4GNJA

Crystal structure analysis of leishmania siamensis triosephosphate isomerase
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
248
structure length
247
Chain Sequence
KPQPIVAANWKCNGTTASIEKLVQVLNEHQIDHDVQCVVAPSFVHIPMVQAKLCNPKYAVSAENAIAKSGAFTGEVSMPILKDLGVSWVILGHSERRTYYGETDGVVAQKVADAYNQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTAAIAAKLPKEAWSQIVLAYEPVWAIGTKVATPEQAQEVHALLRQWVSEKIGNGVATKLRILYGGSVTAGNAKTLYMKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure Analysis of Leishmania siamensis Triosephosphate Isomerase
rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Leishmania sp. siamensis
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 88
structure length 247
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2012-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gnjA00
4CQ9A 4OHQA 1F5ZA 1TYGA 3T7VA 2EF9A 2QCEA 2HTMA 4HPXA 4LRTA 4XUGA 3OHIA 3U2OA 1RD5A 4A29A 5D05A 4YCPA 1EB3A 1UASA 4PL1A 3FEMA 1BWKA 4PODA 4FNRA 3W2JA 5K9XA 4AHQA 4OWGA 5D2TA 5A5WA 3LM7A 3OIXA 5U7SA 1SSGA 1YTDA 2VOMA 2E09A 3MHUA 4YWIA 1R47A 3RLUA 3NQGA 1TO3A 1ALDA 1P1XA 3GLCA 4IUOA 1T96A 2OT1A 3W7PA 4I7WA 4MUZA 4UFLA 3R8RA 3C6CA 3BG5A 4PEKA 3TXVA 3LV5A 1SU5A 5A8GA 2Y7DA 2ZRXA 1H7OA 2YX0A 2C15A 2CLMA 5F2LA 3LCGA 1VCGA 4IX2A 3EX1A 2QCNA 3GXTA 5BMXA 4NJIA 4JICA 4KFPA 1HO4A 4Y96A 1H7WA 3C2FA 3LCLA 4NJHA 1JUEA 1TPEA 3FKKA 3EWBX 4RLIA 2NZLA 3SZ8A 4YL2A 3FS2A 2YFOA 4LVFA 1C29A 5HJLA 4I7UA 5I3JA 2VFGA 3IVTA 2Q3RA 3UYCA 2C3ZA 1SUXA 1RZMA 1TV8A 5LZLA 1P0NA 1TPUA 4LVDA 3P5ZA 3QMSA 3L0KA 1L6YA 1ML1A 1XM3A 4LT9A 1OG0A 2TPSA 5KTLA 1K8YA 4M7SA 5D33A 3CEPA 2ZA3A 3QYQA 3W7OA 5MHBA 4ADTA 1GVOA 1HL2A 5IBXA 4O4VA 2VKZG 2QEZA 3TNOA 1FY6A 4NXKA 3B03A 2FPYA 1KW1A 2HSAA 3M0ZA 5AHLA 1YTKA 1FCQA 1OF6A 4AHPA 1F74A 4Y90A 1ZENA 4UTUA 4AF0B 4JEQA 4UTWC 3GZ3A 4RR4A 5FEZA 3LHVA 2FTPA 1X6UA 1JRBA 1IIGA 2X2GA 3UZJA 3H53A 4ORIA 2Z6JA 2A6LA 1FQ0A 2ZQ0A 2EAWA 4W9TA 1DORA 2XFWA 4Q4KA 3WK2A 1Q6LA 3C2RA 2CW6A 3PM6A 5K9DA 2V81A 3TAOA 3HG5A 2H6RA 3N34A 3EKZA 4O4WA 3C61A 3RNDA 3LHUA 3S5YA 5F4WA 3GKAA 4UMCA 4L4LA 1KM0A 1SO5A 1UUOA 1R2RA 2PURA 2VENA 4GXMA 1VLIA 2QF7A 4O15A 5DY3A 3U8GA 4EF8A 3IIZA 3CEUA 2VEMA 3I7SA 2V0TA 1UB3A 1OFBA 3UNDA 1QDSA 4XBSA 5DN1A 2TYSA 3UY7A 2R91A 2ZBTA 2P1FA 1O60A 5HR7A 4N9EA 4DQWA 3SGUA 2J9XA 3DHFA 3EX2A 3N3MA 3G3DA 1SO3A 4XKYA 3W86A 3QZEA 3ZR4A 3TX9A 4FHAA 4O50A 1KTBA 1NF7A 2GOUA 3GXNA 5D2YA 4DBEA 1I2NA 4RV8A 3TJXA 3UXDA 4GC4A 1JRCA 3MW7A 3DFTA 2VC6A 4E0CA 1TJPA 1V7YA 1LOSA 2VFFA 1F05A 3OG3A 3KRZA 4I7VA 1I4NA 1EPXA 2H3DA 2J88A 3TR2A 1AK5A 1BKSA 4JTHA 3W2NA 3CM4A 1VZWA 3NOEA 1KA9F 3TDFA 1LOQA 4UTWA 5LGXA 1OFPA 3CQ0A 3V1PA 4HPJA 5BMWA 3LV6A 4GUFA 5LNWA 4FIRA 3ABRA 1XUUA 2VEIA 4XTDA 5D03A 4GE8A 3DZ1A 5G2WA 1WV2A 3HG2A 4IPJA 1Q3NA 3M43A 3ZWSA 1PS9A 1TQJA 4OBTA 2DZXA 4GUIA 3W83A 3PG9A 2NX3A 3W73A 2B7NA 4X9SA 5AC6A 3MI3A 3KOFA 3W1AA 4UIOA 3STCA 3ELFA 4EOUA 3U6WA 4MKNA 2NXGA 1IXNA 4JIPA 4QNWA 1YLVA 1VHNA 1TRIA 2J6XA 3GB6A 4IOTA 4LOCA 3PVFA 3AJXA 2YGYA 5IM51 1R46A 2FDSA 1XI3A 4JTTA 1GG0A 3INPA 4NJGA 4LNYA 3UWZA 4RXFA 2RHGA 1GTHA 3NL2A 4TR9A 3TMLA 3F4NA 4UMBA 1I2PA 3HGJA 1VRDA 2GQ8A 3WJWA 1Z44A 1LORA 3HIJA 4GFSA 4UTTC 1O5KA 1PHWA 1JCLA 3V75A 3NL6A 3C2VA 3O16A 4N4PA 2CLHA 1MO0A 2CLLA 1N55A 2BZNA 2E1DA 3G1HA 1QO2A 3LXCA 3S8HA 4JTUA 3PC0A 4K6AA 3QC3A 5AC7A 3OVPA 1H62A 1KBIA 4PFMA 1PE1A 3GR7A 4JTGA 3BG3A 3DBPA 3N9RA 3NGJA 4O0KA 3SFKA 4NX0A 2WKJA 1JCMP 4NNAA 1IIHA 5GVJA 3LCXA 3W1RA 2JKEA 2Y89A 3NEVA 4MIMA 3JS3A 3SGZA 5C5YA 3PBVA 5AOUA 3FKRA 2WO5A 3K30A 3W7DA 4IMFA 5CSSA 4IWWA 3HOJA 1P0KA 5HWNA 3FIGA 3BPWA 2W6RA 3L0GA 3T4CA 4BF9A 1BEUA 4GUHA 3B0VC 1LDCA 3BW3A 3DENA 3W1QA 3D0CA 5TIMA 3FYPA 3DFNA 4IPIA 3GK0A 4M6QA 1ZCOA 1B4KA 4ZZ9A 3W1PA 4QSHA 3TK7A 3EB2A 3PUEA 4O18A 3W1XA 1YDNA 3UD6A 1BWLA 5J5RA 2Z6IA 4JTLA 3N2MA 4RCXA 2WNQA 3LOTA 1UJPA 5CZ0A 1GT8A 1QFEA 1T8XA 4KKXA 3UWQA 1G4SA 3W76A 3MMTA 3RFAA 1ZHAA 5AN7A 4IMEA 1ME7A 3R13A 4FO4A 2C1HA 1LROA 1EWDA 3NZ1A 2ZZ4A 4WX2A 4AWSA 3MI6A 3KXQA 2EHHA 4DF2A 3PUDA 3M5XA 2DORA 5D2XA 3JRKA 2WV8A 1M5WA 4O16A 1GEQA 1P4CA 4UTLA 4N6FA 1B4EA 3TSBA 2I14A 1ME9A 1YDVA 2Y88A 4OT7A 4UTTA 3DHDA 3VKJA 1HG3A 3OVRA 2E5CA 3IGXA 3KRSA 2QUTA 5EY5A 1V5XA 4AWTA 4E2DA 2E68A 2YZRA 3NQAA 2GPTA 4S2CA 1TRDA 2WNNA 4QM1A 1TCDA 2A21A 3QH2A 4OGZA 4WUIA 5H91A 1I8JA 4AH7A 3TXZA 3DKLA 1LP6A 1TPVA 4S2BA 3W1MA 2HS8A 2C16A 1TSIA 1AL8A 3W6YA 3TROA 1NF0A 4IJBA 4JXCA 4AF0A 1JJKA 3UPWA 3FOKA 1TV7A 3ABOA 1GQNA 1TPFA 3A21A 3CLMA 4CLMA 3S6DA 2Y7EA 3UY8A 4A2RA 4ML9A 4JTJA 2IQTA 4Z1AA 1FCVA 3E49A 5AYZA 4LVGA 2C13A 2B7QA 4LV9A 1SW0A 2QCHA 2DJXA 3B0PA 4Z0SA 3FA5A 2PCQA 3UWVA 4ZQNA 3CIXA 3LERA 1GVSA 3P8IA 4LUJA 1OF8A 1KFCA 4Z0JA 3IIXA 4XQ6A 1K8XA 3LHYA 2NXIA 1S5VA 2ZZ1A 3LDVA 3GYEA 4MLRA 3UWYA 3I6RA 4YMZA 4GBUA 1LCOA 4IX0A 4QJ1A 2BSLA 4UFIA 4JTIA 4E38A 5I3KA 4BR1A 1ADOA 3L67A 3EXTA 2FLIA 1VC4A 2Y61A 1G4PA 1W3NA 4ADUA 4AXKA 4JR5A 2ABAA 4O0ZA 3GKFA 4NJKA 1LRQA 2ZCGA 3W72A 4O1CA 3M5VA 4KWVA 1OX4B 4O10A 5BRBA 2Y6ZA 3IEBA 4ZQRA 3NXFA 1O95A 5CZSA 1H61A 3SI9A 1U5JA 5FESA 3LGEA 5LSMA 4J9JA 4UTHA 4R33A 3DKJA 1QMLA 5H2ZA 6ALDA 3OA3A 3MO7A 2V5BA 2ZZ2A 2QJHA 3ABQA 3W7RA 1XBYA 5K4ZA 1OK6A 3JR2A 2GVLA 3QSRA 4CCEA 3R89A 3N9SA 2ZYFA 3DU0A 2GQ9A 2OX1A 4CQAA 4LC8A 1NFBA 2FPVA 3GDLA 5CZJA 5C54A 4ONVA 3EWUA 4ORMA 4K7VA 1JUBA 1W1ZA 1L6WA 2ZRWA 1VR6A 4ADSA 4O28A 2DJLA 4O1BA 5D2VA 2NUXA 5HMSA 3SW6A 3CHVA 2VXNA 3B8DA 4O52A 4OU1A 4NUWA 4I9AA 1VYSX 3MBFA 2VEPA 5G4EA 3CC1A 1C8VA 5HWJA 1XBVA 5CPNA 3LBCA 3W7KA 2PC4A 3S42A 1X7FA 4DBDA 4FX6M 2NXHA 1WX0A 1A5CA 3NYZA 2FFCA 1M7OA 3I7QA 1I45A 4UNLA 1MEHA 4K8EA 4JYDA 3C2OA 1F6PA 4DELA 5D04C 3HPXA 1R2TA 1YPFA 4ZQOA 3S5NA 1FWWA 3S5ZA 2ISSA 2JGYA 2FPTA 4A3UA 2QUVA 4UR8A 3OEXA 2I1OA 5AYYA 4RZ4A 2NWRA 3BW2A 3VFLA 3VCRA 1D9EA 3G18A 5CPLA 3BLFA 1G4EA 2Z1BA 1BTMA 3NPVA 1X8FA 3DFOA 1B9BA 2CU0A 1WYIA 4TMCA 3VNDA 3A5FA 1GOXA 5KZEA 3TJLA 1OFRA 4O57A 3CB8A 1MSSA 4MPQA 1OYBA 4M19A 1IXQA 3S0CA 1M7PA 3OBKA 1AW1A 2JK2A 1U83A 2DZUA 2OMAA 4O19A 4AB4A 4PCFA 1W31A 3Q94A 1XCFA 3O63A 1LOLA 4N9DA 2A7RA 2ZA1A 3ZWTA 3KX6A 1WDWA 4MY8A 3G0UA 4N9BA 2RDWA 2NWSA 3QPYA 3BW4A 4WXYA 1UBSA 2ATMA 3W7LA 2Q3OA 1PIIA 4S1FA 4MJZA 5G2HA 4XBKA 2X30A 4UUIA 1ZALA 3TC6A 3HB9A 1W5QA 3EWYA 4JD4A 5K3VA 2E6YA 5F2MA 4WY0F 6TIMA 3ATZA 4JX4A 2A7NA 3ZFHA 3W7HA 5G2IA 1TIMA 4FEZA 3F1QA 5E93A 3TW6A 1Z42A 2QCFA 3DFPA 2QCGA 3L2IA 2EPHA 3PSWA 5KMYA 3IGUA 1KFEA 4P61A 4AEOA 4GWEA 3NQMA 3CPRA 4DPQA 4WOQA 1GG1A 1GZGA 3L21A 1OYAA 1K03A 5J5DA 1W37A 2WNZA 5LKYA 1F7BA 1FWTA 3P5YA 1WXJA 1OABA 1TTQA 1L9WA 4IMGA 1IXPA 2O7QA 3QQ1A 1DJNA 1SZFA 1XKYA 4FX7A 3W1NA 5CKSA 4TMBA 3G1FA 2J9YA 3GAKA 5CPOA 3HQ1A 2WOQA 2OZ0A 1DJQA 1R30A 2JKPA 4JDYA 4TO8A 4AAJA 1S5WA 1QCWA 2GVGA 3O07A 3BLIA 5LHEA 3EEGA 3G1VA 1AW2A 3MP4A 5EBUA 2V5LA 1LRNA 1KFBA 1IF2A 5D02A 2ISVA 3GDKA 5KINA 2E5BA 1YTEA 1YADA 2ZTJA 2DU2A 1MXSA 2DZWA 4MFDA 1TPDA 2FB3A 3YPIA 3NZRA 3EWZA 1VCVA 3CIWA 3NL5A 4XZ9A 3DI0A 2V82A 3TCEA 1XUZA 3C52A 3WJSA 2YR1A 5DXYA 3DAQA 1KM3A 4NX5A 4OV9A 1ICSA 5G4WA 3TMQA 1Z41A 3I65A 3W71A 4PC8A 4NXSA 3TE9A 4K39A 4C1KA 1VYPX 1GJPA 2NX9A 1RPXA 4JTKA 3M44A 4HNTA 1QNVA 2A7PA 4NNCA 1LTDA 3A9IA 2FQIA 1LM1A 1W3IA 4WY0B 3MUXA 1KM2A 3NL3A 3TFCA 1GVRA 3N19B 4WZHA 4JIQA 4LS2A 1ZJIA 3THAA 4FXSA 3EX6A 4UFJA 2OCZA 3FJLA 1W3TA 1H5YA 1FX6A 5HNRA 3W85A 2A0NA 1W5NA 3G1XA 3MHGA 1H7PA 3TQ0A 3R5EA 1TPWA 3P67A 3GNDA 5AYXA 3C4UA 1F2JA 2VFHA 2Y70A 2QCMA 3WK3A 1C9DA 3TKFA 2J9ZA 3CTLA 2BX7A 3OVQA 4IGHA 1A5BA 1I2RA 3P8JA 1XDLA 1OVDA 4FNSA 1TPC1 4BWLC 4JTFA 1TMHA 2G95A 5LNVA 1OX4A 4O11A 4WOZA 1H51A 5BNKA 5KZMA 1O94A 3G0SA 3N14A 3PY2A 3H54A 1Q45A 4K37A 3UWWA 2YFNA 2C19A 5FI8A 5TBOA 5CGQA 4ZQCA 4DO4A 3C56A 3HGRA 4AHOA 3QM3A 5SWUA 4XWUA 3L68A 4ZMGA 4EIVA 1VJIA 4NZFA 1TB3A 4UTJA 3T44A 4P2VA 2Z2UA 1KM6A 4LTSA 1TJRA 1W5OA 5EL1A 2CLEA 3NQVA 4EF9A 4X2RA 1DL3A 3T55A 3PAJA 5L6UA 4UCGA 2YYTA 2Z0IA 3STFA 2V2HA 5D37A 3M5ZA 3DFSA 5G1YA 4QITA 1KM4A 3VE7A 1IGSA 3O6DA 5K7JA 2W79A 4CNOA 4AWUA 2GQAA 2H3BA 2XN0A 2ZZ3A 1LBLA 2PRHA 4D2JA 5AHIA 2CFFA 2WJZA 3TC7A 5FF0A 1G69A 3G3MA 2ZDRA 3DH7A 3E02A 3BK0A 4LV4A 3P84A 4ZQPA 1CX9A 4LUIA 2AGKA 5HULA 1TQXA 5I3HA 1KTNA 4FF7A 1VGAA 2YYUA 3WJXA 2YDAA 4MY9A 2P10A 5D2WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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