4ZVJA

Structure of human triose phosphate isomerase k13m
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWMMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2015-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4zvjA00
3N73A 3NPXA 4RK8A 4QNWA 5CPOA 1OYBA 3LHWA 4K8EA 2Y6ZA 2TRSA 4MJZA 3SJ3A 1QAPA 3DHFA 1W54A 1VYPX 1H50A 3C3NA 1TTIA 4H3DA 1XI3A 3M41A 3WK1A 3C2FA 4FHAA 1YPFA 1OABA 1G67A 3M44A 4M5PA 3W7GA 1FWSA 4JTLA 1YADA 1T96A 1D9EA 1GYNA 2CLKA 4Y6GA 3WJYA 4QSHA 3EWYA 5G2WA 3L5AA 1ZJIA 3LXAA 4O4VA 3LERA 8TIMA 2VFGA 1TPVA 3LHUA 2JKPA 4O19A 5KSWA 3TX9A 1VR6A 4FF7A 1FCQA 3IVUA 1LRNA 5AOUA 3W1MA 5BOOA 4QJ1A 3W72A 1L2UA 1DQXA 3NZRA 3MBFA 1HL2A 3NDOA 5LNRA 4JDBA 3C0JA 4NJGA 1ZCOA 3RNDA 3DFQA 3TV8A 3LRKA 5D2VA 4UTIA 4WXYA 3W7CA 2KZHA 2QCEA 3LHYA 1RD5A 5G5IA 2C6QA 2ZRYA 1I45A 3G18A 2QCCA 3PBUA 2YSWA 4BI6A 4P61A 3PUEA 5AHLA 4DPPA 4KWVA 5AHIA 1RQBA 3MP5A 5HWJA 4J9JA 1F76A 3IGUA 1DJQA 5CG7A 2X1SA 4MKNA 4E38A 3E02A 2A7RA 1MSSA 1WA3A 1JCNA 3BV4A 3U8GA 1TSIA 4BFAA 3O8AA 4LRSA 4O14A 3T55A 4UTJA 2F84A 4NJHA 3WJZA 1PIIA 2NX3A 3RU6A 1TPB1 1Z48A 3W3OA 3GKAA 4JS3A 1KTNA 3UWQA 3NGJA 2ZFAA 3CB8A 4C1KA 5H2ZA 5HNRA 1J5TA 1DQWA 3W88A 2NXGA 1B3OA 3EWWA 3VKJA 4PODA 1QWGA 4AF0B 2QJIA 4NQ1A 4WY0B 3P61A 1TTJA 3TW7A 4O17A 1A53A 1NFBA 4XTIA 3KFTA 2H3BA 4O1DA 4Y96A 1KA9F 4LVDA 1QOPA 5DLCA 3DENA 1F7BA 5CZTA 2QUTA 4NZJA 5TIMA 1VCGA 5MHBA 4X3ZA 3DGRA 3NA8A 3QRHA 3GNDA 5F2IA 4N9BA 1B4KA 1TCDA 4EF8A 1OFRA 1TPEA 1T8XA 3HF3A 3NL3A 4ADTA 4K7VA 1LDCA 1WOBA 3KAOA 2R14A 1LOSA 5AHFA 2NV1A 3W7OA 2GQAA 2XN0A 2V81A 2ZRVA 4U4MA 2VFFA 3LV5A 5CPMA 2CU0A 3NYZA 4OWGA 1KTCA 4O1BA 5BRBA 2FTPA 3NEVA 3MWAA 3EWZA 3GDLA 5IBXA 4RKAA 3NQMA 1O5XA 3YPIA 4RJEA 3S5OA 2YCEA 3ATZA 3GDKA 3PSVA 4QQ3A 3CLMA 2TMDA 3NQDA 3Q2DA 2O7SA 3R2GA 4AVFA 3HGSA 4IXHA 4IX2A 3G1AA 3GYEA 4ADSA 5FF7A 2CLIA 4NX0A 2VELA 3A21A 2GVLA 4EWND 1KFLA 4CNOA 3W1PA 1YXDA 1OX4B 2A1YA 3MMTA 6TIMA 5HR6A 1W56A 3FA5A 1JQXA 2FJKA 4S1FA 3UZ5A 5D04C 1Q3NA 3G8RA 3HGRA 2ZBTA 3IIZA 5LNSA 2Y89A 3MI3A 1XL9A 1QOQA 1QCWA 1ZNNA 2ZZ1A 1TV8A 1F6KA 1SFJA 2G95A 1ADOA 3W7QA 2FFCA 2X16A 5FEZA 1DJNA 4RV8A 3N34A 3OHIA 3TAOA 4PH6A 4GRSA 1FCVA 1OK4A 1SZNA 1HFBA 3CT7A 1G4TA 4ZQMA 2BZNA 2D73A 2V9DA 3TJLA 3TAKA 3L67A 3P7YA 1DOSA 2NXHA 3NG3A 3VNDA 3QSRA 3HGJA 5DN1A 2HS6A 4O57A 4LS2A 5KZEA 3HJZA 3S1UA 3LRMA 4LS0A 1GYLA 1R30A 2ATSA 4HN4A 1YYAA 3EWXA 4O10A 1R2TA 3R8RA 1VGAA 1H7RA 3W2LA 3UWZA 1MO0A 3LRLA 1WBJA 1VRDA 1I4NA 3PF3A 1Z42A 1NVMA 2VEKA 1VPXA 3HPSA 1AW2A 3R13A 3W70A 1K8ZA 4NJKA 3NQEA 3C2RA 2WPBA 4GJ1A 3T78A 2GPTA 4UTMA 2OCZA 1TPWA 3QYQA 1ALDA 4WQ6A 5D38A 4NNCA 1PCWA 3TU9A 3W73A 2ISVA 1L9WA 2EHHA 1L6YA 2DJLA 2CZFA 4CCDA 1F5ZA 5C2XA 1ZALA 1SO6A 1V5XA 4JTHA 2GJLA 5EY5A 1JRBA 1W3TA 3H55A 3NQ7A 2QCGA 1IXQA 3W7EA 3N9SA 1I2NA 4PEKA 3IIXA 3EXSA 2ALDA 7TIMA 3W23A 2V8ZA 4JICA 3PG9A 1AMKA 3MHGA 1H1ZA 3FEMA 3TMLA 4CCCA 2PC4A 2ISWA 1QFEA 4QM1A 2ZA1A 5D2TA 3B05A 1OFBA 1KM6A 5AYYA 4GUGA 1ICPA 4M7SA 3O07A 5T26A 1OX6A 4XUGA 4FNUA 4AAJA 4CNPA 1V7YA 4FNQA 4NNAA 4JIPA 1H7XA 4JTEA 1RQHA 2YYTA 3IV3A 4I7WA 4BWLC 1KFBA 1C9DA 3TR2A 3N14A 1SUXA 2LLEA 3DFOA 4JY9A 3NPUA 4YL2A 2Y70A 4JX5A 1NAL1 5CZSA 4N6EA 2QCDB 1O94A 1W3IA 3M43A 5G1TA 2R91A 1W37A 3C2EA 4MFDA 1SU5A 4HNTA 3QMRA 3HG2A 3NQ2A 4UXDA 4LC8A 2VFIA 2GUUA 4O0KA 3PBVA 2DZWA 2Z0IA 2Z6JA 1GVSA 3PSWA 3QF0A 3LBCA 1IIHA 1VCFA 2DZXA 4Z1DA 1H7PA 4TIMA 1J2WA 4Z1BA 1M7OA 5A5WA 2DZVA 4JY8A 2FB3A 1FWNA 4S2CA 3ZFHA 1EP3A 1LBMA 1QDSA 4TR9A 4GXMA 4N4QA 1WOAA 1DHPA 3HBLA 4DBDA 3G1HA 3OIXA 1FY6A 3LCXA 2V0TA 5BW6A 3QMTA 1ME9A 1TB3A 5CPLA 4BK9A 2PRLA 1KV5A 5LGZA 4UTWC 3P5ZA 3TSMA 3W7DA 3RF9A 1KFKA 4ZQNA 4GE8A 4AHQA 1W5MA 4UCGA 3SI9A 2ABBA 1EA0A 1D3GA 1HUVA 1BEUA 2QDHA 1K7XA 4GUHA 4CCEA 3P80A 5AC6A 2QF7A 1M7PA 1KM3A 1EUNA 3TSBA 1VHCA 2PCQA 4LVGA 4X9SA 1R2SA 3TROA 4IMCA 3AO0A 3P60A 2JGYA 2ZRUA 4XQ6A 2PRHA 4JYDA 3DI1A 5DXYA 1G7VA 1I2PA 3LHZA 3BK0A 4FX7A 3PB2A 1THFD 1XM3A 3O63A 5J5DA 1PCKA 4NJJA 2ZZ6A 3UXDA 5CZ0A 1RR2A 2RDWA 5CPNA 3QJAA 3VI2A 4QNEA 4AEOA 1H51A 2OX1A 1JRCA 3QQ0A 4ORIA 4TO8A 3O15A 1G4SA 4FXRA 4BR1A 2E6AA 2A4AA 3SGUA 5LSMA 3NQ6A 4LVFA 1EWEA 1OFEA 3W7NA 3GXTA 3STGA 3BG3A 4FNRA 3LI0A 3PR2A 3G24A 4WZHA 4MIMA 1AL7A 1JUEA 4R53A 2YR1A 3UWYA 3Q58A 4O50A 3G8EA 2Y63A 4O16A 3CWOX 4OQVA 1DKWA 2Y61A 1DVJA 4AWSA 2BLEA 1GZGA 1MEHA 4N02A 4BI5A 1XUZA 3L0KA 3UXAA 2QJGA 3SY5A 1TTQA 1LRTA 3UPBA 5E1QA 4JD4A 2DP3A 4DF0A 3CPRA 1EIXA 1B57A 3TW6A 1F74A 1NSJA 4O8RA 4E0CA 2JGQA 5K9DA 3HOJA 5EA9A 3H53A 1K03A 4MFEA 4N9CA 4N9EA 2FPVA 4O52A 4AB4A 1WDWA 3KX6A 2FDSA 3EWBX 3IGSA 5DXXA 4N2YA 1JVNA 2A7NA 5DELA 4AXKA 2CWNA 3I7RA 1F73A 4MY1A 4MLJA 3L0NA 3PAJA 4O1AA 4M6PA 2CLFA 1JCMP 4RLIA 3NL5A 3BW2A 3NOEA 1PHQA 4HPJA 3OG3A 4LRTA 3EKLA 1TREA 3G0SA 3U2OA 4LY8A 4LV4A 4MYAA 3W84A 4KWWA 2EPHA 2DU2A 1OFQA 3L2IA 3KOFA 3B0UX 3WFAA 3WK2A 4Z0JA 1OJXA 2VFHA 1K8XA 4YCPA 2RDUA 1W0MA 3UPWA 5LKYA 1UBSA 2QUUA 2VOMA 1SW0A 3C2VA 3EX1A 3KHJA 3K30A 3SW6A 3W7MA 3FKKA 1S5TA 2E6FA 5C6MA 1XBZA 1FWRA 1KFJA 2J9ZA 1AG1O 1GG0A 3W7RA 2NWSA 2B7PA 1SPQA 1N7KA 1JULA 4RXGA 1JUKA 4PC8A 1L6SA 4KFPA 1WXJA 3KVLA 4RR4A 2RDTA 4UNLA 3UWWA 5LGXA 4JN6A 5K9XA 2TYSA 2CZDA 5D2WA 3W75A 5D32A 4HIBA 3DAQA 5I3IA 3TSDA 3G1XA 5KZDA 3PUDA 3UD6A 1LCOA 3TC7A 3PG8A 3DKLA 1TRDA 3PB0A 4AHPA 5DCEA 1O95A 3TQKA 4ZQCA 3OVPA 4X22A 3MUXA 3GDMA 3FS2A 2A21A 2FIQA 1LBFA 3QZEA 3A5FA 4UNKA 3CEPA 1RZMA 1R47A 2YDAA 1OFDA 1W5OA 4LVBA 4YCOA 1H7NA 5TQLA 3P82A 1LROA 4UTHA 3IVSA 4O1CA 1HO4A 5FF3A 3LOTA 3TA6A 5H91A 2Q3OA 5CSRA 1A5SA 3LGEA 3NPWA 1GOXA 4FNTA 3RLUA 2DJXA 2J6XA 4LV9A 3EXRA 1TJRA 1ZAJA 1RVGA 3DFSA 3C2OA 3GIYA 1FX6A 3P8IA 3TFXA 3T4CA 5EBUA 2NX9A 1PS9A 3TK7A 3P67A 3NQ8A 5DBTA 4JYEA 2EKCA 3IGXA 2X30A 1X1ZA 1M6JA 3MP4A 4EF9A 1H7OA 4ORMA 4Y9AA 3I65A 3HGOA 4O0ZA 3RMJA 3L68A 1FWWA 1LYXA 5AHNA 1WQ5A 5EMUA 3PBYA 2X1RA 3HPZA 2B4GA 2NXIA 1WX0A 3LDVA 1TPH1 4IQLA 4UMBA 2AGKA 3HG4A 4K38A 1EB3A 1I2QA 4IUOA 3LXCA 4MZ8A 3L0GA 5AYXA 1OF6A 3FYPA 1X1OA 1YXYA 1BKSA 1EEPA 2ZZ3A 3PBWA 4JTTA 1F6PA 1LP6A 2E09A 2QCNA 5D33A 3I7SA 1FCUA 5LNWA 1JQVA 3M5VA 3ZR4A 4JTUA 3SR7A 3RK8A 1W3NA 2ZQ0A 3DU0A 3PUOA 3GVGA 4OV9A 4A3UA 4XBKA 2ABAA 1GVRA 3M0ZA 3GXPA 4IJBA 1XBVA 4AHOA 4JTJA 3GX9A 3T40A 1LLZA 5CSSA 2Y85A 2E5BA 3TNOA 2Y88A 3TDFA 3ABQA 3QMSA 1P4CA 4K6AA 3E9AA 2ZA2A 2E5DA 2V2HA 5AC7A 3ANYA 5BMXA 1A50A 3I7QA 4LNYA 3VE7A 3BLIA 1TO3A 5G4WA 3L21A 5G1YA 1TPFA 3NXFA 4OE7A 3T7VA 4EVZA 1K7FA 1WBHA 4O12A 1SW7A 3B4UA 4ZQOA 5IBXC 1K7EA 1KBIA 3O6CA 4LUIA 2JKEA 1Z41A 3BARA 3C6CA 1ICQA 3LV6A 4LW7A 3ELFA 3L9CA 3M5ZA 3N19B 4XKYB 3NVTA 4OHQA 1ME7A 4NJIA 4Q32A 4DXVA 4FNPA 2FLIA 2WNQA 5K7JA 4FB7A 4GUFA 3LCGA 3A22A 1RQEA 3TJXA 2YX0A 1SZEA 3LXBA 4GBUA 3M7WA 2E5CA 3F4WA 4OBTA 1A5AA 1LBLA 3QPYA 3S5ZA 3SIZA 2GVJA 3WK0A 3P8JA 1SSDA 2CZEA 1SSGA 3DXIA 3W1AA 2VXNA 4JTGA 1P1XA 2ZCGA 4MPQA 3ABOA 5FEXA 3G1SA 1P5BA 2P10A 4HT3A 1GWJA 3QQ1A 4DF1A 1G4EA 2J27A 1LORA 3QC3A 3MBDA 3S8HA 1W5QA 2C16A 2VC6A 4MY8A 2QJHA 3Q94A 2I1OA 4FX6M 3STEA 1SZFA 4O15A 1LRQA 2HS8A 4OT7A 1FCBA 4UUIA 1FXQA 4UR7A 5ABTA 4UIOA 5C5YA 5L9FA 3W1NA 3R5EA 5F2MA 1Q6QA 3TUUA 1VC4A 3W2NA 4NX5A 4UTTA 2GVGA 2QCLA 3E12A 4IWWA 4NXKA 5K2ZA 1R2RA 1OYAA 2UV8G 4B5NA 4CQAA 3C61A 2Z2UA 2NUXA 1FXPA 3KRUA 3O6YX 1O4UA 1UUMA 3PWAA 3L5LA 1SR9A 5SWUA 1ONRA 4LC6A 2GQ8A 3SFKA 1QPOA 1JCLA 4ONVA 2ZZ5A 3A23A 3PS7A 3O1NA 1GG1A 2WQPA 2CLHA 3DBPA 4UR8A 3DFPA 3O05A 3MHUA 1GT8A 4KFNA 5FF4A 1C8VA 2H3DA 2FPTA 1JJKA 3GK0A 1U83A 2W6RA 2WJZA 1OX5A 4K7YA 4OU1A 4ZQPA 3U6WA 4A21A 2A2IA 4DO4A 1K8YA 4OV4A 1ZHAA 3USBA 4H4IA 4MZ1A 1N8FA 2WSQA 3P62A 4POCA 4WUIA 1UB3A 3FIGA 1UUOA 3W87A 4O18A 4JX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GD6 A;  5A8N A;  3LHW A;  4K8E A;  3DYP A;  2VNC A;  4PMU A;  3A9B A;  1K8C A;  1XLC A;  3UG3 A;  3C3N A;  3AXH A;  1K1D A;  4MGG A;  4H3D A;  5DT7 A;  1VF8 A;  4YNG A;  3C2F A;  3BAW A;  3ITY A;  2VD9 A;  2X0Y A;  4FHA A;  1AOD A;  3VKB A;  5I3D A;  5H6H A;  4L56 A;  3W7G A;  1WDD A;  1YE4 A;  3UES A;  1E0T A;  1GYN A;  2CIT A;  1T6M A;  4QSH A;  3EWY A;  3WUB A;  3LXA A;  3ZVH A;  3K4D A;  5BWA A;  4J4K A;  2JKP A;  4O19 A;  4FF7 A;  5H1W A;  5BOO A;  1W1T A;  3BJF A;  4TVD A;  1DQX A;  4ZOA A;  1KWG A;  1B5T A;  5C2G A;  1W1I E;  3C0J A;  3RCN A;  7ENL A;  4MNK A;  1CGX A;  1R3S A;  5JBE A;  1BYA A;  3TV8 A;  4UTI A;  5HA7 A;  4A3R A;  1RD5 A;  2ZRY A;  2YSW A;  1PKN A;  4NIL A;  4W8B A;  5AHL A;  3RAO A;  4DPP A;  5A8O A;  1NP2 A;  4JIR A;  1RQB A;  1W6T A;  4GKT A;  3L4U A;  1MSS A;  1WA3 A;  5C8B B;  1TWI A;  2UBP C;  4LRS A;  4O14 A;  1TVL A;  2FHB A;  3WJZ A;  4NJH A;  1AMY A;  3W3O A;  2VCB A;  4L4O A;  2CIP A;  1WXY A;  3ES8 A;  4JS3 A;  1KTN A;  2QPX A;  3B9D A;  3EDJ A;  1JI2 A; 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