4DBE | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LKSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVMKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus complexed with inhibitor BMP rcsb
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	81
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbeA00

2IQTA 3LHUA 3FYPA 3L0KA 3M5ZA 3UWQA 1SW3A 5TBOA 1H63A 1QO2A 1NAL1 1DORA 2RFGA 1XXXA 1SO5A 3WJSA 4PEKA 4HNUA 2XFWA 1AL8A 2JGYA 4ADTA 1GVFA 5FEXA 4O11A 1TREA 4DQWA 1ZENA 3DFOA 3L68A 5CPOA 2CLFA 1G7UA 2CLKA 2ZRUA 3ZWTA 4UTTA 3W1RA 1D3HA 1YADA 3DHFA 5SWUA 1SSGA 1ADOA 1FXQA 1T96A 2QCCA 1K7FA 3T55A 3QMTA 4TMCA 5HR6A 4N9EA 2OT0A 1CW2A 4B5NA 4ADSA 2VEIA 1JCXA 4JDBA 2D73A 3WK1A 3ABOA 4R7JA 4D2JA 2KZHA 4N2YA 4RV8A 3ABQA 4JX4A 4Y6GA 1B4EA 4TIMA 1SR9A 5G1YA 4AVFA 1DQXA 3UPBA 3QH2A 3FYOA 5C6MA 3P8JA 1TJRA 3R12A 2NX1A 3BLIA 2P1FA 3MHFA 1TCDA 3ZWSA 4IPJA 4NZFA 3W07A 4JIQA 5AN7A 4XWUA 5C55A 1VH7A 1UJPA 1BEUA 3HO8A 1VCGA 3QSRA 4K38A 3FKRA 1K8ZA 1YPIA 3INPA 2QEZA 2ZQ0A 2F7FA 5K9CA 2DZWA 4AWUA 1BKSA 3QQ0A 3M5VA 4NXSA 3L9CA 1A50A 2CZFA 4AH7A 4L4MA 3S1UA 5EYWA 4QISA 1UASA 4MFEA 2HS8A 1W5MA 1TPB1 3GNDA 2V82A 3PBVA 1XL9A 2UV8G 5EY5A 3ANYA 4BWLC 1B9BA 1RV8A 3CWNA 3WJZA 1VZWA 3M9YA 4AMAA 2OX1A 2VFHA 2V30A 4N4PA 4PA8A 4JTFA 4IMCA 5EKYA 3QSTA 4H4IA 1R47A 3DKJA 2V2DA 2AGKA 1I8JA 1H1ZA 4AAJA 4OHQA 3NZ1A 5IBXC 3SSJA 2CLLA 3BK0A 1GZGA 4HPXA 1YTKA 1KFCA 2GQ8A 3O63A 3S5OA 5DBTA 4R33A 4FNPA 4W9TA 4ZQMA 3T4CA 5G5IA 1GTHA 4A22A 1RVGA 3W1UA 3IIOA 1L2UA 2ZRWA 3VE9A 5CKSA 3QPZA 4H3DA 3TKFA 4M7TA 3ZR4A 3HOJA 1I2PA 4A2SA 3I6RA 1NFBA 4WY0F 2JK2A 4O50A 2Y88A 2V2HA 3MI6A 3QMRA 2Q8LA 4LS1A 2BZNA 3EKZA 1NSJA 1DL3A 3KHJA 1F73A 3ELFA 4MOZA 3WK3A 3KVLA 4ZL1A 1LRQA 3W1LA 1LOSA 2P0OA 4QSHA 5F4XA 1OYAA 2CZ5A 4EIVA 1ZALA 1OFOA 3RLVA 3C3NA 3TXZA 2ATSA 4UNKA 3ABRA 1TSIA 3P60A 2DP3A 3IGUA 4BR1A 3OEXA 3P61A 3ZFHA 4MVAA 5D05A 3W2JA 4UTLA 5K9XA 2WNQA 3SI9A 4NJJA 5LGZA 4UFHA 5D33A 3W7JA 1G4SA 2ZZ2A 5AHNA 1FCBA 5HWJA 4MLJA 3P82A 3N3MA 2QJHA 5LKYA 2DORA 2Z6IA 3BG9A 3EB2A 5LHFA 1LYXA 4E38A 4IX2A 4DF2A 2JKEA 4O1AA 4KFPA 3VKJA 2YSWA 1ONRA 3FJ6A 1TPH1 2I9EA 1UCWA 5EBUA 2NX3A 1H7RA 3LX9A 1PIIA 5K9DA 5D2TA 1TTPA 2VC6A 1FUYA 5LHEA 3TNOA 4NJGA 4O1BA 1GJPA 2QAFA 3FIGA 3SW6A 2QUUA 3NQ7A 4NZJA 3GDMA 5LGXA 4QQ3A 4O1DA 3B03A 2E77A 1ZAHA 2QCLA 5I3GA 2NWRA 4IJBA 4XZ9A 4IX0A 2VKZG 2ATMA 4FXRA 3BLEA 2ZZ7A 2WV8A 3LI1A 1LZOA 4ZVJA 2VFEA 3FS2A 3W70A 3I7QA 4UFIA 3GZ3A 3C2FA 4JTGA 1W56A 5D02A 4XKYA 2HS6A 1SW0A 3R2GA 3P74A 4YMZA 2DZVA 4O14A 3G1DA 1HTIA 3PR2A 3W7EA 3GLCA 4A29A 1OHLA 2ZTKA 2VFDA 3KX6A 3OVRA 1D9EA 2XN0A 3BW2A 4K7YA 4HNVA 2J9ZA 5FEWA 3PY2A 4M19A 1QDSA 2DJXA 3CM4A 2GVJA 2E5DA 4XKYB 1CX9A 4JTIA 1Q6OA 3M7WA 5A8GA 3LHTA 3W86A 4EF8A 4RLIA 2ISWA 4O0KA 3Q2DA 5AC7A 4MJZA 1S5TA 3W2MA 3EWXA 3F4NA 2ZZ6A 3N19B 4JICA 4UTMA 1KM1A 3G24A 1Q3NA 3H54A 3S5NA 1VS1A 4FNTA 3W23A 5K4ZA 2E1DA 3CT7A 3GXTA 2RKXA 3DI1A 4LOCA 1Q45A 1IXOA 3LXCA 1CI1A 3L5MA 3W85A 1ME8A 2WSYA 4NNCA 1OVDA 1F7BA 4FIQA 2G5WA 3TC7A 1O60A 1AW5A 1F6PA 2WKJA 1AL7A 3TQVA 2CLEA 4WXYA 2QF7A 2C1HA 1A53A 2ZBTA 1LRNA 4WUIA 2OT1A 5D2WA 3NXFA 4GNJA 3GNNA 2NZLA 4LVAA 4O10A 5AYXA 1GVSA 3DAQA 3IIZA 4IPIA 4IGHA 3I65A 4ORMA 3BGJA 2PRHA 1UB3A 5G1TA 2CU0A 1VC4A 1LDCA 4JTTA 4DPQA 2J24A 4P2VA 4MKNA 2ZZ5A 3LHZA 1TRDA 1TPFA 1Z42A 1YDOA 4OT7A 3TW7A 2ZRYA 8TIMA 1H7PA 1KBIA 4IMFA 4K6AA 1QPRA 4DO6A 3W83A 5MHBA 5KTLA 1LBLA 4TMBA 3TSBA 2V9DA 1TQXA 4KWWA 2NXIA 1ML1A 3NR0A 1IGSA 2Y7EA 1DKWA 4NNAA 3VNDA 1IXPA 3PF3A 4RR4A 1ZJIA 5DN1A 4XTDA 1OJXA 4LW7A 2RHGA 1F74A 4YWIA 3NQ8A 1TPVA 4JEQA 5K4XA 4LWWA 5FF7A 1ICPA 4BFAA 3P80A 3MO7A 1N8FA 1KLYA 4LNYA 3BLFA 1W3IA 1XBYA 2B4GA 2TPSA 2VFFA 4UMCA 3F4WA 1WV2A 3O16A 3JR2A 4IUOA 4WOQA 2PRLA 2A6NA 3NL5A 4NT0A 1OFQA 3M1ZA 1ALDA 4HSOA 4BI6A 3EX1A 4M5PA 3HG4A 3W7OA 1TPUA 4JS3A 1KFKA 1ZAIA 3S0CA 1H7WA 1NVMA 3L21A 2ZA1A 3PG8A 1I2NA 2F84A 3WK0A 1DOSA 3PB2A 4Z0JA 3T40A 5G2HA 3C52A 4KFNA 2E5CA 4A2RA 3LTSA 4WD0A 3P8IA 2X1UA 2NUWA 2NV1A 3S6DA 2OZ0A 3R89A 2Q3RA 4DO5A 1Y0EA 4TO8A 5TIMA 3W7CA 4MJMA 5D37A 1RPXA 1JVNA 2DZPA 3O1NA 4O1CA 4RK8A 4CQ8A 3W88A 3TH6A 4HSNA 1V7YA 2ISSA 3L67A 1WDWA 3M44A 5DY3A 1J4EA 3C0JA 4UTKA 1GYLA 3RF9A 2FPYA 1OFDA 3DKLA 1KLZA 1OFEA 3FLUA 1XBVA 3G18A 3GDRA 1SU5A 2NLIA 3KFTA 1PE1A 1A5BA 2ABBA 1VHNA 3W7QA 1H61A 5EPDA 2W0UA 3L65A 3GDLA 1UUMA 3SGZA 1AK5A 4FNRA 4UTTC 1K8XA 4MY9A 1JR1A 1X7FA 3LHYA 3RK8A 2BTMA 5I3FA 3MP3A 3LCXA 4GXMA 1O5KA 3D0CA 4LY8A 1R46A 3GKFA 2CFFA 3GXNA 5D2YA 5IM51 1IXQA 2GJNA 1PHWA 3C2VA 3TSMA 3W6YA 4BI5A 2RDTA 1DJNA 4UFMA 4UTJA 4HKPA 5HR7A 1MEIA 2R91A 1TRIA 4MFDA 1SO3A 3G1AA 4PTNA 4RZ4A 4OGZA 4CQ9A 4Z08A 2O7QA 2QKFA 3GYEA 1HFBA 1YXCA 4UNLA 1K03A 1IF2A 2H90A 1YDVA 3EWYA 2QAPA 3C4UA 3NPUA 3NQ2A 2DU2A 5AOUA 4K39A 4N9CA 5C54A 1DHPA 3PB0A 4WXZA 4XBKA 1KM5A 2YDAA 3I68A 1FDJA 1X6UA 3LCIA 3TFXA 3BG5A 1KA9F 2Y7FA 3H53A 5CZTA 3O06A 3KVJA 3V75A 3MYOA 2NUYA 2Y70A 3W7GA 4MYXA 1ZHAA 4FX7A 3IRDA 2A5HA 2GUUA 4JIPA 4EWND 4AWSA 2C15A 3G1YA 5G4EA 3DGRA 1FQ0A 1W54A 2VEPA 2X16A 1KM2A 1KFJA 3UWZA 1JJKA 1W0MA 3PUOA 1EIXA 4I7VA 4ZQPA 4ZZ9A 5ABTA 1JCMP 4OBTA 4O8RA 3T44A 3NM3A 2W79A 2WNZA 3GDTA 4QIUA 4E2DA 6ALDA 4JGDA 2Y89A 1OFBA 1F6KA 4DEFA 4NX5A 4HPJA 1SUXA 2I1OA 1K7XA 3SJ3A 4ONVA 4UTWC 2DZSA 3DFPA 4GRSA 4LTSA 3MP5A 1EEPA 2J9XA 2NWSA 3NM1A 5HUPA 4MZ8A 5HULA 5D03A 1YLVA 2H6RA 1FDZA 4MLRA 4AHQA 4O4WA 3QM3A 1TTQA 4RX0A 3SR7A 3G1VA 4MY1A 1TQJA 3LV6A 3KRSA 3OG3A 3HIJA 2B7QA 1WBJA 3MJYA 4MIMA 4UXDA 2A4AA 2PURA 1B57A 1YXDA 2FLIA 4HNNA 3LDVA 2V5LA 4HN4A 1SSDA 2QCHA 1MEHA 5AHEA 3S1WA 5CG7A 2CWNA 3MP4A 5KINA 4IQLA 1ZAJA 3W76A 3LI0A 3DI0A 1SO4A 4WQ6A 3E02A 3TJXA 1C8VA 2R94A 4YXGA 1LLWA 4OQVA 3TW6A 1DVJA 1SZEA 5I3KA 3W2KA 3C6CA 4AXKA 3LCFA 2QUTA 3N9RA 4UUIA 1OK4A 5D32A 3B05A 5LZLA 3TIMA 2YR1A 4JX5A 3S1VA 1XC4A 4I9AA 5DLCA 2A7NA 4GWEA 1KFEA 3M43A 1SO6A 1FY6A 3IGXA 4PL2A 1K8YA 5K2ZA 2JGQA 1VYRA 3S5ZA 3UZJA 4C1LA 1A5SA 3M6YA 5H91A 5G2IA 1H1YA 1GVRA 1QNVA 2E09A 3BO9A 4LC8A 2ALDA 3C2EA 3STCA 3PUEA 4WY0A 5FEPA 2NUXA 3KOFA 3LBCA 4ZQRA 1R2SA 4AB4A 5A5WA 1W3NA 2YW3A 3GIYA 4RCXA 5KITA 1XBXA 1G7VA 2X2GA 3QW4B 3NQEA 3W1NA 1AMKA 4XQ6A 1SZFA 1WQ5A 4ZQCA 2TYSA 3RNDA 1FX6A 3IVSA 4A21A 3STFA 5F4SA 3GVGA 3E12A 1R2RA 3ZS4A 2B0MA 3TUUA 3CIWA 2C18A 1M7OA 4O15A 4NNBA 2FB3A 3HGOA 4Q4KA 4WY0B 1ICSA 2EF9A 4MY8A 1YDNA 4O18A 1W5PA 1XM3A 2VENA 2DZXA 3NVTA 1KV8A 3QRHA 5HJLA 2VEMA 4O13A 4KKXA 3WJWA 1OG0A 4K7VA 3THQA 5BOOA 1Z41A 1T8XA 1KM3A 3SECA 1S5VA 3W7RA 3WJXA 4YCPA 4LC6A 3H55A 3W7MA 4BWLA 3LHVA 5C5YA 1BTMA 4GUIA 2FIQA 4Z1BA 2J6XA 5CSSA 3NL6A 1PS9A 1FCUA 3S8HA 1NF7A 4OV9A 1GVQA 3TMQA 4PODA 2B7OA 4OWGA 4PH6A 4RKAA 3RU6A 1K7EA 4GC4A 1I4NA 4LVDA 3NAVA 1RZMA 1H60A 3W7DA 5DCBA 3EX6A 2X30A 3PS7A 1JRBA 1RQBA 5IBXA 5CPMA 3CPRA 3W75A 3QMSA 2G95A 4Y9AA 4R53A 2Z2UA 1BWKA 4DBEA 3QQ1A 3P5YA 2PE4A 5D38A 4GBUA 2Q8ZA 3WFAA 1Z44A 1GOXA 3W1MA 3LOTA 3E96A 1G69A 3NQCA 3QJAA 2NXGA 4CNPA 2J27A 1U83A 3UXAA 1EP3A 4S2BA 2Q3OA 2WSQA 2VOMA 1J2WA 4KFOA 4LRTA 1OYCA 1G4TA 2DZTA 4HHPA 1NF0A 4Z1CA 2Y85A 3CQ0A 1FBAA 3DZ1A 1EB3A 2QCDA 1OABA 3QF0A 4EF9A 1LBMA 3LTYA 4JDYA 3FKKA 2EPHA 3G3MA 2GPTA 2EGZA 1QOPA 3R13A 5DCEA 4LRSA 1SFJA 1PVNA 5LNRA 3SY5A 1RQEA 2A0NA 3NYZA 6TIMA 2YW4A 1QPQA 3DU0A 2FFCA 1L6SA 1THFD 5CSRA 5U4NA 4IWWA 3W7KA 2QCFA 1EUNA 2V81A 1VCVA 2W6RA 2CZEA 4RJEA 1ZFJA 5F2MA 3MMTA 1EX5A 3DHDA 3N34A 4P61A 3NPVA 3C8FA 1XDLA 3A21A 4JYDA 3PSWA 3NDOA 1VLWA 5FF4A 3KVMA 5D04C 4O53A 2R8WA 3BG3A 4QJ1A 1YXYA 4QNWA 1WYIA 1EP2A 3WJYA 2GQ9A 2I14A 3GKAA 3CB8A 1Q6LA 3YPIA 3G1HA 1LOLA 1S5WA 2ZA3A 4L4LA 4ADUA 2H3BA 1L9WA 3HG3A 2A7PA 2PCQA 4FXSA 3L2IA 3BGGA 3EWUA 3EWWA 2C13A 2GQAA 2PRMA 1VYPX 3NQAA 4FEZA 1QAPA 3E0IA 3O6DA 1VJIA 3G3DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBEA

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