4YL2A

Aerococcus viridans l-lactate oxidase y191f mutant
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
YNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHATKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKGDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVFPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAAHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKAGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Speeding up the product release: a second-sphere contribution from Tyr191 to the reactivity of l-lactate oxidase revealed in crystallographic and kinetic studies of site-directed variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aerococcus viridans
total genus 139
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4yl2A00
1K7XA 2E5DA 1TYGA 1KM1A 2B7QA 1EP3A 5CSSA 3FA5A 4X9SA 2ZA1A 1W3TA 1YDNA 2FB2A 3WJWA 3QSTA 3VCRA 3F03K 3BVJA 3WK3A 4MZ8A 3PSWA 3W7IA 1S5VA 4QITA 3W1PA 3W23A 3ABOA 1QDSA 3PVFA 4A22A 4OQVA 3UXDA 3BPWA 3HOJA 4AXKA 1VQTA 3DFQA 2DZTA 4LC8A 3SI9A 3CU2A 2NUWA 1IIHA 3V1PA 3NPXA 4K39A 4M6QA 3C2VA 5DXXA 4OT7A 3NL6A 3LM7A 4JTTA 1OF6A 4NNCA 5I3KA 1OX4A 3QEZA 5F4SA 3L5AA 1UUOA 1ADOA 3TSBA 5CPOA 1FUYA 3Q94A 2DZXA 5CZJA 5IM51 3O1NA 5G2IA 4HSNA 1U83A 4GC4A 3LDVA 1OX5A 3UWZA 3SIZA 4M6PA 2NZLA 3P80A 4RJEA 3KVJA 5K9DA 1VGAA 4MY1A 1IXQA 3QW4B 3R8RA 4KKXA 2EAWA 3G1XA 2Q8ZA 1FWSA 4IJBA 1VLIA 2QUVA 4GUJA 4FNTA 4RR4A 1FX6A 4XKYB 2FDSA 2FQIA 4XBKA 3ABSA 2WJZA 2QDGA 1GVSA 3TFXA 3JRKA 3W3OA 2A4AA 1TV7A 3BW2A 3NQAA 4IQLA 5BMWA 4HNVA 2ZTKA 1FDZA 3NQGA 5MHBA 4IMFA 3P67A 1JCJA 5G1TA 2ISWA 3RNDA 1VCFA 3INPA 4P61A 3QSRA 3TR2A 2ZFAA 4EIVA 1W5QA 5E93A 5AYXA 3W7NA 4H4IA 5K2ZA 1LDCA 5KZEA 1PCWA 1VYPX 3HIJA 4FXRA 2FPVA 2JBMA 4HSOA 2J6XA 4JYFA 1PE1A 1GT8A 3A23A 3MP4A 4FNSA 2D73A 2YR1A 4X2RA 3W75A 4M6VA 2QCEA 2WSQA 3C2EA 2B0MA 4BWLC 5AB3A 2BSLA 3QPYA 5C2XA 3DU0A 3W76A 5AN7A 1LRQA 3E12A 1IXNA 3GXNA 1DBTA 4UTMA 1H7OA 2PCQA 3E96A 4TMBA 4LVGA 3M6YA 3TC7A 2H3DA 2GVJA 3C61A 1OYCA 4NXKA 2ZRWA 3I7SA 4NNAA 1GPWA 3TMLA 5LNRA 3T7VA 2YX0A 1WQ5A 1ME9A 2OT0A 5HULA 1AG1O 2VOMA 1UB3A 4BI7A 3W7RA 3G1SA 2C15A 1K8ZA 1XXXA 3W1LA 1L2UA 3P7YA 1ZHAA 3S8HA 3IIOA 1KM5A 4HKPA 3UPBA 5DCDA 5LHEA 1DHPA 2X2GA 2QCDB 1N8FA 4LC6A 1O95A 1X8FA 1LRNA 3N34A 4QNWA 1K03A 4ADSA 3L0GA 3QQ1A 4ZQMA 2DZVA 4JX4A 4RXFA 1PHQA 1M7PA 3MI3A 1KBIA 2ZRZA 2E1DA 4EF9A 5DY2A 4JICA 1QOPA 3S1VA 1H7PA 3W7DA 3P81A 3S5YA 1TPH1 1TJPA 3UWWA 1Q6OA 2FIQA 3SR7A 3W7QA 1JCMP 2QCNA 1DKWA 4M19A 3HPSA 2R14A 5K3VA 4X3ZA 5E0KA 2BXVA 2JKAA 2W79A 3O15A 2CLHA 2QCFA 5AHEA 1D3HA 3G3MA 1G4EA 4O16A 1G67A 4Y8FA 4IX2A 2ZA3A 4NVTA 1N55A 4UTUA 1MEHA 2E6AA 3G0XA 3FJLA 2CLEA 4O17A 2ZRXA 2P0OA 4RZ5A 5G5IA 1QPOA 3L9CA 4LS2A 1LM1A 1DJNA 4K36A 3TE9A 3P60A 1TPUA 1EWEA 2XN2A 1W5PA 4YXGA 4AHQA 3HGSA 3G1DA 4JYEA 4UFJA 5E1QA 1GZGA 3I65A 4N6EA 2I9EA 5D2VA 3PG9A 3M5YA 5AFDA 3GDRA 2NV1A 5FF2A 3BG3A 1TRIA 3HJZA 1KFBA 5F1VA 3V75A 4X22A 5CZ0A 4BF9A 3EWBX 3ZWTA 2ZZ4A 1JCYA 3PB2A 3P84A 2C1HA 3NZ1A 4W9TA 4DEFA 4CNPA 3STFA 4ZL1A 2YFNA 2VENA 3W84A 3PC0A 1T96A 4QSHA 1PHWA 3N2XA 4A2RA 5EBUA 3NQDA 3PB0A 2VXNA 4JTLA 3W1RA 5IBXA 2PRMA 3NO5A 4MY9A 1SZNA 2HSAA 3LTYA 2OZ0A 1JCNA 3LRKA 3LGEA 4Y96A 4XUGA 4WJEA 2DZUA 1G7VA 2WNZA 3S42A 3G0SA 3L5LA 3TU9A 3WJYA 5KZDA 4UNKA 1RZMA 3OIXA 3CPRA 3C52A 3FYPA 4IPJA 1Z44A 3I68A 2FJKA 1JCLA 3RLUA 1K7EA 2CLIA 2WKJA 1LOSA 1P5BA 4GE8A 5AC8A 1JULA 4GUFA 4MOZA 5T26A 2GOUA 5LNVA 1YXDA 2CW6A 5F4WA 3W2KA 4LRTA 2ZRYA 1OFAA 4R34A 5BMXA 1MXSA 4P2VA 4O52A 1H5YA 5A5WA 4K6AA 4N9CA 3T78A 2YZRA 3P8JA 4MJZA 2OX1A 3B05A 3W1MA 3EWYA 3IGXA 1DL3A 2QAPA 3DAQA 4JN6A 2ZA2A 1GYNA 4Z0JA 3C56A 4LS0A 4S2CA 5AHFA 4FIQA 4JY8A 1MO0A 5F1UA 1KFKA 3PR2A 1H63A 3MYPA 4G1KA 5LKYA 1XBZA 3IIVA 4XKYA 4OWGA 2DORA 4U28A 4ZVJA 2V2HA 3GAKA 1PCKA 3M44A 4N6FA 3SGUA 3QPZA 5CPMA 1OFDA 1D3GA 4GUHA 4LY8A 2ZZ6A 2NXGA 4MFEA 1H7RA 3IIZA 4DPQA 3EWUA 4HHPA 5EKYA 5DBTA 3JS3A 3FKRA 3S1UA 1QNVA 2J27A 4NQ1A 3LV6A 3VFLA 1H50A 1WYIA 2CLMA 3PBWA 4GUGA 1W1ZA 2C0AA 5EYWA 3PSVA 1GVRA 4O12A 1QMLA 4M7TA 4YLWA 3KXQA 1JUKA 1VC4A 4XTIA 4ZQRA 1GYLA 3UXAA 3DBPA 3O8AA 4NJIA 4Z1BA 4ADTA 2A5HA 2OMAA 2FLIA 1KLYA 1W5OA 3LCLA 2QJHA 5CZSA 4CLMA 4UCGA 1OK4A 4YL2A 1OK6A 2QCCA 3L68A 3MBFA 3W74A 3M7WA 1WX0A 3TMQA 2ZBTA 4NX0A 3GKAA 1A5BA 3NL3A 1V5XA 4LV4A 1O5XA 1JCXA 5IBXC 2Z2UA 3FIGA 5TBOA 3P62A 5KSWA 3NOEA 1VPXA 3M9YA 3THQA 2OT1A 2VELA 4I9AA 3UY7A 4MZ1A 3U8GA 3GLCA 4LU0A 4TO8A 5G4WA 3W83A 3FYOA 2Z0IA 2WNQA 1LBLA 3STCA 1BTMA 1UASA 2H90A 4MPQA 4AAJA 3CB8A 1SSDA 4UTKA 3N73A 1MEWA 3O6CA 1YLVA 3BGJA 4QQ3A 3U6WA 1QAPA 1QPQA 1SO4A 4JTSA 1W0MA 2QCDA 4I7WA 1OYBA 1VZWA 4YCOA 1QPNA 5FEXA 4C1KA 1DQXA 1X1OA 2AAMA 3G22A 2E6YA 1TTPA 4IGHA 4IOTA 3TH6A 2P1FA 3LCFA 1OFEA 3K30A 3TAKA 1VRDA 5KINA 3PY2A 3C6CA 2J9XA 1XUZA 3L5MA 3LB0A 4JTIA 4O14A 4PCFA 2XN0A 3NPVA 3W72A 2I1OA 1XBXA 3QYQA 3LV5A 3I6RA 5A8GA 4QAIA 1OG0A 4FX6M 1C9DA 1HG3A 2QF7A 3QRHA 5D32A 2ABBA 5K7JA 3N3MA 3UNDA 3HG3A 1L9WA 5CSRA 1EEPA 1Q6RA 1FQ0A 3R2GA 1RR2A 2QJGA 1A5SA 4JTGA 2NLIA 3HG5A 3LX9A 3UQNA 3MWAA 1GG1A 1XKYA 2A0NA 1XBYA 3IRDA 4KFNA 2JKEA 2ZZ5A 4LUIA 3NL5A 4Y9AA 4M5PA 3MJYA 1ZAJA 1I8JA 1XI3A 2NX9A 3CQ0A 1FDJA 4DXVA 1AL8A 4O1DA 5F2IA 2ZRVA 4N9BA 4Z1CA 4RZ6A 3BLFA 2IQTA 1KM3A 4K8HA 3KOFA 3W7CA 4DF1A 4BWLA 3P8IA 3GVGA 2VFEA 3TFCA 4JTHA 1EX5A 1FY6A 2B4GA 1EWDA 3DFPA 1D9EA 1AW2A 2E77A 3STEA 2DP3A 3NL2A 3TSMA 2GJLA 1KFJA 1I2QA 1YADA 1TB3A 7TIMA 3CM4A 3C2OA 2A6NA 1GVOA 2QCMA 2X30A 2RH9A 3KRZA 3OVQA 1TMHA 3GXPA 2NUYA 5CG7A 4JEQA 3Q58A 2NV2A 3HB9A 4GFSA 2EGZA 1U5JA 1SZFA 5LHFA 3CLMA 5CPLA 5KTLA 1YTKA 3B8DA 1K8XA 4HPXA 3MI6A 1H51A 1TCDA 3W70A 4MFDA 3S0CA 1GTHA 4UFKA 2G5WA 2X16A 3S1WA 5FEZA 4KWVA 1ICSA 4O19A 1B4KA 3GYEA 4JIPA 1I45A 1B9BA 2VFHA 2WNNA 2GVLA 5AHNA 2NXIA 3NVTA 3C0JA 3ELFA 4Q4KA 1I4NA 3CHVA 2E5BA 5HUOA 4AWTA 5FESA 5L6UA 1ML1A 2H8ZA 1VYSX 3CEUA 1W31A 4Y6GA 3PF3A 4L4LA 2CWNA 3UWVA 1TREA 3GNDA 1WOBA 1OX6A 2A7NA 5G4EA 3DZ1A 3I7RA 4JNMA 3LBMA 2G97A 5EMUA 4NJKA 1TPB1 3NPUA 1K3UA 4JTUA 3PUDA 3MBDA 3H55A 1FCQA 3U2OA 4UTHA 3B0UX 1YYAA 2Y7DA 4GXMA 4OGZA 1ZFJA 1TQXA 4NZJA 4Z08A 2H8XA 4O1CA 3N9RA 4K7VA 4A3UA 4IXHA 3KAOA 5LSMA 2BX7A 3T40A 1LP6A 5K4XA 1EUNA 4AVFA 1VH7A 1ZY9A 2TPSA 3GNNA 4MLJA 5LGXA 3PBYA 4O18A 3M5XA 3WK2A 1XM3A 3GIYA 3QMRA 2A1YA 1VHCA 4UIOA 2ISVA 2X1TA 2E6FA 4IWWA 4MLRA 4MVAA 4PH6A 4Z1DA 4D2JA 1K8YA 3T4CA 4L4MA 2C16A 4XWUA 4IX0A 4N4PA 3CIXA 3HPXA 4MYAA 3DHFA 3PUEA 3LHZA 4ZQPA 4AF0B 4O11A 3CTLA 3NAVA 3W7GA 1M6JA 4GBUA 2C19A 1QR7A 1DV7A 2NXHA 4XTDA 4AB4A 1OFQA 4PA8A 3LHVA 8TIMA 1UBSA 1YTEA 2Y7FA 1GVFA 4FEZA 3THAA 1I2NA 3QJAA 4PC8A 4ZQNA 4ORIA 4OHQA 4DQWA 1NAL1 5HWJA 3B4UA 3TK7A 1L6YA 2ABAA 3EWWA 1BEUA 1F5ZA 2GQ8A 3CT7A 3HG4A 3W1QA 3I7QA 1QFEA 2QJIA 1IGSA 1I2RA 3ANYA 1YPIA 1W5MA 4FNPA 3UD6A 2Z1BA 3ABQA 1C29A 3A9IA 4Z0SA 4DO5A 3EX3A 1TIMA 1TPVA 3C4UA 5I3HA 3GZ3A 4O8RA 4AHOA 2XN1A 1UUMA 5LZLA 1WXJA 3EKLA 4GWEA 4UMBA 1KFCA 1Q45A 4FNQA 4LUJA 1JRBA 2FPYA 2RKXA 1R2SA 3PBUA 1NVMA 1TTIA 3W1NA 3AO0A 3WJXA 2PC4A 4POCA 1AL7A 2HMCA 1C8VA 1V7YA 5FEWA 2NX1A 3OVRA 1KTBA 3UZ5A 1FDYA 5G2HA 3E9AA 4S2BA 5D05A 1H7XA 3EX6A 3TAOA 3W1XA 3MHUA 3W86A 5BW6A 4UTLA 3CC1A 1IF2A 4LS1A 4WOQA 1ME8A 1FXQA 1FWNA 4E38A 1KFEA 2YPIA 3LI0A 3LCHA 2ZZ3A 5AHMA 1ZENA 1M5WA 3E49A 1SO6A 3LCIA 1YDOA 3OEXA 5D04C 1ZCOA 3CIWA 4CCCA 3W1AA 2PURA 3G1VA 1E51A 4NX5A 3IEBA 5K4ZA 4RK8A 1KW1A 4O1AA 1RQEA 3PAJA 3OVPA 5GVJA 1W5NA 3UWQA 1W3IA 4FIRA 3VE7A 1O60A 1DOSA 4PFMA 3GK0A 2E09A 4J9JA 3DKJA 3LCGA 3TW7A 4RV8A 4JX6A 1XUUA 3NPWA 5C55A 2QUTA 4EWND 4WX2A 1RPXA 2BLEA 4NJHA 1SSGA 4HN4A 1ICPA 2F7FA 2YSWA 4UTIA 4ICNA 1DQWA 1TPEA 1RQBA 3KRUA 4NJJA 1TJRA 1THFD 3FS2A 3QW3A 1F05A 3ZWSA 4TMCA 4NT0A 3QM3A 4R53A 1H62A 3L0NA 4BR1A 4JYDA 3O06A 3RF9A 5D2YA 1M7OA 3MYOA 1K02A 1Z48A 3AJXA 3M16A 1XDLA 3P61A 2R91A 2Y7GA 3DFTA 5K9CA 1KM6A 1R2TA 1HFBA 2ALDA 4DF2A 5U4NA 3YPIA 1TPFA 2Y85A 4PTNA 1F6KA 1KFLA 1HO4A 1LZOA 3W1UA 5C6MA 5DCEA 2YYUA 4JY9A 5K9XA 2J24A 2QCLA 3DH7A 4AWUA 4FXSA 3WK0A 2V5BA 3G1HA 3PULA 2WV8A 3CEPA 2J88A 2VEPA 1JUEA 2X1RA 3O05A 1AW1A 1QPRA 4JTKA 1NF0A 5J5DA 3ATZA 2FFCA 4E0CA 1OHLA 3HG2A 1SUXA 2QCGA 4LRSA 4NU7A 4UR7A 4GUIA 1KA9F 3DENA 3GDLA 5G2WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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