4GUIA

1.78 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with quinate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4guiA00
1CW2A 4JS3A 3SIZA 1W31A 2CU0A 2FDSA 2P0OA 3EB2A 1WX0A 1SW3A 5G2HA 3LCGA 3IGXA 3LHYA 3UPBA 2ZRZA 2QEZA 1VC4A 3EX3A 3FOKA 5FF3A 1R46A 3W7NA 3N3MA 2A21A 5K3VA 3T44A 3HG5A 3UWYA 4LC8A 2C0AA 4LVGA 2A6NA 4KFNA 3BLFA 3GXTA 4JIQA 4RR4A 1L6YA 1LRNA 2GQ9A 4TR9A 1GVQA 5K4XA 4I9AA 4O57A 3FIGA 2HS8A 1R2RA 3W84A 4DEFA 1G69A 1XBVA 1MO0A 2BWGA 2V30A 4PC8A 3NL3A 3S0CA 4LVDA 3M47A 4QJ1A 2ZFAA 5KZEA 1FBAA 4Y6GA 2J24A 4NJHA 1NFBA 3WK2A 3OVQA 1OFOA 3NXFA 3PG8A 1TPC1 4MZ8A 3W2MA 3LDVA 2CLIA 1H5YA 2IQTA 4CQ8A 4I7VA 3DXIA 4UC5A 1W56A 1ME9A 5BMXA 1R2SA 4QISA 3AO0A 1F7BA 1I2QA 1RQBA 1K7FA 4EIVA 1TTJA 1WYIA 1YDVA 3W1RA 2V2HA 5LNWA 3PUDA 1AL7A 3T55A 3TQKA 4UR8A 4N9DA 4Z1CA 2AAMA 3W7GA 4BI6A 4E2BA 3LB0A 1EX5A 1QPQA 1UBSA 4Z1BA 3P81A 1YDNA 4AF0B 1KLZA 3W2UA 5FF2A 4JX6A 1TCDA 2YW3A 2VELA 1SO6A 3E9AA 2GVJA 4UFLA 1B3OA 2NX3A 1OG0A 3C4UA 3TC6A 4HNTA 3TSDA 1ZHAA 3NL6A 2C3ZA 4LT9A 3LCWA 1KV5A 5C6MA 3TU9A 3UWWA 5H2ZA 3GNNA 2V5LA 3S1VA 4QIUA 3VE9A 3B06A 4NT0A 5FESA 1W5QA 1GG1A 1OFAA 3CWNA 5H91A 3R13A 2QCLA 5AHFA 3MI2A 5F4WA 2R8WA 3MP3A 2V9DA 1S5WA 2RDTA 4GE8A 2VFHA 4H3DA 3MI3A 4MPQA 5DCDA 3NO5A 2NXIA 3O07A 4ADSA 4NZJA 3HGRA 3NR0A 5D2YA 1Q45A 2WO5A 3HGJA 3LXBA 4N02A 2DZUA 3E96A 3G1HA 3IRDA 1ZAJA 5BMWA 4NX5A 1L9WA 1FWWA 1PCWA 5I3JA 3G1AA 4UCGA 1UUMA 1QDSA 4RV8A 5DN1A 1Y0EA 4A22A 1M5WA 4O0KA 4LV9A 3R8RA 1RPXA 1VYSX 3NL5A 4LS0A 1LDCA 3STCA 1LORA 3HG2A 2WPBA 3QMSA 1FWNA 1K8ZA 1VLIA 2RDUA 4ONVA 1JCMP 3WK3A 3GK0A 2OT1A 4UTTA 4JTHA 4HSOA 4BI5A 4LY8A 2OZ0A 4MZYA 3MW7A 3QQ0A 4E0CA 3BG5A 3KVMA 3OEXA 2VFEA 3EWWA 3P5YA 4GUHA 5EPDA 1XCFA 1EUAA 3P82A 3CHVA 4GUFA 1IGSA 3CT7A 1WOBA 3LHUA 4IMEA 3M44A 2F7FA 1W3NA 3P61A 2BX7A 3C2EA 3TSBA 2DZXA 4UTLA 4Q4KA 4UTWC 3WJZA 3QEZA 4TIMA 4QITA 1TPDA 5FEXA 2HMCA 1Q6LA 1O94A 1VCVA 3M5XA 4MOZA 3HF3A 3VI2A 2NUWA 4IXXA 4DXVA 4M7TA 3UY8A 3EX2A 1HFBA 4JY8A 1HG3A 4LV4A 5BNKA 2Z2UA 1J5TA 1RV8A 3C2OA 4GXMA 1OFRA 3HOJA 4OT7A 1SSDA 3KXQA 4A21A 1VZWA 3A23A 4HNNA 5CSSA 5K2ZA 3M0ZA 4M7SA 3BLIA 1A5SA 1VLWA 4L4MA 1XUUA 2YW4A 3ELFA 3N73A 3O6CA 5HWMA 1TTPA 3NPWA 3CTLA 4MY8A 5K9DA 3MUXA 2CW6A 3PBYA 5D30A 3LTSA 3W1AA 3NAVA 3G18A 5A5WA 2J9XA 3O8AA 3W1UA 2FJKA 3KX6A 2ZZ2A 1GT8A 2PURA 3EX1A 3SGZA 3TXVA 4PA8A 3DKJA 4JD4A 4AMAA 2Y88A 5DBTA 1OYAA 3P62A 3PG9A 1W5MA 3ANYA 4AWTA 4FX8A 4UNLA 4MYXA 3G1SA 4LTSA 1TYGA 2A7NA 4XUGA 7TIMA 2B0MA 3C8FA 3GAYA 4S2BA 2WNNA 2VFFA 3GX9A 1Z42A 3M41A 1FWTA 2ISSA 3FFSA 3W7QA 1FDYA 3MO7A 4O11A 3RNDA 3BV4A 3W2JA 3KRZA 4UFMA 3IIZA 1V7YA 1IXNA 4B5NA 1LOLA 2WNZA 3L21A 5AN7A 5LKYA 5HNRA 5DXYA 1UJPA 1TJRA 3UNDA 4LWWA 4IPIA 4WJEA 2DZTA 4NQ1A 5I3GA 4O4WA 4J9JA 3IGUA 3CB8A 4QM1A 4IX0A 2PC4A 2TSYA 2CZ5A 4WZHA 3QZEA 1BTMA 3B8DA 4YMZA 4C1LA 2KZHA 4JXCA 3C52A 5DBUA 2Q8LA 4WXZA 1WBHA 1VHCA 1JQXA 3TFXA 3P7YA 4DPPA 1A50A 4MKNA 4XTDA 5FF4A 5G5IA 3W7PA 3A24A 3STFA 3A21A 1EP1A 3GXNA 1FDZA 4JYDA 2QCHA 3TJXA 3M9YA 3KOFA 2VC6A 5CSRA 3S8HA 5D2XA 4HPJA 2G95A 2YFNA 4TMBA 5CZSA 3HO8A 2ZRXA 1R30A 3LXCA 2NUXA 1O5KA 2CLKA 3PAJA 3PBVA 3DFPA 4H4IA 3DU0A 3O06A 2Y7GA 4Y96A 3TCEA 4O10A 5HR7A 1YLVA 3QPZA 3EWXA 2CLOA 4O8RA 4GFSA 2NXHA 3DFOA 4NZFA 1TJPA 3MHUA 5EBUA 3LLDA 1F05A 2GJNA 1BWKA 5EYWA 2RKXA 2C1HA 2ZZ7A 3ZWSA 3RU6A 3MHGA 2Y89A 4M5PA 1AW2A 3HG3A 3NQCA 3TDFA 2E6FA 4BWLA 4Y90A 3W7EA 3KVKA 1W8SA 5T26A 4JYEA 5D37A 2FQIA 4IXHA 2QCCA 4AB4A 3T40A 1QFEA 2XFWA 3QMTA 1WDWA 1KFCA 1KFBA 2WKJA 1JCYA 3QJAA 1QOPA 2QJGA 2WOQA 3W23A 1GQNA 3Q37A 4R53A 3SY5A 4AH7A 4ADTA 3EWYA 4GJ1A 4ZL1A 1THFD 3NQ8A 1OF8A 3U6WA 2RHGA 3C2VA 4WY0B 4RXFA 3RLUA 4I7WA 3B04A 4XKYB 2G97A 1QPOA 3G3MA 2UV8G 2C18A 3BPWA 2CLHA 2Q8ZA 3M5VA 3H53A 4NUWA 3LGEA 3F1QA 3LCIA 1OABA 1EA0A 2ZRVA 1B9BA 5U4NA 3L0NA 3TMQA 4O12A 3TIMA 3LERA 1W5NA 4AWUA 4U4MA 2E5CA 3GXPA 2H3DA 1H50A 4QNWA 5F1UA 3FJLA 1DJNA 2Z6IA 1ICPA 3N2XA 4EWND 3IVTA 2V81A 1I2OA 2X16A 2J27A 1K7EA 2Z0IA 4D2JA 5D05A 4JN6A 1MEIA 1GVRA 5F2GA 1GWJA 2DORA 4GBUA 1KM2A 4Q32A 3CPRA 4C1KA 2PE4A 4MFDA 3W7HA 3R5EA 1TB3A 2VXNA 4CQ9A 1GVOA 1H61A 4PH6A 4AVFA 3UD6A 3W7JA 5D2VA 4KWWA 4CLMA 4PCFA 4FIRA 3DHDA 1NSJA 2NXGA 3IEBA 3PVFA 3PWAA 2QF7A 1OYBA 2QCNA 4BK9A 3TA6A 2G96A 2A6LA 3JS3A 3OVPA 5LGZA 1P4CA 3S5NA 3TX9A 5DXXA 1I2PA 4DQWA 2EHHA 5KITA 1Q6OA 4Q33A 4RK8A 4S1FA 3W2LA 2OX1A 1IXPA 1JUBA 5TBOA 4M6QA 4LVFA 2GOUA 3C6CA 1XUZA 3S9YA 1XDLA 1EP2A 5K7JA 1WBJA 3S42A 2QCDB 5CZ0A 4BI7A 4MY9A 4O54A 3W70A 5K4ZA 4JR5A 5CG7A 2LLEA 3M5ZA 4GC4A 3W76A 4O14A 1DVJA 2QR6A 2GJLA 3B0PA 1SW0A 3M5YA 1W0MA 1GPWA 3KRUA 5AHMA 1OFBA 3K30A 4S2CA 1VPXA 3LLFA 3G1FA 5AHEA 3W2NA 1ZFJA 5K9XA 3WJYA 1D9EA 3I68A 3FLUA 1G67A 5MHBA 1FY6A 1PL9A 2CZEA 3HGSA 3LTPA 3NYZA 4JTGA 4NJJA 3B03A 3NQDA 3LM7A 1QPRA 1X8FA 3MP4A 1OK6A 1ZAIA 3DAQA 3FS2A 2A7PA 2Y63A 2ATSA 1XBXA 4WX2A 1S3HA 1O4UA 3W7MA 1TIMA 1W54A 1KBIA 5AC8A 3KRSA 3L67A 5AC7A 3EKZA 3ZFHA 1TQJA 1F5ZA 2OT0A 3G1XA 3NEVA 4JTUA 3C61A 3W86A 3O6DA 1TRDA 3M1ZA 3G1YA 4JX5A 1OX5A 3TQ0A 1OYCA 1YADA 2A5HA 3BW2A 3NQGA 4G1KA 5E93A 4WOQA 1CI1A 4M6PA 4JY9A 3RLVA 1OX4A 1Q6RA 3OVRA 4R7JA 1D3GA 3UWUA 5D03A 4JTLA 1SSGA 5A8GA 3L0KA 1MEWA 1RQHA 3EWUA 4ICNA 1JQVA 5FEPA 3FJ6A 1DL3A 2V0TA 4POCA 4O1BA 5D33A 1NEYA 3U2OA 4BF9A 1VYRA 2J9ZA 4O52A 2CLLA 1FX6A 1QAPA 1HO4A 1ZJIA 2ABBA 3LTYA 3W83A 1XM3A 3S5YA 4BR1A 3TK7A 1BWLA 1MEHA 4UTHA 3CEPA 1FXQA 4MLJA 1H7OA 1TPFA 3ATZA 5AC6A 1U5JA 2CLFA 2EAWA 3L66A 1ADOA 2CLEA 2Y7DA 3OBKA 5C2XA 1ZAHA 4N4PA 2V2CA 1XBYA 2HSAA 4NNAA 4NJIA 2ZQ0A 2CZDA 4NVTA 3TQVA 3EKLA 2RH9A 3CU2A 1O5XA 4FIQA 3S5OA 1W37A 5HWNA 3PF3A 1YXCA 1GOXA 4CQAA 5DY3A 3HMJG 3TC7A 4WY0A 5KZDA 3T7VA 3W1QA 3QW4B 1FCUA 1EIXA 4RXGA 3BLEA 3NQ6A 4YLWA 4K6AA 3NZRA 3TMLA 3NPUA 5CPMA 3F03K 4PTNA 2AQWA 1FCVA 1SZGA 1FDJA 2E6AA 4K37A 2JKPA 5LNUA 1Z44A 2NV1A 3CIWA 1J4EA 3P80A 3PBWA 4Z0JA 3TFCA 3Q94A 1ONRA 1NF0A 3W1MA 3S1UA 3LHVA 1O60A 1QCWA 1TREA 3NM3A 1JUEA 1LLZA 4PL1A 3PC0A 1SU5A 2ATMA 4K8EA 2R91A 2C16A 4NX0A 2Q3OA 4UXDA 4FB7A 3TW7A 1N55A 3WJXA 3QPYA 4ORMA 1GVSA 5HINA 3S1WA 2ZZ3A 3F4WA 3NQVA 4YCOA 1TV7A 3PSVA 3FYPA 1OX6A 3C2RA 3STGA 2V82A 1OFPA 1W5PA 2QJIA 1TPEA 5D09A 3PULA 6TIMA 3PR2A 1OVDA 2PRHA 4WUIA 3W1TA 1YPIA 4A29A 3TH6A 4O13A 1I45A 4X2RA 3MBFA 3QW3A 2JBMA 3QSRA 4O17A 5D2WA 3BG3A 3O15A 1YXDA 3IIVA 4NXKA 3SI9A 4YCPA 4QAIA 3DENA 5LHEA 1SFJA 3LCXA 1I8JA 3W1XA 4RLIA 1FXPA 2J6XA 1JRCA 1FCBA 1H7RA 2FFCA 2QCDA 2ZA2A 3GB6A 1W5OA 4WXYA 3BW4A 3ABSA 1LZOA 4JICA 3PB2A 1PS9A 4UTWA 3MYPA 4FO4A 3RF9A 5SWUA 1K8YA 1F6KA 3G0UA 1U83A 3UQNA 1SFLA 4Y9AA 1EP3A 2H90A 3B0VC 5D04C 5BOOA 4I7UA 1LOQA 1NF7A 4CNOA 3A22A 4AHQA 4ZMGA 3LHZA 1H7WA 3GKAA 1BEUA 2BZNA 4UFKA 1LM1A 3SZ8A 1F6PA 2QDHA 1A5BA 1AW5A 2E5DA 1KLYA 4LOCA 4DF0A 1PE1A 4DBEA 2Q3RA 1T0OA 5TIMA 1M6JA 3BGGA 1H7NA 2JGYA 2ZRUA 3LCFA 3JRKA 3IIPA 4IMCA 1H1ZA 3W2KA 3THAA 4IMFA 1M7OA 1OFEA 3W74A 1EUNA 4K38A 5KSWA 1KFEA 4JTTA 1Z48A 4N9EA 2ZZ4A 5E1QA 1UASA 2OJPA 3NM1A 1B57A 3LI1A 4LNYA 2VFGA 1PV8A 1G6CA 1MSSA 3FKRA 3OIXA 2TYSA 3BGJA 1XKYA 1ICQA 2CWNA 3IVUA 3LRKA 1G7VA 4FF7A 4CCDA 1L6SA 3SR7A 1VJIA 3TE9A 1XC4A 4JTJA 3I7RA 3TKFA 1P0KA 1W1ZA 4LUIA 3ZR4A 4GWEA 2X1UA 5IBXC 3TXZA 1GEQA 1ZCOA 5KTLA 3IIXA 2GVGA 4JX4A 1L2UA 1K02A 3QRHA 1KA9F 5AB3A 4UTKA 4PODA 1RVGA 3PUEA 5FF7A 2DJLA 2NX1A 3HIJA 6ALDA 1KV8A 1LCOA 4FEZA 3TW6A 3BO9A 2FB2A 2DZWA 5F2IA 1SPQA 1GYLA 2QKFA 4EF8A 1LRTA 3NQAA 3EXRA 1TRIA 2YXGA 4DF1A 4RX0A 3G22A 3O16A 5BW6A 1AK5A 4AF0A 2NV2A 3UWZA 2Y61A 1DHPA 4H6KA 1PIIA 2B7QA 2VFIA 4Y8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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