4DELA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 138
structure length 345
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4delA00
1GJPA 3LM7A 3ABRA 4IOTA 1GWJA 4QNWA 2V2HA 1VCFA 1TJRA 5CSRA 1ZAIA 3U8GA 4M19A 2ATSA 4N4QA 1H1YA 2QCHA 2Y89A 5EPDA 3OVQA 4IXHA 3STCA 1KM0A 1W3TA 1IF2A 3NYZA 4FNPA 4FNUA 3M5ZA 3HGOA 1OFAA 3TSDA 4HHPA 4OT7A 2QR6A 3KRUA 2CZ5A 3UD6A 1I4NA 1EX5A 4LV9A 3M5VA 4Z1AA 3QPZA 1GVFA 5CZ0A 2YXGA 4AXKA 1TQJA 1TRIA 1WA3A 1LBFA 3TE9A 3TW6A 3CQ0A 1RPXA 5IBXC 1OG0A 2ZYFA 5F2MA 3B03A 3A23A 1O4UA 3L68A 1LRQA 3W2KA 5AHNA 2YW4A 3W6YA 1B57A 3HIJA 1WOAA 3S5ZA 3NQGA 2EPHA 3EWUA 3OVRA 4Y9AA 4MZ8A 5EMUA 5F4XA 3P80A 4N9BA 3NQVA 4IUOA 2JK2A 1W5NA 2C13A 2VEPA 2NUYA 1X1OA 4NXKA 2HMCA 1FY6A 3PB2A 4NXSA 4MFEA 1I2QA 1OFRA 3CIWA 4O28A 3WK3A 5CPMA 3N2XA 2X2GA 3TMLA 1R2RA 3NQEA 1WDWA 1SPQA 1C8VA 6TIMA 3ABOA 4NNCA 4O11A 2X1SA 3A5VA 4NZFA 3HGRA 3TJXA 4PCFA 2FLIA 2B0MA 5K7JA 1GVRA 3MI2A 5G2HA 5L6UA 2CZDA 1HFBA 1VJIA 4UMCA 3MP5A 2CLMA 2J27A 4JEQA 2P0OA 4UTWA 4FIRA 1ICPA 4JIQA 5D05A 4BWLA 3DAQA 2VC6A 3W1UA 2V30A 2ZRXA 2GJLA 1ZALA 3QH2A 2CU0A 2WNZA 4MZ1A 1KFCA 4XTIA 1XBZA 3CM4A 1FCUA 3DFPA 1DV7A 4M7SA 4O16A 4WJEA 4O4VA 3Q2DA 3LDVA 3DFNA 3NQ7A 4N4PA 1EIXA 3NZRA 1SW7A 3LCFA 3CWOX 4TMBA 4P2VA 3GXTA 3HJZA 2ZFAA 2E5CA 3T44A 4UTMA 1R47A 4I7WA 4RJEA 1OFOA 1JCLA 4NVTA 1OX4A 3OVPA 1O60A 4CNOA 1EWEA 3BW3A 3LX9A 3INPA 5DELA 1Z41A 2ABAA 2QEZA 3GIYA 1DQXA 2YFNA 4AWSA 2B4GA 2Y88A 3F4NA 3DFOA 3MJYA 2NXHA 1HG3A 3LRKA 2Q3OA 1TQXA 4FO4A 5I3KA 1B9BA 3JS3A 1BWKA 3ELFA 4IGHA 2WSQA 5AYXA 3QW3A 4U4MA 3P67A 1LP6A 1B4EA 1K8XA 3D0CA 3C6CA 3SY5A 4ZZ9A 3TFXA 1G7UA 3MI3A 5F1UA 2E1DA 1WXJA 5I3HA 4RZ5A 4WXZA 3W1NA 3TROA 2ZZ6A 3NQ8A 3H53A 3M6YA 3QMRA 3NL3A 2H3DA 2WJZA 4XKYB 3HG5A 1A53A 1YDOA 5I3FA 1F2JA 3PB0A 3M47A 3PWAA 4K38A 3FYPA 2Q3RA 4IMEA 3Q94A 5TQLA 1IIGA 1PL9A 1GVOA 2ZRWA 3HMJG 1TIMA 1F6KA 4AWTA 3BLEA 1I45A 4UTKA 4LVDA 5H2ZA 3W75A 3R89A 1L2UA 2NUWA 5KTLA 1DHPA 3E96A 3OIXA 1K8ZA 3ANYA 3QM3A 4GBUA 3GZ3A 3BGJA 4MY1A 1VRDA 2Y63A 2WNNA 4O1DA 5E0KA 1WV2A 5BRBA 1EWDA 1GZGA 2V81A 1DQWA 3LHUA 3S8HA 2FB3A 4I9AA 3W88A 4RZ4A 1H7RA 2C0AA 4LNYA 2B7PA 4WY0F 4WOZA 3VCRA 4WOQA 5D33A 3W7KA 3MHUA 5E1QA 3UYCA 3L5AA 3O6DA 5A8GA 3L2IA 2YX0A 3NAVA 4AHOA 1G4SA 2CLHA 3UNDA 1HTIA 1L6WA 1W0MA 3Q58A 1H7NA 4MPQA 2C14A 1KFEA 3UXAA 3IGXA 3O16A 1W31A 1KM5A 5EA9A 3QFEA 1U83A 4YXGA 3W7LA 1OABA 1KFLA 5HQEA 1JUKA 2DJLA 2DZTA 1T99A 4XUGA 1MZHA 3PUEA 2FB2A 1L6SA 1OHLA 2GOUA 5BOOA 1TJPA 3ZFHA 3HOJA 3GDLA 4OV4A 3TMQA 1KBJA 1OYAA 3T78A 4L4MA 2H6RA 4MLRA 4BI6A 4HNUA 2FJKA 3NPWA 3M43A 1IXQA 3W7RA 2AGKA 3LCHA 3PAJA 2G96A 5KSWA 3FFSA 1R46A 4XZ9A 1YPIA 1CI1A 5AHLA 2OCZA 3TIMA 3W85A 2ATMA 1C29A 4QITA 2GPTA 1XXXA 2RDTA 3PF3A 4JTFA 2DJXA 1N7KA 2ISSA 4UMAA 2QCDA 3W83A 1GG0A 2QAPA 1SO6A 3G3MA 5DCEA 4XTDA 3F4WA 3W7OA 1FX6A 5AHEA 1P0KA 4RR4A 5DN1A 4JN6A 5K3VA 5HUPA 5CPOA 3L67A 2PE4A 3MHGA 4MVAA 3BW2A 1N8FA 1PHWA 4I7UA 3UWQA 3RLUA 3NXFA 4ML9A 2V5BA 2Y61A 1TTQA 4JIPA 5DBUA 3A5FA 1DBTA 1W37A 3NPUA 2ZCGA 3GR7A 5AN7A 5AFDA 3SSJA 1YXDA 5F2GA 4DF2A 5L9FA 5CZSA 4IXXA 3NQCA 4LC8A 1IIHA 4NX5A 1VC4A 1G4PA 1OX4B 3UWZA 1KFKA 4WZHA 1BTMA 4BR1A 1FWTA 3NL6A 3PR2A 1G4TA 1Z44A 4Z08A 1ZHAA 1JCNA 1X7FA 4ONVA 4OU1A 1F74A 3G1SA 4LOCA 3BG3A 1H63A 1O95A 4JXCA 3CT7A 3KFTA 1JJKA 1W56A 4Y90A 5AHMA 2ZA1A 1RD5A 4IMCA 3GDTA 4GC4A 1UUOA 4UTTA 3UY7A 4DO4A 3DENA 4NNBA 3ABSA 4MY8A 5F4SA 1I2OA 4YWIA 4JTTA 1VQTA 3B04A 5CPNA 3W2JA 2DZSA 5ABTA 2Q8ZA 2VENA 5K9XA 4WX2A 2VFIA 5D30A 3O63A 4LUIA 5CGQA 2BWGA 4M5PA 1T96A 4KWWA 3MMTA 1Z48A 1I2PA 4N02A 4NQ1A 3UWWA 2YDAA 1EUNA 3GR8A 4U28A 3HBLA 3ABQA 5LGXA 2G5WA 3C56A 1AW5A 1TV5A 3M41A 4FX6M 4RX0A 2RDWA 2GQ9A 4TIMA 3TC7A 1EUAA 5D32A 5CPLA 2CLIA 3CWNA 3LCGA 5LHFA 3R12A 4HKPA 3IIXA 4GE8A 5DCDA 1XBXA 5D2XA 1Y0EA 3FOKA 3W2NA 1LTDA 4ADUA 4H4IA 3C3NA 1RV8A 1T8XA 2NLIA 3P5YA 5LNRA 2QUUA 5FEWA 3NPVA 4A21A 4MFDA 3CHVA 1TPC1 4JTGA 4IWWA 1G69A 3H55A 3MYOA 2C15A 3EX6A 1ME9A 3G1VA 5EY5A 3T4CA 4E38A 3WJZA 1FWWA 3BARA 4O13A 4PFMA 2VELA 2ZDRA 5IM51 3GXPA 2VFDA 3I7SA 4KWVA 3SFKA 1IXOA 3UY8A 3W87A 4AB4A 3W2UA 1WBJA 1VGAA 3LBCA 3THQA 3G3DA 1KLZA 3G0SA 3NL2A 3FYOA 1I8JA 2CLKA 2WKJA 1TPB1 3UWUA 5AC6A 5HWJA 1NAL1 3F1QA 4GJ1A 3TQVA 2GVJA 1VHNA 2YYTA 3NQFA 3TW7A 3WJSA 4PL1A 4QAIA 3QPYA 4LTSA 3U6WA 3N34A 5D2WA 1I2RA 4LWWA 1H7OA 5SWUA 2UV8G 1MEIA 1TPVA 4PC8A 2C3ZA 1ADOA 2F7FA 1EB3A 3GDRA 1J4EA 4YMZA 1QO5A 3LERA 1N55A 1TRDA 4EIVA 3NO5A 4LVFA 3EWBX 2JKPA 4IX2A 5F4WA 4RZ6A 4A3UA 3LV5A 2QJIA 4LU0A 5FF2A 3CPRA 3GVGA 2A4AA 2QCDB 3W1XA 5D03A 1K7EA 1SO4A 2Y70A 4PH6A 1H62A 4O1CA 1NF7A 1G4EA 3DU0A 3HPSA 4YL2A 1D3HA 4NJIA 2ZRUA 3S42A 1OK4A 2YW3A 2Y6ZA 1H5YA 2R14A 2DZXA 2GQ8A 2NV2A 3UZJA 3W70A 2JKAA 1A5BA 1JUEA 3G0XA 4UR7A 1ME8A 3I6RA 1QPRA 3KVMA 3MP4A 4CCDA 1OJXA 2FQIA 1WAUA 3M0ZA 4YLWA 3O15A 5HMSA 1FXPA 3FEMA 3TU9A 2JGYA 4EWND 1LORA 1QNVA 1ALDA 2H8XA 1P4CA 3VE9A 2CLLA 1GTHA 3GX9A 3LTYA 2QJGA 5EBUA 1TREA 3BG5A 3NVTA 1LOLA 4ZL1A 1F05A 3W1RA 1ONRA 2P1FA 1SSGA 3LXBA 5DBTA 1H61A 1PCWA 4UMBA 2TYSA 3C0JA 3DFQA 4O1BA 1NVMA 2BX7A 2E6AA 3TK7A 2NV1A 2NXIA 3L66A 1P0NA 1YTEA 4DXVA 3P8IA 1KTCA 2VOMA 2A7PA 1BKSA 5G2IA 3TXVA 1GVSA 3A24A 5LNVA 4MIMA 4MYAA 5F2LA 4O1AA 1DORA 1UBSA 4R33A 3S1VA 4XBSA 1H7PA 4N9EA 3W9ZA 5G1TA 4JD4A 3W73A 3QYQA 4EOUA 4ZQRA 2ZZ5A 2J24A 3TSBA 1OFBA 4OBTA 1ZJIA 4HNTA 2GUUA 5K4ZA 3M9YA 4RXGA 4K7VA 2FIQA 3W72A 5G5IA 3FJ6A 3A9IA 4QNEA 1QR7A 1VH7A 4LUJA 3C2RA 4K37A 3RU6A 4JTSA 3KX6A 3MBFA 5FEPA 4IMFA 1VZWA 4JICA 5I3IA 4HT3A 2ZA2A 4NJGA 4UTIA 3NNTA 1ME7A 1XM3A 3QMSA 1GYNA 1LOSA 2RDUA 2BSLA 2FPVA 1YLVA 4MUZA 3GB6A 1ZCOA 4O50A 4UTWC 1L6YA 5F1VA 1D3GA 1VS1A 4M6PA 3FA5A 4BWLC 1M5WA 4N2YA 5C5YA 1OK6A 1SO5A 3QSTA 3P8JA 4JTKA 4UFLA 5LHEA 5HNRA 2G97A 2JGQA 3IVUA 1VYPX 1TSIA 1UJPA 2R94A 5D2TA 3TQKA 1JRCA 4LVAA 3SGZA 2QDHA 4UTLA 3W1LA 3DKLA 3N9SA 3EWYA 3C52A 2BZNA 1XBVA 5AB3A 5BW6A 4K8EA 3G0UA 2OT1A 3G18A 2VXNA 1W1ZA 1GTEA 5HWMA 3R13A 3BG9A 7TIMA 4E2DA 3EX2A 1HUVA 5T26A 1BEUA 3PUOA 1JCMP 5TIMA 2H90A 3O06A 3QRHA 2CW6A 3C2VA 3KRSA 3UPWA 1L9WA 1SW3A 3V75A 3FIGA 3WK0A 5CG7A 4TO8A 2D73A 4JX6A 1LBLA 3LI0A 3NDOA 4BF9A 3E02A 3B05A 4QIUA 2HSAA 3GNDA 4O52A 3HGSA 4K7YA 5HR7A 3C2OA 3TFCA 1P5BA 3STGA 5D02A 1JR1A 3T55A 3M5YA 3PBVA 4HIBA 4FB7A 4FF7A 1Q45A 2AAMA 3IVTA 1F7BA 1LLWA 2E77A 4OV9A 3L5LA 1KV8A 3W1PA 4JR5A 5C55A 1AG1O 1FDJA 4RV8A 2JBMA 4JTJA 3RNDA 1NSJA 4MLJA 4Q33A 1W5QA 1VLWA 3M44A 4BFAA 3LTSA 1VCGA 3PG8A 3GLCA 4ZQPA 3EWZA 3ATZA 1UCWA 3EEGA 4LY8A 4AAJA 4K39A 4O4WA 3BVJA 4UXDA 2QCNA 1GT8A 4BI7A 2E09A 4QM1A 4H3DA 1ZAHA 1JCJA 1T0OA 3MP3A 3R8RA 3B06A 1M6JA 5AC7A 3W7QA 4QQ3A 4ZQOA 2E5BA 3IIPA 1K3UA 2DZWA 4KFOA 1O94A 5DXXA 3NPXA 5HJLA 4RCXA 1ML1A 4Z0SA 3P61A 4FX8A 3WJXA 1YTKA 4MY9A 5CKSA 4NNAA 4EF9A 1MEWA 4W9TA 2PURA 3MWAA 2WSRA 1W5OA 1R2TA 2NX3A 3FJLA 3EB2A 4ICNA 1RQBA 4O12A 2NX1A 4YCPA 2WOQA 3EXTA 3O8AA 3W23A 3JRKA 3G8RA 3QSRA 1IXPA 2J9YA 5LNSA 4RKAA 5HINA 3JR2A 1GOXA 1SU5A 2ISWA 4R7JA 1X8FA 4NJJA 2V8ZA 3LCXA 3LRMA 1VYRA 2ZA3A 3QEZA 5LGZA 2I9EA 4O57A 3S1UA 2CZEA 2Y62A 3CLMA 4ORMA 1A5SA 3MUXA 1WQ5A 2H8ZA 1QFEA 4O0KA 1R30A 4HSNA 1PV8A 1GPWA 4UFHA 3MHFA 4K8HA 2BLEA 3F03K 4M6QA 5U7SA 1SZFA 3E12A 4O53A 3PULA 4FXRA 2ZRYA 1YTDA 4UTHA 1W5PA 1Z42A 3LV6A 3LHTA 2Y85A 4LW7A 4ORIA 3TDFA 1VLIA 3L5MA 4CCCA 5C54A 3UZ5A 1FWNA 3G22A 2Z2UA 3SGUA 2NWRA 3T7VA 3N9RA 1OF6A 2O7QA 4O19A 2AQWA 4KFPA 5AYZA 3DGRA 2HTMA 4NJKA 3O07A 4NU7A 2XN1A 4HSOA 2CLEA 3SI9A 1TV7A 2W79A 4X22A 3QQ1A 3P82A 2E6FA 2BXVA 3M16A 2VFHA 1FXQA 1LYXA 2XN0A 3MO7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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