4YHG | Genus

Total Genus 160

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	160
sequence length	389
structure length	389
Chain Sequence	RPMDNEAVQFGMSMGIGWNLGNQMDAHYDGCSYETGWGNKAATQQTFNGLAKAGFRSVRIPVTWMGHIGNAPTYAIERGWLDRVDELVHMAHKAGLIVIINIHHDGFGAADTPSKGSHWLDLPAAVASEERNQLIKQELTMIWLQIGKRFANDGEWLVFETLNAIQDGDWGNGNNRRDGGAQYRVLNEWNQVCVDAIRAAGGKNETRYIGVPGYVCNPDLTVENLVLPEDVVPNRLMVAVHSYDPWDYAGSAKYNEWGHTGKDVVPGVGEEAYVGMLNRLFNMYIRRGVPVYFGEFGAVRRASKADEEFRLYYFRYICKAMRDRRISALYWDNGNSKAGNDGFGVIDHATGRFIGNGEQAVRAMIDSWENNDPNYTLQSIYDSAPESSR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GH5
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroidetes bacterium ac2a
total genus	160
structure length	389
sequence length	389
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2015-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4yhgA00

5A6AA 3OB8A 3LPGA 4F8XA 4AZIA 3MU7A 3WNKA 3B9EA 5HPOA 1KWKA 1H5VA 3CUFA 2VCBA 1C8XA 4UQDA 2GDUA 1OB0A 2WKGA 3N18A 3NUKA 3M07A 1AQMA 1Q6DA 4W86A 1QNOA 2ZXQA 3WQ5A 1J11A 1DWFM 1OBAA 2Y24A 4F79A 1HF6A 3OLEA 1VFFA 1PBGA 1HIZA 2XVNA 1PJ9A 4BA0A 3ARQA 2OYKA 4AZCB 1VBUA 2E40A 4CVWA 3FAWA 1OIFA 2JEPA 2WVVA 4U5IA 3HU7A 2XFRA 1L8NA 3SCUA 4AEEA 1QHPA 1HKMA 4HPGA 1XSKA 4D6GA 2CETA 4LPCA 3GDBA 2J7BA 1XSJA 3WF3A 1SFSA 4CU8A 3WEZA 3PZNA 5A3HA 1ZU8A 5E0CA 3WEOA 1PPIA 4QDMA 4D6FA 4EANA 3PZQA 1JGIA 1JDDA 1PIFA 1J0YA 3RM4A 2BY2A 2IXUA 4JL1A 1U30A 2VTFA 2FGLA 2CBUA 4P7QA 2Z1SA 4UOZA 4J3XA 1KCLA 3PZMA 4GQRA 2QF8A 1PIGA 1JDCA 3EDEA 2GVYA 4JFVA 1E73M 2ZIDA 5F7UA 1UD4A 1MWOA 5CGTA 1JZ6A 1UUQA 1D7FA 1JDAA 4GQQA 3WFZA 2E9MA 4D6DA 1XGZA 1JFXA 3ZSTA 2DDXA 1LG2A 3MUIA 1Q6EA 4U33A 5A2CA 3AIUA 2V3DA 1ZBWA 3BH4A 3T2PA 2G4FA 3VGEA 3ZIZA 2XM1A 3DYMA 3OLGA 1GHSA 2VZOA 3WD3A 1V6YA 4UTFA 3VGHA 2YA2A 3CZJA 1HJSA 2VURA 3IAPA 3OGVA 1KXQA 2YBUA 6TAAA 3SCSA 1HJUA 3ZO9A 1KCKA 4PN2A 2WW5A 3KE0A 1V0KA 2QLYA 5JIWA 5D9OA 3ZT7A 2BY3A 4M82A 5HPCA 1QW9A 1EDGA 4HOXA 1BLIA 2CKRA 3EMQA 3IANA 1W32A 1GOOA 4PMOA 4QCFA 1V03A 1QI4A 3GBEA 2ZX8A 1CGWA 3NSXA 1GOIA 4NRSA 1K9FA 4M1RA 3RILA 4HU8A 1W9UA 3PTQA 4JAWA 3OZOA 3W25A 2WMIB 2VZUA 3AZSA 3I3DA 2ZUMA 1YHTA 4W93A 3QR3A 3VO0A 1G01A 3W29A 5BWFA 4JHZA 4W7UA 5A69A 2GJPA 4D6JA 3M7SA 1EHAA 1VEMA 4BQ3A 2JEQA 1V3HA 1E71M 2CBIA 1V0MA 4MB4A 3L4YA 1EIBA 4MDPA 1GQJA 4GPNA 2W62A 2WCAA 5A6LA 1BYAA 1WO2A 1BYBA 3AHTA 2WHKA 4XZBA 4KRTA 3CGTA 1HKIA 3ARUA 2PC8A 1FHLA 2D0FA 2XVGA 4W84A 3BAIA 3AS1A 2WMGA 3ARRA 3IJ9A 5A6KA 3AS3A 3ARPA 4A4AA 2J78A 4F9DA 4D71A 3PHAA 1J18A 1EA9C 3FXYA 1E0WA 1HNYA 1V3LA 2DSZA 1WB0A 3CHFA 1A3HA 4AZBA 1HVXA 3EDDA 4V28A 3HJEA 2J7DA 3G6MA 1JZ2A 1CLVA 1JYWA 3VGGA 1MW2A 3GH4A 4DWSD 1VAHA 4TVUA 3VX1A 3WDJA 2TAAA 3PZIA 4FLOA 5CSYA 1OD8A 4JKLA 3WUEA 3GBDA 1O7AA 1ODUA 3EDJA 2QMKA 1GW1A 2ZUSA 4UZSA 4ZXOA 3JUGA 1DWHM 4CGTA 4ZE5A 2O9PA 1IV8A 1Q6GA 2ESCA 2OYMA 2V3FA 3ZJ8A 3K8MA 4JFTA 2JF6A 1RP8A 3ZM8A 3F5LA 4PCSA 1GCYA 1ITCA 4Z2JA 3MO4A 4CU6A 4MADA 4P7LA 1M53A 3NSMA 1B90A 1TE1A 3VIPA 3T09A 5AC5A 4PSRA 4P7NA 3UG5A 4J3VA 1V0NA 4UQEA 4AZGA 1KR0A 2FH8A 3LPFA 4WKAA 2BHYA 4AD5A 3QGVA 3CZLA 2CEQA 3GH7A 1UD6A 1OIMA 1UQYA 4JCMA 3IJ7A 1KXHA 1UYQA 5D8ZA 2XFFA 1ZBVA 2BXYA 3G6LA 5M03A 2XWDA 1BFNA 1E72M 3U5YA 5FL0A 5I0DA 2X0YA 4ATWA 1ZBKA 4AW7A 3KL3A 3WH8A 1QI3A 4J3SA 3WNLA 5EBAA 1HVQA 1FH9A 3AMLA 2CXGA 1JNEA 4QP0A 3OGSA 4QFUA 1CGUA 3FY1A 1GNXA 3RIKA 4IISA 3BXWA 4RE4A 4M81A 3SUUA 3B8SA 3VIKA 4WKFA 3WBAA 1ECEA 1E56A 4HP5A 4C7DA 1E43A 4AZHA 1X6NA 3SCVA 3MS8A 1ISXA 1UD8A 3WD1A 3VD9A 1OCQA 2V5CA 1BG9A 3NDZA 4D1IA 3L4UA 3TOPA 3WNMA 2GJXB 2D23A 4MNJA 2W5FA 1ISWA 5HXMA 4JFUA 1NOUA 1HP5A 4UCFA 3RDKA 1L0PA 3WQWA 3AXXA 1NP2A 4P8VA 2XGIA 1TG7A 2BHUA 1ZL1A 5DFAA 2HVMA 4CD6A 5M3WA 3N9KA 1E0VA 3GNOA 4MB1A 1E6XM 3PZ9A 4DM1A 1W3JA 2ZXAA 2XPKA 1TMQA 1E4LA 1B3YA 3BLPX 4H04A 4LGXA 3VMPA 4LYRA 3N13A 2W91A 2XJ7A 3WEMA 1QVBA 3AMKA 3NJ3A 1UKTA 1JAKA 4JFWA 4YHGA 4AMCA 3FHQA 5BXRA 4MNKA 3WD2A 2X8RA 4HOZA 1OGGA 5D4YA 3VD5A 2GDVA 2YDRA 4QLKA 4HTYA 3WENA 5D9PA 2CITA 2J62A 3WDIA 1WAWA 3DHPA 3SURA 4DUWA 1E4IA 2PWHA 2VZVA 4WF7A 4R5EA 4EE9A 3T2OA 5CGMA 1HJVA 2J74A 4PTWA 1UA3A 1R7AA 1B3XA 4M29A 5M17A 2EEXA 5I5RA 2UY3A 1JAEA 1HJXA 3WF0A 2WZHA 1X1NA 2ZICA 4CKQA 3VIIA 3EMZA 1J9YA 1LL4A 1WCGA 1ZBCA 1EDQA 8CGTA 2J77A 3M46A 1CXLA 4W89A 3VPLA 4TX8A 2W67A 3W81A 2PWEA 2A3EA 1V08A 3OBAA 4PMQA 4GI8A 3IK2A 2X1IA 1XH1A 4QCEA 1VEOA 5DF0A 1LL7A 4DUVA 1GJUA 3AI0A 3KL5A 4ACZB 3WH9A 1CTNA 1CIUA 1H0IA 3OGRA 1XCWA 3WFLA 1VFMA 1HL9A 1EH9A 1E6NA 1GOWA 1FP8A 1E1EA 5DO8A 2X09A 3GNPA 1JG9A 3THCA 2A3AA 1C92A 1MW3A 3GXIA 2VMFA 1VJSA 1J10A 1LG1A 3F5JA 2IUZA 2DT1A 3L4WA 2NSXA 3VTRA 2DEPA 2Z1KA 1WE5A 1ZS2A 3AOFA 2MANA 2W66A 3WN6A 3DC0A 4OBSA 3FAXA 5LYRA 4GI6A 3BCFA 2VVSA 1CXKA 3FNDA 4U2YA 1X6LA 4DWSB 4OOZA 5D8WA 2XYLA 2XGBA 1MQRA 1K9DA 1LJYA 1W9XA 1E3ZA 2WLYA 5BROA 1DHKA 3A3HA 5I24A 1XYFA 1E15A 3NSNA 1QBAA 2VRKA 1QNPA 1ZJAA 3LMYA 3VD7A 2CIPA 4PEEA 3W53A 5A8PA 3F4VA 3LPPA 2CERA 1ODZA 3CZKA 1FFQA 1EOMA 1ISYA 4HOWA 9CGTA 4JKMA 3CHDA 1G0CA 3F5KA 4GZIA 3NIYA 1GQKA 3AICA 3PZVA 2OSYA 4GZEA 3WH7A 1JXKA 2ZUTA 3L4VA 2G3NA 3TTQA 2NT1A 4TXEA 2X05A 4P8XA 1BVZA 1LQ0A 3THDA 7CGTA 1EXPA 2ZX5A 3W6MA 3VDHA 1K9EA 4TVCA 4MJ2A 2D2OA 5JBFA 4W85A 1BQCA 3WF4A 5FIPA 5JBEA 4KH2A 3POCA 4RE2A 1W1PA 2EPMX 1MW0A 2VO5A 1E3XA 5AYIA 2YIHA 3EDFA 3VDCA 4UQAA 1KFWA 2WVVB 2ZWZA 1CGTA 3A6OA 4WSKA 2DT0A 1HJWA 1UHVA 4AD0A 1A47A 1CYGA 1E6PA 1D2KA 1GVIA 3ZJKA 3EMCA 3S2CA 3GM8A 3VINA 2BFGA 1PZ2A 4MNMA 1SR0A 4MAVA 3N1AA 3QHMA 2FHFA 2J25A 3RM9A 5HBFA 1E0XA 4H8HA 3NYDA 1UWRA 4MTVA 3BMVA 3BGAA 2G41A 2Y5EA 3O2LA 3UESA 4B9ZA 1HL8A 3VNZA 3WL1A 4QAWA 1V3MA 4AC1X 1UKOA 1UR4A 1XYZA 1ISZA 4CVUA 4E2OA 2WBKA 5LA1A 3TONA 1B1YA 1EHNA 4E8DA 1J0IA 2WLZA 5CZKA 1U33A 2WHJA 4MB5A 2XWEA 2XSAA 2XSBA 3VGFA 4DM2A 1ISVA 5A95A 1EOKA 4ATDA 2CESA 2A3BA 3EDKA 4W8AA 3MUAA 3WD4A 1CLXA 4PBGA 2D22A 4J28A 1M7XA 4AISA 1YQ2A 2VCCA 2AMGA 1UWTA 5AY7A 3VMOA 3N04A 4D6HA 1CXHA 3RM8A 3AMDA 4X0VA 3ARYA 2WANA 5IHRA 1LWHA 3GZAA 5HDRA 1KGXA 3AJ7A 2BVTA 4ZFMA 4AEFA 1W3LA 1DWJM 3K4DA 2EPNA 1ZB5A 1M03A 4H7VA 2WMKA 4M80A 3QOKA 1K6AA 3AHZA 3U7BA 4OJYA 2CBVA 2YJQA 2WVTA 4W8LA 1XV8A 1BVNP 3CHCA 3VIOA 1V02A 4LX4A 1VBRA 4B3LA 4W5UA 2E8ZA 2JFEX 4H41A 1RP9A 2E9LA 1RH9A 4UOJA 3HMCA 5M5DA 2VR4A 3VD4A 1XRVA 4LQ1A 2OSWA 2W92A 1KQYA 1NWRA 2YL9A 3CIVA 2OWXA 3GXMA 3PTMA 4CUCA 4UQCA 1TZ7A 3AS0A 2E4TA 2NW0A 2G3JA 4TVDA 3VKKA 5BCAA 1I1WA 3WMBA 2EPLX 5CPTA 2A3CA 3U5UA 3L2LA 1V3IA 1MVYA 1UZ1A 4H8VA 3CMJA 1KXTA 1EO7A 3WQ8A 1BHGA 2J7HA 1NWUA 1JXJA 3OG2A 3T08A 1E6SM 5A6BA 4X0NA 3AMCA 2VCAA 1V6WA 3CLWA 5ABEA 1W1VA 1IZJA 1R87A 4BF7A 2DIEA 3MANA 1WZKA 2WSPA 3DHUA 2VVNA 1B3VA 3RJXA 4IUGA 4S3JA 1H4PA 5CSUA 4D6CA 3TP4A 2DIJA 2ZUNA 2C0HA 3MV11 3IAQA 3SCQA 4AZ7A 3SCPA 1WDRA 1BYCA 1FFRA 1HT6A 2XTKA 5GNZA 4JIEA 4PTVA 5A8MA 3SEPA 3VDBA 3BAWA 3VX0A 4PMNA 1MYRA 1JZ4A 1NWSA 3BSGA 3WDRA 5A1AA 1UH3A 1JL8A 1WZLA 1TA3A 2J47A 4B15A 1TR1A 3NCOA 4FK9A 4HA1A 1GQIA 3UR7A 1XD0A 1UR8A 4ATLA 2OWCA 2V5DA 5FCZA 3PZUA 3VIGA 1BG4A 3ZQ9A 4IPNB 4JCLA 2FH6A 2OSXA 1WZMA 3WUBA 3KL0A 4DWSC 3D3AA 1IT0A 4MJ4A 4CCEA 2ZX6A 4B9YA 1C90A 2J4GA 1FH7A 1JNDA 4N0RA 1QBBA 5E0FA 2YL6A 4RL3A 4HU0A 3SCRA 2WNWA 3DYOA 1UA7A 3B9AA 3VU2A 2AAAA 4UFHA 3T0BA 1W1YA 1AMYA 4GO8A 1EO5A 5GPRA 2BVYA 3TA9A 5DMYA 3OLIA 3ZR6A 3MMWA 2XM2A 2EJ1A 1E55A 3VGBA 2CCRA 2DT2A 3U7VA 5FD0A 4UFLA 1H09A 1G94A 1US3A 2D3NA 5E6ZA 1WZAA 2E8YA 3FN9A 4GIAA 4W87A 5A94A 5ABFA 5BRPA 1TCMA 2ZUWA 3WNOA 4Z2LA 2WYSA 3AMGA 2D20A 3W38A 1VEPA 1VJZA 4PMZA 1HXJA 3HN3A 2XVPA 3CBWA 2J79A 4AD4A 5CG0A 4YN5A 3RMEA 1FA2A 1ITXA 5LA0A 3O9NA 3AISA 3ZMRA 2BY1A 3N15A 1R86A 1UWSA 4PMVA 3W0KA 1NQ6A 1WDPA 4PCTA 2FGZA 4Z2GA 2VQTA 2XFYA 3KEHA 4TX6A 4ZENA 1FH8A 1S46A 1CXEA 2DH3A 4D6EA 4GO9A 1V3KA 4MB3A 1Q6FA 1UWUA 3AHXA 2D0GA 4UQBA 2BNJA 1H2JA 4ZXLA 1QI2A 3AIVA 4ZE4A 1W2VA 3BAJA 2EO7A 1JZ7A 2W4XA 4AD3A 4IPLA 1K9TA 1W3KA 3UCQA 1JF5A 4FLQA 1UKSA 3QHOA 1C7SA 2E3ZA 2JALA 2X2YA 4XX6A 4CN6A 2DQXA 1GQLA 1M01A 3VVGA 2VL4A 1G5AA 1UQZA 2FHBA 3WIJA 4PMYA 4A3YA 4UNIA 3RO8A 2EXOA 1W91A 4WK9A 4AD2A 1NOWA 2F2HA 3CZ8A 1R7OA 3CUIA 5ECUA 1NARA 1XD1A 4U31A 4J3UA 2JIEA 3VOCA 4CN1A 5EMYA 5HNNA 4WLCA 3ZOAA 4KGJA 1XC6A 2JE8A 1E1FA 1V02E 4CCCA 2ZX9A 1QHOA 4TTGA 2GSJA 4JFSA 4TUFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YHGA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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