4LUIA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
213
structure length
204
Chain Sequence
GSHMPKLMLALDVLDRDRALKIVEDVKDYVDAIKVGYPLVLSTGTEIIKEIKKLCNKEVIADFKVADIPATNEKIAKITLKYADGIIVHGFVGEDSVKAVQDVAKKLNKKVIMVTEMSHPGAVQFLQPIADKLSEMAKKLKVDAIVAPSTRPERLKEIKEIAELPVITPGDILNILDENDYVIVGRAIYQSQNPKEEAKKYKEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 74
structure length 204
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4luiA00
3EX3A 1P4CA 5FESA 4DXVA 4AF0B 1LCOA 1ZCOA 2C18A 4UCGA 1AW5A 3T55A 5HWJA 4CCDA 1ZAJA 3NQ7A 3C2RA 4QNEA 3LBMA 5EA9A 4Z1BA 2YDAA 3A22A 5CPLA 3O16A 3DI1A 4HSOA 3TKFA 3SSJA 2F84A 5MHBA 1XBZA 1YYAA 1GVOA 1GYNA 1W5PA 2I14A 2QJIA 4NUWA 5KITA 2ZDRA 3OVQA 4GC4A 3GX9A 1DQWA 5KSWA 1OJXA 3O05A 3BG5A 3PB2A 1TTQA 1M7PA 4AHOA 4NQ1A 4YXGA 3T4CA 4UFMA 1B3OA 1X8FA 5DCDA 1IXOA 5C5YA 3GDMA 3LRMA 5CKSA 3ELFA 1OYBA 3PR2A 1PV8A 1MXSA 4UTJA 4O4VA 1FCQA 2ATSA 3W87A 2Z0IA 1K7EA 5KTLA 3A24A 3SR7A 4UTKA 3NQMA 3ABQA 1M7OA 4S1FA 2ZRXA 4LC8A 1VCGA 5FI8A 5D2YA 1X1OA 3SGZA 3GDTA 1M5WA 1KM6A 1KFCA 3M6YA 3S42A 1OFRA 3W9ZA 1VR6A 1R30A 3C3NA 4JGDA 3L5AA 1G6CA 2PURA 3SFKA 3QH2A 3C52A 2CLKA 1TV7A 2NWSA 5FEPA 2H90A 3G3MA 1FY6A 3QYQA 4PL1A 4LVBA 4AHPA 1X7FA 3KVLA 3R2GA 4E0CA 1FWNA 1SW3A 5D37A 1FWSA 5K3VA 4DPPA 1KV5A 1JRBA 3STFA 3G0UA 3M9YA 3VKJA 1JCLA 4EWND 1QMLA 4WXYA 1PHQA 1MEIA 3A5VA 4LS1A 4AB4A 5TIMA 2ZZ1A 3HG3A 5D2WA 1H7PA 4DBEA 4WD0A 2A2IA 1H1ZA 4Y90A 5AB3A 1IXPA 3P61A 2VFFA 4PCFA 4JTEA 5CG7A 3HPSA 4M6QA 5KMYA 3LRKA 4MZYA 3EX2A 2RFGA 3N9RA 1VS1A 3QW4B 5F2GA 3EKZA 5F4SA 3TC7A 3KOFA 4MPQA 3BPWA 4MUZA 3LCLA 4UR8A 1LM1A 1SZEA 3NM1A 1QOQA 1SO6A 3P80A 3GDRA 1T0OA 4UXDA 4MFDA 3PAJA 1S5VA 1G4SA 1W3IA 4Y96A 1KM4A 5E93A 4TMBA 1ZAIA 3MMTA 2QUUA 2J6XA 3W7KA 4HNTA 2ZQ0A 1L6SA 2ZBTA 3CLMA 3N2MA 1Z44A 4MY1A 1NEYA 3NPUA 3NG3A 4XWUA 1THFD 4LVFA 1AW1A 4TO8A 4GUJA 3LGEA 2YYTA 5EKYA 3ZFHA 3OBKA 2EAWA 1GTHA 4KKXA 4JTSA 2E6YA 4DO6A 2VFGA 2V5BA 2JKEA 2CLOA 4NNAA 1KV8A 5AHEA 5AHIA 4UTHA 2ZTKA 3RMJA 2DU2A 2QAFA 3C2VA 1NAL1 4L4LA 5I3KA 3LERA 2WSQA 1QWGA 1FCBA 5GVJA 5K7JA 4O10A 5F4WA 3RNDA 4KFNA 3LM7A 3W7CA 2FIQA 4FEZA 5CGQA 1NVMA 5AYYA 2E5CA 1ZAHA 2QCGA 4A29A 4E38A 1DJQA 5CZSA 3NR0A 3NDOA 3U8GA 1AW2A 5T26A 1VYRA 1QNVA 2A4AA 4JEQA 3D0CA 2XN1A 4HHPA 2ZZ3A 5A8GA 2G97A 4O18A 1PCKA 3IV3A 3NO5A 2A0NA 3N9SA 3S1XA 4YCOA 1G7VA 4NU7A 4LNYA 1L2UA 2YSWA 1P5BA 4UTUA 5AC8A 1Y0EA 4LVDA 2GOUA 3FYPA 3OVPA 5U4NA 4UTTA 5IM51 2FPVA 3NQVA 5CPMA 1QFEA 1EB3A 2NX3A 4O28A 3R12A 1TJPA 3GNNA 2D73A 4DF2A 5D2VA 1FXPA 3LV6A 3T7VA 3PB0A 4AHQA 1GZGA 2H6RA 5AFDA 1DKWA 3KFTA 1CX9A 3UWWA 2AAMA 3RLUA 1A50A 1GVSA 2CLHA 3DAQA 2GQ8A 1K7FA 4Q33A 1P0KA 1WV2A 1ZFJA 3HGRA 5K9CA 5LGZA 2DZPA 3DFQA 5K4XA 3QMTA 2YXGA 2WNNA 3BG3A 2CLMA 3W71A 2ISVA 5E0KA 5IBXC 3MYOA 4LW7A 3ANYA 4CCEA 5U7SA 5D38A 3ABSA 2NXHA 1Q6QA 1R2TA 5LNSA 1QPRA 4PL2A 3EXRA 4KWVA 3C61A 1OK6A 3CC1A 1OFOA 1KA9F 1WAUA 1IIGA 2Q3OA 4N9DA 3TAKA 3LB0A 2Q8LA 3NQEA 2XFWA 1KFLA 4H6KA 1FDZA 3M41A 3S0CA 2WNQA 3WJXA 1Z41A 1XFBA 1I2RA 2WKJA 1W5QA 3DBPA 3HG2A 3QZEA 3CIXA 2ZZ7A 5LNWA 5I3IA 2QCDB 2OT1A 3DFOA 3HGJA 5G4WA 2YGYA 1W5MA 1AL8A 3B4UA 5DY3A 1AL7A 2JKPA 5D04C 3W75A 2FPYA 3CM4A 1DVJA 3WK3A 3CU2A 4ADTA 1VRDA 1KFJA 3TU9A 1E51A 3Q58A 3G1FA 2AGKA 2QF7A 1EP2A 1SQ7A 3BO9A 3STEA 4IX2A 1T99A 3EX6A 4WOZA 2YW4A 1FCUA 5EL1A 3P67A 4K7YA 3N73A 4ZQPA 3RK8A 4XUGA 2C6QA 2EGZA 1X6UA 3UD6A 2NWRA 3STGA 1LOQA 3R5EA 3IIZA 3W83A 2H3BA 3FS2A 1KLZA 1CW2A 3PULA 3HBLA 1LOSA 3S5OA 4OBTA 3O15A 3QQ0A 4LS2A 3ZWSA 3W7IA 1NSJA 2CLIA 4JTUA 4UTWC 4HKPA 3O6CA 1ZENA 3E49A 3F4NA 2QAPA 1KTNA 2ZCGA 1A5AA 2QCHA 4CNNA 4RXFA 5LGXA 3PG8A 4WY0A 1S3HA 3IVTA 3H55A 4LC6A 3QFEA 4YWIA 4RV8A 3LCGA 1OFQA 3EWWA 1ICPA 1D3HA 4OWGA 4ZL1A 4FNPA 2QCCA 3C4UA 1HFBA 2NUYA 4JTKA 1XXXA 4XBSA 3NL3A 4L4MA 3M5VA 2Q3RA 2V5LA 3LBCA 3RLVA 4K8EA 2IQTA 3IVSA 3BW4A 2P10A 2VXNA 1Q6RA 4QQ3A 1UBSA 3ATYA 3MI3A 4E2DA 4JTHA 1SZFA 2WPBA 1TPFA 1LRNA 4O1CA 4DF0A 5H91A 2R14A 5LSMA 4NZJA 3DFTA 3G3DA 4FX6M 3KRZA 3G0XA 1GJPA 3THAA 2E5DA 3W7GA 4JX4A 4JNMA 1LROA 2Y7GA 2ZRYA 3C2EA 2ZTJA 3S5ZA 2A7RA 2WJZA 5H2ZA 1OFAA 4NJKA 3FKKA 3KHJA 4NNBA 2QKFA 5K2ZA 4RXGA 3IEBA 1WOBA 3GR8A 2YFNA 1Q6LA 3E96A 4IMEA 4RCXA 4FB7A 4IMFA 1VJIA 2A21A 1ADOA 1RVGA 1RZMA 3NQFA 3PC0A 2VFHA 2ZA2A 4HT3A 5IBXA 4UTLA 1I2QA 2X2GA 1SPQA 1F73A 5BMXA 3A9IA 1K3UA 1H61A 4LVAA 2AQWA 1EA0A 2C1HA 2OCZA 4FNUA 1W3NA 4HIBA 5I3HA 5CSRA 4XKYA 2E68A 3M47A 3MW7A 4JTLA 2HS8A 3LTYA 2DORA 2UV8G 4O12A 2J24A 5LNVA 1QPQA 2QDHA 1TB3A 4UMBA 4JY9A 3IIVA 2V82A 3I7SA 5C6MA 3W2UA 4NJHA 4YLWA 2DJXA 3WK2A 1R2RA 3G1XA 3KX6A 1K7XA 1OFBA 4FIQA 3MHUA 5I3FA 1OFPA 3QJAA 3TMQA 4EVZA 5C54A 2YR1A 1ALDA 1GVFA 4O54A 1QPNA 3LCHA 2TRSA 4ML9A 1KBJA 5BW6A 4O52A 2CZFA 3MHFA 4ICNA 3R89A 4OGZA 3N19B 3NGJA 1IXNA 1H51A 4HN4A 2TYSA 2E1DA 1C9DA 2C13A 3M5ZA 2J9ZA 3MI6A 4OV9A 2FB2A 4LVGA 4MIMA 2G5WA 3VI2A 3T40A 2Y62A 4UUIA 5G2HA 3CEPA 1PHWA 4IQLA 3TMLA 2J27A 3EEGA 2YCEA 3W1NA 3I7RA 5EMUA 4IGHA 1D9EA 4ZQMA 3W73A 1OG0A 4CQ8A 5LHEA 3W85A 1C29A 4D2JA 1TPDA 1SO4A 1WBHA 1TTJA 4UTWA 4G1KA 3WJWA 3NM3A 3GAYA 1LLZA 3W7QA 4O0KA 3G1DA 4WXZA 1W8SA 3W70A 2GPTA 1H5YA 3GDKA 5LNUA 5D30A 3BW2A 3DI0A 1PCWA 4DELA 1KM0A 5LHFA 1YPIA 3C0JA 3E0IA 4UIOA 4MY9A 3L67A 1I45A 5AOUA 1SR9A 3TXZA 1VYPX 4ORMA 3TCEA 1T8XA 2PRLA 2P0OA 4FHAA 1YDNA 4FNSA 4X22A 2ZRWA 5FF7A 3W84A 1W5NA 2QJHA 3W1QA 3FOKA 2BZNA 1TJRA 4UNKA 5HULA 1KM1A 3O1NA 4N2YA 4O1BA 3V75A 2WO5A 3MJYA 5AN7A 1WYIA 2B7PA 4PEKA 1FWTA 1G4PA 2ZRUA 2C3ZA 1H1YA 3VNDA 3NPVA 5KZMA 1I2NA 1LORA 1ME9A 1A53A 1LZOA 1MSSA 3W1TA 3QRHA 4HNUA 4Z1AA 4RZ4A 4PC8A 3EXTA 2HTMA 3FKRA 4FNQA 2B7NA 4Z0JA 1G67A 3W7DA 5AHNA 1YTKA 5J5DA 2X1TA 2C0AA 2V9DA 4ZQRA 1F6PA 4YCPA 5DBTA 1JR1A 2Y88A 3EX1A 3PSVA 3DHDA 3TIMA 2V2CA 4AMAA 1EUAA 1JCJA 4U4MA 4BI6A 3NXFA 1MEHA 3M44A 1J5TA 1G7UA 1YTEA 3SJ3A 1W5OA 2HSAA 1NF0A 3NQAA 4UC5A 3STCA 3G8EA 3NQDA 3W76A 3W7JA 2BLEA 3L0GA 1GT8A 2E5BA 5DBUA 3TQKA 1YDOA 1VYSX 5AHFA 4W9TA 3HPXA 3LV5A 4XTDA 3P7YA 3QMRA 5I3GA 5SWUA 4JTIA 5LZLA 4UTMA 2TPSA 1V7YA 4DF1A 4MLJA 4N9EA 3LHTA 3W7RA 3TR2A 3DFSA 4GNJA 3PBWA 3NPXA 1KBIA 5D33A 3EKLA 4MFEA 5LNRA 3O63A 1XL9A 4CNOA 4WY0F 3WK1A 5DLCA 3TSBA 4DQWA 1TYGA 3W1RA 5AHMA 2ZZ4A 4TMCA 3IGSA 3LXAA 4N9BA 3GKAA 1DV7A 1PVNA 4H3DA 4JYDA 3DKLA 2PRHA 3P8JA 2VENA 4O0ZA 2DZWA 3TFXA 1F76A 2DZSA 4K36A 2BWGA 2JBMA 2R94A 3QEZA 4NJJA 5FF0A 1WX0A 5HQEA 1HO4A 1UUMA 2Z6IA 1N7KA 3W2LA 4MYXA 2E09A 2H3DA 4IX0A 1H7RA 3B04A 3IVUA 4M6PA 3AO0A 3W2NA 2J9XA 1SSGA 2WSRA 1K8YA 4N4PA 4LS0A 2YW3A 3N3MA 3SECA 4N02A 1JCNA 1JUEA 3DHFA 1H7WA 5FEWA 1SZGA 3BGGA 3DXIA 1SO3A 4O16A 2Y70A 3NQ6A 2ZA1A 4Q32A 4UMAA 3LLDA 3MP4A 3CQ0A 4M19A 2O7QA 3B05A 1F74A 4M5PA 1PL9A 3PWAA 1SFJA 1IIHA 3PBVA 1UASA 3UPWA 2CLFA 4R53A 1S5TA 3W74A 1GPWA 3ABOA 3IGXA 3FIGA 3G1VA 3GYEA 3TQVA 3HOJA 2GVGA 5L9FA 2RHGA 4OHQA 4LV4A 4DEFA 2RH9A 2Y85A 4QM1A 1F7BA 4QJ1A 3MP3A 3PSWA 4NJGA 1LDCA 3L0KA 3IGUA 3LCWA 4POCA 2CZDA 4OE7A 3LDVA 3TV8A 1DORA 1RQBA 3W1PA 4ZQNA 5CSSA 4N9CA 2CZ5A 2PC4A 2YPIA 4RZ5A 3QW3A 4FF7A 3G8RA 5KINA 2P1FA 1OABA 1KFBA 3W2MA 1EUNA 5ABTA 4Z1DA 1G4EA 1XC4A 1AG1O 4EF8A 5HUPA 4GJ1A 1I4NA 1A5CA 4AF0A 3W1LA 3GR7A 4A22A 3CB8A 4PFMA 3HG4A 3NA8A 3S1WA 1TTIA 2RKXA 3NOEA 3MWAA 1MEWA 2E6AA 4FNRA 5KZDA 1YTDA 2VOMA 2ZYFA 3R13A 3GXPA 2X16A 5DXYA 1XUUA 1VPXA 4AWUA 2G96A 4KFOA 3LRLA 1GYLA 5F1VA 4WZHA 4WOQA 3EWBX 2W6RA 4JYFA 5G1YA 4EF9A 4NX5A 3G0SA 2I1OA 4IJBA 1M6JA 2YFOA 3UZJA 3L68A 2A5HA 3WFAA 4MYAA 3U2OA 3Q37A 3UY7A 3UWZA 4TR9A 2Y63A 3LXCA 3UXAA 1W0MA 4BK9A 3TH6A 4K6AA 1JJKA 4HPJA 5K9XA 1H63A 1KM2A 3OHIA 4MY8A 3HF3A 3ATZA 3TFCA 3DZ1A 2DJLA 5HJLA 1GTEA 3S6DA 2A1YA 3UXDA 4O1AA 5J5RA 4GUFA 3GXTA 1BEUA 3E9AA 1WQ5A 3ABRA 2BX7A 3BG9A 5AC6A 1O4UA 1H7NA 3TE9A 3P81A 4A3UA 3TJLA 1F2JA 1VLIA 5F2IA 4A21A 2R91A 3G1AA 1LBMA 5BMWA 3SIZA 2WQPA 1LRTA 1FBAA 3MO7A 4AVFA 3B0VC 4B5NA 4C1KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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