4YCPA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnatrp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
315
structure length
308
Chain Sequence
MRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli k-12
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
total genus 114
structure length 308
sequence length 315
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycpA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycpA01
2OT1A 5LNUA 4N9CA 4HNNA 3OEXA 4MZYA 1QCWA 1L6SA 3NPUA 5DXYA 3F1QA 2ZRWA 4JYEA 5F2MA 3S0CA 1RPXA 4UR8A 4O54A 3W1QA 1J5TA 2C18A 3KVKA 1LZOA 1J4EA 4RZ4A 5FEXA 5MHBA 1H7WA 1JQXA 3KVMA 3LRLA 4HN4A 1W54A 3S42A 3MYOA 1TYGA 3FJ6A 4JTFA 3AJXA 1P5BA 1YYAA 4GUGA 3HQ1A 3G1HA 3C4UA 4R34A 5G2WA 3VKJA 3Q58A 1PHWA 1TREA 4E2DA 3W3OA 4JTIA 5CSSA 1RQHA 4M6QA 3NDOA 4EF9A 5FF2A 4RV8A 3CWOX 3B03A 2R14A 3QPZA 1W5QA 2GOUA 3IEBA 5L9FA 1HO1A 3FLUA 1W5NA 5E93A 3LHVA 3RU6A 1DHPA 4O0KA 3SY5A 4M7SA 4HKPA 3SGUA 4MY1A 1QPNA 4LWWA 1KFBA 1OYBA 3DFTA 1TTQA 4N02A 5LKYA 4UTJA 4JIQA 2NUWA 4IWWA 3TJXA 3C2VA 3TQKA 4OT7A 4JYFA 2V2CA 2GVLA 1JVNA 1LLWA 1GT8A 4DF0A 3TU9A 2H8XA 1K7EA 3P60A 4LRTA 2C0AA 3LCFA 3W1AA 1S5VA 1XM3A 5C2XA 4ZQMA 5LNSA 3A23A 4UNKA 1JUKA 4XBKA 4QAIA 1RQEA 4O19A 3NR0A 1T96A 2CLIA 4OU1A 3PVFA 5LNRA 2DORA 3O6DA 3WK3A 1Z41A 2ZQ0A 2J9XA 1LP6A 3HGRA 4WY0B 4JTJA 1SO6A 2NV2A 1TPWA 3M0ZA 3UXDA 3W1RA 4ZMGA 2F7FA 3N9RA 2A0NA 5D09A 1FXPA 4DF2A 2YYTA 2Q3OA 2E5CA 1OF6A 2GVJA 3L67A 3BV4A 3NO5A 4ZQRA 4HPJA 4PH6A 2A85A 1FWNA 2CZ5A 4TMCA 3NQVA 1ONRA 5BMXA 5KMYA 3GB6A 5I3HA 5HJLA 2TSYA 1VH7A 3Q2DA 4EWND 5F2GA 1VJIA 4AWTA 2QCLA 2VOMA 5AYXA 1CW2A 1I2QA 3UWVA 4MZ8A 3W7QA 1D3GA 2CLFA 5CGQA 1M5WA 5F4XA 1F6KA 4I9AA 2NZLA 3HGSA 3W70A 4YLWA 3W1NA 2H6RA 2O7SA 3BARA 3WJWA 4JTEA 4FNUA 4IOTA 3UQNA 3I7QA 3W74A 1FWTA 2P0OA 4O50A 5DY3A 3I68A 4D2JA 1SFLA 4O1BA 1H7XA 2CU0A 2A4AA 2ZZ6A 2Z2UA 4A2RA 3LXBA 3R12A 5D03A 2QJIA 2QUVA 5TQLA 1MEWA 2QCNA 5H2ZA 3PB0A 2A21A 3N9SA 4Z0SA 4O28A 4HIBA 3QSRA 3QRHA 1YXDA 3NQ6A 3E12A 5FF7A 3TAOA 2QCDB 5AHNA 3BLIA 3DXIA 4QJ1A 4JXCA 1VGAA 3HG2A 3O1NA 2PCQA 4AF0B 3LXCA 3TXVA 3GYEA 4QQ3A 4HT3A 1QPOA 3L0NA 4WQ6A 1X1ZA 1YTDA 4UTMA 1EPXA 3GVGA 3TH6A 1LCOA 3OVRA 3TK7A 2C15A 2V2DA 1XBYA 1UB3A 4DQWA 3MUXA 3NL5A 4K8HA 2ISVA 3T7VA 1FDJA 1N7KA 3O6CA 1EUAA 3TSMA 4U28A 2DZVA 1Q6OA 1T8XA 3L2IA 2E6FA 4Y96A 1KM6A 3S5YA 4O1DA 2C13A 4IX2A 2YZRA 3ABOA 1WV2A 2YX0A 1NFBA 3E96A 3LGEA 1S3HA 4IPIA 1PIIA 3CIWA 2H8ZA 3IGUA 3LI0A 2GJNA 1I2OA 4AH7A 4ALDA 3BW3A 2VEMA 4JTLA 1ZAHA 1IXNA 1TV7A 1AG1O 3O16A 4GUFA 3ATZA 3PUDA 5K2ZA 3EX2A 3BPWA 1F76A 4FXRA 1LDCA 2NX3A 3T44A 1QPQA 5KTLA 3UY8A 4DO5A 4KWWA 3F4WA 4FXSA 3CT7A 3KRUA 2C6QA 1EP3A 4JTUA 2E1DA 2ZZ5A 1TV8A 2A7NA 4GNJA 5HQEA 1FUYA 2HSAA 3U2OA 3UZ5A 1OFEA 2BTMA 5K9CA 4UXDA 5EY5A 2WQPA 1JCXA 3P81A 3E9AA 3UY7A 4ZQOA 1KM1A 4XQ6A 1I4NA 5F1VA 3UXAA 3M43A 1PVNA 1P4CA 3LHYA 3ATYA 3M7WA 4NJIA 3C2EA 4WOQA 5KZDA 3DFSA 3W1LA 1V7YA 2DZSA 1K02A 3HPZA 1BEUA 3TFCA 5IM51 2Z6JA 1B9BA 2HS8A 1R46A 4FIRA 2V9DA 4YL2A 5D30A 5CSRA 4Z1DA 3C8FA 3QW3A 4K7VA 3DAQA 1NAL1 2YW3A 3P5ZA 1QAPA 3EX3A 5AC7A 3HG3A 3I6RA 1ZENA 1JCYA 2ZA1A 5TBOA 4RX0A 4DO6A 2XN1A 3GAYA 1VHNA 4JS3A 2HMCA 3TW6A 3W75A 3ZR4A 1EUNA 1TB3A 2ZDRA 4PODA 3PG8A 4YXGA 5HINA 3PULA 3W2LA 2B7QA 4JD4A 5LZLA 2YFOA 2YR1A 1AW1A 4NUWA 3B0PA 2J27A 1MXSA 2YYUA 3FJLA 3LBMA 4RLIA 3QSTA 1YPIA 3LLFA 4UTLA 3V1PA 4WX2A 1AL8A 1GPWA 4O1CA 4ONVA 3SIZA 1GVQA 5AYYA 2R94A 5F2IA 4MIMA 3QMSA 4BWLC 2EGZA 1WBHA 1ZY9A 4HNUA 1H7NA 4FX6M 4MVAA 2WOQA 1KM3A 4X22A 3W23A 3MI3A 3P62A 5C6MA 3GR7A 3WJZA 1ICSA 1L6YA 3IVUA 4CQ8A 1QFEA 2NWRA 4PCFA 1WOAA 2H90A 3TAKA 4JN6A 2NXHA 1KFLA 3W88A 3ZS4A 5CKSA 1VC4A 2WO5A 3ABRA 3O15A 1FX6A 1L2UA 4AAJA 3C0JA 4B5NA 4XBSA 4MY9A 1W3IA 4XWUA 1U5JA 3UWWA 1ZNNA 5J5DA 3LTYA 3KX6A 2ATMA 5E1QA 5A5WA 1LTDA 1W31A 1WA3A 1WOBA 2V0TA 3NPVA 1L6WA 2Z1BA 1MSSA 2WNZA 3JS3A 3A5FA 1QO5A 3WK0A 1EIXA 1W56A 4A3UA 1T99A 2E5DA 1D3HA 2GVGA 4P2VA 1DL3A 4WUIA 3WK2A 2NUYA 3W1TA 4UMBA 3L5LA 4JY9A 4XTIA 3G8EA 4CQ9A 2TYSA 4EF8A 3LRKA 5BRBA 1K03A 4JX5A 4K7YA 1X7FA 3INPA 4J9JA 3TC6A 3N2MA 3HGJA 5K7JA 2C1HA 4OV4A 2ISSA 4LVGA 1H62A 3B04A 1JCMP 4IMFA 4KFPA 5AB3A 4BI6A 1P0NA 4JTSA 2DZUA 4NXKA 2X1UA 1MZHA 5KITA 1VPXA 2G96A 4LRSA 5LSMA 1HG3A 1EP1A 1W8SA 2V82A 2QUTA 4HPXA 4ADSA 2DJLA 2G5WA 4QNWA 3W1MA 3LDVA 3MP3A 3S1VA 1TMHA 3I7SA 5AC6A 1O94A 5I3FA 4N6EA 1HFBA 3TA6A 3IVSA 1WBJA 1YPFA 2X16A 3S5ZA 3BW2A 3TQ0A 4UTWA 2DJXA 1DJNA 2B4GA 1K8ZA 4N2YA 3UPBA 3IRDA 2EPHA 2Y6ZA 3O07A 3W7CA 1GYLA 2A5HA 2IQTA 2QCFA 4E38A 4QITA 1RR2A 5D38A 3LCGA 4LUIA 1JUEA 4O14A 5G1YA 3EWWA 4LOCA 4YWIA 3CEUA 3MI6A 5IBXC 1LOLA 4YCPA 4CNNA 5FEZA 1X1OA 3CLMA 3W2NA 1HO4A 4UUIA 1X6UA 3LBCA 2Y70A 2GPTA 1FY6A 4M19A 2PRHA 5KINA 3NQMA 3W7PA 4ZQPA 4I7WA 3RF9A 3NL3A 3LI1A 4ZQNA 3P8IA 3HBLA 3IIPA 4UFIA 1UASA 1KV5A 1WAUA 2BSLA 2W79A 5EBUA 2Q8LA 3MJYA 1SO3A 1TQJA 5AC8A 4MKNA 5DBTA 5BNKA 4QM1A 2G95A 5AYZA 4LV9A 4MFEA 1GWJA 2AAMA 4IPJA 1H7RA 1XUUA 3PY2A 1LBLA 3F4NA 4OE7A 4AB4A 4OV9A 3VI2A 2OX1A 2NWSA 1VCFA 2B0MA 3UD6A 2NXIA 2BLEA 2TMDA 3GX9A 2C19A 4UCGA 4CLMA 6TIMA 4QIUA 3P82A 1TV5A 4C1LA 3TFXA 4LY8A 1FCQA 2V8ZA 3KRZA 4BK9A 1OG0A 4O15A 5K3VA 3NGJA 1OX4B 1DOSA 4NX5A 4NZJA 2PURA 3EX6A 1XL9A 3W2JA 3USBA 3G0SA 1KTCA 4A2SA 3DFOA 4FHAA 4DO4A 3LCWA 4AMAA 2E6YA 3GDKA 3MO7A 3S1UA 3GDMA 2X2GA 3UNDA 4ADUA 3BG9A 1O95A 2GQ8A 3OG3A 3FA5A 1GG0A 3LB0A 3L66A 1AW5A 3LHWA 2LLEA 1N55A 4NXSA 1NSJA 4TX9A 3KHJA 3GR8A 1H7OA 1XDLA 3ELFA 3IIVA 1C8VA 2ZTKA 1FBAA 2ZRYA 3U8GA 3TC7A 1UBSA 1WQ5A 2NX9A 5LNVA 4DXVA 1LORA 1UUMA 2FQIA 5G1TA 3ABQA 1G67A 1W37A 2QAFA 3NOEA 1VCGA 3S6DA 2CW6A 3RLVA 3PBUA 1Z48A 4ORMA 3MYPA 3JR2A 1OABA 3G1DA 2JBMA 1KA9F 4O12A 1QOPA 3EXRA 4LVFA 3MHFA 2QCHA 4MJZA 4M5PA 4BI5A 5F4WA 1TTJA 1VYSX 1GVRA 1UUOA 3LOTA 1W1ZA 1A5SA 3HPXA 3GKFA 1OVDA 5HUPA 3W83A 5CZ0A 2YGYA 3LRMA 4ZZ9A 3CPRA 3L9CA 2ZRZA 2DZWA 4RCXA 1DBTA 3TX9A 1H7PA 5DELA 1V5XA 2ZZ3A 3W7EA 1ZJIA 4MFDA 4CCCA 3TXZA 1W3NA 4IGHA 3R2GA 3VFLA 1SZGA 4HSNA 1OYCA 3IGXA 1CX9A 2CWNA 1XI3A 3A22A 1FCUA 3NEVA 4UNLA 1F5ZA 1EB3A 3SZ8A 3B06A 3GZ3A 2YXGA 3STGA 4JYDA 3W7RA 2I1OA 2RDTA 1XBVA 2BZNA 4AHPA 1P1XA 2V2HA 1QR7A 3B0VC 1QDSA 2J9ZA 3G1XA 2JKAA 1ZAIA 1SSGA 3TUUA 1F74A 1J2WA 3NPWA 2G97A 1A5CA 1XUZA 2FTPA 5I3JA 2OJPA 5G2HA 4IMCA 3R5EA 2QR6A 2XFWA 5K9XA 4LC8A 3ZFHA 5G5IA 3KOFA 2P1FA 4TU1A 3LX9A 3W72A 1AK5A 4S2CA 3WJSA 2GJLA 3N2XA 3EWBX 5D04C 3BK0A 3HGOA 4E2BA 1DORA 3W2UA 3GNDA 1SW3A 3CHVA 5H91A 2B7OA 2ABAA 2FPYA 2WNQA 2A7PA 2BXVA 3PAJA 3KXQA 3RMJA 1SW7A 1GTHA 3LCXA 5CPOA 3G0XA 4U4MA 3GIYA 2GQAA 4O18A 3N3MA 2QUUA 1RVGA 2X1SA 4UC5A 1BWLA 4JIPA 4OGZA 1I2RA 3N73A 2X1RA 2W0UA 3DFPA 5DCEA 1XKYA 4LS0A 3HJZA 3M6YA 5D2YA 1GVOA 1G6CA 3W7IA 1F73A 1OFDA 4GUHA 3T55A 3QF0A 4NJJA 4GUIA 4NNBA 3P84A 4NJHA 1QPRA 1GVFA 3L5AA 1E51A 2FLIA 2AQWA 4BFAA 1SO4A 1H60A 1VQTA 3QQ1A 5DXXA 5AFDA 4UFLA 3DZ1A 3G8RA 5DBUA 2QJGA 1G4PA 4MPQA 1SSDA 4O13A 4BR1A 3W7DA 2YSWA 3EX1A 3DI0A 2J88A 1GTEA 2O7QA 4S2BA 4RR4A 1SU5A 4MLRA 4RZ6A 1SQ7A 1I2PA 1LLZA 3N19B 4AVFA 4DPQA 2Y85A 3QC3A 4Q33A 3W87A 2QCMA 4PA8A 3RNDA 4PC8A 3QFEA 3NQEA 1I8JA 1RZMA 5AN7A 3STEA 3W7GA 3NQAA 3L0GA 1KFCA 1KTNA 3LV5A 3MP4A 4MZ1A 3BVJA 4OHQA 3W73A 2B7PA 5K4ZA 2WV8A 3LHZA 4XKYA 1KFJA 1FWRA 1Y0EA 4NJKA 5KZEA 1ICPA 1H1ZA 3NNTA 4MLJA 3LCHA 3FYOA 1YLVA 4JEQA 4FEZA 2FFCA 4UTTA 3W7LA 2UV8G 2CFFA 3LHUA 3E02A 1B57A 5T26A 1VS1A 4GUJA 1FWWA 1ALDA 3G1SA 5G4WA 1SUXA 2WKJA 3EWUA 1I2NA 2Y62A 1KBIA 3NPXA 4LV4A 5CPMA 5KZMA 4UIOA 4FNSA 1LRTA 4HHPA 3TMLA 1QO2A 1I45A 1YTEA 4MOZA 4CCDA 4X9SA 1JJKA 2Q8ZA 3M5YA 1JULA 5LGZA 2Y89A 3H54A 4LU0A 2CLKA 2FJKA 3HO8A 4AXKA 1KW1A 3EX4A 4NX0A 5HWMA 1H51A 2A6NA 5FF0A 3A24A 3LXAA 3FEMA 5D2WA 4R7JA 1H61A 1LYXA 1TRDA 5U4NA 4A22A 4BI7A 3BGJA 2VEPA 2HTMA 1QOQA 4IMEA 3BLFA 1K3UA 2VKZG 3QJAA 3S1WA 4K37A 4O53A 3DU0A 3LCLA 4DBEA 1SPQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XVP A;  3L4W A;  3OEX A;  4MZY A;  1L6S A;  4GQR A;  2YDR A;  3FDG A;  2PMQ A;  3VMO A;  4C6M A;  4WGH A;  2OKO A;  4C6Q A;  1Q85 A;  3KVK A;  8RUC A;  3DEC A;  1XGD A;  2ZWZ A;  3HTW A;  1TWD A;  2BVW A;  1V0N A;  3KVM A;  3PTM A;  2WJF A;  4B5S A;  3AJX A;  3BAK A;  4GAB A;  3G1H A;  1CDG A;  3GH7 A;  5E9A A;  2WMI B;  1RQH A;  1W3J A;  4JTC A;  1A47 A;  2WVV A;  3SRD A;  1W5Q A;  2YOC A;  3IEB A;  1R3W A;  4FSA A;  4IG2 B;  1W5N A;  4LAN A;  3NWR A;  1U33 A;  1DIO A;  5E93 A;  4CD7 A;  4HKP A;  1QHZ A;  5EML A;  2QNE A;  1MWO A;  3TP4 A;  5J8L A;  1PYF A;  4PUM A;  4UTJ A;  3TJX A;  5DRI A;  4OT7 A;  4JYF A;  3O0F A;  5T9B G;  3F2B A;  1JVN A;  1LLW A;  2QGY A;  3TC3 A;  3B9A A;  4DF0 A;  1JYX A;  1KGU A;  2VZS A;  3L4X A;  3TU9 A;  4MHB A;  2Q02 A;  5C2X A;  4ZQM A;  4MAD A;  1QHP A;  3A23 A;  4XBK A;  1EPV A;  3V4B A;  4UBP C;  1RQE A;  3B9N A;  2J78 A;  3NR0 A;  2CLI A;  3SCR A;  1EJV C;  3PVF A;  2WVT A;  4W7U A;  3RIL A;  2J9X A;  2YB4 A;  2BOF X;  1DWF M;  3UZY A;  4WY0 B;  3AAL A; 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