4YCPA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnatrp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
315
structure length
308
Chain Sequence
MRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli k-12
total genus 114
structure length 308
sequence length 315
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycpA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycpA01
2V30A 4JEQA 4BWLA 3DKJA 1O94A 2DZSA 1F5ZA 3EWBX 5DN1A 5HUPA 3UZ5A 1QOPA 2NWSA 1QAPA 2E5DA 1SFJA 1AK5A 2WJZA 4AHOA 4I7WA 3GNNA 1ONRA 2E5CA 1W3TA 1FWSA 3HGOA 5AFDA 1K8ZA 3W1PA 3VE9A 1WDWA 4O16A 3VFLA 3W7KA 3LM7A 2WNNA 3QW3A 3TQVA 2WPBA 4E0CA 1TPVA 2HMCA 3NQGA 5DCDA 5TBOA 1OX5A 8TIMA 2ZZ1A 3BARA 3CIXA 3IEBA 1TB3A 2BX7A 1WBHA 3LLFA 3LRLA 3GXPA 3EX6A 3HJZA 3PBVA 4YCPA 1F7BA 3G1AA 2VKZG 4S2BA 5F1UA 3ZFHA 5HWMA 1W1ZA 2DP3A 1LDCA 1DQXA 3C8FA 3NG3A 1B4KA 3NM3A 4DF1A 3LTYA 2Q3RA 4UR8A 5I3FA 2V5LA 3HMJG 5D37A 3KVMA 2VEKA 1K02A 1C29A 2YFOA 4DPPA 1GYLA 4DO5A 5U4NA 2JKAA 1JJKA 5SWUA 4X3ZA 1L6YA 4BI6A 3EXSA 4Y9AA 3QRHA 4LS1A 3QPYA 4LNYA 3WJWA 1W37A 4HIBA 2ZZ5A 1ZAIA 3L0KA 3RFAA 3UWQA 4IXHA 1LOLA 3FA5A 3M5ZA 1A5SA 5CSSA 1PL9A 1Z42A 2B7QA 1TV5A 2E1DA 2GQ8A 3KAOA 3NM1A 1XBZA 3EXTA 3WJXA 3UXAA 3UD6A 2ZA1A 2CLFA 4Z1AA 3P67A 2B7OA 2FJKA 4Y6GA 3T78A 1THFD 4WY0F 3W1RA 3W85A 2VEIA 1O5KA 2G95A 4AMAA 3P84A 3C6CA 1FQ0A 4UTWA 4QJ1A 5G2WA 4AWSA 3RU6A 3QSRA 1TPB1 4FNQA 7TIMA 1SO4A 3SFKA 2CFFA 3OVQA 5F2GA 3DZ1A 3M5XA 2NX3A 3DHFA 1MXSA 2E6FA 3W1QA 2TRSA 3TROA 3ABRA 3O6YX 1B4EA 2EF9A 1XL9A 4JIPA 2B7PA 1JCXA 3CU2A 2QAFA 3PVFA 4FX6M 3B05A 5ABTA 4IMFA 3LBMA 5LGXA 3CM4A 4UMAA 2C6QA 3EWZA 1VH7A 3TU9A 1GOXA 1K7EA 3DFNA 1LBMA 3LGEA 2YZRA 3W3OA 1VC4A 4ONVA 2JKPA 3B0PA 2C18A 2XN1A 3LBCA 4JTFA 4K8EA 2O7QA 3EXRA 2ZYFA 2AGKA 1F2JA 2EHHA 4L4LA 1VHNA 2Z2UA 4H6KA 4A21A 1FWNA 4BR1A 3LV5A 2QF7A 2JBMA 3G8RA 4CCEA 4AF0B 1VS1A 3Q58A 4ZVJA 3RLVA 3ZS4A 3WK3A 2FTPA 4X2RA 4PCFA 1A5CA 1GVFA 4QSHA 3PSVA 4N6FA 1PIIA 1VCGA 5D09A 5LZLA 1WQ5A 5K9DA 3S9YA 1FDJA 1IXQA 2NX9A 1GVRA 1FDZA 1XI3A 3LHUA 5D2XA 4GRSA 4RXGA 3LXCA 3O1NA 4WOQA 1TO3A 2EKCA 3T4CA 2E6DA 1TPEA 3BLEA 5AC7A 3W7PA 1RR2A 4CQ8A 3FEMA 4HN4A 3PBWA 3MHFA 3LX9A 1EWEA 1XUZA 3F1QA 4A22A 5CPMA 1H1ZA 1KFCA 4ZQPA 2OT0A 4Y90A 2NUXA 3P7YA 3QF0A 4LV4A 2JKEA 3S5NA 1OYCA 5D30A 2WSQA 3MUXA 3EEGA 1TJPA 2C0AA 5KZEA 3KHJA 3NL2A 3HPSA 1OFDA 2ZTKA 3TCEA 1H63A 4UMBA 4JTJA 2CZFA 2QCMA 1DQWA 1I2OA 1O95A 1I4NA 3NR0A 3L9CA 3E12A 4OGZA 3TNOA 3AO0A 2RKXA 3KVKA 2XN0A 4ORMA 4HNNA 1KFEA 3RLUA 4PH6A 4E2BA 1V7YA 2OT1A 3S42A 2FQIA 1XKYA 4AHPA 3BG9A 3C52A 5G2HA 2ZZ7A 2QCLA 3IV3A 5KITA 1F73A 3O6DA 3R2GA 1V5XA 3BGJA 4HNVA 4JTUA 2V8ZA 4MJMA 5G5IA 1L2UA 3O6CA 3BW4A 3TQKA 3Q2DA 2QUTA 3UWVA 4Z0JA 2TMDA 2BWGA 3BW2A 3FOKA 4PL2A 1LLWA 3GAKA 2A0NA 4O52A 4Z0SA 3W7GA 5F2IA 5I3GA 1VCFA 1R2TA 4Q4KA 5E0KA 1ZALA 4RCXA 3WK0A 4UTMA 1SZNA 3C2RA 2W6RA 3UWZA 1N55A 3M43A 4LOCA 4WUIA 4FXRA 3QEZA 2BZNA 3NZ1A 1TTJA 2GUUA 3EX3A 3MMTA 3C3NA 1PV8A 3T40A 1E51A 1G4TA 5CPNA 3ATYA 2FPYA 3NDOA 1UJPA 2VC6A 2X30A 5DY2A 5AHFA 4WZHA 3V1PA 1LROA 3STCA 4NVTA 3I68A 4DXVA 4S1FA 4LC6A 4QIUA 3KOFA 4Y8FA 1SZEA 3GB6A 3W76A 1Z41A 2R8WA 2NLIA 4AB4A 1LCOA 2X1UA 1A5AA 2FPVA 3EB2A 4R53A 4MLRA 3DENA 3PB0A 1T96A 1BEUA 5U7SA 3NL5A 1FBAA 1PVNA 5LNWA 3NQMA 4AXKA 4O54A 1LP6A 4FO4A 3LHYA 3W86A 2P10A 3I7SA 3E02A 2LLEA 2BXVA 1G6CA 3W22A 1BTMA 1SSDA 3QJAA 4Q33A 2A2IA 2FFCA 3PY2A 3EX1A 4TMCA 5LKYA 3DGRA 3GVGA 4I7VA 5FF4A 5LHFA 5D03A 1S5TA 1XUUA 1D3GA 3TJLA 3A22A 3G1FA 2TPSA 1X7FA 3NAVA 1GYNA 2GQ9A 5J5DA 3EWUA 3C61A 2JK2A 3L0GA 5C6MA 2A5HA 4HNTA 5F2LA 1B57A 1Z44A 2AAMA 2GVGA 4JN6A 4O53A 1K7FA 2DZUA 3DU0A 2H3DA 4QQ3A 3L0NA 3QZEA 2QCNA 5BRBA 1W8SA 4BI5A 5D2WA 2PCQA 1Q6QA 3SY5A 4O28A 4N9CA 1T8XA 4O19A 3GR8A 1ZHAA 5AYZA 1H61A 1EP3A 5E93A 3NO5A 5KSWA 3DFSA 3BW3A 1O5XA 3THQA 3O05A 4MZYA 2DZTA 3T44A 3T7VA 4ADUA 3S5ZA 1L6SA 2QR6A 1U5JA 5AOUA 2Z1BA 2CLKA 4QNEA 5FEXA 5HULA 4GNJA 4ZMGA 3K30A 3BVJA 2CLEA 2YPIA 5EL1A 3A21A 1K03A 1D3HA 5EPDA 4MY9A 2BTMA 3KRUA 3NQ2A 4LS0A 3CC1A 1H7NA 4JNMA 4FHAA 1TPC1 3IIZA 3H54A 1TRDA 4XKYB 1TTIA 2HS6A 3M16A 3RF9A 2A7PA 3Q94A 3P81A 5KINA 2H90A 2QCDA 1H62A 1SQ7A 4HPJA 1J5TA 3DBPA 3BK0A 2GJNA 4FX8A 4BK9A 3GDKA 5LNUA 4LUJA 4JY9A 3EX2A 1H1YA 3O07A 1VJIA 2GVLA 4MY1A 2B4GA 3B06A 3N9SA 1OX4A 2ZRXA 3SSJA 5CZSA 4DBEA 1KM6A 1LTDA 2DZVA 1HUVA 4JTEA 1OX6A 1JCLA 5D04C 1IIGA 1HO4A 4N2YA 1ZENA 1NVMA 1LRQA 3LCGA 5AYYA 3TJXA 5DBUA 3U6WA 1KV8A 4A2SA 2PRLA 1TQXA 1P0KA 2YYUA 3C2EA 1KA9F 4GUGA 4WXZA 4OQVA 1J2WA 2DU2A 2CWNA 3C2OA 4NZJA 3W23A 3UZJA 3C2FA 1OF6A 3FFSA 4DF0A 1PS9A 1JRBA 3O8AA 4XTIA 1EB3A 5G1TA 4LV9A 5D32A 4POCA 3DFOA 3NPXA 2YSWA 4C1KA 3W1MA 4UTIA 4PC8A 3L2IA 1NEYA 4UFKA 2X16A 2E68A 4UNKA 3R5EA 4ML9A 2I1OA 1YTEA 4BWLC 4AF0A 5AHIA 1W5PA 3NL3A 5F4XA 1YXYA 1F76A 1GG0A 5IM51 4NNBA 4HNUA 4MZ8A 3QMRA 3DH7A 2J9XA 4N9DA 4QISA 1EEPA 2I14A 1OYAA 4O12A 4YL2A 5DXYA 4JDBA 5IBXA 2R91A 1OABA 2VFIA 3DAQA 1F74A 5AHLA 3M1ZA 5CZJA 4UTTA 2QKFA 5K2ZA 4O15A 1DV7A 1MO0A 3RMJA 3F4WA 1JCNA 1IXNA 1VLIA 2WNQA 3W2NA 1M6JA 3EKLA 2CLIA 3I7RA 5CPOA 3O63A 3A5FA 1S5VA 1OF8A 2ABAA 3VKJA 2BSLA 3EWWA 1I2RA 3MJYA 3PBUA 3NQ6A 3UNDA 5FI8A 4O4WA 4LT9A 4IMEA 4DO6A 1CX9A 1KBJA 1PCWA 3A23A 3NQ7A 3P74A 5DLCA 4ORIA 5F1VA 4UTHA 5H2ZA 2B7NA 1G4EA 2YFNA 2V9DA 5FEWA 3LI0A 1HTIA 1SW0A 2V0TA 3UQNA 3A9IA 5GVJA 1JR1A 2NXHA 2QCCA 2YR1A 2X2GA 1KBIA 4O10A 3AJXA 4HT3A 1OFAA 3STEA 1KLZA 1K8YA 5K9CA 3SECA 1DJQA 1BKSA 2F84A 4O1DA 4O50A 4AWTA 4LVAA 3R89A 1DHPA 2CLMA 1D9EA 4IGHA 2QAPA 4NJHA 1GG1A 3GR7A 4JX4A 1TREA 4FNSA 5FESA 3P60A 4JTIA 3TW6A 2Y7FA 4DPQA 3W83A 3F03K 4LU0A 4GE8A 3VE7A 3L5LA 1AG1O 5BW6A 2DJXA 3NNTA 3NVTA 3OBKA 4NJKA 3P80A 3GDTA 3MP3A 3FYOA 3TC6A 3UY7A 1S5WA 1FWRA 1KTBA 1AW2A 1VYRA 3P82A 5DY3A 4CNPA 2DZXA 2Z6IA 4I7UA 4JS3A 3TAKA 1KFLA 1ML1A 2QDGA 3NQFA 3G1DA 3CQ0A 3O16A 4UIOA 1IXPA 4K7YA 2OMAA 2CZ5A 3OVRA 2YX0A 2C3ZA 3W7QA 1BWLA 5EA9A 1LM1A 1I45A 1GPWA 3PG8A 1R46A 1YDOA 3IIOA 3L66A 5HINA 4XQ6A 3HOJA 4M5PA 2C15A 2FLIA 2YCEA 4JICA 4O4VA 4UR7A 5AHMA 3N2MA 2FIQA 2P1FA 2V2CA 1QDSA 3G1YA 3PG9A 1KM4A 3UWWA 3IGSA 5AB3A 4QITA 2OJPA 3IIPA 1AL7A 3NQCA 3KRSA 3D0CA 4N02A 5KZMA 4JTTA 4ZZ9A 2V5BA 2VFDA 1W0MA 4JGDA 4UXDA 1CI1A 1XDLA 4IPJA 4OV4A 3RNDA 4IMDA 4XZ9A 4YMZA 3WK2A 4LVDA 4WY0B 3LLDA 4BI7A 3I6RA 1W3NA 4IMCA 1RPXA 3ELFA 3PF3A 3LDVA 4NU7A 1IIHA 2Q3OA 2Y85A 2A7NA 1XM3A 3E96A 2RDWA 1O4UA 1DKWA 2VEMA 2ZTJA 4M6PA 2PRHA 1KFKA 3TXVA 3HIJA 1XBXA 3V75A 2X1SA 3MI3A 4NXSA 3W1XA 4TIMA 1K8XA 3WJYA 2Q8LA 4YXGA 2WKJA 3MP5A 2CZEA 1TSIA 5G4WA 2ZFAA 4MLJA 1L9WA 4IJBA 4LRTA 1GVOA 3OA3A 3CB8A 1T0OA 1KM3A 3ABQA 4MYAA 3E49A 4K6AA 2NX1A 3LOTA 4RK8A 3KRZA 3MHUA 2HSAA 4RZ4A 1QPRA 1Q45A 3CHVA 3TA6A 1XBYA 3B0VC 2CZDA 5J5RA 3W7MA 3QMSA 2PE4A 4PA8A 3FYPA 4O1CA 4ZQNA 3EWYA 3IVSA 4RXFA 2Y89A 1KFBA 2NZLA 3MBFA 4ZQMA 2TSYA 5LNVA 2FB2A 4NT0A 3INPA 3HG5A 5HNRA 3A5VA 3G1HA 5LGZA 4RV8A 4OV9A 3ZR4A 5EMUA 1F6KA 3IGUA 1WXJA 3W84A 4WOZA 4FX7A 4XWUA 1XBVA 3TSBA 3CEUA 3W7JA 4Z08A 1NF0A 4OE7A 1TPH1 1R2RA 3LCFA 1FCUA 3NEVA 2VFEA 1KTCA 3SR7A 1GTHA 3W1UA 4JTGA 2B0MA 1KM0A 4A29A 2Q8ZA 2V2DA 3LCIA 1LOQA 2QUVA 1H51A 4WQ6A 3S6DA 3LCWA 3MW7A 4D2JA 4RZ6A 3LXAA 5H91A 1WAUA 1OFRA 1VPXA 3IIVA 1X6UA 3FKRA 2DZPA 1ME9A 1LZOA 1OJXA 1A5BA 4MY8A 4O8RA 2R14A 3VNDA 1IGSA 4MUZA 3M6YA 3ANYA 1QPNA 1ICSA 5C55A 1TMHA 2RDTA 4JD4A 3GLCA 4MZ1A 2YW3A 1PCKA 1Q6OA 2NXIA 2ZZ4A 3UYCA 4LS2A 4A3UA 2CU0A 3W74A 5CPLA 3TK7A 3TFXA 3NXFA 1VRDA 1F6PA 3JR2A 1TCDA 1VLWA 2V81A 4TMBA 1WX0A 3NPWA 3JRKA 4KFOA 3GXTA 4K37A 2PURA 3GDLA 1UUMA 3HBLA 2C13A 3LHWA 2A6NA 4OT7A 1GVQA 1YXCA 4NJJA 2YYTA 1JQVA 5EKYA 4MJZA 1DVJA 1ICPA 3OHIA 4N4QA 5K4ZA 3SGZA 3G0UA 3L21A 3UXDA 1HFBA 2ZRVA 3CWNA 1YTDA 3WFAA 1OK4A 5TIMA 3KX6A 2QJHA 4QAIA 2XFWA 1FCBA 5DCEA 1P1XA 1SPQA 3B4UA 4ADTA 3TAOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1VQT A;  1QWG A;  3BPW A;  2GPT A;  3UY8 A;  5BMX A;  1FUY A;  2TYS A;  1OHL A;  3RK8 A;  1YLV A;  2EGZ A;  3W72 A;  4JIQ A;  2QJG A;  1UAS A;  1QPO A;  3GKF A;  1FWW A;  3DI1 A;  3UPW A;  3P62 A;  3PR2 A;  3R12 A;  2A6L A;  3IVU A;  1YYA A;  3LER A;  3STG A;  3W70 A;  1M7P A;  1Y0E A;  4GWE A;  4IQL A;  1LOS A;  1G7V A;  3EKZ A;  4P61 A;  5HMS A;  5MHB A;  2ATS A;  4JX6 A;  3N9R A;  5D33 A;  2Y63 A;  3C4U A;  3G1V A;  1DOR A;  3FKK A;  3NGJ A;  2H8Z A;  3W7O A;  3P8I A;  2GJL A;  5G1Y A;  3BO9 A;  4FNP A;  1RQE A;  3QFE A;  4NJI A;  1N7K A;  1MEI A;  4G1K A;  1B3O A;  4WY0 A;  1SR9 A;  1Z48 A;  3HGR A;  5BMW A;  2QUU A;  4K39 A;  3FLU A;  3C2V A;  1EUA A;  1X8F A;  3W7R A;  2ZZ6 A;  4LUI A;  2W0U A;  5EBU A;  3BLF A;  1PHW A;  4UTU A;  3W1A A;  1XXX A;  1JCM P;  4B5N A;  5E1Q A;  3TML A;  3G0S A;  2UV8 G;  4O14 A;  3PUE A;  2QJI A;  3QC3 A;  3GIY A;  3HG2 A;  4P2V A;  3KXQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JDF A;  1F5Z A;  3WDQ A;  4C6K A;  1VB9 A;  2J8G A;  1SFJ A;  2X7W A;  3E0L A;  4I7W A;  1ONR A;  4DWS B;  4QS5 A;  2E5C A;  1W3T A;  1FWS A;  1EJX C;  2Y2W A;  1DJG A;  3M0V A;  4CVU A;  1WDW A;  1KQY A;  3GRI A;  3TQV A;  2DIK A;  4JPG A;  4DJF A;  4A3Q A;  4DM2 A;  5A6J A;  1TPV A;  3CAK A;  3NQG A;  1AZ2 A;  5TBO A;  4J3V A;  2BX7 A;  1WBH A;  3LLF A;  4ZO9 A;  4PGL A;  3EBV A;  2OXN A;  4EAC A;  3T08 A;  2DGA A;  3R8H A;  1TZ9 A;  1IWP A;  3CZ8 A;  1N82 A;  1DWA M;  5HWM A;  2EPK X;  2DP3 A;  3NTY A;  1A5M C;  2VWT A;  3NG3 A;  1B4K A;  5T91 A;  1MNS A;  3G1R A;  2PA6 A;  3HMJ G;  4MNJ A;  1K02 A;  3BOF A;  3H12 A;  3NZP A;  1LL4 A;  3NIY A;  4X3Z A;  2PLK A;  1L6Y A;  5A8O A;  4BI6 A;  4Y9A A;  1GUV A;  3QPY A;  3N11 A;  3FJ4 A;  3WJW A;  5CEW A;  3SN1 A;  1WPC A;  3SY8 A;  2B7Q A;  1TV5 A;  3KAO A;  2F2H A;  3GNP A;  1UKQ A;  5AC4 A;  1ISX A;  4NYU A;  3EXT A;  3UD6 A;  2CLF A;  3TNB A;  3VNL A;  5JUV A;  4OOZ A;  1THF D;  4PSP A;  3IAN A;  3N15 A;  1CGX A;  1XIF A;  2G95 A;  2WJD A; 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