4E4P | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	301
structure length	293
Chain Sequence	APLKDVYKNDFLIGNAISAEDLEGTRLELLKMHHDVVTAGNAMKPDALQPTKGNFTFTAADAMIDKVLAEGMKMHGHVLVWHQQSPAWLNTKKDDNNNTVPLGRDEALDNLRTHIQTVMKHFGNKVISWDVVNEAMNDNPSNPADYKASLRQTPWYQAIGSDYVEQAFLAAREVLDENPSWNIKLYYNDYNEDNQNKATAIYNMVKDINDRYAAAHNGKLLIDGVGMQGHYNINTNPDNVKLSLEKFISLGVEVSVSELDVTAGLAVGQAYLYAQLFKLYKEHADHIARVTFW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Paenibacillus sp.
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase A
total genus	116
structure length	293
sequence length	301
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4e4pA00

2BXYA 2OSWA 3T2PA 3RMEA 3DC0A 8A3HA 3MV11 3BSGA 4V28A 3RIKA 2XJ7A 1O6IA 1XH1A 4WK9A 4W93A 1UKPA 3CUJA 2VRJA 3WUFA 2YLLA 4XZWA 1NOFA 3AS3A 3WFLA 1VFMA 4J3TA 3VIKA 3GNPA 2ZWZA 4KMQA 3O2LA 1NP2A 1V3MA 4PBGA 2J7DA 4FF5A 3BLKA 3APGA 1K6AA 3TA9A 4MJ4A 4P8XA 5FD0A 4KH2A 3VMPA 3VGHA 4BQ2A 4UOZA 2IXVA 3VVGA 3VGGA 1BVZA 1BYBA 1J0JA 1W9VA 2A3EA 4V2XA 3L4ZA 2VURA 4D6HA 5A8OA 4W8AA 1XHGA 1QVBA 4AZBA 1H49A 1NH6A 1JZ3A 3SCVA 3CUHA 2G3IA 4GINA 2CBUA 3LPFA 5I5RA 2PBGA 2XG9A 4GI9A 4J3UA 4S3KA 4NRSA 5A6BD 4AWEA 2J7CA 3UETA 2D2OA 1D2KA 4W5ZA 1V6VA 2WMJA 1ZB5A 4CVWA 3N13A 3W25A 4W7WA 1GQLA 1V3KA 4EKJA 4PMUA 1WZLA 1GOIA 4UQDA 2J62A 1M03A 2ZWYA 1IT0A 4HA1A 3W81A 4QCFA 3GXMA 2G8ZA 2ZXBA 3OB8A 1XYFA 4M24A 5CPTA 4RE3A 3WMBA 5AC4A 1VEPA 2UY4A 1NOUA 1OM0A 4KGJA 4ZE5A 4ACZA 3KE0A 1H3GA 2GJRA 4BZYA 3ARRA 3T0AA 3CZGA 4AD2A 1KBKA 2XGBA 3TP4A 2WM0A 3AXIA 4P7QA 1EQCA 4AD3A 1WZMA 2X0YA 3B9DA 4DUXA 4DWSC 1V0NA 1KWKA 4D1JA 2X05A 1JXJA 4PN2A 4NSBA 1W9UA 3RM9A 2XSBA 2J7BA 3U7VA 4W8LA 1E4IA 1JD9A 3PZMA 4BF7A 1MXDA 3II1A 5IFTA 1E55A 1KFWA 1TA3B 1W2PA 5M3WA 3PZOA 2RGMA 5EFFA 2XVGA 2D0GA 3QOKA 3N18A 5CG0A 4FMVA 2GK1B 2JEPA 2DDXA 3WD3A 5A6AA 1B9ZA 3ZT5A 3N11A 3WNNA 2EPLX 1UKOA 3QHNA 4JKMA 4MNMA 2WSKA 4H7VA 3AMLA 1E6RA 1H2JA 3DHPA 3ALFA 2WCSA 2BVYA 1HP5A 3EMQA 3ARZA 2UY2A 1J0KA 3AHTA 3SURA 1JZ2A 2X0HA 2XVPA 1CXIA 4JHZA 3D3AA 3UR7A 1OGBA 2FGLA 2QLYA 2A3BA 3PZ9A 1JDCA 4B9YA 4OUEA 5AYBA 4C7FA 5FCZA 1E3ZA 4P7NA 3ZO9A 4U2YA 1E5JA 3NUKA 3SUUA 4DM2A 3N1AA 2WC7A 5E0CA 5FL1A 1WDQA 5I23A 3CTTA 3CUIA 4AD5A 2F2HA 1SMAA 3WELA 3UG4A 3WH7A 3O6AA 3AICA 1CTNA 4P8VA 4QP0A 5BROA 1BYAA 1QNOA 1DTUA 3VPLA 4FLRA 1EQPA 3NYDA 1HJSA 1TCMA 1UA3A 2WCAA 1BG9A 1E5NA 1ZBWA 3AS1A 2WVSA 4AD1A 1PX3A 4WSKA 1HJWA 1Q6CA 3MUZ1 3M6DA 2G3NA 1FHDA 2EEXA 5E09A 2ZUTA 1CGXA 5LYRA 4PSPA 4CD6A 1TZ7A 3NSNA 3IAQA 3ARUA 3ZT6A 2OSXA 2WANA 1EA9C 3CZ8A 2B31A 4X0VA 4HMEA 1H41A 5CJ5A 1KGXA 2ZUWA 1QOXA 1NQ6A 2VCBA 2WMFA 1K9FA 1OCQA 1UOKA 2J8GA 1JAKA 3ARQA 1KXVA 1HT6A 1CENA 1GOWA 1ZU8A 2W66A 1Z32X 4PRWA 1V02E 2ZXAA 2D24A 4LGXA 1UWTA 1VBRA 5A1AA 3T08A 2VZUA 1UD6A 5D8WA 3FW6A 4JAWA 4ATDA 1OGSA 4GO8A 3VDBA 3CMJA 5E6ZA 4M1RA 4LQ1A 1MW2A 4JFSA 4D6GA 1W1VA 3VIPA 1W32A 1UWQA 5EBAA 3RM8A 3T2OA 4PSRA 4UR9A 4TX6A 3W27A 2EO7A 4TTGA 2ZUSA 1LL7A 3ZR6A 4AD4A 4WIWA 1J9YA 2DEPA 1JNDA 1PZ3A 1DWFM 5BCAA 3UR8A 3BLPX 1J0IA 4E4PA 4AD0A 2GJXA 4Z2KA 2QMKA 2JE8A 1ISXA 3K8LA 1ZJAA 3GNOA 1ISZA 2YA2A 1UUQA 3FHQA 5IHSA 4NRRA 2JFEX 1W9DM 2F61A 5E6YA 1MW3A 2DIEA 2JF6A 2G3JA 3VDCA 3ECQA 2BY1A 5GNXA 1HXJA 4JL2A 1GCYA 4YHEA 3VGFA 1PPIA 2DT2A 3SCOA 1UQYA 4H8UA 4MAZA 1W9PA 1BYCA 1XCXA 3AXXA 4XUYA 4BCEA 2OWXA 5GNYA 3M07A 1LLOA 3VX1A 1WNOA 2YIHA 1DWJM 4GI8A 3K4DA 4AZHA 4UOQA 1HJUA 1CECA 4HMDA 4FLSA 1V6UA 3VDHA 2BY0A 1KGWA 3WF0A 5I6SA 1E70M 2X8RA 3GH4A 3VGEA 4CUCA 3AIBA 3MV01 4CD8A 2XWEA 4MB3A 2EPNA 5CGTA 5ABEA 2D22A 4OOZA 3RILA 3EMCA 2XGIA 4YN5A 1TR1A 4M80A 1RD6A 2QV4A 1E6QM 3AMGA 1JZ5A 1E0WA 1CBGA 4CVUA 2NW0A 2NT0A 1UD8A 2E9BA 4PMZA 5HPCA 1UA7A 1V0KA 1JYVA 1QBAA 3F5LA 3T0DA 3CHFA 2VVNA 4LYRA 3RM4A 5IFPA 1G9HA 2DH2A 2WKGA 3I3DA 4S3JA 3K8MA 3WDHA 2NT1A 1DWAM 3ARSA 3WF3A 1BLIA 5I2UA 4HOZA 3GDBA 2CPUA 1JFHA 1H11A 4A3YA 3A4AA 4F8XA 1SFSA 1MQQA 4B9ZA 2QPUA 3A3HA 3TTQA 4AIOA 2ZXDA 1RH9A 3T2QA 3BAJA 4ATLA 4HPGA 2VX5A 1G0CA 5E70A 1AVAA 3WQ5A 4KWUA 3F5JA 3CZEA 3OLEA 3SCWA 1HIZA 3ARTA 3VINA 2E40A 3AI0A 4CCCA 2WMIB 3VM7A 1LL6A 5I79A 1W3KA 2J25A 2QF8A 4MJ2A 4FK9A 1V08A 3W4RA 4AMCA 2V3FA 5ECUA 1RP8A 3OLIA 3QGVA 7TAAA 4GZJA 1UR9A 1Q4NX 2WHLA 5A94A 4TTUA 1FOBA 3THDA 4HP5A 2GFTA 1C8YA 5CZKA 1PBGA 1PX8A 4ZE4A 1E73M 4MDOA 3M7SA 3EBVA 4Z2JA 1U30A 1WCGA 1WO2A 2EPMX 3AQUA 4CN6A 4CN1A 1K9DA 3CLWA 5JBEA 2WW5A 2CYGA 3HMCA 1E72M 2FHBA 1V6WA 1EIBA 1HVXA 2WMHA 3ZT7A 1FH7A 1H1NA 1UKTA 3PZVA 5I77A 1Q6EA 4BQ3A 3WQVA 2YL8A 4P7OA 2WLZA 1VF8A 2ESCA 1U33A 2E9LA 4H41A 3TTOA 1GJUA 1LF1A 3MANA 5AYIA 4QFUA 1UWSA 3UESA 1UZ4A 4AIEA 1B1YA 4R27A 1XGZA 2JF7A 3F5KA 1FFRA 3SUWA 4W8BA 1D3CA 3FXYA 4B16A 2V3GA 3ZJ8A 3AIWA 2ZX8A 1XSJA 3MO4A 4QLJA 2FDMA 2WC3A 5AC5A 4HA3A 4OKDA 4E8CA 2BY3A 1Y7VA 1TA3A 1I75A 3UEQA 4JKKA 4PMYA 1KCKA 5D9NA 3IJ7A 3THCA 4HPHA 2XFYA 1WDPA 1NM9A 2BFGA 2FH8A 5BRPA 1XH0A 1EDQA 2GK1A 3ZJKA 2Z1KA 4UZUA 1X6LA 2J77A 3AHYA 3WH9A 1AQMA 5D9MA 4TVCA 1VEOA 3MUY1 4CGTA 1UHVA 3LPOA 2EXOA 1BTCA 4B3KA 2FHFA 4H8VA 3OA5A 1G1YA 4U3AA 1QNPA 5C8BB 3SUSA 3PZNA 1E6NA 3QHMA 4W87A 3G6MA 5DMYA 4X9YA 5E0FA 1QNQA 1HL9A 1E6SM 1LJYA 2YOCA 1W2VA 3WENA 2ZIDA 1G94A 4GIAA 2UWFA 1JAEA 4W5UA 4D6EA 1XSIA 3W29A 3AMCA 1GORA 2GUYA 4EAMA 2UY5A 5AY7A 4B3LA 3I3BA 1QW8A 1AQ0A 2O9OA 5BYWA 1BGGA 1CXLA 2XIBA 3WNLA 3BAXA 1EO5A 4W84A 5DT5A 3AXHA 1EOKA 2VOTA 4Z2GA 1GHSA 1E56A 3PHAA 2WBGA 3AHVA 2ZXQA 3ZQ9A 4F9JA 2VR4A 4PEEA 3L2MA 3ZR5A 3L2LA 1OBAA 4Y7EA 3U5YA 3UG5A 3NSXA 1MWOA 2VJXA 4OIFA 4AZCB 3E1F1 2WZEA 2WK2A 2BXZA 3AIRA 3DHUA 5M17A 3GXIA 3VIFA 2WHJA 2VCCA 4DUWA 1ZJBA 2FGZA 3SCRA 6TAAA 2DT3A 1UD3A 1KBBA 1XV8A 2J75A 3VD4A 1HJQA 1ZL1A 1V3HA 2V5CA 1UR1A 1UKQA 2VR5A 3KEHA 1B31A 4IPNB 3BMWA 1VFUA 2E3ZA 2D20A 3KL0A 1AQHA 1GW1A 2WKLA 1GJWA 2WZIA 3T0BA 3VD5A 5A8MA 1UG6A 4FLOA 2O9PA 3VX0A 1R7OA 3AHXA 1KR1A 5E9AA 3AOFA 2E0PA 4YPJA 2YLAA 4ML4A 3AISA 1BF2A 4CD7A 2OYKA 1VAHA 1XH2A 2VQTA 4MNLA 4M29A 4NZCA 4UQCA 3WNPA 3WQ8A 1TMQA 3LPGA 4BA0A 3EDFA 2YA1A 3UCQA 1JF5A 1NWTA 2VUYA 3CPUA 3VNZA 5ABHA 1E43A 4JL1A 1PEZA 3BAIA 1HP4A 4PTVA 2FHCA 3NJ3A 3AIEA 3F4VA 1ECEA 3POHA 7A3HA 1NP0A 3MUAA 1V02A 2VTFA 2XYLA 4KGLA 4DWSB 3WMCA 2WSPA 3K8KA 5ABFB 3L4UA 1CXKA 2CHNA 4C7GA 2WB5A 1EXPA 1E6ZA 1BQCA 3W28A 2YDQA 1PX4A 3CUFA 4HZ7A 8CGTA 4MB4A 1VRXA 1CEOA 2ZX6A 3WH5A 2J7GA 1J10A 1ESWA 5HNNA 1XC6A 4TX8A 1C7SA 3WBEA 3WH8A 4HOXA 1CDGA 1ZBKA 2PBOA 2PWDA 1NWRA 2OWWA 1CWYA 3VUPA 2JIWA 3I3EA 3WBAA 4P7LA 1KQZA 1UWUA 2ZE0A 3B9AA 3DECA 3VKKA 2AOSA 2WPGA 1J0HA 5A69A 1C3FA 1C92A 2V3DA 1QNRA 4U31A 3M46A 3N17A 2XHYA 3AYSA 4BQ5A 1OSEA 2GDUA 1N82A 3VIOA 2VC9A 1CGYA 1KXQA 3WUBA 1VFOA 1KXTA 3FAXA 4CN4A 3BCDA 4GZEA 3S2CA 3PBGA 4A3HA 4QDMA 4JCLA 3L4WA 1J01A 2W5FA 2VT0A 1MFUA 3PZUA 3CZLA 1FHLA 3VO0A 1Q6GA 3ZSTA 4GPNA 4HA4A 4ZENA 1HL8A 4M82A 2C8NA 3PZIA 5F7UA 1ZBCA 4X0NA 2VO5A 1QNSA 4D6CA 2YKKA 4M81A 1ODZA 3K46A 2OYLA 1G01A 2BNJA 1DWIM 4LX4A 3WNKA 1KWGA 1I1WA 1E0VA 3EMZA 4HZ6A 5HBFA 1TE1A 1JIBA 5GQBA 5D9PA 1CZ1A 5EB8A 1WB0A 4RE2A 5I78A 3FAWA 2CERA 3RJYA 1LWHA 3W82A 3UERA 2WMIA 2CBJA 2PWEA 5HOSA 1BSIA 5DO8A 4UTFA 3N15A 2DSVA 3WDQA 4YHGA 3WEOA 3RCNA 1GOOA 3WKZA 5IDIA 5JBDA 3WIJA 4AEEA 1KQYA 7CGTA 4AY1A 1WP6A 4D72A 3SEPA 1H5VA 4WLCA 1MFVA 1J0YA 3ZJ7A 3PZGA 2XUCA 1V3LA 4J7RA 3IJ9A 4UZSA 1JXKA 3MSGA 2GDVA 3NCOA 5KZ6A 2ZUNA 1QI4A 4TVDA 1WDSA 2J78A 1ZS2A 1LQ0A 3A47A 3VTRA 5BRQA 4GO9A 2A3AA 1JGIA 9CGTA 4Z2HA 4K68A 1MW1A 3WQWA 1MQPA 4MNJA 2WCGA 2VX7A 1SR0A 1UD2A 1FA2A 1F4HA 1O7AA 4UQ9A 1DP0A 1BAGA 5JUVA 4U3CA 3POCA 1JL8A 1U2YA 4WF7A 3J7HA 3MMWA 5GNZA 3WDIA 2DSKA 1BFNA 5BXSA 3MSDA 2VRQA 1VJSA 2Y2WA 4JHOA 1UWIA 1OINA 2GVYA 4Z2IA 2BHZA 2CIPA 1TVPA 1M7XA 1J0ZA 4F66A 3WQ4A 3VD7A 3HJEA 4DM1A 1H0IA 2UY3A 3MKKA 4E8DA 4H2CA 4GQQA 1HKJA 5ABGA 1BGAA 1LWJA 3AYRA 2IUZA 2VVSA 2C7FA 5M03A 4GQRA 3DYMA 4ZXLA 4W89A 1L8NA 2PF0A 3VD3A 4PYSA 3ZIZA 5LA1A 3A4WA 1MVYA 2NSXA 2YL5A 4PUEA 3L4TA 1G5AA 4PTWA 1QI5A 3GXDA 2XM2A 5BXPA 2DSZA 2CITA 1CGVA 2WC4A 4OBRA 1UKSA 1B3XA 1EOMA 2O9TA 1VJZA 3QR3A 3WD0A 1GHRA 2WBKA 1IZKA 1QPKA 1E15A 3CMGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4E4PA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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