4FXRA

Crystal structure of the mutant t159v.r203a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4fxrA00
1VRDA 3DGRA 1OYAA 1RR2A 3QRHA 3DFOA 3ABRA 3GNDA 3PM6A 2RDTA 1OABA 2W0UA 3A21A 3BW2A 3GR8A 2ZRVA 3BARA 2X1RA 3UXAA 2V30A 1YPIA 2E77A 1QNVA 2DP3A 1SZNA 3MO7A 4FIRA 4JN6A 4OHQA 3LERA 8TIMA 1XM3A 1XL9A 5EMUA 3BVJA 3JRKA 1FDYA 1UCWA 3S5ZA 3CWNA 1NVMA 2YPIA 4W9TA 2VFDA 3ABOA 4LVFA 3WK0A 3GDKA 3NGJA 4GFSA 2QDGA 3SSJA 4YL2A 3PB2A 4MYAA 5D33A 2FB2A 4O0ZA 5F4SA 3FJLA 2YCEA 1TYGA 3W2JA 3S9YA 1RPXA 4IUOA 1ZHAA 4JTFA 3G1VA 3BG9A 3C4UA 3FYPA 2VEMA 3FYOA 5FF4A 4GC4A 1H1ZA 1H7WA 4OT7A 4JIPA 4N4QA 1IXPA 1G4PA 4IXHA 4DF2A 3NXFA 2ZYFA 4L4LA 4DO6A 4WY0A 3NZ1A 2A7NA 1LZOA 3EXSA 3LHZA 5I3HA 3QH2A 1K8ZA 3MI3A 4JEQA 3HPXA 3WJZA 5AHLA 3L5LA 4U4MA 1WV2A 4PODA 3NZRA 5LKYA 1W3TA 3GDTA 4ZL1A 3W72A 2FTPA 3LI1A 4LOCA 3GB6A 3UWZA 4ADSA 1GTEA 3B8DA 1XKYA 1GT8A 1OF6A 4X3ZA 5EYWA 2Y7GA 1KM4A 4IPIA 3PBWA 3K30A 4JTTA 1R47A 1SU5A 1Z44A 5HULA 3STFA 3PG9A 5TIMA 1MO0A 1TCDA 3G0XA 3N9SA 2YR1A 1WX0A 3N9RA 3NDOA 3C0JA 2QUUA 4YMZA 2AGKA 3NA8A 1M6JA 2BTMA 3H53A 1YADA 4AWUA 3TDFA 4UUIA 4DQWA 5G2IA 4JD4A 3W87A 1UB3A 3DHFA 2QDHA 5AHFA 1L6WA 4PTNA 3EWZA 2WSRA 3NL5A 5HWNA 1NF7A 2VEPA 3C56A 2J88A 3NQ8A 4JS3A 5AC6A 4JY9A 5AHEA 2C14A 1U5JA 3P8JA 4JX4A 3PBUA 2A0NA 5I3GA 4LT9A 1JRBA 3P7YA 2C19A 2A7RA 4LUIA 1FXPA 3UQNA 3QF0A 1TTQA 3M5ZA 5BRBA 4AHQA 4WQ6A 3KVJA 2YXGA 3IGUA 1KV8A 4WY0B 4NXSA 5DXYA 1GVFA 1F2JA 3ABQA 4JR5A 3AO0A 2ISVA 2VEKA 1SZGA 2GJLA 1V5XA 4GE8A 1BKSA 3PY2A 1OYBA 2QCMA 1ONRA 3FKRA 5AHMA 3HG2A 4Z1DA 3TXZA 1TPWA 3TW7A 1SW3A 1W5OA 3UWYA 4BFAA 3KVKA 1TPB1 3S5YA 3L9CA 4E38A 1JUBA 3EX1A 1FY6A 2H8XA 3EXRA 3P82A 5K2ZA 3L5AA 1I2QA 5CG7A 3G1SA 1FQ0A 2ZBTA 5K9CA 3N2MA 1GPWA 4QJ1A 4LVBA 4PC8A 1VCVA 2HMCA 1RQHA 5AC7A 1FDZA 4FXSA 1S5VA 4JY8A 4LV9A 2YYTA 4I9AA 1SSDA 1WOBA 1A5BA 3W7IA 1X6UA 3W71A 2YW3A 1PVNA 3N2XA 3W1RA 1JCNA 2VFHA 3C61A 1R2SA 5HMSA 1I2NA 5E0KA 3DI1A 2RKXA 4WUIA 5BMXA 3L5MA 4M19A 3O07A 3OIXA 3KX6A 4YLWA 5D05A 2NLIA 4O1DA 3DENA 3DXIA 3O05A 4GRSA 1GOXA 5EBUA 3B03A 2DZSA 1JR1A 1TV5A 4JTSA 4UTJA 4DBEA 4RV8A 3G3DA 1TV8A 5AYZA 3CHVA 3QYQA 4UTMA 4JTIA 2B7QA 2EF9A 1W8SA 1EX5A 1VCGA 5CZSA 1LLWA 5CPNA 1IF2A 3OVPA 2YYUA 4Q4KA 1FBAA 2EPHA 3QMTA 3GVGA 2ZA3A 1JRCA 3L0KA 3W83A 2HSAA 1N55A 3MP3A 4ADTA 1N7KA 4A3UA 1KFLA 2ZZ2A 3UWUA 3SW6A 4OU1A 4O11A 3W75A 4A22A 2Z2UA 2I1OA 4GUHA 4OV4A 3GAYA 3P80A 5AYXA 2FPTA 3P5ZA 4BWLA 2VFFA 4HNVA 3MWAA 1F5ZA 4O57A 4M6VA 2Q3RA 1WA3A 3BLEA 4FX7A 3SZ8A 3L2IA 1DORA 3EWWA 3G22A 3SI9A 3KRUA 1W56A 5LNSA 1LTDA 3FS2A 3TQKA 2X1TA 3LHTA 4R34A 2E68A 3NM1A 3IRDA 3QPZA 3DKJA 4GWEA 1TV7A 3BW4A 1W5QA 4GUJA 2FPYA 2DORA 2JK2A 2RFGA 3M6YA 5MHBA 3BLFA 1SW7A 3KRZA 1OHLA 1TPEA 3UPBA 2XN0A 4FNRA 4NU7A 5F2LA 1OFOA 4IMCA 4JTGA 4UTWC 4RX0A 1TTPA 2OT1A 1TPH1 2V81A 4OQVA 3TFXA 1WBHA 3TV8A 3LDVA 4P2VA 1H7PA 2VELA 4K36A 1W3NA 4D2JA 2CLIA 3R2GA 3LRMA 4RXGA 4EF8A 3HG5A 4DPPA 3L67A 3NL6A 1TPC1 3RU6A 3P81A 3HPSA 3TA6A 1L6YA 3W7QA 2PE4A 2DZVA 3BPWA 2VOMA 2CLKA 3T78A 1G7UA 1X1OA 1Q6LA 1OFRA 4JTLA 1LRTA 5LZLA 3I7SA 1A5CA 3W2NA 4PA8A 2Z6JA 5LSMA 4UTLA 4IQLA 4N2YA 3NQ2A 3W7KA 2I14A 1LBLA 3RMJA 4G1KA 4UNLA 3LBCA 3LCFA 2FQIA 2ISWA 1LBFA 5AYYA 1DQXA 3U8GA 1KFJA 3UPWA 1JUKA 3HOJA 4R7JA 2ALDA 1O4UA 1TPFA 3UYCA 3H54A 1VYRA 5J5RA 1SUXA 4O19A 2CLLA 2B7OA 3LXAA 1K02A 4R33A 3W07A 4Y6GA 3O06A 4IMEA 4WJEA 1S5TA 1V7YA 2XN2A 1EWDA 2Z6IA 4TMBA 1ZCOA 3GR7A 5G4EA 1DBTA 4HT3A 5LNWA 3OHIA 4NNCA 3LCLA 5FI8A 5G1YA 3EB2A 3AJXA 3GXPA 4LVAA 3MW7A 3QSTA 2OMAA 4PCFA 4ZQRA 7TIMA 4UTKA 4HSOA 3M0ZA 2WJZA 2A2IA 3EX4A 1LORA 4FNSA 3W7HA 1OFPA 3T7VA 3LHUA 2R14A 4K6AA 3S1VA 3LHWA 4JTEA 3VFLA 5ABTA 4IXXA 3C8FA 2C1HA 2VKZG 4PL1A 1TJRA 4NZJA 5D02A 3M43A 3STCA 1XDLA 4O1BA 1K7EA 3EWUA 4X22A 5LNRA 3M5XA 4MZ1A 3TFCA 2Q8LA 2AQWA 3PBVA 3O6CA 4WOZA 2ABBA 4XBSA 4AEOA 3R89A 3LCHA 4DF0A 3EEGA 3TSBA 4P61A 3E96A 4DPQA 3TC7A 1PIIA 3CU2A 1T8XA 3JS3A 3UXDA 3MYOA 4ZQCA 1JQVA 1HO4A 1D9EA 1OFQA 4O16A 3NQGA 2I9EA 3W73A 1W31A 4RCXA 3U2OA 1MZHA 2Y85A 3WJWA 4B5NA 4O0KA 1O94A 4MKNA 3GYEA 5D03A 4GUGA 1JULA 4LRTA 5E93A 1K03A 3W2MA 3WK1A 3C6CA 4J9JA 3TCEA 1O5XA 3N34A 4UTTA 3U6WA 1ZAJA 4S2BA 5DXXA 4JYDA 2ZRZA 1OFAA 1KBJA 2XN1A 2QCEA 1ME8A 2X1UA 3JR2A 4KFPA 4RZ4A 1TTIA 3ZFHA 4Z08A 3PC0A 4XZ9A 3SJ3A 4BI6A 1Z48A 3GLCA 3B4UA 2BXVA 2YSWA 4QITA 3LGEA 5FEXA 2FDSA 5K9XA 3W7DA 4UFLA 1YXDA 4WXZA 3G1XA 1SO5A 4NQ1A 4FNQA 3PB0A 4JTUA 4BI7A 4ZQNA 5U7SA 1OG0A 2VXNA 4KFNA 1KM3A 3O15A 1A5SA 3GDLA 3PSWA 1VH7A 2Y88A 3W1LA 4N6FA 1LOLA 1UJPA 3L21A 3BGJA 2QKFA 1H1YA 4JIQA 4QQ3A 4O13A 1I4NA 5H2ZA 2YZRA 3CIXA 4MFEA 1W3IA 4AAJA 3NYZA 3KVLA 3NQAA 5FF3A 2YDAA 1YTEA 2DZTA 1J2WA 5LHEA 1LCOA 4UTHA 5F4WA 1T96A 5KMYA 2QJHA 1X8FA 3G1AA 4HNTA 3P67A 2QEZA 3HIJA 5G4WA 3MI6A 3O16A 3C3NA 1CW2A 3LTYA 2DZPA 2R91A 3QEZA 2NX9A 1B9BA 4O10A 3W7MA 1DJNA 1GVSA 1IXNA 1VJIA 1G6CA 3P5YA 2QCLA 1QO2A 4XBKA 5CPLA 3CM4A 4N9BA 4Z0JA 3TQVA 5K4ZA 2ZZ3A 5CZTA 4AWSA 2FLIA 2WSYA 3M5VA 3OBKA 4S1FA 1R30A 2QAPA 5D2WA 1XDMA 2O7QA 1E51A 4LWWA 1DOSA 3SR7A 2VFEA 4UR7A 3PVFA 4XUGA 4RLIA 1JVNA 4MOZA 2CW6A 4C1KA 1M7PA 2E09A 3C2FA 3THAA 3NQVA 3HJZA 4TMCA 3TQ0A 1DHPA 3HGOA 1F05A 1EWEA 4AMAA 3UNDA 3GXNA 4LVDA 1FWSA 3EKLA 3HPZA 4UC5A 5D30A 4MY1A 3GAKA 2DU2A 3W7GA 4MPQA 4N4PA 5DCBA 1EUNA 5T26A 3WJSA 4KFOA 3VNDA 1XUZA 2CZ5A 3FJ6A 4MIMA 1PCKA 5I3FA 3W88A 2KZHA 2CZFA 2FPVA 1XBVA 2ZZ4A 1H62A 3HQ1A 2WOQA 2WNZA 4ZZ9A 3CLMA 2BZNA 2QJIA 3NQ7A 4AF0A 4LRSA 2DJLA 3SGZA 3F03K 2NX1A 2Z1BA 3WJXA 3SIZA 3LBMA 3OVQA 3MI2A 3BGGA 5D2XA 5IBXC 3STEA 3MP4A 2OT0A 4HNNA 4LUJA 3W7NA 3CB8A 3NL2A 3EX3A 4HSNA 2J9ZA 5HWMA 3N73A 3B0PA 1TO3A 5CGQA 1NFBA 3P60A 1RZMA 3B05A 3G0SA 1OFDA 3N3MA 5E1QA 1THFD 4XTDA 1MEHA 1F6KA 2VC6A 2FIQA 2J24A 5KSWA 3LOTA 3HGSA 3CQ0A 1TB3A 4GXMA 1IGSA 4TX9A 5DBUA 3HG4A 5CPOA 3IGSA 5CSSA 1KLZA 1H7OA 3LB0A 2V9DA 4KWVA 5BNKA 3M44A 3NQ6A 2B7NA 3E49A 3ELFA 4TR9A 1YLVA 2A6NA 3LTSA 3LTPA 1R2RA 5F4XA 3EX2A 2ZZ7A 1Q3NA 1G4EA 1IIHA 1FDJA 3W7EA 3NG3A 1QMLA 1C9DA 1FCQA 1LP6A 3ZWTA 3LRKA 1Z41A 2YFOA 4O14A 3SFKA 1EEPA 2J9YA 3T44A 2Y62A 3FLUA 5FEWA 4JX6A 5F2MA 1M7OA 2E5CA 2ZCGA 5CZJA 3CEUA 3W1AA 1H50A 2DZWA 4ALDA 2J27A 4A21A 1WYIA 2QAFA 5HUOA 3CEPA 3TSMA 3W1UA 2ZZ6A 1G7VA 4MUZA 3W1XA 1LOQA 3GKFA 3UY7A 5HQEA 2GUUA 1NAL1 4MZ8A 2NX3A 2PURA 4CQAA 3L0GA 2H3DA 4BWLC 3QW3A 4O15A 3RLVA 1IXOA 4AF0B 3CWOX 1G67A 3IIVA 3ZS4A 3Q37A 4EVZA 1ALDA 4UMCA 4UFJA 3S0CA 3HG3A 2CU0A 4IMGA 3SY5A 2CLMA 4UFHA 1ICQA 4AHPA 2C16A 5FF0A 5G2HA 2V0TA 3GNNA 1A5AA 2ATSA 4DO5A 3HF3A 4KWWA 1VS1A 1KLYA 2QCHA 1B4KA 3O6YX 4O28A 2V5BA 3BLIA 1ICSA 2V2CA 1L9WA 1QCWA 3R5EA 1TPUA 3RK8A 4LTSA 5AC8A 2Y89A 4IMDA 1MXSA 2NXHA 2XFWA 2E6DA 4IJBA 3IGXA 5G2WA 3IIOA 1QO5A 4NVTA 3W7JA 3S8HA 3C2VA 6TIMA 1TRIA 4AXKA 1OYCA 2R94A 5KZMA 2H90A 4K39A 2A1YA 1EUAA 1H7NA 4WD0A 1W1ZA 1P1XA 2P0OA 2RH9A 2V5LA 4TU1A 2C18A 1HTIA 3MHUA 2ZRXA 5A5WA 1HUVA 1OF8A 1FCBA 4MFDA 3TAOA 1MEIA 1GZGA 4GNJA 1KTNA 4OGZA 5HUPA 5I3KA 4IX0A 1EP2A 1VYPX 4AH7A 3PR2A 4DXVA 3FOKA 3WFAA 3KVMA 3A24A 1F6PA 4JYFA 1QOPA 2Z0IA 3C2OA 1DL3A 4NT0A 3N14A 2NUWA 1EIXA 4MLRA 2Y7FA 3B04A 2CFFA 3TMLA 2NWRA 3CC1A 5D32A 1AMKA 2FB3A 5DELA 1DVJA 1VYSX 3G1FA 4CQ9A 4FIQA 1ZY9A 2YFNA 1WAUA 1N8FA 2OJPA 2Q8ZA 3TJLA 1QAPA 4O4VA 1XBXA 2G97A 1YXCA 3BG3A 4JTJA 3QPYA 4UIOA 3M16A 2GQ9A 5G1TA 1H51A 3W7RA 3VE7A 1KW1A 4RZ5A 3MMTA 4M6QA 4Y96A 3DU0A 4K37A 3HMJG 2JGQA 3V75A 2NXIA 2F7FA 3F4WA 1XC4A 3GX9A 4U28A 1Q45A 3NO5A 2BSLA 1PHQA 3LV6A 3BG5A 2E5DA 1K7XA 4ORMA 3DFPA 4H6KA 1K8XA 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 1FX6 A;  4NJG A;  4M5P A;  3L66 A;  2WSQ A;  3DHD A;  4Z1B A;  3LXB A;  3T4C A;  4LS2 A;  3NAV A;  4JYE A;  3KXQ A;  3PSV A;  4N6E A;  3IVT A;  2CZE A;  4NJK A;  3CT7 A;  4ZQO A;  3E02 A;  4QSH A;  1IIG A;  1RV8 A;  1SSG A;  1K3U A;  3QMS A;  3P84 A;  4XWU A;  2G95 A;  1HFB A;  1WBJ A;  3FKK A;  1OJX A;  4CCE A;  3A5F A;  3G3M A;  3M41 A;  3NQE A;  5D37 A;  3TSD A;  2CZD A;  3IEB A;  2TPS A;  4PEK A;  2QCN A;  1Q6Q A;  1ME9 A;  2NV1 A;  3TR2 A;  1XFB A;  4UFK A;  3TH6 A;  1TRD A;  2OCZ A;  5GVJ A;  3SEC A;  4QNW A;  4UFI A;  3ABS A;  2OX1 A;  5HNR A;  3GDR A;  1SZF A;  2JKP A;  4XTI A;  1ZAH A;  3W7O A;  1WXJ A;  1D3G A;  3THQ A;  1YXY A;  3IVS A;  3LRL A;  4EOU A;  3BO9 A;  1BWK A;  1WDW A;  2EKC A;  2WKJ A;  4LS0 A;  1GVR A;  1KFB A;  3DKL A;  3QZE A;  2RDU A;  3ANY A;  3B0V C;  4Y9A A;  3F4N A;  4JTH A;  4WX2 A;  2NUX A;  3W1Q A;  3WK3 A;  1XUU A;  4E2D A;  4TO8 A;  3B06 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M0J A;  1WDS A;  1RR2 A;  4D6H A;  4HMD A;  5A1A A;  3PTK A;  3GND A;  1OAB A;  5ABE A;  3NZG A;  2GJX B;  2X1R A;  1EKO A;  5KZ6 A;  4KBX A;  1Z6K A;  3L4Z A;  3MO7 A;  4C7D A;  5CBB A;  4XAF A;  5E9X A;  3S5Z A;  3CWN A;  2AL2 B;  4W9T A;  2VFD A;  3ZT7 A;  1GJU A;  3WK0 A;  2WJE A;  4E8G A;  2QDG A;  1YMY A;  4PGL A;  1EDG A;  2FB2 A;  3FJL A;  3VNZ A;  1DIE A;  4ZOB A;  4WDW A;  3W2J A;  4B2D A;  3MWC A;  4IUO A;  3G1V A;  1HJX A;  2C7F A;  1KQY A;  1UWR A;  3C4U A;  3FYP A;  3FYO A;  5FF4 A;  1H7W A;  3RRX A;  1AH3 A;  4N4Q A;  3GXI A;  3EPN A;  3L4V A;  1QPK A;  1A4M A;  3NXF A;  1W2V A;  3U9I A;  4HA3 A;  2OO0 A;  4WY0 A;  3WNO A;  4CEX C;  1RBL A;  2WPG A;  3AXK A;  3QH2 A;  1WUE A;  4HME A;  4AX7 A;  1BTC A;  1JDE A;  5BZA A;  1XH1 A;  3GDT A;  1CGV A;  1DJI A;  3GB6 A;  4J27 A;  4DNH A;  5FAG A;  1XKY A;  4F0H A;  4GJJ A;  3PBW A;  1HX0 A;  3VIJ A;  4AXN A;  3ORW A;  2F2H A;  4DJE C;  3H2M A;  3STF A;  3GVQ A;  1F3T A;  1CGU A;  4YYC A;  1TCD A;  5M2F X;  1UUQ A;  1VBH A;  2FZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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