4YL2A

Aerococcus viridans l-lactate oxidase y191f mutant
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
YNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHATKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKGDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVFPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAAHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKAGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Speeding up the product release: a second-sphere contribution from Tyr191 to the reactivity of l-lactate oxidase revealed in crystallographic and kinetic studies of site-directed variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aerococcus viridans
total genus 139
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4yl2A00
1ZCOA 2DZUA 3U2OA 4MY9A 2FPYA 4HHPA 4O10A 3LRLA 1FDYA 4IXHA 3TC6A 4WD0A 2J24A 3T4CA 1G6CA 2V5LA 4EIVA 1ICPA 3E96A 4NXKA 1Q6QA 5DCEA 3VCRA 2VEPA 3L2IA 1NEYA 1QOQA 4TMBA 4A2RA 3H54A 2HMCA 3IIOA 3NL2A 3HPXA 3LCHA 1W56A 3DI0A 4UC5A 5AHLA 5CKSA 4IX2A 1ME7A 3PF3A 5D2WA 3HPZA 3Q2DA 2PRMA 1XDMA 3ATYA 5HJLA 1KM0A 4XZ9A 1F6KA 2CZEA 4ORMA 1PS9A 2DZXA 4E2BA 3AJXA 2DJLA 4CNPA 4ZZ9A 4DQWA 3DH7A 3WJYA 4JN6A 1R47A 5K3VA 4O1AA 4JTFA 7TIMA 2ABBA 5D2XA 3GKAA 3BG3A 2BX7A 4NNCA 1KM6A 4FNUA 5AC7A 4R7JA 3NZRA 1NFBA 2G97A 3GNNA 3LCFA 4WXZA 4K37A 3M5YA 3NA8A 3S5NA 3GVGA 1DVJA 1Y0EA 3QSTA 1XDLA 4Y8FA 2QKFA 1A50A 2YW3A 2UV8G 3BW3A 1LOQA 2PC4A 2R14A 2FPVA 1W5NA 1YTDA 4QISA 4WOQA 2G95A 4PL2A 1H60A 3M43A 4LY8A 4O8RA 1KBJA 1N7KA 1YADA 3L68A 3QFEA 4C1LA 4DELA 3UY7A 4IMDA 5E1QA 4HT3A 5F2GA 2FDSA 4ZQPA 2VFDA 1OHLA 2NXGA 4JIQA 3TNOA 4NVTA 1FCBA 3W23A 2X30A 1K03A 1OFEA 4DF2A 3S5OA 1G7VA 2DP3A 4HNUA 4ZQNA 1THFD 3WFAA 5F2IA 3TAOA 2Y85A 1X1OA 4O17A 3TFXA 4O15A 1RD5A 1RR2A 2X2GA 1GEQA 3KRZA 1M7PA 1U5JA 4DPPA 1W1ZA 4RX0A 1TQJA 5D2VA 5AYZA 2Z0IA 3HOJA 1VYRA 4EOUA 4TU1A 3L5LA 1IXOA 3SY5A 3G1VA 1AK5A 3UYCA 3R8RA 3HPSA 1QPOA 1GVFA 3DFSA 4O4VA 3B06A 3W73A 3P67A 5KZMA 1JUBA 4O0KA 3S1UA 4B5NA 3MW7A 3I68A 1NAL1 3W72A 3LCIA 4MLRA 4UIOA 1TPUA 3QQ1A 1IIHA 4IX0A 4IPJA 3P5ZA 2VFIA 3KAOA 1EB3A 3THQA 5DELA 2PRLA 4AF0B 1XCFA 2EPHA 4LV4A 4UFMA 2CLMA 3O6DA 1FUYA 4N02A 1F73A 3CM4A 2ZRUA 4Z1BA 2EGZA 3TX9A 2XN0A 4FXSA 4O57A 1FDZA 5LNWA 4LS2A 5EYWA 1YYAA 1VLWA 2R94A 3O07A 3STEA 3T44A 5CPLA 3QW3A 3W1MA 2GJLA 3NQGA 4EWND 4NQ1A 5H2ZA 2V5BA 1H1YA 3LV6A 1TMHA 1VHNA 4ZMGA 2AQWA 3FKRA 3GIYA 3NZ1A 4O52A 4N2YA 1UUMA 4CCCA 3LHVA 4WXYA 1WV2A 2H8ZA 1K7FA 5D2YA 5F4WA 1TB3A 1C8VA 3GXPA 1AW1A 3TA6A 1T99A 2ZRVA 3RFAA 1Q6LA 3V75A 3LDVA 2ZCGA 4UMBA 1PV8A 3P74A 2H90A 4LWWA 3A23A 1LTDA 4NNBA 1G67A 3CEPA 3NYZA 3VE9A 5F4SA 3C4UA 4MVAA 3QW4B 1G69A 1ME9A 3ABQA 3HB9A 4NX5A 2QCHA 3OEXA 3A24A 2BZNA 4FX7A 3BGGA 3B0UX 3UPBA 3G1SA 4AB4A 1GVQA 1TV7A 1ZAJA 1F2JA 2WSRA 3DHDA 3EWZA 4K7YA 1DORA 1L6YA 2J9ZA 3B4UA 1VJIA 4EF9A 1I2PA 3TR2A 2CW6A 1OF8A 2Q8LA 4UFIA 5G2HA 2TSYA 1TTIA 2FPTA 4Z1DA 4HSNA 3L67A 3O16A 5KMYA 4OWGA 4XBSA 3RF9A 3EWXA 3NM3A 5HUPA 4GUJA 2GVGA 1EEPA 3GDLA 3LXCA 4JX4A 4LC8A 3G1YA 3M6YA 3KVKA 4FIRA 4AWSA 2V82A 1TSIA 3G1FA 4JICA 2QDGA 2WO5A 3M5VA 2RHGA 3TQVA 4K38A 4JTLA 2E1DA 3W7CA 1UUOA 1K7EA 2E6DA 4XWUA 3BLEA 3FFSA 2V2CA 2R91A 4POCA 3TAKA 2QCNA 1XXXA 5U4NA 1OFPA 2A1YA 1QNVA 2WOQA 3BW4A 4RZ5A 4X22A 3PR2A 5HR6A 4K36A 2A2IA 1O4UA 3USBA 3IGXA 4JTEA 4NZFA 4NJKA 2YX0A 1LRTA 2A6LA 3BG5A 2J27A 1JVNA 1I8JA 2OZ0A 5KITA 3LTYA 3BGJA 1KTCA 4TO8A 4RR4A 1QO5A 4I7VA 1DQWA 5K9XA 3OG3A 1LRNA 4WX2A 1TPFA 2FLIA 3DKJA 4RK8A 1FXQA 1TYGA 3DHFA 2Z6JA 3HG2A 4UTHA 1FCUA 3LTPA 1LBLA 2ZZ2A 1BTMA 2Z2UA 5DLCA 3LTSA 1TIMA 4PCFA 1A5CA 1VQTA 3T78A 1WDWA 1K3UA 4RZ6A 1P1XA 4A2SA 3TC7A 3C6CA 4JTSA 3W2NA 5TIMA 1L6SA 3MP4A 2E6AA 3W7LA 4NZJA 3W87A 3PULA 4KWWA 3TKFA 1U83A 4QSHA 2FFCA 3F03K 1DQXA 1R30A 2B4GA 1KTNA 3N19B 2H8XA 2Y7EA 1KM2A 3MYPA 5I3HA 4GUFA 1EUNA 3B8DA 4UR7A 5HULA 3SSJA 4IJBA 1YTKA 2DZSA 1IXNA 3KXQA 1GTEA 3S42A 3W1LA 4ZQCA 3TU9A 2ATSA 3MBDA 4K8HA 3A21A 4W9TA 2X16A 3L0NA 4XKYB 3LHZA 1OFQA 2WJZA 3BG9A 2NXHA 3GNDA 1SO4A 3MP5A 5CSSA 3ANYA 4DF0A 1B9BA 4HNVA 2A6NA 5FEXA 2QAPA 3P62A 3UNDA 1C9DA 4LUJA 3BW2A 3N9SA 3NAVA 3S1VA 3O15A 1MEHA 1SFLA 2Q3RA 3EXRA 1SW7A 3OHIA 3W7OA 5CZ0A 4DF1A 4GXMA 1TTJA 4MUZA 5LNUA 1EA0A 3LOTA 3QMSA 2HTMA 2ZA3A 3MI6A 1P0KA 4NUWA 2EF9A 2YZRA 3GLCA 1I2NA 4CQ9A 1LCOA 1CW2A 2CLFA 5HQEA 4JX6A 5D32A 1X7FA 1RQEA 2CLLA 5CPOA 2QF7A 1R2RA 1WBHA 2QCMA 4XTDA 3H55A 4AMAA 1QPNA 1Z41A 2V8ZA 3S6DA 3BO9A 3B0PA 4GC4A 3T55A 3HG5A 1KM4A 1SZEA 3QF0A 1M6JA 2AAMA 3C56A 4KKXA 4OQVA 2ABAA 2R8WA 3M1ZA 1P0NA 1SW3A 1PHWA 1B3OA 3W3OA 1AMKA 3IGUA 1KFLA 2ZDRA 1G4SA 3IVTA 4Z1AA 4MFDA 3VE7A 1B57A 2ZZ6A 1OX4A 2QJGA 3M16A 5K4ZA 3W7JA 4YWIA 1S5WA 2WNNA 4GUIA 2BTMA 4HNTA 5FEZA 4GNJA 1MEWA 1M5WA 1VPXA 3W71A 2CFFA 2FB3A 4UUIA 4MY1A 2ZRZA 5SWUA 1T96A 4JR5A 4X3ZA 2NV2A 3RMJA 2E68A 5HR7A 4TMCA 2HS6A 2VOMA 3G1DA 3T40A 1LOSA 2GQ8A 3NR0A 2CLIA 1JULA 3MUXA 5DY3A 3DFTA 4ALDA 4ZQRA 1LLWA 4ZQMA 1ZFJA 4AWUA 3DBPA 4AWTA 4QNWA 2DZVA 2QCEA 2CLOA 5AHIA 3TJLA 1OYBA 2W79A 4CCDA 1JCMP 2X1TA 2E6FA 2YYTA 4MYAA 2Y70A 3NL5A 1OX5A 5I3GA 5FI8A 4BI7A 3C2EA 1LBFA 3WK2A 1UASA 3CTLA 1O60A 1JCXA 1VGAA 3B0VC 1AL8A 1X6UA 3CC1A 3GAYA 3W83A 1HL2A 5G2IA 3EX6A 3EXTA 2EKCA 3MI3A 2V30A 4UMAA 3R12A 1HTIA 3M5ZA 1WQ5A 3LLFA 3NPVA 4YL2A 5LNVA 3E9AA 1ZJIA 3W86A 1IF2A 2E09A 5AC6A 1ZY9A 2H3BA 4OE7A 4MOZA 4MPQA 1GPWA 3MP3A 5D30A 1Z44A 5A8GA 1ZALA 1OK4A 1H7RA 1H7PA 3GDRA 1SZGA 3O06A 1LOLA 4O19A 4AEOA 4CCEA 5CGQA 3N2MA 1RQBA 1VC4A 1SZNA 4K39A 5K4XA 3C2FA 1J4EA 4N9CA 4XQ6A 2NZLA 3A5FA 4LU0A 2C6QA 3BVJA 3W7PA 3DI1A 5CZSA 1KFCA 2H6RA 3L0GA 4MZ8A 2Z1BA 3MMTA 4Q4KA 1KA9F 1ZHAA 1W3TA 2BXVA 1ICQA 3D0CA 4JDBA 3HF3A 3O1NA 5U7SA 4CLMA 3A5VA 5DN1A 2GUUA 1RZMA 4LUIA 1H61A 2DJXA 1SSDA 5EL1A 1JUKA 2V9DA 2X1RA 1GJPA 1GT8A 3NQFA 4UNLA 4JX5A 2NUXA 3DFPA 4FF7A 4E38A 3FYPA 3NGJA 3P8JA 2J9XA 3LB0A 2ZYFA 3QH2A 3RU6A 1QO2A 5AHNA 3DGRA 3RK8A 3UD6A 1W54A 3TROA 1R2SA 2WNQA 2NXIA 3PM6A 4RXGA 5K7JA 1TPWA 3KX6A 3C2OA 1O94A 4WY0F 3T7VA 1TRIA 1FQ0A 3P8IA 1S5VA 5AOUA 1NSJA 3IIPA 1KV5A 4MJZA 1ZENA 4O28A 5J5RA 1DJQA 1QPRA 5E93A 5FF3A 2YFOA 3CPRA 3PBYA 3GXTA 1KFKA 3PWAA 4JTIA 4BF9A 1R46A 4E2DA 5I3IA 1TO3A 3UWVA 3LHWA 4AHPA 1TPB1 4LRTA 2ZBTA 3HGOA 3G8EA 3GR7A 2VFHA 1Z48A 4FXRA 5F2LA 3G22A 3SGZA 3VKJA 2QCCA 4LTSA 4UTJA 1JJKA 3W1AA 1W3IA 2KZHA 1RPXA 3DKLA 4UTWC 2F7FA 1O5XA 4NJIA 2XFWA 3TSDA 3L9CA 1LRQA 4N9EA 4NT0A 3GR8A 3OVQA 4S1FA 3W76A 3HG3A 1G4EA 5F1VA 2QUUA 2WKJA 4UTUA 4UTWA 4ML9A 2DZWA 2QJHA 5BMXA 2Y89A 5DBUA 1TRDA 1FDJA 2PURA 5AHMA 2C18A 1AG1O 5DY2A 5EBUA 3GZ3A 1HO4A 5GVJA 1HG3A 1J5TA 3NL6A 3NQ6A 3UXDA 5J5DA 1XI3A 4RLIA 1GOXA 5EY5A 1JCJA 3V1PA 5EMUA 5D02A 3HMJG 4M7SA 3MHUA 3NEVA 1F7BA 4XTIA 1AW2A 1OABA 2A85A 3A9IA 2CLHA 4JGDA 2B0MA 1JR1A 2NLIA 4GBUA 1P5BA 4BI5A 3UWZA 1TPEA 3IV3A 1IGSA 3QJAA 1UBSA 2OJPA 3SIZA 1W31A 3ZFHA 4LVFA 1VYSX 2FB2A 3BARA 1F74A 3NQEA 3LBMA 4MIMA 4YLWA 5D03A 3SJ3A 3TW6A 1I2OA 1VRDA 3RLUA 3QPZA 3M9YA 1B4EA 2NUYA 1FWNA 3TUUA 3CWNA 3ZR4A 1SO5A 3CHVA 4X2RA 5G4EA 4UTTC 2B7NA 3IVUA 4IOTA 4X9SA 3SFKA 4LS1A 1MSSA 3C0JA 4QM1A 3G1AA 1GWJA 1AW5A 3W1PA 3G0XA 3QEZA 4UTTA 3N14A 5K9DA 2ALDA 1TTPA 3LCXA 4BWLC 3DU0A 1FBAA 2G5WA 3IVSA 3WJXA 2FJKA 2QCDA 4JYEA 5I3JA 2FTPA 4BR1A 1T0OA 3OIXA 2YW4A 3CIXA 3LRKA 4BWLA 3L21A 3GYEA 2E5BA 4N6FA 4O18A 3WK0A 1FWWA 2VEIA 1VLIA 4YCPA 5G2WA 1C29A 3K30A 2BLEA 1WA3A 6ALDA 3PC0A 1F6PA 1W8SA 1XKYA 3F1QA 2Y63A 3UQNA 5DXYA 4QAIA 4LC6A 2P1FA 5LHFA 1UCWA 4JTGA 4JTHA 4UFJA 1KW1A 3LM7A 3SGUA 1SW0A 3EWBX 1XBVA 3O8AA 1F05A 3C3NA 4HPXA 4ZVJA 4JNMA 3HG4A 4A22A 3FOKA 4FNRA 2C15A 1A5BA 2YGYA 4NJJA 4R34A 1H63A 3FYOA 1EIXA 3W7QA 4O4WA 5KZEA 1ML1A 2E6YA 1O95A 3MYOA 1ME8A 3CLMA 1XUZA 4DO5A 1KLYA 3W2JA 3W2KA 4Z0JA 2ZQ0A 2JK2A 3LHTA 1VHCA 1QPQA 1A5AA 1FWRA 1SUXA 4OGZA 5HMSA 5LGZA 4JIPA 5KTLA 2AGKA 1S5TA 4EF8A 1T8XA 4Q32A 4A3UA 2ZZ3A 1FCVA 1LP6A 3TQ0A 4GE8A 1OFRA 3NPWA 4JD4A 2F84A 1NVMA 2WSYA 3TW7A 3W70A 2QCGA 1WYIA 1OYCA 4ADTA 1XM3A 4G1KA 4WY0A 3CU2A 4LVGA 3FJ6A 4K8EA 5BMWA 4JYFA 4LNYA 4PEKA 5DBTA 5DXXA 1H5YA 2P0OA 4O13A 1TJPA 2V2DA 3DFNA 4IUOA 3RLVA 1BKSA 4HNNA 2VKZG 3M7WA 1KM3A 3EWYA 1JQVA 3P80A 2VC6A 2BSLA 2OMAA 1YTEA 5KZDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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