4FX6M

Crystal structure of the mutant v182a.r203a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 86
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence N
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4fx6M00
2VFIA 1QO5A 4K37A 2WSRA 4D2JA 4B5NA 3AO0A 1XI3A 1AK5A 3CT7A 2DZTA 4LW7A 2QAPA 1VCVA 2P10A 3L5LA 1I2NA 2CLMA 4R7JA 3O6YX 4CQ8A 4NQ1A 3M7WA 2R8WA 3KRZA 2G97A 1H7OA 1VRDA 2BLEA 3UD6A 6ALDA 1A5CA 5A5WA 2PRHA 3LERA 4ZMGA 4M19A 4MFDA 1H63A 3GIYA 5EBUA 4XUGA 1WQ5A 1KLYA 4U4MA 3VCRA 1L6WA 3HG2A 2Z2UA 4GUGA 1KW1A 3QM3A 4AF0B 4OGZA 4AWUA 1XUZA 2VEMA 3IIXA 3W85A 4JN6A 2CLOA 3TNOA 3PBUA 4MLJA 1RZMA 5D02A 4MYXA 4WD0A 3LDVA 3N19B 1GG0A 3SFKA 4CNNA 1OHLA 1HO4A 5AFDA 1TPDA 5E0KA 2PC4A 2UV8G 3P67A 4GUHA 1T0OA 1JCXA 3JR2A 3TCEA 2VENA 2VFEA 1IGSA 2QDGA 1SR9A 3GR7A 3IV3A 4L4LA 4LS0A 2EF9A 4QNWA 3HG3A 3W1PA 4C1LA 4GJ1A 4O1AA 3RU6A 1B4EA 4PFMA 3C2FA 4HSNA 3C52A 4HKPA 2JBMA 5F2MA 2TSYA 4O11A 1PCKA 3DKJA 3TJLA 3BW2A 5EA9A 2GPTA 2C3ZA 4H4IA 3WJXA 4LRSA 1KBJA 4ADSA 4A22A 1PCWA 2JK2A 4JR5A 3A5VA 5D2YA 3LOTA 1XC4A 1EA0A 5DY2A 4HT3A 4O54A 2X1TA 3W1QA 4BK9A 5D03A 1OK6A 1SO4A 1NEYA 3YPIA 4GC4A 5C55A 2FLIA 3G0SA 3W83A 3BPWA 4RV8A 3O6DA 1HTIA 2B7QA 4JDYA 1FXPA 5LNWA 1R46A 1AW1A 5HUOA 3TAOA 4CNPA 1G67A 3B0PA 5ABTA 1OX4B 3I68A 4EOUA 3FJ6A 2VFHA 2Y70A 4UFKA 3N2MA 4X9SA 4CCEA 2QCMA 3W1RA 1G4TA 2OZ0A 5BNKA 3WK3A 5DN1A 3SECA 1GVRA 4NJIA 2ZDRA 1K7FA 2HMCA 3KOFA 5LNUA 2QJHA 1OF6A 3T4CA 5D09A 4S1FA 5F4SA 2QUUA 1EB3A 3TK7A 2E09A 5J5RA 2FFCA 1YDVA 5EYWA 3OBKA 2FIQA 4RXGA 1HO1A 3H53A 5D2VA 5FI8A 2C18A 1R2TA 2J24A 4IX0A 3HPXA 4Q4KA 1C8VA 3EB2A 3KHJA 1BWKA 1RVGA 1YTKA 1EUNA 3DI1A 4N02A 3TC7A 2H3DA 4LC8A 4CQ9A 3WK0A 3E96A 4O28A 3OHIA 2ATMA 5HULA 3DXIA 4QITA 4OQVA 1ZENA 4GUJA 4LTSA 4K39A 4O8RA 5J5DA 4LV9A 3W2NA 1LLZA 1OF8A 2G95A 1E51A 3EX6A 1C9DA 1H7WA 5TQLA 1CI1A 1I8JA 5AC8A 2JGQA 4JTEA 2FQIA 3O1NA 5K2ZA 3PR2A 1LOQA 3UWQA 5K4ZA 1SFLA 4N9DA 4L4MA 3T44A 3F1QA 2A2IA 3QH2A 1G6CA 4TR9A 1VPXA 3HPSA 1U83A 1KTBA 3MHFA 3W76A 4XTDA 3MMTA 1M7OA 1QOQA 4IJBA 1UASA 1OFRA 1WV2A 4BWLA 4HPJA 3A24A 1VYSX 1WX0A 1B4KA 3MBFA 1T8XA 3WK2A 4WXYA 1MEHA 4IMFA 3L2IA 1W5QA 4RJEA 3S5YA 2ZBTA 3UYCA 1SZEA 1PE1A 5DBTA 3T7VA 3I65A 2V9DA 4OWGA 3B04A 3L65A 5D2XA 4LVAA 3HOJA 4A29A 1GZGA 2GJNA 1QPNA 5KZDA 3LCXA 1W8SA 5FF7A 4GWEA 4PTNA 4Q32A 1J5TA 2Z0IA 1BTMA 4IXXA 5AHNA 2YCEA 5CZJA 3G1XA 1W56A 4UTTC 1JR1A 3W7OA 1D3HA 2P1FA 2CZFA 1MZHA 5BMXA 4YMZA 3ABOA 3EWXA 1TREA 3CLMA 3KXQA 3NQVA 2TRSA 5CZSA 1YDOA 1R47A 2QCCA 3M5XA 3IVUA 4A3UA 3FEMA 5A8GA 1SFJA 5F4XA 3W7RA 4BI7A 3O6CA 4WOQA 1H60A 4JTFA 3W7HA 3R89A 1WA3A 2BXVA 4UFJA 4IPIA 2Y88A 3RNDA 1OX6A 3SI9A 2BWGA 1LRTA 3DZ1A 4WJEA 5K7JA 4GBUA 1LM1A 1K7XA 4ORMA 1JVNA 3G1VA 4O10A 3KAOA 5CPLA 3GKAA 4QNEA 4QAIA 3O16A 2QJGA 3ZWSA 3BG9A 4EF9A 1KM2A 1KFCA 4N4PA 4TIMA 2E6AA 2NUWA 1F76A 4RXFA 3W1TA 4O0KA 4JTTA 1IXQA 1M6JA 2E5BA 3GXPA 3W87A 1K3UA 3HBLA 4JTIA 1KM4A 1TV8A 4MY9A 3WJYA 3FYPA 4O16A 5AHIA 1J4EA 3SZ8A 4JEQA 3A5FA 1WOBA 1K8YA 3GNDA 1TV5A 3WJZA 3LXBA 1RQBA 4EIVA 1W3IA 1L9WA 2Y61A 1EUAA 1ALDA 3P5ZA 5C6MA 4RX0A 2GVGA 4KWVA 3FJLA 1VCFA 3W9ZA 1LRNA 3M44A 1XXXA 3S5NA 1THFD 1YPIA 2J6XA 1LBMA 4EF8A 3W70A 4UMBA 1DQXA 1K8XA 4Y9AA 1GTHA 3SY5A 2VFDA 4CQAA 2VEIA 2VXNA 5H91A 1LBFA 3W2LA 1V5XA 2ZZ3A 4K6AA 1TIMA 5CKSA 3LRLA 3MI3A 3V75A 5D05A 3WJWA 4DO5A 3IIZA 3WJSA 5HWMA 1SO6A 5EPDA 2GJLA 3QJAA 4E0CA 5AC6A 5I3GA 3L68A 4JTSA 5I3KA 1FWSA 1OFPA 3LX9A 4O1CA 2OCZA 2J27A 1YXYA 4BR1A 1YPFA 3NM1A 1K8ZA 4DQWA 4DPQA 1ICQA 2QJIA 2R14A 4IMDA 3T78A 1AL8A 1Z42A 1GT8A 1YXCA 2C6QA 5LGXA 3UWWA 4JX4A 4WOZA 1W3TA 3BW3A 2YW4A 3N73A 4E2DA 4K38A 4KFNA 2WNQA 1SO3A 4JGDA 3TE9A 3UWUA 1H7RA 3DFQA 2BX7A 1GWJA 4GUIA 5AHMA 4FXSA 3IIOA 3W1XA 3TMLA 1EWDA 3Q37A 1IXNA 3QMTA 2Y7GA 1EP2A 1GTEA 4N6FA 3QSRA 2OMAA 1NAL1 4UMAA 3CTLA 2A1YA 2VOMA 1JUEA 1JRBA 4O52A 2CLIA 2OJPA 5CPOA 1F2JA 3LCFA 3NPVA 1VC4A 1P1XA 5CPNA 5C2XA 3BLEA 4O0ZA 3NL6A 4O50A 3UQNA 3W71A 1YTDA 1TTPA 3IGXA 5LSMA 3LB0A 1TMHA 3G1HA 2R94A 3G1FA 2H8XA 1O5KA 2ZRUA 3NQMA 4LU0A 5AHEA 2C13A 1S5TA 2C16A 2RDTA 3G1DA 2HTMA 1OYBA 2CZEA 2ISSA 2B7OA 2DJLA 3MHGA 3UZ5A 3ABQA 4AF0A 3MUXA 1KA9F 3DFOA 3NO5A 1OJXA 4BI5A 3TSMA 2XN2A 1EP3A 1QNVA 4JX6A 5LZLA 1TTQA 4JXCA 2V5BA 3LTYA 1SW0A 3NPXA 3ABRA 1WBHA 3LHVA 1XUUA 3DAQA 3H54A 5L6UA 4KFOA 3G0XA 1W54A 4UTJA 3W73A 4PCFA 5LHFA 1TRDA 3A21A 5HUPA 2J9XA 3W7CA 3PUOA 1EX5A 3WK1A 5FEZA 2OT0A 1QMLA 3G3DA 3NA8A 2G5WA 2Z1BA 1ICSA 4QJ1A 4I9AA 5FF2A 3C56A 3NYZA 1EP1A 5AYZA 4HNNA 1XFBA 4OV4A 4OU1A 1OFDA 1GQNA 4A2SA 6TIMA 4YWIA 3EKZA 3HF3A 5D04C 4IPJA 3TFCA 5EY5A 1FDYA 2ZCGA 1B57A 3E49A 1ONRA 2ZZ1A 1F05A 5D2TA 1P5BA 4O17A 3Q58A 1QPRA 3CQ0A 2XN0A 3W7MA 1LROA 2D73A 1OX4A 1XDLA 3F4NA 3TDFA 4O53A 1C29A 3CB8A 3TSDA 4JTUA 3RF9A 1LLWA 3E0IA 4O19A 3G3MA 2NUXA 2C15A 3CC1A 1DKWA 4LT9A 2ZRXA 4OT7A 1YLVA 3N2XA 2YZRA 1QAPA 4JTHA 1G4PA 3NPUA 1TB3A 3LHWA 3LTPA 2I1OA 3GX9A 3OA3A 1ZAJA 3BO9A 3CEPA 5DLCA 3P60A 3O8AA 3L5AA 4RCXA 1R30A 4FO4A 4N2YA 4LVFA 1LBLA 1EPXA 2ZFAA 3FS2A 1TPC1 3JS3A 3NAVA 4AWSA 1DBTA 3TH6A 5AB3A 4RZ4A 3C3NA 5G4EA 5BMWA 3W2UA 1XBVA 2X1UA 2E1DA 1I4NA 3TIMA 2NXIA 2F7FA 3EWZA 4JYFA 1R2RA 4HPXA 3TC6A 1XBYA 4FX6M 3EWUA 3C61A 2VEKA 3UPWA 5IBXA 1TPWA 4Z08A 2JKEA 3G0UA 1FWTA 5CG7A 5FEPA 3LCIA 1SZGA 2Y63A 3C2RA 3C2EA 1FQ0A 3N9SA 5EMUA 4BF9A 4Y6GA 4UXDA 4NX0A 4O1DA 5LNVA 3T55A 4BWLC 4AWTA 3W7GA 2V5LA 4MYAA 4IUOA 1Q6RA 1CW2A 3JRKA 4RKAA 3N14A 4UFHA 4JD4A 2Y7DA 1LCOA 4KWWA 3E12A 2CLLA 1X1OA 3IVSA 3P84A 2CU0A 5HINA 1XDMA 4ONVA 4DO6A 2NWRA 1W5NA 4IWWA 3L9CA 3ABSA 2NX1A 3PC0A 4HNUA 3FLUA 3CWNA 3U2OA 4Z1CA 3UNDA 2O7SA 4E38A 1FDJA 3P62A 3W1UA 3P7YA 3NEVA 4LWWA 4ZZ9A 2YX0A 4JNMA 4XKYB 2RFGA 1A5BA 2O7QA 5K9DA 1W5MA 2ZZ5A 1F6KA 1SW3A 5LNSA 4X2RA 3W7DA 3NM3A 3GDLA 3DI0A 1W5OA 3BLFA 1ZALA 3C6CA 4LY8A 2V30A 2GQ8A 3M1ZA 2WOQA 4UFLA 1FCVA 4JTJA 4EVZA 3I6RA 1X7FA 1FDZA 4FNPA 1D9EA 1P0KA 3MJYA 5G4WA 2B7NA 4G1KA 2C19A 3KX6A 3MYPA 2YSWA 4W9TA 1OX5A 2AAMA 5CGQA 2YDAA 1Q45A 1JCYA 1JQVA 3W86A 1FCUA 1OYAA 2ZTKA 3RLVA 1TQXA 5T26A 3HIJA 2GUUA 2V2CA 4PEKA 4FX8A 3IEBA 2ZRYA 1OFEA 5C5YA 3PF3A 2XN1A 4POCA 4M6PA 1TO3A 1LORA 2DP3A 4MJZA 3W7PA 4FEZA 3LLDA 2WKJA 4DELA 1KFLA 5LHEA 3NOEA 1GVSA 3STGA 4RK8A 3STEA 3QMRA 1K7EA 4YL2A 3TKFA 4BI6A 4FNSA 4ADUA 2ZA3A 1HUVA 4ZQMA 1KFEA 4JS3A 3BK0A 2J9YA 4WY0B 2OT1A 3LCHA 4CCDA 3ANYA 3C8FA 3TXVA 3QRHA 1AW2A 2YYUA 1IXOA 1CX9A 2DZWA 2FPVA 2QCFA 3GVGA 3L67A 3DU0A 5F1UA 2RHGA 3PB2A 5LGZA 3M5VA 1GEQA 1O5XA 4NXSA 3W1NA 1JUKA 1ML1A 1L2UA 3W7KA 1NFBA 3QF0A 1WOAA 4TU1A 3TU9A 4NZFA 1KFJA 3V1PA 4AB4A 3S5ZA 5D30A 3SW6A 2HS8A 3NGJA 4MLRA 5FF0A 2AQWA 1G7UA 3GLCA 4ADTA 1M7PA 3W1AA 4NT0A 3BLIA 3NZ1A 3G8EA 2YYTA 1H51A 1WXJA 1F73A 1OG0A 1FX6A 1KLZA 4UNKA 4NZJA 3SGZA 4DBDA 3NG3A 4MPQA 5KITA 4K36A 3S6DA 1OFAA 3DGRA 5HR6A 1T99A 2Y7FA 4LV4A 1A5SA 1WDWA 2DZPA 3EXSA 4LRTA 3QQ0A 4JY9A 4NX5A 2VC6A 3FKRA 4ALDA 2X1SA 3UWZA 2HS6A 2CFFA 5GVJA 3DENA 2QAFA 3G22A 5K9CA 2CZ5A 3SJ3A 5K4XA 4R53A 1H50A 1T96A 3FFSA 2FB2A 4CCCA 3MI2A 2DZSA 3LI1A 1I2OA 5FF4A 1NF7A 5C54A 3UWVA 3PB0A 3NL2A 3G1AA 3LHYA 5K3VA 1KTCA 1YDNA 2GOUA 4JX5A 1G69A 2NUYA 5G1YA 5I3FA 5G5IA 1MEWA 5FESA 1H7XA 3QMSA 4DO4A 1ZAIA 2E77A 3DFTA 1OFOA 4XQ6A 2B0MA 3HPZA 4AEOA 2EKCA 1LDCA 3PUDA 2X30A 1KFBA 3DBPA 4XTIA 7TIMA 2DZUA 3I7SA 2H90A 4JYEA 4LUJA 8TIMA 2ZYFA 4MZYA 5KSWA 3FA5A 1UUOA 3U8GA 5D33A 4GUFA 2CZDA 5K9XA 1KM0A 1FY6A 3GKFA 1JCLA 2PRMA 2W6RA 4FHAA 1VYPX 3S1WA 4DEFA 3EXRA 4FB7A 3BV4A 1GVFA 3ELFA 3W7NA 2Y85A 1Y0EA 2ZZ2A 3CEUA 1X1ZA 4JYDA 1YXDA 3B03A 1FBAA 3TXZA 4FF7A 4TO8A 1DJNA 1SPQA 4HN4A 1KBIA 4MFEA 3L66A 5G1TA 2WNNA 2FPTA 1XM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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