4ZEPA

Structure of gan1d, a 6-phospho-beta-galactosidase from geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
HLKPFPPEFLWGAASAAYQVEGAWNEDGKGLSVWDVFAKQPGRTFKGTNGDVAVDHYHRYQEDVALMAEMGLKAYRFSVSWSRVFPDGNGAVNEKGLDFYDRLIEELRNHGIEPIVTLYHWDVPQALMDAYGAWESRRIIDDFDRYAVTLFQRFGDRVKYWVTLNEQNIFISFGYRLGLHPPGVKDMKRMYEANHIANLANAKVIQSFRHYVPDGKIGPSFAYSPMYPYDSRPENVLAFENAEEFQNHWWMDVYAWGMYPQAAWNYLESQGLEPTVAPGDWELLQAAKPDFMGVNYYQTTTVEHNPPDGVGEGVMNTTGKKGTSTSSGIPGLFKTVRNPHVDTTNWDWAIDPVGLRIGLRRIANRYQLPILITENGLGEFDTLEPGDIVNDDYRIDYLRRHVQEIQRAITDGVDVLGYCAWSFTDLLSWLNGYQKRYGFVYVNRDDESEKDLRRIKKKSFYWYQRVIETNGAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of Gan1D, a 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
rcsb
molecule keywords Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 189
structure length 474
sequence length 474
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4zepA00
4HA3A 3N1AA 2E4TA 1A3HA 1QNSA 3ARRA 4JFUA 5ABGA 5CGTA 3ZOAA 4YHEA 1GVYA 3T2PA 1X1NA 5DF0A 4CVUA 1C92A 1LWJA 5BCAA 3BAJA 5HPCA 1G94A 3GH5A 4OKDA 1UWTA 1NWSA 3WDPP 3WEMA 1XRVA 1UH4A 2BHZA 4KGJA 1UR2A 1WP6A 2GSJA 3ALFA 3DHUA 3HMCA 3GBEA 1E0XA 1BVNP 3NDYA 2XIBA 5CSYA 4H41A 3A4AA 2J79A 3BAKA 1G5AA 2GJPA 3SCWA 5I2UA 4GZEA 1GOIA 1PX8A 2WANA 1BVZA 3WH5A 1V3MA 4LQ1A 4B9ZA 2WC4A 2XPKA 1M7XA 3ZJ7A 5IHSA 4JL2A 2XSBA 4Z2KA 1H09A 3N13A 4MNMA 4MPKA 2EXOA 3WN6A 3WQ5A 1MXDA 1OM0A 2F61A 2EPKX 4CCEA 3VGDA 1CYGA 6A3HA 2CPUA 2OWCA 3BMWA 2WPGA 4HPHA 1P6WA 3NSXA 2X2YA 3WDRA 4B16A 4PSPA 3MUY1 1EO5A 4U3AA 1OWQA 1EGZA 3PZMA 2OYKA 4W93A 3WL1A 1GOQA 1JZ6A 5IDIA 5CPQA 2W62A 4CD8A 2C8NA 4U31A 3BAWA 1W9DM 1JD9A 1QI4A 2O92A 1DWAM 2O9RA 3TOPA 5D9OA 1KGUA 2UY5A 1D3CA 1GZJA 3L4XA 1G9HA 1UKOA 2WC7A 3WL0A 1WDSA 2CEQA 2O9TA 2D0GA 1VEMA 2XSAA 1QPKA 2YOCA 3VM5A 3VKKA 3SUUA 2WHLA 3OA5A 4LX4A 1ZJAA 3MUIA 4PTMA 2WXDM 3M6DA 4CKQA 5I24A 1W1VA 1GORA 1C91A 2DIEA 3HU7A 2NW0A 2YIHA 2X0HA 3N04A 2OWXA 1KWGA 3PTMA 2FGZA 1E6QM 3WH9A 2ZUTA 3ZMRA 4GO8A 4U2ZA 3AIWA 2UY4A 4GZJA 3VX0A 3UG3A 1OSEA 2EBNA 3RJXA 1CXLA 1JXKA 3AIQA 2ZUMA 5EB8A 1GHRA 3WKZA 3MMUA 4TTUA 5FCZA 4UQDA 3TP4A 4BCEA 1JNDA 2FHFA 3AFBA 5LYRA 1KR0A 4J3WA 3WY1A 3U7BA 3MS8A 1NP0A 3GTNA 4TTGA 1GJUA 1YHTA 4XZWA 2W67A 4FF5A 1HKJA 4FK9A 4PMUA 4QDMA 4ATDA 3AOFA 3OZPA 4WKAA 2NT0A 2PF0A 4UTFA 5D8WA 5D8ZA 4M8UA 2XWDA 4A3YA 2FH6A 4W5UA 1BHGA 1HKKA 1E4MM 2DH3A 2VX6A 1M03A 5I77A 4W87A 4UFHA 1QVBA 2XM1A 2CIPA 2J7BA 3L2LA 2DH2A 3KL3A 4UFMA 1CXKA 4J3VA 1UD4A 3PHAA 2V3DA 1C8QA 4J28A 5JIWA 4QP0A 3TTOA 4NF7A 4CD7A 4ATLA 1GVIA 2G3MA 1JDAA 2VCCA 3F5KA 3W24A 5AYBA 1QI3A 1DP0A 1EO7A 3TTQA 1R86A 4UOZA 5CGMA 3ZJKA 1OD0A 4QFUA 1AQ0A 4U5IA 3AYSA 1WZLA 3CPUA 4ZE4A 4WF7A 2YJQA 1UKPA 2CKSA 2QPUA 3GNPA 4R27A 3EYPA 2CHNA 2WWDA 1I75A 4UCFA 2WLYA 2D20A 5HDRA 4TX8A 3DYPA 5C8BB 1HJUA 2XVKA 4C7DA 1E40A 3ARQA 4FMVA 1EDTA 4UOJA 4F9DA 2GDVA 1V3LA 4AD4A 3GYCA 1M01A 1IT0A 3GBDA 3WF1A 1VJSA 1XHGA 3NSMA 1UD2A 2PWGA 1HF6A 5AC5A 2BY2A 1EIBA 1QBBA 4W86A 4JIEA 4CUCA 4D6HA 4PCTA 3K1DA 2WHJA 5A1AA 2ZE0A 2BY0A 3W6MA 2V38A 3O6AA 4MDOA 1EOMA 4MNKA 1ZBVA 2E40A 5IFTA 1DWFM 3OBAA 3A4WA 2YA1A 1QNRA 1EQPA 1HKMA 3CHCA 3MV11 3CO4A 1H1NA 5CQ1A 3WUGA 2GUYA 3EMZA 5FIPA 3RM9A 1KWKA 3F5LA 2Y8VA 3UG5A 5KZ6A 5D9PA 2J8GA 3ARTA 2VR5A 2BFGA 3UEQA 1E3XA 3AS1A 1BAGA 3VIJA 3AS3A 2DGAA 3UESA 1LJYA 1XH2A 3QOMA 1V02A 3W29A 5D9MA 1H0IA 1J10A 2J77A 1CNVA 3WF2A 4E4PA 4U2YA 4Q7NA 3VX1A 3ARUA 1E5NA 4A3HA 2J75A 1W9PA 3AHYA 4J7RA 3BMVA 1QHOA 1NOFA 1SFSA 3VILA 2WCAA 3SUVA 4F8XA 4ZENA 4XX6A 2YLAA 2WVUA 4DUVA 5KEZA 3POCA 1VF8A 1JXJA 1LQ0A 2VZTA 1JAEA 3SCPA 3MU7A 4QLKA 1B90A 2D24A 2XGBA 5BYWA 3K8LA 8A3HA 2J7EA 1E6ZA 2A3HA 5FKYA 1BG9A 1R7AA 5DEZA 3BLKA 2JIWA 2JE8A 3RO8A 3FHQA 1CLXA 1H5VA 2FHBA 3OLDA 3OB8A 4EANA 1O7AA 5TD4A 1VRXA 1ZBCA 3MSGA 3DYMA 1ECEA 1HN1A 1OGBA 3L4TA 4TVUA 1WKYA 1C90A 4D1IA 1TA3A 4DWSA 1GQLA 1HKIA 3IAPA 3POHA 2J7DA 1FH7A 1AQHA 2E8ZA 1UR4A 2QV4A 2WVTA 3KL0A 1H0GA 4ZE5A 4CU8A 2XFYA 2WMJA 5IXEA 3T2OA 3CZJA 1US2A 1KXVA 1EHAA 3N12A 4XZBA 2O9OA 4L4PA 2XTKA 3BSHA 4W89A 1TR1A 4TVDA 1CZ1A 2NSXA 4AZGA 4WKFA 1E1FA 1HJXA 5ECUA 2CBUA 1U33A 1TZ7A 1J18A 2CHOA 3BAIA 4JZ5A 4AYSA 3PZTA 3NDZA 1NOUA 3THDA 1GJWA 1JNEA 5BRQA 3AIUA 4JFWA 4MJ2A 2XVLA 2MANA 3EDDA 1BYDA 5EFFA 4AWEA 3K46A 1W9BM 4UQCA 1QHZA 1W1YA 3AI0A 3NSNA 1CXEA 4D72A 1E43A 2VZUA 2PWHA 5A8PA 2QF8A 3GDBA 2HVMA 4NRRA 3DC0A 4D6EA 4AY1A 2D3LA 1HL9A 3GH7A 3AS2A 5A2BA 1UD5A 4FLRA 4EK7A 3AHVA 2CNCA 4V28A 4ZEPA 1QHPA 4DM1A 1JDCA 4BZYA 3PZ9A 4GI9A 3WNKA 1AQMA 2VJXA 1CGYA 1MW1A 4RL3A 3AROA 4JFVA 5I6SA 1HVQA 4RE3A 5HPOA 1DWIM 2J74A 4F79A 1G0CA 3IAQA 2ZWZA 4Y7EA 2CYGA 4AD5A 4B15A 1V3KA 2J8FA 4MB4A 2YL5A 2WB5A 3MMWA 3ARZA 3W53A 2BHUA 1OCQA 3VIMA 1XCWA 5DFAA 2WKGA 1JYWA 1JF5A 1V3HA 3TA9A 2WW5A 3LPFA 2VQUA 1CDGA 3VDBA 2G8ZA 3CZKA 1LL6A 2JEQA 4PMNA 1K9DA 2WK2A 5M03A 1HXJA 3NJ3A 1CWYA 4PMQA 3SCSA 3L4ZA 1H2JA 4NI3A 1R85A 4QLJA 3VU2A 1JZ3A 3I3DA 5BRPA 2Y2WA 3ZIZA 1MQPA 2JFEX 4M56A 4AIEA 1JYNA 1DTUA 2DSVA 2VNCA 3NUKA 2VCAA 3UETA 1PEZA 1W2VA 2BS9A 3IJ7A 4MNJA 3ZSSA 3MUZ1 3UCQA 4P8VA 4MAVA 4ZXOA 4OIFA 2ZXQA 3N15A 1VJZA 3CUIA 2OYLA 4Z2HA 2EO7A 1PAMA 4DM2A 2VC9A 3WF4A 2GFTA 1RP9A 2WMKA 1WPCA 3UR7A 2ZXBA 4LXFA 5A6KA 3WNMA 1GOOA 1PX3A 1K6AA 1V6YA 2ZX6A 3AQUA 1UWRA 4YPJA 3VMNA 2PWEA 4IPLA 1NARA 4AMCA 1KQZA 1XC6A 2YBUA 4D6FA 1JYVA 1E1EA 4GO9A 1E0VA 1JIBA 3WH7A 4GI6A 3SUWA 1E71M 1LL4A 3CUFA 3FW6A 2DT1A 1AVAA 1US3A 5F7UA 2CESA 1UUQA 2VL4A 2WVVB 3O2LA 3CLWA 2W4XA 2V3EA 1VFUA 2QLYA 3VGBA 4PEEA 2V5DA 4AW7A 4DWSC 2W66A 1H4PA 3BLPX 4IISA 5BXPA 4PMXA 3K4DA 3W26A 3NCOA 4QLLA 4NZCA 4BF7A 5E0FA 4MB1A 1J0HA 1NQ6A 2BVTA 3CH9A 3L4YA 2GK1A 4V2XA 3D3AA 1FP9A 5DMYA 1E15A 3RPMA 4BS0A 1JGIA 3UERA 3WH8A 2WZHA 3AJ7A 1YQ2A 3EDFA 3IJ9A 5E6YA 1GQIA 1E3ZA 3WNLA 1ESWA 1MW2A 2BXZA 1V6UA 2XVGA 4W8LA 1JYXA 1VFOA 2VO5A 3AMCA 3GNRA 1EQCA 2XJ7A 4TXEA 3L4UA 3W81A 1NWRA 4M81A 3QHOA 3AXXA 1F4AA 4PBGA 3SCQA 2BV9A 2WCGA 2VZOA 1FOBA 2X8RA 1J01A 3VD9A 2GVYA 4N42A 2YBTA 1Q4NX 4HMCA 4CCDA 3FNDA 2XWEA 1B3XA 1SMAA 4PMZA 3SCRA 2B31A 2VTFA 2D3NA 3VUPA 5D4YA 5M3WA 1XD0A 4H7VA 4NRSA 1UH3A 5ABEA 2E3ZA 2EPLX 4P7OA 1CBGA 3TONA 4FLQA 1C8YA 2W5FA 4FLOA 2VX4A 4WKHA 2PWFA 3WUBA 1M04A 2Y24A 1J9YA 3TTYA 1WNOA 2BVDA 1HIZA 5FL1A 1WDQA 1B0IA 2DT2A 2XHYA 3KL5A 1TMQA 1M53A 3M46A 3OGSA 3WF3A 4C7GA 4PMOA 4HZ8A 2ZWYA 1E0WA 3K8MA 3QR3A 1IV8A 1WE5A 3ZQ9A 1L8NA 3VIPA 1UYQA 2E9MA 4AIUA 1WDPA 4GZIA 2EQDA 4M24A 3ZT5A 1DEDA 3RM8A 2JEPA 3OLGA 4UOQA 1JZ5A 9CGTA 3SCVA 1UWIA 4LGXA 2ZICA 1FFQA 3PTQA 2VRQA 3VO0A 3PBGA 4ZFMA 1E72M 5GNXA 1TA3B 2F8QA 4DWSB 1E73M 5GPRA 2WBKA 4HA1A 4HU8A 1BGAA 2DDXA 3J7HA 5GNYA 3KWXA 2G3JA 4DUWA 4UQEA 4UQ9A 3OLEA 2GJRA 5A8OA 4BQ3A 2YDRA 1J0JA 1GPFA 3AZSA 1HJVA 4BA0A 3GM8A 3CUHA 3VVGA 3SEPA 3OG2A 4HOXA 1GUVA 3PZNA 1JAKA 1JL8A 1IZKA 1I1WA 3AIEA 2VRJA 2WAGA 3L2MA 4M29A 2WCSA 3B8SA 1Q6DA 1MFUA 1J0ZA 1VENA 3VIOA 5A6BA 2ZUNA 3ZM8A 4UNIA 1QI2A 2Y5EA 3BXWA 5CPTA 3VDAA 1B30A 5EMYA 1UZ1A 4D6DA 4CN6A 1HJQA 4HU0A 4AZ5A 1WZAA 2EPMX 3IJ8A 3VIFA 3WNNA 1LG2A 2J4GA 4TOQA 3ZT7A 4MADA 4H8UA 2O9PA 2V5CA 3WQ6A 1XYZA 2X05A 2WVVA 1FA2A 2J62A 2YA2A 2YL6A 1VEPA 3AXHA 3VD7A 2WHMA 4JKKA 4W5ZA 4UR9A 2J7HA 3IK2A 1TCMA 4MTVA 2YDQA 3VD3A 1NH6A 3SCOA 3WH6A 2A3EA 3RMEA 3VMPA 2WM0A 1XCXA 2VVNA 4AD3A 3N11A 4AZIA 8CGTA 3CUGA 1SYTA 5M17A 2FH8A 1A47A 1JD7A 2J78A 5LA1A 4IPNB 3M7SA 1JZ8A 4AZHA 2CETA 1GONA 3TTSA 1C7SA 3ARWA 3AS0A 1Q6FA 4LYRA 4PCSA 4JFSA 1CGWA 5JBEA 1W9UA 1E70M 3CHFA 3WNPA 5A94A 4H8VA 2ZX9A 4JAWA 1MXGA 1GNXA 1WAWA 4EKJA 1LLOA 4F66A 4IUGA 4P7RA 3VMOA 4P8UA 5LA0A 1BYAA 3MV01 4QCEA 1BF2A 2WLZA 4QAWA 5BXTA 2UY2A 3N18A 1JFXA 3HJEA 1UQZA 3KEHA 3MSDA 4OOZA 4WJXA 5JUVA 2FHCA 1Y7VA 5BXRA 2TAAA 2DIJA 1W91A 1CGVA 1E6XM 1OGSA 1WO2A 4TUFA 4UQBA 4HA4A 1W1TA 5FOOA 1I1XA 3QOKA 3VNYA 4P8WA 3ZSTA 2WWCA 1UKQA 1ZJBA 2RGLA 2VR4A 4PRWA 1KCLA 1J11A 3W4RA 2D22A 2OSXA 4AIOA 2WC3A 3AMGA 3CZLA 1UOKA 4JKLA 1KGWA 1KB3A 3WDQA 1OIFA 4E8DA 4MDPA 4N0RA 4A4AA 1GCYA 1V6XA 3A6OA 1NWTA 4J3TA 1W3KA 2HISA 4C7FA 4HOZA 2PWDA 4ATWA 2DSKA 5E9AA 4UFLA 1UR1A 4GI8A 4PYSA 5HOSA 4CCCA 1UH2A 5M5DA 1KXQA 1K9FA 3VIHA 1CTNA 5HNNA 1NM9A 3GH4A 4PMRA 1H49A 3I3EA 3CMGA 4P7NA 4CVWA 2VQTA 3WD2A 3W28A 5CJ5A 2PBOA 4EE9A 4XB3A 4RE2A 1H11A 3S6TA 4K68A 7TAAA 2ZUSA 1MFVA 5I79A 5I78A 3CGTA 1VIWA 1VB9A 5BWFA 1OT1A 1U30A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HA3 A;  3N1A A;  2E4T A;  1A3H A;  1QNS A;  3ARR A;  4JFU A;  5ABG A;  5CGT A;  3ZOA A;  4YHE A;  1GVY A;  3T2P A;  1X1N A;  5DF0 A;  4CVU A;  1C92 A;  1LWJ A;  5BCA A;  3BAJ A;  5HPC A;  1G94 A;  3GH5 A;  4OKD A;  1UWT A;  1NWS A;  3WDP P;  3WEM A;  1XRV A;  1UH4 A;  2BHZ A;  4KGJ A;  1UR2 A;  1WP6 A;  2GSJ A;  3ALF A;  3DHU A;  3HMC A;  3GBE A;  1E0X A;  1BVN P;  3NDY A;  2XIB A;  5CSY A;  4H41 A;  3A4A A;  2J79 A;  3BAK A;  1G5A A;  2GJP A;  3SCW A;  5I2U A;  4GZE A;  1GOI A;  1PX8 A;  2WAN A;  1BVZ A;  3WH5 A;  1V3M A;  4LQ1 A;  4B9Z A;  2WC4 A;  2XPK A;  1M7X A;  3ZJ7 A;  5IHS A;  4JL2 A;  2XSB A;  4Z2K A;  1H09 A;  3N13 A;  4MNM A;  4MPK A;  2EXO A;  3WN6 A;  3WQ5 A;  1MXD A;  1OM0 A;  2F61 A;  2EPK X;  4CCE A;  3VGD A;  1CYG A;  6A3H A;  2CPU A;  2OWC A;  3BMW A;  2WPG A;  4HPH A;  1P6W A;  3NSX A;  2X2Y A;  3WDR A;  4B16 A;  4PSP A;  3MUY 1;  1EO5 A;  4U3A A;  1OWQ A;  1EGZ A;  3PZM A;  2OYK A;  4W93 A;  3WL1 A;  1GOQ A;  1JZ6 A;  5IDI A;  5CPQ A;  2W62 A;  4CD8 A;  2C8N A;  4U31 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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