4Y9AA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from streptomyces coelicolor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTPLMAGNWKMNLNHLEAIAHVQKLAFALADKDYDAVEVAVLAPFTDLRSVQTLVDGDKLKIKYGAQDISAHDGGAYTGEISGPMLAKLKCTYVAVGHSERRQYHAETDEIVNAKVKAAYKHGLTPILCVGEELDVREAGNHVEHTLAQVEGGLKDLAAEQAESVVIAYEPVWAIGTGKVCGADDAQEVCAAIRGKLAELYSQELADKVRIQYGGSVKSGNVAEIMAKPDIDGALVGGASLDSDEFVKIVRFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Streptomyces coelicolor
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 89
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y9aA00
1KBIA 2GJLA 3L5AA 1FWWA 4BF9A 1Z48A 3G18A 5HNRA 4JTJA 4O12A 3IVSA 4IMEA 4L4MA 2UV8G 1W56A 4K8EA 1JUEA 4GUHA 2VFIA 3P67A 1YDVA 3V75A 2ZQ0A 3S5ZA 1R30A 4DO6A 1TTQA 5KITA 1GT8A 4WOQA 1PL9A 1XBVA 2NXGA 4R7JA 3WK1A 1OABA 1S3HA 4WD0A 5G1YA 1KM6A 4PL1A 4JTKA 1L6YA 4UMBA 4G1KA 3KVMA 3G1DA 1EA0A 3NEVA 5D2VA 4OV9A 3T7VA 2NWRA 4Z1DA 1H7OA 3FLUA 2Z1BA 1SZFA 2YDAA 4LVFA 5CPOA 1VS1A 2HMCA 2DZVA 3RFAA 1OFRA 5D09A 1NEYA 3W1TA 2DJXA 1KM2A 5AHIA 3G1VA 3EKZA 3NM3A 1HG3A 4DBDA 3PWAA 2XN2A 3P5YA 4LUIA 4FNRA 1FCBA 1QCWA 3LB0A 5KTLA 1Z44A 4JYDA 1OFAA 1FWRA 1UJPA 3O6DA 1YTEA 4CCCA 4Y96A 1AL7A 2Z6IA 4PCFA 3EWXA 7TIMA 1BWKA 3TC6A 3SJ3A 3UPWA 1QOQA 1OFOA 5FEPA 3GX9A 1ZCOA 3INPA 3OA3A 1H7RA 1ME9A 1W3IA 4AEOA 4KFNA 4LS0A 2E09A 3TMLA 1BKSA 1W5NA 1TYGA 1EB3A 5H91A 2E6YA 3QSRA 4UMCA 3MHGA 2E5BA 1I2RA 5KMYA 5DCEA 1W5OA 1SO5A 3S6DA 3QSTA 1SO4A 1YTKA 1LLZA 4OQVA 5HQEA 3R2GA 3DZ1A 3IGUA 5G2IA 3LHWA 3TU9A 2ZRYA 5CZSA 2OT0A 1OJXA 3NQFA 3PF3A 3N9RA 4JDYA 4BWLC 5FF4A 1FWSA 3ZR4A 1P1XA 4WY0A 3E0IA 4YCPA 3HO8A 1MEIA 1AW1A 1QPRA 1LRTA 2B0MA 5LHEA 4LRTA 2YXGA 5BRBA 4K39A 5AN7A 1VC4A 3L9CA 3PBWA 5AYYA 2ATSA 3NQVA 2VEMA 3PY2A 1B4EA 4LNYA 3GXNA 4RJEA 2PRHA 2Y61A 4FX7A 3F4WA 4IXHA 2H8ZA 2GUUA 4UCGA 4A2SA 1VHNA 1FBAA 3ABRA 4O11A 1LYXA 3LTYA 3M5VA 3BLIA 2OZ0A 3B0VC 4NNCA 3E49A 4LT9A 4IJBA 4N9CA 2Y6ZA 3DFSA 2Y85A 2YYTA 3A22A 3GXTA 3TNOA 3FKKA 4O16A 4FIRA 3HGRA 3WK2A 5SWUA 1ICSA 2V30A 5CZTA 4IX2A 1W31A 3G8RA 2V82A 1EX5A 3TX9A 3MBDA 1X1ZA 1JUBA 4K6AA 3PBVA 4EOUA 4E2BA 3GR7A 4BK9A 4DBEA 3EWYA 2XFWA 5DCDA 3HIJA 3FFSA 4O1BA 3IIZA 3W84A 3P8IA 4O4VA 4AF0A 1OFPA 2B7PA 2ZZ5A 5DY2A 2QF7A 4NJHA 4XWUA 1B9BA 3H55A 2CWNA 2B4GA 1ME8A 1GG0A 1BEUA 1JULA 2WNNA 4X3ZA 5A8GA 1B57A 3LDVA 4DPPA 3NQ2A 1O5KA 2GVLA 4B5NA 3S0CA 3TC7A 1CW2A 5F1VA 1SZGA 2YPIA 2A85A 1VYRA 5U4NA 1LDCA 2QUTA 2Y88A 2CU0A 1OFEA 1XCFA 3HG5A 4DEFA 5FF7A 1VHCA 4MYXA 3SSJA 1OFDA 3NPUA 3BG5A 3M6YA 1GYNA 2X16A 3VE7A 3W71A 3P84A 4EVZA 1GOXA 5L6UA 1HFBA 1OK6A 3R5EA 5D2WA 2CLIA 2FB3A 4NT0A 2W0UA 3TW7A 2DZUA 4Z1CA 3TV8A 3TJLA 3VE9A 4S2BA 3NA8A 3W7NA 3IGSA 2NWSA 3RU6A 4NXKA 4FNTA 3IV3A 2E6AA 4O15A 1OYAA 3I7RA 2RDUA 5D37A 4NX5A 5IBXA 2NUXA 1KM3A 2BWGA 3LCFA 4IMDA 5DCBA 2TRSA 3C4UA 3QW4B 4UTMA 1KFBA 1KTBA 2AGKA 2Z0IA 3C56A 2H6RA 3PUDA 1OF6A 1OX5A 2X1RA 4MZ1A 3G1XA 1H62A 2VFDA 3L66A 2J27A 1E51A 1FWTA 5EA9A 1H60A 3O15A 1FQ0A 1W3NA 4Q32A 4OGZA 1F2JA 2C15A 2ZA1A 4N4QA 1YADA 4QQ3A 4GWEA 4LTSA 3M47A 3DI0A 4CNNA 2J6XA 2J9ZA 2NV1A 3BG3A 1XDMA 3C2VA 2Y62A 2ZZ2A 3E96A 1OFQA 4DPQA 1I2OA 3PBYA 1YXYA 3BGJA 4HNNA 2FLIA 2Y7FA 5F2MA 4CCEA 3DFPA 4JEQA 4FXSA 1DKWA 3O07A 4Z0JA 5A5WA 3O8AA 4DO4A 1H63A 2QKFA 3G1HA 1GJPA 3EX2A 3TMQA 4DELA 3W7OA 1KTNA 3W7MA 1WDWA 1TPC1 1LOSA 3C2RA 1Y0EA 3UWWA 3EXRA 4AWTA 2ISVA 3CEUA 3MW7A 4UFHA 3P82A 1H7NA 2BZNA 3MI2A 1O95A 3CB8A 5GVJA 1M7OA 4XZ9A 3FEMA 5G2HA 1QO2A 2ZZ4A 3BLFA 3HB9A 3S42A 1R2SA 2E77A 2J9YA 2C0AA 5LGXA 1MZHA 4PTNA 3Q2DA 1A5SA 4OV4A 5G4EA 1YXCA 3ATZA 3UQNA 1LBLA 3STCA 2R94A 2C6QA 4YL2A 3EKLA 4QNWA 3EXTA 4IXXA 1PE1A 3KRUA 3W7JA 1Q3NA 4AVFA 3BW2A 4JTHA 3MYOA 4FIQA 1AL8A 4UFJA 5K4ZA 3HQ1A 1W5PA 3W23A 3KX6A 4I7WA 1VH7A 3CWOX 3M16A 3QMSA 3TAKA 3NL5A 5CG7A 4QSHA 5FEXA 2V2DA 4AHPA 1FXPA 3G3MA 3NPXA 3EWBX 3IIVA 3NL3A 1SFJA 3HMJG 3K30A 2CZDA 2A7PA 2GPTA 3O1NA 3TDFA 1WOBA 4P2VA 5AHNA 1SO3A 4UTTC 1GQNA 1TSIA 4W9TA 2PC4A 3LERA 3LX9A 3W7GA 1LZOA 4EF8A 5BOOA 1SW3A 1KLYA 2Z6JA 3TQKA 2XN0A 5D2TA 1DOSA 3VI2A 3LBCA 1ADOA 2YX0A 3NQAA 3KXQA 4ZQNA 3TJXA 2R91A 4ORIA 3MBFA 3UWQA 2FB2A 1K7FA 3IRDA 1OX4A 3AO0A 2G96A 2A0NA 1RPXA 1NF7A 1IXPA 3OVRA 4AXKA 3T40A 4JDBA 2FQIA 3FKRA 1XBXA 1ZFJA 4FNUA 5KINA 2CW6A 4WJEA 3W7QA 5DBTA 3M9YA 2DORA 3OEXA 1WXJA 2Y7EA 2ZRWA 1S5WA 1NSJA 2XN1A 3LCGA 4Q4KA 5C2XA 3FS2A 1WV2A 1WA3A 4HNVA 1TJPA 5CKSA 3O16A 3W7EA 1SW0A 1U83A 4OE7A 1G4EA 3FYPA 3UWUA 1VRDA 1LP6A 3U6WA 1L2UA 1KFEA 5C55A 2E68A 3PB0A 1RR2A 2X30A 1L6WA 2X2GA 2Y63A 3TSMA 3MYPA 3WFAA 2ZA3A 4HNUA 3NL6A 2WJZA 2HSAA 1W3TA 4A21A 4MPQA 1KV5A 4HT3A 1XI3A 4O54A 3LCWA 1SU5A 3W1MA 1LM1A 3NZ1A 4FXRA 3I68A 1TPVA 1O5XA 3EXSA 1FWNA 1PS9A 4YLWA 3G1SA 4LOCA 4Z1AA 5LNSA 3QJAA 5AYXA 3W1PA 3W7CA 1G4PA 5F4SA 3LRKA 4UTWA 3MMTA 3TSBA 2FTPA 1ZNNA 3NOEA 4JTIA 4ZQCA 3TIMA 3TQVA 3HPSA 3IIXA 4UNLA 3LXAA 1A5AA 4RZ4A 1J5TA 1A50A 2CLOA 4MLRA 4RK8A 3S1VA 3S8HA 3TUUA 3HF3A 1G6CA 2ZCGA 5DLCA 3S1UA 1B4KA 4QIUA 1M5WA 3SGUA 3P7YA 1EP1A 3MWAA 5J5DA 4IMCA 1RQEA 4HNTA 1MEHA 5H2ZA 5C5YA 2A5HA 3GB6A 3D0CA 1G4SA 2YGYA 3MHFA 2E6FA 4NUWA 4NJKA 3UWYA 5CSRA 3BW3A 4GXMA 2X1UA 3H54A 1W5MA 3GDTA 3KRSA 1ALDA 2QCNA 4O13A 3M5YA 2OX1A 2DU2A 4GFSA 2ZZ1A 4POCA 4MKNA 3CEPA 4D2JA 1F6KA 1H5YA 5DBUA 4N4PA 3U2OA 3W1AA 4E2DA 3IEBA 3SW6A 2B7QA 2NX9A 2VELA 4UTKA 2NX1A 3TR2A 3WJXA 3LCHA 1IXNA 1KM0A 3QH2A 3UZJA 2C16A 1DV7A 2JK2A 4JXCA 4QJ1A 4AB4A 4HPJA 4ZZ9A 1EUNA 4IPJA 1QR7A 1K8YA 2QCDB 3DH7A 3OIXA 1LBMA 1LRNA 2DZXA 3NDOA 1UB3A 3MP5A 3P81A 4O10A 1K7EA 1HUVA 3TQ0A 1NAL1 5BMXA 3C8FA 3HGOA 1LBFA 4HN4A 2QCEA 4GNJA 5E93A 5T26A 5FEWA 1GEQA 5LNVA 1QMLA 3LTSA 4DO5A 3WJSA 3GXPA 6ALDA 3G3DA 3BK0A 1F05A 1W1ZA 4N9DA 4O0KA 3RNDA 3L67A 4ML9A 1FX6A 2E6DA 3B8DA 4QISA 5FESA 3M0ZA 3C2EA 1LRQA 2VKZG 1W5QA 2F84A 4DF1A 3LI1A 3QC3A 4FO4A 4MLJA 1XUZA 2Q3RA 2WSYA 2Y7DA 3LRMA 3QQ0A 2A7NA 1FCQA 2CLLA 3TXVA 3VKJA 5D03A 3DFNA 4FX6M 1EP3A 4O57A 5EYWA 4IMFA 4JICA 1VCVA 4JY8A 3NPVA 1P0KA 2WOQA 4OHQA 3S9YA 1H7WA 1EUAA 3SGZA 1GPWA 1DJNA 3BG9A 4UFLA 2YFNA 4Y8FA 1R2RA 2VFHA 3W9ZA 3LXBA 3W07A 5AHLA 4RZ6A 4BI7A 8TIMA 3L0KA 2QJIA 1TPB1 2FPYA 3P60A 2EHHA 1XKYA 3LLDA 4AWSA 5KZDA 2FDSA 4O8RA 2G95A 4O1AA 3Q94A 1YPIA 1IGSA 2Y70A 2VFEA 1AMKA 1N55A 1WYIA 2BXVA 2GVJA 3G1AA 3T4CA 5CPMA 1QO5A 2Q8LA 4UR7A 3HGJA 1FDZA 5G2WA 5K4XA 2H8XA 1DHPA 3SECA 3PUEA 1RD5A 1RQHA 3W7PA 1VLWA 2J24A 1X1OA 3W2NA 1VJIA 5HJLA 2PE4A 3QEZA 3W86A 1J2WA 1GVSA 3QQ1A 3N2XA 1JQVA 3CPRA 3W88A 1WAUA 3DFOA 1SUXA 4JTEA 1MEWA 2ZZ3A 1W37A 3PC0A 4Z0SA 5HWJA 1IIHA 5L9FA 2C19A 5D02A 4GC4A 2E1DA 3P61A 1K8ZA 1R47A 4HKPA 4UNKA 1JJKA 4OU1A 1VYSX 1VLIA 1F73A 2DZSA 1YXDA 5AC8A 1K02A 4K36A 1JCMP 5C6MA 5FF2A 4JX5A 3NNTA 3CWNA 1M6JA 4LS1A 1H7XA 2WSRA 2EAWA 3N19B 3NQDA 4LWWA 5HULA 2FIQA 2OJPA 1T96A 3F03K 3KAOA 2JGYA 5EKYA 3W3OA 3GNDA 1KM4A 3M1ZA 1TCDA 1UCWA 1XFBA 1Q6QA 4MFEA 1JR1A 1TPH1 1KTCA 2NZLA 2Z2UA 5FI8A 4WQ6A 5K3VA 1QPQA 2JBMA 3IVUA 2ALDA 1YDOA 2ZA2A 1L9WA 4XKYA 4WZHA 1SR9A 5D38A 3P5ZA 5E1QA 2V5LA 4AH7A 4H3DA 4HIBA 2JKEA 3IIOA 4A29A 1K7XA 4JGDA 3W2UA 2ABAA 4WUIA 5D04C 3CIXA 1ZAIA 5FF3A 3A23A 1D9EA 4E38A 3QPZA 1ML1A 4C1KA 3TSDA 1XUUA 2YZRA 3FJ6A 4DF2A 2P0OA 1OG0A 2ZTJA 5AHMA 4N6FA 1WBHA 2TPSA 1GTHA 2J9XA 1Q6OA 3KVJA 1QNVA 1EEPA 4MOZA 4O17A 1Z42A 1MXSA 4JS3A 2PRLA 5AHEA 1NFBA 3JR2A 3A5FA 4CQAA 3R8RA 3A5VA 1NVMA 4R33A 3V1PA 2TYSA 1TIMA 2ATMA 1MO0A 3NGJA 3STFA 1PIIA 1IF2A 3R13A 4MZYA 3W1LA 1VCFA 1LTDA 3I7QA 3B0UX 5BW6A 4UTHA 1JCYA 3N34A 4DXVA 1QPNA 1SPQA 4UMAA 1VCGA 3FJLA 1KM5A 4QAIA 2PCQA 4M7SA 4IX0A 3G0SA 2QEZA 3B04A 5D33A 3O6YX 4UFKA 4O28A 3GDMA 4UFMA 3NL2A 4FEZA 3BV4A 1I2NA 1L6SA 4PEKA 1C8VA 4UTLA 3LV6A 5CZ0A 4JIPA 3BARA 1O60A 3SI9A 4JTTA 4O19A 2I1OA 2FPVA 3NG3A 2RHGA 2E5DA 4NNAA 2TMDA 1FDYA 3MI3A 4LVGA 4A3UA 3GKAA 4TIMA 1OHLA 4JTSA 3ATYA 4IMGA 2BX7A 1XL9A 3PM6A 5D2YA 2EF9A 4RV8A 3P80A 4OWGA 5HINA 4BI6A 1GTEA 3P74A 3W73A 1H1YA 4FHAA 1LROA 1VYPX 4ONVA 4JX6A 1H50A 1XDLA 4GUJA 4NXSA 5KSWA 2VC6A 1WQ5A 3GAYA 1KFKA 2V5BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OBK A;  3BO9 A;  3I7S A;  5AHF A;  3DFT A;  4RKA A;  3N9S A;  3VCR A;  4RR4 A;  5HUO A;  3P8J A;  3FYO A;  2QR6 A;  3DI1 A;  1TQX A;  3MUX A;  1N8F A;  4AMA A;  3C52 A;  5HMS A;  5G1T A;  1HL2 A;  1G69 A;  2QDG A;  3HPZ A;  4LUJ A;  1RV8 A;  2DJL A;  3N73 A;  3M5X A;  4GRS A;  3W76 A;  3LHZ A;  3N14 A;  4UIO A;  4ORM A;  3A9I A;  3B05 A;  4MUZ A;  2NXI A;  4IGH A;  3W72 A;  4HSN A;  3P62 A;  2CZ5 A;  1ZAJ A;  1ZAH A;  3UY8 A;  4JY9 A;  3DU0 A;  3VND A;  4O0Z A;  3PG9 A;  3CLM A;  2ZRU A;  3PSW A;  4UTJ A;  3TCE A;  3YPI A;  1TRD A;  1TV5 A;  4K38 A;  3JRK A;  4ADU A;  2GJN A;  2W6R A;  4MVA A;  3CU2 A;  3BLE A;  2Q3O A;  3NZR A;  1JCX A;  2NLI A;  1JRC A;  4L4L A;  4AHO A;  2P1F A;  3GLC A;  4N9E A;  3MHU A;  1X7F A;  3CIW A;  3TE9 A;  4WXZ A;  4XKY B;  3PUO A;  1H7P A;  2GQ9 A;  3PVF A;  1R46 A;  1YTD A;  4NZF A;  4NX0 A;  2WSQ A;  4KFO A;  3UXA A;  4CLM A;  3C2F A;  5CSS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KBI A;  2YJQ A;  1FWW A;  1K4G A;  3MKK A;  4JQ3 A;  3G18 A;  5FSE C;  2NQL A;  5HJX A;  3DDM A;  3V5C A;  5FKY A;  3KBS A;  4K8E A;  3P67 A;  4CD8 A;  2ZQ0 A;  3S5Z A;  1IZJ A;  4QCF A;  1E9L A;  2NXG A;  4R7J A;  1OAB A;  1FWA C;  4XKM A;  4GVG A;  3U5U A;  4JTD A;  3IS4 A;  4UMB A;  4A8R A;  1GKR A;  2I9U A;  4N0R A;  2NWR A;  3L4U A;  4W5U A;  1EHA A;  4KEZ A;  2Z1B A;  1SZF A;  4LVF A;  1FHV A;  5D09 A;  1NEY A;  3WEM A;  3W1T A;  2DJX A;  1VAH A;  3EAU A;  4AY8 A;  3G1V A;  3NM3 A;  3AI0 A;  3PWA A;  1TML A;  1FCB A;  4LB3 A;  4JYD A;  1VBR A;  1FWR A;  1HQT A;  2Z6I A;  3AXH A;  5A6S A;  3WBE A;  3O2L A;  1E4N A;  3SJ3 A;  3F4C A;  3TJI A;  1IR2 A;  1OFO A;  2YLA A;  2W9M A;  4GKT A;  5FEP A;  3WNM A;  5JBF A;  1P6B A;  3OGS A;  1W3I A;  4AEO A;  1CB2 A;  2X7V A;  4LS0 A;  2EO7 A;  2Q09 A;  1VFM A;  3IAC A;  4N7Q A;  5H91 A;  3QSR A;  4ZTX A;  2PWD A;  4UMC A;  4Y9N A;  2E5B A;  2R1M A;  2VYO A;  2QF8 A;  1J2B A;  5DCE A;  1V77 A;  4GME A;  3S6D A;  2CHO A;  1ONX A;  3VD4 A;  1YTK A; 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 1KXQ A;  4MB1 A;  2GVL A;  5KZ6 A;  3S0C A;  3WD0 A;  4HBK A;  4PBG A;  1VYR A;  1J0I A;  1FTX A;  3ABX A;  3CUH A;  1OFE A;  1XCF A;  1IT0 A;  3HG5 A;  3NZG A;  2REQ A;  4ERA A;  5DMY A;  1KBB A;  3EOS A;  4ACZ A;  1HP5 A;  1UA7 A;  1OFD A;  3NPU A;  2X16 A;  1XRV A;  4EVZ A;  3RM9 A;  4LX4 A;  3R5E A;  4US5 D;  4D72 A;  4NT0 A;  1E56 A;  3POH A;  2PDU A;  1OCQ A;  4C65 A;  3NA8 A;  4F48 A;  4EP8 C;  2QIW A;  1DJZ A;  4NXK A;  4O15 A;  3EYP A;  2RDU A;  2NUX A;  2BWG A;  3WBW A;  3URB A;  3U48 A;  4UTM A;  2DUA A;  1KFB A;  4PUK A;  8XIA A;  2H6R A;  4DBU A;  2X1R A;  2PCE A;  1OCN A;  2VFD A;  4MMW A;  1WUE A;  3L66 A;  2OKO A;  1KFW A;  4ZOA A;  2J27 A;  1FWT A;  3O15 A;  4IF2 A;  4WGH A;  2C15 A;  4DM2 A;  1TUX A;  1MMF A;  1EEX A;  3M47 A;  3MZ2 A;  4A35 A;  3UR7 A;  4ATD A;  3CHC A;  4AX7 A;  2Y62 A;  1OFQ A;  1SZR A;  2XH2 A;  2WKG A;  1W32 A;  5CSU A;  2WVV B;  3V0U A;  2XPK A;  5MKG A;  3SUT A;  4CCE A;  4JEQ A;  1BFN A;  1R3T A;  4Z0J A;  4AD3 A;  4LUS B;  4EAC A;  2O9O A;  2CC0 A; 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