4YCOA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnaphe
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
315
structure length
311
Chain Sequence
SMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPSGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
total genus 120
structure length 311
sequence length 315
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycoA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycoA01
1JR1A 3HIJA 3W87A 3W1AA 3TSMA 3AJXA 4LC8A 1ZY9A 4JTUA 1OFPA 3W70A 3EXRA 3FLUA 4A22A 3HPXA 4TMCA 3NQMA 1FBAA 1UB3A 4HN4A 1I2NA 2H3DA 3SW6A 4K8HA 4EF8A 3Q58A 3THQA 3W1TA 1RZMA 3EKZA 3UWZA 3HF3A 5AHLA 2CFFA 3GXTA 1G7VA 5BW6A 1K7XA 1LLWA 1VCGA 4HSNA 1H51A 1GYLA 3BK0A 4Z1CA 2CLFA 1QPNA 4PFMA 3G1AA 4JICA 3NQCA 2JK2A 4XWUA 3T4CA 3L0NA 4WZHA 3DFPA 2FPVA 1KV8A 5HNRA 1SW0A 4YMZA 2VXNA 3TU9A 4OU1A 4AB4A 1G4SA 3MHGA 4JTJA 1AL8A 3DU0A 4MFDA 1TTPA 3HMJG 3EXSA 3LI1A 2H3BA 2RHGA 2J9YA 3P5YA 5G2IA 1GVOA 1G7UA 1YDOA 3BLEA 1G67A 3QRHA 2VFHA 3C3NA 4CNNA 4UFMA 4LUJA 5J5DA 2GOUA 3LRKA 4M5PA 1OFBA 3TC7A 3LV6A 4UFIA 4I9AA 2NXHA 3TFXA 1GG1A 3S5OA 2B7QA 3CLMA 2QCDA 4LWWA 1FUYA 2C16A 2CWNA 4TIMA 5F2MA 1VHNA 4CLMA 2DZVA 4BWLA 5I3IA 1OFDA 3NOEA 2NWRA 2OT1A 2KZHA 4IMCA 3LM7A 2X30A 1SPQA 3LLFA 4KFPA 1XKYA 5BOOA 1ICSA 4M6VA 4BWLC 3GDMA 2YDAA 4IX0A 2QR6A 2BZNA 3QEZA 2YR1A 4IXXA 3NZRA 1TQXA 3MJYA 4MZ1A 3G8RA 3FEMA 1MEWA 2BTMA 3R8RA 3L0GA 4ZQCA 4MOZA 3PM6A 3QZEA 1VLWA 2HSAA 2FPTA 3D0CA 3FS2A 3QJAA 4E2BA 1TPC1 1JRBA 3NM3A 3FKKA 5D37A 3PAJA 3LTSA 3G1FA 1LBMA 4I7WA 1KA9F 2IQTA 1DQWA 3OHIA 4OV9A 4FNRA 4S2CA 4O50A 5F2GA 5AHFA 4LY8A 1FDZA 2EGZA 1ZALA 1I2QA 4MPQA 5U4NA 3MI6A 1SW3A 1G4EA 2E6DA 3CTLA 3QC3A 3ZWTA 3B05A 4XKYA 1H50A 4DF1A 4JTTA 5DCBA 4BFAA 1VYRA 2PE4A 3IGSA 1GPWA 4UXDA 3NR0A 3G0SA 1NAL1 1JCJA 3TQKA 3C8FA 3TNOA 3N73A 1QPOA 4OT7A 2XN2A 5D2TA 3O6YX 1QMLA 1G4PA 3TX9A 3FA5A 1C9DA 3HGRA 2GVLA 4PEKA 3E9AA 2V9DA 2Y70A 5F2LA 2BLEA 4DF2A 3W1PA 1B4EA 4UR7A 3N34A 1KFLA 3OEXA 4WOZA 1ZENA 3B06A 3KXQA 2ZDRA 1E51A 3MWAA 1EIXA 1KFCA 3LCWA 3IIOA 2V2HA 3BW3A 3GZ3A 3HGJA 3GAYA 1LTDA 2UV8G 5KTLA 4XBKA 1TRIA 3O16A 3A21A 4UR8A 1YTKA 4J9JA 4NX5A 3GIYA 3N19B 1P0NA 4ML9A 2YPIA 1SW7A 4M6QA 3DI1A 1XCFA 3EX6A 4NXSA 1YPIA 4Q33A 2A5HA 2F7FA 2OJPA 3HO8A 1PCWA 3BG9A 4LV9A 3SZ8A 2DZXA 4WY0F 1O60A 1FCQA 1FCBA 2WSQA 1AL7A 1BKSA 3KVMA 1W3TA 1GT8A 2NV2A 4NUWA 3TK7A 4NNBA 1EP3A 4NZFA 3E02A 1TPEA 5TIMA 4O54A 1T99A 3UWQA 3GVGA 3G18A 1UJPA 3NG3A 5A5WA 1RVGA 3ABOA 2AQWA 3A5FA 2C14A 4PODA 4HNUA 1YLVA 5EL1A 4H6KA 1TJPA 5EKYA 3W7GA 5K9CA 3MP5A 1P0KA 2V5BA 3H54A 1RQHA 4ZVJA 3GDLA 3TMLA 2Y6ZA 1ME9A 4TU1A 1FXQA 3GR8A 3QMTA 1PHWA 3HOJA 2ZZ7A 3C2OA 2G96A 2EPHA 2DJXA 2WNNA 1WX0A 1SR9A 4JNMA 1M7PA 3TSDA 1SU5A 2E5DA 4WJEA 2YCEA 5LGXA 1Z42A 2A2IA 5LKYA 1TCDA 2FIQA 4GJ1A 1HG3A 3P67A 5I3KA 5KSWA 5FF4A 1K7FA 3EWXA 4MKNA 4R7JA 5BMXA 1PVNA 3TXZA 3PB0A 3RK8A 1TTJA 3NQ6A 4Y8FA 1TPB1 2HTMA 3IGUA 1H60A 4Y6GA 5FEPA 2Z6JA 1GOXA 4BR1A 3HG5A 5HJLA 1MEIA 1X8FA 1XC4A 2PC4A 3UZJA 2DU2A 5AYXA 1QOQA 4A21A 3FOKA 3LXBA 3H55A 5CSSA 1GWJA 4DO5A 3Q94A 3W1NA 3LTYA 3F1QA 1XM3A 4XKYB 4MJMA 3I7SA 3L0KA 1RPXA 4LW7A 4IJBA 4U4MA 5HMSA 1KV5A 2RDWA 3DFQA 3MI2A 3FIGA 1D3GA 2WPBA 4CQAA 3UD6A 4X3ZA 3LDVA 3L5MA 3K30A 3NM1A 2X1SA 1G69A 1KFEA 5LNRA 5KITA 2CLOA 2NWSA 5DY2A 3T78A 1PS9A 3A23A 5DLCA 2CU0A 5AN7A 3HB9A 3I7RA 4MYAA 4OBTA 4KWVA 1RQEA 5K9XA 3W7HA 1C8VA 3B03A 4PH6A 3L67A 4DQWA 3LCHA 4O11A 3S0CA 2VELA 2GVJA 3W1UA 5BNKA 3MYOA 2H90A 4Y90A 4EF9A 3S1VA 3VKJA 3EXTA 4IPIA 1TB3A 3Q37A 1O5KA 4AWUA 1NSJA 3TA6A 3YPIA 3ZS4A 1ME8A 3M9YA 4IX2A 4ZMGA 3M5XA 2Q8LA 4P2VA 4UFKA 4IMEA 1KFKA 4N9DA 2A0NA 3KX6A 1PCKA 4UTLA 2TRSA 2ZZ3A 3TUUA 4O17A 5G1TA 4GUGA 3S5ZA 1NF7A 4JDBA 5AFDA 2E77A 1SZNA 1S3HA 1FCVA 2BX7A 5D2VA 4BI6A 1B3OA 2DZSA 1K02A 1IXOA 2QJGA 3OIXA 3P61A 4M6PA 4EVZA 1K8ZA 3DH7A 4JTSA 1A53A 5CSRA 3ZFHA 4TX9A 1OX6A 1KM1A 3DI0A 4HHPA 1VR6A 3W3OA 3FKRA 3HGSA 4RZ6A 2ABAA 1OFQA 3TFCA 3IIPA 3HJZA 3KHJA 1C29A 5CPNA 3M5YA 3GYEA 4WD0A 3NQDA 4FX7A 1FWWA 1G4TA 4FX6M 1R46A 4M7TA 4N02A 1J5TA 3MHFA 3MP4A 1SQ7A 2ZQ0A 1QO5A 3GK0A 3M41A 1LM1A 2HS6A 2A21A 1KM4A 3UXAA 4BK9A 2BSLA 3LCFA 3NGJA 4UMBA 2QEZA 4EOUA 3HG4A 3TMQA 1QDSA 2GPTA 2TMDA 1SO4A 5DXYA 1TRDA 1W5QA 3LHYA 3W2KA 1CX9A 4JTIA 1DV7A 2ZA3A 4N6FA 1XL9A 2GJNA 4O4WA 2QCLA 1IXPA 4NX0A 3RNDA 3VI2A 4FEZA 1O94A 1W5NA 2FB2A 1VCVA 2O7QA 4Z1DA 3W1QA 3PUEA 1JQXA 3MHUA 4A29A 4DPPA 1ICPA 3LGEA 5J5RA 1LOLA 1XDLA 3LHUA 1WOAA 5LHFA 1UASA 3A9IA 4YL2A 3M5VA 4JDYA 3NPWA 4O19A 3O8AA 4AXKA 5K3VA 2W79A 2CLMA 3O63A 5CZ0A 5D30A 4NJJA 4AVFA 2PURA 3M47A 3PVFA 1S5WA 3GKFA 3CWOX 2QCGA 4WOQA 4QNEA 1WA3A 3RLVA 1XBYA 3NQVA 4O57A 4GUHA 4RLIA 3EWBX 1DORA 2FB3A 1K8YA 3TE9A 3NL5A 5AYZA 4PL1A 1X1OA 2H8XA 3NAVA 4ALDA 3EWZA 2V8ZA 2WV8A 3KFTA 1P1XA 2RDUA 3B0PA 1A5SA 3O06A 4QIUA 4GXMA 4IOTA 3GX9A 3W2UA 2NUYA 1RV8A 1LZOA 3TAOA 3A24A 1D3HA 1Q6RA 3NPUA 3T7VA 4X2RA 2NUXA 3C56A 3NPVA 4YLWA 1F5ZA 1KM5A 3Q2DA 4KKXA 2A85A 3PB2A 2WOQA 1W3NA 2FLIA 1H7NA 3RU6A 3TCEA 3M7WA 2Q3OA 4RK8A 5FF7A 4JEQA 2W6RA 3S1XA 4K7VA 4O1AA 3WJSA 5DXXA 1LRQA 1OYAA 1EB3A 5AHNA 3A5VA 3PBUA 4E2DA 1F73A 4POCA 3P7YA 3N2XA 1JCNA 2ZBTA 4XTDA 3W85A 5K4XA 1QWGA 5D2YA 4QJ1A 3M6YA 4ZQOA 4UTIA 2ISVA 3S42A 2A7PA 1SUXA 3NEVA 3FYOA 4LTSA 1WYIA 1TPWA 2VENA 1LYXA 1OF6A 2ZTKA 1WXJA 2QCMA 4GNJA 5D04C 3IV3A 1V5XA 4RZ4A 4A2RA 4WY0A 2QJIA 3FJ6A 3NQGA 4UFJA 4JTLA 1TSIA 4GC4A 1O5XA 4ICNA 3W7NA 5K4ZA 3NQ7A 4LS1A 5LNSA 3PSWA 2CW6A 4TR9A 3W23A 3S6DA 3ATYA 3W7DA 3EWWA 3W7CA 3GXPA 1FX6A 4JTKA 2VFDA 1DQXA 4AHOA 3HPSA 2VC6A 4Y9AA 1OG0A 5F1UA 3UY7A 1M7OA 4NQ1A 1P4CA 3KVKA 4L4LA 2VOMA 1XI3A 3G0UA 2QUVA 4UNKA 3DFSA 1UBSA 2R94A 3W7KA 1VCFA 3OBKA 1DBTA 4IQLA 1NF0A 1Q6OA 3O05A 4FF7A 4ORIA 2OMAA 2P1FA 2ZRVA 3FFSA 1YTEA 5KMYA 1X6UA 2ZA2A 1SFJA 3S1WA 2V0TA 3LCGA 5D02A 2DZTA 3OG3A 1KM6A 1JCYA 3CHVA 3MW7A 6ALDA 1UCWA 1VQTA 4FXSA 3GLCA 4UTMA 1K7EA 3W74A 1VHCA 3JR2A 3MI3A 4HPJA 3P62A 3LV5A 4ADSA 3DKLA 2NXGA 1H7WA 2GUUA 1DJQA 2C6QA 2NXIA 1LORA 2CZDA 1GG0A 4GUIA 1DOSA 2TSYA 3S5NA 3UPBA 4K36A 2FJKA 4O1BA 2P0OA 3LERA 5SWUA 4O1CA 2X2GA 1H1YA 4R33A 1A50A 1CW2A 3R13A 4AWTA 2ZRXA 3WJXA 3EEGA 3L9CA 3B04A 1MO0A 4MZYA 3UWUA 3PWAA 1EUNA 4ZZ9A 4QNWA 2DORA 5H2ZA 3OVRA 3F4NA 1D9EA 1DVJA 5A8GA 3W73A 1VYPX 4JIQA 2Y62A 4NJKA 4O0KA 1JRCA 3ABRA 3F4WA 4HKPA 3TXVA 1YPFA 3GDTA 5KZEA 3DFNA 4O28A 2WSRA 3NNTA 1SZEA 5D32A 3N9SA 1I2RA 4MY9A 4RX0A 2CLIA 1W5OA 5FEZA 1FWTA 2A6NA 4JY9A 4FNUA 4UIOA 2A7RA 3TV8A 3MBDA 1HO1A 1QAPA 1T8XA 3P84A 1W3IA 1OFEA 1ZFJA 2E1DA 3G1YA 3SY5A 2A7NA 5TQLA 3BGGA 5I3FA 1OF8A 4UTHA 2EAWA 4N9BA 1QR7A 1HO4A 3ZWSA 1A5AA 4GWEA 2J27A 4GBUA 3VE9A 5AHMA 3OVQA 1OHLA 4BF9A 1FQ0A 4LU0A 3IIXA 1G6CA 5I3GA 1SFLA 1V7YA 3SSJA 3L2IA 2QAFA 5ABTA 5AC7A 2AAMA 4HT3A 5HWMA 1EWDA 4PTNA 1PHQA 4M7SA 4PL2A 2DJLA 4K38A 2CZFA 2A6LA 3GR7A 3E0IA 3LHVA 4OHQA 2HS8A 4WY0B 4OGZA 3PS7A 2YX0A 3W76A 1IXNA 2NUWA 4OE7A 1MSSA 1LOSA 4FIRA 2P10A 1H7PA 4MY8A 4XZ9A 3LBCA 4N2YA 4IMFA 5DELA 1IIGA 2C19A 2XN1A 2JGQA 3W7MA 3C52A 1YXYA 2Y7FA 4QQ3A 1OFAA 3G0XA 3TR2A 1H7XA 3HBLA 3OA3A 3STGA 1AW2A 1ZJIA 1LROA 1JCLA 2YXGA 3U2OA 3W83A 5CPLA 4ADUA 1TTIA 4CNPA 2QUTA 4X9SA 1O4UA 3NQFA 3HGOA 5D33A 1PL9A 2NX1A 3O6DA 3LX9A 3PG8A 5I3HA 1ADOA 4UUIA 1SO5A 1ZAIA 5FI8A 4QAIA 1TYGA 4NVTA 4O15A 2BXVA 2VFFA 2NZLA 4MIMA 3USBA 4DF0A 3WFAA 3TW6A 3CB8A 1OABA 1R47A 5TBOA 3I65A 2EF9A 4LVFA 4E38A 1WV2A 2F84A 3VCRA 3O6CA 3C6CA 1PE1A 4DO6A 4CCDA 4U28A 4FX8A 2LLEA 2E6YA 2C18A 4N4QA 3GNDA 4NJIA 3M5ZA 4W9TA 3FYPA 4N9CA 1Q3NA 3HG3A 4MLJA 5HULA 4AAJA 1TTQA 3SI9A 5K9DA 1S5VA 3NQ2A 5KZDA 3I7QA 4UCGA 1F76A 1XXXA 1TO3A 3G1VA 1XFBA 3QQ0A 2H6RA 2YYUA 1W5MA 3W1RA 1VZWA 4JIPA 5HR7A 1ZAJA 3TQ0A 2DP3A 1F05A 3TSBA 2B0MA 3KRSA 2YYTA 4K6AA 5FF2A 1B57A 3BPWA 3LB0A 4FXRA 3NQEA 2J9ZA 4LS0A 2Y7EA 3BGJA 2NX9A 3KVLA 4RKAA 3THAA 2GQ9A 4HNNA 3INPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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