4Z1AA

Structure of apo form kdo8ps from h.pylori
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
267
structure length
260
Chain Sequence
KSVLIAGPCVIESLENLRSIATKLQPLANNERLDFYFKASFDKANRTSLESYRGPGLEKGLEMLQTIKEEFGYKILTDVHESYQASVAAKVADILQIPAFLCRQTDLIVEVSQTNAIVNIKKGQFMNPKDMQYSVLKALKTRDKSIQSPTYETALKNGVWLCERGSSFGYGNLVVDMRSLKIMREFAPVIFDATHSVQMPGGDSSFAPILARAAAAVGIDGLFAETHVDPKNALSDGANMLKPDELEQLVTDMLKIQNLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification of novel scaffolds for potential anti-Helicobacter pylori agents based on the crystal structure of H. pylori 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (HpKDO8PS).
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori (strain atcc 700392 / 26695)
total genus 92
structure length 260
sequence length 267
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2015-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4z1aA00
3QQ0A 1JRCA 4NVTA 3ABRA 3G0UA 4UMBA 4N2YA 1FWWA 4UC5A 4W9TA 1TV8A 4OU1A 1TPWA 1T0OA 1XBZA 4IWWA 2VELA 3BG5A 4LVAA 1SSDA 1LLWA 1EA0A 1QR7A 2DJLA 3E12A 1N55A 1MZHA 4NJIA 3RF9A 1HO4A 2E1DA 4XTDA 3M44A 2I9EA 2VXNA 2H6RA 1I8JA 4JTEA 2P0OA 1XM3A 2ZZ7A 4C1LA 5LKYA 3EWYA 2TMDA 2ZTJA 2QCGA 2H8XA 3CWNA 4Y6GA 3VCRA 4NUWA 3W7GA 5D03A 2V5LA 2FPVA 1ZENA 3MHGA 4LY8A 4RZ5A 3IRDA 2DZSA 1W5NA 2W0UA 1IIGA 4ZZ9A 1IGSA 4FNPA 3S5ZA 3UY8A 3W85A 2ISWA 5CPOA 3IIPA 1FCVA 1AL8A 3OEXA 1W1ZA 2WJZA 1R2SA 4ADUA 2G95A 1JCNA 2V82A 3W6YA 5CPMA 2C16A 2BXVA 4AMAA 3NNTA 3UNDA 1BWLA 4OGZA 2OMAA 1UUOA 3MI6A 4KWVA 2FPYA 3LV6A 4K7YA 2Q8LA 4IGHA 5AHFA 3DU0A 3UZJA 3GDLA 3S1WA 2QF7A 4KKXA 5DCDA 5K9XA 4FNUA 3G8RA 3P67A 5LNWA 5DY3A 1AG1O 2CWNA 2Y62A 3KHJA 4AHPA 2R14A 1GG0A 5BW6A 4E2BA 1M7OA 4HNTA 3G24A 4WX2A 1KV5A 2QCMA 3GB6A 3QW3A 4JXCA 1LRTA 2P10A 3UWZA 3V1PA 3KFTA 3EWWA 1WOBA 4UR8A 4DF0A 4ICNA 3KVLA 1YTEA 2G5WA 3ABQA 5FF0A 5DN1A 3S6DA 3PM6A 5FF3A 5K9DA 4WY0B 3HG4A 2CLLA 3O1NA 4UTTA 3GDRA 3GYEA 3LHVA 5A8GA 5CSSA 2FLIA 3W2MA 3CEPA 4DQWA 3P62A 3HOJA 4Q33A 4B5NA 3R5EA 1QDSA 3HGSA 3LV5A 1LCOA 1KLZA 2D73A 1H62A 3R12A 1IXPA 3Q94A 4PA8A 3ABOA 1KM3A 1SW0A 1YPFA 4RR4A 3S1VA 4HNNA 3UPWA 3HBLA 2Y7GA 1UUMA 4BK9A 3G1HA 3IGXA 2B7OA 1S5TA 5C55A 4XTIA 1FUYA 3TX9A 3TE9A 4QQ3A 2WNQA 3PF3A 1FXQA 4ADTA 4WXYA 1R2RA 3ABSA 3NG3A 1YADA 2YZRA 4O13A 1KFJA 4E38A 2UV8G 1AK5A 3BW3A 1KFEA 3BG9A 3IVSA 1VHNA 1AW5A 5DLCA 4CQAA 2CLHA 3G1SA 5HUPA 3DFOA 4FB7A 1G7UA 3JR2A 4OWGA 1LP6A 3UPBA 2A6LA 4R34A 4IXHA 1TPDA 4JYDA 1GG1A 3T44A 2QCNA 4HPJA 2BZNA 3BPWA 3TDFA 3A24A 5U7SA 2NV2A 1ML1A 3D0CA 2DU2A 3LHYA 1M5WA 1U5JA 3O63A 2X1RA 3TKFA 4UFJA 3G0SA 2GJLA 4YCOA 2A21A 4MJMA 3M6YA 1Z48A 3PB2A 4P61A 3MHFA 3NDOA 3UYCA 1JCLA 3GXPA 1W8SA 1HTIA 2QDHA 2A6NA 3W83A 4HIBA 3TQKA 3L5AA 1RQEA 4JX4A 1R2TA 4DELA 5G4WA 4I7WA 3A22A 5F4XA 3TXVA 2NXGA 3JS3A 2J9YA 1WXJA 4O10A 2VKZG 2J9ZA 3NO5A 2Y88A 3W2JA 3NZ1A 4AF0B 4IPIA 3WJSA 1ZJIA 1B9BA 3NQGA 1JUBA 3NQAA 2HS6A 3NQCA 5HWNA 3B05A 1QO2A 5AYYA 2GVJA 1TMHA 5CZ0A 5LHEA 1KTNA 4PL1A 1H60A 5LNSA 4NQ1A 1OFAA 5G1YA 2IQTA 4JTUA 3U8GA 1F7BA 4IMFA 5GVJA 1DOSA 6ALDA 2CLEA 1GEQA 2ZZ4A 1N7KA 5BMXA 1KFLA 3G1DA 1VLWA 3KXQA 4JYFA 1J4EA 1XCFA 3G8EA 3GNNA 5IBXC 1OYAA 1LOSA 4IMGA 1VJIA 1Q6LA 4JR5A 1OFPA 1PVNA 1L6WA 3E0IA 1MSSA 1LDCA 1N8FA 5J5RA 4MY1A 1W5QA 5CZTA 3STFA 2QJGA 3W1MA 2ZFAA 3B06A 1SW3A 2NX9A 1OHLA 2V0TA 3CIXA 3M1ZA 1EP1A 4UXDA 2ZA1A 4RZ6A 1L2UA 1UBSA 4A3UA 1TPVA 1LORA 3W70A 1ICSA 5LNRA 4FEZA 4MZ8A 4WZHA 1Q6RA 5CPLA 4JTLA 5D38A 3WK1A 1JCXA 3W1LA 1R47A 2CW6A 1VCFA 4O50A 3HGJA 3VNDA 3TFXA 2YW3A 3PBVA 2E5BA 4LW7A 5D2WA 3MYOA 2X2GA 3NAVA 4A22A 1JCYA 2VEIA 4ORMA 3W71A 2OCZA 4TIMA 3M9YA 4QAIA 5C54A 5HQEA 3BG3A 3M0ZA 4A2RA 5TBOA 4DO6A 3QSTA 2YPIA 1SZNA 4RCXA 3RLVA 5DELA 1F05A 3ELFA 3PAJA 3DFQA 4YL2A 3HMJG 3CM4A 3NQVA 3UWYA 3TAKA 1RZMA 2BWGA 1W56A 1LOLA 4OV4A 4Y8FA 1U83A 2RHGA 1OYBA 1YLVA 3UWVA 4LS2A 1VYPX 2YFNA 3T40A 1RVGA 2GUUA 3UZ5A 1Z42A 1FQ0A 1EUAA 4WQ6A 3B0VC 2YR1A 3A23A 1OYCA 3DKJA 3SFKA 4EWND 3OBKA 1ADOA 4XQ6A 2GJNA 4MFEA 1QPRA 2NX1A 1NFBA 1TREA 3L5LA 1W3IA 4JTFA 3I65A 4MUZA 1SSGA 3DZ1A 4N4PA 4DF1A 4LS1A 4A29A 3VKJA 3NPVA 4FNRA 4ZVJA 1IIHA 3JRKA 1VZWA 3I6RA 1O5XA 1C29A 1TRIA 4FXSA 3DFNA 3TA6A 3OVPA 4CQ9A 2RDWA 5D32A 4NJGA 1RPXA 4M5PA 2QCCA 4Q32A 1R46A 3I68A 1EX5A 3P74A 4A2SA 3GLCA 4LVDA 5EL1A 2ZRXA 3CHVA 2X1SA 3OA3A 4AHOA 1W31A 3EKLA 3DH7A 1MEIA 3NL2A 1ME8A 5L6UA 2RFGA 5I3FA 3KVKA 4O4VA 4Z1CA 2A7NA 2QUUA 3GX9A 1KLYA 2OZ0A 5D05A 3DKLA 4PFMA 1XL9A 3EXSA 3QM3A 2ZTKA 1KV8A 4JTSA 1SO4A 3FYOA 5KMYA 4MZYA 4EF8A 3EXRA 2JKPA 2DJXA 3WJZA 8TIMA 1YXCA 4RZ4A 3PSVA 5HUOA 4XKYB 4N02A 3G22A 5KZMA 2TYSA 2ZZ2A 1T8XA 2GPTA 1VLIA 5IBXA 5K2ZA 3DFPA 3NQMA 4OBTA 4AWUA 3L67A 4N6EA 4ORIA 4UTHA 4NX5A 2V2DA 1ZAIA 4N6FA 1H7PA 1A5SA 4RV8A 3P84A 1NF7A 3LRKA 3W7NA 3T78A 3LM7A 5BOOA 1VHCA 3A5VA 1MO0A 3T4CA 5KZEA 3S8HA 3S42A 3W2NA 4NXSA 1VR6A 3RMJA 5LGXA 3TUUA 3N2XA 4G1KA 3BLEA 5A5WA 5FEWA 5MHBA 1JQXA 3BW4A 1WA3A 4RLIA 2FDSA 1QCWA 2ZZ1A 1K7FA 2H90A 4BWLC 2H3BA 1W5MA 3L0NA 2NLIA 3NQ7A 4X2RA 1H63A 2ZRWA 2V2CA 3TROA 1O94A 4NJKA 1TTQA 3C2VA 1OFRA 1XDMA 2WPBA 3N9RA 3PS7A 1WBJA 4JTHA 3R89A 4LWWA 2O7SA 4Z1AA 4MLRA 4MLJA 3QH2A 3K30A 1JRBA 4FO4A 1GT8A 4K7VA 4OT7A 3B04A 3MBDA 2QCDB 3BVJA 1TYGA 2ZQ0A 4ZQPA 4PC8A 3ZFHA 1X6UA 3HPZA 3EWUA 5F4SA 3LI1A 2C1HA 4UFHA 2GVGA 1BWKA 4S1FA 2CZDA 4O17A 3SW6A 3CWOX 4UCGA 5BRBA 4K38A 1SUXA 4YLWA 3DFTA 3M41A 4Y96A 5CPNA 1I2PA 1EUNA 5D2TA 5EMUA 1B57A 3L9CA 3U6WA 4A21A 4GBUA 4MFDA 2FTPA 4UMCA 4IUOA 1HFBA 3SGZA 3PB0A 4WXZA 1EIXA 1D9EA 2B7PA 1QMLA 3DI1A 4AAJA 2A5HA 3W7DA 5KZDA 2E6DA 4JY8A 3QYQA 2NV1A 2ZA2A 4JICA 5AHIA 3TQ0A 2PC4A 1X1ZA 5K4ZA 5K4XA 1SZGA 3TV8A 3CIWA 3NM1A 3CPRA 4DEFA 1KM2A 3CT7A 2VEPA 4TMCA 3WK3A 3W2KA 3UXAA 3EX4A 1KM1A 3LHUA 3E49A 1HO1A 1FDYA 2ZCGA 4WUIA 4UTKA 4NT0A 4HSOA 2FFCA 3LXCA 3UQNA 4Q4KA 3ATZA 1AW1A 1GOXA 5HWMA 1VGAA 5D37A 4WOZA 4UFMA 2YW4A 4QNEA 3KVJA 3C0JA 3FA5A 1ZNNA 3HJZA 2X16A 3IIOA 1YDVA 2OT1A 4JY9A 3RFAA 3ZWTA 4XZ9A 4XUGA 1JQVA 2A7RA 4O1BA 3Q2DA 1ZFJA 3G3MA 1VYRA 2E77A 2E6YA 5T26A 1NVMA 1GVFA 5BNKA 3W22A 4LT9A 1OFQA 1SR9A 1HUVA 1KTCA 2DORA 5CG7A 1A50A 2CLFA 1NEYA 4CQ8A 3W3OA 3G1FA 3EX3A 3W7LA 4HHPA 1H5YA 3L5MA 5U4NA 4ZL1A 4JTTA 1PE1A 3EB2A 4EF9A 3NQFA 3LBMA 1FXPA 2Y85A 1SFLA 3GIYA 4JS3A 3TC7A 1H7XA 4JNMA 2PRLA 2P1FA 4JTIA 3HF3A 1XC4A 3SECA 3W86A 1LYXA 4YWIA 1R30A 1I2QA 1PHQA 4AVFA 3P60A 1MEHA 1WBHA 5D09A 2YXGA 1P0KA 4PL2A 2J88A 5FEZA 4BWLA 1M6JA 4WY0A 5I3JA 1XBVA 4UTJA 1HL2A 4EIVA 4NU7A 3CEUA 3UY7A 3LCGA 1RD5A 3W07A 4XBKA 3EXTA 5EY5A 2FJKA 3NA8A 5TIMA 2QDGA 1O95A 4ALDA 4O11A 3G1VA 5HJLA 3LTPA 4HNVA 3N14A 5HR7A 2KZHA 2C0AA 2EAWA 2HMCA 1H7NA 4RJEA 4E2DA 2NUWA 2Y89A 3P8IA 4LV4A 4QJ1A 4K6AA 4ZQCA 1W37A 1F73A 2O7QA 4O16A 3LCIA 3FJ6A 4GFSA 5G5IA 1A53A 1XI3A 3TNOA 3NQ6A 1C8VA 2V5BA 3M7WA 1DVJA 4O0ZA 3O16A 4AWTA 2A0NA 2RKXA 2JKAA 5K9CA 1G69A 3EEGA 1VC4A 1CI1A 2V2HA 3NVTA 3P7YA 2VC6A 4LVFA 3KX6A 4GE8A 4CCCA 4MKNA 3W73A 3FFSA 4YXGA 1K3UA 3P82A 1H61A 2PRHA 4O4WA 2AQWA 5C6MA 2I1OA 3MHUA 3DFSA 3C4UA 2YGYA 3LCHA 6TIMA 3ATYA 3WJYA 1I2OA 3QMTA 3CLMA 3L2IA 4WY0F 1G4SA 4MYXA 5F2LA 3C2OA 3S9YA 1VQTA 4DO5A 3EKZA 1EPXA 2VFDA 3UXDA 4MY9A 1V7YA 5TQLA 3PY2A 2QCFA 4BFAA 1OFEA 1SPQA 3CB8A 4O57A 1VCVA 5AC6A 4IMCA 3NL6A 4JIPA 5LGZA 2CZ5A 4UTWC 4KFNA 4LUJA 3C3NA 2NXIA 4LU0A 3Q58A 2AGKA 3MO7A 4NXKA 4AF0A 3W1UA 4O14A 1W0MA 4QNWA 5G4EA 1RQBA 5DY2A 1G4TA 4LRSA 2ZDRA 2EGZA 1S3HA 3KAOA 4MVAA 2B0MA 1JCJA 4JN6A 2VFFA 2Y7DA 4GUIA 4O18A 3KVMA 2CU0A 4QITA 3TAOA 3QRHA 1LROA 3IVUA 3MI3A 1ZAHA 3FKKA 2Q3RA 3G1YA 4Y90A 2C18A 2BX7A 4AH7A 2NX3A 3RNDA 3GNDA 2Y7FA 1WV2A 3IEBA 2YDAA 4Z1DA 5H2ZA 2E09A 2QEZA 1G4PA 3F1QA 4GUHA 3TK7A 1H1ZA 4J9JA 1NAL1 3QPZA 2FB2A 3QPYA 1K8YA 3S1UA 1TSIA 4H6KA 4JX5A 5L9FA 2C19A 1X1OA 4HPXA 1I4NA 3P80A 3LI0A 3PUOA 3C6CA 3INPA 1J2WA 5LHFA 5AYXA 1QPQA 1WDWA 1OABA 3QJAA 2R91A 3PG9A 3KOFA 2XN0A 2GQAA 5E0KA 1JCMP 3HPXA 1XBXA 5D02A 2VENA 2NWRA 2HSAA 2YYTA 2XN1A 4ADSA 1OX6A 3NPWA 4CNNA 1TPFA 4LVBA 1SO6A 3NEVA 3MP3A 1Z41A 2DP3A 2J9XA 1XDLA 2CZEA 3NQEA 4DPQA 1WX0A 1W3TA 3STGA 1KFBA 4LVGA 3EX6A 2GVLA 5DCEA 5F2MA 2LLEA 3KRUA 3WJWA 1LM1A 3BW2A 2V9DA 1FWSA 4JGDA 2V30A 5AHLA 3G3DA 3QMSA 1TPB1 4I9AA 2WSYA 5KITA 3G18A 1KM6A 1TIMA 1TJPA 3LGEA 1TB3A 4EOUA 1QPOA 1GQNA 3IGUA 1F76A 5AFDA 2G96A 2QUVA 2VFIA 1DORA 1W3NA 1LOQA 4TR9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OKO A;  3U0H A;  4W9T A;  1TV8 A;  4OU1 A;  1T0O A;  3WDR A;  4FOK A;  1XBZ A;  1RAL A;  4HTB A;  1VEM A;  3WQE A;  3ALF A;  2DJL A;  3CAS A;  4DBS A;  1TWD A;  1N55 A;  4NJI A;  1KXH A;  4RZB A;  4MWA B;  2I9E A;  2IW0 A;  4GG9 A;  5EMJ A;  1I8J A;  1MZR A;  4V33 A;  1OZM A;  3AS1 A;  3ONC A;  4C1L A;  4H6Q A;  2WMK A;  4AIO A;  2ZTJ A;  2X05 A;  4ACZ A;  3CWN A;  4Y6G A;  3W7G A;  4G5D A;  4NG3 A;  2V5L A;  1ZEN A;  5XIN A;  2PCE A;  5I23 A;  2VGB A;  4MB5 A;  2XG9 A;  3KOY A;  2QUL A;  1GVY A;  1R2S A;  3NTY A;  2V67 A;  2F2H A;  3N3T A;  3CUG A;  4F2U A;  3UND A;  1BXC A;  4S3G A;  3AIS A;  2E8Z A;  3UZJ A;  3U4A A;  1PDY A;  5GJN A;  3P67 A;  5DY3 A;  1KFW A;  2Z25 A;  3KHJ A;  4AHP A;  1RPK A;  2R14 A;  1DJW A;  1GG0 A;  5BW6 A;  4E2B A;  5CSY A;  2X8R A;  4HNT A;  4E4U A;  4DO7 A;  1KV5 A;  4OVX A;  2O0T A;  4YTU A;  2CIT A;  2P8C A;  4JXC A;  1LRT A;  3WX7 A;  4Q8V A;  4QE5 A;  1OGB A;  4WDT A;  4DF0 A;  3TR9 A;  3CYV A;  3KVL A;  4ICN A;  4OUI A;  1YTE A;  2G5W A;  3FHA A;  3WLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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