4KRUA

X-ray structure of catalytic domain of endolysin from clostridium perfringens phage phism101
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
VHHHHHHMQSRNNNNLKGIDVSNWKGNINFESVKNDGVEVVYIKATEGNYFKDKYAKQNYEGAKEQGLSVGFYHFFRANKGAKDQANFFIDYLNEIGAVNYDCKLALDIETTEGVGVRDLTSMCIEFLEEVKRLTGKEVVVYTYTSFANNNLDSRLGNYPVWIAHYGVNTPGANNIWSSWVGFQYSENGSVAGVNGGCDMNEFTEEIFIDSSNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of a novel endolysin encoded by episomal phage phiSM101 of Clostridium perfringens
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium phage phism101
molecule keywords Autolytic lysozyme
total genus 75
structure length 214
sequence length 214
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4kruA00
1CXIA 2DIEA 4OZOA 2O9TA 2ZWYA 1W1TA 3L4ZA 5HPCA 2XGIA 3VDCA 5A69A 1EHNA 4EE9A 1YQ2A 3WDPP 2VURA 3DHUA 1ISWA 3L4TA 2XM1A 4JCMA 1GONA 3CUJA 3MUY1 5E9AA 4BS0A 3CUHA 4BCEA 4N0RA 4H8UA 4MNMA 2CKSA 3B9EA 4LPCA 4PMXA 1BSIA 3EYPA 1H49A 2Y4SA 1IZJA 1CYGA 2WVTA 3HU7A 2YIHA 2X05A 4HOWA 4FK9A 2DH2A 4Z2JA 2WLYA 2EJ1A 2VX6A 3OLEA 4N42A 4AZCA 4W89A 1UWQA 2WMHA 5EFDA 2DDXA 4UFMA 3FHQA 3OZOA 2QPUA 2D2OA 3D5HA 1W9VA 3SCWA 2V38A 4H2CA 1M7XA 1S46A 3POHA 3LMYA 3OGVA 4HZ8A 1C8XA 1ESWA 2VTFA 2X0YA 1GOIA 1JZ3A 1TCMA 1DWJM 3F5JA 3MU7A 4CN6A 3EDDA 1VEMA 3ARYA 3U5YA 3A3HA 3KEHA 1UWUA 4IPLA 1FA2A 1FH8A 5DO8A 1M53A 5A6KA 1E9LA 2YDSA 4QLLA 2YA0A 4GZEA 2JF6A 2TAAA 1B3ZA 1E71M 1PX8A 3SCSA 4FMVA 5ECUA 3RM8A 3NSNA 1V03A 5BRPA 2OSWA 5I3DA 1OM0A 1J0JA 3WF4A 1QI3A 2NT0A 4JIEA 2DT1A 2OYKA 1QI5A 4AEFA 2Z1SA 4UQAA 3AIVA 1W2VA 4AD5A 3W27A 1DWHM 1JNEA 2VNCA 1SFSA 1XSIA 3QOMA 1LL7A 3BAYA 2BVYA 1ECEA 4DM2A 2DH3A 1TR1A 5A3HA 2IUZA 1L0PA 4AZGA 5BYWA 4D6IA 2JIWA 3FN9A 2XTKA 3MV01 4PTWA 5AC4A 3L4YA 1KQYA 2VZSA 1QW8A 1E4IA 1EOKA 3II1A 2J77A 1UYQA 3AJ7A 1HJUA 3QHNA 1HL9A 1HVXA 5AYBA 1U30A 1VAHA 5I78A 4HA3A 5HPOA 3CLWA 3VIOA 1W3HA 4LXFA 1JF6A 3QOKA 1MFUA 4Q7NA 1DP0A 4OUEA 4PUEA 1E15A 2EO7A 3BCFA 4AD4A 1F4AA 1PAMA 2E40A 1V08A 1TUXA 2F61A 2DQXA 1W9DM 4JFWA 3SCTA 3UERA 1OIMA 4CN4A 3WNMA 2J7EA 4Q22A 4H04A 4PMNA 2BXYA 2ZXBA 1TMQA 3GDBA 1MW1A 4LGXA 1MVYA 2W62A 4ATLA 4AZCB 1W9BM 1M01A 1PIGA 1FFQA 1NOWA 1P6WA 2VX7A 1J18A 1NARA 3BAWA 2YL9A 2WC3A 4GI8A 1PX3A 1OINA 1WAWA 2A3HA 3BGAA 3OB8A 1E1FA 1HXJA 3D3AA 2VUYA 4OBSA 3N04A 4MB5A 4ZEPA 4WKHA 2J7CA 2JEPA 5LYRA 1E3XA 1A47A 2WVVB 1E5NA 3WQ6A 3MUIA 5A8NA 1QBBA 1ZS2A 1KGUA 1ZBCA 2WCGA 5CSUA 3AMDA 5CXPA 4E2OA 1OIFA 2BVTA 1ITXA 4AIUA 2WPGA 1VJZA 1C90A 3W81A 1GHSA 1QPKA 1E4LA 1JGIA 4AZ5A 3RMEA 4HTYA 2XVPA 2CBVA 2PWFA 2E9BA 2D0GA 2G3NA 4J3UA 1LG2A 2CHOA 3S2CA 4PMUA 4D6GA 3VGFA 1I1WA 2BNJA 3WQ8A 2G3MA 1TVPA 1UKTA 1G01A 3F4VA 3PZUA 3UR8A 2ZUWA 1VFFA 2WYSA 1C7SA 2RGMA 4CKQA 2MANA 4P7QA 4X0VA 4Z2KA 3L2MA 3AYSA 4DUWA 3ECQA 1IV8A 3W24A 1VFUA 2BY1A 1WZMA 1C3FA 2XWEA 4H8VA 3SCUA 1QI2A 2BY2A 3TONA 1JFXA 4UOJA 3IAQA 5DT7A 1XCXA 1EXPA 2UY3A 1NM9A 2PF0A 3VIJA 4UOQA 5EFFA 2XWDA 3S6TA 1VF8A 3AHVA 3AYRA 1W3JA 4HU8A 1ITCA 2EQDA 1XRVA 1GVYA 3ZT5A 4UZSA 3BLPX 3VU2A 1W91A 1LF1A 1C7TA 1PPIA 3QHMA 3N11A 1MW3A 4UFHA 1DWGM 1GQJA 5A6SA 2DT0A 5CPTA 2GK1A 4U2YA 3GH7A 4F66A 2CBUA 3ZIZA 3AS3A 1UHVA 2JEQA 4TTUA 3BAJA 6TAAA 3ZMRA 1JF5A 4OBRA 1CGXA 3SCRA 4JFVA 4MB3A 2BS9A 1MXGA 2X1IA 1RP9A 1NOUA 3MKKA 1E6ZA 2FHCA 3UETA 2W61A 8CGTA 2VQTA 5A8QA 1KB3A 1E73M 1DWAM 1V6YA 2QMKA 1WPCA 5E70A 1V6WA 3N17A 3AXIA 1J0HA 1WO2A 4C7GA 1KXVA 4M80A 3K46A 1XYZA 3UCQA 2Y24A 1KXTA 3RJXA 1B1YA 1BYCA 2OWCA 3HJEA 4KRUA 4D6FA 2CNCA 1NWUA 4PMQA 3N15A 3IJ9A 5BWFA 1JNDA 2WMKA 3L4VA 5A6AA 3PZVA 5CJ5A 1D2KA 3FW6A 2WBKA 1BGAA 3IJ8A 2A3CA 1KR0A 2RGLA 2CBJA 3WF3A 3CMJA 2VCCA 4ATDA 1E4MM 3VDHA 1CGTA 1LL4A 2E4TA 5A2BA 1FHDA 5ABGA 4AEEA 1CWYA 3CHCA 3POCA 4AIOA 3WQ5A 1HT6A 1V6XA 4RL3A 3KE0A 2JALA 4AWEA 1H3GA 4TUFA 5GQBA 2CETA 4D1JA 3WF0A 2VVSA 1JD9A 1KCKA 1R8LA 3VDBA 4EANA 3VO0A 3ZJ6A 1VIWA 4J3VA 4C7DA 4BZYA 3RJYA 4MB4A 4RE2A 1CPUA 4GO9A 4W87A 1RP8A 4HMCA 3OLIA 2NSXA 2F8QA 2ZUUA 3KL5A 3NSXA 1CGYA 4Z2LA 3KWXA 4KWUA 2VRQA 1K9EA 3CO4A 1CLVA 3ZOAA 1VRXA 4HMDA 1BVZA 1HJSA 3OGSA 3VMPA 1WNOA 2C0HA 1LJYA 4PCSA 1LQ0A 2WM0A 3UG4A 3WNLA 1J11A 5AY7A 1A3HA 1HJVA 3CIVA 4GQRA 3WMCA 1H0GA 3EDKA 1VENA 4Y7EA 3VDAA 4WF7A 2GK1B 1D3CA 4PSRA 1B31A 1F4HA 2EPOA 1E72M 1QNPA 5IXEA 4WLCA 1XSJA 4FLOA 5LA0A 1OGSA 3O9NA 3AMLA 4U5IA 4J28A 4IISA 4R5EA 1JG9A 2O9PA 3AIRA 3APGA 1BQCA 2VVNA 3AIQA 5D9NA 2CXGA 2V3EA 2XVLA 1Y7VA 3HN3A 2V5DA 3FAWA 5D8ZA 2VC9A 1FP9A 1U2YA 5EB8A 1UD2A 5C70A 2J7DA 1FH7A 5I5RA 1B0IA 3KL3A 1OB0A 3JUGA 1OSEA 5GNXA 9CGTA 4B3KA 5FCZA 2C8NA 1UUQA 3VILA 3SUUA 2G8ZA 4P7OA 2ZXQA 1E43A 3GXMA 2WWDA 3GXFA 4ACYA 3ARQA 1AQHA 1V0KA 1HF6A 3G6LA 3WD3A 3ZO9A 5HDRA 1W1YA 4L4PA 1OCQA 1DWIM 4CUCA 1HKIA 3CZEA 2G4FA 2UY2A 3VX0A 4RE3A 5M03A 2GSJA 2WHJA 1W1VA 3EBVA 4JL2A 5HBFA 1LWJA 4MAVA 2A3BA 1JYVA 3A4AA 1MWOA 2CYGA 3QR3A 1G5AA 4AIEA 4PTMA 3GM8A 3PZMA 1NP0A 2WCAA 4J3SA 1ISYA 2BY0A 4JFUA 4B15A 4XX6A 5FD0A 5FL1A 2E0PA 4TX6A 1DHKA 1GVIA 2J74A 2PWHA 3GH5A 3THCA 3VIHA 3SIMA 3VVGA 3OIHA 2ZX8A 3U7VA 1XH0A 3DECA 1UZ1A 3GTNA 3K8KA 1KR1A 4UQEA 1RD6A 1CBGA 3N1AA 1UKQA 3WBAA 2W92A 3WF2A 3B9DA 3DC0A 3CZGA 4XZWA 2D3LA 4A3HA 1KGXA 5BROA 2EPMX 1UA7A 4W8LA 1J0IA 2CBIA 2FDMA 4EK7A 3B9AA 4AZ7A 4FLRA 5CLWA 3WDQA 3O2LA 1XH2A 3RDKA 3WMSA 4BA0A 2VZOA 2WVVA 1NOFA 3T0BA 2GJRA 1ZU8A 1E6NA 1R85A 1J01A 5A94A 3VKKA 1J0KA 2A3AA 4HP5A 4U3AA 3N9KA 1GQLA 4NZCA 2QHAA 4AMCA 1HX0A 1WP6A 7CGTA 5A95A 2E8YA 1E6SM 4IM4A 1OGGA 4PBGA 1UOKA 4UFLA 4AZ6A 2WVSA 2HVMA 3A4XA 5A6BA 4PCTA 4UNIA 1H4PA 2X0HA 2YA1A 4TX8A 3RILA 5FIPA 3BAXA 2EEXA 1IZKA 4W5UA 2G41A 4U5KA 3MV11 4EKJA 1UD8A 3VGDA 1BLIA 2E8ZA 1SYTA 3GNOA 1NWSA 4CD4A 1SMAA 3SCVA 3VX1A 4D6EA 4OOZA 2YDRA 2X09A 1B3XA 5A6JA 2CESA 3TP4A 2UY5A 4HZ6A 1WZKA 1XCWA 3ALGA 3RIKA 3T2OA 1MQRA 3WSUA 2VI0A 2D1ZA 3WDIA 4NSBA 3ARTA 3T0AA 3WD4A 2J75A 2WB5A 1E6PA 2VZVA 1XD1A 3BH4A 1H0IA 2F2HA 4XB3A 1NH6A 4ZFMA 3L4WA 1JAKA 3F5LA 3T0DA 1G94A 3WENA 4DUVA 1BYAA 1GOMA 3T2QA 1JAEA 1I1XA 5ABFB 1HKJA 3GBDA 4QLJA 5HXMA 3N13A 3CZ8A 3WY1A 1UWIA 1UWSA 2WSPA 1WB0A 3ZQ9A 2GUYA 3L2LA 2E9LA 3NSMA 4QDMA 1MW2A 1UKSA 3PTKA 3K4AA 2E3ZA 4AD1A 3B8SA 1R86A 1NQ6A 5DT5A 3VD5A 4UQBA 3BAKA 2WAGA 2WZHA 2Y8KA 1MXDA 2PI6A 1J0YA 1HKKA 5E09A 4PMZA 2J7GA 4P7LA 2YBTA 1LL6A 2QLYA 1EDTA 1JYXA 1JDDA 1ISXA 1BYBA 3DYMA 2O9OA 2XJ7A 3U5UA 4B16A 1EHAA 3J7HA 5IHRA 4K68A 1CDGA 4NF7A 2FH8A 4RE4A 5I24A 3N18A 5FOOA 1FOBA 4OKDA 2CHNA 4M24A 2BV9A 4D6JA 3GYCA 2ZX7A 3W4RA 5ABHA 1GZJA 1ZJAA 3VNYA 3MMWA 5CGMA 1V3HA 4U31A 1M04A 1GUVA 3WKZA 4TVUA 2VCBA 1QHZA 4AXNA 1VFMA 1TG7A 2ESCA 2PWDA 4UQCA 2OYLA 1BG9A 4TVCA 1AQMA 2ZUVA 3MSGA 4W7UA 4W7VA 5CQ1A 1JZ2A 1X1NA 3ZJKA 2GDVA 4AY1A 1UR1A 3DHPA 1GPFA 2J4GA 4JFSA 2EBNA 1E1EA 3GZAA 5BCAA 3F5KA 2YJQA 3M07A 1HL8A 4FF5A 1J12A 3CZKA 3MMUA 1QNQA 4NRSA 4S3KA 3WH7A 1LG1A 1QBAA 3PN8A 5M17A 2WXDM 1H5VA 4JFTA 1UH3A 5LA2A 2OYMA 4E8DA 1KBBA 1ZJBA 1ZBWA 3WQ4A 2YA2A 8A3HA 2PC8A 2WMJA 4DWSB 1HJQA 3AHTA 3VGHA 2E9MA 2XPKA 2VOTA 1BHGA 1B3WA 1TVNA 5AC5A 1EGZA 4ZXOA 3WEMA 3L4UA 5D9PA 3WELA 1V3KA 5E6ZA 1AMYA 3U7BA 5KZ6A 3ZT7A 3FY1A 4P8VA 3LPFA 5JBDA 2IXUA 2JE8A 1QHPA 4WSKA 5A6LA 3ARUA 2ZE0A 1UD6A 4KMQA 2J8GA 4CVUA 3ZR6A 3AI0A 1XHGA 4D71A 2D3NA 3NIYA 1HNYA 4WIWA 5CSYA 1V3MA 2GJXB 2WHLA 4MNLA 3CUIA 3RPMA 2VX4A 1XYFA 1WCGA 3BSGA 1E40A 3BCDA 2CEQA 2VRKA 1SR0A 2WK2A 3M6DA 3ARSA 1C8YA 3L4XA 2D20A 1BTCA 3WD2A 2DEPA 3W6LA 1QNSA 1UZ4A 1HJXA 3W29A 2V5CA 5I23A 1TZ7A 4GZIA 2W63A 3AMCA 2XSBA 4ZENA 6A3HA 2WZEA 4CCDA 4UOZA 1XGZA 4JKKA 1E5JA 1E6XM 2PWGA 4TVDA 2WHKA 4W7WA 3VD9A 3AS0A 2ZX9A 5I6SA 4BQ4A 1XC6A 3SUVA 1JXKA 4XZBA 3W37A 3RCNA 4D6CA 2VR5A 2XIIA 1KBKA 5D9MA 2OWXA 3SURA 3W25A 5BRQA 1PX4A 4U33A 4F79A 2EPLX 3WIJA 4C7FA 1HP4A 2EPNA 3ARXA 3TTOA 1CXEA 1Q6CA 4J3WA 4MNKA 1BPLB 3W0KA 5E6YA 2XVKA 1PZ3A 1JDAA 1GHRA 3W38A 2JIEA 5CG0A 2XG9A 1TE1A 1AQ0A 3PZGA 3ZSTA 2QMJA 3ZT6A 3AS1A 4B9YA 1CEOA 5A6BD 2HISA 2XM2A 3TTSA 2J7HA 3U57A 2CCRA 1OT1A 3EDFA 3UEQA 2O92A 3OBAA 3SCPA 3PTMA 2WMGA 2V3FA 3AIUA 3CGTA 3CH9A 5M5DA 4KRTA 1JYWA 2Y2WA 1E0WA 1R7AA 2WC4A 2VZTA 4MTVA 2WVUA 3AMGA 2WMIB 3CHDA 2WKLA 5D9OA 3AICA 4PTXA 4CU7A 2ZXAA 2WLZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CXI A;  2DIE A;  4OZO A;  2O9T A;  2ZWY A;  1W1T A;  3L4Z A;  5HPC A;  2XGI A;  3VDC A;  5A69 A;  1EHN A;  4EE9 A;  1YQ2 A;  3WDP P;  2VUR A;  3DHU A;  1ISW A;  3L4T A;  2XM1 A;  4JCM A;  1GON A;  3CUJ A;  3MUY 1;  5E9A A;  4BS0 A;  3CUH A;  4BCE A;  4N0R A;  4H8U A;  4MNM A;  2CKS A;  3B9E A;  4LPC A;  4PMX A;  1BSI A;  3EYP A;  1H49 A;  2Y4S A;  1IZJ A;  1CYG A;  2WVT A;  3HU7 A;  2YIH A;  2X05 A;  4HOW A;  4FK9 A;  2DH2 A;  4Z2J A;  2WLY A;  2EJ1 A;  2VX6 A;  3OLE A;  4N42 A;  4AZC A;  4W89 A;  1UWQ A;  2WMH A;  5EFD A;  2DDX A;  4UFM A;  3FHQ A;  3OZO A;  2QPU A;  2D2O A;  3D5H A;  1W9V A;  3SCW A;  2V38 A;  4H2C A;  1M7X A;  1S46 A;  3POH A;  3LMY A;  3OGV A;  4HZ8 A;  1C8X A;  1ESW A;  2VTF A;  2X0Y A;  1GOI A;  1JZ3 A;  1TCM A;  1DWJ M;  3F5J A;  3MU7 A;  4CN6 A;  3EDD A;  1VEM A;  3ARY A;  3U5Y A;  3A3H A;  3KEH A;  1UWU A;  4IPL A;  1FA2 A;  1FH8 A;  5DO8 A;  1M53 A;  5A6K A;  1E9L A;  2YDS A;  4QLL A;  2YA0 A;  4GZE A;  2JF6 A;  2TAA A;  1B3Z A;  1E71 M;  1PX8 A;  3SCS A;  4FMV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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