4NUW | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-12-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4nuwA00

4QISA 3WJYA 3NQDA 1IXOA 2B0MA 3IRDA 1ICQA 1GT8A 2X2GA 3IGUA 1W1ZA 2GQ8A 3W7CA 4RZ5A 1F05A 5DBTA 1K7FA 1F74A 1HTIA 1FQ0A 1CI1A 1IXPA 3QH2A 3W70A 5EYWA 3GAYA 3MI3A 2RFGA 1EA0A 1ZALA 3CWNA 3BGJA 2YCEA 2B7PA 3NG3A 4AHPA 2HS6A 3IEBA 4ORMA 3W83A 1F76A 2A85A 2DORA 4LC6A 4MOZA 4AF0A 5C2XA 3GNNA 1EWDA 1Z42A 4HIBA 2GPTA 3QPZA 3C2RA 3STCA 4OU1A 1H51A 4G1KA 4CLMA 3LX9A 1KFBA 2V8ZA 2YYTA 1NAL1 1WOAA 5LHEA 2ZZ7A 3EWUA 3W3OA 2QR6A 5A8GA 3PBYA 3W9ZA 1M7OA 1TPWA 3R8RA 4AWTA 4RZ4A 1GJPA 1ZAJA 2Y70A 1VYPX 2R8WA 1VCVA 1H63A 4NQ1A 5LNWA 3QW4B 3NR0A 1EPXA 2CLMA 1W56A 2YR1A 5D32A 1P1XA 1VLIA 3VCRA 1TV8A 1L6SA 3W2KA 3TR2A 3OEXA 3E02A 1KFCA 4R7JA 3FLUA 3WK1A 3G1HA 4GNJA 4PL1A 3LLDA 2RH9A 1S5TA 5ABTA 3B06A 1QR7A 5E1QA 3UWWA 4LWWA 3HBLA 2ZZ3A 5D03A 4PTNA 1S5VA 4PH6A 3FKKA 2AQWA 4RXGA 4XKYA 3RLUA 3MI2A 2PCQA 3GAKA 1SU5A 3LRMA 1TIMA 1SO6A 4UFLA 2JGQA 3B03A 2ZZ4A 1QPQA 5IM51 2C14A 3L21A 3W7DA 2DZWA 1WQ5A 2Z2UA 1FXQA 4HKPA 1H62A 3NVTA 3W1AA 3ZWTA 3PSVA 1H7NA 1R46A 3T40A 1W5PA 4UTHA 4M5PA 4IMDA 4WXYA 3WK3A 3TUUA 1E51A 4GXMA 4HNTA 2Y62A 2VFHA 4JTSA 4JTFA 2TSYA 1W3NA 3N3MA 3P67A 4GWEA 4IPJA 5HQEA 3V1PA 3PVFA 1JJKA 1UB3A 2E6YA 4JEQA 1TPDA 3TX9A 1G4PA 4DF0A 2CZ5A 4OWGA 1V7YA 3BLIA 2H90A 4JY9A 2Y7EA 3TK7A 2NV2A 2BLEA 3MWAA 3QW3A 3SJ3A 4JR5A 3MBFA 4K8EA 1JVNA 1ADOA 4FNTA 4UTWC 3NO5A 4QIUA 3O6CA 2TMDA 3NXFA 1HFBA 4NUWA 3MJYA 1VYRA 3UWZA 4MFDA 2V2HA 3TQVA 4NJJA 1TCDA 4KFPA 2WJZA 4BR1A 1QAPA 2I9EA 4U4MA 3BARA 3NZRA 5K4XA 1IIGA 1AW1A 5FEXA 4ICNA 1QPRA 4O53A 3GDRA 2J6XA 3TROA 1GZGA 3UPBA 5AC6A 3NQ7A 4RJEA 3S5ZA 1XKYA 3CIWA 2OT1A 1VHCA 4AWSA 3L5AA 4NT0A 3S1XA 3HF3A 1RPXA 3Q94A 3M47A 1O5KA 4IXHA 4KFOA 3M5VA 1S5WA 1QOQA 4A2SA 4ORIA 1J4EA 1NEYA 4IX0A 4LC8A 3P8JA 5CZTA 4E0CA 4LW7A 3TMQA 3W07A 2FPTA 3EWBX 4O0ZA 2B7NA 3JS3A 4XBSA 4LVBA 3GLCA 4MZ8A 3MHFA 1UJPA 4PA8A 5FEWA 1OX6A 2ZRZA 4JTTA 3LTYA 1BEUA 1QWGA 1P0KA 4JTJA 1EWEA 1EP1A 3MW7A 1O95A 1FX6A 2GVJA 1HO4A 3W7QA 3HGRA 3GDKA 5FI8A 3DGRA 3GKFA 3L0KA 4DXVA 2X30A 5E93A 4M19A 3N34A 4QJ1A 4GRSA 4Z08A 3ZFHA 2HTMA 2ZZ1A 3TXZA 1N55A 3TA6A 1OFQA 3P5YA 3HO8A 2YW4A 4MVAA 3DKLA 1P4CA 4AEOA 3T4CA 4A3UA 2EPHA 4GUJA 3LHYA 4E38A 3HQ1A 1W3TA 4K38A 2QUUA 4DEFA 3R12A 1KV5A 1LP6A 1SO3A 3W1QA 1IIHA 1EX5A 5LHFA 2CLLA 1HO1A 4MFEA 5C6MA 1PL9A 1KM6A 1B9BA 1Q6QA 5AFDA 5BW6A 5DN1A 1T96A 1X7FA 2ZBTA 4IX2A 5AYXA 4M6QA 3M7WA 3LRLA 3TQKA 1QFEA 3G1FA 2ZFAA 1OYCA 5J5RA 5K9CA 5DXYA 2JGYA 3PBVA 3CU2A 1FXPA 2ZQ0A 3QSTA 1X8FA 2Y63A 1DJQA 5EPDA 1CX9A 4YCOA 4NNCA 4DO6A 2JKEA 4FXSA 1F73A 2BSLA 4UTLA 3P62A 2OX1A 5I3FA 4S2BA 4WJEA 5LGXA 1H7PA 3UWQA 4EF9A 2QDGA 3GYEA 3HMJG 3EWYA 2GQAA 3LTPA 4E2BA 1BWKA 3FJ6A 3W72A 1DL3A 2WOQA 3G3DA 1GEQA 3GDMA 4Q32A 3L0NA 1OX4B 1DQWA 1RR2A 5DCBA 3FYOA 4UTWA 1EEPA 2GVGA 3FYPA 2ZRWA 3B05A 4K7YA 4QSHA 5D33A 1GOXA 3PF3A 5AYYA 5KZEA 5LZLA 3W7GA 3STEA 1Q6RA 3GIYA 3KXQA 5K2ZA 3NQEA 1GTHA 4MY9A 4BK9A 2X1SA 2VEMA 2DJLA 3MUXA 5CPOA 2R14A 2DZPA 2ZRXA 1OFPA 1QDSA 3JRKA 4W9TA 1SSGA 1J2WA 3HGSA 3S9YA 2CLIA 4OV4A 4O13A 2AAMA 1TPC1 3S1VA 3TCEA 3EWXA 2FQIA 3EX4A 3TE9A 1FUYA 2ZTKA 5C54A 3NQCA 3MHUA 2DZXA 2WSQA 2Z1BA 3M5YA 2JKAA 4CCEA 2QJHA 1PV8A 6ALDA 4LV4A 1XBVA 1EP2A 3QC3A 3LHVA 5HUPA 1U5JA 2F7FA 4GBUA 2E5BA 1OX5A 3PG8A 2P1FA 3UYCA 5L6UA 2Y6ZA 2YGYA 3W84A 4O54A 1LBMA 3O6DA 1FCQA 3DENA 5D09A 3T44A 2WNQA 1Q6OA 3QPYA 4TMCA 1QOPA 2V2CA 4KWWA 5KZMA 3QQ1A 4HPJA 4UTTC 1FDYA 3NPXA 1D3HA 4O18A 4H6KA 3CB8A 3NGJA 3TC6A 2QUVA 3E12A 2EHHA 4O1CA 1ZHAA 3GR8A 2PRHA 3R5EA 1CW2A 3ATZA 4UFKA 1GQNA 2V9DA 3M44A 4E2DA 3QMTA 5D2XA 1LOLA 1T99A 3S1WA 4FNSA 3NNTA 4FNRA 3RF9A 4P61A 3DFNA 3M16A 4TR9A 1G4TA 1UCWA 4QNEA 4CNOA 1FBAA 5A5WA 3UXDA 3O16A 3SY5A 2A4AA 1F2JA 3IIPA 1AL7A 2ISWA 3CIXA 4Z1AA 5DCDA 4X22A 3MYPA 4UTIA 3LLFA 1A5SA 1I45A 3PC0A 4AF0B 4Y6GA 2WQPA 3W7IA 4FB7A 1O60A 3T55A 2A21A 5D2TA 1YLVA 3KOFA 2QCMA 3TQ0A 1RZMA 2ZRYA 3IIXA 1FY6A 2W0UA 4DO4A 3M1ZA 1GVOA 1RV8A 1SZEA 4Q33A 1F6KA 3W7LA 1SZNA 4LS0A 4KWVA 1QPOA 4AAJA 3N9SA 4LUIA 1OK6A 1R2RA 2VEKA 4PODA 1W5OA 1FDZA 1FCUA 4Y96A 3LXAA 3GB6A 4O12A 4JXCA 2YYUA 4R34A 4JYEA 4YCPA 2DU2A 1L6YA 1TTIA 2PE4A 1BKSA 4O1AA 5DXXA 3G18A 4EVZA 4WY0B 5AC8A 5AHNA 4NXKA 5AC7A 1LLWA 3LHTA 4JYFA 1UUOA 4A22A 4WY0F 1M5WA 2XN2A 2QCDA 3W1RA 4IMEA 3C61A 1KM3A 4K39A 2I1OA 1SZFA 2B7QA 5KMYA 4IWWA 1YTDA 3QMSA 1C9DA 3FEMA 2RKXA 5F4SA 1P0NA 5BMWA 3KVLA 4GUIA 2JK2A 2RDWA 4XTIA 4XKYB 4DQWA 1DBTA 1W54A 2CZEA 3P61A 3BW4A 3O63A 3IIZA 2GUUA 3B8DA 1EIXA 1TB3A 5K9DA 4Y8FA 1TPEA 3QRHA 1TYGA 3W2LA 4ADTA 2CZDA 1ZAIA 2I14A 2G96A 4UNKA 5I3IA 1DOSA 3W6YA 3N73A 2Q8ZA 4HSOA 3F03K 3LV6A 1Z41A 3R13A 3HG4A 4M7SA 4NZFA 3EEGA 3HGJA 3VNDA 4LRSA 3LCHA 2ZA3A 4O16A 3L66A 3EXTA 3C52A 2ZYFA 4HHPA 1FCBA 3IIOA 1ME8A 4UFHA 5LKYA 1TMHA 2NX9A 3QF0A 3INPA 3OVQA 2V30A 5KITA 4L4LA 3W1NA 4N02A 3QQ0A 2V82A 3NPUA 4OT7A 3NQ2A 1YDOA 4JGDA 4LV9A 3B4UA 5HWJA 2YW3A 1A5BA 2C1HA 4AWUA 4PL2A 1G6CA 1JCXA 3DU0A 5DBUA 2C16A 3S42A 1KV8A 4N9EA 1SZGA 3NL5A 5T26A 3C6CA 2TPSA 3G0UA 4X3ZA 4UTTA 4GE8A 2ISSA 1EB3A 4JY8A 4WY0A 3DH7A 3LCGA 3M41A 1JQVA 1LM1A 3EXSA 5F2IA 4TO8A 2Y7FA 3ABRA 3EKLA 1R30A 4R33A 3HIJA 5D2WA 3HOJA 1TQXA 2A0NA 2OT0A 1PE1A 3A23A 2W6RA 2WSRA 1B3OA 3MP5A 5EY5A 3KAOA 4O15A 1BTMA 5EA9A 5AHMA 2NWRA 4JDYA 1OG0A 1TV5A 2E1DA 1K7XA 5BNKA 5HR6A 2HS8A 1Z44A 5AHLA 3N14A 4RX0A 3CEUA 4XBKA 2QEZA 4MIMA 5G1YA 4LU0A 4NJIA 2TRSA 2V5LA 3SR7A 3W23A 1RQHA 3WJSA 2IQTA 2FLIA 1OFAA 1VYSX 4ZQCA 1V5XA 3LXBA 4NJGA 4EWND 4NJKA 4O0KA 4XTDA 1GWJA 2E6DA 3N2XA 4ZQNA 3RMJA 2C15A 4YXGA 2X1RA 4MLRA 4DF2A 4FHAA 4FNPA 1AL8A 5EKYA 3CTLA 1D9EA 5KINA 3DKJA 2HMCA 3LV5A 1ZNNA 1FWNA 3TSMA 3W7MA 1FWWA 4DPPA 3EX1A 1F7BA 3TAKA 4UXDA 3ZWSA 3W7KA 3WJZA 4O57A 3E49A 4A2RA 1TPVA 5I3HA 1OF8A 3S0CA 3UD6A 3E0IA 4LOCA 3F4WA 3DFTA 2YZRA 3FFSA 2ZCGA 4WD0A 3THAA 3EX2A 5CPNA 3NL2A 2P10A 3NM3A 4JS3A 5L9FA 1GVSA 4Z0JA 2Y85A 1SQ7A 3W7HA 5CZSA 2VELA 4I9AA 3A24A 1LLZA 1KFJA 4CCCA 3NQ6A 3O07A 5BOOA 1LCOA 4UC5A 1U83A 1OABA 3NQ8A 3W22A 2NV1A 1AG1O 1TREA 1SR9A 5LNVA 3FJLA 1LZOA 3B04A 3PUOA 2VENA 2VC6A 1XDMA 2Q3OA 3LI0A 4QITA 3RNDA 2UV8G 2NXHA 3G0SA 2A2IA 3QJAA 3NAVA 4NU7A 1TJRA 1Z48A 1TJPA 4OGZA 1SO5A 2H3DA 1DV7A 1H1ZA 1I8JA 1OVDA 1KW1A 4MJMA 4ZZ9A 3W88A 2CLOA 3USBA 1TPB1 3NYZA 1LOSA 3R2GA 2LLEA 1O5XA 1LYXA 2VEPA 3G1SA 4WX2A 1KLZA 2BXVA 3F1QA 2A5HA 4MZ1A 1GG1A 1M7PA 1AW5A 3S5NA 4ZL1A 4O11A 2D73A 1UUMA 4CNPA 4DF1A 4LUJA 3TKFA 1SW0A 3L9CA 1EUAA 1A50A 3GXPA 4DBDA 5BRBA 1OFEA 2CWNA 4JIPA 3M6YA 2GQ9A 1KLYA 3KRUA 1WYIA 4MKNA 3S5OA 1WA3A 1P5BA 2Z6IA 3CLMA 2FPVA 3IGSA 5I3GA 5LNUA 3P80A 4UR7A 3TNOA 2J9XA 3HG5A 4HPXA 1LORA 4DO5A 5E0KA 2VXNA 5D04C 1THFD 3V75A 4N9DA 1SO4A 5D05A 2X1UA 3P8IA 4C1LA 3QEZA 3KVMA 1GVQA 2OZ0A 3P7YA 4LVFA 4UMCA 4NVTA 3NQFA 4O28A 3IVTA 3UPWA 3SZ8A 1YYAA 4BI6A 3WJXA 3LHUA 3CC1A 1MEIA 3SGZA 1NF7A 5G1TA 1L6WA 2YXGA 3BGGA 1AK5A 1EUNA 1YPFA 3TJXA 3TAOA 4Y90A 4K36A 2NXGA 4UMAA 4IXXA 1TSIA 3E96A 4UUIA 2QCGA 1MXSA 1NF0A 4LS1A 4I7VA 2WPBA 1J5TA 1IGSA 2C19A 5H2ZA 1IXQA 1MO0A 3KRZA 1MEHA 3M0ZA 3NA8A 3DFOA 1OF6A 4BWLC 4JX4A 1SUXA 4WOZA 2H8XA 2FB3A 3CHVA 3N9RA 1DJNA 4WZHA 4FX7A 4AHQA 3LDVA 2ISVA 3MI6A 3G8EA 1JUBA 1VPXA 2AGKA 4MLJA 4CCDA 4IQLA 5HWNA 3TJLA 2ZRVA 4BI7A 4O4WA 1OFOA 2V81A 1RQBA 5HULA 1ALDA 4N6FA 4NZJA 1Q45A 1VS1A 1K02A 4S1FA 2A7NA 5H91A 3DAQA 4FNUA 4GFSA 3U8GA 1XBXA 1PCWA 2C0AA 1LROA 3O1NA 2R91A 1GYNA 5CZJA 4HNNA 5D30A 1RD5A 4ADSA 3PULA 2G5WA 2YX0A 4K6AA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4NUWA

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