4Y9MA

Pa3825-eal metal-free-apo structure
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
ASPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTGHSSLAYLRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PA3825-EAL
molecule tags Unknown function
source organism Pseudomonas aeruginosa pao1
total genus 92
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 4y9mA00
4RNFA 4RNJA 4HJFA 3PJWA 5MKGB 3PJXA 3GG1A 3HV8A 3PJUA 4HU3A 3PFMA 4Y8EA 4AG0A 3GFXA 4F3HA 4FOKA 4LJ3A 2R6OA 4J40A 5MKGA 4Y9OA 3SY8A 3GG0A 3PJTA 3KZPA 4ES4A 3GFYA 4F48A 3GFZA 3HV9A 4FOJA 4HU4A 4AFYA 4LYKA 2BASA 4RNIA 3S83A 4KIEA 2W27A 4Q6JA 5MF5A 5M1TA 4FOUA 4Y9NA 4Y9MA 3N3TA 3TLQA 3U2EA 4Y9PA 4RNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BV9A 4O53A 2P1FA 4MLRA 2VZSA 4U3CA 3H53A 1N8WA 1V77A 3KUMA 3NGJA 3S5YA 2J88A 4O8AA 2WZHA 4V1XA 5C54A 1J93A 5K9XA 1TR1A 2G97A 4NIRA 2QVHA 2JALA 2DZAA 2XVKA 1UUOA 1R87A 4US6A 2C14A 4MWAA 3B40A 3PPFA 3FXYA 3B04A 4GIRA 4H7VA 1D3GA 4AXKA 1E15A 4CNPA 3CB8A 3BUVA 3VNDA 1VRDA 3KP0A 1KKOA 1JDDA 2HE8A 4UFKA 2NXGA 1EGZA 4HPXA 2DVUA 5CH9A 4UTTC 2DZBA 3W74A 2ACUA 1LZOA 4GI9A 1WDRA 3IJQA 3MS8A 3M6YA 4HOZA 4RR4A 1TJ0A 2X30A 1TE1A 1C8QA 4R7WA 4H6QA 3A13A 1TMQA 1KGXA 5A8QA 4D6DA 1UC5A 2HS8A 4QP0A 1JCLA 3IGUA 4TV6A 4GABA 3S46A 2GJNA 2WB5A 5HDRA 1XIJA 5I24A 3UPBA 1IIGA 1A0DA 5E9XA 4LX4A 3F2CA 3IJ9A 3THAA 3F2BA 1C9DA 3TYCA 1LOSA 3L4WA 5I03A 5J5DA 1Y5VA 3H7UA 5CC6A 3T0DA 1JCYA 3KRBA 1WDDA 4ZFCA 4KWVA 3CASA 1LWJA 1PO9A 2F7FA 4HOWA 1DWFM 2WAGA 3T40A 4X3ZA 3O63A 1CENA 1JI2A 1NF0A 1FCUA 4V1YA 4ZODA 5A6AA 3N12A 1NIUA 3NQEA 1OCBA 1PE1A 3W87A 1GVIA 1WO2A 3LXAA 3PZTA 4XIMA 1P6CA 4YJ5A 2ZX6A 1JXKA 5K4XA 5LIWX 4JQAA 4JNMA 2NQJA 2W79A 4JDYA 3RM9A 1UKQA 4AVOA 1HTIA 1GQJA 2WMIA 2J77A 1KWGA 5FSDC 3NQAA 4C1LA 1Z9AA 3H23A 3AHTA 2DORA 4JTKA 1DJZA 4F0SA 2XN2A 4PB3A 4AHQA 3KWSA 2PDPA 4NUWA 5I5RA 1SJBA 1ZNNA 2OTDA 1K9EA 5FA5A 1XYMA 2PDQA 3RX2A 2XH7A 1P0NA 2P76A 2Z26A 4Q8QA 1PEZA 3UFYA 3FEQA 3GM8A 4UFIA 5G2HA 4KCUA 4Q7BA 4GK8A 2ZXDA 2CZDA 4WXZA 3LA4A 4GA8A 3Q4DA 4AD1A 2FFIA 4UR9A 1G7UA 4KFPA 2RJHA 3H2FA 4O28A 4WKHA 4JTEA 3UWEA 2QIWA 1KTBA 1FDZA 2MUCA 4B16A 3LGGA 3HO8A 2D3LA 1YPFA 2F9RA 3HFTA 3TSMA 3L2IA 3C3NA 4DJFC 2D20A 3CK5A 3C3UA 2WW5A 1XL9A 3EWDA 4LC6A 4HA0A 4WR3A 1WKDA 4OBSA 1XLKA 4K7YA 1Z32X 4GYKA 1C3FA 1GQLA 2FB3A 4CVUA 4BA0A 4RZ6A 3A12A 4JTGA 1CXFA 4F66A 3OHIA 3GKAA 1LJYA 4W7VA 1J5SA 4Z1BA 1OD0A 2CU0A 5DBTA 4Q32A 4UIOA 5E9AA 4UQCA 1D2KA 4L1XA 2ZQ0A 2X7WA 4PUJA 4U5KA 1EKOA 3W37A 2PF8A 3QYQA 3BAXA 5BCAA 2WCAA 4CU6A 3BARA 2G3FA 3S2LA 2QV4A 2BXZA 3O6AA 3SCOA 1XLCA 4ILSA 1OEPA 2PWHA 1PB0A 3CWHA 1D8WA 1EJWC 1P0KA 3ZVIA 4K8HA 2WOQA 2OO0A 3H2NA 2OWXA 1P1XA 3QSRA 4Y6GA 2O7QA 3G1XA 3U6WA 3TOPA 1MZHA 3KAOA 4CD4A 3PY2A 1F8MA 3VKAA 1J18A 1Z3NA 5KMYA 1HKMA 3VILA 4JQ1A 2FGLA 4H2HA 4MUPA 4FNSA 2FB2A 3LCIA 1XRFA 1XLLA 3SIMA 5CG0A 1KQZA 3MZ2A 2ADAA 1WDSA 3A9IA 3PBVA 1LT7A 1ZL1A 1VJSA 4PRRA 1A5NC 1IXOA 3DESA 2ZOXA 6A3HA 2PDHA 2DT2A 3W1PA 3VUPA 3G5EA 1W9BM 3KBJA 3V18A 3EPOA 5GQBA 4PZVA 3LSCA 3RLGA 3L4TA 1EPXA 1H7XA 4S2CA 4E8DA 3WO8A 1EF2A 1MW0A 2YZ5A 4WD0A 3K13A 1XYFA 3VDCA 4KEUA 1POJA 3W38A 2W91A 2PC8A 4LBUA 2RAGA 5EYWA 3SN4A 1DE6A 1ZJHA 3NNTA 1F5ZA 3VK5A 1V6YA 3CWNA 2P0IA 3C2EA 1E40A 5AVHA 3GG7A 1FA2A 4I7VA 3EMCA 3H2OA 4Z0SA 4N0RA 5HWJA 5DY2A 4O1AA 2OQHA 2XM2A 2FTYA 4A29A 4XTDA 2BOEX 1VBUA 5D37A 2VD8A 4XBSA 4LWWA 2VDGA 3GHSA 3ARYA 3TA9A 5EMJA 3HMCA 1J79A 3W25A 2WMFA 1BYCA 1JZ5A 1LRNA 2CZ5A 1OY0A 4WRHA 1CXIA 2BVTA 1LL6A 3NTYA 3F03K 2QDDA 3LHWA 3SDOA 4GIAA 2H9AB 1GK8A 4WSJA 3LLFA 2WM1A 2ZVRA 3UGRA 1WZLA 3I3DA 3IGSA 3KS5A 4DF0A 3H70A 4FAMA 5IRPA 4KEMA 3V1PA 1TSIA 2W61A 3PWGA 1KGUA 3W01A 4HHHA 1I2NA 1LLOA 3UD6A 4MSSA 2O7SA 1A4MA 4YMZA 4XZWA 1OZQA 4GY0A 2NVAA 3ATZA 1SFJA 4JTUA 2W5FA 5AY7A 4BQ3A 1WCGA 4DJDC 2UZ9A 5EB8A 3S6OA 4MY1A 4P2VA 2IKGA 1TZ7A 4R85A 4XBJA 2NQ9A 3FYPA 2ZUWA 1E73M 1T8XA 4S3EA 4BI5A 2G3IA 1S1PA 4DBDA 4K68A 4ICCX 3D5HA 1ME7A 4S3DA 1SR9A 3U0HA 3P60A 3EMZA 2ZZ4A 4GYJA 5KZMA 3CV6A 5F4XA 1DJWA 2HEJA 3EWCA 2FH8A 1VEMA 2C79A 1FQ0A 1Q2RA 2XFWA 3KVKA 4DAIA 2QIIA 2WBKA 4O1BA 2VUNA 2EKCA 2ZE3A 2PSNA 2QJMA 3AMLA 4U31A 3FGCA 4CEXC 4M80A 1EQCA 1XC6A 3G6LA 3UCQA 1W3TA 4KWOA 4WUIA 1J8VA 3GNNA 1AQFA 3TYAA 2JIWA 3P0XA 3TW9A 2E8YA 1J10A 1VP5A 4O50A 1HFBA 3WBYA 2O9RA 1PHWA 3LZ3A 1EC9A 3H2MA 2PA6A 1X96A 4DWSB 1DJXA 2EKGA 5LIXX 4NYUA 5CAKA 3L0GA 3G0UA 1JPHA 4NJKA 1SFSA 1FY6A 1ZAIA 1LG1A 3BMXA 1LRQA 2Z24A 1PKNA 4IUGA 4MKVA 3QSTA 2VTFA 1XYCA 3TTSA 2Y1HA 3DX5A 1E6NA 2DPEA 3WUFA 1Q63A 2XISA 4L80A 3BOFA 2GQ9A 1GTHA 2VCCA 3GC2A 3ISIX 1Y7VA 1MRAA 4A05A 3BZGA 1N8FA 4LRTA 2Z1BA 3W7OA 5T91A 4UR8A 1NFPA 3ANYA 2GWGA 3NQFA 3R0KA 4H9MA 2DZVA 3XINA 1QT1A 2PF0A 1R7OA 1W5OA 3OVQA 4JDBA 3TQPA 1L6FA 1TJRA 3U7BA 4RZ5A 4Q4RA 5TIMA 3NO3A 3KL3A 5A8OA 1EB3A 2XSAA 1H51A 2H6RA 3B0XA 3MU7A 4FIQA 3WD2A 3VFCA 1SW0A 4DIAA 2ABBA 4MHBA 3A4JA 4AZCA 3S5OA 3SIZA 1KXTA 3T4CA 4NX5A 4BI7A 1DJNA 4AAJA 1UKTA 5AC5A 4Z17A 2VDIA 4MYAA 3W1MA 3JVAA 3NA8A 1WQ5A 3R8GA 4JTFA 1TX0A 1ITQA 2JF7A 3GTXA 3S6DA 3WLKX 2Y8VA 2BGQA 4WJ8A 3W7KA 2OZ3A 3VGHA 2HJPA 4NAEA 4D6FA 1XSIA 2LLEA 3WX7A 3W1NA 2QCNA 4F0KA 3T05A 4PMDA 5DX7A 3S47A 3GAYA 4WJXA 1B3XA 3MSRA 3NSMA 2WO5A 2Z1XA 2YXGA 1K70A 3SADA 2ZA1A 1IWBA 2RUSA 5CC5A 3H54A 1JULA 4GXWA 2CLFA 3W2UA 3ZLGA 3LI0A 3CM4A 4XSLA 2C3ZA 2WSRA 1E4MM 1GWJA 3AS2A 1PYMA 1GVFA 1REQB 4F2TA 5BOEA 3BANA 4KGJA 1FFQA 5F4SA 1KCKA 3DOPA 3W82A 3MPGA 4HA3A 3REQB 2PWDA 3VGBA 2QYGA 2YDRA 1UHVA 3CXOA 3E2VA 2OG9A 5IOBA 5E70A 1IZCA 1H1ZA 1R9ZA 1U1JA 4J9JA 1YNPA 2XM1A 4IL2A 3WQ6A 2B7NA 4QGCA 1LWIA 1D7KA 1NDYA 1XLHA 3B9AA 3JUGA 3BICA 3KOXA 2J9ZA 4H9XA 1QVBA 1NWSA 2OT0A 5FF0A 2BTMA 1GNXA 2NXHA 2FFCA 1KQYA 3QYSA 3HG3A 1S2VA 4XIAA 2GPTA 3RO6A 1A5BA 3WL0A 1E6ZA 3CMGA 4E38A 7REQB 3STCA 1EYEA 1G69A 1RUSA 4LAUA 1G01A 3VINA 4H4IA 2X8RA 2V6AA 2W27A 3B0YA 1UJPA 3LGDA 5LGXA 5ABFB 1K9DA 4KKXA 2GUBA 1JD9A 3UWUA 3N4EA 3GVWA 3W7HA 1JZ7A 5JMUA 3BSMA 1PWMA 4J3ZA 2VD9A 2DUAA 3VC5A 4NI8A 3CUXA 1E9IA 4QEEA 3SUUA 3P5ZA 4HZ6A 3B9DA 1MO0A 3TQKA 4Q8VA 3B9OA 1HP5A 3STFA 2YCLB 1ONWA 4Q4OA 3GDTA 3URAA 3UZ5A 4QDPA 1VBHA 3R13A 5LIKX 2J7CA 1RD5A 1MDLA 2C1HA 1X39A 3S9ZA 3O8AA 3POCA 2PDMA 4CQ9A 3F5JA 5H2ZA 4JXCA 1NDVA 4EWJA 3FFSA 4WOZA 3FJ6A 5EA9A 1F3TA 3SGGA 2ALRA 2NVCA 1XBVA 3VNLA 4OBRA 4UTIA 5HOSA 4AD4A 2XH0A 1XIFA 3FY1A 5JBEA 5DQPA 3U9IA 3IS4A 4GI8A 2OX1A 1PX3A 2V2HA 1FHDA 1XLIA 5LHEA 3UP8A 2IMRA 3PS7A 4IM4A 3HOJA 3M5YA 5H91A 3AIQA 1ZJBA 2QV5A 2EAWA 1RLCL 3H4XA 2V3FA 1W1YA 3SJNA 3BL3A 1SO6A 4AVNA 4UFLA 4N9DA 4JN8A 2CITA 2VUYA 2J7GA 2OXNA 5AC4A 3EA3A 1GG1A 2HBVA 3GY1A 3CH9A 3WLQA 1E6RA 5CKSA 4S3BA 1EOMA 2R94A 1GJUA 2W62A 4QSFA 4F48A 2G3MA 5FL1A 3MSDA 4Q8OA 5KZDA 2XN1A 1L6SA 2Y85A 2HSAA 3WKZA 4UZUA 1QBBA 4G6CA 1DXFA 4XD6A 2CHNA 4P61A 4LUYA 2W67A 3R12A 2BOFX 5A6LA 3RGTA 1ZQ5A 5D9PA 5H8MA 4GQGA 4Y90A 1DWGM 2ZZ5A 4O19A 3UBPC 2BP1A 3VGGA 1YDNA 3K1GA 5DMNA 1GKRA 3OGRA 2HTMA 4I7WA 5BWFA 4MNJA 1JUEA 1HVXA 3MVTA 2V5CA 4A8IA 2CLPA 2VCBA 1QOQA 3A21A 4KRZA 2ZXBA 2WMJA 2QXWA 1K9TA 3N04A 1XLJA 2QF7A 4JQ2A 1XBXA 1LBFA 2O9PA 3LPFA 3TLLA 4M82A 3S4TA 2GGJA 2OODA 3G8EA 3V4BA 2Z2AA 1YBQB 1QU4A 2P0OA 1TPC1 1JQXA 4DPQA 4FX7A 2QT3A 2FVMA 1L6YA 3DG3A 4GVIA 4F79A 2Z2UA 3QY6A 1JAEA 4A21A 5BU9A 5JIWA 1JDEA 2H8XA 4GCXA 5DFAA 1TA3A 3H22A 4E2DA 1K03A 2MANA 3EOLA 3OO2A 2C6QA 4OUEA 2VQTA 2DP3A 3V0SA 1E70M 1HKJA 3W6MA 3U2ZA 3JU2A 4PBFA 3LSBA 2DIKA 1BF6A 4OT7A 2G4FA 3QRHA 3V1HA 4LANA 1A50A 2D2OA 2WM0A 4GG9A 4FO4A 4H9YA 4RXFA 1PHQA 1UZ4A 3P74A 3C61A 1NSJA 2OWWA 4XZBA 1XP3A 5EBAA 4WHBA 3GTNA 1XHGA 3S1XA 1WOAA 4K7VA 3I4KA 4B5XA 1FWSA 4XD5A 3EDEA 1H0IA 3NQ6A 5AYBA 1XQKA 3GO2A 2G8ZA 2YXOA 6REQB 3LNPA 4ZEPA 1JCMP 1W54A 4LCRA 3UG4A 2J7HA 1GGOA 3SEPA 1HL8A 2P3ZA 3SCTA 2WCGA 1PV8A 4ZO8A 5HR6A 3RO8A 1OCQA 1SSDA 3W7QA 2GVLA 1VCGA 3GYEA 4GO9A 4C6FA 3UG8A 4WDUA 3GNPA 1VEPA 3QZAA 1K8XA 1UBSA 4D6GA 4AZ7A 2DY3A 2ANUA 4PUDA 4BQ4A 3VM7A 1B1YA 2BZNA 4XTIA 1PX8A 4O54A 5DANA 3ARTA 1VF8A 3HF3A 4G8TA 4F8XA 4Q8UA 3GR4A 1DTNA 2ZDSA 4MLJA 5G1TA 1EEPA 1M9HA 2FVLA 3S2MA 5IXEA 2TRSA 3AYTA 4QE1A 2NSOA 1DIDA 3VOCA 2NX3A 2ZXAA 3DYPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4RNF A;  4RNJ A;  4HJF A;  3PJW A;  5MKG B;  3PJX A;  3GG1 A;  3HV8 A;  3PJU A;  4HU3 A;  3PFM A;  4Y8E A;  4AG0 A;  3GFX A;  4F3H A;  4FOK A;  4LJ3 A;  2R6O A;  4J40 A;  5MKG A;  4Y9O A;  3SY8 A;  3GG0 A;  3PJT A;  3KZP A;  4ES4 A;  3GFY A;  4F48 A;  3GFZ A;  3HV9 A;  4FOJ A;  4HU4 A;  4AFY A;  4LYK A;  2BAS A;  4RNI A;  3S83 A;  4KIE A;  2W27 A;  4Q6J A;  5MF5 A;  5M1T A;  4FOU A;  4Y9N A;  4Y9M A;  3N3T A;  3TLQ A;  3U2E A;  4Y9P A;  4RNH A;
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