4GXPA

Chimeric family 1 beta-glucosidase made with non-contiguous schema
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
456
structure length
456
Chain Sequence
KKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIFHWDLPFALQLKGGLLNREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITFNEPLCSAIPGYGSGTFAPGRQSTSEPWTVGHNILVAHGRAVKVFRETVKDGKIGIVLNGDFTYPWDAADPADKEAAERRLEFFTAWFADPIYLGDYPASMRKQLGDRLPTFTPEERALVHGSNDFYGMNHYTSNYIRHRSSPASADDTVGNVDVLFTNKQGNCIGPETAMPWLRPCAAGFRDFLVWISKRYGYPPIYVTENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAYIGAMVTAVELDGVNVKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase Chimeric protein
publication title Chimeragenesis of distantly-related proteins by noncontiguous recombination.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 162
structure length 456
sequence length 456
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2012-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4gxpA00
5E9AA 1OGGA 1LL4A 4HP5A 3W27A 3WD0A 3W29A 1DP0A 3CZLA 3MO4A 3PZOA 4PMUA 4B15A 1H41A 2XPKA 3JUGA 1UR2A 4N42A 5E0FA 4A3HA 4HZ7A 2XFFA 3GBEA 4PBGA 3AQUA 4MJ2A 4KMQA 3T2PA 1EOKA 4GO8A 1B30A 3WF4A 1R86A 3VGEA 3MSGA 5A6LA 3AYSA 3SCVA 3WNLA 2A3BA 1E70M 1MFVA 1UD2A 3ZO9A 1O7AA 4HTYA 1CTNA 1ECEA 3HU7A 2WMIA 1OINA 1QI0A 4W5UA 3WNKA 3AXIA 1MWOA 1VJZA 3ARPA 3UR8A 4AY1A 1J9YA 5D4YA 3D3AA 1QI4A 3M46A 4BS0A 3KE0A 3O2LA 3UG3A 2YL9A 5I3DA 3OLIA 1KR1A 3OZOA 3WKZA 4E4PA 1JF5A 1LG1A 1PEZA 2OYMA 3OZPA 3HMCA 4Q22A 3N15A 4KRUA 4D6FA 1DTUA 5AC5A 2J62A 4GKLA 3VD7A 5A6BD 1FHDA 3KL5A 3ZSTA 2V5CA 1RP8A 1ESWA 1C3FA 3BAWA 1W3LA 3AICA 3L4UA 4BQ5A 4IUGA 2NT0A 3AIBA 2J78A 3I3EA 3DHPA 1GJWA 1GW1A 3WL1A 3WF2A 1AMYA 4GZEA 4FLOA 3UG5A 3WEZA 3IJ7A 2GFTA 5HNNA 3ZJ6A 1NOWA 1H11A 4ACZB 3ALFA 8CGTA 5LA1A 4HMDA 1BLIA 1C92A 2CBJA 1UR9A 2XUCA 1XRVA 1UOKA 4CVUA 5KZ6A 3KEHA 4D6JA 1FH8A 4CD4A 1FFQA 5M17A 4YHGA 2VX5A 2J8GA 2ZUNA 3ARZA 1BYBA 4X0NA 1BAGA 3VIHA 5JIPA 4AIOA 1XH2A 3FXYA 4TVUA 4WK9A 4J3UA 4HA3A 3VIFA 4W8LA 4AZ6A 2DIJA 3RM8A 2JALA 1JZ5A 3QHNA 1XH1A 4U2YA 1WKYA 3L4ZA 2ZICA 1GZJA 1IV8A 2BY2A 3A4AA 4KWUA 1VRXA 3VD5A 1FH9A 2WHKA 4PTMA 2OYKA 2BXYA 1UR8A 2DPEA 2WHLA 5A6MA 1Z32X 2VZTA 1V0NA 1OCQA 1OGBA 4TOQA 3FHAA 1H4PA 1FP8A 4V27A 4UZUA 2WM0A 4AMCA 4ZXLA 1W1PA 5E09A 5DT5A 3L4WA 2GJXA 3LPFA 2D1ZA 1JAKA 1TUXA 5CSUA 1E3ZA 3LPGA 1R7AA 5ABHA 1MW0A 3W38A 1WDSA 3WNOA 5A8NA 3OBAA 2W67A 2NW0A 1QVBA 4UFMA 3ARUA 1UH4A 2E3ZA 4HA1A 4E8DA 4AD5A 2C7FA 1QNPA 4M1RA 1V3HA 4P7RA 2QHAA 1YQ2A 1EXPA 1MQRA 1UZ4A 4W88A 2YDQA 1K9FA 1TA3B 3WUEA 4E8CA 3GXDA 3VGDA 1J0JA 2VNCA 2ZWYA 4CD6A 2WNWA 4MNMA 4CU7A 3MV11 3VIPA 3ARRA 1C8YA 2QLYA 4PMZA 1NQ6A 3DYMA 3RO8A 1E3XA 2WAGA 1ZU8A 4WF7A 3CLWA 4UQAA 3WQ4A 3AMGA 4C7GA 3EDFA 3VDCA 1NP2A 5BRQA 1IT0A 2XFRA 2O9RA 2Q8XA 2YL6A 3W25A 4CD8A 5CPTA 5HDRA 2ZX5A 4DWSA 1JZ3A 4D6IA 1E6XM 3N13A 4U31A 1HKJA 1QNRA 1BYDA 4S3JA 5A2BA 2FH6A 1H5VA 4QLLA 4KGJA 5BXSA 1W9XA 4CUCA 3UETA 4PEEA 4BZYA 2O9OA 1VEMA 3WDRA 3BSGA 1HVQA 1XCXA 2WCGA 3VILA 1M03A 5HPCA 2Z1KA 5A6KA 5D9MA 3WH6A 5A6SA 1ITCA 3MMUA 2VI0A 3VIGA 4HPGA 3CZKA 3GDBA 1J0KA 4JFUA 4M56A 1WZLA 2Y5EA 3NJ3A 1E6SM 2DSWA 1WB0A 1CPUA 4AEEA 4W84A 1JXKA 3EMZA 5C70A 2A3EA 2WANA 1KGUA 1US3A 1V08A 1X6LA 5C8BB 7TAAA 3N17A 2CYGA 3WH5A 2W63A 1OIMA 1B3XA 3AIVA 7CGTA 1QOXA 3QOMA 4DM1A 1UH3A 1Q6DA 3WH9A 1JYVA 3AIWA 1NOFA 3PZMA 3WBAA 3T09A 1M7XA 3VNZA 2OYLA 3HN3A 2J7CA 1YHTA 4ZENA 4CGTA 4BQ4A 1HJWA 4PMRA 1FH7A 2BHUA 4PTWA 1VBRA 4CD5A 4JHOA 5D8ZA 3SCWA 1IZJA 1V6XA 3NSNA 2X05A 1UA7A 4DM2A 1PBGA 4GXPA 1Q6GA 3AZRA 2VTFA 3WD4A 3KL3A 1KBBA 5I2UA 4JCMA 3OGRA 4AW7A 1JD9A 2GDUA 2O92A 1CNVA 1CXKA 4J3XA 1DWIM 2E9MA 3SUUA 1MXGA 3WQ6A 4J3TA 2JIEA 3GNPA 5IXEA 4LPCA 3SCPA 4D6GA 4EK7A 3O9NA 1PPIA 3ALGA 1J0YA 3BLPX 3A6OA 2VVSA 3CMGA 4WKHA 3WNMA 3HJEA 1V3JA 1CXEA 4MJ4A 4A3YA 4HOWA 2CBVA 1UH2A 4D71A 1EHAA 4WKFA 2IXVA 1GOWA 2QV4A 3B8SA 1K9DA 1VFFA 1QW8A 5A2CA 1WDQA 4IPNB 1OGSA 5E0CA 1KXQA 2EQDA 4MPKA 1WCGA 1A3HA 1UKQA 1V6YA 2GVYA 1GOIA 2ZXDA 1EQCA 3WY1A 3GH7A 3WDIA 2ESCA 1JYWA 2WZEA 3L4YA 4W89A 3AFBA 4UFHA 1HXJA 3AHTA 3G6MA 3UESA 2Y8VA 1JDDA 3CHCA 3MMDA 3WDPP 3AMLA 4DUVA 3M07A 5IFPA 3UG4A 2X1IA 3VGHA 1GORA 4F66A 3EDKA 5ABFB 3FAXA 4JFSA 3TP4A 5BROA 1GUVA 3MKKA 7A3HA 1CENA 2VX6A 3BMWA 4MNJA 1WDRA 3IJ9A 5A8QA 1VBUA 4AWEA 1TCMA 2WBKA 3ZMRA 4GI8A 4MAVA 5BRPA 1UD5A 2E0PA 4PMVA 1V6VA 2WHJA 1W9BM 3CTTA 1I1XA 2ZX9A 4AIEA 1B2YA 1JXJA 4P7QA 5E70A 3BAIA 1UWTA 1DEDA 4PSRA 5FD0A 1LL7A 4JFWA 1SMDA 3VDAA 1FHLA 1UKOA 6CGTA 2F2HA 3PTQA 1CGYA 3QHOA 4MDOA 3WNPA 4Z2LA 1CZ1A 2UY5A 4HMEA 2C0HA 1BSIA 2D20A 1EA9C 3DECA 1AQ0A 2CIPA 3WELA 2CPUA 2PWEA 3WBEA 3WUGA 2GJPA 3FAWA 3NYDA 4U3AA 4AISA 2XFYA 4U2ZA 2FHFA 2V3GA 1V02A 3MMWA 4W5ZA 2YA0A 3K8KA 1E6RA 2YA2A 2V3FA 1FFRA 2G3JA 1HNYA 4Z2KA 1VFMA 2VJXA 1HF6A 3VPLA 2ZIDA 4F79A 2E4TA 1Y7VA 1WP6A 1HKIA 1MXDA 2WVTA 2ZUUA 2VCBA 1K6AA 3F5KA 3ARXA 2WB5A 4UFIA 5LA2A 5A6JA 1E72M 1JZ8A 2CEQA 4J7RA 4K68A 1V3LA 4NRRA 4W85A 4WLCA 3W81A 3WD2A 3FNDA 3K1DA 3ARTA 4H8VA 4RE3A 1NM9A 1JFHA 4NI3A 1HX0A 1HKMA 4HA4A 3EDDA 2BVYA 1UKTA 3SCQA 1E0WA 3FY1A 4CVWA 5A8OA 2EPMX 1KWKA 4D72A 2X2YA 4ACZA 1HN1A 4KGLA 1CGXA 1WZMA 1ISWA 2XGBA 1KCKA 2YDRA 4ZFMA 1GOOA 1MYRA 1UZ1A 3CBWA 1WPCA 4BQ2A 4OOUA 1E4NA 5A6AA 1V6UA 1MQQA 1J11A 2J79A 3SUWA 5D9PA 1BG4A 1SFSA 3VKKA 1W3HA 1D2KA 1L8NA 3SCTA 4B9YA 3VIOA 5DMYA 3NUKA 4LX4A 1WZKA 4ATLA 3W37A 3NSXA 4XB3A 5E6YA 4QP0A 4BA0A 3AZTA 1D3CA 1CEOA 3J7HA 2J8FA 1GQJA 3THCA 1XV8A 5M03A 1ISXA 1BGAA 4QFUA 3VM5A 3BLKA 2Z1SA 3IANA 1HP5A 3TTYA 1H49A 3RJYA 5D9NA 2D0FA 3W82A 1KXVA 1UWRA 2XSAA 1GOMA 1DWAM 2IUZA 1JI1A 3AMDA 5DO8A 4QCFA 2DH3A 3CHDA 4JFTA 3WMCA 4C7FA 5CLWA 1UUQA 2J75A 1JNDA 3VNYA 5A94A 3F5LA 2DSUA 3ARVA 3DYPA 2EXOA 2E9BA 2FGLA 1H2JA 2J77A 2BHZA 4D6DA 5I77A 3GZAA 5JBDA 2PWFA 1KCLA 2O9PA 5HPOA 1V03A 1J0ZA 1UYQA 2OLHA 4UQEA 1UQYA 3VTRA 4UQ9A 1UD3A 1WAWA 3SCRA 4ZE4A 1TA3A 2EO7A 2ZXAA 1BYCA 2PBGA 5AYIA 1UWQA 3VMPA 5LYRA 1E56A 4B3LA 1V3KA 3BH4A 4M8UA 5EB8A 1H1NA 1ZBCA 1GPFA 5A8MA 2D3LA 2Y2WA 1CDGA 5BYWA 2G4FA 2CITA 2VUYA 4CKQA 2HISA 3AS1A 2E8ZA 3SCSA 1ODZA 3AXXA 3EMQA 4PMXA 3GM8A 3AHYA 1JZ4A 3ARWA 4W8AA 2WYSA 4D1JA 2VZOA 3U7BA 5EBAA 1G0CA 1UR1A 1HKKA 2WW5A 2OWXA 1OIFA 1OT2A 3CMJA 1M04A 1E6PA 4URIA 1PIGA 1QNQA 1WNOA 3WQWA 3SCOA 6A3HA 4WSKA 4H8UA 1LL6A 3E1F1 3VGGA 2GK1B 3CO4A 1CWYA 3VM7A 4R27A 2V3DA 3GXIA 1LJYA 1HL8A 2CCRA 3ZJ8A 1ISYA 4JFVA 2DIEA 1EIBA 3CUFA 4Z2HA 3QR3A 4EANA 3OG2A 5FL0A 5AC4A 2WVSA 3BC9A 1W2VA 4PCTA 5JBFA 1AVAA 4P7NA 4TX8A 2ZE0A 4X0VA 1C8QA 3W0KA 3ZM8A 2BFGA 5DT7A 2XJ7A 5TD4A 4LYRA 5GQBA 4UTFA 1UR0A 2X09A 4DUXA 3U5YA 1NP0A 4AZHA 1AQMA 1MFUA 4RE2A 9CGTA 5DFAA 4UOZA 3BMVA 3SEPA 2WZIA 1LG2A 2CERA 1OB0A 2WLYA 1BTCA 2FHCA 3L2MA 1E0VA 1EDTA 4H7VA 3CZGA 4P8UA 3NSMA 4AIUA 2W62A 1MW2A 3WF3A 4TX6A 5CPQA 4TTGA 5CPSA 2YJQA 1OD0A 5BWFA 2W4XA 3VMNA 4GZJA 2GDVA 1CXHA 3AIUA 1ISZA 4TVDA 1DWFM 3PZIA 1B3ZA 1OM0A 4IPLA 5A1AA 1E55A 3AJ7A 4W7WA 3VIJA 4NZCA 2DEPA 1GJUA 1XYFA 1KFWA 5CSYA 3NCOA 1B3YA 5GNYA 2JFEX 1CGVA 3WEMA 1NH6A 4GQQA 3MSDA 1XSJA 1VEOA 2UWFA 1GONA 4UOQA 4UNIA 5KEZA 2D3NA 3AIRA 1ZBWA 1XD1A 1C90A 5GPRA 2A3AA 4QAWA 1E6ZA 5EFDA 2WK2A 1XHGA 1QI2A 3OA5A 2VX7A 4DUWA 1Q6FA 3CHEA 1ZS2A 4GO9A 3WDJA 1Q6CA 1VB9A 1J01A 4GINA 2XM2A 4M24A 5F7UA 2YLAA 1F4HA 1BFNA 3AS0A 2JEPA 1RP9A 3WIJA 4IM4A 1IZKA 1OWQA 2PWHA 2E9LA 3CHFA 3QOKA 1G5AA 2XYLA 2GJRA 3VIKA 2EBNA 2FGZA 3VX1A 5ABFA 5A8PA 3PZGA 1OD8A 1E6NA 3ZT5A 4UFKA 1JYXA 2A3CA 2MANA 4NRSA 1GQKA 2WMHA 2AMGA 2ZUWA 2BVDA 3CH9A 3PZQA 2WLZA 2ZX6A 2VOTA 4AD1A 1EQPA 1B1YA 3WL0A 4D6HA 5M3WA 4J27A 1KR0A 3T2QA 1EH9A 3AHVA 1H0GA 1WO2A 4OBRA 3PZ9A 4CU8A 4CU6A 3MS8A 2WBGA 4F9DA 4WJXA 2XIIA 3AYRA 3B9EA 1H09A 1OT1A 2WWDA 4W86A 2D22A 3BCFA 3OB8A 4JAWA 3N1AA 3PZTA 1TFVA 3AMKA 5I0DA 2BY0A 3A47A 2XWDA 3VD3A 2CESA 1CXFA 3PN8A 3MU7A 3B9DA 2XVLA 5HOSA 3EDEA 1I1WA 1H3GA 2WC7A 3PZVA 3WNNA 3BCDA 2WMGA 1XGZA 4Z2JA 1BPLB 3WDHA 1UKPA 4HOXA 1QW9A 1LWHA 1W1TA 1C7TA 1CXIA 1B3VA 1QNSA 2Y8KA 4UZSA 3OLEA 2JEQA 4NSBA 3U57A 2J7GA 4AD4A 1PJ9A 4QCEA 3CUGA 3POCA 3RM9A 4E2OA 3BAXA 1BF2A 4MAZA 3W24A 4D6EA 3VO0A 2F61A 4GIAA 4UR9A 3WF1A 1PAMA 1DHKA 2ZXQA 2UY4A 3VU2A 1E6QM 3F4VA 4LXFA 3TTQA 5JUVA 1M01A 3N18A 1KXTA 1W9PA 1E4LA 1UD4A 4PMDA 2X0HA 4CD7A 1EGZA 4L4OA 3OLGA 3EDJA 5A6BA 2VMFA 4ATWA 5CLTA 3WF0A 4JL1A 1E15A 5AY7A 3ZT7A 3VVGA 2JIWA 4BF7A 1V0LA 3L4TA 2ZUMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E9A A;  1OGG A;  1LL4 A;  4HP5 A;  3W27 A;  3WD0 A;  3W29 A;  1DP0 A;  3CZL A;  3MO4 A;  3PZO A;  4PMU A;  4B15 A;  1H41 A;  2XPK A;  3JUG A;  1UR2 A;  4N42 A;  5E0F A;  4A3H A;  4HZ7 A;  2XFF A;  3GBE A;  4PBG A;  3AQU A;  4MJ2 A;  4KMQ A;  3T2P A;  1EOK A;  4GO8 A;  1B30 A;  3WF4 A;  1R86 A;  3VGE A;  3MSG A;  5A6L A;  3AYS A;  3SCV A;  3WNL A;  2A3B A;  1E70 M;  1MFV A;  1UD2 A;  3ZO9 A;  1O7A A;  4HTY A;  1CTN A;  1ECE A;  3HU7 A;  2WMI A;  1OIN A;  1QI0 A;  4W5U A;  3WNK A;  3AXI A;  1MWO A;  1VJZ A;  3ARP A;  3UR8 A;  4AY1 A;  1J9Y A;  5D4Y A;  3D3A A;  1QI4 A;  3M46 A;  4BS0 A;  3KE0 A;  3O2L A;  3UG3 A;  2YL9 A;  5I3D A;  3OLI A;  1KR1 A;  3OZO A;  3WKZ A;  4E4P A;  1JF5 A;  1LG1 A;  1PEZ A;  2OYM A;  3OZP A;  3HMC A;  4Q22 A;  3N15 A;  4KRU A;  4D6F A;  1DTU A;  5AC5 A;  2J62 A;  4GKL A;  3VD7 A;  5A6B D;  1FHD A;  3KL5 A;  3ZST A;  2V5C A;  1RP8 A;  1ESW A;  1C3F A;  3BAW A;  1W3L A;  3AIC A;  3L4U A;  4BQ5 A;  4IUG A;  2NT0 A;  3AIB A;  2J78 A;  3I3E A;  3DHP A;  1GJW A;  1GW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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