4Y9AA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from streptomyces coelicolor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTPLMAGNWKMNLNHLEAIAHVQKLAFALADKDYDAVEVAVLAPFTDLRSVQTLVDGDKLKIKYGAQDISAHDGGAYTGEISGPMLAKLKCTYVAVGHSERRQYHAETDEIVNAKVKAAYKHGLTPILCVGEELDVREAGNHVEHTLAQVEGGLKDLAAEQAESVVIAYEPVWAIGTGKVCGADDAQEVCAAIRGKLAELYSQELADKVRIQYGGSVKSGNVAEIMAKPDIDGALVGGASLDSDEFVKIVRFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 89
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y9aA00
3I7QA 4IMGA 3S1WA 3UWVA 4H4IA 2BWGA 2JKAA 3O15A 4JGDA 3RFAA 5LHEA 1SO4A 5AHLA 1H7PA 3G1XA 1TPWA 5LZLA 1TRIA 3QM3A 1EP3A 1CW2A 3DGRA 1GPWA 3SIZA 5LSMA 1R47A 2CFFA 2A6LA 4OBTA 2E1DA 3HGOA 4O19A 3FOKA 4AH7A 2YDAA 1LLWA 3G0XA 3S0CA 1GYLA 3TQKA 4ADUA 4UTLA 4O1CA 1DV7A 3KOFA 3P80A 4HNVA 3DFQA 3W2MA 3GDRA 3SI9A 1UCWA 5BMXA 4ZMGA 2VELA 2QKFA 2RDUA 3PUEA 3QMRA 4A2RA 2YYTA 1SO5A 3KX6A 1H7NA 2CLEA 4YCOA 2QJHA 1VCVA 3TQVA 3V75A 1KV8A 4N2YA 3NXFA 4BWLC 1YTDA 5MHBA 3KVLA 4JTKA 1M7OA 1O5XA 3A5VA 5LNVA 2ALDA 3S5YA 3MMTA 4W9TA 1JCMP 2AGKA 3G0SA 3M9YA 4NQ1A 3PBVA 5G5IA 4UMBA 2WV8A 2FFCA 3W87A 1IIHA 1AK5A 1J2WA 1ALDA 4O15A 4LTSA 4LVBA 1KV5A 2X1TA 5D2YA 1OFQA 3ZS4A 2NXHA 3TROA 4AB4A 3QMSA 2QCEA 2YFOA 1K02A 3L68A 3DI0A 4FEZA 4JYDA 4WY0A 2HS8A 4WX2A 4LV9A 3C61A 4Z08A 4FO4A 3ABQA 1TQXA 3HOJA 4LUJA 4O4WA 4M5PA 4GUIA 2CZEA 3W2NA 2YYUA 3G1DA 3DFPA 4TU1A 1KTNA 3EEGA 3LOTA 3QF0A 1OX4B 1JRCA 2WKJA 4D2JA 1YADA 1S5VA 3PBWA 4O53A 1ML1A 5E93A 1LCOA 5H2ZA 1AW2A 1KM1A 2ZZ1A 1OFOA 2XN0A 2A21A 3NL6A 3S5ZA 1TPFA 3NL5A 3TUUA 1IIGA 4H3DA 5EYWA 3A22A 3LM7A 5D33A 1FDZA 4XKYA 1LDCA 3UWZA 4N02A 3RMJA 2NWSA 4LVDA 3E0IA 1H7RA 4K8HA 4ADTA 2HS6A 5CPNA 3KVKA 1ZNNA 5HMSA 3NPUA 3B0VC 3G1HA 3NA8A 3CWNA 3LBCA 4Q32A 3HPZA 3UZ5A 1GG1A 3TQ0A 5G2WA 3S1XA 1OF6A 3B0UX 2ZA1A 4NJHA 4ZZ9A 4NJJA 3EKZA 2XN1A 4UTTC 1JQVA 3E96A 1I2NA 3PY2A 1TREA 2F84A 4CQAA 3G3DA 3DFOA 2QUUA 2BLEA 3HB9A 3TV8A 4GUJA 2V5LA 2V8ZA 3PWAA 3W84A 1O94A 2X30A 4K8EA 3W7PA 1V7YA 3VE7A 3BGJA 3FJ6A 4JY9A 2Q8LA 1W8SA 1TRDA 3LTPA 6TIMA 3W1RA 4O17A 1H7WA 3F1QA 3M0ZA 4NJIA 5C54A 1LYXA 5KMYA 1QOPA 6ALDA 1R2RA 4K6AA 5BOOA 2NWRA 4IUOA 4IPJA 1PCWA 3UWWA 1VR6A 1ZCOA 2WSYA 3G8RA 3S5NA 3EB2A 3QZEA 1E51A 2KZHA 2DJLA 3T7VA 2ZZ7A 4GRSA 3DFSA 4O52A 3YPIA 2RH9A 4O10A 4MJMA 4E38A 2Z0IA 3LHZA 5D09A 4DEFA 2VEKA 3STEA 4BI6A 3GAYA 4RX0A 4WXZA 2OMAA 1SZNA 2Y63A 2FTPA 4WY0F 2DP3A 4MFEA 3LI1A 1RQBA 1H51A 4YCPA 2EPHA 1X1OA 2V30A 4RZ5A 4NNBA 3TXZA 3GDKA 4GWEA 3HG3A 1VS1A 4LVAA 2VOMA 1KFJA 3QRHA 4E2BA 2RDWA 2DORA 3L5LA 1W5MA 1RQEA 2ZYFA 4FNTA 2ZRXA 1L6SA 1NVMA 3A23A 2XN2A 3M1ZA 3PM6A 1X1ZA 3W85A 4PEKA 2QCCA 4FIRA 2ZA3A 3W23A 2FDSA 1HFBA 5IBXC 1F74A 3EX6A 1GYNA 4ZQNA 1IXPA 4LVFA 3E02A 4UUIA 5C5YA 3A24A 2PC4A 4A3UA 3CC1A 4FXRA 3UWUA 5D32A 3N19B 3A9IA 1JR1A 3G1YA 1EEPA 1G4PA 3L0GA 3B0PA 3LCHA 3ZWSA 2QCNA 2TRSA 1DOSA 2OX1A 3NM1A 4KKXA 3QYQA 2E6AA 4LU0A 4YL2A 3M5YA 3O06A 1YXDA 1NAL1 3E12A 5D2WA 3R12A 2DZSA 4Q33A 4TMCA 3LHYA 1OVDA 2VFHA 2FPTA 3TAKA 2YGYA 3BW3A 2WSRA 1LZOA 1DHPA 3LB0A 4OHQA 3W7QA 4HHPA 3EX1A 1JUEA 1YXCA 3QSRA 5U4NA 4IWWA 4UFKA 1C8VA 2VFFA 1FWTA 1OYBA 1W5PA 1JCLA 2PRHA 4O0ZA 4WXYA 4M6VA 3W2JA 3PB2A 3P5YA 2X1RA 2QCDA 3L5MA 3ATYA 1J5TA 2V2CA 3FIGA 2G96A 3SW6A 5CSRA 2QUVA 1QFEA 3MHUA 2Y6ZA 4EWND 1H62A 5I3FA 3GXPA 3ZR4A 3RU6A 5KZDA 4EIVA 3USBA 3UXAA 3LCIA 4UCGA 3W1PA 2I9EA 1X7FA 5AC6A 3E9AA 2Y7DA 1JCYA 1Q45A 1XUUA 4IQLA 4RCXA 2VFIA 1W3IA 4XBKA 5K3VA 3EWUA 1TV8A 5F2IA 1VCFA 3HF3A 3NQMA 5G2IA 3W7JA 4XQ6A 1TPC1 3G0UA 1XDMA 4Q4KA 5CZJA 3LBMA 3PC0A 3HJZA 1H1ZA 5HR7A 4MZ8A 1UUOA 2GVGA 1NF0A 2WNQA 3O05A 3W7LA 2TPSA 3PSVA 5AFDA 4UC5A 2CLIA 5LKYA 5CGQA 3DBPA 4ZQOA 2CW6A 4JTHA 4MLJA 1ZJIA 1L2UA 2CZ5A 4JNMA 2Q3RA 3LHVA 2O7SA 3NQVA 2E5CA 1M7PA 2BZNA 1U83A 3KVJA 4IJBA 4DBEA 2V9DA 1HO1A 3G22A 4KWWA 3WJWA 3NPWA 3MP4A 3TW7A 3DHFA 5D30A 2HSAA 4IX2A 3TKFA 5DN1A 1ZAJA 1YPFA 1DVJA 3O8AA 4LW7A 3NQEA 1GT8A 1TIMA 1I2RA 2QJGA 3UQNA 3IGSA 3H54A 2A5HA 4AXKA 1I2PA 2VFGA 2UV8G 2Q3OA 3T78A 1KM3A 3W72A 5I3GA 2PRMA 1FWSA 7TIMA 2JKPA 3GR8A 2A85A 3CT7A 4QQ3A 3DAQA 3BPWA 3KVMA 1SFJA 4ZL1A 2A2IA 3BLEA 4JTTA 1GG0A 2OJPA 1OYCA 4CCEA 3TMLA 4XTIA 1AL7A 2BX7A 5C55A 1A53A 4Y6GA 2TYSA 3VE9A 5G4EA 1OK6A 3DU0A 1QO5A 5F4SA 2V82A 3LXAA 1K8ZA 4M7SA 3MI2A 1R30A 4QJ1A 1YDNA 3W71A 2G5WA 3B8DA 2G95A 2ZFAA 2E5BA 1LLZA 4OGZA 4K7YA 5AN7A 4FX7A 4LS0A 1YDOA 3W7GA 4IX0A 3O16A 4S2CA 4M7TA 4DO6A 3NQ8A 3CTLA 3OVRA 1R2SA 4RXFA 2X1UA 4UTWA 2TSYA 4WUIA 3WJXA 1B57A 2CWNA 4NZFA 3MO7A 1GZGA 2YW3A 1VQTA 1FCQA 3PULA 3MBFA 3EX4A 3C3NA 4FX6M 3KAOA 5I3HA 5DELA 3NL3A 2YZRA 4P61A 5HQEA 1F6PA 1FBAA 3SFKA 3TC7A 4HSNA 3KRSA 4GBUA 1VGAA 4JD4A 1H60A 4JTFA 1JULA 3W76A 3W7DA 3F4WA 3TDFA 3I7RA 3KFTA 5F1UA 1WOBA 3TX9A 1X8FA 1FCUA 5HUOA 1TPH1 3W1UA 2A7RA 1JJKA 1H7XA 3MYPA 3VI2A 4N9EA 4X3ZA 3P61A 3UZJA 5D38A 3NYZA 3EXTA 5ABTA 5KTLA 3NNTA 1D3HA 3NVTA 4MZYA 2GJNA 5HJLA 3W1NA 3NEVA 5SWUA 3UYCA 1JVNA 1ICQA 2QF7A 3STCA 1B9BA 3G1FA 4X22A 2V2DA 4IGHA 1F05A 2ZZ3A 4AF0A 3TFCA 1L9WA 2FJKA 4PC8A 1Y0EA 3AJXA 3A21A 2VFDA 3RLVA 4GXMA 5F2MA 3RF9A 1QPNA 3NQFA 4ZQMA 4ZQRA 4YXGA 1RQHA 3ZWTA 5FI8A 2EKCA 4BFAA 3TE9A 4FB7A 2ZTKA 4EF9A 4MYXA 5FF2A 2C19A 2Q8ZA 3TCEA 1OFRA 2ZQ0A 2YSWA 3T4CA 3SECA 4CQ8A 3NM3A 4IOTA 3W2KA 2VEMA 3NPVA 1NEYA 1ME7A 3DKJA 4O57A 2ZZ5A 1XI3A 5G4WA 4UTJA 1EX5A 1W5QA 4NUWA 5A5WA 1XFBA 3C2EA 4I7WA 3HQ1A 2HMCA 3QMTA 5CZ0A 1OFAA 4WZHA 4WY0B 4QITA 1GQNA 4YLWA 3P84A 4Z0SA 1QWGA 3IVUA 3SJ3A 5DBUA 1XM3A 1LOQA 2FLIA 1X6UA 1RPXA 4AEOA 4UTKA 1KFLA 1DL3A 1KW1A 4WD0A 4JTSA 3BG9A 2IQTA 4TIMA 4MUZA 1G4SA 2QCHA 1A5CA 3ELFA 4OT7A 5HINA 1A50A 4DQWA 3QJAA 1QDSA 5TIMA 3BG3A 4KFPA 1BWLA 1PCKA 1KM4A 4JDBA 5AC8A 2RFGA 4AHOA 4QM1A 1PS9A 4XKYB 1C9DA 4GUGA 4UFMA 1AW1A 3LERA 1PE1A 2E6DA 3M5XA 1OFEA 3W7NA 3MWAA 1GTEA 3L21A 1DQWA 4LC6A 1P0KA 3I68A 4U4MA 3WFAA 3SSJA 3LCXA 2HTMA 1EWDA 3U2OA 5DCDA 3TJXA 3O1NA 2ISSA 4CNNA 3EXRA 4WOQA 3S42A 3LV5A 2EGZA 4ALDA 3MUXA 4QNEA 1UJPA 4JXCA 4M6PA 3P82A 1SU5A 4HKPA 2VC6A 5LNUA 5E1QA 3F4NA 1LM1A 4TX9A 1MEWA 3NZRA 2ABBA 2X16A 1XXXA 2VENA 3O07A 2NLIA 1DORA 1DKWA 2DZPA 3NG3A 5K9DA 2NUXA 3WK3A 3O6YX 4O50A 4MIMA 4WQ6A 4JR5A 3L0KA 2CU0A 3K30A 3RK8A 4RV8A 4OWGA 1EUAA 4ADSA 2A4AA 1ZAHA 1SSDA 4LOCA 1IXOA 3CEUA 3C0JA 4K39A 5T26A 4POCA 1D3GA 4LVGA 1FY6A 4TMBA 3HIJA 3VNDA 1LBMA 2H8ZA 3JS3A 3P5ZA 4EF8A 3EWBX 1PL9A 2ATSA 1AG1O 3GB6A 3QW4B 3WK1A 1SR9A 3T44A 1Z48A 2RHGA 5DY3A 3TJLA 5L6UA 1XBVA 2B0MA 4IMFA 3FA5A 4WOZA 4NZJA 1LOSA 2Y7FA 4FXSA 3W7OA 1MSSA 3LHUA 4CNOA 3W70A 4PA8A 3DKLA 4AHQA 2CLFA 3L5AA 4RK8A 1YLVA 1NF7A 1O60A 4ORIA 3AO0A 3ATZA 1H61A 4NT0A 3GXNA 3W2LA 5LHFA 4QAIA 3UWQA 1TSIA 2J24A 1W31A 3M5VA 5H91A 1TPB1 3O63A 3B03A 1R46A 3LCFA 4HNNA 1Z42A 4J9JA 4O1BA 5LNRA 3TR2A 1LRQA 5CZTA 1TTQA 3W22A 5DY2A 1W0MA 3Q58A 3W7IA 2J6XA 1ONRA 4GUFA 1TJPA 2DU2A 3IVSA 2NV1A 1BTMA 3GKFA 1P1XA 3W2UA 5HWMA 3R5EA 4UFJA 3DFTA 1KA9F 4ZVJA 1OK4A 5FEXA 1TTJA 5AB3A 3NO5A 1FWNA 3N2XA 4UIOA 3W7KA 2W6RA 4DF2A 2FPYA 4ZQPA 3IEBA 5EL1A 1HTIA 1VZWA 4HPJA 1LBFA 2H3BA 3NR0A 2WNZA 1G7VA 5F4XA 3C2FA 2GQ8A 3R2GA 4UFLA 3T40A 2J88A 2W79A 5FF0A 3IVTA 1W1ZA 4AWSA 3W1MA 2P1FA 2QEZA 4QNWA 1UUMA 1OJXA 2C6QA 1BWKA 5K4ZA 2W0UA 1K7XA 4UTWC 2GJLA 1L6WA 3GR7A 1FUYA 1T0OA 5D2XA 2ZDRA 4Z1AA 3PF3A 4RJEA 3GVGA 5FESA 3LCWA 4XTDA 2OZ0A 1WYIA 3BVJA 2LLEA 2QAPA 3W86A 1PIIA 3TA6A 3WJYA 2WO5A 1JQXA 2QR6A 2QCLA 2CZDA 1XCFA 4CNPA 3HGJA 1G69A 2E09A 3S1VA 2YW4A 4N9BA 1QAPA 5DXYA 1AMKA 2QCDB 3FKRA 4A22A 4MYAA 2C3ZA 4CCDA 1OYAA 3RLUA 1TJRA 1SPQA 3NQAA 2D73A 1EP2A 2C0AA 2JBMA 4EOUA 1FQ0A 1FWWA 4NXKA 3LHWA 1JCXA 1DJNA 1QPRA 3G1VA 2G97A 3CB8A 1VYPX 3DZ1A 5I3IA 3QSTA 4R33A 2ZRZA 3MP5A 4JX6A 2Z6JA 1FCVA 5CPMA 2YX0A 3TAOA 2NX9A 3W3OA 1P5BA 2GVJA 5KZMA 4AMAA 3P60A 3DI1A 2WNNA 4AWUA 2BSLA 1MO0A 1TPVA 4KWVA 1KTCA 4CCCA 5LGXA 4S2BA 2JK2A 5FF4A 1OHLA 4IMCA 5I3JA 1TCDA 2E5DA 3CEPA 4AAJA 3PG8A 4O18A 1SUXA 3W7EA 1G4TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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