4DBD | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbdA00

1UUMA 1I45A 1ZY9A 3E9AA 3KRUA 3NQMA 4JTGA 1RD5A 2YCEA 4KFOA 3ZWSA 4NXKA 3W2NA 4N9EA 4OE7A 2V5BA 2WQPA 4A22A 4CNNA 1D3HA 1HFBA 1H7WA 2H3BA 5TIMA 4OV4A 4O52A 2X16A 4I7WA 2FDSA 1XUUA 4JICA 3RU6A 5F1UA 1FDZA 3PBVA 2FIQA 4ZQRA 1NAL1 1LBLA 4UUIA 2CW6A 4LVBA 1WQ5A 3ABOA 3I6RA 4TU1A 2QJHA 5DBTA 3D0CA 4UMAA 4L4MA 3CEUA 3L0KA 2JGYA 1BWKA 3LHZA 2QCEA 4UTWC 3W2KA 5C5YA 3OEXA 4JTFA 4MY8A 1PCWA 1T0OA 3H55A 1S5TA 3TMQA 4HHPA 1YXDA 3BG9A 3FJ6A 3PBUA 1SW0A 4NU7A 1KBIA 3MYPA 3WJWA 3P8JA 3SW6A 1XL9A 5DCDA 5KZEA 1EIXA 1TTPA 2ATSA 1VCVA 1W5NA 1G4EA 3GVGA 3T7VA 4IMGA 1LBMA 2J24A 4CCCA 2FB2A 1OFQA 3UPWA 4UTTA 1R47A 4YCPA 4RZ4A 4K8EA 4EIVA 3PULA 8TIMA 3MHGA 1XI3A 1SZFA 3V1PA 4UTMA 4B5NA 3TV8A 1GVSA 1W5OA 1WX0A 4O54A 5KTLA 1XFBA 3LHVA 2Y7EA 5FI8A 3VI2A 1TPEA 4P2VA 3UZJA 5C54A 5LGZA 3OVPA 2YPIA 2BLEA 4GNJA 4O15A 1FWWA 6TIMA 4UFJA 5AN7A 1H50A 5K4XA 1TIMA 1OYCA 3NPUA 1BTMA 1YTKA 3R12A 3R8RA 4UFMA 1TO3A 3KRSA 2YFOA 3EXRA 3OA3A 3N2XA 5BOOA 4WXYA 5DN1A 4H6KA 4O53A 1ME7A 2AAMA 1ZAIA 3QM3A 2AQWA 4XWUA 4PODA 3TJXA 1MZHA 3HGRA 3GKFA 3SIZA 3NR0A 1A5AA 3STGA 3MJYA 1OJXA 4N2YA 4IMEA 1DQXA 4NX0A 3U2OA 1L6YA 4RXFA 1EP1A 4O17A 1QCWA 2Y85A 3OBKA 4Q33A 4NT0A 4IJBA 1VGAA 2GPTA 4Y9AA 3IIOA 5A8GA 1SR9A 4O50A 1K8XA 1KM6A 5C2XA 2ZZ6A 3C2EA 2XN0A 3P81A 3DFSA 3UZ5A 4MIMA 1AW5A 1PL9A 1R2SA 4AVFA 5LSMA 1XBVA 3LTYA 2RDWA 1N55A 4NQ1A 3PAJA 2DORA 2B7OA 1NEYA 3S1XA 4QNEA 3SFKA 1LDCA 3L67A 5KZMA 3TAOA 3P5YA 4EF9A 3LDVA 1OK6A 4BWLC 4OWGA 2VELA 4ZQOA 2E6FA 4UNLA 4LT9A 1QPNA 1YPIA 3NYZA 1P1XA 1R2TA 1YDOA 3RK8A 5ABTA 5J5DA 3M0ZA 1RPXA 1L6WA 2Z6JA 4WXZA 5AFDA 2VFFA 1GVOA 5DLCA 3W7HA 4JTUA 4O57A 3FKKA 4HKPA 5DBUA 5AHLA 5CZJA 4PL2A 1KV5A 2Y89A 4AWSA 4ML9A 1OX5A 1TPC1 1IIGA 1J5TA 4FO4A 3SY5A 3P67A 3G1SA 3W7JA 1ZAHA 1PV8A 2GVGA 1YTDA 1S3HA 1TV7A 1UASA 1Q6LA 3E96A 4D2JA 1GTEA 4FIQA 4ZQPA 3LHYA 3S5ZA 4FNQA 3LTSA 3WK1A 5J5RA 3HG3A 3GDRA 1TB3A 3G3DA 4IXHA 1OF8A 4BFAA 3PWAA 2E6YA 3GXTA 5LKYA 4WX2A 3E0IA 2NXHA 3W72A 5L6UA 4I9AA 3LV6A 5EY5A 3PBWA 4WY0F 3DHDA 1T99A 4CQAA 1JVNA 3FJLA 3LBMA 5AHEA 4JTSA 5DXXA 2W79A 1SO5A 1LOLA 1ZFJA 2VEIA 4FEZA 3E49A 3W3OA 3VFLA 2QCGA 4LTSA 4O28A 1CX9A 5IBXC 4LU0A 1W37A 3QMSA 2EGZA 4AWTA 3KFTA 3EWUA 4O0KA 3W22A 2QCMA 1VQTA 1QOPA 2ZRXA 1AL7A 2E68A 4DBEA 1EUAA 5H2ZA 4C1KA 1ME9A 3HG2A 3C2VA 5E1QA 4AWUA 4IWWA 1VLIA 2C18A 1DHPA 3L65A 3NGJA 2KZHA 3QRHA 3HBLA 2VFGA 1VHNA 1LLWA 1J4EA 2CLLA 4CQ9A 4K6AA 1OX4A 1U83A 3HMJG 2OX1A 2GQ9A 4M7TA 3TU9A 5HR6A 3EEGA 1JRCA 1G7UA 2YSWA 5AOUA 5BW6A 3TSDA 1EA0A 3S42A 1F6KA 4GFSA 4MFEA 3F1QA 4JYFA 2CWNA 3PS7A 1KM5A 1I2QA 3GR7A 3L0GA 1JCMP 3FIGA 3OG3A 4TIMA 4EVZA 2P1FA 4IUOA 1DOSA 4RV8A 3GB6A 3TJLA 5F4XA 2ZZ3A 1GYLA 1HO1A 4QM1A 3FKRA 3NZ1A 4LUIA 3P7YA 2FFCA 3LRLA 4E2BA 1WBHA 3I68A 3PR2A 3FYOA 2C1HA 3W1NA 4XKYA 1TTJA 3W2LA 2RFGA 4Z1DA 2Z2UA 2A21A 3DH7A 1SSGA 4K39A 4Z1CA 3QQ1A 4FB7A 3C56A 4HSNA 3S9YA 4MYXA 1L9WA 1S5WA 3PB2A 3BLFA 1C29A 3TAKA 4CQ8A 1FWSA 4ZQCA 1OFPA 3UY8A 2EHHA 3SI9A 3W7EA 4AEOA 4N4QA 1FUYA 1W31A 1SPQA 4CCDA 1ZENA 1TJRA 5D05A 3PSVA 3NL5A 3HJZA 3W7OA 2GOUA 2ZZ5A 3TC7A 3DHFA 3W1QA 1VR6A 1W56A 1LRTA 2TRSA 2ABBA 2YXGA 5FESA 3HOJA 3C3NA 1GG1A 1DJNA 5K9CA 4E2DA 1SUXA 4IMFA 5AHFA 4BF9A 3UQNA 1KFKA 4XQ6A 3LRMA 3A21A 3QW4B 4N6EA 1FCVA 1VH7A 2X2GA 1YXCA 3W2UA 3GX9A 3MBFA 3CWOX 5FEZA 2A7NA 1VCGA 2I14A 1O60A 4FXRA 1VPXA 3P8IA 3M44A 3CC1A 3QQ0A 5FEWA 1TSIA 4L4LA 1FDJA 1M7OA 4UFHA 2VKZG 5IM51 5HQEA 3W1PA 3ZS4A 3B0UX 4IXXA 1ZAJA 2NLIA 1XBYA 3W1TA 1I8JA 4OT7A 4JTJA 3S0CA 1NF0A 1LOQA 2ZZ2A 1VRDA 1JUEA 1DJQA 4PFMA 2QKFA 1G4PA 3QPYA 5HNRA 3GDLA 3O63A 4LC8A 4HNTA 3W7KA 1JCJA 3T4CA 1O94A 1LORA 3M5VA 2A4AA 1YTEA 2R94A 4JXCA 2WO5A 3P84A 2DZWA 3VCRA 3GNDA 4CCEA 2WSRA 3G1VA 4LRSA 2V30A 5G1TA 4BI5A 4ONVA 2E1DA 2GVJA 1GTHA 1MSSA 5CSRA 1EX5A 1TPWA 3O06A 1G67A 1FCUA 1WAUA 3UWYA 2CLFA 1Z41A 3W1MA 5D33A 4LWWA 3STEA 4AH7A 2PCQA 4TMBA 1W3TA 5CGQA 1QO5A 2J6XA 5DCEA 3LERA 4UTKA 4UTUA 4JS3A 2NX1A 4K8HA 4ZZ9A 3TFXA 4HPXA 3A5FA 4N9BA 5CPOA 3W9ZA 3QH2A 3DXIA 4YXGA 1X7FA 2YR1A 4P61A 1XDLA 4LOCA 1AW2A 2VXNA 5BRBA 3L5LA 2NUWA 4UTIA 2ZRZA 2Z0IA 1X1OA 3EX6A 2WKJA 4OHQA 2C6QA 4N02A 3DKLA 2BXVA 3GLCA 4A29A 1SQ7A 1YYAA 1HL2A 1VCFA 3TKFA 3W07A 1K3UA 4DBDA 5U4NA 3W2MA 1Q6QA 4AB4A 5CPLA 4DF1A 1OFOA 1VS1A 3N9RA 1TREA 4XKYB 3HPZA 3FS2A 1AG1O 3LCGA 4N9CA 2F7FA 3T78A 3SJ3A 3LCLA 1MEIA 1OFDA 5D04C 3G18A 3UYCA 2VEPA 2OZ0A 1YPFA 1H51A 1VYSX 3H53A 4XBSA 3SSJA 4JDYA 3C4UA 2XFWA 3G24A 5CZ0A 4S2BA 1TPFA 1F73A 4YL2A 3ABRA 2OT0A 3CHVA 1D9EA 5K9DA 2CFFA 3ZWTA 1QPRA 3F4WA 5D38A 5FF2A 4AHPA 1ZCOA 2ZRUA 5F2IA 3CQ0A 2NV1A 1P0KA 4YWIA 3TK7A 1HUVA 1P5BA 2VFIA 1JJKA 4CNPA 1CW2A 2DU2A 2Z1BA 1K8YA 1OYAA 4BR1A 1IXNA 1KLYA 4JTIA 5LZLA 1W0MA 3W1AA 2Y62A 3NPVA 3K30A 2E5BA 5CSSA 4JTLA 2CLKA 1FBAA 2WNZA 5CPMA 3IGSA 2H8ZA 4M6PA 4A2RA 5AHMA 2R8WA 1OG0A 5D2VA 4IQLA 5CPNA 2DP3A 3W83A 5I3FA 3W71A 3PY2A 4AXKA 3UWWA 3G0UA 3B0PA 3BK0A 4LV4A 3GIYA 4O4VA 3LXAA 3BGGA 1RQEA 1KTNA 3WK3A 3TIMA 5HUOA 3WJXA 1PHWA 3DFNA 4LUJA 5U7SA 3G1HA 3WK0A 2OCZA 3LCWA 4O13A 1RQHA 5HR7A 3NVTA 3HGSA 2ALDA 4NJIA 4MLRA 4Z0SA 4PC8A 3WJYA 2H3DA 4FNPA 1RQBA 3VKJA 3HPXA 3LOTA 2UV8G 1W1ZA 4RKAA 4HNNA 3KVLA 4RCXA 2QCFA 3S1WA 4YMZA 3IVUA 5DY2A 4QITA 4MVAA 3W7LA 4TMCA 2EKCA 4QQ3A 5LHFA 3OHIA 2ATMA 1FY6A 4MLJA 3SR7A 5FF3A 3EX4A 3G8RA 1K7XA 1SZNA 3FOKA 1MEWA 4O18A 3TA6A 2Z6IA 3YPIA 1UCWA 1KTCA 3G1DA 3NPXA 2GQAA 4LRTA 2CLMA 2YX0A 3WJZA 2W0UA 3KVMA 4TR9A 1F05A 4FXSA 2CLOA 1PS9A 4LW7A 2E09A 1PE1A 2DJLA 1KM0A 3LB0A 2I1OA 3BVJA 1IF2A 4UFIA 4Q32A 3ABQA 5I3GA 3LCXA 4S1FA 7TIMA 2W6RA 1H63A 2GJLA 5G2HA 4ALDA 4UTWA 4Z1AA 5EYWA 1WA3A 3TW6A 3LRKA 3EXTA 1Z44A 1VZWA 4JX4A 4MZ8A 3G1YA 1H1ZA 2ZTJA 1A53A 1FXPA 1Q6OA 4JY8A 4O1BA 4JIPA 4I7VA 2B0MA 4CLMA 1YDNA 5G1YA 3GNNA 4DO4A 1LM1A 3RLVA 4POCA 3VE9A 3W74A 1V7YA 4JYDA 1ALDA 5D2WA 1SSDA 1TPVA 3SZ8A 1GJPA 3W1XA 1ML1A 2GJNA 3P60A 3M7WA 2JKAA 3CT7A 4NUWA 1EPXA 3BGJA 2Y6ZA 3PUEA 3KOFA 1VHCA 1TPDA 3HGOA 4JTEA 4BI7A 1A5CA 5HUPA 3NPWA 1H7OA 6ALDA 1YDVA 3EWBX 5LNSA 3R89A 4BI6A 2C13A 1FX6A 1LLZA 1QAPA 5T26A 5AHIA 2WV8A 3EX1A 1B4EA 2WPBA 3PM6A 3G3MA 4OV9A 2B7NA 1OF6A 1ZHAA 4UR8A 3NQ6A 3S1VA 2V9DA 1OHLA 2ZZ1A 4GE8A 1KLZA 2O7QA 4NX5A 3O1NA 1LRQA 1NVMA 3BARA 3DI1A 5E0KA 5EBUA 5FF0A 3MP4A 4GJ1A 2QF7A 3IGUA 3MBDA 4MPQA 3IV3A 2QEZA 2WNNA 2FB3A 3OVQA 1ICQA 3STFA 4IOTA 2F84A 1B4KA 3IIZA 3Q58A 2Y88A 3G1XA 2DJXA 1YXYA 4HT3A 2X1SA 5KMYA 2JKPA 1OYBA 3MP5A 3NQAA 3TX9A 4R34A 1OFBA 2XN2A 3L0NA 3C2OA 4ZMGA 4KKXA 5D37A 3NG3A 4A2SA 2A6LA 4GBUA 3N34A 3DBPA 5DXYA 4IPJA 1SO4A 5BMXA 3W7NA 1XXXA 3DU0A 1WXJA 3BG3A 2A85A 5G2IA 2QUTA 1AL8A 1GVQA 4BWLA 4JTTA 1UBSA 3NL6A 3IVSA 1U5JA 2NV2A 3N2MA 1W3IA 5G2WA 3NQ8A 2X30A 2A6NA 2G96A 3MMTA 1O5XA 3QEZA 1LRNA 3QPZA 1I2NA 3PVFA 4EWND 4G1KA 4WZHA 4DPQA 1X8FA 3SGUA 4ADSA 1KV8A 1PHQA 4RR4A 3NQGA 4DF0A 3NQCA 3LXBA 1XBXA 5LNWA 1RZMA 4M6VA 4PH6A 1HTIA 1Y0EA 5CZTA 2WNQA 3CU2A 4O0ZA 2J9XA 4WOQA 4KWWA 1H62A 3TROA 2PURA 2VOMA 2PRMA 1KA9F 3ZR4A 1LOSA 1ICPA 4MY1A 3CIXA 5AHNA 3NQVA 1GG0A 3A5VA 4OBTA 1JUKA 1O95A 1O4UA 4PCFA 5D2YA 2TMDA 5HWJA 1KW1A 5MHBA 4WD0A 3S1UA 4GUGA 4AHOA 3G1AA 1KM4A 1OFEA 3INPA 4MKNA 2A2IA 2V2CA 4OU1A 4R33A 2ISSA 1DV7A 3S5YA 4ADUA 2DZTA 1K7FA 1GQNA 1P0NA 2AGKA 3W84A 1I2OA 2ISWA 3BV4A 4NNBA 4M19A 1ME8A 4MOZA 5IBXA 3O07A 3RF9A 1EB3A 3MI3A 1ZNNA 3W75A 2CZDA 4X3ZA 1C8VA 3G0XA 1OX6A 4W9TA 3GR8A 2C0AA 2WSQA 4K37A 3S6DA 3PUDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBDA

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