4ZQO | Genus

Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	375
structure length	354
Chain Sequence	DPVPTGGDDPHKVAMLGLTFDDVLLLPAASDVVPATADTSSQLTKKIRLKVPLVSSAMDTVTESRMAIAMARAGGMGVLHRNLPVAEQAGQVEMVKRSGGLLVGAAVGVGGDAWVRAMMLVDAGVDVLVVDTAHAHNRLVLDMVGKLKSEVGDRVEVVGGNVATRSAAAALVDAGADAVKVGVGPGSICTTRVVAGVGAPQITAILEAVAACRPAGVPVIADGGLQYSGDIAKALAAGASTAMLGSLLAGTAEAPGELIFVNGKQYKSYRGMGSLGAMRGKLVPEGIEGRVPFRGPLSSVIHQLTGGLRAAMGYTGSPTIEVLQQAQFVRITPAGLKESHPHDVAMTVEAPNYY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__914564107886528__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__914564107886528__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4ZQO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__914564107886528__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"914564107886528","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4ZQO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__914564107886528__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03f53de539f2a96889fd70/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03f53de539f2a96889fd70/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03f53de539f2a96889fd70/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03f53de539f2a96889fd70/pdb.gz): 461 ms

reading 354 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

354 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:353});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Mycobacterium tuberculosis (strain atcc 25618 / h37rv)
publication title	Mycobacterium tuberculosis IMPDH in Complexes with Substrates, Products and Antitubercular Compounds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosph
total genus	109
structure length	354
sequence length	375
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2015-05-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4zqoA00

3W75A 1JCLA 3N2MA 3W7DA 4CNOA 3EX6A 4Y9AA 2DU2A 2QJHA 3IGXA 4DBEA 4YXGA 4XUGA 1FWWA 1Z42A 3EEGA 4RV8A 2Z2UA 3B8DA 1TTPA 4I7WA 4UTJA 5DELA 3PVFA 1AL7A 2CLMA 2J24A 2V5BA 3UXDA 1Z44A 5G1TA 1TPB1 1VLIA 1TREA 3C56A 3KX6A 3MJYA 4UTLA 5AHFA 1ME7A 3NL3A 3NDOA 3UWZA 5K4XA 3QPYA 3IIOA 2ZZ6A 1KTNA 5G2IA 3TXVA 1D9EA 5D2VA 2NWSA 3E12A 3IIVA 3LCGA 3M44A 3QEZA 1IXPA 1LCOA 3W7MA 3EWWA 4XKYA 2ZQ0A 5FF2A 4HNTA 2YYTA 3G8RA 2ABAA 4YMZA 1XKYA 1ICPA 4UIOA 1MEWA 1JULA 3FEMA 3CWOX 2VELA 1OFAA 5K9DA 1XM3A 4S2CA 1Q3NA 3KRSA 3M16A 5G2HA 2CW6A 1K7FA 3F4NA 3W7QA 4OU1A 1O4UA 3TJXA 3EX1A 4Y6GA 1KBJA 1KTBA 1EWEA 2Y7GA 3GXTA 5KITA 3LV5A 1KLZA 1TB3A 3QSTA 3RF9A 3W88A 2NV1A 4WJEA 2FLIA 2P1FA 3ABRA 2XN1A 3P84A 2O7QA 3C2OA 4JX4A 3Q37A 4O1BA 3W71A 5LNSA 2ZZ2A 3LRKA 3W23A 3S5YA 5L9FA 2X2GA 2NX3A 4UTTC 1GTHA 3GR8A 4N4QA 3SIZA 4ORMA 1A50A 3ZR4A 3C4UA 4TO8A 2G5WA 5LZLA 1TQJA 2HMCA 5F2MA 5F4SA 1QO2A 3L0GA 2WO5A 4N02A 3GDKA 1MZHA 5FEWA 3DFOA 3VI2A 3BLIA 3L5MA 3LBMA 3KOFA 5CZ0A 4UMCA 5AC8A 2J6XA 5H91A 2YGYA 3QH2A 2E5BA 2E1DA 3LXBA 1SSDA 3ABQA 1TPWA 4O1AA 4DF0A 3FS2A 1TRIA 5D2YA 4LNYA 3EWXA 3P5ZA 1OABA 1UUOA 1QPOA 1OF8A 4O8RA 2YDAA 4IUOA 1OG0A 4UNKA 1KW1A 1KM6A 4LVGA 3UWUA 3W9ZA 4LTSA 1R2TA 1JQXA 1NFBA 2AQWA 2H3BA 4UTMA 2V0TA 1NVMA 2J9XA 3L66A 1F6PA 3TFCA 3FLUA 1H63A 8TIMA 1JQVA 1ZALA 2QCGA 3LV6A 1YTEA 3KXQA 3DI0A 1B57A 1TO3A 1QDSA 3TSDA 5F1VA 2LLEA 1VYPX 5D05A 1JRCA 4NT0A 2ISSA 5G2WA 2CLLA 4AHPA 2EPHA 2DJLA 4JYFA 5K7JA 4NNBA 1TPC1 2VKZG 5AYYA 4D2JA 3WJZA 4RXFA 2Y62A 1DHPA 1FUYA 5IBXA 2CZ5A 2QCCA 3BG3A 2JGQA 3UY7A 3PSWA 3S1WA 2NXHA 3MO7A 4O28A 2XN0A 4QIUA 1I2OA 1LBFA 3L0NA 3M7WA 5D09A 4RK8A 1TPFA 1IGSA 1FCQA 4MYAA 3W76A 3QFEA 1B4EA 1VHNA 4WY0F 3IGUA 3PBYA 4JTFA 4LY8A 4PL2A 3RU6A 3PBWA 4GUIA 1RZMA 3NQ8A 5DLCA 3K30A 3L68A 3PY2A 1FWTA 4MVAA 4H4IA 4HNUA 2DORA 3HGJA 5FI8A 1T0OA 3NO5A 3LXAA 4IPJA 3SGZA 1ONRA 2JKAA 3KHJA 3BARA 2C3ZA 1R30A 5LKYA 3DFNA 3TR2A 1J2WA 5D30A 2OT1A 3M5ZA 1F5ZA 4DO4A 2VC6A 3H55A 3G1YA 1QCWA 1LYXA 1PCWA 4NJJA 5CKSA 2JGYA 2B4GA 3U8GA 4R33A 3QMSA 2JK2A 1W31A 3P60A 2V2CA 3LCXA 3AO0A 3G1FA 4KFNA 2Z0IA 1EP1A 4XTIA 1RQHA 1W3TA 3NQMA 3GR7A 3RLUA 3W07A 3W72A 1P1XA 2QCHA 2QCDA 5CPOA 3B05A 3G3MA 3Q2DA 2ABBA 4OV9A 1MO0A 3TV8A 3BV4A 3PUEA 1P4CA 5DBUA 2OJPA 4RZ6A 1EPXA 1N7KA 5I3HA 3JRKA 1L6WA 5KZMA 4O4VA 3KVJA 4FNTA 3F4WA 1T96A 1YLVA 4RR4A 5BMWA 4FO4A 3O07A 5D2XA 2Y88A 5DCEA 3SECA 1JJKA 2UV8G 3W1QA 3P8JA 2FB2A 3W7PA 4LV9A 1VYRA 3H53A 1TTIA 3BG9A 3GKAA 2ZZ7A 4PCFA 3IEBA 4OBTA 1PIIA 4JTSA 3P67A 3WFAA 3QJAA 4CNNA 5AFDA 4K39A 4XBSA 4XBKA 3F03K 3W74A 2GOUA 3W2NA 4A22A 3B0UX 1SUXA 3W7RA 2FTPA 1K02A 4HKPA 4NQ1A 4FX6M 1U83A 1SQ7A 2TPSA 3WK1A 1WOBA 4AF0A 1B3OA 1OFPA 2WNNA 1W5PA 4UTIA 1GOXA 1AW5A 2ATMA 1H7OA 2W6RA 1GJPA 3UZ5A 4X3ZA 4AHQA 4HSOA 1OX6A 1PHQA 2B7QA 1TPDA 4LVAA 1G6CA 2CLKA 2VEMA 2NWRA 3NQFA 4EIVA 2CFFA 4DEFA 2EF9A 1KM1A 4WZHA 3S1VA 1DOSA 5D37A 1W3IA 1FBAA 2A2IA 3NL5A 3DI1A 5HULA 3LHWA 5I3IA 1G4SA 2YFOA 3QRHA 3O6DA 4WOQA 3W1XA 4OQVA 5BNKA 1SW7A 3W7JA 3STFA 4UFJA 3BK0A 3TU9A 1SFJA 4O52A 5SWUA 3W84A 1WBJA 5EL1A 4LVBA 1B4KA 4KWWA 1TJPA 5KINA 4Z1AA 2GVLA 3PG9A 1N55A 4ZQNA 4QJ1A 1FDYA 3BPWA 4L4MA 4C1LA 4GFSA 3PC0A 3TMLA 2ZRXA 5LSMA 1NSJA 3HGSA 3TX9A 2X1UA 1OX4A 3MBFA 1OK6A 3B4UA 3MP5A 1H62A 2X30A 3IIZA 3LI1A 1JUBA 5AHMA 4POCA 3NL2A 4UTWA 2ZRUA 3GKFA 4NXSA 4ORIA 3QQ0A 3MHFA 3C8FA 3O63A 1S5VA 3DU0A 4JS3A 4XWUA 4K8EA 2Y7EA 4AWSA 2ZZ4A 1SW3A 1TV8A 3DBPA 4JY8A 3VE9A 2NZLA 3LX9A 3H54A 4IMGA 3T44A 3L0KA 4I7VA 3W1MA 3DAQA 3P81A 1Z41A 3PWAA 3EXTA 2YZRA 3LLFA 5C54A 1MEIA 1LRNA 3W22A 3MI6A 4RCXA 2ZBTA 3EWBX 2CZFA 3M5VA 3R13A 1VJIA 1EEPA 2V5LA 1YXYA 4HIBA 1OVDA 3GDLA 3M41A 2A21A 2J9YA 2DZVA 3P7YA 1E51A 1I4NA 4U28A 2A7PA 3VE7A 5L6UA 1VH7A 1Q45A 2H6RA 4UFIA 4S2BA 1VCVA 4O17A 4BI5A 4Q4KA 3TQ0A 3QSRA 4JTLA 1HO1A 2P10A 2WSQA 4IXXA 4WY0B 5K2ZA 4UR8A 3CC1A 3HIJA 2QCLA 5AYXA 3QZEA 2QUTA 3SZ8A 5C55A 3KRUA 3V75A 3Q94A 3VKJA 3LHYA 4YCPA 1FCUA 5I3GA 1I2RA 2NXGA 1FCVA 4GUGA 1RVGA 1GPWA 2ZA3A 4IX2A 2QUUA 2V30A 4WX2A 1KFCA 3UWYA 4GE8A 1YADA 2CLIA 5H2ZA 4NJGA 3L67A 4RXGA 1JVNA 3B03A 3QMRA 4NX0A 1KFJA 1DL3A 4EVZA 1D3GA 3VCRA 4A3UA 2ZYFA 2BTMA 1TPVA 4TIMA 4YL2A 1YYAA 3SGUA 1QNVA 3O15A 4DBDA 3NQEA 5AHIA 4Y8FA 1KV8A 3S5OA 1ALDA 4UMBA 2WSRA 3S0CA 3M1ZA 1NEYA 1PHWA 3W1TA 1H7NA 4MY9A 3ZFHA 1THFD 3M5YA 2Y6ZA 3NM1A 5D03A 1LZOA 3IVSA 3PR2A 5CZJA 2RKXA 3LHTA 3G18A 4PEKA 5IBXC 2E6FA 3W7NA 1GZGA 2XN2A 1P5BA 1SU5A 2CZDA 4IJBA 3TQKA 1WQ5A 4LRTA 3HG5A 4C1KA 3S5ZA 3UWVA 4I9AA 4YWIA 1GYLA 2B7PA 2VFHA 4JIPA 1C9DA 3P61A 3STEA 2QKFA 4Z1BA 1H7PA 1V5XA 4O54A 3NVTA 1H5YA 4BK9A 3MP4A 5DCBA 5G5IA 4MIMA 4QQ3A 4DQWA 3ZWTA 3NQDA 1A5CA 5CPNA 5HMSA 1QWGA 1KV5A 1OYBA 4KKXA 4GXMA 4L4LA 2C0AA 3M0ZA 3W73A 4IPIA 5A5WA 4ADTA 4O14A 3SJ3A 3DFPA 5D02A 4BWLA 4MLRA 1FX6A 3W2KA 3C3NA 2BWGA 4M7SA 1TJRA 5EPDA 3DHDA 2Y89A 2QJGA 1K8YA 1R2SA 2Z6IA 2VENA 1OFQA 3R2GA 3NG3A 3CB8A 4MPQA 1L6SA 4N9DA 2ZA2A 1PS9A 4R53A 3UQNA 2G97A 1IIHA 2XFWA 2ZRVA 1XBXA 4NU7A 3MP3A 3LB0A 1TPEA 3T55A 1W5NA 3W70A 3HPZA 1WYIA 1C29A 1LORA 1QO5A 4M6QA 4JTHA 4P2VA 2Q3RA 3U2OA 1J5TA 3WJSA 3TK7A 4DPQA 1R2RA 4O13A 1XFBA 1O60A 2X1RA 1W56A 3PF3A 2HSAA 3THAA 4QAIA 3VFLA 1NF7A 1TYGA 3RK8A 2JKEA 3UZJA 3LCIA 5K3VA 4OHQA 4BI6A 5BMXA 5CPMA 4AHOA 4TX9A 3HB9A 1GG0A 2ISVA 5I3KA 2FFCA 4ZL1A 4K37A 2QDGA 1G7VA 4O0ZA 4JTKA 3P62A 1JCNA 3N9SA 3PUOA 3LTPA 3BW3A 3W85A 3O6YX 4X9SA 5F4XA 3F1QA 1UJPA 1TIMA 3DFQA 1AL8A 2PCQA 4HPJA 2FIQA 4Z08A 3EX2A 5LNUA 1NAL1 2E6AA 1DORA 3G3DA 3USBA 4DO5A 4UFHA 4AB4A 3C2VA 1HUVA 3UPBA 4LU0A 4ONVA 1EA0A 2QUVA 1PL9A 3ZS4A 3N2XA 3HBLA 2G96A 3NQ7A 2QDHA 1DJNA 1VZWA 6TIMA 3KFTA 1PVNA 4GUHA 1FWSA 3UPWA 2V8ZA 1A5SA 4AMAA 3NEVA 2NUXA 5EY5A 1ZENA 3HMJG 4HNVA 1W5OA 1SO4A 1K3UA 3N3MA 3EXSA 2IQTA 1FXPA 5AB3A 1TPH1 1ZCOA 3JS3A 4HNNA 3KRZA 3HJZA 4IMDA 4E38A 1MEHA 3C2EA 4FEZA 4JD4A 3OVRA 3OBKA 5D33A 3ELFA 1VC4A 3M47A 1ZY9A 1A5BA 3TAKA 4TMCA 4OWGA 5DBTA 3S9YA 1RR2A 2F7FA 1VLWA 4U4MA 4LS0A 1F6KA 4E2BA 4A29A 5EBUA 3TQVA 2J9ZA 2QJIA 1Y0EA 3EWZA 1M5WA 3W7LA 2WNZA 1UBSA 4GC4A 1LOLA 1WOAA 2GPTA 2R8WA 1X6UA 1H50A 2R91A 2YXGA 2A6NA 1JCXA 2FDSA 1QOQA 3W7HA 3TSMA 1BTMA 2B7NA 3CTLA 3G0SA 1W1ZA 3CU2A 5FF0A 4P61A 3TUUA 1S3HA 3TA6A 2C1HA 1DBTA 3P80A 5T26A 2ZFAA 5F2IA 4AAJA 2HS8A 4FXRA 5HWNA 4KFOA 1BWLA 2YCEA 1HL2A 4QM1A 2PRMA 1YPIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4AST A;  3KOX A;  1H7X A;  4FXJ A;  4J3Z A;  1TR1 A;  3SFK A;  1YDO A;  4A8N A;  1RHC A;  3BUV A;  4UTU A;  5AYZ A;  1O5R A;  3W38 A;  1RK6 A;  3EKL A;  4MY8 A;  1P7T B;  3U4F A;  4A21 A;  3AHT A;  1J9Y A;  1JCY A;  2VXN A;  1IXN A;  3VDA A;  4BZY A;  2QEZ A;  3M0I A;  4QCE A;  3BGG A;  4JL1 A;  2GQ8 A;  4H9Z A;  4KWS A;  2R94 A;  3GXN A;  1SZN A;  1H2J A;  3AIQ A;  2PCE A;  5XIA A;  3WK2 A;  4U3C A;  4JTG A;  4WSK A;  1FDJ A;  5HMF A;  3YPI A;  5T9B G;  1OX4 B;  1ZAH A;  3SSJ A;  3CZG A;  3QC3 A;  2NV2 A;  2IUZ A;  4M19 A;  3L65 A;  1E9Y B;  4E3T A;  4OTK A;  1BXN A;  1Q66 A;  1V3M A;  4FK9 A;  3W1L A;  2VQU A;  3W81 A;  2F38 A;  4DUX A;  3HG3 A;  2H90 A;  2QS8 A;  3CJP A;  3A3W A;  2EHH A;  1XLI A;  1QPR A;  1KBB A;  2OR2 A;  5HAO A;  1RD6 A;  4OOZ A;  4B92 A;  4F0S A;  3EZ4 A;  3CAV A;  4U31 A;  2HTM A;  4NY2 A;  1WV2 A;  4Z0J A;  1GVO A;  4KMQ A;  2ISW A;  1AD4 A;  2BGN E;  1QML A;  4H8U A;  1Q6C A;  1VS1 A;  4HCD A;  1Q6F A;  5LIU X;  4BEU A;  1B31 A;  1GVQ A;  1EX5 A;  3BMX A;  3OG3 A;  5C8B B;  1H1N A;  1W1B 1;  2NX9 A;  3N19 B;  5C9U A;  1VYS X;  2BBF A;  2R14 A;  3PM6 A;  5CZS A;  1EA9 C;  5FIP A;  1JPH A;  2YA2 A;  3VFC A;  2KZH A;  3W87 A;  3TRO A;  3ICJ A;  3AMK A;  4AVN A;  4UOJ A;  3DUG A;  2PDQ A;  2YR1 A;  2PRL A;  1OWQ A;  3B8U A;  2D2O A;  1ZHA A;  4MAV A;  1TJ0 A;  3GFY A;  2V69 A;  1IIG A;  2PWG A;  4FNP A;  1XJB A;  1LWJ A;  4MAZ A;  5I23 A;  1TWW A;  3LOT A;  3OG2 A;  5A6J A;  4JTT A;  3IVT A;  4EF9 A;  4DYK A;  2EJ1 A;  1TQX A;  2ISD A;  3GUW A;  1ONW A;  2YL9 A;  5BRB A;  1OQF A;  4AC1 X;  3PWI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4ZQOA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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