4MKN | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	SSAKFFVGGNWKCNGSVANVAKLVDELNAGTIPRGVDVVVAPPFIYIDYVMQHLDRDKYQLSAQNAWIGGNGAFTGEVSAEQLTDFGVPWVILGHSERRSLFGESNEVVAKKTSHALAAGLGVIACIGETLEQRNSGSVFKVLDAQMDALVDEVKDWTKVVLAYEPVWAIGTGVVASPEQAQEVHAYLRQYCAKKLGAAVADKLRIIYGGSVSDTNCKDLSKQEDIDGFLVGGASLKGAAFVTICNAAGPKAKP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	High-Resolution Crystal Structure and Redox Properties of Chloroplastic Triosephosphate Isomerase from Chlamydomonas reinhardtii. pubmed doi rcsb
source organism	Chlamydomonas reinhardtii
total genus	96
structure length	254
sequence length	254
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2013-09-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4mknA00

4NJIA 2E1DA 1W31A 2JBMA 4I7WA 3RK8A 1JJKA 1DQWA 4UTTC 1T99A 3SJ3A 2DZXA 4MLRA 2ZZ3A 4O52A 1H60A 4FIQA 4MY8A 3FKKA 3W07A 1KBJA 2WSYA 2B7NA 1QR7A 3S5ZA 2HTMA 4X2RA 3S42A 1TPB1 4ONVA 5FF2A 1W5MA 1EWDA 3W7HA 4FHAA 1IXPA 2C3ZA 1B57A 4GUFA 2A5HA 2J9YA 2FQIA 4O53A 3KFTA 1FDJA 4JR5A 2EHHA 4IMFA 3O6YX 1MEHA 1I2QA 4QSHA 4CQ9A 3MBDA 3OG3A 5DY3A 2Y85A 3N9RA 1UB3A 3SR7A 3QMTA 1U83A 5H91A 5DCDA 1QO5A 2DU2A 1LYXA 3S1XA 3W86A 1JUBA 2ZRXA 5LHFA 5DN1A 2ZZ6A 1KA9F 4O17A 3M5YA 3L68A 1EUAA 1FY6A 3S1VA 1H50A 4MUZA 3KVJA 3RU6A 1GVFA 3KRSA 4ADSA 4QNEA 3C8FA 1DOSA 3HIJA 1O94A 1PS9A 1IIHA 1TCDA 1VCFA 2YSWA 3UXDA 4GE8A 4Z0JA 3T4CA 2R91A 1W5PA 1D3HA 1TB3A 2C18A 2Q3RA 3LXCA 3W7NA 2CZ5A 3M16A 3LBCA 1ZALA 1FQ0A 3MHUA 3S6DA 3DFOA 1NF0A 1DJQA 2O7SA 1ZAJA 3QPYA 1ZAHA 2VEPA 4XZ9A 2GPTA 4OU1A 2C0AA 3W85A 3KOFA 3L66A 5SWUA 1F7BA 3DKJA 2BX7A 2X30A 3E0IA 1XI3A 3C2FA 4JTJA 1KM1A 1AL7A 5BOOA 3HGJA 2V9DA 5HR7A 4FNSA 4JTKA 4E0CA 1M7OA 2GVGA 4K7VA 4IMGA 5E0KA 2QDHA 1BWKA 3MYOA 3BK0A 1KLZA 3SI9A 1IIGA 4M7TA 4P2VA 5EMUA 2B7OA 5AHIA 5C54A 4MFDA 1QMLA 2CLEA 1PHQA 3CIXA 1R47A 5AFDA 3I6RA 1TIMA 4LS1A 4UTKA 5E93A 3S5OA 1H7XA 1VJIA 2Y88A 3NGJA 3T55A 4IUOA 1XFBA 4MYXA 5FEZA 1K03A 4O50A 4WJEA 1XUZA 1GVOA 4O19A 2RH9A 3W7MA 1GG0A 1KTBA 3R13A 2E6AA 1O5KA 5LHEA 2GJNA 3W72A 3TNOA 4H3DA 3EWWA 5AN7A 2P1FA 4LC8A 5HJLA 3QQ0A 1I2PA 1MZHA 3PUEA 4MLJA 3GKFA 2R14A 1G67A 3TQVA 4UCGA 1TO3A 4QM1A 2QCNA 3W1UA 4OQVA 1LLWA 3NPVA 3B05A 1WXJA 3S5NA 3TFXA 4Q33A 1GTHA 2QEZA 2VFFA 3FLUA 1ME7A 1BTMA 1VRDA 1M7PA 1YXCA 3PVFA 3EXTA 3GKAA 1O95A 3PSWA 5F4XA 4JXCA 4ML9A 1S5TA 4EF9A 5AB3A 2NUYA 4GUHA 4IXXA 1A5AA 3HG5A 1QNVA 4RV8A 5CPOA 4JGDA 1LCOA 5HWJA 3TC6A 4NVTA 5D04C 3SSJA 1IXQA 3TA6A 1XUUA 4QAIA 5KZDA 1RD5A 3AJXA 3LDVA 3HBLA 3EX4A 3QM3A 3I68A 3GYEA 3EWYA 1KM3A 4UNKA 5FF0A 2C6QA 5HINA 4E2DA 3DI0A 1X7FA 2VFGA 3STGA 3TQKA 3EKLA 3ABRA 2Z6JA 4K8HA 1SO6A 4NZJA 1F73A 3IIVA 1DVJA 1KBIA 5D37A 4PCFA 4O10A 4TU1A 5HNRA 1FWWA 1Q45A 1UUOA 2ATSA 2P0OA 5F1UA 4O12A 4FX8A 2I14A 3T40A 1FWRA 3HGSA 4AAJA 4AHQA 5DXXA 1Q6OA 2WNNA 3NA8A 2TYSA 4O4WA 2V81A 2JKAA 4IWWA 3EX6A 2QCLA 3S0CA 2Z1BA 3VNDA 4O18A 2FJKA 3LTYA 3QPZA 1DQXA 3C0JA 1L6YA 4GJ1A 3W7KA 4GBUA 4HT3A 6TIMA 4DBDA 1QPQA 1PV8A 3S1UA 2QCGA 2A6LA 4M6PA 4O28A 4FNQA 3OBKA 4K39A 4JTHA 5CSRA 3O15A 1H7OA 3G24A 2A2IA 4O0KA 3CQ0A 3NYZA 3G8RA 2QJHA 1OG0A 2ZZ2A 4YWIA 4FF7A 3L5AA 5LNRA 3C4UA 3LV6A 1KFEA 1H1YA 2E5BA 3HG4A 2ZRVA 1QWGA 1TPH1 1OYBA 3SGZA 3UQNA 3W7OA 5EKYA 5KMYA 1TV5A 3PSVA 3BGGA 3G1VA 3LHYA 3V1PA 2CLFA 4JTSA 4TO8A 1SW7A 1WYIA 4UUIA 4O14A 3S5YA 1SZNA 5CPMA 4C1LA 3RNDA 4QNWA 5FEXA 4MIMA 2A4AA 1DBTA 3FS2A 1VH7A 2R94A 3DZ1A 5C5YA 3W9ZA 4HHPA 3F4WA 1NSJA 3DGRA 4AXKA 2QCDA 4O8RA 4RXGA 5D05A 1ADOA 1RQHA 4LOCA 3GIYA 4P61A 1SR9A 1LOLA 3WJWA 4JY9A 3W83A 4O1CA 1WX0A 3SFKA 3NQ7A 4O54A 4FNUA 3VFLA 5L9FA 2YW3A 1YTEA 3ATZA 5K9DA 3CM4A 3MHFA 3JR2A 2E5CA 3DFPA 1R30A 4U4MA 3A22A 2JGQA 1SSGA 3W7IA 4H6KA 4HN4A 1B4EA 4QQ3A 1ZHAA 4IMEA 3L9CA 3HG2A 1TPEA 2V5LA 4DF1A 3NQEA 3C2OA 1H62A 3FEMA 2Q8LA 3WJYA 1IXOA 5AHEA 1XBXA 1N7KA 4O15A 4MVAA 2DORA 2FFCA 3PBYA 4M6QA 3QQ1A 4EOUA 3KRZA 4JTFA 3WK3A 1TSIA 1VLWA 2OT0A 2TMDA 1VYRA 1RQEA 4UTWC 3F03K 2YR1A 1FWNA 2VEIA 4BF9A 5DLCA 4KKXA 4MKNA 3C6CA 3ANYA 4NUWA 4WD0A 4DPPA 2YX0A 2H90A 1K3UA 2TPSA 1F05A 3GXPA 1SUXA 3PG8A 1GG1A 2ZA1A 3TKFA 3DXIA 4UFHA 2EF9A 3HF3A 1U5JA 3OVPA 1VPXA 3CEPA 4WXYA 1KM5A 1IXNA 2QCFA 1WOBA 4WZHA 4ZQCA 4O57A 3PBWA 3NPXA 3PB2A 1P5BA 3IVSA 4LU0A 4LNYA 1JQXA 1Q3NA 1GVSA 3NM1A 4RCXA 3NQDA 2TSYA 3QJAA 3R2GA 3W84A 2Z2UA 1LTDA 3EXSA 3GNDA 3ABOA 2NV2A 1YTDA 4NJKA 1K8XA 1Y0EA 3M6YA 3NR0A 3B04A 3HPSA 2EGZA 2E5DA 4AF0A 3M5ZA 4EIVA 1SO3A 2FB3A 3PM6A 5D2XA 3O6CA 3A5VA 5D32A 4IOTA 3CTLA 1WDWA 4IGHA 1EP3A 4O4VA 2YYUA 2WKJA 5G2HA 3E12A 4LS2A 3W7QA 5EL1A 3VCRA 4MZYA 1E51A 3W2JA 1ZENA 3W22A 1UUMA 2WOQA 3WJXA 1OX4B 4A22A 3P84A 4QISA 5T26A 1JQVA 1KFBA 2YFOA 1S3HA 2PE4A 4UTJA 2F84A 1QDSA 1TPUA 3QH2A 3NEVA 4KFNA 4HNTA 1KTNA 4UXDA 3LHVA 1GOXA 4FB7A 2Y89A 1P0NA 3CEUA 3C2RA 3N34A 5D02A 2AGKA 2PCQA 3ZWTA 1EPXA 1FWSA 3NL5A 5G1YA 2V2CA 1TJPA 3LGEA 4MZ1A 2E68A 3BPWA 3LHWA 1F2JA 3O05A 1KV5A 3IGSA 4RXFA 5LSMA 3NL6A 4WOQA 1I2NA 3DHFA 5G2WA 2Y63A 2CLLA 4ZMGA 1OHLA 5CKSA 3KVKA 3LBMA 3SECA 2W79A 5IBXC 3N9SA 5LNUA 3GR7A 4KFOA 1LOSA 1SZEA 4PH6A 3GXTA 5EPDA 4K37A 2JKPA 1VGAA 4N9CA 4NNBA 7TIMA 3H55A 1FCQA 3I7RA 2FB2A 3W74A 4JYFA 3UY7A 2NWRA 2DZVA 5BNKA 3TUUA 1ZJIA 3CWNA 1KM6A 3NVTA 3M5VA 1C9DA 3TJLA 3ZWSA 2X1UA 3HO8A 4XKYA 4JYDA 3TIMA 4DF0A 1SU5A 2DZTA 4TMCA 4MYAA 3NAVA 2P10A 3OA3A 1XDMA 2ATMA 4MY1A 1SW0A 4XTIA 1LZOA 5LGZA 3W73A 1W3IA 2NWSA 5J5DA 2ZRUA 2GOUA 3PY2A 3IVUA 2ZZ1A 1YLVA 5MHBA 2ZFAA 3UPWA 1K02A 1THFD 4NZFA 4XQ6A 2ZRYA 3M9YA 4GNJA 5DCEA 3W1QA 3HB9A 2WSQA 3RLUA 4EWND 2A7PA 3H54A 3LTPA 4LTSA 3NQFA 3EX2A 4FNTA 1TTQA 3IIPA 3NDOA 4AH7A 1UJPA 4IQLA 4Z0SA 3K30A 2X16A 1ME9A 1H7RA 3GX9A 4TX9A 1HUVA 3BO9A 5I3IA 3D0CA 3LB0A 1PIIA 4IX2A 2VOMA 1TTJA 2E6DA 2QR6A 1PE1A 4LRTA 3G1AA 1JCNA 1YDNA 1YDOA 4UFKA 3G3MA 4LS0A 4GRSA 5K9CA 2WQPA 4WY0B 2DJXA 4AVFA 5C6MA 2WPBA 3QW4B 4OV9A 1OX6A 3LRKA 2HSAA 5U7SA 6ALDA 1B3OA 1UASA 1X6UA 1OYAA 2NXGA 4D2JA 3NPUA 2ZQ0A 4UTHA 2NUWA 1J4EA 1SFLA 1FCVA 3IGXA 4A3UA 3EWZA 2NV1A 3P60A 3CIWA 4UTTA 3DI1A 3TAKA 1MSSA 3ABSA 3CB8A 4DO6A 5D09A 2E6FA 3T44A 2VENA 4FNRA 1H7PA 1TJRA 1DJNA 4DF2A 4OHQA 4HPXA 2ZRZA 3I7SA 1CX9A 5E1QA 3NOEA 4S1FA 1QOPA 4NJJA 2Y7FA 4ADUA 2XFWA 3W2LA 3EB2A 4XWUA 5C55A 5F2GA 1HO1A 3TE9A 4FXSA 2H6RA 2YXGA 4DPQA 3W2NA 1F74A 2V30A 3LCWA 2ZBTA 5CZSA 4ZQPA 3IIOA 3VE7A 1TPWA 4UMAA 5DELA 2OZ0A 1VC4A 4N6EA 4UR8A 4GUIA 4BK9A 3G1YA 1X8FA 1L6SA 3R8RA 2X2GA 5EBUA 4HKPA 5C2XA 1JVNA 4GWEA 5D2VA 5AC8A 1A5BA 3NQCA 4BWLC 3P8JA 3L2IA 1IGSA 3W1XA 3FJ6A 2H3DA 1RQBA 5F2MA 2HS6A 1AW2A 3TR2A 3NQGA 3YPIA 1QO2A 5K4XA 3NL3A 4PEKA 3UNDA 2A1YA 4RZ4A 1Z42A 3Q37A 1SO5A 4BI7A 1W5OA 3DAQA 4DELA 2AQWA 4IPIA 4LV4A 5HQEA 1SO4A 3W7EA 4UTLA 4ZQMA 3CU2A 3WFAA 8TIMA 2E77A 3KVLA 1VHCA 4X3ZA 3NXFA 4YMZA 3TCEA 1MO0A 3VKJA 2ABAA 3BG5A 3FYOA 4JDYA 2UV8G 3ZR4A 4DEFA 1T96A 3PF3A 3W2MA 2J24A 3GAKA 3W1RA 1RZMA 2VFHA 2Y62A 3TMLA 1CW2A 4N9BA 1P4CA 2FLIA 4WY0F 2I9EA 2VELA 1EB3A 1Q6RA 3SZ8A 1XBYA 5I3FA 1W8SA 3BW2A 3P61A 3B06A 2QCCA 2ALDA 3LXBA 2C13A 3M41A 5A5WA 4HPJA 3FOKA 2V0TA 1P0KA 3FJLA 4LVFA 4Q4KA 1JUEA 1SZFA 2RHGA 3GDMA 4NJHA 3G0SA 5H2ZA 3N3MA 5CSSA 4W9TA 3STCA 1QAPA 1TQJA 4KWVA 4Y8FA 3FIGA 3OVQA 1L6WA 3N2MA 2XN2A 3W1NA 2H8XA 3G1FA 4MFEA 1TPDA 1N55A 1KFCA 3TSBA 1A5SA 5HWMA 2VFEA 1QOQA 3HG3A 4PC8A 4JY8A 1IF2A 2Q8ZA 3MP5A 2YZRA 1EP2A 5K3VA 3LCHA 1JULA 3C2VA 3PG9A 4KFPA 3GDLA 3GDRA 4JD4A 5DCBA 4UC5A 2ISWA 5K2ZA 1OFBA 2RDUA 5LZLA 4KWWA 3EKZA 1KM4A 3THQA 3LOTA 4RR4A 2EAWA 1F76A 3BLEA 5AYYA 3W1TA 5CZ0A 3ABQA 1XKYA 1XCFA 1HG3A 5EYWA 1VR6A 5DBTA 1ICSA 3VE9A 4N4PA 3M43A 2Y6ZA 4HIBA 1C29A 2A0NA 3BV4A 3SGUA 2DZWA 1LORA 1ZY9A 3BGJA 3OVRA 3E49A 4O13A 1I45A 1OFDA 1GEQA 3TQ0A 2GUUA 4AEOA 2JK2A 4R53A 1KLYA 3QSRA 2GJLA 1GVQA 2Q3OA 1FXQA 1LROA 3LCLA 1JCLA 4N6FA 3LCGA 4DO4A 1JR1A 3I65A 3PWAA 4R7JA 1R2SA 1A50A 4UIOA 3GLCA 4ZL1A 4NNCA 5F4WA 5KZEA 4WQ6A 1H7WA 4ICNA 3MO7A 4E2BA 3QEZA 3W1PA 1LP6A 4XUGA 1EUNA 1NVMA 2C19A 4NNAA 3DFQA 2H8ZA 4Y96A 3WJSA 1FXPA 4N9DA 5IM51 3L21A 4NT0A 2A21A 4WUIA 4LRSA 2HS8A 1G69A 1PCWA 5FF7A 3W1LA 4WX2A 3DHDA 1EEPA 3QFEA 3GNNA 3DFSA 3O63A 3EX1A 3FKRA 1HL2A 2OX1A 1QPOA 1SQ7A 3S8HA 1G4PA 3QYQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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