4IOTA

High-resolution structure of triosephosphate isomerase from e. coli
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEMYIDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIVKAAEAAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 94
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iotA00
5D2WA 3W70A 3WK3A 1WV2A 4DBDA 3G1FA 5C5YA 2IQTA 2YZRA 3PB2A 1NAL1 2GVJA 2CLIA 1EP1A 4LC6A 3IGXA 4L4LA 1FXQA 3MYOA 3CEPA 5AN7A 4U28A 3NQMA 2ZFAA 1K03A 3C8FA 4UTKA 4O19A 2Y70A 1ME7A 5LHFA 3M5YA 4ORMA 5A8GA 4M19A 3W84A 5AOUA 2G5WA 3O16A 1F73A 4N4QA 3W1QA 2WSYA 3O6DA 2B0MA 1ME8A 2E5BA 5HR6A 3WJWA 4Y96A 3DXIA 4CQAA 1A53A 3NPVA 1LDCA 2ZTKA 3GYEA 2E6YA 4MY8A 1I8JA 2J9ZA 3CIWA 4AHQA 3HPXA 4EIVA 2QCDA 3VE7A 2XN1A 4DELA 2YX0A 4WZHA 3C2VA 2WNQA 2WSRA 3W73A 3NQCA 4RZ4A 4M6QA 2F7FA 1F5ZA 3TH6A 4JTGA 2YW3A 1FCVA 3HBLA 2B7PA 3A24A 4PFMA 5LNSA 1WOAA 1GEQA 4WY0A 4FNSA 1SSGA 2DZTA 3W2NA 4OE7A 3NDOA 1R2SA 4AHOA 2BLEA 1TTIA 1VZWA 2VFEA 4CCCA 1CX9A 3G0UA 3HIJA 4GUJA 2JKEA 4R33A 4C1KA 4MY9A 3W76A 4RZ6A 1U5JA 3DAQA 3GXPA 5GVJA 2ZRYA 3V1PA 3UPWA 3L2IA 2VEKA 2YCEA 3TE9A 4N6EA 1JUKA 3LCWA 5G1TA 3KVJA 2Y89A 3QJAA 3UPBA 2DZWA 3W3OA 1H63A 1JCMP 1H7XA 7TIMA 5AHNA 3C2OA 2VEMA 2ZA2A 3LCXA 2YYUA 3LXCA 3EX2A 3F1QA 3P84A 5KINA 2J9XA 3RMJA 1VYSX 1LRNA 2CLKA 5LNVA 4BF9A 1I45A 1OFDA 2NLIA 4ZQCA 4BWLA 2P0OA 3NGJA 4UMBA 4JR5A 5CZSA 4AEOA 3DKLA 5C55A 1QOPA 2NX1A 1DJQA 3MP4A 4BFAA 4KKXA 3HGRA 1SUXA 3NQDA 3TFXA 3GR8A 4JD4A 2Z2UA 1RV8A 5D09A 1TPDA 4A3UA 2HMCA 3QYQA 4DPPA 1A5CA 3O15A 5G4WA 3W7OA 3W7JA 2QCLA 3TAOA 2I1OA 3C2FA 2AAMA 3UWVA 4KWWA 2TSYA 3CB8A 1MEIA 4JDBA 3MYPA 3M47A 3OA3A 5I3IA 3C52A 4UFKA 3ZFHA 3W1RA 3RNDA 2ISSA 2I14A 5AHEA 4QQ3A 5F1VA 2FPYA 5K9CA 4HNTA 3EWWA 4TO8A 4H4IA 4TU1A 3B05A 4ZQRA 1XKYA 1VCVA 4UNKA 4JGDA 3P5YA 3U6WA 3I6RA 1KA9F 2GQAA 1L9WA 3E49A 1JRCA 4GNJA 2Y85A 2ZRUA 3TIMA 3QW4B 3IIVA 3ATYA 4X3ZA 1DL3A 1W3TA 3B0VC 1JR1A 3HG3A 3W74A 3TR2A 1HTIA 3W6YA 1M6JA 3P8IA 3OVQA 4QITA 1C9DA 4MZYA 3TCEA 1N55A 1YDNA 2WV8A 3NQGA 4LU0A 3G0SA 1KFKA 3FJLA 2C16A 1LORA 3PBUA 3GX9A 1TPB1 3UWUA 5D32A 4O13A 1F6KA 2CFFA 1I2RA 1P0NA 3NQAA 4XBKA 1GVQA 1XDMA 1TV5A 5F4XA 4AF0A 4AWUA 2ABBA 1G4SA 2QCDB 3W7HA 3TMLA 2H8ZA 4CQ8A 2H8XA 3P81A 3R13A 2RFGA 3W1XA 3KFTA 4UFJA 4UMCA 5U7SA 2OMAA 1U83A 4UC5A 2R94A 4M7SA 3GXNA 1TSIA 1JQXA 4UFHA 2CLMA 1WQ5A 3NQ6A 3HPZA 4ADSA 5KTLA 1GVRA 2O7QA 1F74A 2EKCA 3EKLA 3W1TA 4WY0B 3W7RA 2NX3A 4MJZA 1LLWA 3N9SA 4ADTA 3TUUA 4AB4A 3W1LA 1LP6A 2ZBTA 3LRLA 2PURA 2WO5A 3IV3A 2VKZG 4JTTA 2QR6A 3DFNA 3GXTA 3SZ8A 2NWRA 3QQ0A 4E0CA 1SO6A 3W07A 3W7MA 2ISWA 3W71A 3PAJA 5F2MA 5D03A 1W1ZA 4UFIA 5G4EA 4OHQA 1I2NA 3LHUA 1R30A 1TO3A 2CLLA 4YLWA 3PUEA 4Z1DA 5D37A 1S5WA 2JBMA 5U4NA 1VH7A 3QMRA 4JNMA 3GKAA 4MPQA 1Y0EA 2G95A 4UCGA 1EIXA 5G2IA 3OG3A 2A85A 4GUIA 2FFCA 3Q37A 3C0JA 4IX2A 3BLEA 3ELFA 3M41A 3SSJA 5LNWA 1HG3A 3N73A 2QUTA 2ZTJA 3M6YA 3LHVA 2QAFA 1OX6A 3WK2A 3TROA 4WOQA 4A22A 3WJZA 4O14A 3FOKA 3OBKA 4HPXA 1H5YA 2ZZ1A 3PY2A 1QWGA 1UJPA 4KFNA 1J4EA 2NUWA 3GB6A 3QW3A 1FCBA 4O10A 2RH9A 1LZOA 3NQ2A 4OU1A 5LNUA 2JK2A 1SZFA 4JTHA 4ORIA 4TIMA 4IPIA 5BRBA 4ZVJA 4ZZ9A 1YYAA 1V7YA 5SWUA 3RK8A 3S1WA 1IIGA 3PB0A 3LERA 3SI9A 1JULA 2ISVA 4FNQA 3CM4A 4S2BA 1X8FA 1V5XA 2NXHA 1TPUA 1ZALA 1ZAIA 1FWRA 3S5OA 4CCDA 3ABQA 4LVDA 3DBPA 3W7CA 4UTUA 3H53A 1SO5A 2OX1A 2V5BA 3KXQA 3BVJA 4O1DA 3UZJA 1JVNA 2NWSA 1ZNNA 1A5BA 4O4VA 1MSSA 1L6SA 1VYPX 3JR2A 3BK0A 3W87A 3TC7A 3A9IA 2DZPA 3FFSA 2ZZ6A 4KWVA 5A5WA 3P7YA 2GQ8A 2R8WA 1G6CA 3QZEA 2GOUA 3G3DA 5IBXA 5C54A 3G1HA 4AF0B 5I3FA 1VRDA 4ML9A 2PRHA 3E96A 1K7XA 2FJKA 2QKFA 3G8EA 1O5KA 4IOTA 2GPTA 3LDVA 2E6DA 3IEBA 3MI6A 1LBLA 1TQXA 4WJEA 2CZEA 3S5ZA 4ZL1A 3SECA 3MHGA 3FA5A 1QPOA 4X9SA 3I65A 1CW2A 3BGGA 2TPSA 1W3IA 3FLUA 3W23A 4O1BA 1ZCOA 4YCPA 1XUZA 4EVZA 1VHNA 4EWND 1LOLA 4DBEA 2DORA 3QQ1A 3U2OA 2RDUA 5CZ0A 1OG0A 3L0GA 3NZRA 2E77A 1IXPA 3PC0A 1WBHA 1UB3A 3TSDA 1MZHA 4RXGA 4IQLA 1A5AA 3WK1A 1FXPA 2X30A 1T8XA 3DHDA 1PS9A 2YDAA 4EOUA 1ICSA 4Z1CA 1XFBA 3T78A 2RKXA 2Z0IA 4IMFA 5DY3A 1B3OA 3IGSA 1A5SA 3W1PA 2A21A 5FF4A 4O11A 2QF7A 4BR1A 2V8ZA 1UUOA 4NUWA 1H7RA 3B04A 4MZ8A 1H7NA 3G1AA 3G24A 4KFOA 3TSMA 2BX7A 2VENA 4JX6A 3FEMA 5FEPA 4N02A 3G22A 2FPTA 2ZZ2A 1L6YA 1GVSA 3GLCA 3EXTA 2A6LA 3PUOA 3NA8A 1PE1A 1NF0A 1KM1A 2V2DA 2QCMA 4TMCA 3TQ0A 1YDOA 3FKKA 3VI2A 1H1YA 5C6MA 1X1OA 1DQXA 3O1NA 5DN1A 3W1AA 1M7PA 2V81A 4N6FA 4FXRA 1L6WA 4O12A 2VXNA 3VKJA 5KSWA 1FQ0A 2QCNA 3T7VA 1TPEA 1D3HA 1JQVA 3NL2A 2DZUA 4DXVA 2X2GA 2NUYA 2A1YA 1TB3A 2OCZA 2Y63A 3CT7A 4DF1A 1W5PA 1JCLA 3LCHA 1CI1A 3OHIA 1F7BA 3EWYA 4QSHA 5LKYA 2KZHA 2FLIA 4N9BA 4NU7A 3UXDA 1ME9A 1SO3A 4NX0A 4RV8A 4FEZA 2DP3A 2DU2A 3N2MA 3TU9A 1OVDA 3H55A 2A5HA 1VHCA 2BXVA 3GDLA 5TIMA 4DEFA 3AJXA 4YCOA 5G2WA 3AO0A 5CGQA 1TCDA 2NV2A 4FX8A 5CG7A 4FO4A 3ZWTA 2VELA 2HS6A 1ICPA 3MMTA 2Q3OA 4UFMA 5CPOA 1VCGA 1ZAJA 4LUIA 3USBA 3NAVA 5HNRA 4TMBA 4FF7A 5HWNA 2QJIA 2FDSA 4ZQNA 3PG8A 3QM3A 1BEUA 1G4PA 2YYTA 1I4NA 4Y8FA 1KFJA 4XTDA 1XCFA 3LV6A 4NJIA 1GT8A 2YXGA 3PSVA 1GVOA 3DHFA 5DLCA 2X1SA 1JRBA 1O94A 1JJKA 3GK0A 1H7OA 5FEXA 5FF0A 4UTLA 1G7VA 1RPXA 3M43A 1XDLA 1O60A 3JRKA 4CNPA 4HT3A 3QF0A 1PHWA 1GZGA 4RZ5A 1QPQA 4UTTA 2E1DA 3DI1A 4NXKA 2ATMA 2BZNA 4XQ6A 3CEUA 3DKJA 2Y7FA 3I7SA 5LHEA 3S0CA 1IF2A 5HUOA 1WAUA 3GDMA 4GUGA 3LLFA 3P62A 1LBFA 2AGKA 2Y7GA 2CZFA 4JTIA 2VFIA 1ZJIA 4RCXA 3QRHA 5KZMA 3EKZA 3LTSA 1AK5A 1F2JA 4Z0JA 4MUZA 3IIZA 3B03A 4DPQA 4UFLA 1KFLA 5CZJA 4LTSA 3CPRA 5CZTA 4P2VA 1X7FA 2ZA1A 1R2TA 1NVMA 5LNRA 3F03K 4GBUA 3EWBX 3PSWA 1EP2A 3DZ1A 1G67A 3TQVA 1MXSA 3LBCA 3FIGA 3EWXA 2ZZ3A 4O4WA 3DH7A 5AC6A 1KLZA 4K7YA 3EEGA 1S5TA 2PRMA 4K37A 3PS7A 2FIQA 2FB2A 1VGAA 4OT7A 4HNVA 4PCFA 4B5NA 3VCRA 3ANYA 1H51A 2ALDA 1GTEA 2YFNA 3G0XA 1QR7A 3UQNA 1KBJA 3HF3A 4FIRA 4S2CA 1XI3A 1WX0A 2Z6IA 1B4EA 3TMQA 3O05A 2OJPA 3TW7A 3WJSA 3LX9A 3W83A 3LGEA 5HWMA 1AW5A 4MLRA 2QJHA 4PA8A 4WXZA 3BARA 3W7KA 1EX5A 1I2QA 3L5LA 5KMYA 4H6KA 2ZRVA 3N9RA 3TXVA 4GFSA 3A22A 3KOFA 4JTUA 2G97A 1THFD 4UTWC 3EX6A 3LI0A 3ABOA 4O50A 1UBSA 4JXCA 1K7FA 5E0KA 1YPIA 1KM6A 5AHMA 1H7WA 1FWTA 2YSWA 4S1FA 1K02A 3O07A 1ZENA 3NQEA 4BWLC 3MI2A 3RU6A 3MHUA 1TV8A 3EWUA 3NPXA 3LBMA 1K3UA 3TNOA 2FB3A 4O54A 3W7EA 1C29A 5DCEA 4JTLA 1MEHA 4Y90A 1MO0A 3HOJA 4LWWA 3B0PA 1OYAA 3L9CA 3G1DA 3NM3A 1NF7A 3LRMA 1QDSA 1AMKA 4IWWA 4X22A 2QCHA 3IVSA 5HJLA 1RVGA 1VC4A 4JIQA 3KX6A 5D30A 1D3GA 3I7QA 5G2HA 3TSBA 2QAPA 3O63A 4WXYA 5DXXA 2V2CA 3NQ7A 3ZS4A 3LXBA 1W5NA 5BNKA 3BG9A 4JTEA 1XXXA 3NVTA 2ZRXA 4K8EA 4O0ZA 5DCBA 2EF9A 1TMHA 1TPH1 1SR9A 3NQVA 3BW3A 4NJGA 4A2RA 1MEWA 3P80A 4M6VA 3UWZA 4XBSA 3W2JA 3MHFA 2QCEA 1QPNA 2A0NA 3T4CA 3TW6A 2WKJA 4A2SA 2QEZA 5D33A 2Y6ZA 4AWTA 4I9AA 2NV1A 4MY1A 1DV7A 2G96A 2DZVA 4O8RA 3ABRA 3PUDA 4FNRA 1OFEA 1XBYA 2JGYA 4NJHA 1KM3A 3L66A 5BOOA 5K9XA 3NQFA 3MUXA 3MW7A 1R46A 4UTJA 4JN6A 3R12A 3TV8A 4MVAA 1BTMA 4QNEA 3F4WA 1XUUA 3S6DA 3M16A 3W9ZA 3SFKA 3M0ZA 4HSNA 4UMAA 4O1CA 3RLUA 3HMJG 4JTKA 5TBOA 5G5IA 3C61A 3W75A 4QIUA 2UV8G 5CSRA 4Y6GA 1DVJA 3EXSA 2RHGA 1HUVA 1W56A 1FWWA 2NUXA 1WOBA 1UASA 4FX7A 3W7GA 2HTMA 4HSOA 1SQ7A 3B4UA 3LTYA 5EKYA 4IXXA 3HGJA 2QUUA 4AXKA 4HKPA 1QMLA 4JX5A 4YMZA 5D2XA 1TPC1 4A29A 3QMTA 4OQVA 3BLFA 3L5MA 4YL2A 1DJNA 4ADUA 4C1LA 1T99A 2ZRWA 3HPSA 1H61A 4HPJA 1OX5A 4N4PA 5EBUA 4RKAA 2EAWA 5D2YA 1LRQA 1Q6QA 1OJXA 3GDRA 1SW3A 3IIXA 4K6AA 1AW1A 4O57A 4ZQOA 3W1MA 1Z44A 1GQNA 5F4SA 4PTNA 5CKSA 3WFAA 4KFPA 3I68A 2B7NA 3M1ZA 1PCKA 1LOQA 1G4TA 5KZEA 4RR4A 3UY7A 1DORA 3GZ3A 2VOMA 1TJPA 1XBZA 4IGHA 4LS2A 5KZDA 4UTHA 4LC8A 1B9BA 3PR2A 4OWGA 3QPYA 1LROA 1LLZA 3OEXA 3HO8A 3WJXA 4EF9A 3NO5A 1Q45A 1LYXA 5AYXA 2R14A 1IIHA 1FY6A 1RQBA 1N8FA 3TDFA 1TJRA 4AH7A 4ALDA 3P74A 2VEIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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