4BI7A

Crystal structure of a mutant (c202a) of triosephosphate isomerase from giardia lamblia. complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNCEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Giardia intestinalis
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 93
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2013-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bi7A00
2R14A 2NX1A 4UMAA 3W73A 3W6YA 3GAKA 4N6EA 3HGRA 2A6LA 5D03A 5LNRA 2GQAA 2E68A 2FPYA 1VS1A 3W85A 1HO4A 5IBXA 3CPRA 4UFIA 3LHWA 2GQ8A 5U7SA 4Y6GA 5DELA 1UASA 1FUYA 3UZJA 5AC8A 3KVJA 4HNUA 4QNEA 3HO8A 4LS0A 1LOSA 2VFEA 4S2CA 1EP3A 2QCDA 3JR2A 3BW3A 5G5IA 5C55A 4XBKA 4XBSA 5KZMA 4WZHA 3PC0A 5G2WA 1SFLA 3QMTA 3D0CA 3UWUA 3LX9A 3G18A 2RKXA 2QJIA 5G4WA 1W31A 5HUPA 3GDKA 4JDBA 1ICQA 4ORIA 1GTEA 3TKFA 3LOTA 1XBYA 5LKYA 2OCZA 3WJZA 2X2GA 2V2DA 1PV8A 2HS6A 3LI0A 2ZRUA 1G7VA 4M7SA 1H5YA 1AMKA 3NL2A 4KFPA 5FF7A 1ICPA 4CCCA 4QQ3A 3TK7A 1I2RA 5F4XA 4QSHA 3L5MA 2BTMA 2C19A 2Y88A 4DF1A 1ICSA 1DJQA 1P5BA 3W84A 4IJBA 4LV9A 1K8ZA 1H51A 1R47A 4R34A 1TRDA 4FO4A 3M5ZA 3W1MA 3SFKA 1TYGA 2CZDA 2FIQA 2H3DA 4UTWC 4JTEA 4QNWA 5E93A 2CU0A 1GZGA 3THAA 3IVUA 1TPFA 5AC7A 1SU5A 4ADUA 3LCGA 2A7RA 4M7TA 4YCPA 3TSMA 2EKCA 4HNNA 4X3ZA 4O16A 1VYSX 1OF6A 1NSJA 3P82A 1AW2A 2ZDRA 2NWSA 1QDSA 4FIRA 4DBEA 2NXHA 3N34A 3RFAA 4LTSA 1V5XA 4EVZA 1ZCOA 3DFTA 2J9YA 1LRQA 1DQXA 4HSNA 3UNDA 5EL1A 1ME7A 1GG1A 5DN1A 3G1SA 3EX4A 4A3UA 3SSJA 3W7KA 3PSVA 3T44A 1XM3A 3W9ZA 3SY5A 5D30A 1KBIA 4LV4A 5J5RA 3NPWA 2QDHA 2E5BA 3TUUA 1K3UA 5D2YA 3YPIA 1IF2A 2RH9A 4LU0A 5BW6A 1H7XA 3BARA 3UD6A 3LCHA 4MPQA 4HPJA 5LGXA 3E02A 4A21A 3S8HA 1KFJA 4ZQCA 2P10A 3HG2A 1KM0A 2CLFA 3LTYA 1DORA 2YR1A 2Z1BA 3I68A 4ADSA 3QPYA 1E51A 5BMXA 4MVAA 1TPH1 3GK0A 4DBDA 3DAQA 3UXAA 1FWWA 3NOEA 1FCVA 4ZQRA 4RX0A 1TTPA 3DKJA 3ANYA 5EKYA 3V1PA 5I3JA 5K4ZA 4HSOA 2GPTA 1KA9F 4BI7A 4HNTA 4CQ9A 1S5TA 4JS3A 3MI3A 1H7NA 4Z1AA 3MHGA 4UFLA 2WNQA 2Q8ZA 3CEPA 2BWGA 5I3FA 1EPXA 1M7OA 3BW4A 2C1HA 3L0NA 3ZR4A 5CSSA 2B7OA 4IMGA 3S5OA 3FOKA 1NFBA 1G7UA 1UBSA 2FFCA 4P2VA 2NXGA 1O5KA 4GUJA 2X1UA 5AHNA 3G1YA 4AF0B 2Y85A 2WSYA 1FBAA 4Y8FA 1KFBA 2FB2A 1SSGA 2VFGA 1H1YA 5CZ0A 3QYQA 4MFDA 4MLJA 3TJLA 1WQ5A 1WXJA 3LXBA 3W23A 5BMWA 3P7YA 3TSDA 4R33A 3CIWA 3PBYA 1W54A 1KM3A 3NL5A 3DENA 2ZRVA 4JY9A 4JXCA 3FYOA 4JTKA 3GYEA 3OBKA 4GWEA 2ZCGA 4AXKA 1K7EA 2GJLA 3FEMA 4H6KA 1R2SA 3GXPA 1CW2A 1JQVA 4CNPA 1TTQA 1DKWA 1EWEA 3M7WA 4GXMA 4KKXA 5HINA 1W5OA 3TH6A 5CKSA 3ABQA 3EX3A 1HO1A 4QITA 4HKPA 5G1TA 3OIXA 2Y7DA 4O0KA 4XQ6A 4GC4A 1P0KA 4TX9A 2WKJA 4LRSA 1LROA 2C16A 2ZZ5A 3HB9A 1FDJA 2FB3A 3STFA 5LHEA 3LB0A 1DHPA 3E9AA 5HMSA 2ZRXA 3SGZA 3A24A 1KM6A 3TNOA 1UUMA 4LC6A 3TAOA 2CLLA 1THFD 4AHQA 3LTSA 3NDOA 1H7PA 5CSRA 3C3NA 3O05A 4GFSA 1PHQA 3O63A 5CPLA 3G1XA 3B4UA 4DEFA 1XBVA 3HPZA 4LVBA 2QCCA 3L5AA 3BG5A 5HQEA 2GVGA 1W3NA 3P67A 1TMHA 4K39A 4K7VA 2QF7A 3HGJA 3FKRA 3EWUA 4NJHA 5FF2A 1PE1A 4XZ9A 1FX6A 5BOOA 1ML1A 1P4CA 1O4UA 4FNUA 1IXPA 2RHGA 1ZALA 1OFDA 3L66A 4LUJA 5CZTA 4UTTC 1XKYA 3PVFA 3E12A 3HOJA 3NGJA 1UJPA 4DF2A 1YLVA 4O1BA 3TX9A 4CNOA 4UTKA 4U28A 1MO0A 3BVJA 4GBUA 1ONRA 2WJZA 2VKZG 4LVGA 1W5NA 1R46A 3TQVA 3W7PA 3L9CA 4W9TA 4GE8A 2W0UA 3VNDA 3L68A 1FQ0A 4RLIA 3PWAA 5I3GA 1XUZA 1SW7A 3MYOA 1S5WA 2ZZ6A 4YLWA 2QCMA 4KWWA 4Z1BA 2QCDB 3EX6A 1QPOA 1F73A 3S0CA 2QKFA 2X1SA 2QUVA 4EIVA 3MO7A 3TV8A 2H6RA 2FLIA 2GJNA 2AGKA 1H7RA 2QCEA 2VFHA 4AVFA 3EX2A 1OK4A 4N4PA 2DJXA 2R91A 2ISSA 1K7FA 1JUKA 3HBLA 4YXGA 1W3TA 2ZQ0A 4BWLC 2A21A 5D32A 2JGQA 5E1QA 2TSYA 1JRCA 3KOFA 3KRUA 3MYPA 8TIMA 3RLUA 4NJKA 1QCWA 1Q45A 1H1ZA 3LXAA 3T55A 3GDRA 3S5YA 4A2SA 3W07A 4E2DA 1SZFA 1OFBA 3QQ1A 1R2RA 4JR5A 3ZS4A 3GXNA 4E38A 3UWQA 4IX2A 3GAYA 5K9CA 1G4EA 3NQVA 3NEVA 4Y90A 3QMSA 4OT7A 3PUDA 1C9DA 3GKFA 3Q37A 3TFCA 3MHUA 3B0VC 3IGXA 1AK5A 1GVQA 3DFPA 3PF3A 3QFEA 5H91A 4NX5A 4IX0A 4JIQA 2HS8A 4NVTA 3W1XA 4AMAA 1NEYA 3KHJA 3W75A 2Q8LA 5A5WA 4BI6A 1J5TA 1HTIA 4AH7A 4A22A 3MP3A 1Q6RA 3HPSA 5BRBA 1TIMA 3G1AA 3LHYA 4NZJA 3NL3A 4BR1A 1ME9A 2VEPA 3MJYA 3MMTA 3PG9A 4O52A 1U83A 4GUFA 4IXHA 1GG0A 1XDLA 3M41A 3FIGA 3IIXA 4XKYB 1KLYA 3T7VA 4CCDA 4NUWA 2H90A 3C2EA 1YXYA 4OWGA 3C2VA 3TXVA 2FPVA 3TROA 2X30A 1WYIA 3PULA 4ZQPA 3T4CA 2JKEA 5L9FA 2V30A 5KTLA 5HWNA 1WDWA 3ABRA 2TRSA 1JUEA 2NUXA 2WNNA 3EKLA 3KXQA 4WOQA 2PC4A 3NYZA 2YXGA 3E49A 4UFHA 1QOPA 3TDFA 3R2GA 1QPQA 4Z1DA 3QEZA 4R7JA 4LVAA 5BNKA 1CX9A 1T0OA 5KINA 3W2MA 1JCYA 3G0UA 3CWNA 1KTNA 3MUXA 3NPVA 3LRLA 1LYXA 4H4IA 3KVKA 3B03A 2J88A 4FNTA 5K2ZA 2ZRZA 5K9XA 3BG3A 2D73A 1OVDA 4M6VA 3MW7A 2FPTA 4O8RA 3UY7A 3M5YA 4C1KA 1TREA 1YDNA 4MY8A 4O57A 4M6QA 1GVOA 3W7JA 3W2NA 3BV4A 3K30A 2YCEA 2JKPA 3TA6A 4O1AA 4UCGA 1SZEA 4O17A 3ATYA 4ZZ9A 1F74A 4QM1A 3MHFA 3FLUA 1YDVA 4FNPA 1OFEA 1I2PA 2ZZ7A 3LHZA 5SWUA 4IQLA 1XFBA 3PAJA 3O6DA 1I4NA 3NQDA 4AWUA 1X8FA 2HMCA 3R5EA 1ZAHA 2YSWA 4TMBA 3G1VA 3BGGA 1YTDA 1SZGA 3INPA 1EWDA 4XTIA 2JGYA 3PBWA 3W7LA 4JICA 1G4TA 4DELA 1FCUA 3QC3A 3W70A 5DY3A 1JVNA 2Q3RA 3NQ6A 4AWSA 4MY9A 2C0AA 1RQHA 3NL6A 5FEPA 5F2GA 1ZJIA 4JTHA 1W56A 1TV7A 3LBCA 1FXQA 2VC6A 1VC4A 2DP3A 2E6YA 3LBMA 3CLMA 4UTUA 2PE4A 2ZTKA 1B3OA 3TW7A 2V5LA 3DHDA 3HG5A 2QR6A 2IQTA 2DORA 4XWUA 4GUHA 4O18A 4K37A 4JTUA 5K9DA 4E2BA 1F2JA 2JBMA 3DHFA 1QNVA 3CWOX 5F2IA 1PIIA 1OHLA 4DO4A 4G1KA 4XTDA 2QCNA 3W7MA 2WNZA 1QO2A 3QSRA 1W5PA 2E09A 4O11A 1WOBA 4J9JA 3IVTA 3W7GA 1YXDA 2ZYFA 4FB7A 3B0UX 2G97A 3TCEA 1OFPA 3BG9A 3KAOA 2ZA1A 3W1RA 5IM51 1KLZA 4IOTA 3VE9A 1SW3A 1N55A 3FJ6A 1H62A 4JTLA 1SO5A 3P61A 4A2RA 3G22A 4PFMA 5I3KA 1LBFA 1LTDA 3LERA 3W7OA 4WY0F 1H60A 1JCJA 3BGJA 3C56A 3QM3A 2PCQA 3WJXA 3PR2A 2Z0IA 1PCWA 3P60A 2TPSA 1QAPA 1YXCA 3B04A 3I65A 3M1ZA 3LGEA 5AOUA 1FDYA 4BK9A 5C5YA 3HPXA 3IGSA 1TV5A 1OFRA 4MLRA 2PRHA 2GUUA 3PBUA 1LZOA 3THQA 3FS2A 1OX4A 2ZZ3A 4DPPA 4NJGA 1A5SA 3M47A 4O28A 1X1ZA 3RK8A 4PL1A 5K7JA 3PG8A 3NZ1A 4L4MA 1SFJA 4UFMA 2VXNA 1JCXA 3W1TA 2XN0A 1L9WA 5HJLA 1RR2A 3NQ7A 4UFJA 3B06A 1NF7A 5T26A 3W87A 3M9YA 1DOSA 5ABTA 2NUWA 3WJWA 1MEIA 2YDAA 3A5VA 1GVRA 3F1QA 4N9CA 4OBTA 3N2XA 4QJ1A 3W1QA 3W1NA 4YWIA 4ZQNA 1LCOA 5D38A 2V5BA 3W76A 1TPUA 4FIQA 1VYPX 2QUTA 3UWZA 4MYAA 3BLIA 1EB3A 2Z6JA 3U8GA 1VRDA 4E0CA 1Z41A 3QZEA 3CTLA 2OMAA 5AB3A 1KW1A 3LCWA 3FKKA 2H3BA 3CEUA 4ONVA 1ZNNA 5AFDA 4OE7A 4UUIA 1TJPA 1L6WA 1FCQA 2E1DA 1U5JA 1GPWA 1YTKA 3E0IA 1BWLA 2BZNA 1BTMA 4JYEA 1K02A 4N2YA 3W2LA 3OVPA 4JX6A 4O4WA 5TIMA 1NF0A 3W2UA 5IBXC 1KFEA 2YZRA 3C4UA 5D2TA 4Z1CA 2YYUA 1KFLA 3W7IA 3DKLA 4FXRA 4RXGA 3TIMA 1O5XA 1G4PA 3O15A 1LBLA 4FEZA 3SGUA 1PS9A 2A2IA 3NM1A 4DXVA 3O16A 4RV8A 1DL3A 3UWWA 3L0KA 4NNAA 3GX9A 1YPFA 3GR7A 3RF9A 3R13A 2WOQA 4PA8A 1AL7A 1FDZA 1EX5A 3UWYA 4IPIA 5TBOA 2VFFA 1TTIA 2V0TA 1LP6A 3LLDA 1HFBA 1Z48A 3MI2A 4IMEA 2BX7A 3DU0A 1M6JA 3ABSA 4ZQMA 2YW3A 3N73A 2DZXA 3T40A 3DFQA 4O12A 3STEA 2RFGA 3ZWTA 3SZ8A 3L21A 1OFAA 2YPIA 3BPWA 4N9DA 4DO5A 3KVMA 3UZ5A 1NAL1 4JX5A 3ATZA 5HR7A 3S1XA 5FEXA 3HF3A 2R8WA 3S6DA 3NQGA 4RR4A 1B57A 1FXPA 3GDTA 3S42A 2RDWA 1G4SA 3F03K 5CPMA 1WX0A 1SQ7A 3LHUA 4RKAA 4MZYA 4NX0A 4UFKA 4POCA 4FNRA 1W37A 5K3VA 1TQXA 5LZLA 5C2XA 1EP1A 3EXRA 2YX0A 4NXKA 1WA3A 5DCBA 4WQ6A 3GZ3A 2V9DA 4Q32A 2FTPA 3W7NA 2ABAA 2C18A 4QIUA 4NU7A 3Q58A 1W0MA 2W79A 1VH7A 1H61A 3S1WA 1BKSA 1W5QA 1F05A 1I2OA 1I8JA 1W8SA 3OA3A 3KVLA 4A29A 1ME8A 4LT9A 1OYBA 1VZWA 3W74A 3G1FA 3C6CA 1YDOA 4MUZA 3A5FA 4WOZA 5G4EA 3W7CA 4BFAA 5LNVA 3C61A 3LLFA 3TE9A 2A1YA 1TTJA 4EF9A 2O7QA 2VFDA 4IXXA 2A0NA 1R2TA 3EXTA 1VLIA 1I2QA 1DBTA 3W22A 4UTHA 1VR6A 2J9XA 1J2WA 3W2KA 2A7PA 5DCDA 4RXFA 2Y6ZA 4JTTA 1Z44A 2QJGA 2DU2A 2ZZ4A 4PH6A 3GVGA 5I3HA 3DI0A 4YL2A 2DZUA 4IWWA 4BI5A 5MHBA 5L6UA 1ALDA 3NVTA 1A5AA 3QPZA 1TCDA 4H3DA 2ZRWA 1OYCA 2NX9A 3NZRA 4JTSA 3C8FA 3EKZA 4PODA 4OV9A 4YMZA 2TMDA 2ZA2A 5G2HA 4UNLA 5AN7A 5EPDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4UMA A;  4XSM A;  3VZZ A;  4IL0 A;  1DJZ A;  2GDU A;  3CPR A;  3IJD A;  3LHW A;  4Y6G A;  3UZJ A;  2Y1H A;  5LA2 A;  1DXF A;  4U10 A;  4ATD A;  4I6V A;  4S2C A;  2HEJ A;  2QCD A;  5C55 A;  5KZM A;  3QMT A;  3IAP A;  3D0C A;  2WWC A;  2NVD A;  5BRO A;  3DER A;  3CUH A;  4NRS A;  2RKX A;  2QJI A;  3SCS A;  1DID A;  3WJZ A;  2X2G A;  2HRO A;  2HS6 A;  5JBD A;  3MAN A;  3H2A A;  5CC7 A;  3OIH A;  4IG2 B;  4M7S A;  1PEZ A;  3UZX A;  5FF7 A;  2VZS A;  1R0M A;  5A3H A;  5AY7 A;  4D8A A;  2YLL A;  3MPG A;  1I2R A;  2D2O A;  1WZL A;  1QI3 A;  2Y5S A;  1FH7 A;  1OBA A;  1A3X A;  2OVL A;  4AEF A;  1H51 A;  1VEM A;  3GRI A;  1NOU A;  4FO4 A;  3VDG A;  4GZE A;  2FIQ A;  5C70 A;  4IQD A;  4EAM A;  4JTE A;  6CGT A;  1WKE A;  1M1B A;  4TOQ A;  2XIQ A;  5TAO A;  3T8L A;  3GNO A;  1SU5 A;  1C7T A;  5M3W A;  1SMD A;  4LYP A;  3KCL A;  3PTQ A;  4X3Z A;  4O16 A;  1OF6 A;  3PPG A;  1KRC C;  1F3X A;  5CC6 A;  2ZDR A;  3U9I A;  1XW8 A;  3N34 A;  1JD9 A;  4EVZ A;  4C7G A;  2WMI A;  4HSN A;  1VBG A;  3WEL A;  1D2K A; 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