4YN5 | Genus

Total Genus 146

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	146
sequence length	391
structure length	391
Chain Sequence	IPKDSEGQSFKLVDSNASTLTKSLYAYLQDTSGRQILFGHQHAVDEGLTLTNSGDRVGSTQSEVKNAVGDYPAIFGWDTLSLDGYEKPGNEKNSQAQNRANVVQSMRTVHELGGIIALSMHPENFVTGNQYNDTSGDVVKNILPDGSHHEVFNAWLDNIAAFAHELTDQSTGELIPVIFRPFHEQNGGWFWWGAQTTTASEYKALYRYTVDYLRDVKGVNNFLYAFSPNAPFDGNLTQYLRTYPGDQYVDIFGLDQYDNKANAGQATFLNGLTQDLAMISKLADEKGKIAAFTEYGYSPQGFNETGNYLQWYTAVLEAIKKDPNASRIAYMQTWANFGYPTNMFVPYRDVNGNLGGDHELLPNFVEFYEDDYAAFLTEASGWNLYQDISTI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__099139316042083__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__099139316042083__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4YN5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__099139316042083__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"099139316042083","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4YN5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__099139316042083__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. jamb750
publication title	Crystal structure of Bacillus sp. JAMB-750 GH26 Endo-beta-1,4-mannanase rcsb
molecule keywords	Mannan endo-1,4-beta-mannosidase
total genus	146
structure length	391
sequence length	391
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4yn5A00

3ARVA 2WZHA 1H09A 1G94A 4TX6A 1C8XA 2O9TA 4F79A 2W63A 4TXEA 1YQ2A 1QHZA 2PF0A 5E70A 2WSKA 3MUZ1 4MNLA 1QHOA 2XFRA 2BVTA 5A6MA 2PBGA 2D22A 2ZXQA 3N1AA 1HJVA 3RIKA 5A3HA 4WIWA 3M07A 2PWFA 3AHVA 3THDA 3QR3A 3UERA 3ARUA 1MQPA 1R7AA 3ZJ7A 7A3HA 3VOCA 3VNZA 3WH8A 1ZJAA 5I5RA 2XSAA 1UD4A 4OOUA 4WF7A 2VZTA 1PX4A 4J3VA 2NSXA 1XV8A 3PZUA 1M04A 3VGHA 2ZUNA 2XM1A 3CUGA 4MTVA 2VJXA 3L4WA 2PB1A 5ABEA 2BHYA 1ODZA 4PTWA 3SEPA 2VVNA 4W84A 7TAAA 3GM8A 1EGZA 2IXUA 1B3WA 4D72A 1NWRA 4KGJA 2Y8KA 2YL6A 3GH5A 3U5YA 3PTKA 4UR9A 4A4AA 1UA3A 5AC5A 3WBEA 3WDPP 3AIQA 4ATDA 1EDTA 3PN8A 3AZSA 5CGTA 1CGYA 4LYPA 3KZSA 3BAXA 3BH4A 4B15A 3VVGA 1I75A 1JG9A 5CSUA 3SCSA 1QNSA 5I23A 1PX3A 1EOKA 4CVWA 4AXNA 3GNRA 1XH2A 4Z2KA 2J74A 1MFVA 1TVNA 1QNRA 3DECA 4PSRA 4U5IA 1I1XA 5A8OA 1MVYA 4D6IA 3A47A 4X0VA 2OWXA 8A3HA 1EA9C 5FD0A 1ZJBA 1UOKA 4FLQA 4W8AA 3QHMA 3AICA 4NZCA 2PC8A 2X8RA 4PMYA 3AHTA 1TA3B 5A8QA 1BLIA 1OGGA 1BYBA 2XVNA 1J0HA 3AISA 5I6SA 1AQMA 2Y5EA 1ZS2A 1R8LA 3WH7A 4OIFA 1KBKA 4AW7A 4CCDA 1BYDA 2WAGA 2OWWA 2XWDA 3VIOA 5I77A 3K46A 4JHOA 4H7VA 3ZQ9A 4CD5A 4JZ5A 1KQZA 5IHSA 1K9EA 3GXIA 2VUYA 6CGTA 5FCZA 2VX4A 3AHXA 3WSUA 2DSVA 4M29A 1JL8A 3I3DA 2J7EA 3IJ7A 4F9JA 2WVVA 1VBUA 1V6YA 4CN1A 1JXKA 2BXYA 2ZOXA 1HF6A 1XCWA 3VIJA 5A95A 3ZJKA 2CHOA 1GQJA 3DHUA 3WQ8A 1SMAA 6TAAA 3SURA 1GHRA 3K4DA 5JBDA 1GQKA 1XD0A 4EK7A 3SCRA 2WMGA 1EQCA 2J7BA 1WNOA 2A3AA 2QLYA 1MQQA 3WN6A 4MB4A 9CGTA 2WYSA 4P8VA 2ZIDA 4OBRA 3PZOA 3VMNA 1W9PA 1B2YA 1NOWA 3T2OA 2YL9A 1TR1A 1AQ0A 2AMGA 4DWSB 4MNJA 4UOQA 1OSEA 4PMOA 1NH6A 3PHAA 1EOMA 1FFRA 1UHVA 4LGXA 4W8BA 2D2OA 1BG9A 4AWEA 3WENA 3ALFA 3WFZA 2DH3A 2X05A 4AD3A 2NT1A 1VJSA 3AZTA 3RJXA 2YLAA 4J3SA 4PMVA 1Q4NX 4PTXA 1UZ4A 2VO5A 2XVPA 4K68A 2O9RA 3UETA 5I79A 4CD7A 1LL4A 1JYXA 1KR1A 4U2ZA 1UR2A 5FIPA 4D6GA 4CD4A 3PTMA 3KE0A 1FA2A 1QNQA 4GO8A 3I3EA 1H1NA 1C92A 3A6OA 1CEOA 2B31A 3T2QA 1RPKA 4AYSA 2VCAA 4JFTA 1EQPA 4LXFA 5DEZA 2VTFA 3BAIA 1JAEA 1NOFA 1EDGA 4FLSA 3AFBA 3B9AA 1Q6DA 1BPLB 1OIFA 4E8DA 3OB8A 1JAKA 4FF5A 3W25A 5CQ1A 3FAXA 4FLRA 4J3XA 4UFIA 2WCAA 1JD7A 2E8ZA 2J7GA 1W2VA 3WUEA 4CVUA 2DSKA 3D5HA 1GOKA 4HZ7A 5DO8A 2FDMA 3PBGA 1I1WA 3MSDA 3F5LA 4P8XA 5GNYA 3W82A 3ZT7A 1O7AA 5AC4A 5CLWA 1V3LA 4AZIA 1D2KA 4WK9A 1Q6EA 1BYAA 3EMQA 4IPLA 4WSKA 4ACZA 4UFKA 4V27A 4UZUA 3WUBA 4TVDA 3VIPA 2J62A 3AIRA 4JIEA 1OIMA 3BSGA 3VU2A 5JIWA 4HZ6A 5BYWA 3WIJA 2BXZA 1UWRA 3BCDA 1VRXA 4E4PA 1GPFA 3UR8A 4WKAA 4YPJA 1VB9A 1GZJA 4ML4A 3ARZA 8CGTA 3OGRA 5ABGA 1XYFA 2AOSA 4HZ8A 2GUYA 4CU7A 4UQCA 4D6EA 3APGA 4PMNA 1FFQA 3GDBA 5A8PA 3POCA 2EJ1A 4R27A 1B31A 3MSGA 5I2UA 1RH9A 1XH0A 4DM1A 2WK2A 2D3LA 2X0HA 5D9OA 3BLKA 3CHCA 1NQ6A 3U5UA 2DPEA 1M01A 4EANA 1GCYA 4C7DA 4YN5A 1MWOA 4W87A 2EQDA 4JFWA 2J25A 1CBGA 1UR4A 4W85A 5AYBA 3N13A 2XGIA 4RE4A 2XIIA 3K1DA 2CYGA 1J12A 2YLLA 2DGAA 3EMZA 1OD0A 1UR0A 3BAYA 4JL2A 1Q6CA 3AJ7A 4ZXLA 4AIUA 1ZL1A 4E2OA 4P8UA 2WMFA 3W28A 2J7FA 4WKHA 1CXLA 1GNXA 3WEMA 2VCCA 1QNPA 2F2HA 3WDQA 4AC1X 3VKKA 2O9PA 3MKKA 3IANA 2CKRA 3BLPX 1FOBA 5E09A 1TE1A 1UYQA 4HMDA 2XFFA 3KL0A 1CTNA 3J7HA 3GH4A 4UFHA 4IUGA 1CNVA 1EXPA 2G3MA 2UWFA 1V03A 1ODUA 1V0NA 2QPUA 3THCA 2XIBA 1SYTA 4N42A 1GJWA 3AHZA 4N0RA 1W9UA 1HVQA 2A3EA 4HMEA 2CHNA 1M7XA 4B9YA 4HMCA 4PMZA 3GBDA 2Y24A 2VI0A 5M3WA 5BXRA 2YBUA 1IZKA 3WD0A 3CHEA 4HP5A 4BS0A 4M8UA 4GZEA 2OSWA 1CXKA 4X0NA 2O92A 4QLLA 1E3XA 1BSIA 4NF7A 4Z2GA 2WBKA 2W92A 1L0PA 3TTSA 3A4XA 5GNZA 3WDIA 4C7GA 4HPHA 4FLOA 3WMSA 2CPUA 2VRKA 3PZGA 1MYRA 1QNOA 2D0FA 3WQ4A 2VX7A 1JZ5A 1NARA 2J47A 2GJXA 3VGFA 1B3ZA 2WKLA 5FL0A 3N18A 4LQ1A 4L4OA 3NJ3A 1KGXA 1E3ZA 4AD5A 3BXWA 4PTMA 1E9LA 4D6CA 2OSYA 2DQXA 3N17A 3MU7A 3HJEA 4F9DA 1E40A 1V02E 3B8SA 4QFUA 1UWSA 2VRJA 1F4AA 2D24A 1L8NA 1DTUA 1K9TA 2PWHA 3RO8A 2E8YA 3MV01 4BF7A 5I0DA 3UR7A 3F4VA 3VDHA 4TUFA 2C0HA 1HJXA 1W3KA 1HKKA 3S6TA 2ZXDA 1XSKA 2C7FA 3NSNA 1ISYA 3TTYA 1NM9A 1FH7A 1GHSA 1HJUA 2YL8A 4XZBA 3CGTA 4FMVA 3WD1A 2GSJA 1XHGA 4H2CA 4JFUA 3EDFA 3W26A 1CLVA 1WP6A 3CUIA 5IDIA 3WL0A 2GFTA 3AI0A 1MXGA 3KL5A 2FHCA 3K8KA 2JIEA 5A6LA 2CCRA 3KEHA 1B0IA 1ZBWA 4JAWA 3B9EA 3LMYA 1B9ZA 4M80A 1ECEA 2G8ZA 2WVVB 4KRTA 4AD4A 3G6LA 6A3HA 3OLEA 3VDBA 3KL3A 3SCUA 1VFFA 4J7RA 1VJZA 4DWSD 4S3JA 1HKIA 1LLOA 3T0DA 2XSBA 1UH2A 2XFYA 3NSXA 3ZMRA 3JUGA 2UY2A 3PZIA 1ZU8A 4KH2A 3WMBA 3NDYA 4MJ4A 1B3XA 4UFJA 2WXDM 2OYLA 4DUVA 5DMYA 3HU7A 1UH3A 5DFAA 1JDDA 1W9VA 3CO4A 4J3TA 3OLIA 5HOSA 3VD3A 3EDJA 3VPLA 5FOOA 3FHQA 3M6DA 1E6XM 1JDAA 2WVUA 2ZUSA 1XYZA 3VMPA 2FHBA 1OBAA 1HL9A 2PWEA 1G5AA 5BCAA 2E3ZA 3WUFA 3RILA 2Y8VA 4PCSA 1SFSA 2A3CA 5IFPA 1C8QA 1VEOA 2WC4A 3MMUA 1J18A 1R87A 3UG3A 1M53A 4OKDA 1WDRA 1OGBA 2XUCA 5A6SA 3L4XA 1TZ7A 1HX0A 2CBVA 4PUEA 4W86A 5ABFA 3WD2A 3ALGA 3I3BA 4CKQA 1CPUA 2YBTA 3OLDA 1EO7A 1E5NA 1XSIA 4BQ2A 2YJQA 1EH9A 1E0XA 4H41A 2XHYA 1J01A 4X9YA 1JXJA 4DM2A 4D6FA 2WKGA 4CD8A 4Q22A 3SCQA 1NWTA 1E0WA 1QW8A 1E4IA 3VD5A 1TVPA 3VGDA 3QOKA 1JYWA 3N15A 3L4UA 2FGLA 1HNYA 4PMRA 5GQBA 4W5ZA 2YDSA 3VDAA 1QI0A 1X6NA 4AMCA 5I78A 1KCLA 2FHFA 3BAJA 1E6PA 3W81A 5HXMA 3QHNA 2JIWA 3TTQA 1AVAA 1GOWA 2W66A 2BS9A 3T0BA 4CCEA 3MUY1 3WNPA 3ZSTA 4ACZB 1UWQA 4EAMA 1W32A 4CN4A 2WHMA 4ZE5A 2WMJA 5M03A 2HISA 2ZX9A 4HTYA 2YDRA 4UFLA 1J0YA 1W1TA 1JZ7A 2QPSA 2CNCA 1BYCA 3WNOA 3CHFA 3CUJA 3AOFA 4EKJA 3NUKA 2VX5A 1QI5A 2J8GA 3IJ8A 1QI4A 3BCFA 1ZBKA 1WZKA 4UQ9A 1V02A 1CECA 2AAAA 2BVDA 3OIHA 1QVBA 2E4TA 2VZVA 1ISZA 3RPMA 3ARWA 2CXGA 3WF0A 2WC3A 1J10A 1QBBA 2G41A 3G6MA 2UY5A 2BHUA 2EPOA 4A3HA 5LA1A 3CZLA 2CITA 3KWXA 2J7CA 4XX6A 4DUWA 1V0LA 1XGZA 1JDCA 1WKYA 5A6JA 4PTVA 4B3LA 2OYMA 2WHLA 2ZWYA 2XJ7A 3FHAA 1KQYA 4H8VA 1KWGA 1Z32X 4M81A 2ZX6A 4NI3A 1HJSA 3VDCA 2QMJA 3ZJ6A 1E6ZA 1KGUA 1WDPA 2WB5A 5A2BA 2W4XA 2WANA 3RM8A 3WDRA 4W7UA 2YKKA 1E5JA 1V6WA 3A4WA 1FH9A 4Z2JA 3VIIA 5C71A 5A6KA 1P6WA 1UQZA 4W89A 2BY1A 2CBJA 2X2YA 3WQ6A 3SUVA 1JIBA 1GONA 1UH4A 2WCGA 5HNNA 4TVUA 1FHDA 3AQUA 4GXPA 1N82A 1WDQA 1WE5A 2XM2A 2Z1SA 1XRVA 2JF6A 2WWCA 4NRRA 1W1PA 1KR0A 4BQ5A 1UR9A 1BAGA 4J28A 4TX8A 4BZYA 3RM4A 5GPRA 2XWEA 3CLWA 5E6ZA 1LG2A 4Z2HA 4HA3A 4XB3A 3CTTA 1EIBA 4V28A 3ZM8A 1TMQA 4MADA 3ARYA 2VZOA 3DC0A 2WCSA 4GPNA 3M7SA 4PCTA 2VRQA 4AZ5A 2V3DA 2XGBA 1E6SM 2DSWA 2WHKA 1BVZA 1JYNA 3RJYA 3MMDA 3CZGA 4TTGA 4PMQA 4HA4A 1J0IA 2PWGA 1US3A 1DWGM 1E70M 4YHEA 2J78A 3PZNA 1NP2A 5C8BB 3CZKA 4AZBA 3GZAA 1TUXA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YN5A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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