4YL2A

Aerococcus viridans l-lactate oxidase y191f mutant
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
YNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHATKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKGDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVFPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAAHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKAGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Aerococcus viridans
publication title Speeding up the product release: a second-sphere contribution from Tyr191 to the reactivity of l-lactate oxidase revealed in crystallographic and kinetic studies of site-directed variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
total genus 139
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4yl2A00
3G1VA 5KZDA 1VYPX 3FKRA 2E77A 4UC5A 4U4MA 1Q6LA 1KFKA 4BI6A 3HGOA 3NPWA 3PBVA 2OCZA 4HNUA 5F2MA 4IXXA 1KLZA 3W23A 4ONVA 4CCDA 3EXRA 3LCIA 3C8FA 3MHUA 2CFFA 1F2JA 4AWTA 2VEKA 3P62A 3O06A 4WUIA 1GVFA 3UWVA 3NM3A 1E51A 4UFMA 2QCFA 4MIMA 4E2BA 3B0UX 4O50A 1EB3A 4DBEA 1SSDA 5C55A 1DVJA 1ZCOA 4GFSA 3DFNA 4AVFA 3FYPA 3W1QA 3RK8A 2DZTA 1O94A 3CHVA 2P10A 2ZTKA 3BW2A 2HS8A 1W37A 4EF8A 3SY5A 1KM2A 1ZALA 3MHGA 5CZJA 2WNNA 4FF7A 3VI2A 5EKYA 3KVJA 3W71A 1WBJA 1SW3A 1H7RA 3MP4A 3W86A 3TUUA 4C1KA 3TMQA 1QFEA 2ATMA 1AW2A 3T7VA 3NL3A 1FCBA 4PC8A 2QUTA 3W7DA 1TPUA 2BWGA 1XUZA 2ZZ6A 2CLLA 4NJHA 3G1YA 3W1LA 2W79A 4JTIA 3W72A 1YTEA 2J6XA 3PR2A 3I68A 3M41A 4QAIA 1ZAHA 3ZS4A 5D05A 2WQPA 4Z1AA 3STFA 4IXHA 2EGZA 3EEGA 3VE7A 3WFAA 3OG3A 1RV8A 3ZWTA 3HPXA 2Q8LA 2ZZ4A 3CEPA 5G2HA 2GVGA 3W3OA 3O07A 5E1QA 1UCWA 2A2IA 4I7WA 3BLFA 1HUVA 1JVNA 5H2ZA 4WY0A 1N8FA 3LRMA 3SZ8A 5D2WA 3W87A 4BFAA 3QMRA 1A5CA 1LOSA 3W07A 3W1MA 4I7VA 1K3UA 2F7FA 3DHDA 2DZSA 4MJZA 1XBXA 3SSJA 4Y96A 4CNNA 1I2OA 3OA3A 1RZMA 4ZMGA 2BSLA 2CU0A 5H91A 4PEKA 3N9SA 2WV8A 2WSYA 2Z2UA 1O60A 4DEFA 1ICSA 4HHPA 2X1TA 3S5ZA 5TBOA 1BKSA 2ISWA 4LRSA 3EX3A 4JTTA 1EX5A 5FF2A 3CWNA 4O53A 5D38A 2X30A 3FEMA 4O17A 1R2RA 5G2WA 4UFHA 4FX7A 5LHEA 3L67A 3N19B 2CW6A 5F1VA 4QISA 3C2FA 3F4NA 3TAOA 1XM3A 3RF9A 3MO7A 3S0CA 3DI0A 5AHMA 1EEPA 1IIGA 1OHLA 4YLWA 2PC4A 4M6VA 2Y6ZA 5EA9A 4XBSA 3MP3A 4UTUA 1A5BA 2C6QA 4O1DA 3QMTA 2I14A 2ZQ0A 1R46A 3KVMA 2BXVA 3NNTA 3TNOA 4TX9A 3TW7A 1TO3A 3TE9A 3W1PA 4DF0A 1JULA 3BG3A 4KFPA 3ELFA 4K38A 3C0JA 2E09A 4QQ3A 2TMDA 3I7QA 2G96A 2GVLA 3BLIA 4HIBA 4PFMA 4N2YA 2HMCA 3LTSA 3EX1A 1SO4A 5K9XA 2O7SA 1JCMP 3EKLA 3S5OA 2H8XA 3HG3A 4XUGA 2EHHA 1TQJA 4K39A 1OFDA 3LERA 3UPWA 2YYUA 1QR7A 2B7PA 1GVSA 3NQ2A 2GQ9A 2BZNA 4AB4A 3C4UA 2NZLA 5FEXA 3PM6A 5L6UA 5BMXA 5HR6A 2FPTA 2YPIA 3KRSA 5DCEA 5AC7A 1WA3A 4MJMA 4BI5A 1G7UA 1TTPA 4KWWA 1Q3NA 1WXJA 3GIYA 1OFQA 2Y85A 3DFQA 3L0KA 5FESA 1FWWA 3P82A 2YFOA 4YWIA 3A9IA 4FX8A 4O0ZA 4O10A 4PL1A 2P1FA 4CCCA 1LBFA 3NGJA 5DBUA 5CPNA 4MFEA 5FF0A 2HSAA 1LRQA 1Y0EA 3M44A 1G69A 1W5QA 4A3UA 4GWEA 1JUKA 1IGSA 3WK1A 3P61A 3L0NA 1OFOA 3ATZA 2C19A 1H7PA 4JICA 4M5PA 5KZEA 4UNKA 4NX0A 1OG0A 5AHNA 3QYQA 3CPRA 4TMCA 3O05A 3RFAA 2J27A 4CLMA 4H3DA 3DHFA 3PF3A 3A5VA 4RXGA 4GUIA 3PSVA 1G67A 2GOUA 1TPEA 1PHQA 3TIMA 2XN1A 4A22A 3EX2A 3W2LA 4DPQA 3R89A 4IMGA 1TV5A 2C1HA 2J24A 1ICQA 3GNDA 4MLJA 3NQ7A 3QJAA 1H5YA 1AG1O 1ZAIA 4E2DA 3DKJA 3W7GA 1F74A 2ISVA 4WOZA 1ME8A 2C18A 4UTWA 3EKZA 3LHYA 1XBVA 5MHBA 1L6SA 5D33A 3LLFA 2FDSA 4JS3A 3LBCA 3A21A 1WBHA 3E96A 3TJLA 1PL9A 3U6WA 1KFLA 4NNAA 1VRDA 2NX1A 4O54A 3KVKA 3W7IA 4ORIA 2R8WA 3UXAA 1H1ZA 1D3GA 3MJYA 2A6NA 3O15A 5DBTA 3CIXA 4GRSA 4MYAA 2PCQA 4Y9AA 4OBTA 1GWJA 3OEXA 4POCA 5TIMA 3EWZA 5HUOA 1N55A 4A2RA 3W1TA 1PE1A 5AC6A 1G4EA 4Y90A 3LHWA 3BG5A 3TW6A 4QIUA 2Y88A 2E5DA 3W7EA 4O15A 2YR1A 3W2NA 1XDMA 3L9CA 3QMSA 3TQVA 3C2EA 1EPXA 1KM0A 4UTLA 1JCJA 1NF0A 2V2HA 1FCVA 4NZFA 1OYBA 1V5XA 2VEMA 4WOQA 4OT7A 1K03A 1KFJA 4YMZA 4M19A 1VCVA 3DU0A 1MEHA 4Y8FA 3L5LA 3W2MA 1W5MA 3BV4A 2VFDA 4FO4A 3NQAA 3W7OA 1H51A 1ICPA 3A5FA 3SGZA 5K2ZA 5AN7A 4AH7A 4UR7A 4RZ4A 2JKPA 4AHOA 2DJLA 5D09A 1A50A 1LBMA 3ANYA 3UD6A 3TROA 2YW4A 3QQ0A 3W6YA 3PB2A 2JK2A 5EY5A 1GVRA 3B04A 3N3MA 1XBZA 1DQXA 3SFKA 1GYLA 1G4TA 5A5WA 1TYGA 3CT7A 1SFJA 3DFOA 3LCWA 3HGJA 3TJXA 2NWRA 1JCNA 4RZ6A 3SECA 3MWAA 2C14A 3GK0A 3IIXA 4OWGA 1QCWA 1UBSA 2TSYA 3FA5A 1W31A 3W1UA 4DO6A 3TKFA 4JTHA 1LCOA 4Q33A 3LI0A 2OT1A 2H8ZA 3NPVA 3NQEA 3UWQA 3LHUA 4LV9A 3NQMA 4NX5A 2Q3RA 3LOTA 1Q6RA 3KVLA 2FPYA 4JY8A 5G1TA 3K30A 1DJNA 3N2XA 3G8EA 2VFIA 2X1UA 3IGSA 3STEA 5HJLA 3P81A 1ZJIA 4IQLA 2CZ5A 4GC4A 4HNVA 3LCXA 3UQNA 3S1UA 3SJ3A 1ADOA 1L2UA 3HMJG 1IXNA 4O1AA 5CPMA 2NXIA 4AHPA 4BWLC 4DXVA 2Y7DA 4OE7A 2QCCA 3W7NA 4DO4A 1K8YA 1OF8A 5KSWA 4WY0F 3BW3A 5CG7A 1IF2A 4LNYA 2ZRXA 3TXZA 2EPHA 5DY2A 1DV7A 1OYAA 1C9DA 1JRBA 3GXTA 2ZRWA 2HS6A 3VCRA 4HSNA 3L5AA 1B4KA 4BF9A 3LHZA 2AGKA 5D03A 3NL5A 4O1CA 3UWYA 1XC4A 5BOOA 1O5XA 3N34A 4MVAA 1FUYA 1LDCA 2E6FA 2VELA 1GTHA 2DZPA 2D73A 1BEUA 4RX0A 3L21A 4BI7A 3P80A 3I7RA 3EWYA 5KZMA 4UIOA 1NFBA 2WPBA 4FXRA 1OX6A 1BWLA 4OV4A 1VR6A 1P5BA 4EVZA 4AHQA 4XKYA 1PS9A 3IIOA 3LXCA 3P7YA 2QCGA 4MZ1A 5CPLA 1VCFA 5TQLA 1KM5A 2I1OA 2VOMA 2X2GA 3NVTA 3DFSA 4ADSA 2QUVA 2FFCA 4NNCA 1ZNNA 2QCLA 3NA8A 4JTEA 2C16A 3GXPA 2PRLA 1WOBA 2FB3A 3NPXA 4YCPA 4IJBA 3G3DA 4UFIA 3OVPA 3B06A 2ZZ1A 3THAA 4FNTA 1GZGA 2CZDA 4LRTA 1OX4A 5K3VA 1UASA 4LWWA 1EP2A 1XI3A 2AQWA 1FCQA 4GUHA 1KM6A 1TTJA 3F1QA 4HPXA 1K8XA 4JN6A 4LW7A 1ZY9A 5J5DA 1X6UA 3SR7A 3CB8A 4ZZ9A 1FDYA 1QNVA 3CWOX 3IGUA 2I9EA 2ZA3A 2YFNA 2NV1A 1J5TA 2QJGA 1A5AA 4ZQOA 1YTKA 4K8HA 1JCLA 3O16A 3W7PA 2NV2A 1GPWA 2YSWA 1ZAJA 5DXXA 3NOEA 2E68A 5EYWA 1L6WA 5DCDA 1HG3A 2YGYA 5LNSA 3LBMA 5AHIA 1GJPA 1VJIA 5J5RA 2ZFAA 2AAMA 4LY8A 2E5CA 4S2CA 1PHWA 3W7HA 1FWTA 3WJYA 2OMAA 3BVJA 4MY9A 4H6KA 1J4EA 4N6EA 1YXDA 3W84A 1SW0A 3GXNA 5DCBA 5F4SA 2ZZ2A 1GG1A 3LHTA 1FX6A 2V5LA 1DORA 5EPDA 1SU5A 1G6CA 1XCFA 1F7BA 4UTIA 1LM1A 2FTPA 3V1PA 1YLVA 3O6DA 3S1XA 2CWNA 4JTUA 3BGJA 3HF3A 2XFWA 2C0AA 3TK7A 2FIQA 4A21A 2Y62A 1OJXA 1SO3A 5K4XA 4HPJA 5CPOA 3SGUA 4JYDA 3SI9A 3BGGA 2HTMA 1X8FA 5U7SA 3LCGA 4NJGA 2YZRA 1I45A 2OX1A 2QKFA 3GZ3A 2EKCA 3P74A 4JXCA 3UNDA 5D37A 4NU7A 2GVJA 1RVGA 3ABRA 4WX2A 1VQTA 3O63A 3QH2A 4QJ1A 2QR6A 2QJHA 2CLFA 3HPSA 5D2YA 4JR5A 4M7TA 3C2OA 1KFEA 2B4GA 2WNQA 2Y89A 1TCDA 3G3MA 4AF0B 4C1LA 3QW3A 4R34A 4Z1BA 3G1XA 3W1RA 4UMCA 3HOJA 4WXYA 4Z08A 3NQ8A 2NX3A 5LSMA 3N9RA 1EWDA 4DBDA 1OVDA 1M6JA 3KFTA 1TPDA 5HWMA 3PBUA 1X1OA 5AHLA 1GG0A 4UTTC 1R47A 3D0CA 2C13A 2C15A 4YL2A 3NQCA 1K02A 3CC1A 1DQWA 3SIZA 5CZTA 1P1XA 1C29A 2GJNA 3LB0A 3LGEA 1KV5A 1YDOA 1ME7A 3QPYA 1L6YA 3GLCA 5FF3A 2A5HA 2QCMA 1LP6A 1KFCA 2Z6JA 1DHPA 5DXYA 2FLIA 2NWSA 4IMCA 3AO0A 1I4NA 2LLEA 1LLWA 3MI3A 1JCYA 2JBMA 4FX6M 3B05A 4N9DA 1W8SA 3C2RA 4PA8A 4Z0SA 3DFPA 5F4WA 3EX6A 2DU2A 4RZ5A 2VENA 4MZYA 2DZVA 1W54A 3M9YA 2VFEA 4NJIA 3G1DA 3NQDA 5HR7A 1M7PA 1RD5A 2ZBTA 3MMTA 5HNRA 2V2DA 4UTJA 1OFAA 2H3BA 1EP1A 4QNWA 2OZ0A 1W5OA 1ZFJA 4K7YA 1Z44A 3UZ5A 4Z1CA 2Q3OA 1R2TA 2CLIA 3IVUA 4LVAA 2ZCGA 1UB3A 4XWUA 3HJZA 4UUIA 1OFRA 3MP5A 3LXBA 4NJKA 1XFBA 3PSWA 3P8IA 2VEPA 1QOQA 3LXAA 5ABTA 3I6RA 3DGRA 1VYRA 2QCNA 3BO9A 1T96A 3I65A 3W7RA 1MEIA 4EOUA 1SZEA 3HO8A 5LNVA 1H63A 2O7QA 3V75A 2H90A 3W74A 1P0NA 3NL6A 1TPFA 1JRCA 1I2NA 4JTGA 3WJWA 3YPIA 2E1DA 4JTLA 4P2VA 3QEZA 4MYXA 4X2RA 4RJEA 1C8VA 3E49A 1W1ZA 1RPXA 3W9ZA 4QM1A 1GOXA 2QCDB 1EUAA 2A7RA 5FF7A 1NVMA 2QCEA 3EWBX 4PTNA 2UV8G 4JIPA 4A29A 5G1YA 2PURA 4IMDA 1HTIA 3G18A 4MLRA 2QAFA 3T44A 1Q6QA 3MI2A 3C56A 1OX5A 3WJXA 1YDNA 3GNNA 4ALDA 3KHJA 3QFEA 5G4EA 1YXYA 2FB2A 1TTQA 2QJIA 1KA9F 2QF7A 3W76A 5G2IA 4R53A 4LS2A 1SW7A 4ZQNA 4IWWA 2VKZG 4FNRA 1K8ZA 3ZFHA 2PE4A 4LV4A 4JX5A 3UWWA 4HN4A 1HFBA 3LHVA 4HSOA 3LM7A 4UXDA 4JX6A 4FB7A 1WQ5A 3HPZA 5BW6A 4K7VA 5D2XA 1JQVA 1H7XA 3R5EA 3NQVA 1DBTA 4ADUA 5GVJA 2Y7FA 4LU0A 1TPB1 1KTCA 4AF0A 3T40A 2ZRUA 1TJPA 3KOFA 3S1VA 3NPUA 4ZQPA 2FJKA 3NG3A 4ICNA 3Q58A 3S8HA 4AEOA 3W7KA 4O18A 3CLMA 1SO6A 1LBLA 3IVTA 1GT8A 3BG9A 6ALDA 3OBKA 1L9WA 2VFHA 3NM1A 3MI6A 5LNUA 1UJPA 1OFPA 4MOZA 3CU2A 5I3KA 1F6KA 1DJQA 3C61A 1DKWA 1FDZA 1B57A 1KM3A 3TXVA 4IMFA 4CQ8A 4J9JA 5FEZA 5LGXA 4DPPA 4IOTA 1G4SA 3QRHA 4JTJA 5CSRA 5HWNA 1WAUA 3BPWA 1BTMA 3P5YA 3GR8A 3NQ6A 1NF7A 1TRIA 4UMBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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