4YCPA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnatrp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
315
structure length
308
Chain Sequence
MRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli k-12
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
total genus 114
structure length 308
sequence length 315
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycpA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycpA01
3SIZA 3N14A 4R33A 1PL9A 3R12A 1ME9A 5D05A 5FF0A 3M5YA 2YFOA 3B04A 1TB3A 3O6DA 3OEXA 4GFSA 3STCA 3W2LA 3W7QA 4WOZA 1VJIA 4AVFA 3SECA 1VCFA 2FLIA 1NAL1 3P62A 4EVZA 1SSDA 4Z0JA 5BRBA 3DFQA 5AHMA 5FF2A 4WXZA 1RZMA 2BZNA 1RD5A 1G4EA 4CNPA 2Y89A 1Z44A 1DQWA 1AW2A 3EWXA 1D3GA 3OVQA 3LB0A 5C5YA 3V1PA 1FDZA 3LXAA 3TSMA 5FI8A 1GG0A 3C6CA 4IMFA 2R91A 4O1CA 1YDVA 5TQLA 3P7YA 4O0ZA 1FX6A 3AJXA 4K8EA 3IVUA 3IVTA 1P0NA 3H55A 4FX7A 3E96A 2C0AA 5HWMA 5CG7A 3NDOA 3UXAA 3PBUA 3W71A 3E9AA 1TJPA 1WX0A 3W74A 1OX4A 1G4PA 4BFAA 4YXGA 1OABA 3NNTA 5DY3A 3BO9A 1ZALA 3HB9A 3O63A 3DFTA 4X3ZA 1FDJA 4GJ1A 3ZR4A 4E2BA 2H90A 4JN6A 1R2RA 3WJXA 2G95A 1OYCA 5TIMA 3P61A 5G2HA 4PFMA 1FQ0A 3P67A 4UCGA 4N9EA 4RLIA 1O60A 5G2IA 1ZCOA 2G97A 5D04C 1QO5A 3S42A 1KV5A 4TIMA 3O05A 1WXJA 5CZTA 3W7EA 4RCXA 5EBUA 1EUNA 3GX9A 2ZZ3A 4J9JA 4XUGA 3AO0A 1CX9A 4NX0A 1VLWA 2Q8LA 1W3TA 4IXHA 1KFEA 4LUJA 1FCBA 2CZEA 4NNCA 4PH6A 4N2YA 3RLUA 3TSBA 1AK5A 3P5YA 1P0KA 1RQBA 2V5LA 1F5ZA 1G7VA 1YDNA 4XZ9A 3TXVA 3DH7A 1JCXA 3N19B 5EYWA 4G1KA 2CLIA 2VEIA 3EWZA 3CT7A 2QUTA 1RQHA 1WBJA 5FF7A 2YYTA 3FFSA 3JR2A 3M7WA 3QM3A 3HPXA 2XN2A 4LS1A 2ZBTA 3FOKA 2C15A 3GDLA 1SO6A 5T26A 4O18A 1EWDA 1XM3A 4NJGA 3BV4A 2EGZA 2Y7GA 2V9DA 4XQ6A 1JQVA 1ICPA 3ABSA 2R14A 1DHPA 1KFCA 3LCWA 1KFBA 3UWYA 3W2UA 1OHLA 1P1XA 3CWOX 4IPJA 1W5PA 3A23A 5CPLA 4E2DA 4KWWA 4JDBA 3LGEA 4IQLA 4UR7A 1YADA 3QPYA 4FNTA 3B06A 3KVKA 4HIBA 4FNQA 4LVAA 3PR2A 1SFLA 3PUEA 3S8HA 3W88A 3UNDA 2E5CA 1FUYA 1VRDA 1TV5A 3A22A 1QDSA 1MZHA 3CLMA 3PC0A 3DZ1A 1XFBA 2E6FA 1I2QA 5CPNA 5KITA 3MWAA 3W9ZA 1A5AA 1GYLA 3BG9A 3NZ1A 2RHGA 4KFNA 1OYAA 2ZA1A 1G69A 3NO5A 5AHEA 2ZZ6A 1GVQA 3BG3A 5AHNA 5AB3A 1OX6A 5AC7A 1JCMP 5CGQA 1ZAJA 5E0KA 3N2XA 4Q4KA 4NJHA 1ME7A 5KMYA 4UTJA 4H6KA 1FXQA 4MFDA 4O57A 2JGYA 3BK0A 2B0MA 4X9SA 3HMJG 3TUUA 5DY2A 4UTIA 4BI5A 2A7NA 3W7LA 1H5YA 3DFNA 1FWNA 1TPVA 5FF4A 2D73A 1FWRA 1BWLA 1WBHA 3IIOA 3P60A 1OG0A 2GUUA 3S1VA 2ZRXA 1VCGA 3PSWA 5KZDA 1TPFA 3QQ0A 2H3BA 4FO4A 3ZWSA 3NQEA 3KAOA 3L5AA 4EOUA 3PB0A 1OF8A 5K4XA 3LHTA 1LOSA 2GVJA 3GLCA 3PBVA 4XBKA 1V5XA 1F6KA 1JCNA 3B0PA 3PBYA 3TR2A 1VHNA 1M6JA 2QCDB 5IBXA 3G18A 3VKJA 1TYGA 1JCLA 1FDYA 2ZRUA 1XDMA 5CSSA 3TK7A 5AC6A 1RV8A 4E0CA 4O14A 5I3JA 3EX4A 4KFOA 3MP4A 2QCNA 1PS9A 1HO4A 1Z41A 3FLUA 3GAYA 4LV4A 3QYQA 3DAQA 3W7PA 1YTDA 4YMZA 4AHPA 4UUIA 4PODA 5AYZA 3C2EA 3DBPA 4JTKA 3S1UA 1EP1A 4ZVJA 3DXIA 3TC6A 5J5DA 3OG3A 4Y90A 4UTWC 2DORA 4K7YA 5D2TA 3PS7A 1VZWA 1AMKA 3TJXA 2CLHA 3MBDA 5TBOA 3LCGA 3ZWTA 3DFOA 1TPB1 1Q6QA 2Q3RA 3W1QA 3UZ5A 3MUXA 1GYNA 4GUHA 5C6MA 1LBFA 2ZFAA 2OT1A 2YDAA 2F7FA 2WKJA 4K7VA 2V2CA 3UY8A 1A5BA 5BMWA 4RZ4A 2A1YA 4IMDA 4I7UA 3UQNA 5AHLA 4TO8A 3RMJA 2ABAA 1G4TA 5AOUA 2ZZ4A 4RXGA 2C19A 3LRKA 2JKAA 2QEZA 3IGUA 3LCIA 1PVNA 2B7QA 1TQXA 3HGOA 4JS3A 2H8XA 1NF0A 3B8DA 3S5OA 4HPXA 3S5YA 3KOFA 4N4QA 3GB6A 2GQ8A 1O95A 3A5FA 3L0KA 4CNNA 1NSJA 3MI2A 4NT0A 3W07A 3C0JA 5D09A 3VFLA 3W70A 5DN1A 3MBFA 3EXTA 3PG8A 3ABQA 2I1OA 5K4ZA 1QNVA 3B4UA 4QJ1A 4NX5A 1WOAA 2CLMA 4TX9A 3EX1A 3C2VA 1MXSA 4P2VA 2FPTA 3G3DA 5BOOA 3LV5A 4FNRA 2E6DA 1M5WA 4U4MA 5D02A 1S5VA 2CWNA 2V82A 3G1HA 4Y8FA 2EF9A 1FBAA 5AC8A 2QJHA 5BNKA 5G4EA 2Y7EA 3O06A 5LNWA 5I3GA 5KZMA 2VC6A 1FCQA 1WV2A 5IM51 1WA3A 2E5DA 1H60A 2Z2UA 1W5NA 1EP3A 3L0NA 3E49A 3KHJA 1IIGA 3WK1A 3DFPA 4NU7A 2Z1BA 1QPOA 3G0SA 1TTQA 1LORA 2NV2A 3LHZA 4BF9A 2Y7FA 4XWUA 2A85A 1ZENA 3HGSA 3S1XA 2KZHA 4QM1A 3WK3A 5I3FA 1AW1A 2O7QA 4DXVA 1HTIA 3E02A 4GRSA 1DVJA 3CPRA 3NOEA 1T0OA 1THFD 4JDYA 1KM5A 2GVLA 4RZ5A 1YXYA 1LZOA 2B7NA 3NVTA 2Z6JA 3FJ6A 4N9CA 4UMAA 3IGXA 1DQXA 2X1UA 4HKPA 5CZSA 1MO0A 5DCEA 2CLOA 5G1YA 2AGKA 4IMCA 1L6WA 1NFBA 4MYAA 5DCDA 1VQTA 4MZ8A 1JRBA 4UFJA 3P80A 3S0CA 1W3NA 3RFAA 4K37A 4IOTA 1LBMA 1ZFJA 1LLZA 2TRSA 3W1LA 1TMHA 1JUBA 3M5ZA 4MVAA 3NQVA 3TNOA 1KM4A 3LXBA 5D32A 2WNZA 2G96A 4DPPA 2DZTA 1TTIA 4BWLA 1GWJA 3P74A 1HG3A 5U4NA 1OFQA 4CCEA 4IPIA 3SFKA 3H54A 4XTIA 4AH7A 1T8XA 5HQEA 1F2JA 3M47A 3CQ0A 4QQ3A 3KVJA 4O16A 3NL6A 2DP3A 1TPH1 1J5TA 3BW4A 3TJLA 1Q45A 1GEQA 1H1ZA 3GXPA 5H91A 4NVTA 1C8VA 2BTMA 3O8AA 5LGZA 1TPC1 3UWVA 1DL3A 1FWTA 4DPQA 2OJPA 4WY0A 3MW7A 1W3IA 3NPVA 2NX3A 2CZFA 3DGRA 2ZRZA 3B05A 4IUOA 3HGJA 2GOUA 2P1FA 4AWSA 4LW7A 3FA5A 5ABTA 1JCJA 4YLWA 5AYYA 4JTGA 2E6YA 3EX3A 7TIMA 2DZXA 2FPVA 2JBMA 4S2CA 2BXVA 2HSAA 3QMTA 3M9YA 5CPOA 2DJXA 3M5XA 4OE7A 3G1SA 4IMEA 1QOQA 1TTJA 1FY6A 2A6NA 5CKSA 4ZQMA 5K9XA 1TSIA 1RPXA 5HNRA 4ICNA 4CQ9A 4UTTC 4A3UA 2A2IA 1T96A 4BR1A 4CCDA 3SJ3A 1B4EA 4LVBA 4XKYB 5SWUA 1VYPX 3SSJA 1QPNA 2NXHA 4A2RA 3ABRA 4JTTA 3RF9A 2HTMA 3TH6A 2ZZ1A 1J4EA 3W2MA 5HWNA 5MHBA 3LI0A 4JX4A 2TSYA 2ZA3A 4NNAA 5K9DA 3A9IA 4JTLA 1YXDA 1XI3A 1YTEA 3FKRA 5EA9A 2FQIA 3TQ0A 3RLVA 1LRTA 3DENA 1EX5A 4WXYA 3SR7A 4UIOA 2Y63A 1ZY9A 1NF7A 4S2BA 3L0GA 3ZFHA 1A5SA 4K6AA 2EPHA 4Y9AA 3LTYA 1KBIA 1SZNA 2VXNA 3GDKA 1W5QA 1GTEA 3NQDA 1ALDA 1XBZA 4DBDA 3DFSA 2A21A 3TV8A 1H50A 4I7VA 1AL8A 3QW3A 5FEPA 2ZZ5A 3LTPA 2HMCA 1IXQA 1YYAA 1N8FA 1OFBA 2ZRVA 5E93A 1AG1O 4LNYA 3W1UA 2WPBA 3GVGA 5DBUA 2YZRA 3T7VA 1GPWA 2ZQ0A 3EKZA 4OGZA 4CCCA 3O16A 2Q8ZA 1LROA 3KX6A 1IF2A 1X8FA 2PRHA 3NM3A 1FWSA 3U8GA 3INPA 1NEYA 3W23A 3W86A 1UCWA 4QIUA 3TFCA 2QCDA 3GKFA 1C9DA 1OVDA 1QMLA 2FB3A 4UTMA 2NZLA 4HNTA 4JD4A 2ATMA 2V0TA 4NQ1A 1EB3A 3TFXA 4H4IA 4OBTA 3G3MA 3TA6A 3W73A 5EMUA 5D30A 3G24A 2QF7A 2E68A 3SZ8A 3Q37A 1SUXA 2PRMA 4Y96A 3RU6A 4I7WA 4YL2A 3USBA 2ZA2A 1VGAA 4O4WA 2GJLA 2DZWA 3HIJA 3HG5A 1KM3A 3MHUA 4O1BA 1YPIA 2CZ5A 3BVJA 1ME8A 4AWUA 2EHHA 4O28A 2B7OA 5K9CA 2ISSA 4YCOA 1V7YA 2YFNA 4X22A 4B5NA 3M1ZA 3S9YA 1TPDA 1D9EA 4JR5A 1W5OA 3W7OA 3W2KA 1QCWA 4WZHA 2YW4A 1GT8A 3NXFA 4ZQNA 4HPJA 3HF3A 4DEFA 3N3MA 3GZ3A 3GKAA 3LTSA 3W1MA 2CW6A 4FNUA 4NJKA 2V8ZA 4HN4A 3TAKA 1KTBA 4QITA 1GG1A 5F4WA 3VE7A 2CZDA 3BGJA 3CM4A 1F73A 4GBUA 4DF1A 4M6VA 1GQNA 1VH7A 3G1AA 4L4MA 3F1QA 3LDVA 1L6SA 1F74A 4MZYA 3HG3A 1QOPA 1UASA 1PHQA 3P82A 4GNJA 2I14A 3NEVA 5FEXA 1E51A 4GUGA 3G22A 5F1VA 4QISA 3SI9A 4IXXA 4ADTA 3GXNA 1P4CA 3L5LA 1TCDA 2CLEA 4IJBA 4LV9A 4PL2A 4Z0SA 2VKZG 5F2GA 1ICQA 1X1ZA 2ZZ2A 4LS0A 5K3VA 3GIYA 3CEUA 4MJZA 3STEA 4HNVA 5KTLA 3ABOA 3ELFA 1JVNA 3OBKA 4DELA 3W7DA 1K8YA 3C8FA 3TDFA 1G7UA 3JRKA 4DQWA 2QDHA 4EF9A 3F4NA 1I2RA 5CPMA 1OFRA 1GZGA 2FPYA 1BWKA 1I2OA 3UD6A 2VFGA 1ADOA 2NXIA 1O94A 2AAMA 4M6QA 4N02A 3DKLA 1O5XA 4RV8A 2NWSA 4UFMA 3EWBX 1LRQA 4O8RA 4GUIA 1K7XA 5HR7A 4LS2A 4JX5A 5LKYA 3W72A 2CLLA 4MLRA 1J2WA 1TV7A 3NZRA 5EY5A 1H62A 4Q32A 3DKJA 4D2JA 2A7RA 3S5ZA 3MO7A 1OX4B 5D37A 2LLEA 5AN7A 2H8ZA 2YSWA 1G67A 2GPTA 2FB2A 4MFEA 3LHWA 1B3OA 3E12A 1O4UA 1KFJA 3LERA 2QR6A 1YXCA 1FXPA 4H3DA 1ZHAA 3FEMA 4JTIA 2H3DA 2WNNA 3QW4B 4QNWA 4ZQRA 4O52A 1PCKA 3DU0A 3IGSA 4O17A 3W7GA 3NPXA 1NVMA 1DOSA 3TC7A 5IBXC 2Y6ZA 3N73A 3W76A 1IGSA 4FXSA 4O15A 2YR1A 3RNDA 3THAA 1PCWA 3EKLA 1XDLA 1Z42A 3CIXA 5F2IA 3L21A 4RXFA 3LI1A 1O5KA 3QH2A 1F05A 3G8EA 1ZNNA 3NQMA 1Q6LA 4HNUA 3EXSA 1KW1A 2YW3A 4JTUA 4FEZA 1SW3A 3P84A 5EKYA 1KBJA 4K8HA 3THQA 4AMAA 4PCFA 1DKWA 3HPSA 2Y62A 3QSTA 4O50A 2XN0A 1DORA 2TMDA 2DZSA 2FJKA 1H51A 3L5MA 4DF2A 5L9FA 3GDRA 3C2RA 1UB3A 1MEIA 2P0OA 3MHGA 3G1DA 5I3KA 3NQFA 3EXRA 2BSLA 2J9YA 2QJGA 3T4CA 4NZFA 4DO4A 1GTHA 4N9BA 3ANYA 3L9CA 3MMTA 2C6QA 1K8ZA 2WSQA 4JXCA 3W1AA 4N6EA 3CB8A 4C1LA 4UNLA 2R8WA 1EEPA 3PULA 5C55A 2QAFA 3A5VA 1C29A 5I3HA 3PY2A 1H7RA 3LLDA 3HBLA 3MYOA 4K36A 1TRDA 3LM7A 2ZCGA 3F4WA 3NM1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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