4NVTA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from brucella melitensis
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
IRPLVAGNWKMNGKGESLTELRAIAAGLSSDLGRKLDAVICVPATLLSRAAETLEGETVGLGGQDAHFKTSGAHTGDISPEMLKEAGATHVILGHSERRTDHHESNKLICAKTEAAWAAGLVAIVCVGETASERKAERALDVIGDQLSGSLPDGVTAENTIIAYEPVWAIGTGLTPTVQDVRAAHAFMREQLIERFGAKGAHLRLLYGGSVKPSNAAELLGVADVDGALVGGASLKAADFLAICETYRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
total genus 88
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nvtA00
1OF8A 3ATYA 1XL9A 2YZRA 1H62A 1KV5A 3W2UA 3EWYA 3EEGA 2VENA 2EGZA 2VC6A 2AQWA 5TQLA 4JDBA 2HS8A 4M6QA 3TUUA 3SZ8A 4NX5A 4KFNA 1P5BA 3UWVA 4JTHA 1JULA 4AB4A 1VLWA 3EKLA 3TJXA 1GYNA 2NUWA 1Q6LA 3GK0A 3TJLA 5ABTA 4R7JA 3O05A 4GUJA 2XFWA 1K7EA 1QO2A 4JTKA 3LCXA 2ZBTA 1LZOA 1AW5A 2BSLA 5EL1A 4X3ZA 3STEA 4Q4KA 3GAKA 5K9XA 4ALDA 2QUTA 3FKRA 3O1NA 2ZRZA 3LERA 2LLEA 4PCFA 1GVFA 1OG0A 4LS1A 4FX8A 1KFBA 1K7XA 3N19B 4ADSA 2QCLA 3MI3A 1FCBA 4HPJA 1NSJA 5HUOA 1F74A 2B7OA 3O06A 4LY8A 4E0CA 3CPRA 1SO3A 3PWAA 3BPWA 3UWWA 5K4XA 1G4TA 1VC4A 4RCXA 4UFHA 4A3UA 4UTWC 3E49A 3FA5A 3BW2A 5AYXA 3VE9A 5KSWA 4K8EA 5EBUA 1A5AA 3LXBA 4K37A 1C9DA 2ZRVA 1ICPA 3MP5A 1H1ZA 5HR6A 5MHBA 3B05A 2AGKA 2ZRYA 3OHIA 5CPMA 2NWRA 3MO7A 3QM3A 4IMFA 3N3MA 3W73A 2GJNA 4TU1A 5C2XA 5AC8A 1AL7A 2CWNA 4LOCA 3T44A 3OA3A 2ZDRA 1H7OA 1VHCA 2ZRUA 4N9BA 1LM1A 3UY8A 3TCEA 1P0KA 3E0IA 1F6PA 2PC4A 4UTTC 3C2FA 1FX6A 3SGUA 3M41A 3PBYA 2NLIA 4U28A 2CZEA 2QJIA 3TX9A 2ZZ1A 3UY7A 3L21A 1XFBA 1FWWA 4FF7A 4O1CA 3GDTA 1SFLA 2XN2A 3M47A 5BMXA 3PAJA 3NQFA 4HSOA 3FKKA 1I2OA 5EKYA 4FNUA 3RF9A 5DCDA 1TV7A 2P0OA 3DBPA 2ZTKA 2V5LA 2BX7A 2CLFA 3QW4B 1GVQA 2JGYA 3BVJA 1GG1A 2G96A 2Z6JA 3G8RA 3MI2A 1EUAA 2B7QA 3BLEA 4IXXA 3W1AA 3W7RA 2WQPA 3S1WA 4RJEA 5CSSA 1DQXA 2HSAA 3SJ3A 4ORMA 4DO6A 1H7RA 3WJSA 5DLCA 2VELA 1KFLA 3FJLA 1KW1A 4X22A 5LHFA 1SPQA 3DFTA 1H63A 1KM6A 3TW6A 4OE7A 1W54A 2VEIA 4QNEA 2QJGA 5AHEA 3HGOA 3LDVA 2Z0IA 1KBIA 2BXVA 2PURA 2G97A 1FUYA 3S5NA 4GWEA 4H3DA 4UMAA 3S1UA 3NL2A 1K7FA 2VEKA 5FF4A 1KM4A 3T40A 3DENA 2WSYA 1GPWA 4IJBA 4K7YA 3NA8A 4Q33A 1JQXA 2EF9A 1QAPA 1QWGA 1AW2A 1AG1O 1Z48A 3I7RA 1F73A 1BWLA 1EPXA 1YYAA 4A21A 3V75A 4GUIA 1DQWA 3W7GA 1VCFA 3W87A 2WSRA 1XDLA 4AWTA 1LTDA 2YW3A 3CM4A 2E6YA 5FEXA 3HG3A 5TBOA 3WK1A 1F6KA 5D2YA 4TX9A 4OU1A 3PUOA 5K2ZA 4KWWA 3LHZA 2E5CA 2A5HA 4S2CA 3W1NA 4HNTA 1KM1A 3NQDA 4FIRA 4M7TA 3VE7A 4JICA 3L68A 5EYWA 2ZZ7A 3T55A 1TB3A 1ML1A 5J5RA 4FNPA 3W83A 3F03K 1VS1A 1YPIA 1IXNA 2ZQ0A 2Y85A 2A2IA 3AJXA 4AMAA 4GNJA 1H7NA 3S5ZA 4O8RA 2YX0A 4XZ9A 3P7YA 3M9YA 1TSIA 2R91A 2CW6A 5CZJA 2E5BA 7TIMA 3CB8A 3HG4A 3Q2DA 1RV8A 4FX6M 3W2JA 2I14A 2FDSA 5D03A 3ZR4A 2QCDB 3DFNA 2PRMA 1J2WA 5G5IA 1T96A 2A85A 4MZYA 2GOUA 3M5YA 5D37A 2AAMA 1YXCA 5LNSA 5D2TA 1DL3A 1F05A 3S1XA 1NF7A 3LRKA 3P8JA 1LBMA 4ORIA 3TC6A 1FCQA 1H1YA 1K8ZA 5U4NA 3LRMA 3A5VA 1LLZA 1LORA 1BTMA 3CLMA 1PE1A 2RDTA 1ZENA 2YFOA 1ME9A 4Z0JA 3BW4A 5HWJA 3VCRA 2H3DA 4Y9AA 1XBXA 2WPBA 3QW3A 3GVGA 3V1PA 3KXQA 3ATZA 1FXPA 2OX1A 4LC8A 3W7CA 3A21A 4ML9A 4TR9A 4DF1A 4WD0A 2KZHA 2B4GA 3IVTA 3UNDA 3CIWA 4M6VA 1IIGA 4O53A 3R12A 4MY8A 3LTPA 4HPXA 3ANYA 2YSWA 5LGZA 1EP1A 2PRHA 1I8JA 4IMDA 4IGHA 2GQ8A 1Q6OA 4Q32A 3HBLA 4QSHA 4EIVA 3G3DA 5AOUA 3PB0A 2Y7DA 5F4WA 4FNSA 3I68A 4NUWA 1FDZA 4PA8A 3LHTA 3PSWA 3G1FA 4HKPA 3EKZA 3NQEA 3RNDA 1O60A 3KVKA 1TPVA 1HTIA 3STGA 3QFEA 3C61A 4Z1AA 4OGZA 4O13A 3GDRA 3W1UA 1K8YA 3P5YA 3VKJA 1GVOA 3R8RA 1KM3A 2BTMA 4RK8A 1WV2A 4O57A 4S2BA 2FPYA 1TPFA 5K9DA 4DEFA 2Y89A 2NXHA 1S3HA 5F2GA 1TMHA 4MIMA 5F4XA 1PL9A 3TU9A 1SZNA 3LGEA 1Z44A 1GQNA 3BGGA 4BI6A 2XN0A 4QJ1A 1TPUA 2J9YA 3G0UA 4YMZA 3E12A 5IM51 1SR9A 4ZQRA 4X9SA 3UWUA 3ZS4A 2ZA3A 4LNYA 2E6AA 4PH6A 3I7SA 1I2NA 1N7KA 3NDOA 1OABA 4AH7A 2QKFA 3IGSA 2NX9A 3UXAA 1NF0A 5U7SA 5J5DA 3B03A 3P62A 1SUXA 1ZHAA 5F1VA 2QCEA 4O0KA 3W2KA 2CLOA 5BOOA 3W74A 4DQWA 1ZAIA 3LOTA 3PM6A 3NQGA 3VFLA 5KITA 5SWUA 1GG0A 3BARA 4WXZA 1I2PA 3M16A 3N73A 3IIXA 4LS0A 1OFBA 1OFQA 3EWWA 4Z08A 4NVTA 3LCIA 4UTLA 3UZ5A 1RVGA 3EWBX 4BFAA 3MP3A 3S6DA 4MLJA 5CZ0A 3NL3A 4N6EA 3A24A 1JCNA 1WBHA 4LT9A 3TDFA 1TPEA 3GR8A 5E1QA 5LSMA 4P2VA 4A2RA 2CLMA 4N9DA 3IVSA 4ONVA 3ABQA 5BMWA 3F4NA 1L9WA 2OT1A 3M1ZA 3LLFA 3WK2A 3A5FA 1VGAA 4JTIA 3N9SA 2JK2A 4UFMA 2CZ5A 3L66A 3RFAA 4WQ6A 4O12A 5LGXA 4BI5A 4PC8A 3TC7A 3ELFA 2QCFA 4NNCA 1XXXA 4UFJA 4BK9A 5CZTA 5LHEA 3M5XA 4XTIA 2C0AA 3QSRA 2A4AA 4Z1CA 1QCWA 3LCGA 2XN1A 1U83A 3P67A 4IPIA 5EY5A 1H50A 5HULA 3GR7A 3S42A 3MHFA 1RPXA 4IX2A 3PVFA 3C52A 1KA9F 1Q6RA 4JN6A 3EXSA 2DP3A 3TFXA 1W1ZA 3IEBA 3PF3A 1HUVA 4AVFA 1JQVA 4E38A 3QJAA 5L9FA 5D09A 3QMSA 2A7PA 5KZDA 4YL2A 4UNKA 3QQ0A 5FEZA 2CLLA 2RDUA 3UWYA 5DCBA 1QPOA 3W72A 1S5TA 4N9EA 1XBYA 1NEYA 3L65A 3B0UX 3TQVA 3G18A 2RFGA 3NO5A 4DO4A 1EEPA 1WOAA 4MOZA 3C2EA 2V30A 5K3VA 4CQAA 5I3GA 2ABBA 2FTPA 4AHQA 4R34A 1C29A 1GZGA 3S9YA 3GDMA 2EPHA 2J24A 5HQEA 3DHFA 1O4UA 2A6NA 1W3IA 3HJZA 3M44A 3EXRA 1RQHA 2B0MA 4M7SA 1NVMA 4DF0A 1ONRA 1YXYA 3FS2A 4XKYB 3IIPA 2JGQA 3NZRA 3WJWA 3B0VC 3HOJA 3G24A 4JTLA 2VEMA 1MEWA 3LV5A 3HPXA 4KWVA 4P61A 1I4NA 4GXMA 5D33A 4W9TA 1JR1A 5AB3A 1GVSA 1ZAHA 4HNUA 2QR6A 1HG3A 4IUOA 3A9IA 2YW4A 3VNDA 2ZZ3A 2NV2A 5K4ZA 2X16A 1G6CA 1AL8A 5BRBA 4NU7A 3NPXA 3W70A 1LRQA 1T99A 2QDGA 3W1TA 3KX6A 3RK8A 3TXVA 2RHGA 3IV3A 2V0TA 2Y7FA 3OG3A 3PB2A 3YPIA 5H91A 4Z1BA 3FJ6A 5CPOA 2H6RA 4FNRA 1M6JA 4UMBA 1JCLA 3E96A 1GYLA 3NPWA 4CCDA 2NX3A 3BO9A 3C2RA 1W56A 4M6PA 1RQEA 4ADTA 2BWGA 6ALDA 2YXGA 1KLYA 2R8WA 3Q58A 2A1YA 5I3FA 3CC1A 3QRHA 1XKYA 2X1UA 3TMLA 5F2MA 2YYTA 1IXQA 4QM1A 2E68A 1FBAA 2FB3A 2QAPA 2GVJA 3SW6A 1SW0A 3GDLA 1G4SA 4XWUA 1T8XA 1G7VA 4WOQA 4IX0A 2ISWA 3FIGA 3CHVA 5HNRA 1LDCA 3QQ1A 3C6CA 4NXSA 1YTDA 2J9XA 3KVMA 1H7XA 2FQIA 3E9AA 2J88A 3THAA 3TV8A 2GVLA 1UB3A 1XC4A 2ZRXA 4UTMA 3IIZA 5G4WA 2OJPA 1TTQA 2X1TA 2ZZ6A 3LCFA 1TV8A 3PR2A 1L6SA 1LP6A 1OK6A 2ZZ5A 1VJIA 3GIYA 1Y0EA 4N02A 1PHQA 2Q3RA 1LYXA 4NJIA 3UPBA 3DXIA 1AK5A 4MJMA 3PUDA 1LOSA 5FF0A 3UYCA 3S1VA 1G4EA 3LTSA 1XI3A 2X1SA 1J5TA 2Y7GA 1SO4A 4MY1A 4UTUA 1L2UA 2WJZA 1OYBA 1BKSA 3MBFA 4YCOA 1L6YA 3IRDA 5DY3A 3DH7A 3TSMA 2BZNA 1JRCA 2DZWA 3PBWA 5LNRA 5GVJA 2NUXA 4XKYA 3GXPA 3ABOA 4R53A 2TRSA 3G1XA 2JKAA 3AO0A 2A7NA 4UUIA 2WNQA 3IGXA 3IGUA 1PHWA 3F1QA 4DBDA 4B5NA 2J9ZA 1DBTA 4EOUA 1YXDA 1TCDA 2YR1A 4NNAA 5CGQA 4GFSA 2VEPA 5AN7A 3WJYA 3UXDA 5LNVA 2VKZG 2J27A 3MJYA 4LVDA 3B8DA 3GZ3A 1SO6A 4MY9A 3W7DA 3IIVA 4UTKA 2CU0A 2I9EA 2VOMA 2C18A 2Q3OA 3FFSA 5HWMA 1TQXA 2WNZA 3W71A 3R13A 3U8GA 2Y62A 2NUYA 2FIQA 3DHDA 4GUHA 3W7QA 2DJXA 4WZHA 1N8FA 3R2GA 8TIMA 1WQ5A 4PODA 2I1OA 4UTWA 4JX5A 1KM5A 3QZEA 4IPJA 1OFPA 1S5WA 4L4LA 1THFD 2P1FA 3HG5A 4LWWA 5I3IA 1GEQA 1HO1A 1D9EA 1SFJA 3SI9A 3EXTA 3W7IA 4LVAA 1JJKA 3W7PA 2Y7EA 4HNNA 3FYPA 3UQNA 2Y63A 3W86A 4O16A 4JDYA 4NT0A 5T26A 1KV8A 2IQTA 3OEXA 3MYPA 4UTTA 3KRUA 5IBXC 3ABRA 4CQ8A 5E0KA 3C8FA 1EWEA 4O11A 3LM7A 4JR5A 1QMLA 2GQAA 3L0KA 4UMCA 1VR6A 1I2QA 1QPRA 4AHOA 5HR7A 5C54A 1SSGA 4UFKA 3N2MA 4JTUA 5D2XA 3PG9A 3W7NA 4JYEA 3B06A 4WY0A 1KFCA 1JRBA 3W23A 2V9DA 1FQ0A 4LRTA 2QCMA 2HMCA 3NQCA 5KINA 4QQ3A 2RH9A 1G67A 3EWXA 2R94A 1EP3A 1OX6A 2FPTA 1TTPA 3BLIA 3HIJA 4IMEA 1TTIA 5C55A 4WX2A 2CLEA 2ATSA 3MP4A 1TPC1 1YDVA 3RLVA 3RU6A 4IMCA 4CCCA 2Y88A 1VQTA 1W5MA 3MI6A 3W3OA 4MVAA 3T78A 4JX4A 3L5AA 3NQMA 3O6YX 1XDMA 1FDJA 3A22A 1ICSA 3PC0A 1VCVA 4DPPA 2CFFA 3KHJA 1H51A 2DZUA 4PFMA 3GAYA 3IIOA 2C15A 3O07A 3TSBA 3GNNA 1RR2A 4O17A 5D2WA 3CQ0A 1F2JA 4KFOA 4GRSA 1R46A 2YYUA 5AHIA 3EX2A 1SW7A 2YGYA 1XCFA 1TRIA 4GE8A 3BG9A 3THQA 3MBDA 4ZZ9A 4LV4A 1KFJA 2ALDA 2H90A 4JIQA 3N9RA 3O6DA 1SSDA 4ICNA 1WBJA 4KFPA 4FXRA 3W7OA 4LRSA 3GXNA 3TW7A 2WO5A 3LI0A 2FPVA 4HIBA 4BWLC 5D05A 3PUEA 4RLIA 2PRLA 5D02A 1LCOA 4M5PA 1IXOA 4JTTA 2VFIA 4HNVA 2CZDA 2ABAA 1ZJIA 5CSRA 5KZEA 3I65A 1FCVA 3G1VA 4O19A 4XBSA 4A29A 4IWWA 2X2GA 2Z2UA 3EX1A 5DBTA 1Q3NA 3HQ1A 4AWUA 3NNTA 4AWSA 1W5NA 1KBJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN5 A;  3ATY A;  4QQU A;  2YZR A;  1XG4 A;  4ZBC A;  2EGZ A;  2AQW A;  4JDB A;  4M6Q A;  3TUU A;  4NX5 A;  3LLX A;  4JTH A;  4HCL A;  4LGX A;  5E6Y A;  1VLW A;  3TJX A;  3NEH A;  5ECU A;  4GPN A;  4DVO A;  3BJT A;  4Q4M A;  4LQ1 A;  1QO2 A;  4JTK A;  3SQL A;  2BSL A;  4X3Z A;  1LL6 A;  3WNL A;  1LQ2 A;  5ECV A;  2OEJ A;  3FKR A;  4YVX A;  3LER A;  3ZXW A;  1WZM A;  1QBB A;  3E0V A;  1EHA A;  4L1W A;  5REQ B;  3N19 B;  4B5V A;  5HQM A;  3MCN A;  4YJ5 A;  2G3M A;  4HPJ A;  1C9W A;  1V08 A;  2P76 A;  3K46 A;  4E0C A;  3GY1 A;  4LUT B;  4IGM A;  3WBW A;  3COT A;  3QQW A;  4L6O A;  3S83 A;  1G4T A;  1E6P A;  4RCX A;  4UFH A;  1HJX A;  1M68 A;  3E49 A;  3FA5 A;  4U5K A;  3OJG A;  2PDI A;  1N2V A;  2PU0 A;  5EBU A;  3LXB A;  2ZRV A;  3B9A A;  5DFA A;  4QSF A;  1XGZ A;  4I6K A;  2WVS A;  2PDN A;  1RY8 A;  1T8Q A;  4MAV A;  5CPM A;  2PD9 A;  4EP8 C;  3BE7 A;  4PTM A;  3N3M A;  3XIM A;  3ONB A;  4KWU A;  5C2X A;  1AL7 A;  3MSY A;  4GD0 A;  4CQC A;  3T44 A;  4JFS A;  2O55 A;  2ZDR A;  3AUJ A;  1VHC A; 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