4Y8F | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	GSHMRTPIIAGNWKMHYTIDEAVKLVEELKPLVKDAKCEVVVCPTFVCLDAVKKAVEGTNIKVGAQNMHFEEKGAFTGEIAPRMLEAMNIDYVIIGHSERREYFNETDETCNKKVKAAFAHNLTPILCCGETLEQRENGTTNDVIKAQITADLEGLTKEQAEKVVIAYEPIWAIGTGKTATSDQANETIAAIRAMVAEMFGQEVADKVRIQYGGSVKPNTIAEQMAKSDIDGALVGGASLVAADFAQIVNY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Clostridium perfringens
total genus	86
structure length	251
sequence length	251
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-02-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4y8fA00

2C3ZA 1NAL1 3NZ1A 5D2YA 1O5KA 3G1VA 3NGJA 4M5PA 1OFEA 1WA3A 4MZ1A 3LLDA 1Y0EA 1YPIA 3KAOA 4MVAA 3PULA 2ZYFA 3NPWA 1Z44A 1KFKA 2ISSA 4P2VA 1VZWA 4UFKA 3HOJA 1LDCA 1XBZA 2BSLA 4GFSA 5GVJA 5AHFA 1A5AA 1M5WA 5CSSA 3W9ZA 3WJZA 4WUIA 3W7JA 1BKSA 3BV4A 5E1QA 4YCPA 4YLWA 3EX6A 2QF7A 5F2MA 1S5TA 3HGJA 3EWBX 3W2MA 1F7BA 3W1UA 5F2GA 4IX0A 4O1DA 1EUNA 3CPRA 3QH2A 4N6FA 5CZSA 1ME8A 4FF7A 1K7FA 1JCYA 4RXFA 4CCCA 2FPTA 4BWLC 3DKJA 1OF6A 3PBWA 1OABA 4K38A 3P82A 4UTLA 3CHVA 3LX9A 1MO0A 3HQ1A 2JGQA 2VFDA 3DGRA 4JTSA 4HSOA 4LNYA 2WV8A 3WJXA 4NXSA 4JDYA 4POCA 3INPA 3FOKA 1FQ0A 3WK3A 4R7JA 5CPNA 3EKLA 2Y88A 4O10A 1VPXA 2QJGA 5F2IA 1TTIA 4AWSA 1ADOA 2VEPA 1EP2A 4M7SA 4N4QA 2Y70A 4EF9A 1XFBA 2R91A 1Q45A 4K39A 5LGZA 3C3NA 3SR7A 1RQBA 2ZRYA 1G67A 2WSYA 2Y7EA 3LTSA 4XQ6A 4W9TA 2H3DA 5G4WA 5A5WA 3S9YA 1JCJA 2FLIA 4IGHA 1TPDA 2Q8LA 1EP1A 1OFAA 5K9DA 4UMAA 1SZEA 3MYOA 4DF1A 4WZHA 5FEXA 2ZZ7A 4HNVA 3W7DA 3LHVA 4LV9A 2O7SA 2QJHA 3O16A 1YTKA 3DH7A 2VENA 3EEGA 3G1FA 1PIIA 4YWIA 2IQTA 5G1YA 4DF2A 4PEKA 4O4WA 3NQMA 3ELFA 2QCGA 4IXHA 3TKFA 1DVJA 1EWDA 1E51A 2J88A 2A21A 1O5XA 4FB7A 4XTIA 4RV8A 3FKRA 3LRLA 2B7PA 1QWGA 2Y6ZA 4HKPA 1VRDA 3GIYA 3N2MA 2I14A 3EX2A 1JQVA 3N2XA 3CTLA 2X1TA 1YXDA 1ZFJA 2V8ZA 4LU0A 1HO4A 5F1VA 1KM4A 3IEBA 1W5QA 2JKPA 5EL1A 3E12A 1LROA 2AAMA 4LVAA 4N4PA 3I6RA 1H1ZA 3DU0A 4HNTA 4QAIA 3H54A 1KM1A 1TO3A 4JYFA 2YX0A 4BR1A 3T55A 2TPSA 4X2RA 2D73A 3KVKA 4NX0A 3T78A 4AEOA 1XDMA 2ATSA 1TPVA 4S2CA 3NQ8A 3O05A 3M5VA 3PUOA 2OJPA 4UMBA 3S8HA 4G1KA 3GDMA 3PR2A 2YFOA 1KV5A 2WQPA 3P7YA 4DO5A 4IUOA 1PL9A 5KZDA 2Y61A 1GG1A 3TDFA 2QEZA 4XBSA 2CLLA 3NL5A 4A2RA 1FWWA 4Y96A 4O14A 1G4EA 5D2TA 3MP3A 1DV7A 1SFJA 1KTBA 1WAUA 1UCWA 2NUYA 3W88A 4NQ1A 1QNVA 3E9AA 5HUPA 2X16A 2ZRVA 1I8JA 4R34A 3VCRA 4UTJA 1RVGA 3BW4A 3M5YA 2DZVA 3HIJA 3LM7A 3MP4A 4LC8A 4O1CA 1TQXA 3ZFHA 3NPUA 4ADTA 4NNCA 3BLEA 1LRTA 5TIMA 5LHEA 3N19B 3ZS4A 1ALDA 2CLFA 1OX6A 4I7UA 5HR7A 2NUXA 1IIHA 3NA8A 3TW7A 3NQDA 3KVLA 4E0CA 1IGSA 1M7PA 3QPYA 3KVMA 4K8EA 4WQ6A 1XL9A 4JTFA 3WJWA 2XN1A 4BFAA 5ABTA 5D04C 1YLVA 4NJJA 4UTMA 3NEVA 4HSNA 4JGDA 4XUGA 2GOUA 2A2IA 5C6MA 2YXGA 4E38A 4UTHA 1W5PA 3W83A 1HFBA 6ALDA 4K7YA 2Y7DA 2BXVA 1WXJA 2OMAA 2PRHA 4WOZA 2TRSA 5F1UA 5D38A 1QOPA 2H8ZA 2A85A 2QR6A 2Q3OA 5EYWA 5LSMA 2FPVA 3IRDA 2Z0IA 3IV3A 5D03A 5LHFA 3W2KA 5I3JA 1WBHA 4ML9A 1EPXA 4O0ZA 1LRNA 2NV1A 4NJKA 2HS6A 4X9SA 4WD0A 5LNWA 3MI3A 2AQWA 3VKJA 5HNRA 1DOSA 3N9SA 1ICSA 2ZA2A 1P0NA 3B8DA 4DPQA 3TXVA 2YGYA 4JTLA 1OHLA 1YDNA 4JDBA 3R13A 4GBUA 1OFRA 1SUXA 3Q58A 3DAQA 1AL8A 3RU6A 1LYXA 3VFLA 3LV6A 4LWWA 1JJKA 4FHAA 3IIVA 4O18A 4PCFA 3NVTA 4GE8A 4UFIA 3FIGA 5J5RA 2BX7A 1BWKA 3C61A 1WX0A 4HPXA 5FI8A 3QMTA 4JEQA 2JBMA 2RHGA 3NPXA 1ZNNA 1NSJA 1VC4A 2Z2UA 3TU9A 1LLWA 3A22A 4IX2A 1KW1A 4IMCA 3QRHA 3ZWSA 3B0PA 3P5YA 2DZSA 1X7FA 3QSTA 5CPOA 4MZYA 1N8FA 1V7YA 1O95A 2XN0A 4M6VA 4OT7A 1KV8A 1LOSA 3F03K 1KFJA 4Z0JA 3IIZA 3LDVA 4Y90A 3NR0A 3TQVA 3B0UX 3A24A 4RKAA 3HPXA 3HF3A 3PSVA 1SW0A 3UWVA 1EUAA 1LP6A 3G1HA 2WPBA 3W7MA 3L5MA 5E93A 2E6AA 5BRBA 1VR6A 2DJXA 3C56A 1KTNA 3BG5A 1TTPA 1XKYA 2P10A 1YXCA 1T96A 5LKYA 2QCFA 3ATYA 5BW6A 3P67A 3MBFA 3CC1A 3IVSA 3TCEA 4WOQA 1PCKA 2ZBTA 4AF0B 1VH7A 3BO9A 3SJ3A 2PCQA 3KRUA 3DXIA 5K9XA 1YPFA 2ATMA 2EHHA 2WKJA 2FIQA 2RDTA 1C29A 1TCDA 4O8RA 1UUMA 1KFEA 3O6CA 4CQ8A 2P1FA 2YYTA 1SO6A 2FB3A 3DBPA 3LCIA 3EWYA 2V5BA 5HMSA 1XUZA 1ZENA 3BK0A 3P84A 3HO8A 4JICA 5HQEA 4MOZA 1NFBA 4A29A 5HWMA 1QOQA 3W7RA 4A2SA 2YZRA 3B03A 3DFNA 1XBYA 2XFWA 1W56A 2GVLA 3HPSA 5F4XA 2HTMA 3M41A 1EA0A 2JKAA 2VEIA 5EA9A 4RK8A 1NEYA 3RK8A 4DBEA 4O28A 4IMDA 3LHTA 1FWRA 3NQCA 4JN6A 1TPWA 3MBDA 3QMRA 4LS1A 4BF9A 2TMDA 4NZJA 3PY2A 1KM2A 2BLEA 5CPLA 2QCMA 3G3MA 1QO5A 4GWEA 4JX5A 3MP5A 3SGUA 4AHQA 3SZ8A 1UUOA 3GR7A 4CNPA 1KLZA 1N55A 3QMSA 4LOCA 3EKZA 3CQ0A 3MUXA 3NQFA 4BI7A 5KZEA 3CB8A 3W74A 1QPQA 2CZ5A 5D05A 2BWGA 1OFOA 3P8IA 1QR7A 1WOAA 2X30A 1JULA 2KZHA 3PWAA 2B7QA 1A5SA 1SO4A 2V30A 4N02A 1TPC1 1YDOA 1EWEA 3GDLA 1B9BA 4MY1A 3OG3A 2CLEA 4DELA 4HIBA 3FFSA 2QUUA 1TJPA 3IGSA 4M7TA 5DBTA 1O94A 1SO3A 2Z6JA 3TE9A 1LM1A 3PM6A 3W7PA 1YYAA 2C0AA 3W1TA 5KTLA 4GUFA 5HINA 1C8VA 1F76A 2A4AA 3GK0A 1EB3A 1Q6QA 3GLCA 4HNNA 5CGQA 1PS9A 3W3OA 4OWGA 4LRSA 3E96A 4UTTA 3TSDA 3W85A 3UNDA 3PBYA 5C55A 4LUIA 3ZWTA 4HPJA 2G97A 5LNVA 2RH9A 3C52A 3W7KA 1GVFA 2P0OA 2EGZA 3G0UA 1S5VA 1CW2A 1H7XA 3UZ5A 5LNSA 5HR6A 4K6AA 3QFEA 5C54A 2VC6A 1X6UA 1SZNA 3LXCA 1XDLA 3O6DA 3PB0A 2B7OA 1TSIA 1U5JA 1G7UA 2PRMA 2JK2A 4S2BA 4XBKA 1C9DA 1A5CA 3NQ7A 4C1KA 5AHLA 3EWXA 5G5IA 3CEPA 3G3DA 8TIMA 2ALDA 4R53A 4YXGA 1IXPA 2CLMA 4QIUA 5T26A 3E49A 2X1UA 5AC6A 3W2UA 4XZ9A 5LZLA 2YW4A 4PA8A 2DORA 4DPPA 4FX6M 4JTGA 1XBVA 3NM1A 4Q32A 3LBMA 4Y8FA 3RNDA 2DZUA 4JX4A 3TIMA 2BZNA 4O57A 2DZTA 5IBXC 3HBLA 3R5EA 5AB3A 5SWUA 3DFTA 3P74A 3W7QA 3EXRA 1JQXA 5AYYA 2A6NA 4JD4A 5LNUA 2EAWA 1W5MA 1W1ZA 3HJZA 3DI0A 1W5OA 3G24A 2YSWA 1ZCOA 1LTDA 3FYOA 3LCLA 1B4EA 1D3GA 1ICQA 2CFFA 3G1SA 1K8XA 2A1YA 3LTYA 3TMLA 1G7VA 2VFEA 1XM3A 2E5DA 3M1ZA 2NV2A 1T0OA 5CKSA 3UPWA 2VXNA 3T7VA 2GJLA 3LHWA 3FKKA 1GEQA 1ICPA 4BWLA 4E2DA 5G2WA 3IIOA 1J4EA 1OK4A 1VCFA 3EX1A 2H8XA 4JTUA 2CLHA 1TYGA 3O6YX 3PS7A 4RXGA 2NXHA 2A5HA 5DCDA 4MYAA 3W1NA 1H60A 4AB4A 4O19A 3LRKA 2Z1BA 1CX9A 1VCVA 3TQKA 4AVFA 3P60A 1L2UA 2CLKA 3C2RA 1X1OA 3PSWA 1GVSA 2QCEA 2A7RA 3TAOA 1GTEA 4FNSA 3BG9A 1G6CA 4JR5A 3S1XA 5DCBA 1KFBA 1UB3A 4LC6A 1WV2A 3QM3A 3VE9A 4B5NA 4ORIA 2PE4A 1FBAA 3N34A 3P80A 2RKXA 5TQLA 4MLRA 1W37A 3S5ZA 3TQ0A 1KA9F 4ORMA 3GXPA 3LI1A 4JS3A 3M0ZA 3PF3A 2X1RA 5FF3A 2WNNA 1O4UA 2XN2A 1L6YA 4FNUA 3PUEA 1P5BA 4CQ9A 3ANYA 4FNPA 1IXNA 4DQWA 7TIMA 2I1OA 4X22A 4Z1DA 2QCCA 4ZL1A 3DHDA 4HHPA 5LNRA 1QMLA 3TSMA 3NG3A 3Q94A 4YL2A 3W7GA 2G96A 4TO8A 3MO7A 4EIVA 4RCXA 1G4TA 1THFD 2YR1A 3M5ZA 1WDWA 2J9YA 3KOFA 3I7SA 3NXFA 3PG8A 2FJKA 4GUHA 2WNQA 3HG2A 4LS0A 2V0TA 1ZY9A 1G4SA 3M44A 2ZRUA 3W7HA 2F7FA 3UPBA 3W2NA 2B4GA 4MPQA 1KBJA 1GTHA 3CM4A 3WK2A 3MW7A 3QZEA 4Q4KA 3M7WA 3O8AA 2JGYA 3W73A 1XCFA 1LLZA 5DELA 2QCDA 3L5LA 1FXPA 1FCVA 4NZFA 1OFPA 4UMCA 3O07A 3W76A 4WY0A 4IQLA 3LERA 3W22A 1T99A 3H53A 5KZMA 4IMGA 3PBUA 4U28A 3M5XA 4UFHA 2FQIA 4NJHA 2C15A 3E0IA 4JTEA 4UR8A 3DI1A 1H7OA 2G5WA 4M6QA 5DLCA 3IIPA 3W6YA 3DFPA 2A0NA 3QQ0A 3SSJA 1RZMA 3B06A 2YPIA 4MYXA 1AL7A 1F74A 3M43A 3M6YA 4UXDA 4IMFA 2ZZ1A 4UFMA 5IM51 3FEMA 3C2OA 3GAKA 5CG7A 3TV8A 3G8EA 3MMTA 3KHJA 3OVRA 1RR2A 4JTKA 4MY9A 3CEUA 4UC5A 3G1YA 3LV5A 3NQEA 3VE7A 5BNKA 4IOTA 2CW6A 1YTEA 3IGUA 2Y89A 4O12A 4ZQNA 3MHUA 3S1UA 5K3VA 1MEIA 4M6PA 1GT8A 5DBUA 3OVPA 4GNJA 5C5YA 3NL6A 3NQGA 1KM6A 4WY0F 3UWUA 4DXVA 3PC0A 4O17A 5DCEA 5BOOA 2QCLA 4PFMA 1YADA 3HGSA 3MHFA 1TIMA 2HSAA 3Q37A 3U8GA 3KRZA 1I4NA 4NJIA 5HWNA 2V2CA 2CU0A 1KFLA 3TXZA 4ZMGA 3SGZA 4JTIA 2VFHA 1Q6RA 4PC8A 4GXMA 5G1TA 1GJPA 2E6YA 3GB6A 4Z1CA 1WQ5A 3PG9A 1UBSA 1GVOA 4AF0A 1K7XA 3C8FA 1MZHA 1K7EA 4HT3A 3PBVA 4CNNA 4EOUA 2FPYA 4NXKA 2EPHA 4QISA 4CQAA 1F6PA 4MJZA 1Z48A 1QPNA 3TUUA 3HGRA 3NNTA 3F1QA 1FX6A 2DP3A 3SI9A 3BARA 1IIGA 4LUJA 4YMZA 2VELA 4OV9A 1S5WA 1R46A 5E0KA 2QCDB 4UTWC 1R30A 3NDOA 1XBXA 4RZ6A 4WY0B 4ZQPA 1JUKA 2CLOA 2OT1A 2YFNA 5AC7A 3RMJA 1J2WA 1I2OA 1M7OA 2ZZ5A 1QPRA 1AMKA 4EF8A 3R12A 2DZXA 4QJ1A 1ZJIA 1JVNA 1FXQA 3CT7A 2GQAA 4FNTA 4AWTA 1H5YA 1X1ZA 1JUEA 1OFBA 2QUTA 5FESA 2ZRZA 1ME9A 3W1LA 3G1DA 4AH7A 3QJAA 3HMJG 1SZGA 4Y9AA 4O50A 1OFDA 2W79A 3WJSA 1YTDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4Y8FA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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