4GUJA

1.50 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with shikimate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gujA00
3FIGA 1CI1A 2HS6A 1UUOA 3C52A 3BG9A 3KVKA 2EF9A 2ZRZA 4IMEA 1X1ZA 1ZAJA 1GVQA 5D2TA 4AF0B 3MHFA 2F84A 4BFAA 4ZQPA 4ADUA 2R14A 4HPXA 4LVGA 3KOFA 3NQ8A 4FX8A 3NL5A 5HR7A 1EP2A 3W9ZA 3DFNA 1W8SA 5FESA 1W37A 4HNTA 4JX5A 2B7QA 2VOMA 4DPQA 1ME9A 1KA9F 4K6AA 4R33A 4GUJA 5EY5A 5BMWA 3NZ1A 3LB0A 2CLHA 2Y6ZA 4N9CA 1TO3A 3NVTA 4UC5A 2E5CA 1OF6A 1TPWA 2HS8A 3P82A 4LU0A 2XN1A 1A5CA 2WO5A 2NXGA 4NJJA 3NQDA 4O16A 4O4VA 2DU2A 1W56A 1LRTA 3KRUA 1U5JA 1AG1O 3W7EA 2YCEA 4RZ5A 4M6PA 1ZFJA 2PRMA 3EX1A 2YFOA 3T78A 4ZVJA 4PH6A 5KSWA 1HL2A 1OX4A 1WYIA 2YFNA 5FEPA 1RVGA 1LCOA 5AYXA 1KTCA 3C2VA 1K8XA 2C15A 1I2PA 1PHWA 3FJLA 4UXDA 2V0TA 1H7PA 1EA0A 2ZDRA 3LCXA 3A22A 4TX9A 2HMCA 2PRHA 1OYAA 2E1DA 5CGQA 1LOSA 1OYCA 2LLEA 1ZENA 3DFTA 3KRSA 3W22A 1YADA 3OVQA 4WZHA 2Y63A 1S3HA 3ZFHA 3QW3A 3CWNA 5LGZA 3NPUA 3QJAA 1XI3A 2Z6IA 4QNEA 3NG3A 2NUWA 1DORA 1SZFA 4PTNA 4CNNA 3S5NA 4XTIA 3IIOA 4CNOA 2CZDA 4LW7A 1Q6RA 2A5HA 1KBJA 3MP3A 3GB6A 5J5DA 1O4UA 5DBUA 3W2JA 3W2UA 3C2FA 5LNVA 3WFAA 3H53A 3F4NA 3NM1A 4LS2A 5ABTA 1VCGA 3W7IA 4N9DA 4JEQA 3TA6A 4K37A 4Z1DA 5D33A 2GJLA 2QAFA 3W7JA 3CEPA 1LRQA 2FPYA 3HG4A 4YLWA 1NSJA 5AN7A 2G95A 4FHAA 3ELFA 2X1RA 4WOZA 3TW7A 1I2QA 2Z0IA 3N14A 3I6RA 1I2RA 3HG3A 5C54A 4AWTA 2OT0A 1PHQA 3UZ5A 3L5LA 2AQWA 2P1FA 3O15A 2RKXA 4UTMA 2VELA 1H1ZA 3TXZA 1H51A 3UWYA 3AO0A 4M5PA 3NQEA 2P10A 2R91A 4KFOA 4Y8FA 4Y96A 5HR6A 3OG3A 2CWNA 3GZ3A 4RKAA 2C3ZA 3TJXA 4OV9A 4RR4A 1YDNA 2E5DA 2Z1BA 4QISA 2DP3A 2VEMA 1V7YA 5FF7A 1YTEA 2GQ9A 1QOPA 3IRDA 1J5TA 4KKXA 3M7WA 5E0KA 3T7VA 1TJPA 3IIZA 4DF2A 5G5IA 1G6CA 4MJMA 1G7VA 3P8IA 2IQTA 1KTNA 3W7KA 4M19A 2ISWA 4KWWA 5MHBA 2TYSA 1D3HA 3I7SA 2Y7FA 1NAL1 3IIXA 2I1OA 1ALDA 1ZALA 2AGKA 1F05A 3EKLA 3NYZA 5HWNA 1YPIA 3MP5A 3UZJA 1I2NA 4JTTA 2Y62A 3C0JA 5KTLA 1H7WA 4Z1CA 3TFCA 4O53A 5HUPA 1PE1A 1Q6OA 3QM3A 4MFEA 1AW5A 2B4GA 1JCNA 1LRNA 3LRMA 5HWMA 3HIJA 2FIQA 3G1VA 3QC3A 2ZTJA 2I9EA 3BLIA 5KITA 5A5WA 1NF0A 3IIVA 5K3VA 4LVFA 1WA3A 4R34A 3FYOA 5K7JA 3N19B 3O6DA 1GJPA 4FXSA 3UWWA 2NWRA 4UMAA 3CHVA 1KTBA 4HN4A 3QRHA 3IIPA 4WXZA 4AH7A 4PFMA 2QDGA 2PRLA 2GVLA 3KHJA 2E68A 2FPTA 2CZEA 4N4PA 4TIMA 1BKSA 3NQFA 3OBKA 3P74A 1LDCA 3RF9A 3G0SA 1BWKA 1O94A 5LNSA 3LHUA 1R2SA 3S1VA 1HO4A 3W1UA 5EKYA 1K7FA 4JD4A 2H90A 6ALDA 4AEOA 3LCLA 2OT1A 2R8WA 2QCLA 3G0XA 3M5XA 3EB2A 1ME8A 1PCWA 1LZOA 2ZQ0A 3EX2A 2NWSA 3LXAA 3C8FA 1TYGA 5AOUA 1WDWA 5LHFA 1A5AA 2XN0A 3TAOA 3W1AA 1EP1A 4OWGA 3Q94A 4TO8A 2EPHA 3H54A 1NVMA 3DAQA 2EKCA 3BGJA 3TIMA 2FPVA 3T40A 1PVNA 2BXVA 2QR6A 1XKYA 3TX9A 2EAWA 4NUWA 1W5MA 5I3HA 1J4EA 1GOXA 4GNJA 3WK1A 3LCHA 3E12A 3GXNA 4R7JA 4IPJA 5DLCA 3LX9A 2VFEA 3B8DA 4UTKA 2Z6JA 3I65A 1A5SA 1M7PA 1JUKA 4HSNA 4BR1A 2GJNA 1OX6A 3C2EA 3G1AA 4M6QA 4MZ8A 3W71A 4ADTA 4QSHA 2XFWA 2V5LA 3O16A 4GRSA 5C6MA 4NX5A 3OEXA 1C8VA 1DKWA 3UYCA 3IVTA 3LI0A 1ZAIA 5G2IA 3W85A 3TSMA 1GT8A 3PBUA 1DV7A 1VYPX 1PS9A 4DXVA 1JVNA 4A2SA 1TQXA 1SZGA 3IGSA 2XN2A 3FKKA 4LWWA 3TCEA 3PY2A 1AMKA 4BI5A 4RX0A 1C29A 2HSAA 3I7QA 3YPIA 4LY8A 3EWYA 4O18A 1ME7A 1ADOA 3QH2A 4O17A 1OABA 4WOQA 4LS0A 2GOUA 3BPWA 3BW4A 2DJXA 2V8ZA 1TREA 2QCGA 4BF9A 3R13A 2ZRWA 3UPWA 1U83A 4NX0A 2QJHA 4AB4A 1P0NA 4TMBA 1EX5A 1XC4A 4Q32A 4GC4A 3G8EA 3R2GA 3NDOA 3VFLA 2CLOA 4A21A 5CSRA 2Q8ZA 2ZA3A 3LCFA 3W83A 5D2XA 3QYQA 4MY8A 3LV6A 3O8AA 4UFHA 2BTMA 4Y90A 1KFKA 4OT7A 4UTHA 3GR7A 3QPYA 1IIHA 2ATMA 2E6FA 1VC4A 3L65A 4K38A 4C1KA 1RQHA 1KV8A 2QCFA 1H62A 1YXYA 2Q8LA 3DHFA 1ML1A 1SPQA 1XUZA 2H8XA 3GXPA 1O60A 3G18A 5CPLA 1JUBA 4DBDA 1W5NA 1CW2A 3DI1A 1GTEA 2X1UA 2V2HA 3BV4A 5BW6A 3MHUA 3TXVA 1B4KA 3NAVA 1FQ0A 4K7YA 4ZQMA 4HHPA 5FF0A 3JRKA 4FX7A 1SSDA 1VQTA 4MFDA 3G24A 4Z1BA 2A7RA 1UB3A 3LM7A 3NZRA 3G0UA 4I7VA 4LS1A 3IVUA 4O11A 2W6RA 5LNWA 1KM0A 3NA8A 1H1YA 1AW2A 1OFEA 3F4WA 3G1XA 1ZNNA 3N2XA 4RJEA 5EYWA 3UWUA 1RZMA 4M7SA 4JN6A 1L9WA 3PWAA 4ZZ9A 4NJKA 1JCYA 1NF7A 4OGZA 2WNZA 2ZZ7A 4O12A 1XBXA 1ICPA 4LRTA 2WV8A 5AHFA 1VLWA 1F7BA 1W1ZA 2YSWA 2G97A 1FCBA 2OCZA 3HO8A 3NL2A 3WJSA 3Q58A 4IOTA 4J9JA 1LBFA 1TSIA 1LM1A 3EEGA 3LBMA 2A21A 3B4UA 3EWUA 4CCCA 1DOSA 3TUUA 2J24A 3VE9A 2WKJA 3PVFA 3SECA 5BRBA 3GYEA 3MW7A 4ORIA 5KZEA 3EXTA 1P4CA 3G8RA 4WY0A 3QW4B 4X3ZA 4EIVA 3FLUA 3GX9A 1F76A 4QAIA 3LHZA 4MLRA 1C9DA 3LHTA 1EWEA 5K2ZA 1A5BA 2JK2A 4EF9A 4JTEA 4I9AA 2H6RA 4MLJA 4LUJA 4AMAA 1M5WA 4K7VA 3QQ0A 3GK0A 3GR8A 4UR8A 2GVJA 2J9YA 3BW2A 3ZWSA 3U2OA 4UNKA 2ATSA 5AB3A 4IWWA 5L9FA 3QZEA 1Y0EA 2ZZ2A 1MEWA 3C2OA 4LTSA 3KXQA 3TAKA 2VFGA 4X9SA 1VR6A 2YW4A 4NJIA 1XL9A 1YXDA 3LRKA 3DENA 3NGJA 2DZSA 5LZLA 4OU1A 3TQ0A 3I7RA 4UTIA 4AHOA 1EPXA 3L66A 4U4MA 3SJ3A 5F2LA 4IX0A 4AHQA 3M0ZA 4O19A 5CZ0A 3O05A 2ZA2A 1DQWA 3CIXA 3BG3A 3TV8A 3NOEA 4FNRA 3IV3A 1X8FA 4O8RA 3EWWA 4GFSA 1T8XA 5IBXA 2O7SA 4QQ3A 8TIMA 2B7NA 4ZQCA 3C4UA 3DFSA 1FY6A 4AVFA 1OFDA 4FNQA 4WX2A 3EWZA 1FWTA 3FS2A 1FWNA 1W3NA 4BI7A 3EX6A 1VLIA 2TPSA 3CM4A 1N7KA 1F6KA 3KVJA 3W7HA 3S1WA 4E0CA 3M41A 5L6UA 3UD6A 1XCFA 3W73A 3W86A 3L67A 3EXSA 3N2MA 2FLIA 5FF4A 5U7SA 5FEZA 2YDAA 5AHLA 1WQ5A 3TE9A 1H7RA 1R46A 5K4XA 1K7XA 4I7UA 1GEQA 5AHIA 4CCEA 3GLCA 3JS3A 1XUUA 1ZCOA 2KZHA 3N9RA 3MO7A 4DF0A 4ZQOA 2B7OA 2VFDA 4KFNA 1VH7A 4TMCA 4P2VA 3IVSA 4CNPA 4NNAA 1FCQA 1KBIA 5HULA 4RXFA 1KM1A 3TROA 3TU9A 3DKJA 2PURA 4O1BA 2C16A 3ABSA 3GAKA 4DQWA 4GBUA 4XBKA 2WSYA 2D73A 2E77A 3ZR4A 3DI0A 1VYSX 4XUGA 1EUNA 4NZJA 4FXRA 1KFJA 3PB2A 2B7PA 5BOOA 4DF1A 1SZNA 2YXGA 4XBSA 1RQBA 3UXDA 1GYNA 2CLMA 2DZTA 1NFBA 3NQCA 3PBWA 1GWJA 1XDLA 4FF7A 3HPZA 1TIMA 1KFBA 3S1UA 1VRDA 3G1DA 4IPIA 2VKZG 5AHEA 3RLUA 5D2YA 3DFQA 3CPRA 1O95A 1KLZA 1QO5A 3LCIA 3EWXA 1JR1A 1UCWA 5FEXA 4Z0SA 5F1VA 5F4WA 4S1FA 1BTMA 2C13A 1N55A 3LBCA 4LNYA 1B57A 3CWOX 1O5KA 5CPMA 2QUVA 2E09A 1LLZA 3TNOA 4JTIA 4UTWA 2DZWA 4P61A 5F2IA 3NPVA 3O6YX 4FX6M 3D0CA 4LVBA 1R30A 4O1DA 1KFCA 4JR5A 3S1XA 2BLEA 1G7UA 2E6DA 4O50A 3NO5A 1RPXA 4X2RA 3S0CA 4MY1A 1K03A 3W72A 2Y61A 2RFGA 1RQEA 3HB9A 1PCKA 2C18A 5TIMA 3WJWA 4GUIA 1TTQA 5CPNA 3TK7A 4IGHA 4N02A 1BWLA 2R94A 3ANYA 1OX4B 2WOQA 3L21A 1JRBA 3LRLA 1EIXA 2C14A 4JTLA 1H61A 3ATYA 3B04A 3PS7A 1FUYA 5H2ZA 2QUUA 1X1OA 4G1KA 3THQA 4H3DA 3WJZA 5AC6A 1XBZA 4RZ4A 1YLVA 3B0UX 2TSYA 2V2DA 5D30A 1GVRA 3QMSA 4LC6A 4EF8A 1OFQA 3P80A 1GVOA 1R2TA 3LXBA 3UWZA 3IGUA 1T0OA 4MYAA 3QF0A 4ADSA 3B03A 3G1SA 3W7DA 1IXQA 2AAMA 4JTKA 1AL8A 3UQNA 5CSSA 3PM6A 3LERA 4JNMA 3W87A 4NZFA 1L6YA 4LV9A 5EL1A 1BEUA 3RFAA 2EGZA 1E51A 3TR2A 1LBMA 1VHCA 3C56A 3TQKA 3WK3A 4DEFA 2NUXA 3NQ6A 4JTHA 2PCQA 3LV5A 5CZTA 4UUIA 1QOQA 1M6JA 5D03A 4FO4A 5DXXA 3W1LA 3G3MA 3ZWTA 3HGRA 1QPOA 3B0VC 1TPEA 2RDUA 3P7YA 1VPXA 4HKPA 3SGUA 4WY0F 4KWVA 1ONRA 4DELA 4U28A 4ML9A 5F1UA 3A21A 5HWJA 2A85A 5G4WA 4MIMA 2VFFA 2Q3RA 2VXNA 4WXYA 5EBUA 1I4NA 1S5TA 2QCNA 3W76A 3W88A 1W3TA 1TRDA 2BSLA 3LCGA 1K8YA 1TJRA 2P0OA 3HPXA 3LI1A 4PL2A 3LDVA 4PODA 5DELA 3S9YA 2A7PA 2RH9A 4FNTA 4ALDA 2CLFA 3PG8A 3G1HA 4LT9A 1B4EA 1G67A 1XBYA 4JIPA 1NEYA 3PC0A 1RV8A 4HNNA 3TSDA 1GPWA 1EEPA 1YPFA 2A6NA 4O10A 3O63A 3ABOA 2WPBA 1ICSA 4JY8A 5SWUA 1D3GA 3SFKA 2Y85A 4HNVA 3W3OA 1H7OA 3HJZA 4NT0A 2FDSA 3L2IA 3P62A 2QCEA 5K9DA 5DY3A 2YW3A 4PA8A 3L0GA 3MP4A 4M7TA 3SGZA 1WV2A 4UTUA 4JTUA 1FXQA 1TPC1 2QDHA 4FNPA 2H8ZA 4POCA 5IBXC 3Q37A 1MO0A 3DFOA 1X7FA 3FKRA 4N9BA 5KINA 3KVMA 3W1XA 1YYAA 2DORA 3M43A 4FEZA 3TSBA 2YR1A 4MZ1A 3W7NA 1JUEA 1LLWA 4LVAA 2Q3OA 3E9AA 3NXFA 3FYPA 1KFLA 3NPWA 5A8GA 3NQAA 2CLKA 3ABRA 2QUTA 2YX0A 2VEIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2V3E A;  2P3E A;  4GX9 A;  2IQD A;  3T2O A;  3EDJ A;  5A95 A;  2ZRZ A;  5D2T A;  4NYU A;  1OB0 A;  4G7E A;  2RAG A;  3RCN A;  4LVG A;  3GW3 A;  3NL5 A;  4JX5 A;  4DPQ A;  1ME9 A;  3MKK A;  3CJP A;  3MDU A;  1GKR A;  2CLH A;  4N9C A;  1TO3 A;  1CLK A;  1B54 A;  1GOR A;  2OZT A;  1VPY A;  5IXE A;  1E40 A;  2C91 A;  4BEQ A;  4NJJ A;  1NFG A;  3CHD A;  3A3H A;  1U5J A;  1AG1 O;  3VOJ A;  4JPG A;  4RZ5 A;  3PPC A;  2BHZ A;  4L1X A;  4F4R A;  3W28 A;  3EX1 A;  3T78 A;  3TN5 A;  4Q8W A;  3BLK A;  4PH6 A;  4B5X A;  1OX4 A;  3FXG A;  3DFH A;  2Y24 A;  5FEP A;  1E73 M;  2QJJ A;  3DG6 A;  3TVA A;  5CLW A;  3JZU A;  4KRZ A;  1PZ0 A;  1EA0 A;  2ZDR A;  3MS8 A;  3H22 A;  1OYA A;  5CGQ A;  1EGM A;  1GW9 A;  1X38 A;  4I9T A;  4WDX A;  2LLE A;  3DFT A;  3RPM A;  5DX7 A;  2Y63 A;  4ILS A;  3GTN A;  3NPU A;  2BOE X;  3QJA A;  1XI3 A;  4US5 D;  4NZ1 A;  4PTN A;  4CNN A;  4CNO A;  3M64 A;  2A5H A;  4ICM A;  2I56 A;  1KBJ A;  4WDU A;  5J5D A;  2GLK A;  3EDF A;  3PTQ A;  1E6N A;  3NM1 A;  3ZLG A;  1VCG A;  4GBD A; 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