 4AZGA 1HF6A 2CERA 1E73M 1WZMA 3PZNA 2FH6A 5D9NA 3RJYA 3VILA 3PHAA 2FHFA 3WKZA 1NWUA 5BXRA 1OINA 1DWAM 1H4PA 2GJXB 2WKLA 5D9OA 3F4VA 3WUFA 3VUPA 2VRQA 2XSAA 5I23A 4D1JA 5D9MA 1QNQA 2FHBA 3RM4A 4BQ4A 3PZ9A 5CQ1A 2YLAA 5A6JA 1XSKA 5ABEA 5I6SA 1RP9A 1EGZA 4QLJA 1UQYA 5DO8A 1GW1A 1VENA 1E70M 2OSXA 1ISWA 4Q22A 1RPKA 3VGHA 5EFDA 1UD2A 3ZJ6A 3WEZA 1JAKA 1PZ3A 5BXTA 2WWCA 3L4ZA 2VRJA 3OLEA 1JFHA 2BVYA 4PTVA 3CMGA 1O6IA 2E9LA 2DH2A 3ARYA 5AY7A 1PX4A 1BGAA 4XX6A 1UA7A 5HPCA 5EBAA 2D3NA 1QNPA 4UQ9A 1JGIA 1SFSA 2W62A 5JIWA 4BQ2A 4E2OA 2CBIA 5ABHA 2V3FA 4GZIA 1W9BM 2WNWA 1E0VA 3WN6A 4ACZB 1D7FA 3IJ9A 3UG4A 3W37A 2YIHA 3GXFA 2ZX6A 3VNZA 5AYBA 2EJ1A 2O92A 4JAWA 3FHQA 5CLTA 1W9PA 2JIEA 3CZLA 1C92A 3CHEA 2CHOA 4CD7A 1GUVA 1VRXA 1BF2A 1CWYA 2WWDA 3POCA 3OZOA 1CZ1A 2C8NA 3NSNA 3N1AA 2J7BA 2YDRA 4J3VA 3WQ4A 2W91A 1QW9A 2GUYA 1VF8A 4PMVA 1W1TA 1LQ0A 2CYGA 2GJRA 2XFRA 3SCNA 2QPUA 4DUXA 1E6RA 1HIZA 3GH4A 1BAGA 3WD4A 4J3UA 3AYRA 5TD4A 4UZSA 5AC4A 1WNOA 2WHMA 1KGXA 1B2YA 1KR1A 2WVSA 2DH3A 4BS0A 5E0FA 1CGXA 1H2JA 1HKKA 3CPUA 2UY4A 4MAZA 2XSBA 4JL1A 4DM1A 3WMCA 2W66A 4IPLA 4CVWA 2DPEA 3SCWA 3VIFA 3AMCA 4QCFA 1V3LA 1E6ZA 1WO2A 4JHZA 3W82A 2BY3A 1IZJA 9CGTA 1E1EA 3WD1A 3GZAA 2X8RA 1J0KA 1J10A 4PSRA 2AMGA 1UHVA 2A3HA 4MAVA 2D23A 5EB8A 2BS9A 3WBEA 1XSJA 3AXIA 3L2MA 2WLYA 1QW8A 4EAMA 3WL0A 5HXMA 2YBTA 3FXYA 1Q4NX 5LA2A 4LYRA 2JALA 2Y24A 3WFZA 3U5UA 3NSMA 3N18A 3AOFA 4P7LA 1SYTA 2XVKA 1PJ9A 2NT0A 3L4XA 4P7RA 4MJ2A 3BCFA 4CD8A 3MANA 2BHZA 4DWSC 4UQAA 5CSUA 1QOXA 1ZJAA 5FD0A 1GZJA 1ODUA 3LMYA 2YDSA 1GCYA 4OOUA 5DT7A 2DT1A 1XCXA 2OYLA 5A95A 4H8UA 4FLQA 5E0CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4XZBA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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