4O11A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-hydroxyuridine 5'-monophosphate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-hydroxyuridine 5'-monophosphate
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 85
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4o11A00
1RR2A 5CG7A 2J9YA 1WBHA 2FFCA 5KINA 1I2OA 2RDUA 5CGQA 4CNNA 1G7UA 1ZY9A 1VYSX 1TPEA 2RH9A 3CIXA 3D0CA 4LUIA 3KOFA 4R53A 1SFJA 3TE9A 1F6PA 3SJ3A 2YCEA 3CT7A 3DFOA 3VFLA 2FIQA 5AOUA 3NQ8A 3TQ0A 2V2HA 4JTLA 1IXNA 4LNYA 1KW1A 1SZEA 3W1NA 3DXIA 3N34A 3SIZA 3TAOA 4IQLA 4XTIA 3MHFA 4JYEA 3M5ZA 2R8WA 2ZYFA 1BKSA 3ATYA 4HNUA 2ISSA 4O10A 5LNSA 3W74A 3B05A 2BLEA 4UFKA 1OF6A 1XBYA 2B7NA 3W85A 3W7NA 2QCCA 1O4UA 3SGUA 1ZNNA 5CZTA 3PF3A 3PBUA 4UMAA 2O7SA 1GZGA 3QW4B 5EMUA 5CZ0A 4XBKA 1I45A 4A2RA 2H3DA 3FKRA 3LCIA 3QPZA 2E1DA 1EIXA 1EWEA 3UNDA 3P5YA 2QUTA 5TBOA 3LLFA 3FEMA 3PAJA 2CW6A 1HUVA 4WY0A 3KVKA 3NL3A 3TSMA 4QAIA 3UWWA 3GLCA 3C56A 1JCXA 1VCFA 1MEWA 1SW7A 1OFEA 3W72A 4FIQA 3IGUA 3S5OA 1P0NA 1O5XA 2V5BA 1FX6A 1B4EA 5HUOA 1ZJIA 2C6QA 2GPTA 1UB3A 1T99A 1UUOA 1M7PA 5A8GA 4KWWA 1JULA 1OX4B 2WQPA 4GJ1A 4CNOA 4EVZA 1H7PA 1GVRA 3B8DA 1KV5A 1WV2A 4IGHA 4O14A 1SO3A 1LBLA 1G4SA 3TSBA 1RQEA 4OU1A 3T55A 1YPIA 3HO8A 4NT0A 4ORIA 5CPOA 1NAL1 1PHQA 4O28A 4LS2A 4GC4A 4QNEA 1LCOA 5AHMA 3C3NA 1TV5A 1VR6A 1E51A 4LC8A 1X8FA 2WV8A 5AYZA 1EA0A 2A7NA 3GR8A 2E6AA 5A5WA 3G1SA 2J24A 1AG1O 3V75A 6TIMA 2E5DA 3CPRA 3GVGA 1SW0A 2A6NA 3EXTA 1QDSA 1X1ZA 5DELA 5FF2A 4MY8A 3W7DA 2ZZ3A 2GJNA 2VELA 3CEPA 4UTIA 2P0OA 4WZHA 2OT1A 4A29A 3O6CA 3BW2A 4LTSA 3W1LA 3WK3A 4ZQRA 2CLEA 5LNWA 4PC8A 4YLWA 3PC0A 4DEFA 4A3UA 3W7OA 2OMAA 2P1FA 2F84A 5D2VA 2C1HA 3DHFA 4ZZ9A 1H51A 4H6KA 4DBDA 2ABBA 3THQA 5LGXA 2DP3A 1Z42A 2AQWA 4HNVA 1KFJA 1QCWA 4M7SA 4UTWA 4BI7A 2NUYA 3PG9A 1XBVA 4TMBA 1LOLA 1J5TA 3T4CA 4DELA 5DY2A 4NUWA 3NPXA 3BLFA 4DBEA 4CCDA 1SO4A 4GWEA 4MLJA 2DZXA 5D02A 4A22A 1DBTA 4O1DA 3IGSA 4N4PA 1A5SA 3TSDA 2ZRZA 4UTWC 5G2WA 2ZZ5A 2B7PA 3L5AA 2A6LA 2Z1BA 3N9SA 2Y7GA 4PEKA 3S1UA 1KFCA 3L5LA 3E9AA 3Q58A 3R89A 1TTQA 2CU0A 3DFTA 5G4WA 1VZWA 2W6RA 2QCNA 3M47A 4RZ5A 3SY5A 2V0TA 2A85A 3TU9A 1F7BA 3TJXA 3MP5A 5D37A 1W5MA 2A4AA 3CIWA 1XUUA 2GJLA 1L6SA 2I9EA 2OCZA 3U2OA 2H8ZA 4FHAA 4Y9AA 1K7XA 3ABQA 5KSWA 4S2BA 5CPNA 2DZPA 3W3OA 3LDVA 4IMGA 2ZTJA 1F5ZA 2H8XA 3GIYA 1H61A 2C15A 3L0NA 3TFXA 4O57A 1KFLA 1PE1A 3LXCA 1SW3A 2HSAA 4TX9A 2QUVA 1GVFA 3L2IA 1JCNA 4MZ1A 2NUXA 4PL1A 1M7OA 2Z2UA 3QF0A 1Z41A 3WK2A 2A2IA 5G1TA 3NL5A 1XUZA 2QCDA 4Z1CA 2ZRXA 5AHEA 3Q94A 4FNTA 1YXDA 5C55A 3MI6A 1TTIA 3G0UA 1YXYA 3WJSA 4LU0A 2GVLA 1DQXA 3EX1A 4Y96A 4FB7A 4IOTA 3R12A 1TPVA 4O17A 1FCQA 4JX5A 3N2XA 1GVSA 1PS9A 2A7RA 2X30A 4MPQA 1CW2A 3S6DA 2NXHA 2JKAA 3HGRA 3INPA 5AHIA 3HG2A 4QITA 3P80A 1JR1A 3NPVA 2BTMA 1XDMA 3PSVA 3TW6A 3G0XA 3L5MA 1XI3A 3WJZA 1OFBA 3QQ1A 3GK0A 3TDFA 3W2UA 3G3MA 4RR4A 1ZAIA 3LTPA 3UXDA 1KTBA 2BZNA 1GPWA 1ME7A 3I65A 4LT9A 2Y85A 1LBFA 5HMSA 3GXNA 2GVJA 3NM1A 3UY8A 2QKFA 1GG0A 3BPWA 4MJZA 4WX2A 5F2GA 2R14A 3NPUA 3SR7A 4YCOA 1FY6A 1C9DA 5FF0A 3EWXA 4NJGA 4QISA 3SZ8A 3P5ZA 3O05A 4QQ3A 2EF9A 1LLZA 5H2ZA 3W1RA 4ZQCA 3NDOA 2YR1A 5F4SA 4JTHA 4UFLA 3NO5A 1C29A 1TRIA 1ZFJA 3QRHA 1DV7A 3LCWA 3EX3A 1WXJA 1EWDA 3CWOX 1KFKA 2TPSA 4MOZA 5EBUA 1SQ7A 3KFTA 3TUUA 2ZQ0A 3O15A 2WSYA 2YXGA 3PUDA 1O95A 5I3IA 5DXYA 3UZJA 3K30A 3LM7A 3BLEA 4DQWA 3C61A 1EP2A 3R8RA 3NQ6A 4D2JA 1LOSA 3HGOA 3KHJA 4MZ8A 1HO4A 1YDNA 3E02A 3PB0A 4GUHA 3W7GA 2AGKA 1KM3A 2A1YA 1LZOA 3GXTA 3W1QA 4BWLA 4H3DA 3LLDA 1R46A 1OYBA 1QOPA 1O94A 3HJZA 2W79A 2CLFA 1TV7A 3BG9A 1XBZA 4HT3A 4C1LA 2CZDA 5MHBA 2EGZA 2QCGA 4LS1A 4LUJA 4BWLC 3L65A 4UTTA 3W2NA 3ZR4A 4QNWA 4O1CA 5LZLA 1J4EA 1T8XA 1TCDA 3PBWA 1ZHAA 3PM6A 4U28A 5FI8A 4JR5A 2NXIA 1XL9A 3G8EA 1H7WA 4U4MA 5F2MA 4K7YA 4PODA 4HKPA 1R2RA 1QAPA 1RV8A 2CLHA 2CLKA 2Y88A 3BVJA 1IF2A 4UMBA 3DFNA 3BLIA 1P1XA 2KZHA 1V7YA 2H90A 5HQEA 4MY9A 4EOUA 4Q32A 4S2CA 3GKFA 3T44A 3AO0A 3P62A 1W1ZA 2DJXA 2ZZ1A 3NQVA 4N6EA 1TPC1 1R2TA 4LC6A 3KVLA 4M6PA 5D32A 5FESA 3CHVA 3MI3A 3W23A 3TW7A 2I14A 2A21A 3NQ2A 4LY8A 5LKYA 3UWYA 4HNTA 2ZZ2A 5AN7A 2QF7A 5HNRA 3R2GA 1GQNA 1UCWA 4GUGA 3W7CA 1TSIA 4IPJA 1FWRA 2EKCA 6ALDA 3LCHA 4MY1A 5C5YA 2QCLA 3NOEA 4GNJA 2VEPA 4M6QA 2FPYA 4WY0F 4DPQA 5EKYA 5KTLA 4JTJA 1I2PA 1SO6A 2QJHA 3SECA 3C52A 1KTCA 3LRKA 4WUIA 1VGAA 2WO5A 2VFHA 4TU1A 3W2KA 1BWLA 4YL2A 3C4UA 3WJYA 3LXAA 1TIMA 4P61A 1SZNA 3NQAA 3NR0A 5FEPA 2QCFA 2E09A 3VKJA 3RNDA 1TREA 3SW6A 3QMSA 3BV4A 3DI1A 3NNTA 3NQEA 3WK1A 4AXKA 4O4WA 3GB6A 3GKAA 3PWAA 5FEWA 4DXVA 1QR7A 3W07A 3JRKA 3P60A 3VCRA 4YXGA 1N8FA 3EWUA 3ZWSA 3EWZA 4FX6M 2QEZA 4JTSA 4FNPA 3NPWA 3C2FA 3LHYA 4UFJA 3LCLA 2VEIA 3FJ6A 1SSGA 2J6XA 4JICA 1YADA 1OF8A 4RKAA 3TC7A 2H6RA 4O1AA 1P4CA 1B4KA 5AFDA 4JTGA 4UTKA 3G1YA 4NX5A 4NNCA 3UWUA 4TO8A 2NWSA 5E0KA 3B04A 1B3OA 1FWWA 3M16A 3QJAA 2X16A 4CCEA 1DHPA 4A2SA 1JQXA 5BOOA 1W3IA 2WNZA 4MFEA 2E6DA 2J9XA 4IX2A 2UV8G 1A5CA 2BSLA 1LYXA 1D3HA 3NL6A 2D73A 3C8FA 4L4LA 3WJXA 5DBUA 1LROA 1LRQA 1QPRA 4JX4A 3IV3A 1LTDA 4JTUA 1L6YA 4NNAA 4NJHA 4ZVJA 1GOXA 3NQGA 4BI6A 2NZLA 1VCVA 4GUJA 1Q6OA 1TO3A 3TC6A 2ZDRA 1SR9A 1GWJA 4FO4A 3NL2A 1LRNA 4NZFA 1HTIA 5U4NA 4NJJA 3GZ3A 4O15A 1WA3A 2NWRA 2ZFAA 3UXAA 3UWVA 1OX4A 5EPDA 5BRBA 1NVMA 5DLCA 3MMTA 4I7VA 5EL1A 1SO5A 3N3MA 1MO0A 3NM3A 2V2DA 3T40A 4O8RA 2YGYA 1LBMA 2WSQA 2OX1A 2LLEA 5AYYA 1ZAHA 2WSRA 2VFGA 2VFEA 1ZAJA 3NQCA 4RX0A 4UFMA 3G8RA 4Z08A 1C8VA 4IPIA 4IUOA 3TCEA 2NX3A 2E68A 3MWAA 4CNPA 4N2YA 4XTDA 2ZRWA 3IRDA 3WFAA 2X2GA 1VHCA 2NV1A 2I1OA 4RJEA 2J9ZA 1SZFA 5AC6A 4NJKA 1KLYA 1OK4A 3LCFA 4CQ9A 3M5YA 4K37A 3WK0A 4UTUA 1YPFA 4EWND 5DCEA 1THFD 4XWUA 2OT0A 4Z1AA 3OBKA 4OQVA 1I8JA 3EKZA 1OFDA 3IIVA 3STEA 1WYIA 2QCMA 3S5NA 2Y7FA 1RVGA 1DJQA 3M5XA 1PVNA 4UTJA 1AL7A 1VH7A 2ZBTA 4TR9A 3QM3A 3LCXA 1H5YA 1KTNA 3P74A 4Z0JA 3TKFA 1A53A 4AWUA 3BW4A 4ALDA 3KX6A 3W84A 4N9BA 1FCUA 4MYXA 3GDRA 3LRMA 1ICQA 2G96A 1OFOA 1RPXA 4NU7A 3GAKA 3STGA 4IWWA 1YTDA 3M44A 2Y89A 2YSWA 1ADOA 5F4WA 1S3HA 2PURA 3ABOA 5FF3A 4N9EA 3G1FA 3SI9A 4NX0A 4E2BA 4Y8FA 3NQDA 5LGZA 1PHWA 1XXXA 1QMLA 2ZZ6A 3B06A 4ADTA 1EPXA 3ABSA 1IGSA 3CLMA 3F03K 1B57A 4KWVA 1KM4A 1YLVA 3C2VA 4AHQA 3G24A 5AHNA 3H55A 3M5VA 1Q6LA 2WJZA 4UNKA 1ME9A 1TPB1 4O50A 4M7TA 2VOMA 4Y90A 3PUOA 3W7HA 3DFSA 1KM6A 3LHZA 4I9AA 3TA6A 7TIMA 3HF3A 2Q8LA 3W1XA 1W54A 3STCA 3UQNA 2QCHA 1OX5A 3NQFA 1R47A 3DENA 3TQKA 4E0CA 3TH6A 3W7JA 5K7JA 1W5QA 5K4XA 2X1SA 4LVAA 3DFQA 2V30A 2F7FA 3LOTA 3I68A 3UWQA 4O0ZA 4NZJA 3CM4A 2FB3A 3GDLA 5T26A 5F1VA 3TFCA 4XKYB 3W1AA 1TPH1 1FQ0A 5DY3A 3I7RA 3LV5A 1NEYA 1KFBA 4ZQNA 3FOKA 1MEHA 3PSWA 2XN1A 4Y6GA 3AJXA 1M5WA 1T96A 5HR7A 3NZRA 8TIMA 2OZ0A 3CC1A 1RD5A 4N4QA 1G69A 2IQTA 1JUBA 4JD4A 3OVRA 4O1BA 5K4ZA 4WXYA 2A5HA 3QMTA 4QIUA 3CB8A 3R5EA 3KVJA 4M6VA 1K8XA 3E96A 4O53A 4NXSA 5HINA 5KMYA 3DKLA 1W3TA 1R30A 3UD6A 1VYPX 3I7QA 4QSHA 4AVFA 3MYOA 5CZJA 3NZ1A 1DJNA 3OEXA 1F2JA 4L4MA 3Q2DA 1LP6A 4HPXA 3PBVA 3W2LA 1GT8A 3BG3A 1VQTA 2A0NA 4LV9A 3W7PA 2E77A 2FJKA 3A22A 4AH7A 3LGEA 4IMCA 1YTEA 5BNKA 2QDHA 2C3ZA 4UTHA 3RU6A 1YDVA 4UXDA 4GBUA 2YYUA 5KZEA 4R34A 1S5TA 2VC6A 3EB2A 5AHLA 2YDAA 4WOZA 3NEVA 3A21A 4AF0B 4UCGA 5EA9A 3W1TA 5G4EA 1YYAA 3LV6A 1K7EA 5HULA 3A5VA 3TV8A 4DPPA 1TJRA 1GG1A 2RHGA 1R2SA 1F73A 2V9DA 3PB2A 2BX7A 4NXKA 1IIGA 1TPUA 4C1KA 4JDYA 3STFA 1W5OA 2QR6A 4WJEA 3FS2A 2DZTA 5I3GA 4RLIA 1A5AA 3BK0A 1KM5A 3GYEA 1TYGA 3PULA 1JJKA 5BW6A 2WKJA 3N2MA 3QSRA 2X1TA 1TMHA 3E49A 4AAJA 4KFNA 2YZRA 1W5PA 1AW2A 3L9CA 4RK8A 3HPXA 5DCDA 3NGJA 2Z6IA 1MZHA 4FNSA 3TIMA 5I3HA 4XZ9A 2Z0IA 3CWNA 1ME8A 3W1UA 1O5KA 2YPIA 1IXPA 1ZCOA 4HN4A 4X3ZA 5D30A 2JKPA 3ABRA 2WOQA 2C13A 1WOBA 5E1QA 3ELFA 1GJPA 1RQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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