4GFSA

1.8 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with nickel bound at active site
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title 1.8 Angstrom Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Nickel Bound at Active Site
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gfsA00
3W1TA 3G1HA 4WQ6A 1OYCA 1WAUA 3VE7A 1FXQA 1SO5A 3M5VA 1K8XA 5J5DA 4LY8A 1X7FA 2RDWA 3NXFA 1SFLA 2Z2UA 1W37A 3QW3A 2OT0A 3NZRA 1W5QA 3W7QA 4O10A 5HMSA 3DFTA 4NNCA 2Z6IA 2WSQA 1FDZA 1H5YA 4AHPA 5D37A 3V1PA 4A2RA 1EUAA 3JS3A 1SZEA 4MZ8A 3O16A 3KRSA 3T55A 2G95A 4FNRA 1VYSX 1HTIA 2NV2A 5DN1A 1QPNA 4IX2A 3F1QA 2H3BA 5D30A 1KM6A 1LRTA 3LV6A 3EXSA 2PRMA 3CTLA 4ADSA 3HGJA 3DFSA 4RZ6A 1YDNA 5HWNA 3B8DA 1KLZA 2YW4A 3LLFA 3MJYA 2RH9A 2Y7DA 4TO8A 3SR7A 3LXBA 4JX4A 2QJHA 3STFA 3UPBA 5DCBA 4EVZA 2ZA2A 4ICNA 1JULA 2P0OA 3H55A 3IIVA 3PBVA 3BARA 4UTLA 3C0JA 2Y61A 3S1WA 4UTUA 1XUZA 1H7PA 4NT0A 1OFDA 2C6QA 1HFBA 4MOZA 1FX6A 3S9YA 1KBJA 5CSRA 1X8FA 2VC6A 1W54A 1HUVA 2CU0A 5I3HA 1XFBA 2JGQA 4A3UA 3UWUA 4MLRA 3NVTA 1MSSA 1Y0EA 1U83A 3QSTA 3TCEA 1WOBA 1SSGA 1F6PA 1O4UA 3PB2A 1U5JA 4GXMA 5MHBA 3LHYA 3S5YA 5I3IA 3W7GA 2A21A 5KITA 1QAPA 3N2XA 2J6XA 5KZMA 1XCFA 3P60A 2I1OA 2AGKA 2QCMA 3IVSA 3WJZA 4UTKA 2ZRVA 5KZDA 1P0KA 2Q3OA 5KMYA 5LZLA 5CPOA 5D2XA 5CPMA 3OBKA 1ME7A 3I6RA 2H8XA 1G4SA 5G2IA 2Y7GA 3KHJA 5FEWA 3KFTA 4AEOA 3C6CA 1VQTA 2F7FA 2C13A 3CT7A 5D33A 5E1QA 4KFNA 5DXXA 1K7EA 4R7JA 3TFCA 2ZDRA 3CB8A 3GR7A 3STEA 2HS8A 3H54A 3G22A 1Z48A 2DZVA 2V2HA 1PV8A 4QAIA 2Y6ZA 1VCFA 2VOMA 4HNNA 4O18A 1FQ0A 4NNBA 2BWGA 4Y6GA 4N9DA 4GUFA 5KSWA 1ZFJA 5AYZA 2A7NA 1GVRA 1EIXA 2TYSA 1RQBA 1A5CA 1ICQA 3QMSA 4JR5A 2RDTA 3ZWSA 1G4PA 1KTCA 1QPRA 1HG3A 4MPQA 4LVGA 3SGUA 3LV5A 2QCDB 5HUPA 4TX9A 2E6AA 4WZHA 1Q6LA 3ATZA 3C61A 1FXPA 3IRDA 2UV8G 3NM1A 3TDFA 4NX0A 4CLMA 3T78A 2ATMA 4O4VA 1K7FA 5EKYA 1H50A 3MBDA 3QPZA 3L2IA 3CWNA 4ZMGA 2EHHA 4K7YA 3WJSA 2E5DA 4Z1DA 2YFNA 2OX1A 3HGSA 3O05A 1KW1A 4PL2A 5DXYA 5FI8A 3BLFA 4ZQMA 2VFDA 3W84A 1SW0A 1TV7A 1OFQA 1M5WA 4NX5A 2CLIA 3TNOA 1VYRA 3TQ0A 4MIMA 3QH2A 5CPNA 2GJNA 3N9SA 3OEXA 3C2EA 3NQ6A 4EIVA 2A7RA 4O4WA 2VENA 3GDTA 3SECA 4BI7A 2YCEA 4M6VA 4LV9A 1SW7A 1QO2A 3LRMA 1YTKA 1OJXA 3PSWA 1DQXA 4EWND 1X1OA 4FEZA 5BMXA 5LHFA 4M19A 3DH7A 1J4EA 3G1VA 1TB3A 2DORA 2FJKA 1ZCOA 1TPVA 1JR1A 1F05A 3BLEA 2YFOA 5J5RA 1I2QA 4CCCA 1QDSA 4PCFA 4HNTA 3E49A 1O94A 1W0MA 3TAKA 4A2SA 3NQFA 3MW7A 3H53A 4TMCA 4AF0B 1GWJA 2BZNA 1ZAIA 1ZY9A 3W1QA 3PUEA 5AHMA 4X9SA 1ALDA 1SZFA 1TV8A 4A22A 1OX5A 5LNUA 1VZWA 3GDRA 5BNKA 4OE7A 3BG3A 3LGEA 2CLEA 2ALDA 2C19A 4NU7A 4O13A 3M1ZA 2FLIA 4QISA 3RLUA 2OZ0A 1S5TA 2O7QA 2R14A 2YYUA 3G1YA 3KRUA 3EXTA 3CIWA 3IEBA 5AHIA 5BW6A 4O12A 5AHFA 2PC4A 3W1NA 2ATSA 3QMTA 2HSAA 3T7VA 3NQAA 4XWUA 1DHPA 5K7JA 1FCUA 1DJNA 4UMCA 2GPTA 2FB2A 3W88A 4KKXA 3HMJG 1VCGA 1GT8A 3FOKA 4IJBA 2B7PA 3KXQA 4QNWA 4UMAA 1VYPX 2QAFA 1ZENA 2V82A 3IGSA 3S1XA 3LXCA 3QQ0A 3EKLA 4POCA 3N14A 4LU0A 4N9CA 1HL2A 4QQ3A 3MYPA 3L5LA 3EWWA 3W2LA 2XFWA 3W1XA 2NX9A 4XTIA 4GNJA 4HNUA 2ZRUA 4ZQRA 5BOOA 1SR9A 4C1LA 2KZHA 4C1KA 5HINA 4IWWA 4DPQA 1PVNA 1GG1A 4CCDA 5HQEA 3U6WA 1VR6A 4LW7A 4WUIA 1A5AA 2ZRZA 1H60A 4ZL1A 4N02A 4HSNA 4XZ9A 3ABRA 3S5OA 3I7RA 4H4IA 4XKYB 1LRQA 3F4WA 1T96A 3R2GA 4JGDA 3PULA 4IMEA 1CI1A 3WJXA 1F73A 1TCDA 3CEPA 5K9CA 3A21A 2WSYA 3KX6A 4O16A 4YL2A 1Q45A 5F1VA 2NWRA 4R33A 3A22A 4OWGA 3ZWTA 2X1RA 3KVLA 2G96A 3GR8A 4NJHA 3STCA 3W7CA 1HO4A 1NVMA 2CLLA 3USBA 1TREA 2JK2A 3W7DA 1A5SA 1JUBA 5D03A 1D9EA 4N9EA 4B5NA 3MUXA 1GYNA 2Q8LA 4UTMA 1SSDA 1GEQA 2J27A 3A24A 2R94A 3O1NA 4CNPA 3DFPA 3W73A 4NQ1A 1FDYA 3QQ1A 3TMQA 1Q6OA 1UUOA 3L9CA 3NNTA 1F6KA 2TRSA 3C56A 3MI3A 1YADA 2QJGA 2PE4A 3NQVA 1G69A 1YLVA 1Z44A 2CLKA 3WK2A 3B0VC 4NZJA 4DF0A 3HO8A 1LP6A 2C0AA 5TBOA 3QPYA 1QFEA 3VFLA 1NF0A 3VI2A 2TSYA 5CSSA 3GKFA 1TRIA 3EWYA 3LRKA 3GZ3A 4OQVA 4O14A 2ZZ5A 5FF2A 3LCIA 3KVJA 4JN6A 4K36A 4UTJA 2WQPA 1EP3A 2EPHA 4DO5A 3A5VA 3MP5A 3P84A 5EYWA 3ANYA 4GUIA 4LVAA 5D38A 2QEZA 3PM6A 1H61A 2CLOA 3M7WA 2A0NA 4DO6A 3B4UA 3CU2A 3LDVA 3MWAA 6ALDA 4LS1A 4PL1A 4ZZ9A 1H7RA 1TPUA 2X1UA 4RKAA 5D05A 3NPVA 3OG3A 4HSOA 4UC5A 1EEPA 4YCOA 3YPIA 2QCNA 1I2PA 4DBEA 3QJAA 5KZEA 2Y7EA 1KFCA 1UCWA 3NL2A 4CNNA 1SUXA 2J9XA 1AG1O 3IGXA 1QPQA 3W9ZA 4QITA 3KVMA 2QDHA 1OF8A 1ONRA 4LUIA 4BF9A 3PUOA 3P61A 5AB3A 5F4XA 1UJPA 2NUWA 4N2YA 1V5XA 1S5WA 3DHDA 2WOQA 1WYIA 2ZZ6A 4JYFA 1IIGA 3L0GA 4PTNA 5IM51 5CZJA 3CQ0A 3NQCA 4HPJA 1YDVA 4RK8A 1CX9A 1QOQA 1TJRA 4N4PA 5D04C 5D2VA 1Q3NA 2OT1A 5A5WA 3LLDA 3FKKA 2R91A 2WV8A 1JUEA 1GVSA 2ZZ3A 4I7WA 3L21A 3UD6A 3GDLA 4ZQOA 2QDGA 4LRTA 4ONVA 1FCBA 4H3DA 4Z0SA 4UTHA 3IV3A 4HN4A 3UYCA 3LM7A 6TIMA 3QYQA 3Q2DA 4S1FA 3TR2A 4AMAA 3TROA 2QCCA 1P0NA 5DCDA 2E6DA 4PEKA 2XN2A 1OFPA 3B0UX 1KFBA 4I7VA 4UTIA 3GIYA 5LNRA 1JVNA 4R53A 4RCXA 4Y9AA 3GLCA 4RLIA 5EPDA 3O07A 1OYAA 5L9FA 4FHAA 4W9TA 3W1LA 4DF2A 4KWVA 5TQLA 3ATYA 3NM3A 3L65A 3W85A 4HNVA 1SQ7A 4JX5A 4MVAA 4LV4A 1GZGA 3PC0A 3SZ8A 3TMLA 2DZPA 3SIZA 4DO4A 1FDJA 4FIQA 2ZZ4A 3HG3A 4JX6A 4FNQA 5K9DA 2QCLA 4JTTA 3BO9A 3S5ZA 4WXZA 1AL7A 2NXHA 5BMWA 5D2TA 4RJEA 5G2HA 5LSMA 1YPFA 4MFEA 1SW3A 1BKSA 3LRLA 1MEHA 4BK9A 1A5BA 1M7PA 3F4NA 2VKZG 5A8GA 3TXZA 4WY0B 4HHPA 2P1FA 4U28A 1WXJA 1A50A 4YXGA 4DQWA 2J24A 3BW2A 3NL5A 3P5ZA 3I65A 4M7TA 3NPWA 1VHCA 4IMDA 4L4MA 3K30A 3KAOA 3SGZA 3HB9A 2FTPA 3DXIA 1LOQA 4BFAA 1OX6A 2ZTJA 4MY9A 3O6YX 5FF3A 2VELA 2EF9A 1SU5A 3P74A 4JTSA 5D2WA 5EL1A 1OX4B 4O53A 1PL9A 1OVDA 1KFJA 5CPLA 2YGYA 3PUDA 1VPXA 1TTQA 3TFXA 5I3KA 1D3GA 4AWSA 4JYEA 3TKFA 2Y63A 1TTIA 2ZYFA 1ME8A 4NXKA 1LM1A 2H90A 4UTTA 4M6PA 4Y96A 3HG4A 5AOUA 1XM3A 1ZAHA 3U2OA 1TTJA 2E68A 1CW2A 4DXVA 1D3HA 2BSLA 4ML9A 5G2WA 2VFGA 4AWTA 3ELFA 2P10A 2E77A 4PH6A 1GVOA 4LTSA 3FLUA 3W70A 2ZQ0A 8TIMA 1C9DA 2E1DA 1W5PA 2WNNA 3A23A 2CZDA 5AYXA 3HG5A 2A6NA 1XDLA 4UFLA 4JTKA 1F2JA 2ZTKA 2DU2A 3G1FA 3TU9A 5G1TA 1WOAA 3P67A 5F2GA 4XBKA 3EXRA 4MYXA 1GTEA 1BWKA 3MHGA 7TIMA 3G1AA 4XUGA 1VRDA 2JBMA 3TQVA 4FXSA 2V5BA 4RXFA 3TH6A 4UFKA 2JKAA 4JIQA 4A21A 4WOQA 3RU6A 5CZSA 4WOZA 1ZHAA 3MBFA 4WY0F 1R2TA 1QNVA 4UR8A 4DBDA 1K03A 3MHUA 3QF0A 4O17A 4IPIA 5G1YA 1DOSA 5I3FA 3FIGA 3KRZA 1WA3A 4LUJA 3MP3A 3DAQA 3P8JA 4PFMA 3L0KA 3OVQA 2NLIA 3W6YA 3DENA 1OABA 4N9BA 2BXVA 1GYLA 2FQIA 1XKYA 4JTEA 4HPXA 3NO5A 1DKWA 1GVQA 1DBTA 2W0UA 4DEFA 3M41A 3LHZA 1JCMP 3E12A 3G0UA 5LGXA 4ORIA 4FX7A 4TU1A 1O5XA 3LHVA 4E0CA 5LHEA 4IMFA 1AMKA 3KOFA 5FEXA 1AW2A 2GQAA 3W1PA 2YSWA 1AL8A 4EOUA 4Z08A 4LS0A 5C6MA 3R13A 1TTPA 3TAOA 3OIXA 3BW3A 4FB7A 5T26A 1OF6A 5GVJA 1AW5A 5IBXC 3UXAA 3S8HA 2PCQA 4GBUA 1RQEA 1XXXA 1O60A 2A5HA 2CFFA 4RXGA 1LORA 2ABBA 5EMUA 1PHQA 4ZQCA 4O54A 2VEMA 5F2MA 3MP4A 4JYDA 4UUIA 3ZFHA 4TMBA 3NAVA 4JDBA 3SSJA 5HWMA 3S0CA 2W79A 2FPYA 2B4GA 2ZA1A 3LCLA 4RX0A 1H7WA 3M5ZA 2A1YA 3LCFA 3RF9A 4Y90A 4UCGA 2VXNA 5C2XA 2V5LA 3W2UA 2H3DA 3C2VA 1ZJIA 3R5EA 1YXDA 5EY5A 3OHIA 1TPDA 1TV5A 3NOEA 5C55A 4O1CA 3W7NA 5LNWA 1H7XA 1YTDA 4ORMA 1WV2A 2ZA3A 5U4NA 5G4WA 3IIPA 2ZZ1A 1RQHA 1RZMA 1VLWA 1LLWA 2ZZ2A 2B7QA 3B03A 3NL6A 1SZNA 4GC4A 3A9IA 2QCHA 3TIMA 3M47A 4ZVJA 4E2BA 5G4EA 1TIMA 4OT7A 4XQ6A 3P5YA 5F4WA 5IBXA 2CZFA 3BPWA 4O1BA 1R46A 1DORA 1O5KA 1LCOA 1TPC1 4FNUA 1ZNNA 5D32A 3LI0A 1BWLA 3R89A 1SPQA 3BGJA 1H1ZA 3LHWA 4X22A 2R8WA 3SW6A 2YYTA 4DELA 3NGJA 3NYZA 3GX9A 4NZFA 4MZYA 2E5CA 4YCPA 5CG7A 3W83A 3TW6A 1AK5A 3GXTA 1WBHA 3NQMA 3ABSA 4KFPA 2YDAA 3GVGA 4WJEA 1IIHA 3LERA 4JIPA 2OMAA 3CEUA 1LBLA 3LI1A 2Q3RA 4O1DA 3LCHA 1LRNA 4NJIA 3W3OA 3TXVA 4FX6M 3FYPA 3CPRA 3M6YA 3TV8A 5H91A 4GUGA 3GK0A 3R12A 3CC1A 2QCGA 2WO5A 2Z0IA 1IXQA 2XN0A 1QO5A 3FEMA 1LZOA 3MHFA 3OVPA 5HULA 4JTJA 3W7IA 3PB0A 2CLHA 3WK3A 4MJMA 3HOJA 2GVGA 4K6AA 4JY9A 2WSRA 2YX0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W1T A;  1DID A;  1E9Z B;  1W1A 1;  4WQ6 A;  1WAU A;  4IG2 B;  3AXH A;  1IR2 A;  1K8X A;  5J5D A;  5G4H C;  3CYV A;  4M29 A;  1UPM B;  1X7F A;  3VOJ A;  4O10 A;  1Q4N X;  3VOG A;  3RIL A;  4US5 A;  3WEL A;  1H5Y A;  3GIP A;  4AZC A;  5D37 A;  6TAA A;  3ARW A;  2PWH A;  3W82 A;  3KCJ A;  2G95 A;  3M0M A;  4FNR A;  1HTI A;  3KZS A;  1QPN A;  3M0K A;  1HKW A;  1Q66 A;  4B2D A;  3H2A A;  1LRT A;  4PRW A;  2VT0 A;  3LV6 A;  1UOZ A;  4F3H A;  4K3Z A;  2PRM A;  3B9N A;  4ADS A;  3HGJ A;  3BLO A;  5HWN A;  3B9O A;  1PPI A;  1JDA A;  5HDR A;  1V3M A;  2Y7D A;  4JQ3 A;  2P0O A;  1QNP A;  3N04 A;  1V3I A;  3S1W A;  2JF6 A;  3DX5 A;  2PP1 A;  2W4X A;  1OFD A;  2ACS A;  5JVL A;  2ODO A;  4GYF A;  3S9Y A;  1KBJ A;  3RXZ A;  1R3W A;  2VC6 A;  3ORW A;  1W54 A;  4A3U A;  3UWU A;  4WSJ A;  2PU1 A;  1YBQ B;  2GDQ A;  1MXD A;  1WOB A;  4J5N A;  2VWT A;  1F07 A;  5AC5 A;  2PDF A;  2WYS A;  4Q6J A;  3W7G A;  1QAP A;  5AYI A;  2QDD A;  3PJU A;  1XCF A;  3P60 A;  2AGK A;  1XLG A;  2GGJ A;  1F8M A;  1UD6 A;  2OLA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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