4DBE | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LKSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVMKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus complexed with inhibitor BMP rcsb
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Sulfolobus solfataricus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	81
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbeA00

3G8RA 2R91A 3P7YA 1TPWA 1GYLA 4FB7A 3F1QA 3LHZA 3RLVA 3UWQA 4RV8A 1KLYA 3UXAA 5KINA 1SU5A 1OK4A 4JTFA 2XN1A 1TQJA 2QCHA 1OFBA 2NX1A 1VZWA 4GUGA 3UNDA 3KX6A 3NM3A 3A5FA 1ZCOA 4ZQMA 2ZZ2A 4CNNA 1IGSA 2B7OA 5KZEA 2DZWA 4UTJA 3VKJA 3EWUA 3I6RA 1ZENA 3T44A 3CC1A 1MEWA 4JR5A 1DV7A 1X1ZA 1FQ0A 2ZFAA 3SGUA 1TRDA 2OZ0A 3STGA 1JUBA 5AC6A 3QPZA 2WNQA 3M5VA 4JNMA 1ZAIA 1SZEA 1WA3A 3ZR4A 3NA8A 2H8XA 1FWSA 1FDYA 4MKNA 1BKSA 3RU6A 4AHPA 3TH6A 1W1ZA 1SZFA 3PG9A 3IVSA 5F2MA 3QSTA 5BMWA 3S9YA 3TXVA 4O53A 1FWWA 5DCEA 3LTYA 1G4SA 5CZJA 1A5BA 5I3KA 2JKPA 1VPXA 4MVAA 3NGJA 1OVDA 1KFEA 3LERA 3LCGA 1AL7A 1FCBA 3PUDA 4MJMA 5BW6A 3FJLA 2C14A 3FOKA 4O4WA 1VS1A 4JIQA 1BEUA 2ZZ5A 3TC6A 3V1PA 3NQAA 5BOOA 4OT7A 2Y63A 2NZLA 1NEYA 3CTLA 3G0UA 5HMSA 2A6NA 4UTWA 4WY0F 4AB4A 1UUMA 3SFKA 3PAJA 1JUKA 1WBHA 5KZDA 2ABAA 2A5HA 2OCZA 3B04A 3B0PA 2Q3OA 5LNVA 4I7WA 3N9RA 1JCXA 3TX9A 5EPDA 1QFEA 4Y8FA 5CPNA 3NDOA 2QCMA 3PY2A 3QZEA 2QCCA 3E12A 2TSYA 2TPSA 1SQ7A 5A8GA 3MWAA 4OV9A 3IIZA 1KM1A 3UD6A 2P1FA 1AK5A 5F4WA 2C18A 2NX3A 1TPC1 1GJPA 1Q6OA 1TPVA 1W5PA 4OWGA 3E0IA 2CLFA 4KFNA 4IMGA 4JYFA 3DBPA 1S3HA 4LOCA 2GVLA 3W7JA 1ZALA 1JUEA 4IX2A 1ML1A 3V75A 6TIMA 3N2MA 2FB2A 1H61A 1OF6A 2E5CA 2F7FA 4O57A 3IGSA 4JGDA 4MY9A 3MI3A 3S42A 4PL2A 4HSOA 4E2DA 1GTHA 3N34A 1QOQA 1QPRA 3MP4A 4XZ9A 1FCUA 3O63A 5DCDA 4M19A 5G1YA 3R2GA 3OBKA 3MBFA 2OMAA 4MZYA 1K02A 3G1SA 4U4MA 1QCWA 4RX0A 2ZDRA 1VCVA 4PODA 4QAIA 3VNDA 3STFA 2QUVA 1VQTA 2QEZA 1HG3A 4IPIA 3KVMA 1YADA 1BWLA 3UXDA 1F74A 4IOTA 2DZUA 4Y6GA 1R2TA 1I2NA 4YLWA 2WKJA 1ZY9A 4K37A 4LVGA 3MJYA 4NJKA 3W07A 3Q58A 1Z48A 1NAL1 1YXYA 4WXZA 3STEA 1KFBA 2JKEA 4UTUA 2HSAA 4EF9A 2NWRA 3BPWA 1WOAA 3NL2A 1L6YA 5HWNA 3MW7A 2DU2A 5EL1A 2AQWA 1UASA 3C56A 3NEVA 4TMBA 2C3ZA 3W73A 2VFHA 3UPWA 5D2WA 3GDMA 4HHPA 4MY1A 3NQ8A 4OU1A 3OHIA 3IIPA 1AW1A 1TV8A 5HNRA 1JVNA 4N4PA 5D33A 1N7KA 1QO2A 2YFOA 4NZJA 1W3NA 1R2SA 5F2GA 2VENA 2I1OA 2ZCGA 3GXNA 2TYSA 4GJ1A 1OABA 2WNZA 5EA9A 2Z6IA 3HGSA 4JYEA 1Z41A 1X6UA 1J4EA 1QNVA 1PS9A 1Y0EA 4MY8A 2I9EA 1VLIA 3UPBA 1UUOA 5C54A 4NNCA 5CG7A 1S5VA 3OA3A 3W22A 4LVBA 1C8VA 4Q4KA 4O19A 3THQA 4LW7A 1W3IA 3ABSA 3O07A 1W3TA 1YPIA 4X22A 2CZFA 4ZQCA 1ZAHA 4I7UA 5AN7A 3H54A 4AXKA 5DCBA 5BMXA 1K7XA 4NJGA 2W0UA 5AHMA 3W7QA 5HR7A 1A50A 2J88A 1PV8A 3NOEA 1K7EA 1I2PA 2QJHA 1FDJA 3PF3A 3QEZA 4JTLA 4K8HA 4LWWA 3KRSA 3FKRA 3OEXA 4PTNA 3IGXA 3C8FA 3SJ3A 2O7QA 4QJ1A 1OX6A 3W3OA 3WJWA 4UIOA 1XBYA 2H8ZA 3NM1A 3G1DA 3PULA 4NJJA 1WBJA 3G1XA 1LYXA 1LTDA 2CU0A 3W84A 3WK3A 3AO0A 5A5WA 5LNUA 4O16A 1XBXA 3F03K 4XBSA 3M7WA 1SW3A 4KWWA 4EOUA 3PUEA 4W9TA 1L6SA 3INPA 3LB0A 4K8EA 3HG3A 3HGRA 4IMDA 4WOZA 1GTEA 3N19B 3W1RA 1F2JA 2FIQA 2I14A 3DI0A 4CNOA 2Z0IA 4O10A 2YFNA 4QQ3A 4RZ5A 2E6YA 4WQ6A 2YPIA 1V7YA 1KM0A 3W7RA 1GVSA 3W7KA 4IMEA 4UMCA 1PL9A 1TIMA 3TW6A 4LNYA 3QFEA 4BR1A 1ONRA 4ZMGA 3CB8A 3TXZA 3G3DA 5G2WA 2CZDA 1EUAA 4JTGA 4UNKA 3KRUA 3CPRA 2WSYA 1F73A 4JDBA 2RDUA 4OE7A 3WJZA 4XBKA 1GOXA 5D04C 1TPH1 1A5SA 3E9AA 3HJZA 3O6DA 2H3DA 4K6AA 5AYYA 5C5YA 1SR9A 1O95A 1Q6QA 1S5TA 1I2OA 2NV2A 2J9XA 5KSWA 4IWWA 3GR7A 1VRDA 4UTTC 3HO8A 3P5ZA 4ORMA 3S5NA 3WJSA 4O50A 3P5YA 2G95A 3LXAA 1OFRA 3LCXA 1YXDA 3L0KA 1RD5A 1LOLA 3PB2A 1G7VA 3UYCA 4O1AA 4DO5A 1PHWA 3PG8A 1TV5A 3S0CA 5CZSA 5FF0A 2YR1A 4MFEA 3CHVA 2V30A 4M6QA 2QCFA 3SECA 1A5AA 2PCQA 2Z6JA 3B03A 2Q8ZA 3TQVA 2NX9A 1LORA 3UQNA 3GB6A 3QW3A 1GPWA 2VFFA 2LLEA 2FPYA 3TR2A 3W1NA 1LBLA 1P5BA 3R13A 1O5XA 4HNNA 3N14A 3QPYA 2DZTA 5C6MA 1YDOA 4ZVJA 1XI3A 3Q2DA 4KWVA 4UMAA 2GOUA 4QSHA 2WSQA 2Y7GA 3O8AA 1RQEA 3O06A 2ISVA 5D05A 3DI1A 3LCWA 4FNPA 5H2ZA 2WV8A 4FIQA 4JX4A 3G8EA 1K03A 1F7BA 4LTSA 2D73A 4UFJA 1XDLA 3W7OA 3M43A 2J6XA 3NQEA 1I2RA 1D3HA 2DORA 2TRSA 5CPMA 2H90A 5IBXC 3O16A 1G4TA 4GUJA 4RR4A 3BVJA 1OJXA 4UCGA 4TR9A 1EEPA 4JICA 2PRLA 3DKLA 2GVJA 1JCLA 2V81A 1RZMA 3M9YA 3BW3A 3SI9A 3LRKA 2VKZG 1AW5A 4UUIA 1GG0A 3BGGA 3LDVA 5D30A 2X1SA 3GR8A 3DFTA 3NQGA 2Y6ZA 4ZQPA 5TBOA 3KVKA 3W7GA 5EKYA 1LOSA 3N3MA 1P0KA 2CLEA 4QNEA 3B0UX 4HPXA 3MI6A 1H1ZA 1W0MA 1B4EA 3W2NA 3W72A 5MHBA 2NUXA 2EF9A 3CWNA 1CW2A 4UTIA 2Y62A 4CQ8A 4UFIA 3GKAA 4S1FA 3GNNA 3PUOA 3MHFA 3HMJG 5HUOA 3TIMA 4FNUA 5J5RA 3T7VA 1TTQA 2VOMA 4JS3A 1ADOA 2QCLA 2UV8G 3JS3A 2AAMA 1H1YA 1K8YA 2F84A 4O13A 4NVTA 4DELA 4AAJA 4FNSA 3M5YA 3TAOA 4R53A 3EWXA 4LUIA 4PEKA 3VFLA 4WX2A 4L4LA 1QPNA 5K9CA 3S6DA 4HPJA 2QCEA 2VEMA 4WUIA 1DOSA 2A0NA 3W1MA 1C9DA 4IUOA 4YMZA 4IXXA 3SZ8A 3W7LA 1KLZA 1ICPA 3LHUA 4FX6M 1IXQA 3W7DA 1RPXA 3H55A 1KM6A 1H51A 4PFMA 4DPPA 1W8SA 5G5IA 2QDHA 3T55A 3WK1A 1F6KA 1LROA 4XKYA 3NQFA 1RR2A 3HQ1A 1AW2A 3P81A 3B06A 2J9ZA 4JD4A 4NU7A 3ANYA 1J5TA 4NXSA 1EX5A 1NF0A 5I3JA 2YW3A 3EXTA 4E38A 2Y85A 1VH7A 1AG1O 4MZ8A 4HNTA 5FEZA 1F5ZA 4DQWA 3GKFA 1JR1A 4IXHA 4NQ1A 1ME8A 1WXJA 3ZWTA 1KTCA 5DY3A 3OIXA 1DHPA 3MHUA 2E5DA 3T40A 1OFOA 1MEHA 3TAKA 2BZNA 4O52A 5EMUA 2BXVA 3C2FA 4HSNA 4L4MA 1SZGA 3GDLA 3JRKA 2OX1A 4JN6A 5G1TA 4XKYB 2A21A 3TJXA 2E09A 4X3ZA 4DF0A 4JX5A 3EWYA 4HIBA 3THAA 1HTIA 3M6YA 1N55A 3GDRA 1G7UA 1B57A 4MYXA 4MFDA 3O15A 4IPJA 4M6PA 1K3UA 4FXRA 5CPLA 1ALDA 2CLOA 3L66A 1CX9A 3W7NA 3U8GA 3MP5A 4LS1A 1XUZA 2ZZ7A 4WJEA 1SPQA 5E0KA 1I4NA 1MXSA 5HINA 5I3FA 1IXNA 4A21A 3TQKA 1H5YA 2V8ZA 3W71A 5DBUA 4IMFA 2IQTA 1H7XA 5K7JA 2XN2A 1LCOA 2YGYA 4EWND 3N73A 3QMTA 1F05A 4AMAA 4PCFA 1PE1A 3DFQA 1H63A 3GZ3A 3C2VA 1RQBA 1WAUA 3EX4A 4GUHA 3R89A 3T4CA 2A2IA 4LUJA 5F2IA 3UZ5A 2ZRXA 3S1XA 3Q37A 3HG5A 3NO5A 4NXKA 4AWSA 2VELA 3W7IA 3NPVA 4ORIA 1JRBA 1O60A 5CSRA 4NNBA 1QO5A 3TMQA 2BSLA 3SGZA 2C0AA 3PSWA 1JJKA 3BLFA 1V5XA 3LXBA 1P0NA 2WQPA 2ZTKA 4ADTA 3W1AA 3G1VA 1PCWA 3G1AA 2V82A 1IXPA 3G22A 3HF3A 3QH2A 4OV4A 1FDZA 5FEWA 1OF8A 4XTIA 2X2GA 4N4QA 3P80A 5LHEA 3S5OA 4KKXA 3GNDA 1JQXA 4JTTA 1D3GA 2A7PA 3MO7A 4O18A 4P61A 1KFKA 4QM1A 1FBAA 5AB3A 3P8JA 2ATSA 5HJLA 4JTUA 5K2ZA 3W1QA 4AEOA 4E0CA 1MO0A 3W7PA 3TSBA 4N6EA 1O4UA 3R12A 5K3VA 3GVGA 1KTNA 1JCNA 2ZRYA 3TA6A 2R94A 1KM3A 4RZ6A 3P8IA 4C1KA 1EB3A 5L6UA 4WY0A 1IF2A 1DKWA 5HWJA 3EXRA 3PM6A 3QQ0A 3LGEA 1NVMA 4FHAA 3TQ0A 1TTPA 4JTEA 5LNSA 3W1TA 4N9EA 2V2CA 1TPFA 1TCDA 3DKJA 5AHEA 4KFOA 2Z1BA 1SW7A 4JTHA 3DFPA 3EKZA 3QW4B 1KBJA 2GQ9A 1A53A 1G6CA 1QWGA 3BGJA 5D2TA 2RFGA 3DHDA 4ZL1A 1WDWA 1O94A 4WXYA 3P74A 3I65A 1ZAJA 2CZEA 2ZQ0A 4Z08A 1M7PA 2WOQA 4WY0B 3LBCA 5K9DA 1XBVA 4K39A 2Y88A 3A24A 2RH9A 3C0JA 4NNAA 3OVRA 4IX0A 3USBA 5D2YA 4LC8A 4O54A 1ZNNA 3H53A 4BWLA 4AHQA 4LV9A 3W70A 3S8HA 3MBDA 4LS0A 3SIZA 4A2RA 1HUVA 3PSVA 3CIXA 2FB3A 3NZ1A 1X7FA 4Z1BA 3QYQA 2R8WA 3LCHA 2XFWA 1OX4A 4GWEA 4O0KA 2GPTA 4YWIA 4UTKA 5LGZA 2Y70A 3UWVA 2GJLA 4EIVA 5TQLA 3E02A 1LLZA 1I2QA 3NPUA 3O1NA 4UR7A 4A3UA 3FYPA 3IVTA 1TREA 2QUTA 4Z1DA 1H7PA 5HUPA 5G2HA 2QAFA 3PBUA 1SFJA 3NQVA 2NXHA 2OJPA 3LX9A 3ZS4A 1W37A 2VFDA 1GG1A 2DZXA 3AJXA 3PBWA 1CI1A 3Q94A 3LHWA 5CKSA 5HWMA 3BW4A 2A1YA 1OFPA 1XFBA 5DBTA 3VE9A 2ZYFA 4BI6A 4LRSA 4FXSA 1JCMP 4A22A 5D38A 3HOJA 4GE8A 3W75A 4RCXA 1K7FA 3HPXA 3TFCA 4UFMA 5LSMA 3S1WA 2WPBA 4GC4A 1WQ5A 3L5AA 3C3NA 2ZRUA 1G4EA 2C15A 4JTKA 4O12A 3LXCA 3DAQA 1ZJIA 2EAWA 1VYPX 5E93A 1U83A 1YDNA 2YW4A 1KV8A 2BTMA 2FLIA 1TMHA 3W1LA 3T78A 3YPIA 2GQ8A 3NL5A 3UZJA 1DJQA 1GQNA 4FNQA 3EWBX 2BWGA 1F6PA 4UC5A 2W6RA 2PRHA 4ZQNA 1DVJA 1W31A 5FEXA 2NUWA 4IGHA 2CLKA 4QISA 3KOFA 1PIIA 2GQAA 5D32A 1FWNA 3BG3A 3NXFA 4UNLA 3PVFA 1GEQA 3VCRA 5BRBA 3ABQA 2Y7EA 3RLUA 2Y89A 4R34A 3BW2A 2CZ5A 1NF7A 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3TNOA 2AGKA 3ABOA 3UWZA 1YPFA 2FPVA 3A22A 4TU1A 3U2OA 2B0MA 4Y9AA 3G1YA 3L0NA 4ICNA 4Q32A 4N9CA 5I3IA 3W9ZA 2VFGA 4P2VA 5K9XA 3FLUA 2NV1A 3EX3A 1H7OA 3HIJA 4UR8A 3LBMA 3LCLA 3LV6A 1IXOA 1O5KA 5CGQA 4QNWA 5F4SA 4IJBA 2OT0A 2ZRZA 3MYPA 3KVJA 1DQWA 2VFEA 3L5LA 1DORA 4XQ6A 2E6FA 4O1DA 4FNRA 4NUWA 3GIYA 1Q6RA 1XC4A 3MUXA 1EIXA 3M5ZA 3CT7A 4OGZA 2CW6A 2C13A 3KVLA 3W87A 1N8FA 4MLJA 2CLLA 2V5LA 3FIGA 5DELA 2B4GA 3N2XA 4FIRA 1TSIA 1W5QA 3C2EA 1LBMA 3G3MA 1M6JA 1VYSX 4BWLC 3A23A 3W76A 3DXIA 1SUXA 1PVNA 1Q3NA 4I9AA 4Y96A 1L6WA 3ELFA 1ME7A 4N02A 4LVDA 1E51A 1B3OA 4CCDA 2DZSA 1FXPA 2EKCA 3NYZA 2Z2UA 4S2BA 1HFBA 2QKFA 5D03A 3M0ZA 1EP2A 3NQMA 4OHQA 4LT9A 5D2VA 2W79A 2ZRWA 4NX5A 2V2HA 1THFD 3G0SA 3WJYA 1KW1A 4O15A 1XCFA 1HL2A 4Z0SA 1QMLA 4LVFA 4A29A 3UY8A 4LC6A 3E96A 3IRDA 1G67A 1B9BA 1VC4A 2YCEA 1TPB1 1OHLA 3ZFHA 4TMCA 4LVAA 3W88A 7TIMA 1R2RA 2RDTA 3D0CA 3I68A 2Y7FA 4K38A 3NPXA 2CLIA 5KMYA 4RK8A 3LLDA 1TJPA 4NZFA 5T26A 3W2KA 1MEIA 1IIGA 2PURA 1BTMA 3LCIA 1Z44A 2YYTA 1UBSA 1ZHAA 3STCA 1YTEA 3BLIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBEA

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