4Y96A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from gemmata obscuriglobus
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
TRKKFVAGNWKMNTTLAEAKALGAAVAKGVTDDRVTVAVFPPYPWLTAVGEVLKGSPVALGAQDVSSEKKGAFTGEVSPAMLLETGCKYALIGHSERRHIIGESETFINHKVHTALEEGLSVVLCMGETLAERERGLQERVFQRQVYAACAGLTDEQFGRIVIAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEAHAFVRSKLRLLYGDKIADSTPIVYGGSVTPDNTVGLMSQPDVDGALVGGASLKADSFLAIVKAAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Gemmata obscuriglobus
total genus 93
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y96A00
3BV4A 4E38A 1I2OA 1KFLA 3W84A 4N9CA 3E9AA 4WZHA 5AC8A 2VFIA 3NDOA 3QQ0A 1K8YA 1PE1A 1PCKA 1EUAA 4JDYA 5G2WA 4KKXA 2WKJA 3TH6A 3IVSA 2V82A 2ZRZA 3SR7A 3ABOA 3LM7A 1LLWA 1SO5A 4UMBA 5TBOA 3CB8A 2BLEA 4AAJA 1UUOA 1DVJA 2PRLA 3IVTA 2Z6JA 1EWDA 3CC1A 3LX9A 3IIOA 3TDFA 5BMXA 3G1FA 2V2CA 4JDBA 4O50A 4RZ5A 4UFLA 4NU7A 2DZTA 4XQ6A 1K02A 4IPIA 4UTKA 3W1MA 4QJ1A 5KTLA 3EKLA 3VI2A 5DCBA 4RCXA 1SZGA 2CU0A 4JYEA 3STGA 3W2MA 2GOUA 1G67A 5AC6A 1VYRA 3GIYA 4UTWC 4X3ZA 4LV4A 1L2UA 2WJZA 2RHGA 3MP5A 1CX9A 1MO0A 3CWOX 1W8SA 2HS6A 3N9RA 1SO3A 4LC8A 3M7WA 1SO6A 3GZ3A 1LROA 1RQBA 3W1UA 1MEWA 3P61A 2AAMA 2F84A 1W0MA 3RNDA 2Q8ZA 1TO3A 1X7FA 3MI2A 3PM6A 4O15A 3FEMA 1U83A 3NL6A 1LRNA 1DORA 1HTIA 3LERA 3CIWA 5FESA 3PUDA 2QAPA 3NYZA 1BEUA 3S42A 3V1PA 3O6CA 3EWXA 2VFEA 1G4PA 2A4AA 3RU6A 1XDLA 3LI0A 2QR6A 5D03A 2ZYFA 3QC3A 5A5WA 1W5MA 4DBDA 3G1HA 4S2CA 1RVGA 3FJ6A 3NXFA 5FF2A 4JTFA 3P84A 1VRDA 2E6DA 2KZHA 3B04A 3DKJA 3UXDA 4HSOA 1GEQA 1FDZA 3TJLA 2RDTA 1SZNA 5KMYA 3NQ7A 1AL7A 1FY6A 4LUJA 5DN1A 1DKWA 3P7YA 4MZYA 1LDCA 4PTNA 1LBFA 4CNOA 4OE7A 3W1XA 1VS1A 2ZRVA 4XKYB 4RR4A 1LBLA 3O1NA 3W74A 3FFSA 4CCDA 3W3OA 2ALDA 2VFFA 3IVUA 1ZY9A 3EWWA 3NM3A 4I9AA 2Y7DA 2EAWA 3C6CA 4M19A 5D2TA 1H7RA 5KITA 4IX2A 4DF1A 4MYXA 3C56A 1G7UA 3BW4A 4KFOA 1UASA 4NX5A 5LNUA 3HGSA 4EF8A 1GWJA 3MHFA 1WX0A 3S1VA 2G95A 1SSDA 4W9TA 2NX1A 1A5CA 3NPVA 3DI0A 5K4XA 4UTTC 2Y89A 2VFHA 3BW2A 2TRSA 1M5WA 3QSTA 3WJYA 3C8FA 3W7DA 5DY2A 3G24A 3O07A 3O8AA 1YLVA 3QH2A 2A1YA 4OV4A 4GWEA 5CZSA 1JQVA 3RK8A 3FJLA 4DF0A 2FQIA 1SPQA 1B4KA 3FKRA 1W3TA 4QM1A 2C0AA 2DJXA 4GFSA 4BI6A 4Z1AA 3W7HA 4RLIA 3P8JA 3W22A 1I2QA 2X1UA 2Y7GA 4RK8A 1GVSA 5F2GA 3AJXA 1XUZA 1UB3A 1TREA 3W1AA 3NQFA 4XTDA 5AC7A 1VGAA 1IIGA 3HB9A 5DXYA 2BXVA 1OFRA 4FX8A 5U7SA 1EWEA 2H3DA 2O7QA 4FNTA 1OJXA 2ZTJA 3NQDA 1F74A 1TPH1 3C2OA 1H5YA 3L65A 1IXOA 4Q32A 3NL3A 4JX5A 1JCNA 3MYPA 3G3MA 1O94A 4JS3A 3L0NA 3HGRA 2B4GA 3LBCA 3MI3A 4ZQOA 5FF3A 1R46A 2CZEA 4NXKA 5BW6A 2E1DA 4UNKA 3N3MA 3QPZA 2VOMA 3YPIA 3EX2A 5AYZA 2PCQA 4BR1A 4BI5A 3W2LA 3KRUA 1JCXA 1FXQA 3W73A 5FF7A 3W07A 5HUOA 1HG3A 2EF9A 1H50A 3MUXA 1QPOA 3WK1A 1KM3A 3T7VA 3NQ2A 2R94A 3NO5A 3PR2A 4UMAA 2E68A 4O16A 1LBMA 8TIMA 3A22A 1TJRA 3UYCA 4JYDA 1LOLA 4ZZ9A 1TPWA 2WNNA 1W5NA 4QISA 3RFAA 2CLIA 4LT9A 5F1VA 2NX9A 2CW6A 5J5RA 1UCWA 2P1FA 5AHNA 4AWUA 3W83A 5D33A 3LCHA 3CHVA 2R91A 3W6YA 2YFOA 4LS0A 1QOQA 3VE7A 3MBFA 3CWNA 1DJNA 3MYOA 3EX6A 2IQTA 1GTEA 1KW1A 2GQAA 3DFTA 4MFDA 5BNKA 4BFAA 1KTBA 1FWNA 3I7SA 4IXHA 1C29A 1OHLA 2QEZA 4O11A 4IMEA 2G96A 3W7RA 4JR5A 1YYAA 4UIOA 3TW6A 3TFXA 3B05A 4ZQCA 4N02A 3P82A 4GUFA 2FJKA 4LTSA 2CLOA 2Z0IA 1OFDA 3DZ1A 5KINA 2A6NA 1OX4B 3W7KA 1HO4A 5CSRA 1DHPA 2ABAA 4MJZA 5I3FA 3KHJA 1MXSA 2Y7EA 4NX0A 4CQAA 2OX1A 2W79A 3E49A 2J27A 2OJPA 3TV8A 3L66A 3LCIA 1ZAIA 3NQMA 3STFA 1ICQA 1YDOA 4HN4A 3TJXA 2CLLA 3QMTA 4AVFA 3E12A 3QF0A 2J9XA 1QPQA 3HF3A 5AB3A 4JN6A 3LHVA 2DP3A 4BK9A 1ZAJA 3M6YA 3GXNA 3B8DA 4QAIA 4N9EA 1WDWA 4TR9A 4R53A 5D37A 4CNNA 1GQNA 3SY5A 3VNDA 4PODA 1T0OA 3SI9A 1WXJA 2R14A 1R2RA 3UQNA 4FEZA 3IEBA 3EXRA 1H62A 5SWUA 4KWWA 1BKSA 3U6WA 1AL8A 1X1ZA 4MY8A 2ZBTA 4ZQNA 1MSSA 1YPFA 2QJIA 2RDWA 5EPDA 2FPVA 3UWUA 3W87A 2WO5A 3DXIA 3PWAA 1XBVA 2DJLA 2WOQA 3CEPA 4Z1DA 1OFBA 1FCBA 2P0OA 3N14A 3FS2A 1EA0A 2V30A 5EA9A 2I1OA 4JTLA 5LGZA 3M5ZA 4LVAA 4MLJA 2XN1A 4FF7A 4O10A 1HFBA 3FKKA 3LTYA 3TMQA 4O13A 1ZHAA 3BG9A 3R5EA 1Y0EA 4O0ZA 3M44A 4GRSA 1H51A 1S3HA 1Z41A 2X16A 4A29A 5E1QA 3VKJA 1G4SA 2CLEA 1RR2A 2J88A 5DCEA 3S1XA 3BK0A 5DXXA 5EY5A 3TE9A 1GVRA 1J2WA 2Y70A 3M5XA 1LORA 3R13A 5HWMA 4LNYA 4ML9A 5FI8A 2WV8A 2PE4A 4IMCA 3RMJA 5K9XA 2V2HA 1TB3A 3A9IA 3KRSA 3A5FA 1K8ZA 3OBKA 3HO8A 3GKAA 4NXSA 1OK4A 1GG0A 3EWZA 5KZEA 3MP3A 1GVQA 2E77A 2JKAA 4O17A 2Y61A 3WK3A 1KM6A 3EX4A 4L4LA 5IBXC 1JRBA 3TSDA 3W9ZA 2GQ9A 4GJ1A 1LM1A 3HGJA 3LXBA 4PH6A 1O5XA 3JRKA 4X2RA 2Y63A 4FNQA 3R89A 1OVDA 4LWWA 3O15A 4O0KA 4MJMA 3UWVA 3O16A 5TIMA 3LI1A 3USBA 2F7FA 5G1YA 1OK6A 1RQEA 1GPWA 1E51A 1KBJA 4RXFA 2FPYA 3N73A 4TU1A 1Q6RA 1PIIA 3UZJA 3PSVA 1UJPA 4PL2A 3M5YA 3NA8A 1G6CA 1TTQA 4O8RA 3PVFA 3UNDA 5EMUA 4LW7A 5LZLA 5T26A 3W85A 1DBTA 4MUZA 4A3UA 5DLCA 1KA9F 5G2IA 3SIZA 3JR2A 3P62A 2QJGA 4XUGA 1LOQA 4IUOA 4JIQA 4WXYA 5D2YA 5LKYA 4ZL1A 4XZ9A 3HOJA 3NQAA 4LUIA 3IIVA 1ML1A 3SGUA 4HKPA 4FHAA 4JTIA 5H91A 5CGQA 4FB7A 2TPSA 2EKCA 2QCDB 5HULA 1R47A 4NNAA 4B5NA 3EX1A 3MI6A 3HBLA 3DHDA 3MWAA 2WQPA 3DKLA 3MBDA 4K36A 2A21A 4UMCA 2FPTA 2YXGA 1OYCA 4WD0A 3W23A 2JKEA 1VQTA 1H1YA 1VHNA 4IJBA 4Z1CA 1DQXA 1LZOA 4ALDA 3CLMA 4RZ6A 3TA6A 3TSBA 4FNPA 5CPLA 4FNUA 1FCQA 1JUEA 3WK2A 3TIMA 2X30A 3NQEA 3BPWA 4XTIA 4Y9AA 3PUOA 1SW0A 4UC5A 5HR6A 2WNZA 3EWYA 3IIXA 1TCDA 2OMAA 2GVLA 1H7PA 3STEA 4UFIA 2HS8A 4JD4A 3QFEA 1K7XA 3C52A 3W1TA 1H60A 2E5DA 3HPSA 1GOXA 3SW6A 2ZTKA 1L6WA 4DXVA 3R2GA 3L21A 4M7TA 4CCCA 4FIQA 3PSWA 5TQLA 4JTEA 1W31A 3G1YA 3NR0A 5F2LA 3VE9A 3MJYA 1A50A 3P80A 1GVOA 4CQ9A 2GQ8A 2ZA2A 1EEPA 5U4NA 2ZZ4A 2QCLA 3OVRA 2VELA 1A5SA 1QR7A 1KLZA 2DZUA 2A7PA 3THQA 1UBSA 3NQGA 1IGSA 1WBJA 2NXGA 3WJXA 1ALDA 1G4EA 1TRDA 1NEYA 1OYAA 3TQVA 3SGZA 1CW2A 1QAPA 1SQ7A 3GDTA 2NZLA 3W7JA 3E0IA 1JVNA 3N34A 3NL2A 2YW4A 3LRLA 3LV5A 5F2IA 1KFJA 2ZRYA 4N6FA 4K7VA 3A21A 4MVAA 5HMSA 3EWUA 4GXMA 3NGJA 4LU0A 4WUIA 4UXDA 5FEWA 3THAA 3W7EA 4DPPA 3E02A 3INPA 2ATMA 3OHIA 3C2VA 4C1KA 1SSGA 1NVMA 1D9EA 3PBYA 3I6RA 3W2KA 3G0UA 3NNTA 3P8IA 3SFKA 1F05A 5AHEA 2ZA1A 1JCMP 4LS2A 1H7OA 4K8HA 5HWJA 4LRSA 1P0KA 2BWGA 2ISSA 4JYFA 2H90A 3G1VA 4N2YA 3C0JA 1QPNA 1KFBA 3BG3A 3SECA 3UY8A 3W76A 3IGUA 2Y7FA 4DO4A 3GX9A 1TV7A 2CLFA 4HPJA 5D05A 1FDYA 4QSHA 3OG3A 3OVQA 4GUJA 3N2MA 2QJHA 4HNNA 1F7BA 2YCEA 5K9DA 2DU2A 2JBMA 4JIPA 3I7RA 3NM1A 3KAOA 1HL2A 4OHQA 1YTDA 1GG1A 4JY8A 3NQ6A 2J6XA 4PCFA 4TX9A 3S9YA 5F2MA 4K6AA 3P60A 5EBUA 1TV5A 5BRBA 3GAKA 2FB2A 2FLIA 3G0SA 3S5YA 3B06A 1ONRA 3P5ZA 2RH9A 4X22A 1EB3A 1SW7A 3LCXA 2YSWA 5C6MA 1VYPX 4H3DA 4M7SA 4K8EA 4UNLA 1U5JA 5D30A 2V9DA 1YTKA 4R34A 1G7VA 1TV8A 4A22A 1I45A 3GXPA 1TYGA 4FNRA 3I7QA 1XBZA 1B4EA 3NQVA 3NEVA 3PBWA 3KVMA 4ICNA 4ONVA 3ATYA 3HG5A 5CPNA 2H6RA 5L9FA 2P10A 4FXRA 4OWGA 3S8HA 2A7RA 4Z1BA 1FWSA 3KVJA 3TCEA 1WV2A 3W7NA 1KM2A 3A24A 2V0TA 5G1TA 4JX4A 3WJSA 3GR8A 2QUVA 1RQHA 4Z0SA 5KZDA 2QKFA 4UR7A 3G1SA 4CLMA 2BX7A 1UUMA 4UTTA 2DZWA 2E09A 3IGXA 4AXKA 4YWIA 4IX0A 1V7YA 3W7OA 4XKYA 2JGQA 2E6AA 2XN2A 4NZJA 1ZNNA 3L2IA 1WOBA 3EXSA 2VC6A 3BGJA 2A7NA 3GLCA 1WQ5A 3N2XA 1XBXA 2VEMA 1BWKA 1D3GA 2G97A 4JTUA 4Y90A 3NZRA 3WFAA 4M6QA 3DGRA 2H3BA 4OV9A 1ZCOA 2NUXA 4BWLA 1Q3NA 2OZ0A 3B03A 3CTLA 3MO7A 3T55A 5LNVA 3EWBX 4ORIA 4BI7A 1NSJA 5BMWA 3P81A 2GJNA 3P67A 4AEOA 1XC4A 1TRIA 1I4NA 3W2NA 4MY9A 1LLZA 5DCDA 1KLYA 2QCGA 5DY3A 1SZFA 1JCYA 1GZGA 3LCWA 3O6DA 4PFMA 1T96A 1M6JA 1Z44A 1OF8A 2VEIA 3LLFA 3BW3A 1A5AA 3IRDA 3LCFA 5AHIA 4XWUA 2TYSA 3TKFA 4AF0B 1K7FA 7TIMA 1G4TA 3LHYA 4UFJA 2A0NA 5CKSA 1RD5A 4Q33A 4E2BA 3ELFA 4P61A 1F2JA 3GDRA 1QFEA 3FYOA 1W3NA 4DPQA 4I7VA 4UR8A 2RFGA 1XDMA 4MYAA 1K3UA 5D32A 1IF2A 3Q2DA 3DFNA 4OBTA 3PC0A 1XM3A 5F1UA 1XFBA 2ISVA 2XN0A 2C16A 1SR9A 5LHEA 3W2JA 2C18A 1OFQA 3TXVA 5EYWA 4QNEA 4AHPA 1OFAA 4UTJA 4MKNA 1QPRA 2B7OA 4GC4A 3H53A 5CPMA 2NX3A 2YX0A 2B7PA 3GNDA 5D38A 3TAOA 1XUUA 2C1HA 1P4CA 3O06A 1SUXA 3LDVA 4IQLA 1H1ZA 3GXTA 3E96A 1FDJA 2YZRA 4YXGA 2I14A 2QCNA 4A21A 3RLVA 4Q4KA 3B4UA 3W71A 2A85A 3ABSA 1LRQA 1HO1A 4LVGA 5FEXA 4I7WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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