4G1KA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from burkholderia thailandensis
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
QRIKRVIGNWKMHGRLSGNQALLTEVAQGAQAVHDNVAIGVCVPFPYLAQAQAQLQGGRVSWGSQDVSAHEQGAYTGEVAAGMVAEFGAAYAIVGHSERRAYHGESNETVAAKARRALAAGLTPIVCVGETLAEREAGTTEQVVGAQLDAVLAVLSPDEAARIVVAYEPVWAIGTGKSATAEQAQQVHAFLRGRLAAKGAGHVSLLYGGSVKADNAAELFGQPDIDGGLIGGASLKSGDFLAICRAAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia thailandensis
total genus 93
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2012-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4g1kA00
2ISWA 3PBYA 4DO6A 3HG4A 1TYGA 3NQVA 1N8FA 4O19A 1J5TA 3Q58A 5CPLA 1D9EA 4QIUA 3TROA 3FLUA 1Q6RA 3CHVA 4GUFA 1P1XA 3N3MA 4KKXA 1VLIA 4E38A 2CZ5A 4N2YA 1BKSA 2RKXA 1YPIA 1YPFA 3S8HA 3S0CA 4IMGA 1BWKA 4M19A 1KM3A 4JTJA 4IMCA 2CLEA 3STEA 4TU1A 1UUMA 2EF9A 3UPBA 3HBLA 3EWWA 2BZNA 1KLYA 3UD6A 3TSBA 3W2KA 3W88A 3YPIA 3MI6A 2Y7GA 5I3JA 1ZNNA 4K7YA 4OHQA 3O06A 5HUPA 2XN0A 3A24A 3MI2A 1G7UA 3WJSA 2ZRVA 1KA9F 5FEXA 2QJIA 4RXGA 1JUKA 1O95A 3UWVA 5F1VA 2Y88A 3BARA 3PSWA 1ME8A 1VPXA 4OGZA 3DKJA 1ZALA 1B4EA 4GE8A 3E0IA 2X30A 5HR6A 1IGSA 3T40A 4EOUA 4NT0A 1K02A 1R46A 5FEWA 3EWYA 3QPZA 1QR7A 3LERA 1KM6A 4K8HA 1W3NA 5HWNA 3UNDA 3W2MA 1AW2A 4FNRA 4QAIA 4BI5A 4NU7A 1A5CA 3W07A 4FX8A 5L9FA 2H90A 2VFIA 3I68A 3GIYA 2X1RA 3W7LA 3GNDA 1IF2A 1SW0A 2J24A 3SR7A 3I7SA 3N14A 1OX6A 2PE4A 3TDFA 4OT7A 1H7RA 4PEKA 3FYPA 2JKAA 4YXGA 3PG9A 5C6MA 3GX9A 3LBCA 1VQTA 2ZZ6A 5FF0A 3P81A 2NUYA 1GVOA 4JTKA 1G67A 3V75A 3G1AA 4CCEA 3OVPA 1QFEA 2FPVA 3SGUA 2ZFAA 5HUOA 4CCDA 3O07A 3TIMA 1I2PA 5D33A 4OWGA 1K7FA 3B03A 4K39A 1PE1A 2QAPA 1W8SA 2V8ZA 2HTMA 4BR1A 3IIVA 5F4WA 1JCJA 3OHIA 3LCHA 4O14A 1IXNA 1OK6A 2FLIA 4A2SA 1CX9A 3MHFA 3W72A 2NUXA 3PC0A 5I3HA 5K9XA 2NUWA 3R13A 3WK2A 4K36A 3NL3A 1XDLA 3FFSA 1IXQA 1S3HA 4N6EA 3LHZA 4N9CA 3M44A 3S1VA 3UXDA 4NXSA 3PB0A 3N9SA 2TYSA 4HPXA 2OJPA 4NJIA 4LV4A 3NA8A 3CEPA 2W79A 1XL9A 4ICNA 3W7QA 1VC4A 1W5NA 1DV7A 1LP6A 2YPIA 3LTSA 4YCPA 3HGOA 3W22A 1EP1A 1FX6A 4MOZA 4RZ4A 2ATSA 3NQMA 4NNAA 5KZDA 3HPSA 4HHPA 2ISSA 5FF4A 1PHWA 1SQ7A 1VCFA 2NV2A 2VKZG 3P84A 3PY2A 2RHGA 3BLIA 5G1YA 3N73A 5F2LA 1EB3A 2QCCA 1TTIA 2VFHA 2QCDB 4O1AA 3L21A 4LNYA 1MO0A 4KFNA 4MZYA 1I8JA 1K7EA 3T44A 1R2RA 4O8RA 1LROA 4JEQA 3G24A 1H1ZA 2Z6JA 3HPXA 3GLCA 1DQWA 4KFPA 4M7TA 5D32A 2OZ0A 1H7NA 2QDGA 4JN6A 2VFGA 3O6DA 2WOQA 1NSJA 2VFFA 1W5QA 4KWVA 4AH7A 2A2IA 3P5YA 1BWLA 2A7RA 3P61A 1Q3NA 3ZWSA 3G1VA 5LHFA 4FIRA 1I2NA 2QJHA 3IV3A 1DBTA 4JY8A 1OYAA 2B4GA 3TJXA 1EA0A 4AWSA 2E5BA 3NM3A 4JTIA 4O13A 4Z0JA 4L4MA 2WNQA 5CG7A 3P74A 3LRMA 2GQAA 1L9WA 4LTSA 2X1TA 4OBTA 2CZFA 3HG5A 1TSIA 4I7UA 1PL9A 2QUUA 1G4SA 2DJLA 3GXNA 5AYZA 1W1ZA 3ATYA 3I6RA 2ZZ4A 1FDZA 3QZEA 4C1LA 5FF3A 4UTIA 3L5MA 4DXVA 3DENA 1SU5A 2XFWA 3NO5A 3L66A 3TSDA 2VFEA 4NZFA 2YW4A 2FDSA 5HINA 3M41A 4LC6A 3NQAA 4BK9A 6TIMA 3W1QA 5CPNA 1VJIA 1QDSA 1WAUA 3MW7A 1YYAA 3FOKA 3GR7A 5K3VA 1K3UA 1T0OA 4JNMA 2CLLA 3LI0A 1GYLA 3NZRA 2WNZA 3LHTA 3WJXA 2E6FA 3PWAA 1FCBA 2NWSA 1MEWA 2E68A 4JTEA 2ZRYA 3DFNA 1LRNA 5KINA 1YDNA 2DU2A 3WJZA 4LV9A 2C14A 1F73A 2JK2A 3R89A 1PCWA 3A21A 3W7GA 5D04C 5J5RA 3D0CA 2CLHA 1JCXA 2ZTJA 3CPRA 4YWIA 3G1XA 4UMCA 3A5FA 3KVMA 1ZY9A 1C8VA 3QEZA 1UUOA 1L6YA 1ONRA 4ZVJA 5H2ZA 3QSRA 1SW3A 1DHPA 1VH7A 1JCLA 5U7SA 3W23A 3SY5A 2YX0A 3SGZA 3BG3A 1LORA 1MEHA 3UQNA 5BOOA 1F6KA 1H50A 1U83A 3LM7A 3INPA 5D2YA 4N6FA 4WY0A 1GTEA 3DH7A 4FX7A 2F7FA 1LBFA 2WO5A 2QCLA 4XUGA 3M5VA 3BK0A 3S9YA 5SWUA 3RMJA 5K9DA 3DFPA 5CPMA 3EX2A 3TKFA 3TSMA 1JQXA 2C3ZA 5AHEA 2BSLA 3NGJA 4PTNA 3NL2A 1X1OA 3W7HA 1J2WA 5J5DA 4ZQPA 1H7XA 3UWUA 3CWOX 4FF7A 3TU9A 5HWMA 4NXKA 5IM51 1WDWA 1I2RA 1ZAIA 2NLIA 4UC5A 4IMEA 4O28A 1CW2A 2ZRZA 2X2GA 2X1UA 3M5YA 3C61A 5EL1A 4PODA 4UTTC 4E2DA 1S5WA 2VC6A 4XWUA 3W75A 5FF7A 3NQ8A 2DP3A 3B05A 3A23A 1SSGA 1TRIA 3W74A 3KAOA 2PC4A 3FIGA 3UWQA 2DZXA 1LM1A 2A4AA 1P0KA 4K7VA 1KTNA 1W3IA 4LC8A 1T99A 3QFEA 5EPDA 2Y7FA 1QWGA 5DY2A 4YMZA 5AC6A 1W5MA 3W71A 1LBLA 1LOLA 1FBAA 3QYQA 1A50A 1XFBA 3G1SA 2TSYA 3L5AA 1Z41A 1MZHA 1NFBA 1HO4A 2E09A 4K38A 1KM5A 3THAA 1UJPA 2GPTA 1FDJA 4WD0A 3E9AA 1TPVA 1EX5A 5CZTA 1VYPX 2C6QA 3W2UA 3CEUA 3GDTA 3ZR4A 3PSVA 4Z1BA 2J9YA 5LNRA 5D30A 4LVGA 4ZQRA 5EBUA 1TPH1 3H53A 2FQIA 3TC6A 2DZPA 4UTMA 3IIPA 1JVNA 4UR8A 4JYDA 3GK0A 3IGXA 4AWTA 2ZZ5A 2H8ZA 1DJQA 2DZWA 3NQ7A 3W7OA 5A5WA 3V1PA 2YYUA 3FKKA 1OFEA 2JGYA 3WJWA 3QJAA 2VEIA 1H62A 2NWRA 3HGRA 4UTLA 5KZMA 3MI3A 3B04A 4FNUA 4MJMA 3TMQA 5DBUA 3M5XA 4JX5A 5KTLA 2J6XA 2C13A 3NOEA 4LVDA 3NAVA 3EXSA 3G0SA 1RD5A 1D3GA 3QPYA 4O1DA 1I4NA 1RR2A 3NQEA 2DZUA 3CU2A 1YTDA 4BI7A 3I7QA 1GOXA 4HPJA 1O5XA 3G8RA 1TPUA 3P60A 4LVFA 1H61A 4WZHA 3FA5A 3TJLA 1Q6QA 4U4MA 1O4UA 3G1YA 2FB2A 5CZ0A 3KOFA 1SO4A 2X16A 2A21A 3NNTA 2QUVA 3GDLA 3P62A 2A5HA 4LRSA 3W7RA 2QCEA 4JX4A 3LHVA 4IOTA 4O0ZA 3P67A 3TXZA 2Q8ZA 4MLRA 5TIMA 3VFLA 1JCNA 4R53A 3MO7A 4WOQA 3EWXA 3BW2A 3L0NA 3QM3A 3W87A 2Q3OA 2EGZA 4QJ1A 1N55A 2CFFA 4WY0F 3F1QA 1O5KA 2FIQA 3GDMA 1Q6LA 3BLEA 4MYXA 4O12A 4WJEA 1WBJA 3OEXA 4RXFA 2FJKA 4ZQNA 1JUEA 2YDAA 2E6DA 1TCDA 1PV8A 2H3DA 4HNNA 4MPQA 1EIXA 3LCXA 4XBKA 3MMTA 4IUOA 5U4NA 2JGQA 4IXHA 1LRTA 1W5PA 1OJXA 5E0KA 3QMSA 3W7DA 3M47A 1A5BA 4MJZA 1RVGA 4NZJA 3G0UA 3TK7A 3NQDA 1L2UA 4FX6M 2GJLA 3NM1A 1G4EA 2V5BA 1GWJA 3W83A 3VCRA 2WKJA 4GBUA 5DN1A 3W1PA 1YTKA 3STGA 1LOSA 5LNUA 4FNSA 4N4QA 5MHBA 4GRSA 3W1XA 2RFGA 1KFCA 4CNPA 4XQ6A 1OFPA 4LS0A 4Y90A 4MZ1A 4IPIA 1K8XA 1IIGA 2YFNA 3O8AA 1ICPA 3WK3A 1M5WA 1P4CA 4N4PA 1OYBA 1VCGA 2R8WA 4XKYA 3QMTA 5HULA 1EEPA 5HR7A 3DXIA 3C2FA 4MVAA 4ADSA 3ABSA 3CC1A 4MY1A 2Z2UA 4JTGA 5C2XA 4J9JA 1OX4B 4CNOA 3MBDA 4GC4A 2PRMA 4O57A 1TPEA 4NX5A 1EPXA 3VE7A 4DPPA 1AK5A 3PF3A 4JYFA 1KM2A 4ADTA 4AHOA 1KBIA 1UB3A 1LTDA 3DKLA 5G2IA 4N9BA 4UFJA 3C2VA 3UWZA 4PC8A 4BFAA 3MP4A 3FJLA 3FKRA 4A29A 3E96A 3IGUA 5KITA 4O52A 4AAJA 1WYIA 3O05A 3HPZA 5LNSA 3IGSA 3ANYA 2I1OA 3MJYA 1QAPA 1F7BA 4C1KA 4UFMA 5BMWA 1JJKA 1HG3A 1GYNA 2YXGA 4ZL1A 1ZFJA 4JTTA 4UTJA 4HKPA 3LBMA 1GG0A 2Z6IA 4AF0A 5EYWA 1KTBA 4NJKA 4R7JA 3LLFA 2HS6A 1XCFA 3O6YX 4I9AA 5G1TA 1DJNA 3PUDA 3G3DA 2GQ9A 3Q94A 3CM4A 3BW3A 3SI9A 4UXDA 3UY7A 1K8YA 3W86A 3TR2A 2A6LA 1ME9A 5CPOA 4RR4A 3KRSA 1H7OA 1FXQA 1KV5A 5D09A 4H3DA 4RZ5A 3PVFA 4Z1CA 1TRDA 4FXSA 4JR5A 3UZ5A 4JX6A 1Y0EA 3NL6A 2J27A 3TCEA 4XZ9A 3EX1A 3CTLA 3SSJA 4P61A 5CKSA 3DAQA 3M0ZA 2E77A 4G1KA 4TMBA 3STFA 3W70A 1VYRA 2DZSA 4NX0A 2BX7A 3P82A 1VYSX 3E12A 2XN1A 4AB4A 2YGYA 3TFCA 1A5SA 2E6AA 4Q4KA 2ZA1A 4DO4A 4O18A 1Z42A 4DQWA 1OVDA 2UV8G 3NEVA 1FQ0A 1FXPA 1QO5A 2Q3RA 3NPWA 2YFOA 4LS1A 2O7SA 5AHMA 3NPUA 4POCA 2B0MA 4ZQOA 4FHAA 4MUZA 3BV4A 2GUUA 3ABRA 1XBVA 3DFOA 4EWND 2RDWA 5AC8A 4E0CA 3CIXA 5C5YA 1XC4A 3KRZA 1R2TA 1I2OA 2JBMA 4ZQMA 5BW6A 5F2IA 3BGJA 5AHIA 4JGDA 4O4VA 2B7QA 2ZZ2A 1X7FA 1SZEA 3L2IA 3O1NA 5HQEA 2NXHA 4RK8A 1OK4A 1W56A 3L65A 5D05A 3EEGA 1FDYA 3TH6A 2A6NA 3S42A 1VS1A 4UFHA 5BRBA 5KZEA 4HNVA 2W0UA 4QITA 5D2TA 4LT9A 3OBKA 3EKLA 1XBXA 3VI2A 3BPWA 2RH9A 3LXBA 1LOQA 4QQ3A 4E2BA 3RLUA 4O53A 2QCFA 1ICQA 4HN4A 3L68A 5D37A 1B3OA 3M1ZA 1F5ZA 1GEQA 1KM1A 3TNOA 4Q32A 1WOBA 3SIZA 1P0NA 1VLWA 5CSSA 3S6DA 2GVGA 3QMRA 5G2WA 1H1YA 4PA8A 5LSMA 1PHQA 2V2CA 5DELA 1KV8A 4LWWA 2WSYA 3G1HA 4UFKA 3PG8A 5H91A 4WUIA 1VGAA 4ZZ9A 2W6RA 4GUHA 3GAKA 5DY3A 3HIJA 1Z48A 3S1XA 3R12A 5KSWA 1OFBA 2ZYFA 2R94A 3RK8A 1EP3A 1OYCA 3M43A 4JY9A 4HT3A 1A5AA 2CW6A 3H55A 3TUUA 3HGJA 4UR7A 3IIZA 3MBFA 1TQJA 1TTQA 3TC7A 2YR1A 2WSQA 2NX9A 2RDUA 1ZAJA 1EWDA 4ML9A 3ABQA 1TTJA 1OFRA 3TAOA 1GVFA 2P10A 3W84A 2ZA3A 1GZGA 1M7OA 3USBA 3EXRA 3GXPA 4N02A 3PUOA 5EY5A 4IMFA 5KMYA 2TRSA 4K8EA 1ZJIA 4GUGA 1SO3A 3G1DA 3HJZA 3TQVA 2H3BA 3W76A 2QKFA 3TX9A 3PR2A 8TIMA 4CQAA 1ME7A 1TTPA 4IX0A 5I3GA 2HSAA 3LV6A 3QH2A 1MXSA 1LCOA 4FNPA 1AG1O 2HS8A 3FS2A 4DEFA 1ZHAA 4OV4A 5BMXA 1DL3A 1G4PA 2GVJA 3W1LA 3C52A 3JR2A 1K03A 4MKNA 3WJYA 1OF6A 2RDTA 2C16A 4XTIA 4YCOA 2E5CA 1E51A 5LKYA 1KBJA 3S5YA 2HMCA 5LZLA 3SW6A 2C19A 2FB3A 3W6YA 2AGKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PBY A;  4RDZ A;  1KKR A;  4DO6 A;  1SJA A;  1ZS2 A;  3HG4 A;  3NQV A;  4O19 A;  3Q58 A;  3OB8 A;  1D9E A;  1EEX A;  2VZS A;  5CSU A;  3XIS A;  4HGX A;  1Q6R A;  4U10 A;  2D1Z A;  1YBQ A;  2GVY A;  5TF0 A;  1YPI A;  2J66 A;  4DLF A;  2QDE A;  3UR7 A;  3V1H A;  3CZE A;  4M19 A;  2HK0 A;  4H00 A;  2CLE A;  1E73 M;  4IP5 A;  5LIU X;  4DYK A;  4GGH A;  1KC7 A;  3UPB A;  5IHS A;  1C8Y A;  3UD6 A;  1UH2 A;  2VD9 A;  4ROP A;  2OEL A;  3AS1 A;  3W88 A;  3OLG A;  3YPI A;  3AU6 A;  2ZXD A;  3FA4 A;  4AZI A;  5A6T C;  3PFM A;  1ZNN A;  4K7Y A;  4OHQ A;  3AXI A;  1IT0 A;  4AD1 A;  5HUP A;  4WR3 A;  2ZUS A;  3A24 A;  3GXM A;  3MI2 A;  4AYG A;  2WZT A;  1F4H A;  2ZRV A;  1B30 A;  1NEL A;  2QJI A;  1QW9 A;  1JUK A;  4DJF C;  2G3F A;  3U5U A;  2E9L A;  3L4Z A;  1VPX A;  5C71 A;  1DJW A;  1EJX C;  1B4E A;  2WJD A;  3M0I A;  2UY3 A;  2ONE A;  3WQE A;  5HR6 A;  3T40 A;  4WVX A;  1K02 A;  2DGA A;  3PJX A;  2ZWZ A;  3W2M A;  1E6Z A;  5HA7 A;  3PK7 A;  4AMC A;  4HMC A;  4QAI A;  5HNT A;  4NU7 A;  3KL0 A;  1AOD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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