4NT0A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
222
structure length
213
Chain Sequence
RSRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 74
structure length 213
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nt0A00
3G8RA 3HIJA 1G7UA 3C52A 3UWZA 6ALDA 3G0XA 3G0UA 1T0OA 1T8XA 3W85A 2A7RA 2VC6A 2E09A 3TROA 4E38A 4LU0A 4PODA 1C9DA 3STEA 2YCEA 3O6CA 1TTQA 1W5QA 3I7SA 2E1DA 1R30A 2GPTA 3FKRA 1VYPX 4HSNA 4O18A 4AF0B 3RLUA 2HS6A 4WY0A 1FY6A 4UFLA 2QJGA 4DO4A 3TQKA 3HO8A 2QAPA 4ZQNA 1FDJA 1XDLA 2GQ8A 4A22A 3N3MA 2VFIA 3DFNA 1F5ZA 4MZ8A 4PFMA 4JDBA 3G8EA 1SR9A 4BF9A 1OFRA 3MHGA 3S42A 4XQ6A 3MWAA 1OFAA 5LSMA 2QCGA 3G1AA 4A29A 5HUPA 2QUUA 4Z1CA 4DF2A 3RF9A 1YLVA 1I2PA 5FI8A 3M5ZA 4IMDA 4K37A 2C15A 4JICA 4ZQPA 3M16A 1DV7A 1RZMA 5HR6A 1SO6A 3M41A 3TJXA 2RFGA 4RCXA 2ZA3A 3KRUA 4OBTA 3W84A 4QITA 1K8YA 1JUEA 4DF1A 3W74A 1A5BA 2GVGA 3C8FA 5BMXA 2ZTKA 1WA3A 1O94A 4TO8A 3WJSA 2X30A 5A8GA 1ZAIA 4JS3A 2BX7A 3LERA 3E9AA 2VENA 3LCIA 3BLFA 4Z1DA 3BO9A 3IIZA 1KM1A 1P4CA 4A3UA 3ZWSA 5DCBA 3MHFA 3ZR4A 2E6YA 4LY8A 4AWTA 1GOXA 1XUUA 2C19A 1TJPA 2C14A 3E02A 1UUMA 2CZ5A 2V5LA 3B4UA 4FIQA 1LRTA 1FQ0A 2D73A 1PCWA 1KFJA 4UIOA 3USBA 4GUJA 5D2WA 4AHPA 5KSWA 3T44A 5IBXC 1JRCA 1KTBA 1C8VA 3PG9A 4JIQA 4X2RA 3GLCA 3W1QA 3W1UA 2WO5A 3ELFA 3OHIA 3W1PA 1Q45A 1EUAA 1W1ZA 1PIIA 3BLEA 1PHWA 3CEPA 4MJZA 2JKAA 3JS3A 4QAIA 3QMTA 3JR2A 3LCHA 3NQ6A 2Z6JA 4FX8A 1I2NA 2W0UA 3KVMA 3CWOX 1TMHA 4UTWC 4FNSA 4Q4KA 1H51A 3S5OA 3LRMA 1NEYA 1FDZA 1FWWA 2QCFA 4M6PA 4NXKA 5D2TA 4HIBA 2W6RA 2QCLA 3LHWA 4LUJA 2VXNA 3IV3A 3CHVA 3W71A 5I3FA 4N9DA 1S5VA 2RDUA 3C3NA 3ABSA 3NPUA 2PRLA 3EX4A 4XZ9A 4DQWA 3QF0A 5EL1A 3TA6A 4IWWA 2CLKA 4BFAA 3BVJA 5K4XA 3PB2A 4Y9AA 2GJNA 2AGKA 2C1HA 2LLEA 1F76A 3PR2A 5CPLA 1A53A 1FXPA 3LXBA 3Q2DA 4TMCA 2ZRYA 3LTYA 3NQMA 3E96A 2NXHA 5AHIA 4LRSA 1KA9F 1FCVA 2V2HA 3M9YA 3RU6A 3KRSA 1HFBA 3H53A 1Q6OA 3HG2A 1KM6A 4IMEA 4MPQA 5AHNA 3S5NA 4FIRA 4MY1A 3TIMA 4OU1A 5F2MA 3C6CA 5FEPA 3C2EA 1XL9A 4UNLA 3TQ0A 2NWRA 3TSMA 1ICPA 2V2DA 3DAQA 3C2RA 2ZZ5A 1PS9A 3VKJA 1TIMA 4B5NA 3W7EA 4O16A 2RDWA 2CLOA 4JTLA 1GVQA 3MYOA 3P80A 1KM3A 2C16A 2H8ZA 5I3HA 5K2ZA 5C6MA 5C2XA 3PAJA 2NV2A 1BWKA 1SSGA 2QCHA 1FCUA 5DLCA 2H8XA 1J5TA 2RDTA 1A5SA 3W7IA 4JX4A 1EP3A 3TUUA 1LORA 4DBDA 3G24A 5L6UA 2ZYFA 3OVQA 1GZGA 1GYNA 4MUZA 3ANYA 1J4EA 2G95A 3GR8A 5F4SA 4AXKA 4XWUA 1DQWA 4TR9A 4WXYA 4N9EA 1MEWA 2J88A 5HULA 1AW5A 3LX9A 4TIMA 4FO4A 3AJXA 3B04A 5G1TA 3TW6A 3P82A 2BZNA 3G1SA 3LXCA 2J24A 5F2IA 4UTKA 2A7NA 3EWZA 1JCYA 1UUOA 3QMSA 3DFOA 1XI3A 1ZCOA 4GFSA 2Z6IA 3BGJA 1K7XA 1N8FA 2E77A 4IMCA 2G5WA 1X6UA 2QCDB 1SZNA 3TE9A 1IGSA 2B7NA 1WDWA 3W6YA 5KINA 4LVBA 3TXZA 4DF0A 2V2CA 1B9BA 4OQVA 3W1TA 2NLIA 4J9JA 1G4PA 1H1YA 4Z1BA 4HPXA 2Q8ZA 1LDCA 4O8RA 3W73A 3LTPA 1EPXA 4Y90A 4MKNA 4TX9A 4NT0A 4GUGA 2ZZ2A 1RV8A 3LM7A 5AHEA 5HWMA 3BV4A 3CT7A 4IQLA 3BGGA 2FLIA 2VKZG 4WUIA 4GNJA 1IXNA 2Q3OA 5I3IA 1R47A 2QDGA 3GKAA 1XBXA 3CC1A 4XBSA 5LNRA 2DZVA 1EX5A 3QC3A 3TU9A 4A2SA 3TSDA 3TDFA 1OFPA 1EA0A 3O63A 3HPXA 3IVTA 2BWGA 1ZALA 2B7OA 3N2MA 1SW3A 4AEOA 1XKYA 4X9SA 3EB2A 4S1FA 1Q6RA 5FF3A 2YGYA 1XM3A 1QOQA 3W07A 2BXVA 1G7VA 2OZ0A 1EB3A 1O5XA 2NX3A 4GWEA 3NPXA 3OVPA 1WXJA 3HQ1A 1M7OA 3LI0A 4K38A 5D2XA 5DXXA 2PRHA 2X1SA 3T78A 3PM6A 1YTDA 4P2VA 4O28A 4AHQA 3EWXA 4AMAA 2PURA 5EMUA 1I2RA 1IF2A 4O1BA 3NR0A 3SY5A 1OYBA 4U28A 3KX6A 2EKCA 3DXIA 2ZRWA 4DBEA 3S8HA 2Z1BA 2Y85A 1FCQA 5LKYA 3LCFA 3IIOA 4ZL1A 1DL3A 4O50A 3R5EA 3W1LA 2J6XA 2JBMA 5A5WA 3UXAA 4IJBA 2WJZA 3C61A 3DENA 3UWUA 1MEHA 3QH2A 2C6QA 2ZRXA 1FWSA 1GVSA 4UXDA 2TMDA 3FLUA 4KFNA 3BW2A 4K36A 1JUKA 3GXTA 1K3UA 1JJKA 3GB6A 1ME7A 3S1XA 3N9RA 3W23A 1KW1A 2R8WA 4JYDA 5AC7A 3B03A 3QZEA 2Y7GA 5DBUA 4AVFA 2CFFA 2A0NA 3CM4A 2OT1A 1TTJA 1W5MA 3CU2A 3FJ6A 1TPFA 1Z41A 6TIMA 3L5MA 1YXDA 3B06A 4LVDA 1P0NA 4HHPA 5T26A 3IIVA 1GQNA 3IEBA 2WSQA 4LOCA 4IX0A 1ZAHA 5G4WA 1I4NA 3NL6A 1TPDA 5ABTA 1EWDA 3LXAA 3W7HA 2ZA2A 2Q3RA 2Y63A 3NPWA 3U2OA 3LGEA 3N73A 2A6LA 4O11A 4JTGA 4RV8A 4S2BA 4O17A 1HO1A 2VFEA 3E0IA 1OJXA 4JYEA 3NVTA 2V30A 3G1FA 1R2RA 3N19B 1G4TA 2Y61A 4YWIA 1K03A 4ORIA 4FNRA 2ZQ0A 2RKXA 1VYSX 1UB3A 1VH7A 5G5IA 3GKFA 5F1VA 3K30A 2CLEA 3I68A 1JR1A 4IPIA 5CG7A 3NOEA 1YTEA 3U8GA 5KITA 1RQHA 3S6DA 4QIUA 3LHZA 5C5YA 4FXSA 2GOUA 4Z08A 4L4LA 2H3DA 3VE7A 3CIXA 1EP1A 3MUXA 1KV5A 3MBDA 1NAL1 4I7WA 1LP6A 1K8ZA 3KVLA 1KV8A 4MZYA 1GYLA 1EWEA 5C55A 3S1WA 4N4QA 1SZFA 2WNZA 1PVNA 3IRDA 1UASA 5F4WA 2X1TA 1VPXA 3MJYA 3IGUA 3QPYA 5HJLA 3W2JA 1QFEA 3P8IA 4WY0B 5D37A 2AAMA 1ME8A 1CX9A 1H7RA 2F84A 2A85A 2CU0A 3Q94A 1H7NA 3HGJA 4EOUA 5J5RA 1G4EA 3V1PA 5HR7A 1GEQA 3LLFA 5TQLA 3THAA 3W2UA 3A24A 3A22A 4LWWA 3WFAA 3WK3A 2OX1A 1B4EA 4O1AA 2CZDA 3M7WA 3NQDA 1IIGA 1TPEA 2J9YA 4HNNA 3P62A 1L6WA 4CNOA 4UCGA 1O4UA 1QPRA 5E93A 2Q8LA 3H55A 4Z0JA 3M0ZA 3L0NA 5D05A 3DGRA 3DFPA 1GPWA 4FNPA 4IPJA 4XTDA 4WOZA 3VE9A 4MLRA 4UTJA 3FA5A 5LGZA 5D32A 7TIMA 3BARA 3M5VA 1VC4A 3EWWA 4RZ6A 3M6YA 4JTHA 2GQAA 2ZZ7A 1GWJA 1Q3NA 1TO3A 1TPWA 3W83A 5K3VA 1FDYA 1R2SA 4H4IA 2J9ZA 1TPH1 1KFLA 5FF2A 1MO0A 3UD6A 3DI1A 3G1HA 2YXGA 1SO4A 2V81A 4NVTA 4RX0A 1I2OA 2CZFA 3TC7A 3NQFA 1LCOA 3LV5A 3S5ZA 3TNOA 5FEZA 4UR8A 3UXDA 1KTNA 5EBUA 1B57A 4GUHA 5IBXA 3OEXA 1LLWA 2Z0IA 2Y7EA 3YPIA 2H3BA 1UCWA 5AB3A 4HNUA 1SZEA 3KFTA 1XBVA 3W7JA 2TPSA 2QUTA 2O7QA 2OT0A 1QAPA 3STGA 1A5CA 5DELA 3UWQA 4YXGA 4UFKA 1TCDA 4WQ6A 1W3NA 1OF6A 1QDSA 3W9ZA 1TSIA 5HINA 5LNUA 4LV4A 3E12A 1ADOA 1RPXA 1YADA 2Y7FA 3LOTA 4UTWA 3L5LA 3PG8A 3W7GA 4JTKA 1VS1A 3BPWA 3PY2A 1ONRA 3W7OA 5CZTA 1HUVA 5LNWA 1KLZA 3L2IA 3OBKA 1VCGA 3ABOA 1EUNA 4R53A 4QNWA 2OCZA 4JN6A 4ORMA 4JGDA 2WNNA 2YZRA 3FJLA 1W5PA 2EGZA 2NV1A 1RD5A 2WOQA 3BG3A 4BI5A 4UFIA 2R94A 4MZ1A 1DVJA 1RR2A 5I3JA 1NF7A 3UNDA 1F6PA 4EIVA 1E51A 2CLLA 4MY9A 2Y89A 2EAWA 4TMBA 3LI1A 1WAUA 1RQEA 1SW0A 3SJ3A 3THQA 4K39A 3O06A 3I6RA 3P74A 2PCQA 4YCPA 1W3IA 2QKFA 5I3KA 3C2VA 1JQVA 3T7VA 4JTEA 3QW4B 3NGJA 4I9AA 3NAVA 2NX1A 3L66A 1NVMA 1H62A 2R14A 3EKZA 2QJIA 3SGZA 1BWLA 4WOQA 3LDVA 1OYAA 2ATMA 5CPNA 1XDMA 1JVNA 4FB7A 4LUIA 3TK7A 4KKXA 4O13A 4ZVJA 4S2CA 3W7MA 4NJIA 5DY3A 3MYPA 4HN4A 4QISA 3NL2A 3PUDA 2VOMA 2A21A 4NNBA 1YTKA 1G6CA 1T96A 4JY9A 4E2BA 4Q32A 1MXSA 2ISVA 3LCXA 4CNNA 3RK8A 3V75A 2H90A 1WBJA 4CQ8A 1ZJIA 3L65A 4MFEA 5F2GA 2C18A 1F74A 2JGYA 4QJ1A 3PSVA 1VGAA 3T55A 3TXVA 1L9WA 3H54A 1W0MA 3KRZA 2CW6A 1AMKA 4IGHA 3GAYA 4RZ5A 3L21A 3GXNA 3LCWA 2YFOA 4MIMA 3QQ0A 3HG5A 4WY0F 3Q58A 4RJEA 3HJZA 4BI6A 3I7RA 3DFQA 4LS1A 4O0KA 1O60A 3S0CA 2HMCA 3TV8A 2YFNA 1ICSA 3G1DA 3TFXA 1D3HA 2GJLA 2ZFAA 1HO4A 1MSSA 4LNYA 3DKLA 3WK1A 2ZZ4A 3IIXA 5DCEA 3TR2A 4JTTA 4UC5A 3AO0A 1YXCA 1PE1A 3EX1A 1LRQA 3HMJG 1JCNA 1Q6QA 3MI3A 4ML9A 3INPA 3GDMA 2EHHA 2C3ZA 4EF8A 2V9DA 3PC0A 3SIZA 3GDLA 3G18A 4N9CA 1IXOA 1WOAA 4LS2A 2DJLA 4MY8A 4ZQMA 1TPVA 3G22A 4PC8A 1OFBA 1JULA 5H91A 2BSLA 4UTIA 5FF0A 3W7DA 3GDRA 1VLWA 5E0KA 3W76A 3O6YX 5IM51 1WOBA 4JTUA 3P5YA 5CGQA 2CLIA 2FB3A 1S3HA 1AK5A 2DZPA 1VRDA 4O12A 2NUXA 3MP3A 2C13A 1RQBA 5AYXA 2BLEA 1OK6A 1TJRA 4JTIA 1NSJA 2ZRUA 1H61A 4A2RA 2Y70A 3BW4A 2TYSA 1VR6A 4U4MA 1UJPA 1I8JA 1VCFA 2XN0A 3GDTA 4ZMGA 1FWTA 1TPC1 1U5JA 1G4SA 3E49A 5CSRA 4OWGA 3NQ8A 3L9CA 1FCBA 1GTEA 2VFHA 3C2FA 3A9IA 2OJPA 1Q6LA 3R89A 3VNDA 2WSYA 1H50A 1JCMP 1OFDA 2XN2A 4AB4A 5G2WA 4N6EA 3MI2A 3RMJA 1H7XA 2GVJA 2KZHA 1TPB1 1VCVA 4JTSA 1CI1A 3W7PA 3LV6A 2TSYA 1FWNA 4FNUA 3SGUA 1A5AA 3LBMA 5CSSA 2CWNA 5EA9A 1F05A 1W31A 4UTMA 2Y7DA 5KTLA 3T40A 5KMYA 4QQ3A 1LBFA 2ATSA 1OYCA 2CZEA 5K9XA 3MO7A 3R8RA 4FNTA 3D0CA 3NL5A 3MI6A 3UWWA 3NM3A 3PF3A 1LRNA 1Y0EA 4M7SA 3TMQA 5D33A 2WQPA 3T4CA 5DBTA 2NXIA 1P1XA 1K8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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