4Z0S | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHAERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__774930854507684__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__774930854507684__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z0S/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__774930854507684__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"774930854507684","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4Z0S/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__774930854507684__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01139f62bc07848fda805c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01139f62bc07848fda805c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01139f62bc07848fda805c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01139f62bc07848fda805c/pdb.gz): 674 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4z0sA00

1ADOA 1WYIA 1IXNA 1H51A 2YPIA 1HFBA 2CZFA 2DZVA 1F76A 3LCGA 4K8HA 3DENA 4LU0A 3G1HA 3TXVA 1M7OA 1FCBA 1SW0A 3G1SA 5C2XA 3P7YA 1JCJA 3IVTA 3KHJA 5LHFA 4JYFA 1OFRA 1GTHA 1W0MA 4AWTA 5EL1A 3EWWA 4AVFA 4O0ZA 3GKFA 1XDLA 3IGXA 2GUUA 3I65A 4JDBA 4JR5A 3W1NA 1DBTA 3EEGA 3MP4A 1LLZA 3W7JA 1KFEA 1EP3A 1X1ZA 4O19A 2ZZ6A 2VFDA 3MO7A 3TX9A 3HGRA 1Q3NA 2BTMA 2TRSA 4TMBA 3TMLA 3VE7A 4JX5A 4JTTA 2YDAA 3I7QA 3LLFA 1G7UA 3G0SA 1A50A 2ZZ2A 4X22A 3W22A 3GR7A 4HKPA 2ZRZA 4UTJA 3TV8A 2PRMA 5CZJA 1VCFA 4K36A 4IUOA 2QCGA 4NUWA 4PFMA 1RQBA 2Z1BA 2ZZ3A 1GVSA 3RLVA 4Z0JA 3NQCA 3THAA 2GVGA 1VJIA 4IJBA 3M9YA 4XKYB 5AHIA 4NXKA 5LGXA 2AGKA 2P10A 5LHEA 3S1WA 5C54A 3LRMA 3NM3A 4HPJA 4CCCA 2TYSA 1Q45A 1W37A 3G1VA 3RU6A 2PCQA 1EP2A 2FB3A 2V2DA 3V75A 5D30A 4UFJA 4IPJA 3TA6A 5A8GA 4PL1A 3SW6A 1VHCA 2Y7GA 3LBCA 3HGOA 1ZNNA 4XBSA 1Z48A 3BLEA 2Q3RA 3TSBA 2ABBA 4DEFA 4FIRA 4XWUA 4GNJA 3NR0A 5I3JA 1TCDA 1GOXA 4JX6A 1K8ZA 3NZRA 3S9YA 3W9ZA 3W1LA 2YW3A 3N19B 2E6FA 2WNQA 5D2VA 5AOUA 3MP5A 5LKYA 3BV4A 4C1LA 2JKPA 4EOUA 1TPH1 3TC6A 1W5QA 1AW5A 3P61A 3MMTA 5DY3A 3UYCA 1W3TA 3S8HA 1LCOA 3QMTA 1G4PA 3IRDA 4UC5A 1UCWA 4BI7A 1IXQA 4M19A 4IQLA 3W86A 2W6RA 4TX9A 3NQ8A 1ICPA 1K02A 3S5YA 5CZTA 5KZEA 1CX9A 3QF0A 3HF3A 4HNVA 3GAKA 1YYAA 1H7XA 3KX6A 3OIXA 1GVRA 1OHLA 4ADSA 3QPYA 4NT0A 1IXPA 3CPRA 1NF7A 5G2IA 3RMJA 3LCWA 2ZTJA 3OVPA 3LXAA 4NNAA 2J6XA 2V9DA 4MIMA 3LM7A 3W70A 3NQ6A 4FNSA 1LORA 2B7OA 3W23A 4A22A 5LNVA 2GQ8A 1H61A 2H8ZA 3L5MA 2DZSA 3HPXA 3CWOX 4H3DA 3LRLA 3T40A 4PC8A 2G95A 3LI1A 5CPOA 3OG3A 4QSHA 1GVQA 5CSSA 3S6DA 1LBMA 4IMDA 3G22A 1QPOA 3GDTA 5BMWA 4YLWA 3EXSA 3IGSA 3DAQA 3DHFA 3A9IA 4JNMA 4RK8A 3A21A 3L21A 3LXCA 4QISA 2R14A 3EWXA 2NWRA 3TAOA 1I8JA 5DCDA 4KKXA 3TJXA 3FJ6A 3TW6A 5IM51 3SZ8A 1VYRA 2QAFA 4IMCA 3PULA 3TQKA 3ATYA 2YR1A 4ZQPA 3S1UA 2EHHA 4JTUA 3WK3A 2JK2A 3NQ2A 3ABOA 3M7WA 1VS1A 1KV8A 3UWZA 3M47A 3MP3A 5FEWA 5KINA 4CNPA 3NXFA 1MO0A 1EEPA 1QO5A 3EX4A 1K03A 4QJ1A 4FNUA 5I3FA 1BWLA 3INPA 4RZ6A 3G1AA 2QCFA 3NDOA 1V7YA 5D09A 4DXVA 2ZCGA 1K7EA 1WBJA 4P2VA 1F73A 1TPUA 4OV9A 5MHBA 4GFSA 1F6PA 1EP1A 1H7WA 3I68A 4DF0A 2BZNA 4O53A 5LGZA 3E96A 1X6UA 3G1YA 3DXIA 3Q94A 4YL2A 4AWUA 3C52A 3W7OA 3HOJA 3EX1A 4UNKA 3LHUA 4PA8A 1WV2A 1O4UA 4UTKA 4CLMA 2FDSA 4QM1A 4DO5A 1YPFA 1H1YA 4L4LA 2RDWA 1MEWA 3O06A 3C2EA 1KFBA 5CPNA 1C8VA 3KRUA 4C1KA 4A2SA 3TR2A 1GYNA 3HPSA 3N73A 1GG1A 3NNTA 1KTCA 1XDMA 2HSAA 4L4MA 3P84A 1SQ7A 2I14A 4CQAA 3EB2A 1UASA 3M44A 3Q37A 1NSJA 1MZHA 2WV8A 2FTPA 2FIQA 1SZEA 4PODA 3W72A 3LCIA 1VPXA 4EIVA 2E6AA 1D3HA 1P5BA 4UXDA 3ZR4A 4ML9A 4YCOA 4AEOA 3LGEA 3O15A 4HPXA 3OHIA 4A21A 5T26A 5KSWA 5KZDA 3RK8A 4MPQA 3PB2A 3BW2A 4GE8A 2A21A 2F7FA 4ZQCA 5SWUA 2O7QA 3KRZA 3CIXA 2B7QA 1T0OA 4UNLA 3UPBA 1Q6QA 4AHPA 1F74A 1SFJA 2OZ0A 4I7UA 4XBKA 1MEIA 4MVAA 5AN7A 2Q8LA 3RFAA 1T96A 4GUGA 1HO4A 3TMQA 1RQHA 1VZWA 4UIOA 3W2LA 3BG5A 5DXYA 1RV8A 2A1YA 3EX2A 5AYZA 1KFLA 1OYAA 3IVSA 2NXIA 4ZMGA 3MBFA 4GUIA 1R46A 5F4XA 3PM6A 2BSLA 1P0NA 4JTLA 1IXOA 2YYTA 3MHUA 2E1DA 1KBIA 3IGUA 2ZZ4A 1KTNA 4A3UA 4LUJA 3FKRA 2ZYFA 3NQAA 3EX6A 3UNDA 5I3KA 3C2FA 4UFMA 4RZ4A 3CB8A 5BNKA 1JRBA 3R2GA 5KITA 1EA0A 3NO5A 3DU0A 4O52A 1QDSA 1YDNA 4GC4A 2B7PA 2TPSA 4KWWA 4DF2A 3SGUA 2ZZ5A 4K8EA 1PCWA 5E1QA 5HNRA 5DCBA 1I45A 4DQWA 3O6CA 1W31A 3HGJA 1WBHA 4WOQA 3TU9A 1ME9A 3S1VA 4O15A 1R30A 4KWVA 1OFOA 2RHGA 2ZRXA 3KFTA 2ZA1A 4I9AA 5DBTA 2FPTA 5C5YA 3GXTA 3KVJA 5I3GA 5H2ZA 5EY5A 3W88A 3W7DA 1TRIA 4QNEA 3LHVA 3DFSA 4A29A 1TQXA 3BO9A 4MUZA 5LNUA 1XC4A 1OFQA 2QUTA 4DBEA 1SSDA 1QNVA 4DELA 2E5CA 5EA9A 2VOMA 2PRLA 2R91A 3TQ0A 4JTGA 2V30A 3NL6A 1O5KA 2QKFA 1KA9F 4NQ1A 3W84A 4K7YA 4RZ5A 1Z41A 4JDYA 4WX2A 2QCHA 4HHPA 1P0KA 4O10A 4R53A 4EWND 1VRDA 1OFDA 2TMDA 3DFQA 2X16A 3PSWA 4X2RA 1F6KA 3O1NA 5AHMA 1W5NA 1O94A 3O16A 3EWYA 4FNTA 3M16A 3MHFA 2V5LA 3AO0A 2NUWA 3P62A 2WO5A 2B7NA 1DV7A 3YPIA 1KBJA 2V5BA 3B4UA 2DJLA 4LS2A 5K4XA 1I2NA 3CEPA 1A5BA 1GZGA 4LV9A 3C2VA 3NEVA 5G2WA 1SO6A 2X1SA 4WJEA 3W7NA 4LWWA 3L66A 4O28A 3K30A 2NXGA 3DFNA 4FXSA 4CQ9A 1GTEA 1KM4A 3LDVA 4JTHA 5GVJA 2CLLA 3BGGA 3CWNA 1SW7A 4NX0A 2NX9A 4O57A 4PH6A 1DVJA 1OX6A 1YTDA 5F2MA 2Y7DA 2Y70A 3ATZA 5G2HA 1QMLA 5D2TA 1M7PA 1OK4A 3SR7A 2YW4A 4Z1DA 2FPVA 3IEBA 2NX1A 5HJLA 1FXQA 1HG3A 1DORA 2A0NA 4K38A 1KFCA 4LUIA 5DXXA 2A5HA 1LRNA 1OABA 3JRKA 4ZQRA 1RQEA 5AHLA 3VI2A 1EPXA 2ZDRA 1PS9A 1W5MA 2OCZA 2X1RA 1W3NA 3BW3A 2CW6A 4AF0A 4Y6GA 1TPVA 3TIMA 3WK0A 1JR1A 2YFNA 4UTUA 3GAYA 1DQXA 1WAUA 3QW3A 3WJWA 3S0CA 4IGHA 4UFLA 3WK2A 3IV3A 3DFOA 3W1PA 3O8AA 4LVBA 3QH2A 1QPRA 2A7NA 3O07A 1W54A 4PEKA 1J5TA 4Q32A 1L6YA 4BI5A 5BW6A 4ZQOA 2Q8ZA 3GX9A 1KLZA 1S5WA 3N3MA 1TIMA 4EF8A 3QFEA 2J27A 3CIWA 5K3VA 2E6DA 1XUZA 3TKFA 3P8IA 4AHQA 2GJLA 2F84A 1OK6A 1UJPA 3TQVA 5K2ZA 4NZJA 3PBYA 5AB3A 3FYOA 1UB3A 2V82A 4JTIA 2UV8G 2Y85A 3P8JA 4MFEA 1YXCA 4FNQA 1W8SA 1NVMA 1U83A 1TMHA 2WSQA 3GDLA 5BMXA 1ICSA 4WZHA 2PE4A 3B0UX 1XCFA 2ZQ0A 3C4UA 3W85A 1OX4A 4TIMA 4TU1A 2ZRYA 4UFIA 3GXPA 3KVMA 5D38A 3EX3A 1Q6RA 1FXPA 1FWWA 1VYSX 4JYEA 4Y9AA 4CCEA 5J5RA 2YCEA 2AQWA 4M6QA 1DJNA 1FDZA 2QR6A 3GB6A 2QCCA 3G24A 4QQ3A 3USBA 3G0UA 3BG9A 1B9BA 2CLKA 3TE9A 3L65A 2C13A 3W7LA 1SZNA 1TTPA 3Q2DA 3PBUA 4UTWC 3HB9A 4YWIA 4OT7A 4LNYA 1SUXA 4N6EA 3CQ0A 4NJGA 5FEZA 4O18A 2WQPA 5DBUA 4PTNA 2DORA 4DF1A 1I2PA 3GLCA 3R13A 4ZQNA 3TNOA 1P1XA 1BWKA 3UWYA 3W2JA 1UUOA 4JTJA 1GVOA 5CZ0A 3HJZA 1B4KA 4Z08A 1ME7A 4O0KA 4MFDA 1IIGA 2BXVA 3HQ1A 4AF0B 1GT8A 3PVFA 1FQ0A 3N2XA 1F2JA 1A5CA 2WSRA 5CZSA 4GWEA 4DO6A 2Y7FA 5TBOA 4Y8FA 1Y0EA 3HIJA 3IIVA 1JVNA 1N8FA 4NX5A 1EX5A 3UWQA 4ZL1A 5HWMA 5D02A 1NF0A 4M5PA 1EUAA 2QCMA 3G18A 1XBYA 2I1OA 2TSYA 2ISSA 3TCEA 1TSIA 1F05A 1G69A 3W1RA 3STCA 3CLMA 4LVGA 4JEQA 3R5EA 2FB2A 3C8FA 2A85A 4K6AA 4CCDA 1XBVA 1MEHA 1W5PA 3QPZA 3SGZA 3UY7A 4UFKA 1SSGA 4FO4A 3LB0A 2EPHA 3NQFA 1ZAHA 3C56A 5D2WA 3UY8A 2CLOA 1JUBA 2B4GA 3NL3A 1R47A 1BKSA 2J9YA 1OX4B 3G1XA 4AXKA 1L6SA 4RCXA 3W87A 2NV1A 2EAWA 2ZA2A 3QSTA 4IPIA 4MY9A 3BLFA 3FIGA 3RLUA 3LTSA 3PG8A 2RDTA 1KM0A 1FX6A 3QJAA 2J9ZA 3UWWA 3FFSA 4BWLA 4RXFA 4LW7A 3PBVA 1RZMA 3QM3A 3TC7A 4UMBA 1TO3A 5LNSA 5CG7A 3W1UA 4WY0A 3ABQA 3PWAA 3BLIA 3HBLA 1VR6A 3WJZA 2XN1A 1H60A 2NZLA 2V81A 1ICQA 4JY9A 4O1CA 4BFAA 3W74A 3CTLA 1JCLA 1XFBA 2ZBTA 1K8XA 4EVZA 3PS7A 4NU7A 3RNDA 4IX0A 3B03A 2VFIA 1YDVA 1PL9A 4N4PA 4R33A 1VQTA 3GIYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1POK A;  2DIK A;  4FIQ A;  1L8P A;  2V3F A;  1EC8 A;  4UCF A;  3W83 A;  3QTG A;  1CXF A;  3LQL A;  4PTX A;  2W62 A;  3TAK A;  4ATW A;  3EBV A;  3QQW A;  3CQK A;  3G1F A;  4HN4 A;  2PUZ A;  4IME A;  1BVW A;  3SUT A;  3FYY A;  1CEN A;  1TE6 A;  2FLI A;  3FXY A;  3OJG A;  3H53 A;  1GKP A;  3DIP A;  2A4A A;  3ARV A;  1BEU A;  3WQF A;  1V3L A;  2C3Z A;  3I3E A;  4YHE A;  1JCM P;  3WD3 A;  4U3A A;  5F1V A;  2RAG A;  3IWP A;  6XIA A;  3VOF A;  2DSZ A;  4NP7 A;  1RPK A;  3H24 A;  1WDW A;  2G4F A;  2OU4 A;  3SN1 A;  1EB3 A;  4HYV A;  3B9D A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Z0SA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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