4E4P | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	301
structure length	293
Chain Sequence	APLKDVYKNDFLIGNAISAEDLEGTRLELLKMHHDVVTAGNAMKPDALQPTKGNFTFTAADAMIDKVLAEGMKMHGHVLVWHQQSPAWLNTKKDDNNNTVPLGRDEALDNLRTHIQTVMKHFGNKVISWDVVNEAMNDNPSNPADYKASLRQTPWYQAIGSDYVEQAFLAAREVLDENPSWNIKLYYNDYNEDNQNKATAIYNMVKDINDRYAAAHNGKLLIDGVGMQGHYNINTNPDNVKLSLEKFISLGVEVSVSELDVTAGLAVGQAYLYAQLFKLYKEHADHIARVTFW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase A
publication title	Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2. pubmed doi rcsb
source organism	Paenibacillus sp.
total genus	116
structure length	293
sequence length	301
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4e4pA00

4CGTA 4PYSA 1UKPA 1F4AA 1KWGA 1XV8A 1TZ7A 1UZ1A 5D8ZA 3NSNA 4C7GA 1HJQA 4D71A 3GDBA 3ZJ6A 4BF7A 3PZOA 1UQYA 1K6AA 1J9YA 2XWEA 1TE1A 3L4XA 2WC3A 4J3UA 1H0GA 4P8UA 1JNDA 1UD8A 2GJRA 3BAXA 1KGXA 4NF7A 3UESA 2YA2A 4J3SA 2VC9A 1O7AA 2E3ZA 3VD3A 1G94A 3VGGA 1E3ZA 5M5DA 2OSXA 1EO5A 4UZUA 3LPFA 1R8LA 1A47A 3WUGA 3UCQA 3II1A 4GI8A 3ZQ9A 4UFMA 7CGTA 2WZIA 1CXEA 3ARZA 2Y8KA 5I6SA 4GQQA 1QI0A 4LGXA 4CUCA 4PMDA 4YHEA 1P6WA 3AS2A 3L4TA 5GNYA 3MMUA 1JGIA 2OWCA 2G4FA 4DM2A 5I5RA 3VIIA 4JFVA 5AYIA 3PN8A 3DYOA 5BXPA 5A6AA 1QI4A 2D0FA 5D4YA 1VJSA 3RILA 1UKTA 2V38A 1DWAM 1W3HA 3VD5A 1KXQA 3KL5A 4H2CA 1W32A 4Q22A 2UY3A 2DT3A 2BHUA 5IFTA 4ZENA 1SMAA 2IXUA 3A6OA 1QI5A 1U2YA 3A3HA 2BY1A 2OYKA 2VX7A 7TAAA 2OLHA 3CMJA 1EHAA 4BCEA 3MS8A 3WF0A 2XTKA 2ZX8A 2WSPA 2VMFA 4KMQA 3OA5A 2YA0A 1CYGA 1NWRA 3F5KA 1H2JA 3MU7A 3OBAA 5CG0A 2UY2A 2CCRA 1XC6A 1WDSA 1VEPA 1JYNA 2YLLA 2Y5EA 1HJSA 1UUQA 3ARWA 2GJXB 1PJ9A 4QLLA 5A95A 1HVQA 5A8NA 1WCGA 4YHGA 2WAGA 2DPEA 3GBDA 3AZTA 2X0YA 1HJVA 2DEPA 3I3EA 4XB3A 4FLSA 1V02E 1M01A 2J7BA 2FHFA 2VI0A 1UD3A 4PTWA 1ISXA 1B9ZA 1XH0A 1WDPA 2XVNA 2W5FA 1KB3A 1LWJA 5JIWA 3QHOA 1JI1A 2D1ZA 4ACZB 2WKGA 5A8PA 4IUGA 3WEOA 3ZO9A 5E6YA 4OOZA 3TTOA 5CGMA 1UWSA 1C7SA 2G3IA 4OZOA 2XYLA 4MNMA 3L4VA 3SEPA 3ZIZA 1MW1A 2WHKA 1ISVA 5LA0A 5BROA 5F7UA 4U2ZA 5FOOA 2EPMX 1BQCA 3VOCA 5A6LA 1MW3A 2V5DA 1OWQA 2WCSA 2XFYA 3MANA 1C7TA 4MDOA 3G6MA 3MUZ1 1JG9A 3U5YA 1K9EA 5A6SA 1QBBA 1WDQA 2XIBA 1MQRA 4UFLA 3ZM8A 4MJ4A 1W3KA 2D3NA 2J74A 2BV9A 2ZX7A 1R7AA 1DWHM 4QCFA 4WKFA 3GZAA 3WBEA 1W1VA 5CLWA 1NP2A 1BG4A 1FFQA 4UFIA 3AZRA 3W27A 3VX1A 4W89A 1VFOA 4HA1A 4AD2A 4D1IA 4HU0A 4HPGA 3NSMA 4KGJA 2O9TA 3AHXA 1EQCA 3TONA 1J01A 3AROA 5CPSA 1JF6A 2GJXA 3QHNA 1I75A 2J78A 4PUEA 2JF6A 3CGTA 5A6KA 1GQIA 3BCFA 5A94A 3ARSA 1V6VA 3WSUA 4MNLA 1VJZA 4AZCA 5BRPA 3VU2A 2PF0A 4OBRA 1U33A 5D9OA 1JYVA 4UZSA 2CYGA 1B3WA 1ISWA 3CPUA 1LL7A 2HISA 3PBGA 5M17A 3K8LA 3GXIA 4AD0A 1UR1A 3RJXA 1W9XA 3W0KA 2ZIDA 2W63A 2BHZA 3GXFA 1QW9A 2GSJA 2XIIA 1ZBCA 4WIWA 3LMYA 1VENA 2CPUA 4NSBA 2PBGA 3EDJA 5CPQA 3AIVA 1RH9A 2BY0A 3PZUA 5BXSA 2J62A 1D3CA 4V27A 2O9OA 4FLQA 2X05A 4XV0A 4PRWA 3POCA 4PTMA 1E4IA 3T08A 1MWOA 4EK7A 5CQ1A 2ZX9A 2XHYA 2F8QA 3CUJA 4PMZA 2C7FA 1WNOA 2BNJA 1J0IA 1ZU8A 3AHVA 4TXEA 1HKMA 1NOWA 3WBAA 4BA0A 1CGTA 1G01A 4W8BA 1MFUA 2YIHA 3L4YA 3CZJA 2C0HA 1YHTA 4S3JA 2PWGA 4AZ7A 1ISYA 1OT1A 4B3LA 4XZWA 1UH4A 4PSRA 4P8VA 2YBTA 1EH9A 3AQUA 1E73M 4EAMA 5E9AA 1ZS2A 1AQHA 1WO2A 1E6PA 3CLWA 2ZXBA 3WY1A 3MUIA 1M7XA 3CTTA 4Z2IA 5KEZA 9CGTA 1X1NA 4UQAA 4MPKA 3EMCA 3WFZA 2WMHA 1V0LA 2YJQA 1FA2A 3BLPX 3AIUA 4GI9A 1NWSA 4N42A 4W5UA 4AXNA 1H41A 2EO7A 1G5AA 4KH2A 1E6ZA 2WC7A 4FLRA 4UQ9A 1LF1A 4GI6A 2FGLA 4HMCA 2A3HA 3EBVA 1JAKA 4LX4A 3AHTA 1OSEA 4W7WA 4H41A 1GHSA 4AZIA 1BF2A 1GOIA 4HMEA 3DHUA 1CDGA 1S46A 1H4PA 2VURA 1EXPA 1HKKA 3FAWA 4W7UA 4B15A 4UFKA 3VNZA 1Y7VA 3VIFA 3K46A 1C8XA 2ZX6A 5FKYA 3LPPA 2E9LA 4ZE5A 2WKLA 4D6FA 2CHNA 1KWKA 4IISA 2VRKA 1CXKA 3VIJA 1QNSA 2QLYA 4QCEA 2FDMA 3L4UA 1B1YA 2CETA 1CEOA 2J79A 3OLGA 2J7FA 1WPCA 1V0NA 3UETA 3K4DA 1GQLA 1ITCA 3ZR6A 4HMDA 4Z2LA 3WD2A 3DC0A 3GNRA 4CCDA 1GOOA 1N82A 4WKHA 2V3DA 4J7RA 2CBJA 5BYWA 3NJ3A 1B2YA 3TTSA 2O9PA 3ZJ7A 1UR8A 3F5JA 3GYCA 2DGAA 2FH6A 3WENA 1UWTA 2J7DA 1V3LA 1PIGA 3SCNA 1EOMA 2D3LA 2BHYA 3NCOA 5HDRA 4GQRA 1FH8A 2JEPA 4ATDA 3CBWA 3N15A 3PZMA 4AZHA 4Q7NA 4C7FA 3DECA 3W53A 4FF5A 4BQ4A 1HKIA 3FNDA 1LL4A 2WW5A 4MAVA 3WH6A 1BVZA 1PX4A 1GOMA 1Q4NX 3S6TA 1E0WA 2XWDA 3GBEA 2DSUA 3UG5A 5EFDA 2CEQA 1J0HA 2WM0A 4PMXA 1H0IA 1J0KA 4OUEA 3I3DA 3SIMA 3GXDA 3B9DA 2J75A 1F4HA 4P7OA 5DMYA 3WQ8A 1E1FA 4JKKA 4W8AA 3NUKA 3SCUA 1I1XA 1UOKA 3NYDA 1BYDA 1CECA 2E9BA 4JL2A 4C7DA 4CCCA 3U5UA 4CU8A 4MJ2A 4UTFA 4NRRA 2CNCA 5C8BB 1PZ3A 2EXOA 1EO7A 2QPSA 1BHGA 2EJ1A 2WVVA 1O6IA 5C71A 1V08A 1TMQA 3WMBA 3OGRA 3DYPA 1MQPA 2A3AA 4J27A 3OLIA 3U7BA 1DWIM 1Q6DA 5A8QA 3RM4A 1EA9C 3OIHA 3ARYA 1HJWA 3K1DA 4U31A 3WQVA 1JZ4A 2O9RA 3OLEA 3ALFA 3A4AA 4PMQA 2D22A 1UKQA 1OIFA 3AXHA 5DF0A 1H49A 3PZIA 3KEHA 3VINA 3WELA 3GH7A 1E6NA 3BMWA 2CXGA 1JZ7A 3T0AA 1RP9A 1GPFA 5A6JA 2GDUA 5A6MA 2YKKA 1YQ2A 3NDYA 1E9LA 1FH9A 4A3YA 4PMOA 3AOFA 3W24A 4UR9A 5CZKA 4AD4A 1UD2A 3K4AA 5DT5A 1OD0A 2A3BA 4A3HA 3GNPA 2VRJA 4GXPA 1JI2A 2ZXAA 5D9NA 1DWGM 3VDHA 2Y8VA 5E70A 1GONA 5ABFB 1VEOA 1UWUA 2XVGA 1QHPA 2D20A 3A4XA 2ZXQA 2GUYA 3ZMRA 2DSVA 2ZUTA 4PMYA 4WF7A 1EQPA 2J7CA 2PI6A 5AC4A 3N17A 4AZBA 3APGA 1JIBA 1XH2A 2ZUNA 3BAJA 1KBKA 5GNZA 3UERA 2YDRA 1JNEA 2WSKA 1TG7A 4UQCA 2VZSA 4UOZA 4M24A 2ZWZA 1KBBA 1XHGA 2RGMA 4E4PA 1V3HA 4OOUA 1K9FA 5M03A 3TA9A 3SUVA 3UG3A 3TTYA 1UR0A 4HA4A 3CZLA 2FHCA 2JALA 5A2AA 3CUHA 4KRTA 4DUVA 3PTMA 2QPUA 3AIRA 1ZBVA 4FK9A 2J7EA 3THDA 3CZGA 2HVMA 1ZBKA 2G3JA 2YBUA 1BFNA 3FXYA 4D6IA 1GHRA 2BVTA 1JDAA 2WBKA 3OLDA 1V0KA 4W84A 1XGZA 4GZIA 1W1YA 3B8SA 1WKYA 3ARRA 2YLAA 5TD4A 3MMDA 2J47A 3L4ZA 2GK1B 2WVTA 4MDPA 4AMCA 4JIEA 3L2LA 3MV11 3ZOAA 1KXTA 1HVXA 5A6BA 5EB8A 5A2BA 1C90A 3S2CA 3BCDA 3OGSA 5E0CA 2E8ZA 3VTRA 4IPLA 4HZ7A 1QVBA 4DWSB 1ESWA 5I23A 3VGFA 4H8HA 2W92A 4B9YA 1QHZA 2OWXA 1W3LA 1JFXA 2WWCA 4UFHA 4Z2KA 3THCA 4GZJA 2ZWYA 4R5EA 2PWDA 5CSYA 1HL9A 1E4MM 1TCMA 2VJXA 4W88A 3ALGA 1SMDA 4LYPA 2Z1KA 4PN2A 4OJYA 4CN6A 5ABFA 2WLYA 3WDJA 1C8QA 4F8XA 3F5LA 4B3KA 1W3JA 3VMPA 4HZ8A 2BVYA 1M03A 1SFSA 1UH2A 2J7HA 2VX5A 2XGIA 1XCXA 1OGBA 1EIBA 3WF3A 4BQ3A 3SCVA 1OGSA 4W5ZA 4AYSA 1M53A 3UR7A 3MUY1 3ZT5A 3WNOA 2G41A 4J3WA 2J8GA 2E40A 4HP5A 2D24A 5HXMA 1JXJA 1GOWA 5I0DA 2YL6A 3UG4A 1CGYA 1TVNA 2BY2A 4TTUA 3GNOA 3WH9A 2AMGA 1V6WA 2ESCA 1ZL1A 4BQ2A 4TX8A 4P7QA 4W86A 2VRQA 2F61A 2V5CA 2ZOXA 4PCTA 3AMCA 1JYWA 3CUIA 1PIFA 1OBAA 3EMZA 2AOSA 3ARUA 2GK1A 4TOQA 4WJXA 2NW0A 1PPIA 1W1PA 3FAXA 3RO8A 3VDAA 1C8YA 3CHFA 4TVDA 5E09A 1CZ1A 2YL9A 3WD0A 3NIYA 3M46A 1ZBWA 2GDVA 1UD5A 4HOZA 3VIKA 1UHVA 4E8DA 3QGVA 3QR3A 5IXEA 3IJ9A 4WK9A 3N1AA 1BYCA 2PBOA 3IAPA 4TUFA 2PB1A 4DWSA 3SCTA 3MSGA 1PBGA 4ACZA 4WKAA 4LQ1A 4JL1A 3BGAA 4TTGA 4W85A 1UWRA 2A3EA 1ECEA 3WFLA 4AEEA 2C8NA 4V2XA 1UKOA 3CZKA 3FY1A 3AIBA 4M82A 4J3TA 1Z32X 2A3CA 2RGLA 4PMNA 2DT0A 3WMCA 1BGGA 3VIHA 4UFJA 1E55A 5BWFA 1M04A 1FOBA 2BVDA 1JDCA 1NWTA 3T2PA 1VIWA 4AD3A 3HJEA 4PMVA 3W37A 3BXWA 2XVPA 2J8FA 8A3HA 1NARA 5ECUA 1OM0A 4U2YA 1OB0A 3HN3A 2WHJA 3TTQA 2VZOA 1V3KA 1UR9A 1UYQA 1J0ZA 3U7VA 1JZ2A 4URIA 3WQWA 2BY3A 4V28A 4D1JA 3WDRA 2V3EA 3N18A 5D8WA 1JXKA 3AXIA 3W6LA 3M6DA 2VZTA 1UD4A 5AY7A 4AISA 2YOCA 3L4WA 3VD4A 3RDKA 1J11A 1UA3A 1OIMA 1H3GA 1GZJA 3L2MA 1GOKA 1V6UA 3PZQA 1HL8A 4A4AA 1GORA 3CH9A 5FD0A 4AW7A 1VFMA 3K8MA 3AMLA 1E40A 4UNIA 3U57A 3QOKA 4D6CA 1UD6A 1HX0A 4EKJA 4PEEA 4AY1A 4BZYA 3EDEA 2CITA 1TR1A 4HZ6A 4L4OA 4H8UA 1LWHA 1U30A 3GH4A 1X6LA 4QAWA 3ARTA 3N12A 4HU8A 2CBUA 5HBFA 3SCSA 4Y7EA 4ATLA 3KL3A 4GO8A 4XZBA 3WDPP 4QDMA 1KXHA 1HN1A 2WMFA 1VB9A 3WIJA 3WNMA 3AS1A 3KZSA 4BQ5A 3QHMA 4TVCA 5ABGA 3VNYA 2PWFA 3BC9A 3RM8A 3WUBA 2EBNA 5CLTA 3W29A 1E5NA 2XSBA 2XSAA 1AMYA 2WXDM 1J0JA 1IT0A 2ZUUA 1MXDA 5C70A 5AC5A 1FP8A 1CXIA 4CD6A 3GXMA 3POHA 3PTKA 2DSWA 1GUVA 1VEMA 3WQ5A 1X6NA 2WBGA 4JFTA 2OWWA 3IJ8A 4D6DA 5A69A 3A47A 2ZICA 4JFSA 3VIMA 6CGTA 5D9PA 4AD1A 3VUPA 1EDGA 3VVGA 1ZJBA 2J4GA 2VCCA 1WZLA 1LL6A 2XUCA 2Y4SA 4MTVA 5LYRA 1D2KA 3VIPA 4DM1A 5GPRA 1UA7A 3NSXA 4R27A 1ZB5A 2EPNA 4TVUA 4EANA 1SYTA 5JUVA 2WYSA 3VGBA 4P7RA 2OSYA 1B3YA 4P8XA 2TAAA 5A8MA 3WN6A 1XSJA 5LA2A 3M07A 1NP0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WF4 A;  2CKS A;  4PMU A;  1CNV A;  4BS0 A;  4W87 A;  2XG9 A;  4JHZ A;  2J25 A;  4KGL A;  4KRU A;  4YPJ A;  2VOT A;  3WD3 A;  3CO4 A;  2BXY A;  1CXL A;  5IHR A;  4CVW A;  1QI2 A;  1BAG A;  2XPK A;  1LG2 A;  2WC4 A;  3BAW A;  5A2C A;  2WVV B;  4HTY A;  1R86 A;  4OKD A;  2VZU A;  4JKM A;  2WVU A;  1BLI A;  1XD1 A;  3UR8 A;  1GCY A;  2JE8 A;  1G9H A;  4D6G A;  2CBV A;  2XFF A;  1CBG A;  5I78 A;  1QBA A;  4HOX A;  2JEQ A;  3ZJ8 A;  3ZR5 A;  3ZT6 A;  4RE4 A;  1VAH A;  1E0X A;  2NT1 A;  5CJ5 A;  3UEQ A;  3LPO A;  1WZA A;  2YL8 A;  3IK2 A;  4P7L A;  1KR1 A;  4DUX A;  1IZK A;  3N13 A;  4U3A A;  1H11 A;  1JZ5 A;  3OB8 A;  4F9D A;  4CD7 A;  3WH5 A;  5FCZ A;  1B3X A;  1GNX A;  4AIO A;  3PZT A;  4F9J A;  3ARX A;  1A3H A;  1GOQ A;  1W2V A;  2QHA A;  2QMJ A;  2WLZ A;  2EQD A;  4E8C A;  4AZ5 A;  3WMS A;  2X0H A;  4PTV A;  2XJ7 A;  1ITX A;  1CXF A;  3MKK A;  3ARV A;  4PTX A;  2WHL A;  2F2H A;  2WMG A;  4HA3 A;  2JFE X;  1ZJA A;  2XVL A;  1B31 A;  4DWS D;  2WWD A;  3OZP A;  2VUY A;  2X1I A;  1CGW A;  2WZE A;  2CIP A;  1AQM A;  1WB0 A;  4CU6 A;  1B3Z A;  2WMJ A;  2D0H A;  2FH8 A;  4Z2H A;  4U33 A;  4IPN B;  1LG1 A;  4ACY A;  1V02 A;  1EOK A;  4JFU A;  1HP5 A;  1RPK A;  2VZV A;  4PMR A;  5ABH A;  1XD0 A;  4AZG A;  4F79 A;  3RIK A;  1UH3 A;  1DP0 A;  2Z1S A;  3WD4 A;  1KQY A;  4JAW A;  2Q8X A;  4E2O A;  1BYA A;  3BSH A;  3VM7 A;  3ECQ A;  3RCN A;  2CBI A;  3SCO A;  1KXV A;  2D0G A;  1E72 M;  2G3M A;  3WD1 A;  2VQT A;  3OG2 A;  4M8U A;  2DT1 A;  2W4X A;  4FLO A;  1J12 A;  2VR4 A;  5KZ6 A;  1HKJ A;  4DWS C;  2E8Y A;  2CES A;  1CLV A;  2W66 A;  3DYM A;  1CGV A;  3AZS A;  5DEZ A;  5GQB A;  5EBA A;  1XCW A;  4JKL A;  3ARQ A;  3WDQ A;  4MB4 A;  2UWF A;  4CN4 A;  2DH3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4E4PA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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