4Y90A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
MQTLLALNWKMNKTPTEARSWAEELTTKYAPAEGVDLAVLAPALDLSALAANLPAGIAFGGQDVSAHESGAYTGEISAAMLKDAGASCVVVGHSERREYHDESDATVAAKARQAQANGLLPIVCVGENLDVRERGEHVPQTLAQLRGSLEGVGADVVVAYEPVWAIGTGKTATADDAEELAAAIRGALREQYGARAEGIRVLYGGSVKPENIAEICGKPNVNGALVGGASLKVPDVLGMLDALR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Deinococcus radiodurans
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 84
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y90A00
2EAWA 4ML9A 3HG5A 3FKRA 3BARA 4PL1A 3W88A 3W7EA 2E1DA 1KFKA 1EA0A 4O10A 1KM3A 1YDNA 3BVJA 2P10A 3CT7A 1SU5A 4EF8A 5D05A 1QO5A 3W1RA 3H53A 1GG1A 3B0VC 4MJMA 1W3IA 3W7NA 5J5RA 5FF0A 3PUEA 5D30A 5BRBA 4MZ8A 1H7WA 5KMYA 4AWSA 2VFHA 4XKYA 3W2NA 4YCOA 2A4AA 3LXAA 5D38A 1FBAA 4G1KA 4M6VA 4BI6A 1X7FA 1NF0A 2G5WA 3TJLA 7TIMA 3UWWA 4LWWA 1OYBA 1LRTA 1G4EA 4S1FA 3E0IA 3WJYA 2QCHA 1J5TA 2HTMA 3IV3A 1EUNA 2Z6JA 4JTEA 4D2JA 1YYAA 3S8HA 5DLCA 4UFJA 3LCXA 4K37A 4AB4A 3MJYA 2EKCA 1VYRA 2WKJA 5CPNA 4HKPA 3L5LA 3MP3A 2J9ZA 1A53A 2V2DA 2V5LA 4PCFA 3SGZA 2QAFA 2ATMA 2P1FA 3SIZA 3EWYA 1LZOA 1MEWA 2VENA 1O60A 4GE8A 1GOXA 3UWQA 1DJQA 2DU2A 2FPYA 3NOEA 2QCMA 1L6YA 1LM1A 2YZRA 3EWUA 3NL2A 2R94A 1IXPA 5G2WA 1Z42A 4LS2A 4JXCA 4O15A 1TRDA 1TPDA 2CW6A 3QSRA 2QCEA 1QNVA 2EPHA 4ADUA 3UY7A 1H7XA 5AYZA 5HUPA 4JS3A 4YXGA 1LYXA 1RQBA 2Y6ZA 3GNNA 4DF2A 3TK7A 2Z1BA 3L67A 2ZA2A 3IGUA 3TC7A 1KA9F 2Y61A 1H7NA 3TU9A 3S5NA 3Q2DA 5TQLA 4QSHA 1F6PA 1RVGA 2NXIA 1W5MA 2NV1A 3P60A 4NNBA 2ABBA 2W0UA 4CNNA 3IGXA 1FWSA 1SO3A 3FJ6A 3LBMA 1GPWA 4RCXA 1VQTA 3NGJA 3ABSA 4FEZA 1ADOA 3G1YA 2VELA 3OIXA 3SJ3A 3VE7A 2V0TA 2JGQA 5K3VA 1SZEA 4XBKA 3M16A 3GDTA 2VEIA 4JTTA 5HWJA 1JRCA 1QPRA 2TYSA 2E5CA 4K38A 5LNSA 1QR7A 4GBUA 1DQXA 5D32A 4Y90A 1VHNA 3W7MA 4RXFA 5I3IA 2BTMA 3VCRA 4A3UA 2VFEA 1H7PA 3W84A 3IIXA 4JIPA 1OFQA 2WQPA 3QMSA 5G1TA 4LTSA 3W7RA 4JD4A 3NPVA 3RF9A 1H63A 1IXNA 4KKXA 3O05A 4KFOA 1OABA 5HR6A 3P62A 2BXVA 3UWVA 2BX7A 2QR6A 4CCEA 1HTIA 3JS3A 3TW6A 1RR2A 1M7OA 2YW3A 2CLLA 2CWNA 2Q3OA 3TQKA 3PUDA 4OHQA 4NNCA 1Z44A 4UR7A 3GDKA 1I2NA 2V8ZA 3UZJA 1G4SA 2NX1A 3USBA 2E5DA 1TV5A 4ZQOA 4JICA 5LGZA 4LS1A 3TAOA 1F76A 1XBXA 2TRSA 2RDUA 3N2MA 4JDBA 3KOFA 3TQVA 3T78A 1ZHAA 2B7OA 1W37A 1SSGA 1H1YA 2FB3A 4EF9A 1IXOA 4C1KA 4DF0A 4QISA 4AHQA 2ZRYA 4OE7A 2A85A 2VC6A 2IQTA 3MP5A 2ZRXA 5AHLA 1MZHA 5FEZA 2A2IA 1BWLA 4AEOA 2NXHA 3KRSA 4WOQA 3W7CA 4ZQCA 4O16A 3C52A 3IEBA 1OX6A 3P74A 1XBYA 2GVLA 2EGZA 2RDTA 1SUXA 1T0OA 1F05A 2DZPA 1QAPA 3C2EA 2Y85A 1PE1A 5HQEA 3KRUA 4MKNA 3F1QA 3VI2A 3GZ3A 4JGDA 3I7QA 1EP1A 4RX0A 4UMBA 3O15A 4O57A 4ICNA 4NXSA 5AC6A 1TTIA 2FTPA 5AB3A 4UNLA 4O1DA 1OX4A 2B4GA 2CLEA 3E49A 3UXAA 2DZUA 2CLKA 4WOZA 4M5PA 6TIMA 4AVFA 3L9CA 2VFDA 4MFDA 5D04C 3BO9A 4AMAA 2W6RA 2Z6IA 1XUZA 5LGXA 2Y70A 1TPUA 3NNTA 3PC0A 4UC5A 3W07A 3W3OA 1ME9A 3OEXA 1ME8A 2H6RA 5FEXA 2WSRA 4RKAA 4WUIA 3VNDA 5IBXA 3BW2A 2ZBTA 3DI1A 3W2LA 4RZ6A 3P8IA 3M5ZA 1TIMA 3DFTA 3C8FA 3LB0A 4O4VA 3DAQA 4JY8A 1BKSA 3S5OA 4IGHA 4IMEA 3O16A 4O11A 5F1VA 2GQ8A 4R7JA 3BW3A 3L65A 4UTIA 4WXZA 3QF0A 1TYGA 1K7XA 4MY9A 1R30A 4O52A 4P2VA 2PRHA 3TH6A 4LV9A 1Z41A 2RDWA 3STCA 2VFGA 3INPA 4H6KA 4HPJA 3BGGA 4N4PA 4GUHA 4Z08A 2XN0A 3TUUA 4Z0SA 2ZTJA 3AO0A 3A5FA 1DKWA 3L66A 5FF2A 3GDMA 1WBHA 2Z0IA 3W76A 4FNSA 1G4PA 4UFIA 4UMAA 1TV8A 1OYAA 3LHTA 5EMUA 1KFBA 3W1MA 2ZRZA 4M6PA 1EWDA 2NUYA 3WJZA 4YWIA 3GDLA 3ZS4A 2PC4A 4ZVJA 2GJNA 3U2OA 1GEQA 3O07A 4MFEA 3V1PA 2NUWA 4AWTA 3LCWA 5LNRA 1MXSA 4OU1A 3ABOA 3HGJA 4OGZA 1LOSA 1PCKA 2QCNA 5IBXC 4YMZA 1HL2A 4ADTA 5EKYA 4LC8A 3LGEA 1X8FA 4BR1A 1GZGA 1AMKA 2WNNA 2JBMA 3EWBX 2ISVA 3UZ5A 1DJNA 2Y89A 1KW1A 3CB8A 3GXNA 1KM1A 4MPQA 3T7VA 1SFLA 4NQ1A 3W7KA 2ZRUA 1UBSA 2ZA3A 1A5CA 5G4WA 1GG0A 4JEQA 3CWOX 3I65A 1B57A 2CLHA 1H7OA 1VJIA 3LCLA 5FEPA 1DQWA 3O6YX 4ZMGA 3WFAA 4KWWA 5LNWA 3CQ0A 1TPWA 3TC6A 3C61A 1KLZA 4O50A 3T4CA 1D9EA 3B04A 2CZFA 3WK0A 4DBEA 2A6LA 1PCWA 4N02A 5K2ZA 3GVGA 5FEWA 3P67A 2XFWA 1K7EA 1XKYA 3ANYA 4Y96A 1FDJA 1JCNA 1JCYA 1LROA 4LC6A 2H8XA 3MHUA 1X1ZA 5FF3A 1YXCA 1VGAA 4JNMA 3NPXA 3CEUA 4H3DA 1YXDA 2H3DA 4RXGA 4IQLA 2BWGA 4QJ1A 5FESA 2QDGA 4HPXA 1ZAHA 3DZ1A 5CPMA 2C6QA 2JKPA 2X1TA 3W1XA 1NFBA 3ELFA 3LCFA 5D2YA 3IIVA 1H7RA 4PEKA 4JTKA 4RLIA 2J27A 2CFFA 1TV7A 2A0NA 4OBTA 3L68A 1S5VA 1IF2A 2Z2UA 1R2SA 5F4XA 1IGSA 4K8HA 2QAPA 5D2WA 3CC1A 2NZLA 1WBJA 4UFKA 1ICSA 1IIGA 1S5WA 1XXXA 3P82A 2RHGA 3N9RA 2ZFAA 2GOUA 5HUOA 1BWKA 3PG9A 1EUAA 1K7FA 3DH7A 2WPBA 4N9CA 1ME7A 3OHIA 3U8GA 1OX4B 4O19A 2Y63A 1P0KA 4PTNA 2Y7FA 4GUIA 1SSDA 2DZSA 1X1OA 3TSBA 4JR5A 1MO0A 4NX0A 4TIMA 2WNZA 1ICQA 3NO5A 3PSVA 4ADSA 4LV4A 3GKFA 5FF7A 3KXQA 3TFCA 4LUIA 3C6CA 4E2BA 5LHEA 2H90A 3W1LA 3W2JA 4A2RA 1TJPA 5EPDA 1Q6RA 3G1AA 3STGA 5D2TA 1SFJA 3GDRA 5I3JA 1R46A 3M7WA 3NQ7A 4FNPA 2NXGA 3I6RA 5DN1A 4QNWA 1JCJA 4E2DA 2CZEA 2YR1A 4QQ3A 4QIUA 2C1HA 3ZFHA 4HNUA 4LOCA 4Q32A 2F7FA 5BNKA 4MLRA 1GVRA 1PIIA 1R47A 1IXQA 2FB2A 2V30A 3QC3A 3NQGA 4BF9A 4XBSA 3NPWA 5D2XA 1FCUA 1FCQA 1W56A 3NXFA 3UQNA 4N2YA 1XFBA 3LV5A 3DGRA 3QPYA 1RQEA 3A24A 1G6CA 2WO5A 1WOBA 4AXKA 1EX5A 4RJEA 4I9AA 1GT8A 5MHBA 3FLUA 2X30A 4HT3A 4UFMA 5DELA 2AQWA 3O6DA 1I2QA 5AHNA 1W3NA 1P1XA 3TA6A 4WZHA 5SWUA 1ZCOA 5K9XA 1SO6A 3RLVA 5C5YA 4Z1AA 1LLWA 1I2OA 3L2IA 2QCLA 1DOSA 5E93A 3IGSA 1P0NA 4MYXA 1L2UA 3RK8A 4GRSA 1U83A 3ATYA 1MEHA 3PM6A 3S1XA 1YTEA 4O8RA 1VC4A 2OCZA 2G95A 2PURA 4JYFA 4S2CA 3QZEA 4X3ZA 4WY0F 3H55A 1FDZA 4A22A 3HJZA 2QCDA 2V9DA 2OZ0A 3QRHA 1J2WA 1HO1A 3NEVA 2JK2A 4GWEA 3G1DA 3Q58A 1GWJA 2Q8ZA 1O5KA 2WSYA 3GYEA 4GJ1A 4O1AA 3HG3A 4JN6A 3P7YA 4YL2A 3W7OA 3EB2A 3LBCA 4FNUA 1AL8A 1K03A 2ALDA 5CSRA 1AL7A 3N73A 1K3UA 5A8GA 3ZWTA 3EKLA 4FB7A 5CSSA 4AF0A 1W54A 3M9YA 1PV8A 2YDAA 2A6NA 3W71A 2V82A 2VXNA 3LM7A 1Q45A 2E6FA 1B4KA 2Q3RA 5AYXA 1FWRA 5E0KA 3LX9A 1W5NA 1H60A 4JIQA 4ZQNA 3W7GA 1JVNA 3BLEA 4BFAA 5HWNA 1YDOA 2PRLA 4MZ1A 4EVZA 4LUJA 2ZA1A 3W72A 4JTUA 3B03A 3LHWA 1F6KA 1NSJA 3WK3A 1VS1A 3M0ZA 3UPBA 4K7VA 1TMHA 2TMDA 1K8XA 5HJLA 2YXGA 3G1SA 3HO8A 3W23A 4XTDA 2C13A 2A1YA 4K8EA 4O13A 2ZZ2A 5E1QA 3RMJA 3W73A 3L0KA 2R14A 3KX6A 1JQXA 2QUTA 1QPOA 5BMXA 1VLIA 4TO8A 2B7PA 3A9IA 3UYCA 2J9XA 1QCWA 1W5OA 4OV9A 3W7LA 5DY2A 3CM4A 1T96A 2A7RA 1ZALA 2A21A 3FYOA 3B06A 1OK6A 5ABTA 3MUXA 2YFNA 5CPLA 2WSQA 3PSWA 3BV4A 5TBOA 3FIGA 4O28A 3FOKA 2FDSA 4LU0A 4O1BA 4FX8A 4N4QA 1EWEA 3IIPA 5J5DA 5HR7A 3GKAA 1YTKA 2G96A 2WJZA 3BG5A 4ONVA 5K9DA 2VKZG 3PR2A 3TE9A 3O8AA 3W6YA 1WOAA 2R91A 4QM1A 1F5ZA 3V75A 2GQAA 2C3ZA 3QMRA 1GQNA 3W87A 4CCDA 4K7YA 3UXDA 2G97A 3PBVA 1SW3A 1OFRA 2AGKA 5CZJA 4YLWA 2WOQA 1C8VA 5LHFA 1WAUA 1LOQA 3BLFA 3LTYA 3DI0A 3FYPA 2OJPA 5CZTA 4E0CA 4LRTA 2VEPA 4DXVA 4O17A 4KFPA 1F7BA 4LRSA 1OHLA 3G0SA 2YX0A 4NJHA 1W5PA 5G4EA 1TCDA 3P8JA 2QCCA 1UUMA 3S9YA 3W7IA 3CTLA 1KFEA 3LCHA 1J4EA 1KTCA 1RD5A 4N6FA 2ZQ0A 5FI8A 1OF8A 3GXTA 2B0MA 3TNOA 4ZL1A 3ABQA 1O94A 4GUJA 3EX2A 1GYNA 5CG7A 2NUXA 2X1RA 3G1XA 3BGJA 3RNDA 3UD6A 2OT0A 5HULA 2UV8G 1VCFA 1YLVA 3GB6A 1TPH1 2J9YA 4XKYB 5F4WA 5CZ0A 1A50A 1TJRA 2YGYA 3QYQA 4OQVA 4AH7A 1B9BA 3F4WA 4FF7A 4XTIA 4L4LA 2VEMA 1QDSA 4LVDA 2WNQA 3HB9A 2DZTA 4IMDA 2I9EA 3W7DA 1TPEA 3JR2A 1G4TA 3DHFA 5F2GA 2P0OA 3C4UA 3W1TA 1W3TA 3DHDA 5AC7A 4OWGA 1XDLA 3TV8A 5AHMA 4AAJA 1OVDA 5EL1A 3P5ZA 2OX1A 4IXHA 1PHWA 1OFBA 5L6UA 4RZ4A 1NF7A 2QJGA 1Q3NA 1EP2A 3FS2A 3W7HA 2VEKA 4Y9AA 3QEZA 3MO7A 4BWLA 2GPTA 4AF0B 3O63A 1YADA 4BI5A 1ZY9A 3HPSA 3PB0A 4U28A 3JRKA 3NQDA 4X9SA 1CX9A 1KFLA 4R53A 2EHHA 1Y0EA 4RZ5A 3NQAA 3PVFA 4PODA 1OYCA 3LCIA 3W1AA 5KITA 5I3FA 3HG2A 1O4UA 1KLYA 2DP3A 4R34A 3S5YA 4A21A 3MHGA 1MEIA 3QW3A 2Y7EA 4TU1A 1PS9A 1D3GA 1DORA 2ZYFA 2ZZ5A 4DPPA 1JUKA 4NJJA 4XUGA 2C16A 3HIJA 5D09A 1V7YA 4JX6A 3KAOA 3G1HA 3MI2A 2YPIA 4NXKA 1OJXA 3NL5A 3DXIA 3TDFA 3HBLA 3C2FA 2EF9A 4DBDA 1H51A 4L4MA 2YFOA 1WXJA 1BEUA 4IOTA 4TX9A 1UCWA 1L9WA 2GQ9A 1B4EA 3PB2A 2Y7GA 3BLIA 1M7PA 5KZDA 1R2RA 3P61A 5TIMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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