4Z1BA

Structure of h204a mutant kdo8ps from h.pylori
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
267
structure length
256
Chain Sequence
KSVLIAGPCVIESLENLRSIATKLQPLANNERLDFYFKASFDKANRTSLESYRGPGLEKGLEMLQTIKEEFGYKILTDVHESYQASVAAKVADILQIPAFLCRQTDLIVEVSQTNAIVNIKKGQFMNPKDMQYSVLKALKTRDKSIQSPTYETALKNGVWLCERGSSFGYGNLVVDMRSLKIMREFAPVIFDATASVQMPSFAPILARAAAAVGIDGLFAETHVDPKNALSDGANMLKPDELEQLVTDMLKIQNLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Identification of novel scaffolds for potential anti-Helicobacter pylori agents based on the crystal structure of H. pylori 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (HpKDO8PS).
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori (strain atcc 700392 / 26695)
total genus 87
structure length 256
sequence length 267
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2015-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4z1bA00
1U83A 1X1ZA 1DQWA 3I7SA 4A2RA 5F1VA 4K38A 5FEPA 4Z1BA 3TNOA 1IIGA 2Q3RA 3S5ZA 3W7RA 1M5WA 3HO8A 4K37A 4RLIA 5J5RA 3B0VC 1VH7A 1WXJA 2QCMA 5F4XA 4M6QA 1DVJA 2FTPA 3CHVA 3P80A 1GTEA 4B5NA 1B3OA 2AAMA 4H3DA 1FWRA 4L4LA 3R5EA 3EB2A 4NJHA 4R34A 5HR7A 2DJXA 4E38A 3MI3A 5EY5A 4AHOA 3W7DA 3ABOA 4EIVA 4UTKA 1VPXA 3G8EA 4YL2A 3A9IA 4GXMA 3W84A 4CCDA 1TV7A 4UFIA 1OJXA 1W3IA 3TJXA 1Z44A 4ADSA 1Y0EA 2OT1A 2GJLA 1QDSA 1G4EA 4QJ1A 1QFEA 4N9DA 4XWUA 4LS0A 3QC3A 5D2TA 4UIOA 2ZRZA 3GAYA 2X1SA 4ADUA 4Y90A 2ATSA 3NVTA 1TPB1 2V2HA 3NQ6A 4IMEA 4X9SA 3VE9A 3OA3A 4UMAA 3TC6A 4JIPA 1QOPA 5HMSA 3NDOA 4O0ZA 2PCQA 2A4AA 2QCDB 3UY8A 3UNDA 4M7SA 2GJNA 2OZ0A 1ZCOA 3O07A 4KFOA 2FPVA 2HMCA 1FWSA 4RCXA 4C1LA 4I9AA 4ZQOA 4I7VA 3YPIA 3P84A 2VXNA 5LNVA 1SZNA 4N9BA 3U6WA 4AWSA 4FX8A 4ZQPA 2WSRA 4OV9A 2BTMA 2V2CA 3E0IA 2E68A 5D04C 2VELA 1R47A 2Y88A 2ZA3A 3QSTA 1TV5A 1I2OA 1WBJA 2QCGA 1FBAA 1SSGA 2E5CA 2QCLA 3QW3A 2QAPA 3LCLA 2A21A 3UQNA 3LDVA 5FI8A 2QCEA 2E5BA 1WDWA 1X7FA 2C0AA 4O1AA 5DELA 2QEZA 4TX9A 1KBIA 2QCNA 3FLUA 1H7PA 4IGHA 1H5YA 1FDYA 4MYAA 2EPHA 1JCXA 3STGA 3UD6A 1G67A 4ZL1A 5KZDA 2PRMA 3W1MA 5HINA 2GVLA 2CZ5A 3NOEA 5CGQA 4OWGA 5AFDA 4HSOA 1F5ZA 1OX4B 1T99A 3STEA 1H7WA 3LCIA 3O6CA 3HQ1A 1VS1A 3NQVA 2C16A 2X30A 4LVBA 4MFDA 5F2LA 3QMSA 1GVSA 3TUUA 2Z2UA 3G3DA 4ZQCA 1TO3A 1PV8A 2RHGA 2Y70A 3W2JA 3EKLA 5I3JA 2AGKA 3LXCA 1FDZA 4UTLA 4NZFA 1RV8A 2X16A 4QSHA 4E2BA 1OVDA 1TMHA 3EX2A 4NT0A 4WXYA 1Q3NA 4JR5A 1KFJA 1YADA 4O15A 4O17A 2YYTA 1OHLA 2DZSA 3CU2A 3Q58A 4O14A 3P61A 4KFPA 1R2RA 2YR1A 3L0NA 3W72A 2RH9A 3DZ1A 1OX5A 4MZ1A 3QQ1A 2W79A 5D38A 2QCDA 1JCJA 1XI3A 2VFHA 3QFEA 3SW6A 3EX3A 4JTJA 3C2EA 3WK1A 3MP4A 4JS3A 1GYLA 4UMBA 1H7XA 5EMUA 4A22A 3ATZA 3A24A 5F2MA 5KINA 2QDGA 5D30A 3S42A 3DKJA 2H90A 2OMAA 2J88A 3M5ZA 2TMDA 4IOTA 3ZWSA 4CQ8A 1ZY9A 2YPIA 5FEWA 3E96A 4ZVJA 1A5AA 3DHFA 1HO1A 1EWEA 3C56A 3HPXA 3W88A 4FNPA 3O05A 5D33A 3FYOA 3I7QA 3OBKA 1VCFA 1W1ZA 3LLFA 1OFAA 2E6YA 3WJSA 3M5YA 1GZGA 1E51A 1RQBA 3PG9A 3HIJA 4UTTC 5I3IA 1OYCA 1RPXA 3GIYA 1LM1A 4MFEA 1MEHA 2R91A 1C29A 1GVOA 3DFQA 2NUWA 3W1NA 3O1NA 1SZGA 3FKKA 4N9EA 5HULA 2I1OA 3LI1A 1OYAA 2CLFA 1TPH1 1QO2A 4C1KA 2FB2A 3BV4A 5C54A 4KKXA 2YW4A 4PH6A 3PSVA 2P1FA 2R8WA 2V8ZA 1OX4A 3S0CA 2CLIA 4PTNA 4FNTA 5LHFA 3LI0A 1JCMP 4ADTA 5AC7A 3EEGA 2VFFA 4E2DA 5IM51 3W7OA 4GUFA 2C19A 3ANYA 2QAFA 1VHNA 5K9DA 4GUHA 1H1YA 3N34A 1HO4A 2C1HA 2Z1BA 4UTWA 4K39A 4O18A 3MHUA 3NL5A 1FXPA 1NFBA 3W1RA 4HPXA 4JTHA 2V81A 3CEUA 1TPEA 3SSJA 1G4PA 3G3MA 4O57A 4OGZA 3P67A 4JXCA 4JEQA 5FF4A 3ZS4A 5G1YA 3N2MA 4ZZ9A 1W5NA 1LYXA 4GFSA 1LZOA 5LNRA 1ADOA 1K03A 3W75A 5ABTA 3NPWA 4FHAA 3PR2A 5H2ZA 3CPRA 1W56A 4Y6GA 4UUIA 4POCA 3W73A 4EWND 3HG5A 3NQMA 1GOXA 3LV5A 3W2LA 4A2SA 3BO9A 1VYRA 4JD4A 4TMCA 5KSWA 3BG3A 2BX7A 4LC8A 3S9YA 1PCKA 5HQEA 5HNRA 1JRCA 3WK2A 4XUGA 4PCFA 3CQ0A 3DI0A 4IXHA 4PL2A 3P62A 4OQVA 2A7RA 3B4UA 5KMYA 1IXOA 1O95A 3MYPA 1SFLA 3N19B 1KFKA 1OYBA 2Z6IA 2NWRA 2VOMA 4FXSA 4UXDA 4YMZA 1VCGA 2YGYA 1LROA 2OX1A 1JUKA 2BSLA 1T96A 2YFNA 1O4UA 3TMQA 3OVQA 3NQDA 1LOQA 3KVJA 3LTYA 1DJNA 2PRLA 3UZJA 4JGDA 3LHZA 3CIXA 1K8ZA 2ZQ0A 1GJPA 3B05A 3W1QA 3M6YA 1SO6A 3S5YA 4JN6A 3LHTA 3BG9A 4UFHA 4O10A 4YXGA 3L0GA 4GUJA 4UR7A 3TDFA 2JGYA 3TV8A 2TRSA 3BVJA 3NA8A 5G2IA 3SECA 1VGAA 5E1QA 4XTIA 4OBTA 5LSMA 3G0XA 3PUOA 1WV2A 1BKSA 4S2BA 3BW3A 4JTLA 3E9AA 4GUIA 1QNVA 3NPXA 4Y96A 3TROA 1XM3A 1F73A 2FFCA 3NQ8A 4GRSA 5I3FA 4IMCA 1QO5A 4NJGA 3PBUA 1DL3A 2TPSA 3UWZA 5C6MA 2GOUA 5C55A 2HS6A 1UASA 3NL2A 3WJWA 2A1YA 1G6CA 5A5WA 4UMCA 2V30A 2A6LA 2GQ9A 2YYUA 4CNPA 3A22A 3GKFA 3G1AA 2A7PA 4K8EA 3OEXA 1LLZA 4ORIA 2E77A 3NQGA 1UJPA 3PG8A 1FWNA 4FNQA 5BOOA 5AC8A 4WY0B 1EUAA 3IIXA 3ATYA 4W9TA 1DOSA 1MEWA 1QAPA 2A7NA 2OT0A 3HGOA 4JX6A 2NV1A 5HUPA 3EWYA 2Y6ZA 1MXSA 5LNUA 4O16A 3FOKA 3FEMA 3CTLA 3LRKA 1NVMA 2WV8A 5D05A 1SO3A 2D73A 3W2NA 3IRDA 4H4IA 2O7QA 4IJBA 1WOBA 2CZEA 5K4XA 4UTMA 4AAJA 4PL1A 5HR6A 1LP6A 3W2KA 5DY3A 4DPPA 3GLCA 1K8YA 4WOZA 2GQ8A 3KHJA 3KVLA 3EWZA 4ZQMA 5DBUA 2V5LA 1GVQA 1FCUA 1SSDA 3KRUA 4N4PA 1O94A 3W7KA 3QRHA 4AMAA 1RVGA 1AL8A 5CKSA 3M7WA 4HKPA 3QPZA 4LNYA 4PC8A 4H6KA 5HJLA 3QYQA 3QPYA 1TJPA 2ZRVA 4XKYB 2ZCGA 1KTBA 1OABA 3NR0A 3LXBA 4UTIA 1A50A 4UC5A 1SQ7A 5CZSA 3HOJA 5KTLA 1H7RA 3HGSA 1QWGA 1SZFA 3PBYA 3S1UA 2YW3A 3MYOA 1AW1A 3FJ6A 1EWDA 4ML9A 3M1ZA 4FEZA 3W7JA 2BWGA 4N6EA 4NZJA 3TE9A 2NZLA 1AL7A 1GWJA 5H91A 1XBXA 1TTJA 2ZFAA 3LXAA 3G1SA 5D2XA 1TIMA 1W5PA 3WFAA 3SJ3A 1YXYA 5J5DA 1LORA 3CT7A 3MI6A 3QF0A 1TPDA 3T7VA 4UNKA 1QPNA 1LBMA 1XDMA 3GDLA 2O7SA 4NNCA 3M16A 4WY0A 5BNKA 4QNWA 3BG5A 1PCWA 5G2HA 4J9JA 3TQ0A 3QW4B 2JGQA 4UTTA 1EEPA 2ZZ6A 3L67A 3TW6A 4YCOA 1NAL1 2ZRXA 4TO8A 2YFOA 3G18A 1OFQA 5DY2A 3LTPA 5D2YA 3LLDA 1Q6OA 5D03A 1HTIA 4N2YA 3STCA 1JQVA 3IIVA 2ZZ1A 1KM3A 1OX6A 3CLMA 1JR1A 2OJPA 4O1BA 1W0MA 1VCVA 2DU2A 3I68A 3P5YA 1W5QA 3HPSA 4GC4A 3IIZA 4R7JA 1EP3A 3W86A 2ZDRA 4NJIA 1M7PA 3L68A 4ALDA 1GG1A 2VEMA 2ZZ5A 3MBFA 4ZQRA 3PF3A 3GDMA 4CCCA 2IQTA 4HNNA 1L6WA 2Y85A 3L5MA 2A5HA 3RLUA 2ZZ2A 2RKXA 3USBA 4TR9A 5FF7A 2WNZA 1N7KA 3PM6A 3W2UA 3C6CA 1ICSA 3KX6A 4XKYA 3BPWA 3PC0A 2YZRA 3GX9A 1CI1A 1TJRA 3DKLA 3UZ5A 2WSYA 1S5WA 4EF8A 1DV7A 2JKAA 4WXZA 3PY2A 5KZEA 4BI5A 4IWWA 3GXTA 5U4NA 3EXTA 3UWWA 4P61A 3BARA 1G4TA 3PULA 2EGZA 1FUYA 3KRSA 1SFJA 5G1TA 5LZLA 3C2VA 3TA6A 4DO4A 2WQPA 4JNMA 4O52A 2Y7GA 1T0OA 2WPBA 1BTMA 1TREA 3LRMA 4BK9A 3DFSA 4JX5A 3I6RA 3PBVA 3G0SA 3PBWA 4TIMA 4UFJA 2G96A 1KM6A 2W6RA 1YDVA 2J9ZA 1P1XA 2X1RA 1B4KA 4MIMA 2QCCA 1VLWA 3LCHA 1TPUA 3EWBX 4K8HA 1GPWA 4JTKA 1R2SA 3RU6A 4NU7A 1YTEA 4CQAA 1SR9A 1XBVA 1TRDA 1ZFJA 1RR2A 2YX0A 1KM1A 1WQ5A 3BLIA 2QCHA 1KFLA 4MOZA 1TQJA 3W7QA 5EYWA 1ICPA 3O6DA 4MZ8A 3EKZA 3TU9A 3FJLA 4JTFA 4K36A 2CU0A 2CWNA 1J5TA 1QOQA 5HWJA 1SW0A 4CNOA 3TCEA 1KBJA 4RZ6A 1TRIA 3UWYA 4UR8A 2QUUA 3QJAA 1W31A 5LGXA 4NJJA 2DZXA 1ZJIA 4HT3A 1SPQA 1GT8A 4O19A 2WO5A 2V9DA 1YLVA 2V2DA 3TR2A 3SR7A 1JVNA 4JYFA 3UYCA 3B0UX 2C13A 3AJXA 4LWWA 1XC4A 3W7EA 1OFOA 2CZFA 1LLWA 3N14A 1HL2A 2Q8ZA 3L2IA 5BW6A 4HIBA 2B7NA 4X3ZA 3MHGA 1LTDA 2DZVA 3CEPA 1YDNA 2FLIA 3B03A 3NL6A 2ZZ3A 4WJEA 5AHNA 1S5VA 2LLEA 4WX2A 3KVKA 3NPVA 3W9ZA 1OFEA 1A53A 5FEXA 3W7PA 1Z42A 2ZTJA 3WK0A 2QDHA 4DEFA 3OVRA 3IVUA 1JULA 3GDTA 4TU1A 2HSAA 3DFTA 3L65A 3TX9A 2E5DA 1R30A 2X1TA 4AWUA 4LU0A 4DELA 3W7IA 3HF3A 5DCDA 2YCEA 4FX7A 1GTHA 3P8JA 5I3HA 4Q32A 3T4CA 2FPYA 1Q45A 1I2NA 3AO0A 3OHIA 1QMLA 3SGZA 5HWMA 3LHWA 3LHUA 3GVGA 3OVPA 4IX0A 3RK8A 5DXYA 1OFBA 3KVMA 4XBKA 3JRKA 6ALDA 3IIPA 5EBUA 1UBSA 3DENA 3GDRA 2RDUA 1FWTA 2ZZ4A 2CLHA 3B06A 3KXQA 3NO5A 4NUWA 2EHHA 2VEIA 3HG2A 3PSWA 2CFFA 1KM0A 3IIOA 3W83A 1L6YA 4K7VA 3GZ3A 3FS2A 3NQCA 3KOFA 4CNNA 2RFGA 2Q8LA 5CSRA 3MJYA 4I7WA 3GDKA 3O16A 5U7SA 2P10A 1TTQA 2CLLA 3TQVA 4GWEA 4WUIA 3F03K 1EPXA 5K2ZA 5AYZA 3V1PA 2C14A 1W3TA 5DCEA 3Q2DA 4Y8FA 1AG1O 1Z48A 1I2QA 4M5PA 4O54A 2NX3A 4MVAA 1GYNA 2J24A 3C2FA 4S2CA 3EWUA 3VNDA 4K7YA 3QEZA 2ATMA 1ALDA 3TXVA 3P60A 1XDLA 4K6AA 3NXFA 3QSRA 3G8RA 4FNRA 1K7XA 4Z1CA 4JY9A 4WZHA 6TIMA 2CLEA 1N55A 3IGXA 2E6DA 4UTJA 4MPQA 3HMJG 4UTUA 4MZYA 1QR7A 1DJQA 4E0CA 1H50A 2GPTA 2JK2A 2FQIA 1PHQA 4IX2A 4O50A 3UXDA 3W7CA 2KZHA 3FFSA 3TFXA 1KFBA 5KZMA 4LV4A 2WSQA 3LCGA 3NM1A 5D2WA 3SFKA 2Y89A 3F1QA 4AH7A 1DORA 3N3MA 3SY5A 3ELFA 3DXIA 3L5AA 4FNSA 1RD5A 2ISSA 2E1DA 3DGRA 1IGSA 1GVFA 4L4MA 1XBZA 1OK6A 3EXSA 3NG3A 4JYDA 1RQEA 3HPZA 1TTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PBV A;  5A8P A;  4GZE A;  4URI A;  1EPV A;  3LCH A;  1TPU A;  2D23 A;  4JQA A;  4JTK A;  1R2S A;  1RR2 A;  1KM1 A;  3BLI A;  2XH0 A;  4XD6 A;  3OJG A;  2QDD A;  1ICP A;  4EXQ A;  3EKZ A;  3FV9 A;  3DG3 A;  3FJL A;  4K36 A;  2CU0 A;  3FVM A;  3H2O A;  5CJN A;  3GFZ A;  4CNO A;  3TCE A;  4RZ6 A;  3GE7 A;  3UWY A;  1CZ1 A;  3T0B A;  1V6Y A;  4V2X A;  4IL0 A;  1S2C A;  5T8G A;  3I3E A;  1W31 A;  5KEZ A;  3GIP A;  1UD6 A;  4GO9 A;  4LAU A;  5BOF A;  2PWE A;  2FZB A;  2PD5 A;  4KCT A;  2PP3 A;  3BZJ A;  3LNM A;  1SMD A;  1OFO A;  2CZF A;  1KQY A;  4MJ2 A;  4CU8 A;  1QTW A;  3L2I A;  3LNP A;  1E4M M;  3U4A A;  3MHG A;  2DZV A;  3O9N A;  1YDN A;  1PKN A;  2GGH A;  5JUV A;  5GPR A;  3RX3 A;  4WJE A;  2O9R A;  3PHA A;  1S5V A;  2F6U A;  1MMF A;  3P2V A;  1OFE A;  3SCO A;  1A53 A;  4ICC X;  3APT A;  1VD6 A;  1Z42 A;  1K4G A;  4DEF A;  3GDT A;  4O1F A;  4TU1 A;  4RW3 A;  4S23 A;  4J4K A;  2P88 A;  4JIE A;  4ZEP A;  2ZWZ A;  1KGW A;  2X7V A;  1BQG A;  3FND A;  4KCU A;  4FX7 A;  1GTH A;  3B9E A;  3P8J A; 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