4YL2A

Aerococcus viridans l-lactate oxidase y191f mutant
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
YNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHATKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKGDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVFPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAAHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKAGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Aerococcus viridans
publication title Speeding up the product release: a second-sphere contribution from Tyr191 to the reactivity of l-lactate oxidase revealed in crystallographic and kinetic studies of site-directed variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
total genus 139
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4yl2A00
2AQWA 2V82A 3W1LA 4O54A 3NQAA 1ZAIA 5CPOA 5LNSA 1UBSA 4Y96A 3SIZA 1XDLA 2ZTJA 2PRHA 4M6VA 4HN4A 4M7SA 5DBTA 4O0ZA 5DXXA 4MOZA 1SZGA 1ICQA 4O1BA 3G3MA 2ZYFA 4GXMA 5EPDA 1XBYA 1LLWA 3QRHA 2V2CA 2H3DA 3I65A 1JJKA 2DZWA 3V1PA 4E0CA 4JDBA 4UXDA 3GR7A 5E93A 4LVFA 3G3DA 4KWWA 4YL2A 1KM5A 3HGSA 1X6UA 2V8ZA 2YR1A 3E9AA 5C5YA 2G96A 4DEFA 4Y6GA 1TPC1 4IPJA 2BSLA 4NJKA 3IVSA 3NL6A 2ALDA 4LRSA 2O7QA 2XN1A 2H8ZA 3ATYA 4H3DA 3TXZA 5EBUA 2QJHA 3O63A 3EX2A 3W7GA 3PULA 4ZZ9A 5G1TA 1NF0A 5DCBA 4JTEA 4N4PA 2A5HA 4QSHA 5FF2A 3HJZA 3M0ZA 1GOXA 5EKYA 4ZQCA 4CLMA 1SW7A 3TQ0A 1T96A 1R2RA 5E0KA 3W07A 2Y62A 1W1ZA 2CLKA 1ONRA 5G5IA 2ZZ1A 4K39A 4ZL1A 4M6PA 4MFEA 3C0JA 5HINA 1S5TA 2VELA 5FEWA 3TC7A 3DGRA 3RF9A 4RZ6A 4TR9A 1QCWA 2AAMA 3P74A 4S2CA 4RZ5A 4FNRA 3W71A 1Z42A 3NQEA 2G95A 3G1DA 1PCWA 3LCFA 1RV8A 2C0AA 2FQIA 4A22A 3WK3A 4CQ8A 3PUDA 4BI6A 4O52A 1EWEA 3DFOA 4N6FA 3LHTA 4UCGA 1JRCA 3QW3A 3MUXA 1MEIA 4WZHA 1ICSA 3G8EA 1FBAA 3E96A 3ABSA 3F1QA 4KFOA 3W23A 1XBVA 4EF8A 2NXIA 2HTMA 3FA5A 4RK8A 3W2UA 1TPWA 1W37A 1UB3A 3LHZA 5D2YA 5BMWA 3OVPA 4RCXA 3TC6A 2C15A 2ZRYA 4RLIA 1AW5A 1F05A 4ALDA 2NX1A 5FF7A 4XBKA 3PB0A 5BNKA 2H6RA 3U6WA 4AF0A 2A7RA 3T44A 5I3GA 4CCEA 3W7QA 1NFBA 3LV6A 3MO7A 1KFEA 5AC6A 1X8FA 4Z1CA 1WYIA 4O1CA 3M43A 4HPXA 3VCRA 3OEXA 3PM6A 2OX1A 3DFNA 1H7RA 3P5YA 2ISVA 1BEUA 1O5KA 1KFKA 1OFDA 2RKXA 4NJJA 4DO4A 4AHPA 4CNPA 3K30A 3W1MA 4WX2A 4YWIA 2WOQA 3S0CA 5KMYA 3UD6A 1OFEA 2VFFA 3W6YA 4GE8A 4MLJA 2QCMA 3CHVA 1ME7A 5KZEA 3W7OA 1TB3A 2EGZA 4WQ6A 1B57A 5F1UA 3TKFA 4WUIA 3LV5A 1F7BA 1XDMA 5AC7A 3NQFA 1OJXA 2BWGA 4O28A 2Y70A 4NVTA 5DCEA 3KVLA 4BK9A 2B7NA 3QMSA 4J9JA 4NJHA 2NV1A 4LUIA 2V81A 2W6RA 2ZBTA 5K9CA 4ICNA 4X3ZA 3NQ7A 2WSYA 2KZHA 3FIGA 5F2GA 3FYOA 3B04A 3TAOA 5D32A 4PTNA 2RDWA 3PVFA 2J9XA 3R12A 3FKKA 3EX6A 3UWYA 4BWLC 2A6LA 3ZFHA 4UTWC 4RV8A 3S1WA 3W83A 3S6DA 2Q8ZA 4L4MA 1FY6A 1OFOA 1GZGA 2EPHA 1R30A 1P1XA 1TO3A 1QR7A 1JCLA 3S1UA 4K37A 2E6FA 3C2EA 4PL2A 1A5SA 2HS6A 3UXAA 2B7QA 4R7JA 5AHEA 3N2MA 1JCXA 4JTLA 5HULA 3HGRA 3KRZA 3G0SA 3CB8A 3GLCA 5FEPA 3HG5A 1BKSA 5DN1A 3DI1A 5AHFA 3T78A 2JBMA 2BLEA 1SFLA 3EXSA 3OVRA 3B06A 4NJIA 1YPFA 2Y88A 2C6QA 5CZ0A 3PF3A 3R5EA 4IUOA 5FEXA 2HMCA 3P80A 3ZWTA 3PC0A 3L67A 4PFMA 1FDZA 1G4PA 1P4CA 4FXRA 3F4NA 2QR6A 3LRLA 1FDYA 5LNUA 3PB2A 1HG3A 2C1HA 2H3BA 4PODA 2DZPA 2PRLA 4TIMA 2TMDA 1Z41A 3W3OA 1RQEA 2QCNA 1YTEA 3L0NA 3C52A 1L9WA 3NDOA 1GVSA 3QH2A 5DXYA 2OCZA 3G18A 1BWLA 2LLEA 3DI0A 1QDSA 3M5ZA 2DU2A 5DLCA 4IOTA 2DJXA 4FB7A 1C8VA 3Q58A 5H2ZA 3EX1A 1KM1A 2GJNA 1L2UA 1W54A 2CLMA 1RPXA 3H54A 1XXXA 4XBSA 3S42A 1DVJA 3SFKA 4MLRA 4UTTA 1KFBA 3MYPA 5LNRA 5HUOA 4Z1DA 2BX7A 3W85A 1HUVA 3OIXA 2CZDA 1QPOA 3G1FA 2PCQA 2R14A 3HG2A 4TX9A 1BWKA 1TYGA 3T40A 4JN6A 3UXDA 1O60A 1GVOA 1JUKA 2J88A 1ML1A 3L65A 2E6AA 1X1OA 3W7NA 4N6EA 4UTHA 3A5VA 4O50A 5F4SA 5C2XA 5LZLA 3I7QA 3C56A 4K8EA 4BR1A 3L0GA 4BFAA 3LHYA 4HIBA 1XL9A 2DZXA 5FF3A 4AB4A 4AXKA 3UY7A 2A2IA 3KOFA 3JRKA 3Q2DA 2VFHA 1A5AA 1Z48A 4RR4A 5EY5A 1QMLA 2C14A 3M16A 3SGUA 3W7MA 4DPPA 3F4WA 4Z0JA 3CEUA 1WA3A 1D3GA 2DZSA 3LDVA 1YDNA 1FXPA 1TREA 3LCHA 3W70A 3NPUA 2QKFA 2ZDRA 2E6YA 3DBPA 4DO6A 3W7IA 3EXTA 5EL1A 3EX3A 2NXGA 3B05A 3MJYA 1AW2A 1VHCA 2G5WA 3GAKA 3LTSA 5K2ZA 4O1DA 2FJKA 1M7OA 1OFPA 3LCWA 4UTMA 1TQJA 3P8IA 4NNCA 5T26A 4Y90A 1TV7A 3PSWA 3ABOA 3NEVA 3FLUA 4K36A 2I1OA 1H7OA 5HUPA 3ZS4A 1SQ7A 3CQ0A 3QSRA 1OX5A 1SZNA 3THAA 1FUYA 4IGHA 3WJZA 4LV4A 4LV9A 3H53A 4XUGA 3CWOX 4NX5A 4MPQA 2V5LA 1TPDA 2YYTA 3W7EA 3HPSA 2FPVA 1TV5A 1W31A 2Z1BA 1KLYA 8TIMA 2P10A 5G2WA 4GUJA 4K7YA 1OYCA 3BLIA 3LB0A 2Q3RA 1XM3A 1OF8A 5E1QA 4UTUA 1PL9A 1XCFA 4CNNA 1H7PA 3WJSA 4O10A 1QFEA 3C2FA 4GRSA 3W7CA 1ZY9A 5AN7A 5KITA 1ZALA 4N9DA 4UNLA 3PBUA 3I6RA 3GDRA 1H51A 2E77A 1I4NA 1U5JA 2X1UA 3PWAA 3GIYA 1SO5A 1X7FA 5FESA 1O94A 1AL8A 2FFCA 4MY9A 5CKSA 3BW4A 3FEMA 5DCDA 1XFBA 4ZQPA 2Y89A 3VFLA 1TJRA 3O8AA 2VENA 1GG1A 1M7PA 3G1XA 4A29A 2V30A 1KTNA 1R47A 3ABRA 4I7WA 1LTDA 3W1AA 5BOOA 4P2VA 4FNTA 1IXNA 3LTYA 4O16A 5D2WA 1DHPA 1H5YA 5ABTA 3NQCA 4R53A 1NEYA 3QJAA 4ORIA 1GPWA 2AGKA 4JTJA 3NQVA 2X1TA 5D38A 3VNDA 2WPBA 1KFJA 1WBJA 4MY1A 5KSWA 4NU7A 5DY2A 1I2RA 2QUVA 3NNTA 1JQXA 1OK6A 2DZVA 1IXOA 4H6KA 4XTIA 1TTPA 5DBUA 1VCFA 1OVDA 3W7JA 1SPQA 1Z44A 2IQTA 5AFDA 3NYZA 4IMCA 3W1XA 5KINA 2X1SA 4Q33A 4GFSA 4FHAA 4CQAA 2GVJA 1K8YA 2TPSA 5TIMA 4UFKA 1GVQA 1RD5A 4PEKA 1XBZA 1JULA 3IV3A 1AG1O 1TPFA 1K8XA 3O1NA 3BW3A 3NOEA 3DENA 1QPQA 4FNPA 4I9AA 1W3TA 3N3MA 3C61A 3W2LA 4LS2A 3GB6A 4AWUA 5BW6A 4EVZA 3KFTA 1CW2A 3TX9A 2CWNA 4NUWA 3W7LA 2RDUA 2J9YA 2ZRUA 4HSNA 3BPWA 4U4MA 1HO4A 3MMTA 3S5YA 1W5NA 3BK0A 1ZAHA 2YFNA 3ATZA 3GYEA 3SR7A 3M9YA 1I2PA 3YPIA 3NL3A 5KZMA 4KKXA 1DORA 3O05A 3EB2A 5CPLA 2X1RA 4O19A 4G1KA 3B0PA 2CLHA 3C2RA 3LBMA 3M47A 3E02A 4DF0A 1UJPA 2OMAA 4FNSA 3R8RA 1T8XA 1MEHA 3W88A 1IIHA 3TIMA 5G2HA 4ADSA 1X1ZA 1UCWA 1G6CA 3W72A 3N19B 4UR7A 5MHBA 3RU6A 3W7PA 4N9BA 2JKPA 3E49A 1KM2A 1O4UA 1RZMA 3NGJA 4IXHA 1SZEA 3A24A 2QCLA 1TPUA 2A6NA 2P0OA 1I2QA 3HPXA 3NO5A 3INPA 4UTLA 4GUHA 3A5FA 4QISA 4WD0A 1H1ZA 3DKLA 3GXTA 3NQMA 1AMKA 4DBEA 1WV2A 3SGZA 5HJLA 2GQ8A 4CQ9A 3NQGA 1TPEA 3PUOA 2QJGA 1FCUA 3W7DA 4FXSA 4ADTA 1LDCA 3WJXA 3DFSA 4R33A 3PBYA 3LCLA 4AHOA 4LVBA 3MBDA 3S5NA 1TPVA 3W1PA 5AC8A 3OBKA 4JX5A 1SW3A 3UWZA 2B4GA 4IQLA 4EOUA 1G67A 4EF9A 1E51A 2C19A 1OFQA 2ATMA 3EWWA 1A5BA 1VS1A 5K9DA 1DL3A 3I68A 3NQ6A 3THQA 1LOQA 4GNJA 3VE9A 3NPWA 3UY8A 1TJPA 3IGUA 4NJGA 2CZEA 3S5OA 3GXNA 2I9EA 5AHNA 1F5ZA 2EKCA 3EXRA 4JEQA 1VH7A 1ME8A 4C1KA 3G0UA 3KAOA 3UNDA 5K4ZA 1YPIA 3NAVA 3BG5A 4IMDA 1JUEA 2I14A 3P5ZA 1SFJA 3QM3A 3MI3A 3CEPA 4JTIA 5AHLA 1JUBA 4C1LA 1F2JA 2X2GA 5LGZA 2FIQA 1XUUA 1P5BA 3BV4A 1T99A 2QJIA 3LI0A 3LTPA 3USBA 3T4CA 3W2NA 3MI2A 2QF7A 1G69A 1I2NA 3G1YA 4X9SA 4MZ1A 1WQ5A 2G97A 2VC6A 1EP2A 2QDHA 4P61A 3N73A 1ZFJA 3O6DA 1MZHA 3STEA 3TR2A 4EIVA 1LBFA 4N02A 2OZ0A 3TFCA 3NL5A 5HR7A 3LLFA 1CI1A 1R2SA 2FB3A 2GQAA 1T0OA 1LROA 3HG3A 4LRTA 3T7VA 3QMTA 3TQKA 4DO5A 1ZHAA 2WSQA 3HPZA 4LU0A 4JX4A 1KM0A 2ATSA 4AWTA 3TE9A 1GYNA 1FDJA 1Q3NA 4GUFA 1JRBA 2E6DA 3TA6A 1EA0A 4Y9AA 2OT0A 3SI9A 4JYDA 4IMGA 3U2OA 1RQBA 5G2IA 2TSYA 1DJQA 5CSRA 4OGZA 4HNTA 3DFQA 3W86A 3M5YA 2VFEA 2ZA3A 4KFPA 3SECA 3SY5A 2QCDB 1QO2A 1LRTA 3N9SA 3CTLA 3NPXA 3UWWA 4DXVA 5D02A 3LCGA 5I3IA 1SSDA 4PCFA 3QQ1A 5CPNA 2EHHA 3DAQA 2QAFA 3HBLA 3LHUA 4BI7A 5F2LA 1EP1A 4OV4A 1KV5A 1PHQA 1O5XA 5SWUA 1VJIA 3QZEA 2GPTA 3W2MA 3R2GA 3FOKA 1XI3A 2QCHA 5CPMA 1A5CA 3I7SA 1QPNA 3LXCA 4UTTC 2A1YA 1TTIA 3QSTA 4MYAA 3TDFA 2VFDA 3S5ZA 5HWMA 1H62A 4NXKA 1DQXA 1LRQA 1H7WA 1FWNA 5D04C 3B03A 3L5MA 5A8GA 1DOSA 3CM4A 1NVMA 3EX4A 4Z1BA 1R46A 4OHQA 5LNWA 3KVJA 4K8HA 1KTCA 3OHIA 4FO4A 4HNUA 3W73A 4K6AA 3EWXA 5FF0A 1J2WA 3W1RA 3PR2A 3DXIA 3TH6A 2YDAA 2ZQ0A 4YMZA 2YCEA 1Q6LA 1J4EA 2Z6JA 1QOPA 1FWRA 2GVGA 4MUZA 2E5DA 3BGJA 1Q6RA 3RLVA 1ZNNA 3GX9A 3VE7A 4XQ6A 5I3FA 5AYYA 4BF9A 1SU5A 2B7PA 1R2TA 1KV8A 3KXQA 3LHWA 1FWWA 4OQVA 1TPB1 1TCDA 1GT8A 1N55A 2FB2A 1XC4A 4TO8A 1B9BA 4A2SA 1Q6OA 7TIMA 5KZDA 1W8SA 3G1HA 5BMXA 5CGQA 4HKPA 4O13A 4DF1A 1UUOA 1YXCA 3TW6A 3W2KA 3HQ1A 1WBHA 3TSBA 2A0NA 2GJLA 2R94A 2ABBA 3Q37A 3QEZA 5LSMA 1H61A 3W76A 2H90A 3TJLA 2Y7FA 1K8ZA 4NZFA 1LZOA 3DFPA 5FI8A 3GDTA 5HMSA 1F6PA 4Y8FA 2PE4A 1LRNA 1IF2A 2CZ5A 4JX6A 1AK5A 2W79A 1FCVA 5G1YA 1KM4A 3C8FA 4LVGA 1RR2A 2FPYA 5K4XA 1KFLA 4OWGA 4PA8A 1TSIA 1FWTA 3UWUA 1OX4B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W0K A;  3W25 A;  2AQW A;  2V82 A;  4NI8 A;  4A8I A;  4URI A;  4ATW A;  2YZ5 A;  4IP4 A;  5CPO A;  5LNS A;  5KZ6 A;  4Y96 A;  2ZTJ A;  1Q7M A;  3OLE A;  4DO7 A;  3OBA A;  5DBT A;  4MOZ A;  1SZG A;  2F6K A;  2QDD A;  1ICQ A;  2XH4 A;  3B9D A;  4O1B A;  3G3M A;  1GQK A;  4GXM A;  3N4E A;  1QI2 A;  4FAL A;  3N11 A;  3U57 A;  3SUT A;  2J7C A;  4MMW A;  2H3D A;  1JJK A;  1KGW A;  3MCM A;  5C2G A;  4B9Y A;  4CD8 A;  4QHR A;  4UXD A;  3GR7 A;  1JPD X;  3W53 A;  3G3D A;  4XSL A;  1KM5 A;  3HGS A;  3HFY A;  2YR1 A;  1PKY A;  1E73 M;  5C5Y A;  1W1Y A;  2VD8 A;  2PDQ A;  4IPJ A;  2CYG A;  4Q8W A;  4NJK A;  4WGX A;  2BG5 A;  3PPF A;  2ALD A;  4CU6 A;  5HNN A;  4NAF B;  3NQB A;  3H2E A;  2QVH A;  2EBN A;  3EEZ A;  1V3M A;  1SFS A;  3S4T A;  3CAS A;  3R94 A;  4AD3 A;  3HJZ A;  4IFK B;  3VVG A;  3WQ5 A;  1SW7 A;  1LWI A;  1XG3 A;  1EYW A;  1JGI A;  5E0K A;  1P7T A;  3W07 A;  1W1Z A;  3MMW A;  3QV7 A;  1F3X A;  4M6P A;  1O66 A;  1B3X A;  5HIN A;  3ZR6 A;  2I16 A;  3PZI A;  5FEW A;  4HK6 A;  4EAN A;  4GVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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