4YCOA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnaphe
Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
315
structure length
311
Chain Sequence
SMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPSGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEK
5010015020025030030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH7 (206-216)S1 (2-5)S2 (28-35)S8 (220-223)TII1 (8-11)TIV1 (9-12)TIV2 (10-13)AH11 (267-281)AH1 (14-23)AH10 (246-258)TIV8 (264-267)3H1 (51-54)AH9 (232-239)TIV3 (36-39)AH2 (43-49)EMPTYTI'1 (55-58)TI1 (59-62)TIV4 (54-57)S3 (65-70)TIV5 (89-92)TI2 (131-134)S4 (92-96)S5 (136-140)TIV6 (95-98)AH4 (116-129)AH5 (149-160)3H3 (172-174)O1 (168-170)TIV7 (143-146)AH6 (183-192)S6 (164-168)3H4 (178-180)TII'1 (174-177)S7 (197-200)AH8 (225-229)TII2 (261-264)TI3 (294-297)TIV9 (281-284)AH3 (74-87)3H2 (109-114)AH13 (300-309)AH12 (285-294)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
total genus 120
structure length 311
sequence length 315
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycoA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycoA01
3FYPA 1XDMA 2ZRWA 2CWNA 5BNKA 3MO7A 3NM3A 4WJEA 3SR7A 1OFOA 3GR8A 1QMLA 2ALDA 4MZYA 2PRLA 5LSMA 1XUZA 1NF0A 3W1PA 6TIMA 3S5ZA 5D02A 2JBMA 3PS7A 2ZZ5A 3EWBX 3STGA 5EMUA 3L66A 4FNSA 5K9XA 4MKNA 4QJ1A 1JJKA 1AW5A 2FIQA 3GAYA 1JCJA 1LRNA 1BTMA 2VFEA 1OX4A 1OFDA 3P61A 3CM4A 2WPBA 3NPVA 4IPJA 4Q4KA 4N9DA 4PCFA 4CCCA 1FDJA 3PBYA 1MEIA 3LCXA 2YSWA 1FWSA 2GVLA 3GB6A 4JX5A 3L5LA 2ZZ6A 2WQPA 5EA9A 2LLEA 3O8AA 2QKFA 4O16A 4TMBA 1JCXA 4RZ6A 3W1AA 4X9SA 3W2LA 1GZGA 2FJKA 3TXVA 5LNVA 2YDAA 2NX1A 4JTEA 4JTUA 1VPXA 3JS3A 3BG5A 4BWLA 4WUIA 1EWEA 3N14A 4PODA 5F1VA 5L9FA 3LHWA 5CPNA 4GUHA 3OIXA 3BW2A 1KLYA 1P5BA 1JCYA 3EWWA 4ICNA 1IXNA 1H60A 2WSQA 4IJBA 4N9CA 1YTKA 2VFDA 1VCVA 1YYAA 3A22A 2ZBTA 2R8WA 1TQJA 4O0ZA 4EF8A 5KITA 4I7UA 3LCGA 1YADA 3NG3A 3QQ0A 2EHHA 1QAPA 5CG7A 5AB3A 3IIOA 4YCPA 3PB2A 1R2SA 4AF0B 4IXXA 1TTIA 4K36A 1PV8A 1T99A 3MHGA 3UWYA 4IPIA 2OCZA 1W3NA 1GPWA 3HG4A 1AW2A 4Y96A 4O50A 4JN6A 3MI2A 3LHTA 2A5HA 5CKSA 4MIMA 3PVFA 5DELA 5AFDA 4JTLA 5ABTA 2VEMA 3STFA 1PS9A 3DENA 1EA0A 3DZ1A 3EX6A 3EWXA 4NNBA 4K6AA 3IIZA 1B3OA 4KKXA 3SJ3A 4IQLA 1DVJA 3B06A 3VNDA 3EWZA 2CZ5A 2ZYFA 5AHFA 1GTEA 3BG3A 4O14A 1XBYA 3QH2A 1OX5A 1S5VA 3KVJA 3B05A 2EKCA 4PL2A 4N02A 4OV9A 1SU5A 3MYPA 4JX4A 1TIMA 4FEZA 2WNQA 3NZ1A 4KFOA 2QCDA 2V8ZA 3W1QA 4AHOA 1K7FA 3L9CA 4O4VA 1GVFA 1TPUA 2DZSA 4ML9A 3E49A 2VC6A 2Y70A 1BWLA 1FQ0A 3M47A 4N2YA 4HSOA 2ZZ3A 4Y6GA 1KM2A 3BW3A 2AGKA 3C2OA 2CLHA 1TPEA 1NAL1 4ZQPA 4PTNA 5E0KA 2Q3OA 1ME8A 1EB3A 3NOEA 3OG3A 1K3UA 1JCLA 1EPXA 3GLCA 3UY8A 2ZZ4A 3DKJA 3LV5A 4GUGA 3IGXA 2CLEA 1P4CA 2WOQA 4JDBA 2Y63A 4LTSA 4E2BA 1S5TA 2QCEA 3I6RA 4AXKA 1XM3A 3L2IA 2NUXA 2Q3RA 1IXPA 5AHIA 1KFJA 2YPIA 1OF6A 4POCA 1LOLA 1TJPA 3VFLA 4EOUA 3W2UA 1PCWA 4D2JA 3BLEA 2FPYA 5K7JA 1W0MA 1QOPA 3N9RA 2JKAA 3HB9A 1KW1A 1XCFA 1ZAIA 4K8EA 4FB7A 1OFBA 3LCHA 3TSMA 5BW6A 3IV3A 1F6PA 5IBXC 3TJXA 2IQTA 3NGJA 5HWMA 2Y7EA 4J9JA 5EYWA 2GOUA 4NU7A 2E1DA 4BI5A 1KM0A 5G4WA 4B5NA 3GNNA 3C3NA 3PG9A 3LCWA 2W0UA 1KBIA 4NNAA 1L9WA 2QCHA 3C8FA 4LVBA 4JY8A 3NYZA 3F4WA 3DAQA 1NVMA 3TJLA 3W1XA 4O1DA 2PC4A 1H62A 3C6CA 1OFPA 4UFJA 1UUOA 5AC8A 2VFFA 3DFOA 4XBSA 3UNDA 4DPPA 2YFOA 2WNNA 4MY8A 5D2XA 1UUMA 1YPFA 5FF7A 1SO3A 1DJNA 4JGDA 2E5DA 2EF9A 4TMCA 2FB2A 3LRLA 1H7PA 1T0OA 2NWRA 5F4XA 1PL9A 2QUTA 3PSWA 2QCMA 3PAJA 5D03A 4ZQCA 1Q3NA 4R7JA 4NJJA 4H4IA 3UD6A 1Z44A 3QRHA 3K30A 2QJIA 5CPMA 4JX6A 3HMJG 1XC4A 3JR2A 4RXFA 4HN4A 3PSVA 3KOFA 4NJGA 1SZFA 4AH7A 2YX0A 4HHPA 3FOKA 1JRBA 1MO0A 3Q37A 5HQEA 3O63A 3WK2A 1TYGA 1HTIA 3HPXA 4PC8A 1H63A 3U2OA 2QCGA 3T4CA 3G1FA 3PY2A 4JTGA 5AYZA 3TSBA 3FIGA 3L0GA 1QWGA 5L6UA 3GIYA 4AHPA 2Y85A 4XZ9A 2QCNA 4IOTA 3VI2A 3LB0A 3M5XA 2BX7A 4AMAA 1Q6QA 1KLZA 5C2XA 3TCEA 1KFLA 3A21A 1YTDA 5AHEA 3VE7A 3M44A 1JQVA 1VCGA 3NQGA 4FNRA 2CLLA 1X1OA 3PC0A 3YPIA 5D09A 1K02A 3PB0A 4Y8FA 4DELA 4FF7A 3KVKA 4KWVA 3OHIA 1LP6A 2ISSA 1KFBA 2CU0A 3GDMA 3IIXA 2C0AA 2C19A 2ZDRA 1TB3A 2JKEA 1TTJA 3TROA 4O53A 5LGXA 1QNVA 4NT0A 2C15A 1DJQA 1RVGA 2C3ZA 3LHVA 4FNQA 1TREA 2VENA 5LNWA 4AF0A 5G4EA 1VYRA 5DCDA 2VXNA 3DGRA 5TBOA 4UFHA 4UR8A 2YFNA 2X16A 1SSDA 1TRDA 4QQ3A 1EWDA 4JY9A 3TW7A 2HMCA 5K9DA 1DL3A 4W9TA 5LZLA 3S1WA 5DY2A 3L5AA 5AHMA 4LS0A 4E2DA 4AAJA 2ZQ0A 1FXPA 1LBFA 2ZFAA 4LV4A 1MEWA 4K39A 1WBJA 4IMEA 3O05A 4JNMA 3W84A 1MXSA 3MI6A 5DXYA 4JS3A 3QQ1A 3JRKA 1FWRA 1LRQA 4HNTA 4OE7A 2FDSA 5F4WA 2F7FA 3G8RA 4GWEA 3S5YA 2YZRA 3LI1A 5HNRA 1ML1A 4CNNA 1O95A 2X1RA 3W88A 1YXYA 2DJXA 1LROA 5DLCA 1OABA 2V2DA 4O18A 5EBUA 1VLWA 3G0SA 1KTCA 4ADTA 4GFSA 5DN1A 1PHQA 4O15A 1I45A 3HIJA 4JIQA 1AK5A 4WXZA 3KVMA 4CLMA 1H7OA 2AAMA 1H50A 3V1PA 3S6DA 1Q6RA 2PRMA 3MI3A 1FBAA 3KRSA 3IGUA 2WSRA 3G3MA 5MHBA 2WO5A 3G8EA 4MYXA 3W71A 5CZ0A 3N2XA 4O13A 2A4AA 1T96A 2FB3A 2DJLA 5EKYA 1SPQA 3PBVA 4QNWA 3EXSA 4O10A 2WNZA 4X2RA 1PVNA 1ZHAA 3R2GA 3W7JA 3FEMA 2A2IA 3NNTA 1EX5A 3H55A 5TIMA 5I3KA 3W72A 3LX9A 3G1DA 2A6NA 1S3HA 5DBTA 3C2FA 3QYQA 4C1KA 4EVZA 2Y88A 3P62A 3FS2A 3DFNA 2V9DA 3LTYA 1H51A 1W8SA 1YLVA 3TA6A 5FF0A 4LVFA 3WK3A 1J5TA 1VH7A 4WY0A 2XFWA 3IRDA 2QJGA 1YPIA 4UTTC 3DFPA 2RDWA 3A9IA 3HF3A 3KAOA 5U4NA 3TR2A 1GQNA 3W86A 4NZFA 3HGOA 4LWWA 1SO6A 5KZDA 2HS8A 4ZL1A 1KFEA 1KM3A 5DCEA 5FI8A 1QO5A 3TQVA 1G7VA 1H5YA 3SIZA 1SFJA 2BLEA 2GPTA 1F76A 3SFKA 3IVSA 3GDLA 3W7IA 2ZTKA 1SZEA 3W22A 3CC1A 1Q6LA 1X1ZA 1E51A 4NJKA 4QITA 4ZQRA 1SW7A 4O17A 3GZ3A 4UTLA 3MJYA 2G95A 3O06A 1F05A 2Y7FA 1FXQA 4UNKA 4JEQA 2JK2A 1A5CA 1F2JA 1ME9A 3C56A 3PR2A 2BZNA 2PRHA 4FXRA 3W7QA 1VCFA 1AL8A 1EP1A 4DO5A 1CW2A 4Y9AA 1KV5A 1RD5A 4N9BA 3LCFA 5I3HA 5F4SA 4ORIA 5I3GA 2ISVA 3QW3A 4JICA 4UTMA 1NF7A 3LI0A 4CQAA 1C8VA 5F1UA 4KWWA 3HOJA 2P10A 3KXQA 1XBZA 4OV4A 1RQBA 1RR2A 1DQXA 2NX3A 3A5VA 3I68A 4IMDA 1LOQA 3GXNA 3CB8A 1LLWA 3NL3A 5U7SA 4Z1CA 1RPXA 3TE9A 3W85A 3PG8A 1V5XA 2Y61A 4UFKA 1FY6A 5F2LA 4CCEA 3S1VA 3UXAA 3NPWA 3E02A 2JGYA 3P8JA 3CU2A 2G96A 3FJ6A 1YTEA 2QCCA 2Y62A 3OVRA 1SW3A 1ME7A 4YXGA 3NM1A 5HWNA 4Y90A 3BPWA 3O1NA 3O07A 4QAIA 4RZ4A 1SZGA 1OK6A 3LDVA 2NWSA 3MP5A 4S2CA 5CSRA 1OYBA 2E6AA 1UJPA 4YL2A 3CIXA 3W1MA 5DY3A 4LRTA 3HGRA 1JR1A 3I7RA 1A5BA 3B0PA 3HG2A 3LRKA 1R2TA 2BXVA 3TMQA 3C2RA 1W5OA 2HSAA 5HWJA 2E5BA 3BO9A 4KFPA 4HNUA 1QPQA 3LBCA 1WV2A 3L5MA 4R53A 4XTDA 4L4LA 1SR9A 2ZA2A 4ZMGA 2W6RA 2A7NA 2NLIA 1MEHA 4LV9A 2ZRXA 1H1YA 1WA3A 3ZS4A 3HO8A 3LOTA 5FF3A 2A1YA 2E5CA 4GRSA 3M0ZA 1DORA 1TRIA 4O54A 1DHPA 1P1XA 1Y0EA 4TX9A 5HUPA 3R12A 4CQ8A 1W37A 3A5FA 2B0MA 2QUUA 1IXOA 2TMDA 4UFIA 2TPSA 2I14A 3W3OA 1UCWA 1XBVA 1TPC1 3LCIA 2VELA 4DXVA 2QJHA 3T55A 1D9EA 3W1TA 1RZMA 2DZTA 2Q8ZA 1HG3A 3L0NA 3EXTA 1KTNA 3I7QA 1FUYA 3NZRA 3MWAA 4ZQNA 4JYDA 1ZCOA 2H90A 2VEIA 3R5EA 4GUIA 3NL2A 4TIMA 2ABAA 4IMFA 3M9YA 2B7OA 4Z1AA 3MHUA 3NQDA 3EX4A 4FNPA 3KFTA 1W5PA 3ANYA 2NXIA 2FPVA 3V75A 2CLIA 2JKPA 4WX2A 3RFAA 3CHVA 3QMSA 1OYAA 2GQ9A 3CPRA 2E77A 1XKYA 1KBJA 4XKYB 4HNNA 3S1UA 2V2HA 4DF1A 2TSYA 4YWIA 4LC8A 1WOAA 3IGSA 3M5VA 3B03A 4K37A 1O4UA 4FNTA 4BFAA 5D37A 3CIWA 2GVJA 3TQKA 1G6CA 4ZZ9A 3LM7A 1DOSA 3LCLA 1GWJA 1GVOA 4O57A 4HPXA 1XBXA 3I65A 1ICPA 3EEGA 4ADSA 3THAA 1NSJA 1JCMP 3W6YA 1HUVA 3NQ2A 4BWLC 2W79A 3MUXA 3NQAA 4HPJA 1A50A 2B4GA 3TC6A 4O19A 1F74A 2NXHA 3MP4A 2A21A 5C55A 3T7VA 4PL1A 1EUNA 1R46A 1PE1A 3L67A 3UXDA 5BMXA 3DXIA 3O6DA 3TH6A 3EX3A 3HJZA 3MBDA 1FCUA 2X1UA 3LHYA 3VCRA 3G22A 1TPVA 3WJSA 2FPTA 1SW0A 3EKLA 4RKAA 4PFMA 2R91A 3NL6A 4MZ8A 2Z2UA 2DZPA 3S8HA 1ZY9A 2Z6IA 3UZJA 4UC5A 4TO8A 5I3IA 2V5LA 3R8RA 4NQ1A 1QPRA 5D2YA 4DPQA 1KFKA 4UUIA 3QM3A 2HS6A 4FO4A 3I7SA 4R34A 3W2MA 1KV8A 4O1CA 2YW3A 4RK8A 1W54A 3W1LA 2YR1A 3S9YA 5DBUA 3FA5A 1B57A 1ICSA 4MLJA 3W7EA 4O28A 3QC3A 4RR4A 3B4UA 4N6FA 3BARA 1I2NA 1TPDA 4L4MA 3DHDA 3TXZA 2A6LA 1QPNA 3QW4B 4XBKA 1I8JA 3N73A 4MZ1A 3EX1A 3PBWA 4ZQMA 1U5JA 3D0CA 5A5WA 1WAUA 1YXCA 3PBUA 4GJ1A 4RZ5A 4M5PA 3HQ1A 3PULA 4GNJA 3AJXA 2Z0IA 2CLMA 2NUWA 1QDSA 5LHEA 2H8ZA 4AWSA 1IIHA 4K7YA 4MPQA 5K3VA 2V5BA 3A23A 1OFEA 4M6VA 1K8XA 3P81A 4UIOA 5F2IA 3TU9A 1F73A 2VOMA 4FXSA 1I2RA 1GYNA 3FLUA 2DORA 3F4NA 4UTKA 5BRBA 1NEYA 5HMSA 4NXSA 5KTLA 1LOSA 3IVTA 2XN1A 5AC6A 3TQ0A 3W74A 3QSRA 3TAKA 3WK0A 4U4MA 5CSSA 5KMYA 1TPB1 4LVAA 2CLOA 1LBMA 4UTWA 4NX5A 3FJLA 3NQEA 1QCWA 3CEPA 4OU1A 4WXYA 5G1YA 1XL9A 4OGZA 1R30A 1GVSA 5LNRA 3QEZA 4LS2A 4U28A 3NQ6A 5G2HA 3W83A 1LBLA 3EXRA 4EIVA 3E96A 1FWWA 2J24A 1X7FA 1TO3A 1SO4A 1KTBA 4UMAA 3TX9A 4P61A 3M43A 4O1BA 4YCOA 3NQ7A 3INPA 1AL7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 4TU1 A;  3B0V C;  4X22 A;  3NQF A;  1SZN A;  3LLD A;  4K7V A;  3W70 A;  5FEZ A;  2HTM A;  3WK1 A;  3G1H A;  3HBL A;  3W7G A;  2DZW A;  3QMR A;  4RX0 A;  7TIM A;  3F1Q A;  3QF0 A;  1I2O A;  5J5D A;  2O7S A;  1G69 A;  4IXH A;  3FFS A;  3UWW A;  5C5Y A;  1VGA A;  3MW7 A;  4I7V A;  4XTI A;  3CQ0 A;  1W3I A;  4NUW A;  1N7K A;  4S1F A;  1W3T A;  4UMC A;  4A22 A;  1THF D;  3LLF A;  5T26 A;  2V82 A;  3SY5 A;  4JTS A;  3W7L A;  1KM4 A;  3G1A A;  5HJL A;  5C54 A;  3CLM A;  4O8R A;  5D04 C;  3LV6 A;  4MJM A;  3TK7 A;  1YDN A;  1RV8 A;  2VFH A;  5EY5 A;  1DV7 A;  3S5O A;  3G0U A;  3W1N A;  2DZV A;  1OK4 A;  3S5N A;  1WDW A;  2DU2 A;  3WJY A;  4WOZ A;  1F6K A;  3NL5 A;  1A5A A;  4N9E A;  2RH9 A;  2ZRZ A;  4EWN D;  3GK0 A;  4UTH A;  3CT7 A;  3H53 A;  2ZZ1 A;  3GDR A;  3B0U X;  4FX7 A;  2RKX A;  3MHF A;  3N19 B;  2GQA A;  3SI9 A;  4RCX A;  2E6D A;  5HIN A;  1A53 A;  1UBS A;  4LC6 A;  1LYX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZRW A;  2DT2 A;  1Q7Q A;  4WJE A;  1D2K A;  5AVH A;  4JTQ A;  4AD2 A;  3D46 A;  3D3A A;  5M17 A;  4GIA A;  5A94 A;  5D02 A;  3ZVH A;  1WXY A;  3G6L A;  4AY7 A;  4IL2 A;  4XBJ A;  4C60 A;  5A6A A;  1PKN A;  3VAB A;  3T9P A;  3WL0 A;  3AIQ A;  1AW5 A;  2FIQ A;  2VFE A;  1BSI A;  4CNS A;  2Z2A A;  4UOJ A;  2QW5 A;  3BLL A;  1RCQ A;  3OBA A;  4ERA A;  3PZT A;  3LBO A;  1E0V A;  4GO8 A;  3RIL A;  4CEX C;  1NDW A;  1UQY A;  4HME A;  3R11 A;  3WNM A;  4GIR A;  2WQP A;  4O16 A;  1FHV A;  4V1Y A;  4NKC A;  5LNV A;  2NX1 A;  4JTE A;  2XH7 A;  3IAQ A;  3K2G A;  1LWI A;  4WUI A;  4BWL A;  1UQZ A;  1EWE A;  3N6J A;  1X39 A;  2OOF A;  1SFT A;  4Z42 C;  4IJB A;  4N9C A;  4ECL A;  2VFD A;  1YYA A;  1A80 A;  2P50 A;  3UZY A;  1OWQ A;  1SJB A;  5XIN A;  5KIT A;  5JH1 A;  3NG3 A;  1YAD A;  7A3H A;  3NSX A;  1E0U A;  1UWQ A;  5M03 A;  2J8F A;  1F3W A;  2QII A;  4J2P A;  5HXM A;  1F4H A;  2W66 A;  1UR0 A;  3UWY A;  4H00 A;  4R7W A;  3HG4 A;  1AW2 A;  2F8Q A;  3VIF A;  3MI2 A;  1S1R A;  1FFR A;  1B1Y A;  3T09 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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