4DEFA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
345
structure length
328
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 133
structure length 328
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4defA00
1H50A 2H90A 3HOJA 3M0ZA 1H51A 1T0OA 4YWIA 2EHHA 1GG1A 3LX9A 4A21A 2YW3A 1JRCA 3I7SA 1TSIA 3CWNA 3ANYA 1KFEA 4HSNA 3IGSA 1KFJA 3I7QA 4QM1A 2Y7FA 1AG1O 3NG3A 3LCLA 3FIGA 5U7SA 5F4SA 1EPXA 3EXTA 4XUGA 1EX5A 1R30A 2CLIA 5HR7A 2C19A 4EF9A 3MBFA 1K8XA 2ZRZA 2JGQA 1TJRA 2NXIA 1LTDA 4O54A 1X1ZA 5GVJA 4B5NA 2P10A 4QISA 2JBMA 2QCCA 1LRTA 3Q2DA 1FWSA 3FKKA 1OFEA 5LZLA 1L6SA 3GLCA 3CEUA 3C2VA 2NXGA 3TSMA 2JK2A 2Z2UA 5HULA 2J9ZA 3IVSA 3NQ2A 3NQFA 5EMUA 4JTHA 5BOOA 2A21A 4ZQMA 4MUZA 3HG5A 1ZENA 3PBVA 5G5IA 3A5FA 5FF4A 1VC4A 4A22A 3L68A 2X1RA 1J2WA 2H8ZA 3BK0A 3DI0A 3TMQA 3G1AA 3IVTA 3U6WA 5EBUA 3NQEA 5TQLA 5AB3A 4P2VA 4O10A 4DBDA 3M5YA 3LV5A 2YGYA 2YR1A 3P60A 3LHUA 3EEGA 3BW2A 1K02A 3LHTA 2VEMA 3QPZA 1AL7A 1W5QA 1DKWA 4NNBA 5D38A 4AHQA 1EWDA 3TROA 1FCUA 4ZQNA 1K8YA 5HQEA 1OF8A 1AK5A 4TU1A 3W75A 1R46A 4HKPA 3CQ0A 1ALDA 3VKJA 3S1WA 3W7IA 3O06A 1BEUA 1XCFA 3EKZA 5G2IA 3TXZA 4JTUA 1JR1A 3GXPA 3QEZA 4OWGA 5IM51 2QCEA 2FIQA 1A5SA 1K7XA 2YW4A 2ZDRA 2V2HA 3NQGA 1IIHA 1LZOA 5LNWA 5FESA 2ABAA 3C4UA 3T44A 1P0NA 1LYXA 2H3BA 4WXYA 2QCDA 1OX5A 3KVLA 3NOEA 3TW6A 5DCEA 1QDSA 1NVMA 3QMRA 4QNWA 4DQWA 1OFQA 1ZCOA 1B9BA 3QPYA 1PCWA 3NO5A 3HG2A 3QH2A 4QIUA 3NAVA 4AXKA 2BLEA 1ONRA 4BI5A 2WOQA 2B4GA 4UR8A 1SZFA 1MEIA 1ML1A 2JGYA 3QMTA 1JRBA 5CPNA 4WQ6A 4Q32A 1WQ5A 1Y0EA 1X7FA 1H60A 3ATYA 2V81A 1H7WA 4K6AA 1QWGA 2I1OA 1ME9A 4MLRA 2EPHA 2GVJA 4FXSA 1W5NA 3NQ8A 3N2XA 4UMAA 1J5TA 3PBYA 1Q6LA 3U8GA 3GR7A 4Z08A 4RZ5A 1LBLA 4M7SA 1LOQA 3NYZA 3DAQA 4L4MA 2QCFA 4UTTA 1M7OA 4N9BA 4UTTC 5J5RA 4AF0B 3WFAA 1FWRA 3QW4B 1H7RA 3PS7A 3LTPA 2ABBA 1TJPA 4O28A 1FUYA 1SU5A 1QPOA 2NLIA 1XXXA 2AAMA 3BG5A 1DORA 3C61A 1KTBA 1YXDA 3E12A 1IXNA 3G1HA 4RX0A 1Z42A 3W2NA 4JXCA 4MKNA 1TPVA 4XTIA 1Q3NA 4EWND 3LXAA 2ZZ1A 5F1VA 4WD0A 4ML9A 4FNSA 3UPWA 1GT8A 4UFIA 3RNDA 3OA3A 1LRQA 1ME8A 3O15A 1HG3A 5CSSA 2FB3A 3GDLA 1TPDA 4HIBA 3P5ZA 3TFXA 5F2LA 5KZDA 1P0KA 3PSVA 1IXPA 3MI3A 3G0SA 3KXQA 3C8FA 3KVKA 3PM6A 4UFJA 4Z0JA 1RQHA 3RLUA 3PUEA 4GBUA 3OBKA 2ISSA 3QSRA 3C52A 3P5YA 1XUZA 4J9JA 1W1ZA 2QF7A 4IOTA 5KMYA 3BPWA 2NUYA 3P8JA 1OF6A 3L21A 3NPVA 4DEFA 1XDLA 5C5YA 1GYNA 1HL2A 3W7RA 4YCOA 5ABTA 3HGRA 3MMTA 2QDHA 3UWYA 4UIOA 1L9WA 2WO5A 1PV8A 3FJ6A 2Q3RA 4LNYA 1WOAA 2EAWA 4MFDA 4AAJA 3S0CA 2OZ0A 3BLIA 2FTPA 1UUMA 2DORA 5EPDA 3ELFA 1R2SA 3FYOA 2FPTA 3O05A 4CNNA 1P1XA 1WXJA 3EKLA 2TSYA 1VHCA 5U4NA 4DXVA 1FWNA 1U83A 2QUUA 4KFPA 3N73A 4QSHA 5AOUA 5CG7A 5AHNA 1XBVA 1MO0A 1ZAIA 3LRMA 3DFSA 1VCGA 5LNSA 3C2EA 3GZ3A 1AL8A 1B3OA 1KW1A 2QCLA 1LRNA 4WUIA 2PC4A 2ZCGA 2VFHA 4QAIA 3LCXA 5LGXA 2J27A 1FXPA 4CQAA 3L2IA 2A7NA 1OYBA 5G4EA 1SFJA 5AHLA 1W5MA 3SI9A 2R14A 1ZHAA 3E96A 2J88A 4LRSA 2PURA 3F03K 3OG3A 4Y96A 3BO9A 5KINA 2E6FA 1ICQA 1LLWA 2Z6IA 5C6MA 3UXAA 3E9AA 3F4NA 1JCMP 4JN6A 4PC8A 3LHWA 3TK7A 3G1XA 5LNUA 3HO8A 4R53A 4O1DA 3P81A 4XBSA 1KFCA 3IVUA 3C3NA 4O0KA 1T96A 3QQ0A 1TTPA 1UASA 3SZ8A 3P62A 1QCWA 1KFBA 2GUUA 1EEPA 3PSWA 2VEKA 5D02A 5AHIA 5CSRA 3FYPA 3M16A 4FIRA 2QCMA 1Z41A 5HWNA 5I3FA 4LS1A 1G4TA 1SO4A 2TMDA 4LUJA 3TQVA 3DXIA 5D04C 4MVAA 4GNJA 4BK9A 2DZVA 1GVFA 3PB2A 5BMWA 2CU0A 2Y85A 4A3UA 5F2IA 2OCZA 1XFBA 3MUXA 3DBPA 1D3HA 1FCQA 1X8FA 4PTNA 5LSMA 1DVJA 2A7RA 3NZ1A 3AO0A 3I6RA 4M5PA 1LCOA 3P74A 3TSBA 2RKXA 2ZA2A 4AH7A 3LCHA 3O8AA 3SGZA 3UD6A 1PHQA 1OFAA 5I3JA 4XKYB 1H1YA 3P84A 3S1XA 5LKYA 1PS9A 1UB3A 1K7FA 2ZBTA 3UPBA 5K9CA 4HHPA 3ZWSA 3THQA 4DELA 2V8ZA 4Z1DA 2FPYA 4HPXA 3ABQA 4UMBA 3C6CA 1D9EA 4OQVA 4IQLA 4OHQA 3I68A 1QPNA 1KLZA 2ZZ6A 1OG0A 2VC6A 5I3IA 3DI1A 3INPA 4UTMA 4CNPA 1I8JA 4FX8A 4ADUA 4ZQOA 1HO4A 1YPIA 5FEZA 4Q33A 4LV4A 2W0UA 1A5CA 2B0MA 2B7OA 1NEYA 2WSQA 3ZR4A 3DZ1A 3UQNA 3Q94A 1H7PA 2ZZ4A 3KVJA 3W7NA 4H4IA 4RV8A 1QPRA 5K9DA 4W9TA 3W70A 4JNMA 3W85A 4AMAA 1OFDA 1M5WA 3PWAA 4MJMA 4ZZ9A 1SZNA 2J6XA 3CB8A 3SJ3A 1H61A 1E51A 5LNRA 1AMKA 3BARA 4JTGA 5AC7A 3W1XA 4JR5A 4UNKA 1VR6A 1YXCA 2FLIA 3DU0A 3HG3A 3LCIA 4FNQA 4H6KA 4HNNA 3R8RA 5IBXC 3O6YX 3W71A 3W1TA 3W72A 1O5XA 1XI3A 3C56A 2V2CA 3EWYA 3GKAA 3A5VA 3B05A 3M5ZA 4FNRA 1FQ0A 2ZTJA 3L0GA 4JIQA 3W1MA 2PRHA 2CZ5A 4BR1A 1CI1A 1GYLA 1ZJIA 4CCCA 3G8EA 4FEZA 5F1UA 1B4EA 1F6KA 3EWBX 2X1SA 3IIZA 1SQ7A 1WYIA 1R2RA 1A5BA 4JTEA 4RXGA 2YSWA 3P7YA 4LU0A 1TQXA 3LXCA 1DV7A 3W7JA 4S2BA 4UTKA 3G3DA 2HS6A 1SR9A 2Y61A 2RHGA 3EWZA 2PE4A 3CLMA 5CGQA 3G1SA 4D2JA 2JKPA 3IEBA 1F2JA 3LRLA 3THAA 2NWSA 3LOTA 3HPXA 3HJZA 2OX1A 2A0NA 1T8XA 2A7PA 3STEA 1GVOA 4O1AA 3GDKA 3LLDA 3GNDA 5DY2A 2CLHA 3HF3A 1W3NA 5FF7A 1JUBA 5AC6A 3KRSA 4I7WA 3OHIA 4U28A 3L67A 2ALDA 1HFBA 1EP1A 3OVRA 2Q8ZA 2C1HA 3O6CA 2YPIA 2C16A 1W54A 1DOSA 4IX0A 1KV5A 3NL5A 4UUIA 3W23A 4ZQPA 4NJGA 2BTMA 3W84A 4PL2A 5K3VA 1C29A 3W7HA 3NR0A 3O16A 1RZMA 3PBWA 2WSRA 4IMEA 1TTQA 3RU6A 3MBDA 4JTSA 1FDJA 4CCEA 1OFBA 4UFMA 2ZA1A 1Q6RA 2Y7EA 4NNAA 2HMCA 1A50A 1A53A 3GAKA 5LGZA 4HN4A 4R34A 4FXRA 3L5AA 3W7OA 1EP2A 3SR7A 4Z1CA 5CZ0A 4LV9A 1JUEA 1VGAA 4N6EA 3CM4A 1KM0A 4GE8A 2NX1A 4JTKA 2G97A 3MI2A 3PC0A 5FF3A 3UZ5A 2E77A 1SZGA 1TO3A 3L5LA 3SIZA 3S5NA 2YDAA 2X30A 1GQNA 1IIGA 3N9RA 3G3MA 1BTMA 5G1TA 4EVZA 3RLVA 1W8SA 4C1LA 4UTJA 3IIOA 4M6QA 2CZFA 3L0KA 4WY0B 2XN1A 1GVSA 3GIYA 4M7TA 2XN2A 1XDMA 2CZDA 5CKSA 3M5XA 1JVNA 3LCGA 4CNOA 2ZA3A 4YL2A 4KWWA 1YTKA 3ZWTA 2W79A 3NQMA 2ZRVA 1G7VA 1GWJA 2CWNA 4HNUA 4AVFA 1B4KA 1TPH1 3HBLA 5HUPA 2DP3A 4XZ9A 1G7UA 1FCBA 1TV5A 3TE9A 1JCJA 3PG8A 3I65A 4TX9A 1GTEA 4UTUA 4BFAA 4NUWA 3FKRA 3BW4A 4BI6A 4YXGA 4M6VA 4IPJA 4AHPA 1WBJA 4O17A 3E49A 4NZFA 4Y9AA 3M7WA 2H3DA 3MHFA 1TTIA 5EYWA 3LCWA 1W5PA 4NJKA 1JQXA 4K39A 5CZSA 4IUOA 3QZEA 1OFPA 1F05A 3MP5A 4WZHA 4XKYA 3NPXA 3MYPA 1F6PA 3YPIA 2GQ8A 3MYOA 3KVMA 2YCEA 3TFCA 1SW3A 1PIIA 1S3HA 3W7KA 4JYDA 4IMGA 1H7NA 2W6RA 5KTLA 4DPQA 5H91A 2YYUA 4JD4A 4UFHA 3QFEA 3VNDA 3HG4A 3USBA 1CW2A 3BVJA 4E0CA 5CPMA 2RDWA 1O5KA 2FJKA 3P8IA 1I45A 3HPZA 2V5BA 1KFLA 4MIMA 5BMXA 4PA8A 3GVGA 3G1YA 4LC6A 4UTHA 1ICSA 1LOSA 5SWUA 2QJHA 4IJBA 3NDOA 2X1TA 4MZYA 1SFLA 2C6QA 5FEXA 1N8FA 3NPUA 4JX6A 3HMJG 4R33A 3TJXA 3WJSA 2I9EA 3KHJA 5DELA 1GPWA 2O7SA 4O1CA 4XWUA 4NZJA 1HUVA 3GXTA 3EX3A 5HUOA 5DBTA 6ALDA 5DCBA 1I2RA 3W76A 4DF1A 2ZRWA 1I2NA 1K7EA 3NNTA 3TJLA 2PCQA 4GRSA 5DY3A 1W37A 3W6YA 1X1OA 4NXSA 1PHWA 3UWWA 3NEVA 2ZZ3A 1TREA 2YX0A 4ONVA 3LHZA 3BG3A 3P61A 5A5WA 4UC5A 1GVRA 3LTYA 1SSDA 3DHFA 2X16A 2EKCA 1HTIA 2VFIA 1GVQA 1MEWA 5D05A 5K2ZA 1TQJA 4O57A 1ADOA 4OU1A 1FXQA 2NUWA 2VKZG 2A2IA 4MLJA 3W1AA 1JJKA 3C0JA 3SGUA 3MHUA 3DKJA 3EWWA 5HWJA 3E02A 1WAUA 4N9DA 3CT7A 2BWGA 2V2DA 2OJPA 3IIPA 1TPEA 4RZ4A 3PR2A 3W1LA 1H1ZA 4LVAA 4KFNA 1IXQA 4AEOA 3KAOA 3DFOA 5FEWA 3CEPA 4LT9A 4X9SA 1EP3A 4IGHA 2J9YA 2VFFA 4LC8A 4O1BA 1ZNNA 3GB6A 3MO7A 2GJNA 1UCWA 4PL1A 3RF9A 2QUTA 4S1FA 3LXBA 4PFMA 2Z0IA 3LCFA 4TIMA 1RR2A 3LI0A 2VEIA 1J4EA 1YDOA 2E09A 1WBHA 3L65A 4ORIA 3ABOA 4DF0A 4NNCA 4N02A 1SPQA 3NZRA 3ZFHA 5I3HA 3LLFA 2GJLA 1EWEA 5AHEA 1G4EA 1LP6A 3TC7A 2V5LA 2CFFA 2J9XA 3T4CA 3TR2A 5HNRA 2R8WA 4X22A 3EX4A 4MYAA 2DZPA 4K36A 2VELA 4O18A 1EA0A 3LRKA 3LTSA 1BWLA 3B0UX 3I7RA 3QMSA 3LERA 4O19A 4HSOA 1KM2A 2CLOA 1F7BA 5TIMA 3W7QA 4EF8A 4GUGA 4O14A 3LM7A 2DZWA 5DBUA 3UXDA 2ZTKA 3NQ7A 4LUIA 4RZ6A 5DXYA 2QCHA 3MW7A 5FEPA 3T40A 2FFCA 3JR2A 4H3DA 3W7MA 1YDVA 2E6AA 3LHYA 3BG9A 2TRSA 1QO2A 3M44A 3WJWA 2ISWA 1DBTA 1NAL1 1R47A 2JKAA 3KX6A 4Z1BA 4I7UA 1OJXA 1RPXA 1YLVA 3Q37A 1XBXA 4N9CA 2NUXA 4YLWA 3UY8A 4WY0A 2OT1A 1TV8A 3HQ1A 3NQAA 3O6DA 5C54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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