4FF7 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILSIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Effects of a buried cysteine-to-serine mutation on yeast triosephosphate isomerase structure and stability. pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	89
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2012-05-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ff7A00

3TR2A 1OYAA 3IVTA 1LORA 5KMYA 2YFNA 3NO5A 4K8HA 1KTNA 1XBYA 2B7QA 2I1OA 2TRSA 1ICPA 2ZZ4A 3EX4A 3W1QA 3NZ1A 4JX4A 3NQGA 3PR2A 2Q3OA 4JTEA 4RV8A 3W72A 1H51A 2C0AA 1EPXA 3MJYA 5I3KA 2QJIA 5LKYA 2QUVA 2JKEA 4OQVA 2JGYA 2E6YA 3L68A 1OABA 2JBMA 4BR1A 3LERA 4NNAA 4O11A 1IXPA 2QAPA 5I3GA 2JKAA 1OK6A 4IMEA 2PE4A 1P4CA 4UNKA 3DFTA 3BGGA 5CPNA 3W7KA 1XUUA 3FLUA 4FNRA 2P1FA 4RZ6A 3TIMA 3G1DA 2VC6A 3LRMA 1M7PA 4K37A 4ADUA 3PF3A 2E5BA 1VRDA 3S5YA 1M5WA 2ZZ2A 1T0OA 1YTKA 3G1VA 1AW2A 1LROA 2Y70A 4HT3A 4LVDA 1TPEA 4TU1A 3DXIA 4O52A 1OF8A 3MI6A 2YYTA 1X7FA 5FEXA 1GTHA 4IXHA 3UXDA 2ZRXA 2BTMA 3NDOA 2QDHA 5HR7A 2NV2A 3TMQA 4EIVA 1FWNA 3NQ7A 2FFCA 5LHEA 4HPXA 4WX2A 1LOSA 1P0NA 3IVUA 2KZHA 3BGJA 5EYWA 4LRSA 3TV8A 2DORA 2ZA1A 1HTIA 2RH9A 4NJGA 1XDMA 1FQ0A 1TIMA 4XUGA 4Q33A 3NPWA 3WJZA 3L0NA 1OFDA 1G7VA 1X1OA 2NLIA 3QMRA 3LBCA 3TROA 1X1ZA 2A6NA 5K9CA 2NWSA 1KM5A 3IIZA 2PURA 3FJLA 4H6KA 1TJRA 1XKYA 2ZBTA 1LDCA 3GKAA 3DI1A 1H62A 2B4GA 4ZQRA 3CTLA 3TDFA 5K3VA 5FEZA 4B5NA 3IIVA 4L4MA 1FCQA 3P60A 1KV8A 1W31A 2WNNA 3HPZA 5LNUA 3G24A 3UNDA 2ZRUA 3IIPA 3PSVA 4EOUA 4PTNA 3FIGA 3LCXA 1GEQA 2QCEA 4QAIA 1LOQA 3V1PA 3WK1A 3GDRA 3P67A 2Y7GA 4JS3A 5F1VA 3HIJA 3GVGA 3S8HA 1R2TA 4WY0B 3MYPA 3PUEA 4Y6GA 4AHPA 4UTTC 1WOAA 3P61A 1O95A 1GG0A 3O16A 4GUIA 5LZLA 3I7QA 5AB3A 1F73A 3RF9A 1FBAA 5K4ZA 3G22A 4Z1DA 4NZFA 2V81A 1Q3NA 5TBOA 3CPRA 4GRSA 5AYYA 1KFJA 1LYXA 4NJIA 4CNNA 3GK0A 3T44A 5EKYA 4Q32A 2RDUA 3BLFA 4Y90A 2YGYA 3W7CA 2JKPA 1G4PA 1FDJA 3SSJA 1EUNA 1S5WA 1KM6A 1FCUA 3Q2DA 4FNUA 2GQ8A 1MSSA 1SQ7A 1UUOA 1ICQA 5KSWA 3ZFHA 1AMKA 4LS1A 3W2KA 3FKRA 2WV8A 4DO5A 2WPBA 2Y6ZA 1QPNA 1UBSA 7TIMA 4GJ1A 4UTJA 5I3JA 3G1HA 1YPFA 4U4MA 1L6YA 4IUOA 2QF7A 3W7PA 5T26A 3ATZA 3CEUA 5KTLA 4RR4A 1Q6OA 4JTIA 1I2RA 2Z2UA 2A5HA 1VYSX 4JTSA 1TPFA 2HS6A 3BO9A 4PEKA 4ZQNA 1T96A 4ZVJA 4O4WA 2H6RA 4GFSA 1XM3A 1RR2A 1KFCA 1XCFA 3NQMA 1K8XA 1UASA 3UXAA 3LTYA 3EWZA 3CB8A 5TQLA 5CG7A 3CWOX 5LNSA 3CIWA 3MI3A 4O50A 4E0CA 3F4WA 1ZY9A 2EGZA 4IMCA 5D04C 3G1FA 1IIGA 3UY8A 1LLZA 3P5YA 5G1YA 2B7NA 3WK2A 3G3DA 5C5YA 4MFDA 3ZWSA 2H90A 2YSWA 2C1HA 3M44A 3G0SA 4R7JA 5D2XA 1R2SA 1DKWA 3A24A 3G0UA 3A5FA 2A2IA 5KITA 3HG2A 1PCWA 3QSRA 2A4AA 3W2JA 3ABOA 2VEMA 2OT1A 4HSOA 1LCOA 2BLEA 3NL6A 4UMBA 2J88A 3QQ1A 4M7TA 4AF0A 1H7RA 1CI1A 1TQXA 3NQ6A 2YPIA 1ME9A 3HGOA 1T8XA 3G8RA 1WQ5A 1P5BA 5HJLA 2CLMA 1EP2A 3GKFA 4ZQPA 4A2RA 3QW4B 1F74A 1F76A 4JXCA 2B7PA 4M5PA 5FF4A 2YW4A 2NXIA 2QUUA 3P80A 1AL7A 3CU2A 1QOQA 3DI0A 1QAPA 4Z1BA 2C14A 4JN6A 4E2BA 2QR6A 3FKKA 2YYUA 1OFAA 1OX4A 1LP6A 4FB7A 3B03A 3EX2A 3O6YX 2CZEA 1LRTA 1ZFJA 3EWUA 4ZL1A 1VYRA 1QR7A 2GJNA 4JR5A 3TAOA 3NL2A 4JTJA 2QJHA 2EHHA 5IBXA 5DN1A 2DZWA 1JCJA 4JGDA 3UWVA 1KLZA 1G4TA 5CPLA 3MUXA 5LGZA 4LW7A 2CLKA 2EKCA 2RDTA 1O5KA 5F2GA 3HMJG 1TYGA 1WX0A 3R8RA 4MZYA 3P7YA 1LBLA 5HQEA 1LM1A 2FJKA 3TC7A 3VE9A 4LRTA 1ADOA 1IXQA 4M6PA 5AYXA 3USBA 3HPXA 5DCBA 3A22A 3HG4A 3LLFA 3TXZA 1JJKA 1N55A 3HGJA 1TCDA 1XL9A 2E5CA 2PRHA 5AHMA 1JCMP 1I2OA 3W85A 3FJ6A 1ME8A 3TQKA 4AEOA 3E0IA 2Y7DA 1J2WA 4NZJA 3W7DA 4OV4A 2DJXA 1F7BA 4OU1A 1H7PA 3OHIA 1SPQA 5G1TA 2QDGA 4JX6A 5C2XA 2X30A 4P61A 2CLHA 1JVNA 2HTMA 3TKFA 4TMBA 4GXMA 4HN4A 4NJHA 3A21A 3M5YA 3UYCA 3AO0A 1MO0A 2YR1A 4N9DA 3N9SA 1Q6LA 3AJXA 3DH7A 1ZNNA 2A85A 2X1RA 1GYNA 3LHWA 4JY8A 3P81A 1JRCA 1CX9A 1EP3A 4U28A 1SW3A 1QCWA 2XN0A 2GOUA 3CM4A 3NNTA 1WBJA 4LC8A 2YXGA 1TPDA 1LRQA 3NPUA 4MYAA 3RNDA 2YCEA 4Y96A 4RX0A 4GNJA 5AOUA 3T7VA 1HFBA 1W1ZA 5K4XA 2J24A 2RHGA 4AXKA 2CZFA 3MWAA 3L21A 4WUIA 4XWUA 1TV8A 2FDSA 1IXNA 2R94A 5D32A 4WXZA 4A29A 2O7QA 3VCRA 3SZ8A 3LCLA 1Z48A 1OFEA 2ZZ3A 1SR9A 1O4UA 3CWNA 5AYZA 4JTLA 4TMCA 1R2RA 3EXRA 1V7YA 1NEYA 2DP3A 4MZ8A 3L67A 3QFEA 2Z6IA 4J9JA 3QYQA 3PBUA 4NQ1A 2YX0A 3QC3A 4FXRA 3LBMA 4JTGA 5I3IA 2EF9A 1W5QA 4DO4A 4AB4A 4YWIA 1OYCA 2ZTJA 4A21A 5GVJA 5IM51 3KAOA 2TYSA 5I3HA 4I9AA 4MYXA 4NT0A 4A3UA 2FQIA 1AL8A 5G4EA 3O07A 5HMSA 3G8EA 1NF7A 3W7IA 5C55A 1SO6A 1XBXA 4TR9A 3NL3A 2RKXA 2ATSA 1PS9A 5D2YA 3W2LA 2A1YA 3DFOA 2FPVA 2VFFA 3LCWA 1QDSA 3NGJA 3EWWA 4Y8FA 1TPC1 4GUJA 3DKJA 3TMLA 3G3MA 4YLWA 3WK0A 2J9ZA 3BVJA 3QW3A 2H3BA 3SGZA 4HNVA 4MVAA 1VQTA 5EMUA 3NZRA 1EX5A 3NYZA 4O12A 3DFQA 3B8DA 1PE1A 3GAKA 2GQAA 4O10A 3NVTA 3VFLA 3D0CA 2QCHA 3QH2A 2OX1A 3HG3A 2ATMA 3I6RA 1QPOA 2QCDB 5AHEA 4DF2A 1RZMA 3C2OA 1LBFA 1MEWA 2H8XA 3S1UA 3SGUA 4K38A 2VELA 4YL2A 3STFA 4FX8A 3MHFA 4Z1AA 2OZ0A 1EWDA 5DBTA 5G2IA 3E12A 3PS7A 1KFLA 5BRBA 1OG0A 2Z1BA 2FPYA 3NQAA 2I9EA 3NL5A 1G69A 2CLLA 5HWNA 1FDYA 1H5YA 3ZS4A 4YCOA 1KM2A 1HO4A 3NQVA 3FFSA 4N6FA 1VGAA 4PFMA 3PUOA 5A5WA 1BKSA 1L6WA 3NA8A 3W7QA 1SSGA 4O8RA 3DHFA 2BWGA 3NPVA 2GUUA 3R5EA 4Z0SA 1SO3A 1UB3A 1FWSA 1AK5A 2OMAA 4LNYA 1TTIA 4UCGA 1WOBA 4FO4A 1W5PA 1KBIA 1VHNA 1A5AA 5AHFA 1H1YA 2ABBA 3ZR4A 4LVAA 5D2TA 4UTIA 2PRLA 4O28A 4O17A 3M6YA 3C2VA 5HWJA 1G4EA 1DVJA 1V5XA 4FXSA 4CCEA 4LU0A 1SUXA 2GJLA 2RDWA 4IMGA 3PBVA 3EKLA 5G2HA 4YMZA 4NU7A 2HSAA 2J9XA 1SZFA 3W87A 2BSLA 2FB3A 3H55A 2ALDA 3NOEA 1YXDA 4FNPA 1ZALA 3NQEA 1TPH1 3VE7A 3R2GA 4IJBA 4UR7A 1OX4B 3MHGA 4PC8A 4QNEA 3NPXA 1MEHA 4Q4KA 4PCFA 3PB0A 1RD5A 3TFXA 3GX9A 5F2IA 3U2OA 1Q45A 4O53A 2WO5A 3GDKA 3HG5A 3I7SA 3BLIA 3OEXA 3L65A 1BWKA 4MJZA 1UJPA 2E6FA 1VLIA 4JYDA 5LSMA 3T40A 4C1LA 2VENA 1FWTA 4UFLA 4AH7A 4KWWA 3DBPA 2ZRZA 3OVPA 1ALDA 4UFHA 3QEZA 5CKSA 1VCGA 5HR6A 5HUPA 1YDOA 3DAQA 3OG3A 5DXXA 1ZAIA 3DZ1A 4XKYA 4ORMA 1JCXA 1JRBA 1QO2A 3JRKA 4LS0A 3BW3A 1FWWA 3PG8A 1JCLA 2WKJA 2WJZA 3EX6A 4EVZA 1W0MA 1OFQA 1Z42A 3IV3A 2E5DA 3BW4A 4BI7A 5C54A 5IBXC 3LRLA 2I14A 1KFKA 4O0ZA 3EB2A 4S2CA 1ZENA 5G5IA 4OE7A 4AWTA 4RZ4A 1FWRA 1G67A 4BK9A 5DY2A 3JR2A 2G95A 3W7JA 3R13A 3GDLA 2NWRA 1Q6QA 1IF2A 3T78A 3UWUA 5D09A 1YXYA 4O13A 1Z44A 4XTIA 5AHLA 5TIMA 1S3HA 5D02A 4R34A 3SJ3A 3ELFA 1H50A 4TX9A 3LX9A 2CW6A 4JIQA 4RCXA 3FA5A 4R53A 3P62A 5G4WA 3NQFA 4N4PA 4CQ8A 4N9CA 3B05A 1DJNA 1H7NA 4RLIA 1SW0A 3R89A 3FYPA 4MIMA 2Y85A 1PVNA 3WJWA 5HNRA 4YCPA 1NSJA 1Q6RA 2WSYA 2X1SA 5D03A 1XBZA 5L9FA 3C61A 2VFEA 1K03A 1JUKA 3W84A 4WXYA 1F2JA 3TJXA 4NX5A 1GWJA 3HOJA 4O4VA 3WK3A 1SFJA 2C18A 5DY3A 4LC6A 2DZUA 5AHIA 2VEPA 4N02A 2AQWA 2CFFA 1EA0A 2TSYA 2C3ZA 2HMCA 4MY8A 1DBTA 3KOFA 5DXYA 4ORIA 4DXVA 1I4NA 3YPIA 1AW1A 2FIQA 3EWXA 2VEKA 2LLEA 4LVFA 3TH6A 1OFRA 4WOQA 3THQA 2DJLA 1FXPA 1SZGA 4HHPA 4CNOA 4FHAA 3O63A 4OBTA 2PC4A 3VI2A 4I7VA 4BFAA 3W70A 4CCDA 1K7EA 4IPJA 4MPQA 5K9XA 3U6WA 3CC1A 1OX5A 4UTMA 2DZPA 1WV2A 4IX2A 3EWBX 1F5ZA 3PBWA 2QEZA 2DZXA 3N9RA 4IX0A 3LTSA 1OHLA 3LM7A 3THAA 4CCCA 2CZ5A 4JY9A 5FEPA 3W1NA 3KVKA 3TA6A 8TIMA 1B9BA 1VS1A 2ZRWA 4LTSA 3M5XA 3C2EA 1GYLA 5FF0A 5CPMA 3WFAA 2J6XA 3DU0A 3QQ0A 1LZOA 3T55A 3SW6A 2R91A 3PG9A 1HG3A 4NXKA 3BPWA 2PRMA 3EEGA 4GWEA 1B4KA 1DJQA 2PCQA 1P0KA 1TPB1 4M19A 2QCLA 1PL9A 3SECA 1K8ZA 2EAWA 1TREA 3H54A 1I2QA 3G1XA 4P2VA 4S2BA 3VKJA 3HBLA 1JQVA 1IIHA 3B4UA 3P84A 4TO8A 4NJJA 3UPBA 3PY2A 3GR7A 1RPXA 1UCWA 5J5RA 3TJLA 1JQXA 3PBYA 5EBUA 1H61A 2V2DA 3RMJA 5LGXA 1GT8A 4GE8A 3OVRA 3BV4A 5HULA 3W83A 5AC8A 4KWVA 3O05A 2WQPA 4HIBA 2VFGA 5K7JA 5CGQA 4IXXA 4AMAA 1YTEA 2CZDA 2QCFA 5BOOA 4G1KA 4UC5A 3RLVA 3LCFA 1KLYA 4LUIA 1H60A 4ALDA 1DL3A 1KTCA 2V5LA 2NZLA 2A0NA 3ABRA 1NFBA 1CW2A 1U5JA 3FOKA 3O8AA 4K8EA 4QITA 3KXQA 4GUGA 4O1BA 1K02A 3CLMA 3H53A 1XI3A 2JK2A 1C29A 4UMAA 3SFKA 1PHWA 5KINA 1O5XA 4ML9A 1HO1A 4M7SA 1VC4A 3W71A 3PC0A 2NUYA 2V8ZA 3OVQA 3UWQA 2FLIA 1VHCA 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2NX1A 1W5NA 4NX0A 4ZZ9A 1XXXA 1JUEA 3PULA 1S5TA 4NUWA 5E93A 3HGSA 2CU0A 1KW1A 1B57A 3QMTA 2V9DA 3L5AA 1XC4A 5AHNA 2AAMA 1GTEA 4TIMA 2IQTA 2ZTKA 1OF6A 2C6QA 4Z1CA 1QFEA 5F4WA 4K7VA 3P5ZA 4AWSA 1M6JA 1TPWA 1H1ZA 3EKZA 3EXSA 3G1SA 3W75A 4GUHA 4JNMA 2E6DA 5FI8A 2GVLA 2NUXA 4NJKA 3KX6A 5FF2A 4RK8A 5K2ZA 2GQ9A 5FEWA 1TV5A 5HUOA 1QMLA 1X6UA 2WNQA 2DZSA 4N6EA 4HNUA 3G1YA 3LOTA 2Y62A 3L2IA 1VCVA 4UMCA 2VFIA 1OVDA 3W76A 1QOPA 5A8GA 3QM3A 3BARA 3TW7A 3W7LA 1F6PA 3O1NA 2VEIA 4XBKA 1YDVA 3N2XA 1W5MA 2R14A 2V0TA 3V75A 3MBFA 3LV6A 4ZQOA 1A5CA 1OFBA 1DHPA 3CHVA 4JTHA 3PM6A 4LY8A 3LHVA 1KM4A 5CSSA 4IGHA 3VNDA 2WNZA 3NQ2A 3C52A 5F2MA 3LCIA 4GUFA 5DLCA 3NQ8A 3S6DA 2RFGA 3QZEA 4K7YA 4WD0A 4KKXA 4PL1A 2O7SA 1W37A 3OIXA 2XN1A 4NXSA 3W7HA 1GOXA 3BW2A 4A2SA 1FDZA 4UFKA 5CSRA 4UTKA 4BI5A 1B3OA 2G96A 4S1FA 3W1UA 1GVQA 4UTWA 5EA9A 3N14A 2YFOA 4UTUA 2ISSA 3I68A 4AF0B 3M5VA 4H3DA 2QCCA 1W5OA 3UZ5A 1KM0A 3BG5A 4JTKA 3W7GA 5CZTA 3TUUA 3W7RA 1OK4A 3W3OA 4ADSA 1QWGA 4K36A 1Z41A 5AFDA 3Q58A 2ZRYA 3LXCA 1N7KA 1N8FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4FF7A

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