4ZEPA

Structure of gan1d, a 6-phospho-beta-galactosidase from geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
HLKPFPPEFLWGAASAAYQVEGAWNEDGKGLSVWDVFAKQPGRTFKGTNGDVAVDHYHRYQEDVALMAEMGLKAYRFSVSWSRVFPDGNGAVNEKGLDFYDRLIEELRNHGIEPIVTLYHWDVPQALMDAYGAWESRRIIDDFDRYAVTLFQRFGDRVKYWVTLNEQNIFISFGYRLGLHPPGVKDMKRMYEANHIANLANAKVIQSFRHYVPDGKIGPSFAYSPMYPYDSRPENVLAFENAEEFQNHWWMDVYAWGMYPQAAWNYLESQGLEPTVAPGDWELLQAAKPDFMGVNYYQTTTVEHNPPDGVGEGVMNTTGKKGTSTSSGIPGLFKTVRNPHVDTTNWDWAIDPVGLRIGLRRIANRYQLPILITENGLGEFDTLEPGDIVNDDYRIDYLRRHVQEIQRAITDGVDVLGYCAWSFTDLLSWLNGYQKRYGFVYVNRDDESEKDLRRIKKKSFYWYQRVIETNGAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of Gan1D, a 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
rcsb
molecule keywords Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 189
structure length 474
sequence length 474
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4zepA00
5EFDA 1JI2A 2W62A 2DSUA 2ZOXA 2WVTA 5CG0A 2WMIA 3WUFA 3VIHA 1V6WA 1MFVA 1UR9A 1WZMA 3DYPA 4H8UA 2CHNA 3WF3A 1W3JA 2D0GA 4HPHA 1SMAA 1H2JA 3SURA 4JCLA 3WQ4A 5IFPA 4ATWA 1E5NA 3RPMA 4Y7EA 5ECUA 3WH8A 2DDXA 2E40A 2J8GA 4QAWA 2WYSA 1HVXA 1CGWA 2J74A 3IAPA 3CZEA 1EXPA 1BPLB 3UESA 5BRPA 4DWSD 1VFOA 1XSKA 4AZ6A 3GNRA 1E70M 3AXHA 3AS0A 2WLZA 1QHZA 2CBIA 4UFMA 4AWEA 2WBKA 4MJ2A 1SFSA 4F79A 3GXIA 2XVNA 1UD3A 4CD4A 2OYLA 3PZIA 4U3AA 2E9LA 1KCLA 3KL5A 3OZPA 1CGTA 3MUZ1 3WENA 1CXFA 1UKQA 1EHNA 5AYBA 3EDKA 3MMDA 3GXMA 2FHFA 1OSEA 1XD0A 1BHGA 3TTYA 1WAWA 3N9KA 1UR8A 2XIIA 5DO8A 1LJYA 1FH9A 4NZCA 2WSPA 1CNVA 1CPUA 1NH6A 2ZE0A 4P8XA 1HJUA 4D6GA 2JIEA 2VX4A 1UH3A 5DEZA 1Q4NX 2G3JA 1BQCA 3ZR5A 5GNXA 1B31A 4JAWA 2EPKX 3KWXA 2ZX7A 1DWIM 5EFFA 1EQPA 2D2OA 4FLSA 1OGBA 4PMOA 1X1NA 1DWFM 2AMGA 3QHMA 1JZ7A 4Z2HA 1OBAA 1FH8A 2WHJA 5CLTA 4MPKA 4RE4A 2QLYA 8CGTA 3AIEA 1VAHA 3K4AA 3W26A 1R8LA 1JZ2A 4JCMA 3WNKA 4WLCA 3WY1A 4P8WA 3NDZA 3W6MA 3K8MA 1HVQA 2BY2A 3PZNA 2WMGA 1GONA 2J47A 4H41A 4LGXA 2Y8KA 2D20A 3K46A 2Z1SA 1M01A 2WKLA 3WEZA 2PB1A 2QHAA 3DECA 2YKKA 1QW9A 1ESWA 1GQIA 1JG9A 1US2A 1K9TA 1UWIA 3O2LA 1WDQA 3M7SA 4L4PA 2WPGA 5FL0A 1B30A 4IISA 4OJYA 2DH3A 2XFFA 1B3VA 3EMZA 3IANA 4GI9A 3MUAA 1V0LA 4XB3A 4YN5A 1VIWA 3PZQA 5ABHA 4ZXOA 1W2PA 2YOCA 3PTQA 3W4RA 1PEZA 3A47A 1W2VA 4CU6A 2D0FA 3EDDA 3VUPA 4AIOA 4MB5A 2PBGA 3WQ6A 1LWHA 3WDRA 1V3LA 1HNYA 2FDMA 1JI1A 1C7SA 1UR4A 1GJUA 2J62A 2EEXA 4HTYA 3EDEA 4IUGA 3SCQA 2GJXB 1CEOA 1CTNA 2J77A 3CUHA 3U57A 2VRQA 3CHCA 3AHZA 1E15A 4Z2LA 4KGJA 1XYFA 1J0ZA 2XGBA 2VI0A 1H5VA 2QV4A 1V3MA 2JE8A 3U5UA 2V3EA 3BCDA 3AZRA 3D5HA 5I3DA 1UR1A 1MYRA 5FIPA 4D1IA 2Q8XA 4PMUA 1B2YA 3A4AA 3AYRA 2GDUA 3PN8A 4Z2JA 1ISYA 4MNMA 3L4XA 3WL1A 3VIJA 5F7UA 4DWSB 1UQYA 1WPCA 5JUVA 2VZSA 5GNYA 1YQ2A 1U2YA 5A8QA 3L4ZA 4CU7A 2XSAA 1OGSA 5AC4A 1FHDA 2A3CA 3CMGA 2YA2A 1XRVA 2WC7A 1EGZA 2W63A 1DHKA 4WKHA 4YHGA 3ECQA 1G94A 1UG6A 1X6NA 5A6JA 3W0KA 1JXKA 1GOQA 2C7FA 1W1YA 4B9ZA 1O7AA 3CIVA 4U2ZA 3ARYA 5HXMA 3DYOA 2X2YA 3LPPA 3QR3A 3SCPA 1AQ0A 1QI3A 3L4WA 3GNPA 2GK1A 5A6MA 2ZXAA 5I0DA 1VEMA 3AS3A 3T2OA 1CDGA 1TFVA 3SUSA 2DSWA 3BAXA 2G4FA 3ARSA 3VIKA 2WSKA 3PZGA 5A8MA 1J01A 2HVMA 1PX4A 3UG3A 1W3KA 3W53A 2CYGA 1BTCA 1LG2A 3VGGA 3NJ3A 4AXNA 3KEHA 2D24A 2YL6A 5M5DA 1CLVA 4LPCA 1UR2A 3AYSA 4Q22A 2QMKA 3OB8A 3CZ8A 1JFXA 4CVUA 4TX8A 2CHOA 5A2CA 3ZJ7A 5D9MA 1DWJM 7TAAA 4JFVA 3MU7A 3BLPX 4AC1X 4HOZA 2PWEA 1TVNA 1BVZA 1A3HA 1M03A 1D7FA 2XFRA 3AZSA 5A8PA 3OZOA 1QNPA 5BRQA 3BMWA 4CD8A 5AYIA 4W8BA 3PZOA 2NSXA 4ACYA 1K9EA 1LL6A 1ODUA 5ABFA 2FGLA 3AMCA 1KXQA 3U5YA 1B3YA 1QI2A 1BYAA 3UCQA 2VRJA 2G3NA 3BAIA 1GPFA 3BAKA 1DP0A 2CESA 3NYDA 3CZGA 1L8NA 1TE1A 1HKMA 4AZCA 3QHNA 4H04A 1CXEA 3B9EA 1ISWA 3LPOA 4JFWA 2PC8A 2VMFA 3CZKA 5TD4A 2OYKA 1F4AA 2Y8VA 4J27A 2BV9A 3BAJA 4D6DA 4QCFA 4QLJA 3FHQA 4M56A 5C8BB 2VQUA 1W1VA 2CBJA 5A2AA 2YIHA 2V5DA 3W37A 1UA3A 4MB3A 4W85A 2GFTA 3VD3A 1JAKA 4CN6A 3DHUA 4B15A 1K9FA 1CGUA 4MTVA 3OLIA 2J75A 3WIJA 5CPQA 4WIWA 1KBBA 4NF7A 2XGIA 4GKLA 1C8XA 2ZUSA 1WZAA 3HU7A 4PMRA 3A4XA 2VX6A 2V38A 1RP8A 3VNZA 1DWAM 1PBGA 1GOOA 3GH4A 1GQLA 4KH2A 4OUEA 3IJ8A 2YA0A 1R86A 2HISA 4LYPA 5BXSA 2DH2A 1J0JA 1H3GA 1GW1A 1OCQA 3ZMRA 2WMJA 3CZJA 1H1NA 2PF0A 3EMCA 2X8RA 2Y4SA 2GUYA 1BG9A 4D6EA 1W1TA 1J10A 2XVGA 3AHXA 2CNCA 3VIFA 3O9NA 1V6UA 1NOUA 4UFKA 3WUBA 1FFQA 3K1DA 1FH7A 4TUFA 4W7UA 1UD6A 3IJ7A 2WVSA 4UQCA 3VOCA 2VCBA 2YDQA 3RO8A 1M7XA 1UYQA 2XHYA 3VINA 1EDQA 3RM4A 4D6FA 1IZJA 1NWTA 4JHZA 2V5CA 4KRTA 2ZUUA 3L4VA 2EPOA 1IV8A 2YA1A 1PIGA 2DPEA 1MXDA 4W93A 1E5JA 5M17A 2J7BA 4PMZA 4GI8A 1HJSA 2J79A 4AMCA 5A6BA 2J7EA 2VL4A 1MW0A 2ZUMA 1F4HA 5LYRA 1QI0A 1FP9A 3AHYA 2WZEA 3OIHA 4AD0A 2OWWA 5DT7A 2FGZA 3CMJA 3FY1A 4HOWA 1CXKA 3AIWA 4U5IA 2X0HA 2XG9A 4WK9A 1GCYA 4YHEA 1JNDA 1JD7A 4CD6A 1QNOA 1XSJA 2DSKA 2WANA 2JFEX 3T2PA 3SIMA 1M53A 1E4MM 4ZE4A 3I3DA 2XYLA 1KR1A 1KXHA 3AOFA 4UZSA 4U33A 1NM9A 4W8AA 3ZT5A 4JKLA 2VO5A 2BNJA 2E8ZA 3CH9A 3PBGA 1VFMA 5BWFA 4AZ5A 1CBGA 2G41A 2FH8A 5A6AA 1LG1A 2PBOA 1C91A 2BFGA 1BF2A 5CGMA 3EDJA 2ZX6A 2VZOA 3BH4A 5HNNA 1QHPA 4LYQA 1XC6A 2WCSA 4AEFA 2VZVA 1HJVA 4UQEA 1VFUA 3VX0A 4UFJA 2WMKA 3WNPA 3VDCA 1UWQA 2ZUWA 3NSMA 4KGLA 1Q6EA 3WH5A 1W3LA 4GZIA 1RP9A 1JGIA 3QHOA 1KGWA 3WEMA 1LL4A 1E1FA 5AY7A 3NIYA 1E56A 1ITCA 1JZ4A 1CWYA 4D6HA 3AIUA 4GPNA 3ZO9A 5A6KA 3BAYA 3K8LA 4MAVA 3VX1A 1JYWA 1JXJA 1UD2A 3AIBA 3VO0A 3CUFA 3VMNA 1E3ZA 3GDBA 3WQVA 2E3ZA 4JKKA 2VJXA 2PI6A 5D8WA 8A3HA 4MADA 1PPIA 3VVGA 5DT5A 1GOWA 5A1AA 4EK7A 4W8LA 3VTRA 1OT2A 1J0KA 1GZJA 4TTUA 1WDRA 1BFNA 4NRSA 2ZX9A 4JHOA 4ATLA 5M3WA 1CZ1A 1W9XA 4Z2GA 4LQ1A 3SCNA 4BQ4A 4ACZB 2O9TA 5D4YA 2ZUTA 2DT1A 1EO7A 3WDJA 4BCEA 4QLKA 2O9OA 2XM1A 3RJYA 3ALGA 1HF6A 1E0WA 1ZBVA 4H2CA 4N0RA 1HKJA 3ARTA 3WNLA 3T2QA 2G3IA 3BCFA 2CBUA 4UNIA 1OB0A 1WZKA 1TCMA 3RILA 1KWKA 2J7DA 5DFAA 3AIRA 3WMSA 1G01A 2TAAA 1I1XA 4A3HA 1W3HA 5DF0A 1BGAA 5LA2A 1MFUA 1MQQA 4AZGA 1WB0A 2BVDA 4MB4A 1B3ZA 4HA1A 1JDCA 1CGXA 5I5RA 2C0HA 4P7OA 5FKYA 2VC9A 1Q6DA 5D9OA 1YHTA 2BY3A 1W9UA 3BSHA 2W5FA 1B3XA 5FOOA 1TA3A 4TVUA 3N13A 5CSYA 1TR1A 2NT0A 2XVPA 3T09A 2UY4A 4OIFA 1OGGA 4JL1A 2BS9A 1JZ8A 2J8FA 1V0MA 2OLHA 1OM0A 6A3HA 1NWRA 2BY1A 3GXDA 3ZJ6A 3ZIZA 1GHRA 2WMHA 2DSVA 3GM8A 1ISZA 1UD5A 3BXWA 1CLXA 1EHAA 3W81A 5BYWA 1KXVA 2VTFA 4C7FA 1GORA 1JFHA 4L4OA 3S6TA 4ZE5A 2GDVA 2WVUA 4AZIA 5I79A 4K68A 3DHPA 4IPLA 1VJSA 1ISXA 3WD4A 3WEOA 2E4TA 3IJ9A 2ZUNA 5BXRA 3A3HA 4ZFMA 2RGLA 1WNOA 4WSJA 2CETA 4WKAA 4H8HA 4TOQA 3WD3A 1WO2A 4XV0A 2X1IA 3KZSA 1J9YA 3FAWA 2XVLA 4CCEA 4WF7A 2XM2A 1UWUA 3CTTA 4J3WA 4URIA 1KBKA 4PN2A 2XWEA 3ARXA 4LYRA 4CN1A 1JDDA 2F8QA 5DMYA 3SCTA 3WD2A 3CGTA 5D9NA 3AZTA 5M03A 2BXZA 3BAWA 5CZKA 4NSBA 1C3FA 4M80A 1MXGA 1J18A 4LX4A 2UY5A 1QHOA 1R7AA 2FH6A 3WKZA 3GTNA 3II1A 3UG5A 3ZSSA 1BGGA 1H4PA 1E6XM 3U7VA 1JZ3A 1E43A 3VILA 3TTSA 1C7TA 3VMOA 3ALFA 1ZBCA 4KMQA 4QCEA 4OOZA 5A6LA 3TOPA 1CXIA 2VR4A 1RH9A 1KR0A 2F2HA 5E70A 4CU8A 3ARUA 2WLYA 4IPNB 1IZKA 1QI4A 5JBFA 3WD1A 4UOZA 1JAEA 4M8UA 1UKOA 5EB8A 4B9YA 2OWCA 4J3VA 2BXYA 1UZ1A 3TTOA 3MS8A 2CERA 1W9DM 3U7BA 1X6LA 1PAMA 2XJ7A 3QOMA 1J0HA 3CPUA 3RIKA 1GOMA 2WBGA 4IM4A 1US3A 2OWXA 2VRKA 3UEQA 1UA7A 4E8DA 3VDBA 1XCXA 4B16A 2WC3A 3T0BA 1OD8A 2GSJA 3RM8A 4HU8A 2EPLX 2CEQA 3W25A 3N17A 1H49A 3WMBA 1UOKA 5CPSA 2CXGA 5A8OA 3M6DA 1JF6A 5BXPA 3SEPA 4MAZA 4PEEA 2W92A 4M24A 5E6ZA 4W86A 4H8VA 1FA2A 4W7WA 4HU0A 1KB3A 5KZ6A 2VX7A 2CBVA 3N04A 3BMVA 1MWOA 4GO9A 2JIWA 2ZXQA 5IFTA 1CXHA 1E73M 4RL3A 4ACZA 1V3IA 1TVPA 1XV8A 3GH5A 1JF5A 3DC0A 2DT3A 3B9DA 1WP6A 1CYGA 3AHVA 3ARQA 1BVNP 4TTGA 1C92A 4V28A 4PMXA 1GNXA 5CPTA 1KQZA 5C71A 5JBEA 4HA4A 4FK9A 4AY1A 4PYSA 5E0FA 4JZ5A 1FFRA 5BXTA 1PZ3A 5KEZA 1ODZA 1VENA 5E09A 3WBAA 1E4NA 3FN9A 3JUGA 1VEPA 1UWRA 3VMPA 3T08A 1UWTA 2YDRA 3CBWA 1QW8A 2W91A 3KL0A 3ARPA 1IT0A 1FP8A 1UQZA 4DUWA 3AMKA 4FF5A 1CGYA 1E0XA 3WF4A 3AISA 1ISVA 5HPOA 3NSNA 4BQ3A 3VGDA 2WZIA 3B9AA 4V2XA 3THCA 4UOJA 1MVYA 4U5KA 2CCRA 1EIBA 1VFFA 4DM2A 3OLEA 4UZUA 3MANA 4UQAA 4W84A 3VGEA 1H41A 3WELA 3BSGA 4GQRA 2ZXBA 1H0IA 4AIEA 1S46A 2WC4A 2BVTA 1XGZA 1E40A 2XUCA 4FMVA 3FNDA 1W32A 1U30A 1UZ4A 4W88A 1E1EA 5CGTA 4HMDA 3D3AA 3VIGA 2EXOA 4JIEA 1GHSA 4A4AA 1NP0A 2IXVA 3VIMA 4CD7A 9CGTA 4W5UA 3POCA 1DEDA 2JALA 1B0IA 3AFBA 2B31A 3EMQA 1GVYA 4D71A 3K4DA 4Q7NA 1B3WA 1DWHM 1HJWA 2WKGA 2ZX8A 4D1JA 1JZ6A 4KRUA 1EH9A 1TG7A 1JYNA 5C70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EFD A;  1JI2 A;  2W62 A;  2DSU A;  2ZOX A;  2WVT A;  5CG0 A;  2WMI A;  3WUF A;  3VIH A;  1V6W A;  1MFV A;  1UR9 A;  1WZM A;  3DYP A;  4H8U A;  2CHN A;  3WF3 A;  1W3J A;  2D0G A;  4HPH A;  1SMA A;  1H2J A;  3SUR A;  4JCL A;  3WQ4 A;  5IFP A;  4ATW A;  1E5N A;  3RPM A;  4Y7E A;  5ECU A;  3WH8 A;  2DDX A;  2E40 A;  2J8G A;  4QAW A;  2WYS A;  1HVX A;  1CGW A;  2J74 A;  3IAP A;  3CZE A;  1EXP A;  1BPL B;  3UES A;  5BRP A;  4DWS D;  1VFO A;  1XSK A;  4AZ6 A;  3GNR A;  1E70 M;  3AXH A;  3AS0 A;  2WLZ A;  1QHZ A;  2CBI A;  4UFM A;  4AWE A;  2WBK A;  4MJ2 A;  1SFS A;  4F79 A;  3GXI A;  2XVN A;  1UD3 A;  4CD4 A;  2OYL A;  3PZI A;  4U3A A;  2E9L A;  1KCL A;  3KL5 A;  3OZP A;  1CGT A;  3MUZ 1;  3WEN A;  1CXF A;  1UKQ A;  1EHN A;  5AYB A;  3EDK A;  3MMD A;  3GXM A;  2FHF A;  1OSE A;  1XD0 A;  1BHG A;  3TTY A;  1WAW A;  3N9K A;  1UR8 A;  2XII A;  5DO8 A;  1LJY A;  1FH9 A;  4NZC A;  2WSP A;  1CNV A;  1CPU A;  1NH6 A;  2ZE0 A;  4P8X A;  1HJU A;  4D6G A;  2JIE A;  2VX4 A;  1UH3 A;  5DEZ A;  1Q4N X;  2G3J A;  1BQC A;  3ZR5 A;  5GNX A;  1B31 A;  4JAW A;  2EPK X;  3KWX A;  2ZX7 A;  1DWI M;  5EFF A;  1EQP A;  2D2O A;  4FLS A;  1OGB A;  4PMO A;  1X1N A;  1DWF M;  2AMG A;  3QHM A;  1JZ7 A;  4Z2H A;  1OBA A;  1FH8 A;  2WHJ A;  5CLT A;  4MPK A;  4RE4 A;  2QLY A;  8CGT A;  3AIE A;  1VAH A;  3K4A A;  3W26 A;  1R8L A;  1JZ2 A;  4JCM A;  3WNK A;  4WLC A;  3WY1 A;  4P8W A;  3NDZ A;  3W6M A;  3K8M A;  1HVQ A;  2BY2 A;  3PZN A;  2WMG A;  1GON A;  2J47 A;  4H41 A;  4LGX A;  2Y8K A;  2D20 A;  3K46 A;  2Z1S A;  1M01 A;  2WKL A;  3WEZ A;  2PB1 A;  2QHA A;  3DEC A;  2YKK A;  1QW9 A;  1ESW A;  1GQI A;  1JG9 A;  1US2 A;  1K9T A;  1UWI A;  3O2L A;  1WDQ A;  3M7S A;  4L4P A;  2WPG A;  5FL0 A;  1B30 A;  4IIS A;  4OJY A;  2DH3 A;  2XFF A;  1B3V A;  3EMZ A;  3IAN A;  4GI9 A;  3MUA A;  1V0L A;  4XB3 A;  4YN5 A;  1VIW A;  3PZQ A;  5ABH A;  4ZXO A;  1W2P A;  2YOC A;  3PTQ A;  3W4R A;  1PEZ A;  3A47 A;  1W2V A;  4CU6 A;  2D0F A;  3EDD A;  3VUP A;  4AIO A;  4MB5 A;  2PBG A;  3WQ6 A;  1LWH A;  3WDR A;  1V3L A;  1HNY A;  2FDM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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